李秀栄 RE Suyong

研究者番号	50390670
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所 AI健康・医薬研究センター, 副センター長
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2024年度 – 2025年度: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所 AI健康・医薬研究センター, プロジェクトリーダー 2021年度 – 2024年度: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所 AI健康・医薬研究センター, 主任研究員 2020年度 – 2023年度: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所創薬デザイン研究センター, プロジェクト研究員 2018年度 – 2019年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 上級研究員 2016年度 – 2017年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, 上級研究員 … もっと見る 2015年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 研究員 2013年度 – 2014年度: 独立行政法人理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 研究員 2013年度: 理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 研究員隠す
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生命・健康・医療情報学研究代表者以外小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生命・健康・医療情報学 / 物理系薬学
キーワード	研究代表者立体構造予測 / レプリカ交換法 / 分子動力学計算 / 拡張アンサンブル法 / 分子動力学シミュレーション / N型糖鎖 / NMR / 構造―機能相関 / 糖鎖クラスター / 細胞表面糖鎖 … もっと見る / 分子シミュレーション / 分子認識 / ウィルス / ラッサウィルス / ラッサ熱 / エピトープ / 糖鎖クラスタ / メタダイナミクス法 / メタダイナミクス / 立体構造アンサンブル / 糖鎖 / 衝突断面積 / イオンモビリティー質量スペクトル … もっと見る研究代表者以外分子動力学計算 / 人工核酸アプタマー / レクチン / 糖鎖 / 深層学習 / 改変ポリメラーゼ / データベース / 細胞内情報伝達ネットワーク / リン酸化プロテオミクス / キナーゼ / タンパク質間相互作用予測 / タンパク質構造ダイナミクス / 構造インフォマティクス / 機械学習 / デザイン / アプタマー / 人工核酸 / SELEX / ドッキング / CMAP補正 / レプリカ交換分子動力学法 / 低親和性複合体構造予測 / タンパク質ーリガンド認識 / レクチンOS9 / 分子認識 / 自由エネルギー計算 / 糖鎖複合体 / 分子シミュレーション / DCIR2 / CLEC-2 / GnT-III / バイセクトGlcNAc / N型糖鎖 / PIM / ZG16p / DCIR / PHA-E / Calsepa / 大量発現 / 気相電気泳動法 / βグルカン / Dectin-1 / 立体構造 / 分子動力学 / Ｘ線結晶構造解析 / 相互作用 / 分枝構造 / NMR / ダイナミクス隠す

リン酸化プロテオームデータを用いたキナーゼ－基質相互作用予測とネットワーク構築
- 研究代表者
  
  水口賢司
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  大阪大学
タンパク質の深層学習を用いた改変ポリメラーゼデザイン法の開発
- 研究代表者
  
  長尾知生子
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  大阪大学
細胞表面糖鎖クラスターの構造―機能相関と予測基盤の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  李秀栄
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
静的局所環境の学習によるタンパク質動的構造情報の抽出
- 研究代表者
  
  水口賢司
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  大阪大学
人工核酸アプタマーの新規デザイン法の開発
- 研究代表者
  
  長尾知生子
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  大阪大学
糖鎖クラスタの立体構造計算法の開発とワクチン設計への応用研究代表者
- 研究代表者
  
  李秀栄
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
   国立研究開発法人理化学研究所
糖鎖立体構造アンサンブル予測のための新たな構造探索モデルの開発と応用研究代表者
- 研究代表者
  
  李秀栄
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2018
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
糖鎖立体構造の網羅的モデリングとデータベース開発研究代表者
- 研究代表者
  
  李秀栄
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2015
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
分岐型糖鎖における分枝構造の非対称性の解析とその構造基盤
- 研究代表者
  
  山口芳樹
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2016
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  物理系薬学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
タンパク質・糖鎖の低親和性複合体構造の予測
- 研究代表者
  
  杉田有治
- 研究期間 (年度)
  2013
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  独立行政法人理化学研究所

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すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] Biomolecular Simulations: Methods and Protocols2019
- 著者名/発表者名
  Yuji Sugita, Motoshi Kamiya, Hiraku Oshima, Suyong Re
- 出版者
  Springer
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[雑誌論文] Impact of Hydrogen Bonding on P-Glycoprotein Efflux Transport as Revealed by Evaluation of a De Novo Prediction Model2023
- 著者名/発表者名
  Gou Yulong、Re Suyong、Mizuguchi Kenji、Nagao Chioko
- 雑誌名
  
  ACS Medicinal Chemistry Letters
  
  巻: 15 号: 1 ページ: 54-59
- DOI
  10.1021/acsmedchemlett.3c00376
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12125
[雑誌論文] Practical Protocols for Efficient Sampling of Kinase-Inhibitor Binding Pathways Using Two-Dimensional Replica-Exchange Molecular Dynamics2022
- 著者名/発表者名
  Shinobu Ai、Re Suyong、Sugita Yuji
- 雑誌名
  
  Frontiers in Molecular Biosciences
  
  巻: 9 ページ: 878830-878830
- DOI
  10.3389/fmolb.2022.878830
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
[雑誌論文] Weight average approaches for predicting dynamical properties of biomolecules2022
- 著者名/発表者名
  Yagi Kiyoshi、Re Suyong、Mori Takaharu、Sugita Yuji
- 雑誌名
  
  Current Opinion in Structural Biology
  
  巻: 72 ページ: 88-94
- DOI
  10.1016/j.sbi.2021.08.008
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06532, KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PLANNED-21H05157, KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PROJECT-19H05645
[雑誌論文] Structural dynamics of the N‐terminal SH2 domain of PI3K in its free and CD28‐bound states2022
- 著者名/発表者名
  Hosoe Yuhi、Miyanoiri Yohei、Re Suyong、Ochi Saki、Asahina Yuya、Kawakami Toru、Kuroda Masataka、Mizuguchi Kenji、Oda Masayuki
- 雑誌名
  
  The FEBS Journal
  
  巻: 290 号: 9 ページ: 2366-2378
- DOI
  10.1111/febs.16666
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24942
[雑誌論文] The inherent flexibility of receptor binding domains in SARS-CoV-2 spike protein2022
- 著者名/発表者名
  Dokainish Hisham M、Re Suyong、Mori Takaharu、Kobayashi Chigusa、Jung Jaewoon、Sugita Yuji
- 雑誌名
  
  eLife
  
  巻: 11
- DOI
  10.7554/elife.75720
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06532, KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-20K15737, KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PLANNED-21H05157, KAKENHI-PROJECT-19H05645
[雑誌論文] Glycan Cluster Shielding and Antibody Epitopes on Lassa Virus Envelop Protein2021
- 著者名/発表者名
  Re Suyong、Mizuguchi Kenji
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 125 号: 8 ページ: 2089-2097
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.0c11516
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[雑誌論文] Elucidation of interactions regulating conformational stability and dynamics of SARS-CoV-2 S-protein2021
- 著者名/発表者名
  Mori Takaharu、Jung Jaewoon、Kobayashi Chigusa、Dokainish Hisham M.、Re Suyong、Sugita Yuji
- 雑誌名
  
  Biophysical Journal
  
  巻: 120 号: 6 ページ: 1060-1071
- DOI
  10.1016/j.bpj.2021.01.012
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06532, KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-19H05645
[雑誌論文] Molecular Basis for Two Stereoselective Diels-Alderases that Produce Decalin Skeletons2021
- 著者名/発表者名
  Fujiyama Keisuke、Kato Naoki、Re Suyong、Kinugasa Kiyomi、Watanabe Kohei、Takita Ryo、Nogawa Toshihiko、Hino Tomoya、Osada Hiroyuki、Sugita Yuji、Takahashi Shunji、Nagano Shingo
- 雑誌名
  
  Angewandte Chemie International Edition
  
  巻: 60 号: 41 ページ: 22401-22410
- DOI
  10.1002/anie.202106186
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06992, KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-20K15273, KAKENHI-PLANNED-19H05780, KAKENHI-PUBLICLY-20H05445, KAKENHI-PROJECT-20K05858, KAKENHI-PROJECT-20K05872, KAKENHI-PROJECT-21K19099, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20H00416, KAKENHI-PLANNED-17H06412
[雑誌論文] CHARMM-GUI Free Energy Calculator for Absolute and Relative Ligand Solvation and Binding Free Energy Simulations2020
- 著者名/発表者名
  Kim Seonghoon、Oshima Hiraku、Zhang Han、Kern Nathan R.、Re Suyong、Lee Jumin、Roux Benoit、Sugita Yuji、Jiang Wei、Im Wonpil
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 16 号: 11 ページ: 7207-7218
- DOI
  10.1021/acs.jctc.0c00884
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-19H05645
[雑誌論文] Prediction of Protein-Ligand Binding Pose and Affinity Using the gREST+FEP Method2020
- 著者名/発表者名
  Oshima Hiraku、Re Suyong、Sugita Yuji
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 60 号: 11 ページ: 5382-5394
- DOI
  10.1021/acs.jcim.0c00338
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-19H05645
[雑誌論文] Molecular Dynamics Simulation of Glycans2020
- 著者名/発表者名
  Re Suyong、Yamaguchi Yoshiki、Sugita Yuji
- 雑誌名
  
  Ｔｒｅｎｄｓ　ｉｎ　Ｇｌｙｃｏｓｃｉｅｎｃｅ　ａｎｄ　Ｇｌｙｃｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
  
  巻: 32 号: 188 ページ: E113-E118
- DOI
  10.4052/tigg.1616.1E
- NAID
  130007879866
- ISSN
  0915-7352, 1883-2113
- 年月日
  2020-07-25
- 言語
  英語
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-19H03362, KAKENHI-PROJECT-19H05648
[雑誌論文] Population shift mechanism for partial agonism of AMPA receptor2019
- 著者名/発表者名
  Oshima H, Re S, Sakakura M, Takahashi H, Sugita Y.
- 雑誌名
  
  Biophys. J.
  
  巻: 116 号: 1 ページ: 52-68
- DOI
  10.1016/j.bpj.2018.11.3122
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-18H04626, KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PROJECT-18H02393, KAKENHI-PROJECT-16K00415
[雑誌論文] Replica-Exchange Umbrella Sampling Combined with Gaussian Accelerated Molecular Dynamics for Free-Energy Calculation of Biomolecules.2019
- 著者名/発表者名
  Oshima, H.; Re, S.; Sugita, Y.
- 雑誌名
  
  J. Chem. Theory Comput.
  
  巻: 15 号: 10 ページ: 5199-5208
- DOI
  10.1021/acs.jctc.9b00761
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[雑誌論文] De Novo Prediction of Binders and Nonbinders for T4 Lysozyme by GREST Simulations.2019
- 著者名/発表者名
  Niitsu, A.; Re, S.; Oshima, H.; Kamiya, M.; Sugita, Y.
- 雑誌名
  
  J. Chem. Inf. Model.
  
  巻: 59 号: 9 ページ: 3879-3888
- DOI
  10.1021/acs.jcim.9b00416
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[雑誌論文] Encounter Complexes and Hidden Poses of Kinase-Inhibitor Binding on the Free-Energy Landscape.2019
- 著者名/発表者名
  Re, S.; Oshima, H.; Kasahara, K.; Kamiya, M.; Sugita, Y.
- 雑誌名
  
  Proc. Natl. Acad. Sci.
  
  巻: 116 号: 37 ページ: 18404-18409
- DOI
  10.1073/pnas.1904707116
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[雑誌論文] Molecular dynamics of glycan2019
- 著者名/発表者名
  Suyong Re, Yoshiki Yamaguchi, Yuji Sugita
- 雑誌名
  
  Trends in Glycoscience and Glycotechnology
  
  巻: 印刷中
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[雑誌論文] Characterization of Conformational Ensembles of Protonated N-glycans in the Gas-Phase2018
- 著者名/発表者名
  Re Suyong、Watabe Shigehisa、Nishima Wataru、Muneyuki Eiro、Yamaguchi Yoshiki、MacKerell Alexander D.、Sugita Yuji
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 8 号: 1 ページ: 1644-1644
- DOI
  10.1038/s41598-018-20012-0
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415, KAKENHI-PUBLICLY-16H00811, KAKENHI-PROJECT-16H04758
[雑誌論文] Enhanced Conformational Sampling of N-Glycans in Solution with Replica State Exchange Metadynamics2017
- 著者名/発表者名
  Raimondas Galvelis, Suyong Re, and Yuji Sugita
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 13 号: 5 ページ: 1934-1942
- DOI
  10.1021/acs.jctc.7b00079
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415, KAKENHI-PLANNED-26119006
[雑誌論文] Dynamics and Interactions of OmpF and LPS: Influence on Pore Accessibility and Ion Permeability.2016
- 著者名/発表者名
  Dhilon S. Patel, Suyong Re, Emilia L. Wu, Yifei Qi, Phillip E. Klebba, Goran Widmalm, Min Sun Yeom, Yuji Sugita and Wonpil Im
- 雑誌名
  
  Biophysical Journal
  
  巻: 110 号: 4 ページ: 930-938
- DOI
  10.1016/j.bpj.2016.01.002
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[雑誌論文] Discovery, primary, and crystal structures and capacitation-related properties of a prostate-derived heparin-binding protein WGA16 from boar sperm2015
- 著者名/発表者名
  Estelle Garenaux, Mayumi Kanagawa, Tomoyuki Tsuchiyama, Kazuki Hori, Takeru Kanazawa, Ami Goshima, Mitsuru Chiba, Hiroshi Yasue, Akemi Ikeda, Yoshiki Yamaguchi, Chihiro Sato, Ken Kitajima
- 雑誌名
  
  Journal of Biological Chemistry
  
  巻: 9 号: 9 ページ: 5484-5501
- DOI
  10.1074/jbc.m114.635268
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25292216, KAKENHI-PROJECT-25460054, KAKENHI-PROJECT-25291072
[雑誌論文] REIN: Replica-Exchange INterface for Simulating Protein Dynamics and Function2015
- 著者名/発表者名
  Naoyuki Miyashita, Suyong Re, Yuji Sugita
- 雑誌名
  
  International Journal of Quantum Chemistry
  
  巻: 115 号: 5 ページ: 325-332
- DOI
  10.1002/qua.24785
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358, KAKENHI-PROJECT-26330341
[雑誌論文] CHARMM Force-fields with Modified Polyphosphate Parameters Allow Stable Simulation of the ATP-Bound Structure of Ca2+-ATPase2014
- 著者名/発表者名
  Yasuaki Komuro, Suyong Re, Chigusa Kobayashi, Eiro Muneyuki and Yuji Sugita
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 10 号: 9 ページ: 4133-4142
- DOI
  10.1021/ct5004143
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-14J05682, KAKENHI-PROJECT-24570187, KAKENHI-PROJECT-25330358, KAKENHI-PUBLICLY-26103528
[雑誌論文] Mosaic of water orientation structures at a neutral zwitterion lipid/water interface revealed by molecular dynamics simulations2014
- 著者名/発表者名
  Syong RE, Wataru NISHIMA, Tahei TAHARA and Yuji SUGITA
- 雑誌名
  
  J. Phys. Chem. Lett.
  
  巻: 5 号: 24 ページ: 4343-4348
- DOI
  10.1021/jz502299m
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25104005, KAKENHI-PROJECT-25330358, KAKENHI-PLANNED-26119006
[雑誌論文] 理研・糖鎖インフォマティクス若手の会合同セミナー開催報告2014
- 著者名/発表者名
  Suyong Re
- 雑誌名
  
  Ｔｒｅｎｄｓ　ｉｎ　Ｇｌｙｃｏｓｃｉｅｎｃｅ　ａｎｄ　Ｇｌｙｃｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
  
  巻: 26 号: 149 ページ: 71-72
- DOI
  10.4052/tigg.26.71
- NAID
  130004841384
- ISSN
  0915-7352, 1883-2113
- 言語
  日本語
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[雑誌論文] Synthesis of N-glycan units for assessment of substrate structural requirements of N-acetylglucosaminyltransferase III2014
- 著者名/発表者名
  2.Shinya Hanashima, Hiroaki Korekane, Naoyuki Taniguchi, Yoshiki Yamaguchi
- 雑誌名
  
  Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters
  
  巻: 24 号: 18 ページ: 4533-4537
- DOI
  10.1016/j.bmcl.2014.07.074
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24710257, KAKENHI-PROJECT-25460054, KAKENHI-PROJECT-26440051
[学会発表] Impact of hydrogen bonding on P-glycoprotein efflux transport as revealed by evaluation of a de-novo prediction model.2024
- 著者名/発表者名
  苟昱龍、李秀栄、水口賢司、長尾知生子
- 学会等名
  日本薬学会第144年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12125
[学会発表] Analysis of physicochemical properties responsible for P-gp efflux ratio2022
- 著者名/発表者名
  Y. Gou, C. Nagao, S. Re, K. Mizuguchi
- 学会等名
  2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12125
[学会発表] Structure and Dynamics of Glycans on Viral Protein2022
- 著者名/発表者名
  Suyong Re, Kenji Mizuguchi
- 学会等名
  日本化学会第102春季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[学会発表] gREST prediction of substrate bindings to stereoselective enzymes2021
- 著者名/発表者名
  Suyong Re, Naoki Kato, Keisuke Fujiyama, Shingo Nagano, Yuji Sugita
- 学会等名
  CBI学会2021年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[学会発表] Structure and dynamics of glycans on Lassa virus envelop protein2021
- 著者名/発表者名
  Suyong Re, Kenji Mizuguchi
- 学会等名
  第59回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[学会発表] GENESISを用いた蛋白質ー化合物結合自由エネルギー計算2021
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  第420回CBI学会講演会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[学会発表] 分子動力学ベースのモデリングとインシリコ創薬支援2021
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  第４回徳島大学統合的がん創薬研究クラスター　合同オンラインミーティング
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[学会発表] 分子動力学シミュレーションソフトウェア「GENESIS」の紹介2021
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  LINC勉強会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[学会発表] 糖鎖を考慮したエピトープ予測2021
- 著者名/発表者名
  李秀栄, 水口賢司
- 学会等名
  第40回日本糖質学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[学会発表] Docking simulation using GENESIS and its possible application for glycan systems2020
- 著者名/発表者名
  Suyong Re
- 学会等名
  6th Glyco-lipidologue seminar (RIKEN)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[学会発表] 分子動力学計算ソフトウェアGENESISの創薬に役立つ機能の紹介（イントロダクション）2020
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  CBI学会2020年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[学会発表] レプリカ交換法を用いたタンパク質ーリガンド結合計算2019
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  第2回近畿大学先端技術総合研究所高圧力蛋白質研究センターセミナー
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[学会発表] Revealing Drug-Target Binding Pathway using Two-dimensional Replica-Exchange Molecular Dynamics Method2019
- 著者名/発表者名
  Suyong Re, Hiraku Oshima, Kento Kasahara, Motoshi Kamiya, and Yuji Sugita
- 学会等名
  The 1st R-CCS International Symposium
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[学会発表] Free energy analysis of ATP competitive inhibitor-protein kinase bindings.2019
- 著者名/発表者名
  李秀栄, 尾嶋拓, 杉田有治
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[学会発表] Binding free-energy analysis of Src protein inhibitors using 2D-Replica-Exchange Molecular Dynamics (gREST/REUS) simulation2019
- 著者名/発表者名
  李秀栄, 尾嶋拓, 杉田有治
- 学会等名
  第19回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12229
[学会発表] REMD-based flexible docking2018
- 著者名/発表者名
  Suyong Re, Hiraku Oshima, Motoshi Kamiya, and Yuji Sugita
- 学会等名
  日本化学会第98春季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによる生体分子機能モデリング2018
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  第1回近畿大学生物理工学部HPCシンポジウム
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[学会発表] Extensive molecular dynamics sampling characterizes ligand binding pathway to Src kinase2018
- 著者名/発表者名
  李秀栄, 尾嶋拓, 神谷基司, 杉田有治
- 学会等名
  第56回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[学会発表] 拡張アンサンブル法に基づく細胞膜受容体・リガンド結合の自由エネルギー解析2018
- 著者名/発表者名
  李秀栄, 尾嶋拓, 新津藍, 杉田有治
- 学会等名
  第5回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[学会発表] ダイナミックドッキングによる結合親和性予測2018
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  CBI学会2018年大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[学会発表] Flexible Docking using Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulation2017
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  CBI学会2017年大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[学会発表] イオンモビリティー質量分析における衝突断面積の物理化学的な決定因子2017
- 著者名/発表者名
  李秀栄、渡部茂久、二島渉、宗行英朗、山口芳樹、杉田有治
- 学会等名
  第36回日本糖質学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[学会発表] レプリカ交換分子動力学法を用いたフレキシブルドッキング2017
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  第3回ポスト「京」重点課題1ワークショップ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[学会発表] Incorporation of protein flexibility into ligand binding simulation2017
- 著者名/発表者名
  Suyong Re, Hiraku Oshima, Motoshi Kamiya, and Yuji Sugita
- 学会等名
  第55回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[学会発表] グライコフォームを予測する革新的理論化学2016
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  第35回日本糖質学会年会
- 発表場所
  高知市文化プラザ（高知）
- 年月日
  2016-09-01
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[学会発表] Modeling flexible biomolecules by MD simulations with enhanced sampling2016
- 著者名/発表者名
  李秀栄、杉田有治
- 学会等名
  RIKEN QBiC Retreat 2016
- 発表場所
  淡路夢舞台国際会議場（淡路）
- 年月日
  2016-06-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00415
[学会発表] Ion mobility spectrometry separation of isomeric N-glycan structures2016
- 著者名/発表者名
  Yamaguchi Y, Hirose K, Nishima W, Re S, Sugita Y
- 学会等名
  RIKEN-Max Planck Joint Research Center for Systems Chemical Biology ５th Annual Symposium
- 発表場所
  Berlin, Germany
- 年月日
  2016-04-18
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25460054
[学会発表] レプリカ交換分子動力学計算による糖鎖イオン移動度質量スペクトルの予測2015
- 著者名/発表者名
  李秀栄、渡部茂久、二島渉、宗行英朗、山口芳樹、杉田有治
- 学会等名
  第1回理化学研究所・産業技術総合研究所共同シンポジウム「ビッグデータとビッグシミュレーションによる生命医科学の未来」
- 発表場所
  産業技術総合研究所（東京都、江東区）
- 年月日
  2015-06-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] Quantitative functional analysis of membranes and membrane proteins using molecular dynamics simulation.2015
- 著者名/発表者名
  Suyong Re
- 学会等名
  第2回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会
- 発表場所
  日本科学未来館（東京都、江東区）
- 年月日
  2015-10-26
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] 構造から機能へ：糖鎖科学における計算化学の挑戦2015
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  第88回日本生化学会大会合同大会（BMB2015）
- 発表場所
  神戸ポートアイランド（兵庫県、神戸市）
- 年月日
  2015-12-04
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] Modeling the MAPK/ERK pathway under crowding environment by the combined multi-scale simulations.2015
- 著者名/発表者名
  Suyong Re, Po-Hung Wang, Isseki Yu, and Yuji Sugita
- 学会等名
  Supercomputational Life Science 2015 (SCLS2015)
- 発表場所
  東京大学（東京都、文京区）
- 年月日
  2015-10-20
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] 生体外膜ポーリンOmpFの全原子モデリング2015
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  「分子システム研究」第4回春合宿
- 発表場所
  ラフォーレ倶楽部（静岡県、伊東市）
- 年月日
  2015-05-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] Hydration structure at ceramide/water interface: A molecular dynamics simulation study.2015
- 著者名/発表者名
  Suyong Re, Wataru Nishima, Tahei Tahara, Yuji Sugita
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学（石川県、金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] REMD-based prediction of structure and function of glycans」新学術領域「動的秩序と機能2014
- 著者名/発表者名
  李秀栄, 二島渉, 渡部茂久, 杉田有治
- 学会等名
  第2回国際シンポジウム
- 発表場所
  京都
- 年月日
  2014-01-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25540138
[学会発表] 計算機を用いた糖鎖立体構造予測~現状と展望2014
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  第3回コンビナトリアル科学研究推進体セミナー「糖鎖の構造と機能のシンポジウム」
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2014-03-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25540138
[学会発表] REMD-based prediction of structure and function of glycans2014
- 著者名/発表者名
  李秀栄、二島渉、渡部茂久、杉田有治
- 学会等名
  新学術領域「動的秩序と機能」第２回国際シンポジウム
- 発表場所
  キャンパスプラザ京都（京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] Molecular dynamics simulations of glycans: Prediction of IM-MS spectra2014
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  理研・糖鎖インフォマティクス若手の会合同セミナー
- 発表場所
  理化学研究所（埼玉）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] 計算機を用いた糖鎖立体構造予測～現状と展望2014
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  第３回コンビナトリアル科学研究推進体セミナー「糖鎖の構造と機能のシンポジウム」
- 発表場所
  東京工業大学（東京）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25540138
[学会発表] 計算機を用いた糖鎖立体構造予測～現状と展望2014
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  第３回コンビナトリアル科学研究推進体セミナー「糖鎖の構造と機能のシンポジウム」
- 発表場所
  東京工業大学（東京）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] Molecular dynamics simulations of glycans : Prediction of IM-MS spectra2014
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  理研・糖鎖インフォマティクス若手の会合同セミナー
- 発表場所
  埼玉
- 年月日
  2014-02-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25540138
[学会発表] 糖鎖の化学シフト計算と立体構造予測への応用2013
- 著者名/発表者名
  李秀栄, 山口芳樹, 杉田有治
- 学会等名
  第7回分子科学討論会
- 発表場所
  京都
- 年月日
  2013-09-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25540138
[学会発表] 糖鎖の化学シフト計算と立体構造予測への応用2013
- 著者名/発表者名
  李秀栄、山口芳樹、杉田有治
- 学会等名
  第７回分子科学討論会
- 発表場所
  京都テルサ（京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] Revised CHARMM carbohydrate force field for improved description of conformational diversity of N-glycans2013
- 著者名/発表者名
  李秀栄、渡部茂久、二島渉、杉田有治
- 学会等名
  第５１回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  国立京都国際会館（京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25540138
[学会発表] 糖鎖の化学シフト計算と立体構造予測への応用2013
- 著者名/発表者名
  李秀栄、山口芳樹、杉田有治
- 学会等名
  第７回分子科学討論会
- 発表場所
  京都テルサ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25540138
[学会発表] Revised CHARMM carbohydrate force field for improved description of conformational diversity of N-glycans2013
- 著者名/発表者名
  李秀栄, 渡部茂久, 二島渉, 杉田有治
- 学会等名
  第51回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  京都
- 年月日
  2013-10-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25540138
[学会発表] Revised CHARMM carbohydrate force field for improved description of conformational diversity of N-glycans2013
- 著者名/発表者名
  李秀栄、渡部茂久、二島渉、杉田有治
- 学会等名
  第５１回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  国立京都国際会館（京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] Conformational analysis of PA-glycans by replica-exchange molecular dynamics simulation.2013
- 著者名/発表者名
  渡部茂久、李秀栄、二島渉、宗行英朗、杉田有治
- 学会等名
  3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
- 発表場所
  神戸国際会議場（神戸）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] Prediction of Structure and Dynamics of Glycans from Molecular Dynamics Simulations.2013
- 著者名/発表者名
  李秀栄、二島渉、渡部茂久、杉田有治
- 学会等名
  3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
- 発表場所
  神戸国際会議場（神戸）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25540138
[学会発表] Conformational analysis of PA-glycans by replica-exchange molecular dynamics simulation2013
- 著者名/発表者名
  渡部茂久, 李秀栄, 二島渉, 宗行英朗, 杉田有治
- 発表場所
  神戸
- 年月日
  2013-11-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25540138
[学会発表] レプリカ交換分子動力学計算によるPA化糖鎖の立体構造解析2013
- 著者名/発表者名
  渡部茂久、李秀栄、宗行英朗、杉田有治
- 学会等名
  第５１回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  国立京都国際会館（京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] Prediction of Structure and Dynamics of Glycans from Molecular Dynamics Simulations.2013
- 著者名/発表者名
  李秀栄、二島渉、渡部茂久、杉田有治
- 学会等名
  3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
- 発表場所
  神戸国際会議場（神戸）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] レプリカ交換分子動力学計算によるPA 化糖鎖の立体構造解析2013
- 著者名/発表者名
  渡部茂久, 李秀栄, 宗行英朗, 杉田有治
- 学会等名
  第51回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  京都
- 年月日
  2013-10-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25540138
[学会発表] Prediction of Structure and Dynamics of Glycans from Molecular Dynamics Simulations2013
- 著者名/発表者名
  李秀栄, 二島渉, 渡部茂久, 杉田有治
- 学会等名
  3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
- 発表場所
  神戸
- 年月日
  2013-11-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25540138
[学会発表] Confident Identification of Isomeric N-glycan Structures by Combined Ion Mobility Mass Spectrometry and Hydrophilic Interaction Liquid Chromatograph
- 著者名/発表者名
  Y. Yamaguchi, K. Hirose, W. Nishima, S. Re and Y. Sugita
- 学会等名
  American Society for Mass Spectrometry (ASMS)
- 発表場所
  Minneapolis, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25460054
[学会発表] レプリカ交換分子動力学計算を用いた糖鎖イオンモビリティー質量スペクトルの予測
- 著者名/発表者名
  李秀栄、渡部茂久、二島渉、山口芳樹、杉田有治
- 学会等名
  第３３回日本糖質学会年会
- 発表場所
  名古屋大学豊田講堂（名古屋）
- 年月日
  2014-08-10 – 2014-08-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによるN型糖鎖衝突断面積の計算
- 著者名/発表者名
  李秀栄、渡部茂久、二島渉、宗行英朗、山口芳樹、杉田有治
- 学会等名
  第34回日本糖質学会年会
- 発表場所
  東京大学安田講堂（東京）
- 年月日
  2015-07-31 – 2015-08-02
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] Experimental and theoretical approaches to understand the conformational differences in isomeric
- 著者名/発表者名
  Y. Yamaguchi, K. Matsumoto, K. Hirose, W. Nishima, S. Re, Y. Sugita
- 学会等名
  22nd International Symposium on Glycoconjugates
- 発表場所
  Dalian, China
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25460054
[学会発表] A mosaic of water orientation structures at a neutral zwitterion lipid/water interface revealed by molecular dynamics simulations.
- 著者名/発表者名
  李秀栄、二島渉、田原太平、杉田有治
- 学会等名
  5th AICS International Symposium
- 発表場所
  理化学研究所計算科学研究機構（神戸）
- 年月日
  2014-12-08 – 2014-12-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] 分子動力学計算を用いた生体分子システムの動的構造解析
- 著者名/発表者名
  李秀栄
- 学会等名
  「分子システム研究」第3回春合宿
- 発表場所
  かんぽの宿彦根（滋賀）
- 年月日
  2014-04-24 – 2014-04-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358
[学会発表] Structure and orientation of hydrating water molecules at phospholipid/water interface revealed by molecular dynamics simulation.
- 著者名/発表者名
  李秀栄、二島渉、田原太平、杉田有治
- 学会等名
  第52回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター（札幌）
- 年月日
  2014-09-25 – 2014-09-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330358

1. 山口芳樹 (90323451)

共同の研究課題数: 5件

共同の研究成果数: 13件
2. 杉田有治 (80311190)

共同の研究課題数: 4件

共同の研究成果数: 38件
3. 長尾知生子 (10402463)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 3件
4. 笠原勇矢 (10740673)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
5. 水口賢司 (50450896)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 1件
6. 花島慎弥 (50373353)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
7. 長江雅倫 (60619873)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 織田昌幸 (20318231)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
9. 足立淳 (20437255)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. ガルベリスライモンダス

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
11. 滝田良

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
12. 北島健

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
13. 佐藤ちひろ

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
14. 高橋栄夫

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
15. 森貴治

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 3件
16. 田原太平

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

李 秀栄 RE Suyong

研究課題

研究成果

共同研究者

リン酸化プロテオームデータを用いたキナーゼ－基質相互作用予測とネットワーク構築

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質の深層学習を用いた改変ポリメラーゼデザイン法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

細胞表面糖鎖クラスターの構造―機能相関と予測基盤の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

静的局所環境の学習によるタンパク質動的構造情報の抽出

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

人工核酸アプタマーの新規デザイン法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

糖鎖クラスタの立体構造計算法の開発とワクチン設計への応用研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

糖鎖立体構造アンサンブル予測のための新たな構造探索モデルの開発と応用研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

糖鎖立体構造の網羅的モデリングとデー タベース開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

分岐型糖鎖における分枝構造の非対称性の解析とその構造基盤

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパク質・糖鎖の低親和性複合体構造の予測

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] Biomolecular Simulations: Methods and Protocols2019

著者名/発表者名

出版者

データソース

[雑誌論文] Impact of Hydrogen Bonding on P-Glycoprotein Efflux Transport as Revealed by Evaluation of a De Novo Prediction Model2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Practical Protocols for Efficient Sampling of Kinase-Inhibitor Binding Pathways Using Two-Dimensional Replica-Exchange Molecular Dynamics2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Weight average approaches for predicting dynamical properties of biomolecules2022

著者名/発表者名

李秀栄 RE Suyong

糖鎖立体構造の網羅的モデリングとデータベース開発研究代表者