小田彰史 Oda Akifumi

研究者番号	50433511
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所属 (現在)	2025年度: 名城大学, 薬学部, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2025年度: 名城大学, 薬学部, 教授 2016年度 – 2019年度: 名城大学, 薬学部, 教授 2012年度 – 2015年度: 金沢大学, 薬学系, 准教授 2011年度: 東北薬科大学, 薬学部, 講師 2007年度 – 2008年度: 東北薬科大学, 薬学部, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者物理系薬学 / 学術変革領域研究区分(Ⅱ) / 理工系 / 創薬化学 / 物理化学研究代表者以外循環器内科学 / 腫瘍治療学 / 放射線・化学物質影響科学
キーワード	研究代表者分子シミュレーション / 薬物代謝酵素 / 原始タンパク質 / 計算化学 / 遺伝多型 / 生命の起源 / 非酵素反応 / 薬学 / 酵素 / タンパク質構造柔軟性 … もっと見る / タンパク質フォールディング / 二次構造 / 進化 / 蛋白質 / タンパク質構造予測 / 分子動力学シミュレーション / 基質認識 / 構造揺らぎ / スコア関数 / Ligand-based drug design / コンセンサススコア / 対話型最適化 / 多目的最適化 / タンパク質－リガンドドッキング / インシリコ創薬 / 量子化学計算 / 分子力場 / ホモロジーモデリング / ドラッグデザイン … もっと見る研究代表者以外低分子化合物 / 阻害剤 / ヌクレオチド除去修復 / 肥大型心筋症 / ホスホリラーゼ / リン酸化 / 心不全 / 増感作用 / シスプラチン / 抗癌剤 / スクリーニング / 化合物ライブラリー / ケミカルバイオロジー隠す

COを反応物・触媒とする化学反応の量子化学計算：非酵素的に生体分子は作れるか？研究代表者
- 研究代表者
  
  小田彰史
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2026
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅱ)
- 研究機関
  名城大学
薬物代謝酵素の動的構造揺らぎがリガンドおよび水分子の認識に与える影響研究代表者
- 研究代表者
  
  小田彰史
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2019
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  物理系薬学
- 研究機関
  名城大学
ホスホリラーゼ異常リン酸化による心不全発症機序の解明
- 研究代表者
  
  今野哲雄
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2017
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  循環器内科学
- 研究機関
  金沢大学
限られたアミノ酸のみから原始タンパク質が構築できるか？研究代表者
- 研究代表者
  
  小田彰史
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2016
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  名城大学
   金沢大学
薬物代謝酵素の立体構造および柔らかさは遺伝多型によってどのように変わるか？研究代表者
- 研究代表者
  
  小田彰史
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  物理系薬学
- 研究機関
  名城大学
   金沢大学
ケミカルバイオロジーを利用したヒトヌクレオチド除去修復機構の解析
- 研究代表者
  
  松永司
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2015
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  放射線・化学物質影響科学
- 研究機関
  金沢大学
シスプラチン抵抗性関連因子ＥＲＣＣ１の分解を誘導する新規低分子化合物の解析
- 研究代表者
  
  松永司
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2014
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  腫瘍治療学
- 研究機関
  金沢大学
多目的最適化と対話型最適化を利用した蛋白質－リガンドドッキングプログラムの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  小田彰史
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2013
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  創薬化学
- 研究機関
  金沢大学
   東北薬科大学
遺伝多型を持つ薬物代謝酵素のリガンド認識機構についての計算機的研究研究代表者
- 研究代表者
  
  小田彰史
- 研究期間 (年度)
  2007 – 2008
- 研究種目
  
  若手研究(スタートアップ)
- 研究分野
  
  物理化学
- 研究機関
  東北薬科大学

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すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] Theory, Kinetics and Implementation (D. E. Garcia, et al., Eds.), chapter 22012
- 著者名/発表者名
  A. Oda, et al
- 出版者
  Nova Science Publishers, Inc.
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[図書] Quantum Systems in Chemistry and Physics: Progress in Methods and Applications2012
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Yu Takano, Ohgi Takahashi
- 出版者
  Springer Science+Business Media B.V.
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[図書] Quantum Systems in Chemistry and Physics: Progress in Methods and Applications (K. Nishikawa, et al., Eds.), chapter 172012
- 著者名/発表者名
  A. Oda, et al
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[雑誌論文] CYP2D6 genotyping analysis and functional characterization of novel allelic variants in a Ni-Vanuatu and Kenyan population by assessing dextromethorphan O-demethylation activity2020
- 著者名/発表者名
  Gutierrez Rico Evelyn Marie、Kikuchi Aoi、Saito Takahiro、Kumondai Masaki、Hishinuma Eiji、Kaneko Akira、Chan Chim Wai、Gitaka Jesse、Nakayoshi Tomoki、Oda Akifumi、Saito Sakae、Hirasawa Noriyasu、Hiratsuka Masahiro
- 雑誌名
  
  Drug Metabolism and Pharmacokinetics
  
  巻: 35 号: 1 ページ: 89-101
- DOI
  10.1016/j.dmpk.2019.07.003
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19J23595, KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Antiproliferative Aspidosperma-Type Monoterpenoid Indole Alkaloids from Bousigonia mekongensis Inhibit Tubulin Polymerization2019
- 著者名/発表者名
  Zhang Yu、Goto Masuo、Oda Akifumi、Hsu Pei-Ling、Guo Ling-Li、Fu Yan-Hui、Morris-Natschke Susan、Hamel Ernest、Lee Kuo-Hsiung、Hao Xiao-Jiang
- 雑誌名
  
  Molecules
  
  巻: 24 号: 7 ページ: 1256-1256
- DOI
  10.3390/molecules24071256
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Draft Genome Sequence of Saccharomyces cerevisiae Strain Pf-1, Isolated from Prunus mume2019
- 著者名/発表者名
  Kanamasa Shin、Yamaguchi Daiki、Machida Chiyoko、Fujimoto Tsukasa、Takahashi Anna、Murase Masataka、Fukuyoshi Shuichi、Oda Akifumi、Satou Kenji、Takahashi Hiro
- 雑誌名
  
  Microbiology Resource Announcements
  
  巻: 8 号: 46
- DOI
  10.1128/mra.01169-19
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18KT0047, KAKENHI-PROJECT-19K06454, KAKENHI-PROJECT-19K06730, KAKENHI-PROJECT-17K08257, KAKENHI-PUBLICLY-17H05659, KAKENHI-PROJECT-19K22892, KAKENHI-PROJECT-18H03330
[雑誌論文] Computational studies on nonenzymatic pyroglutamylation mechanism of N-terminal glutamic acid residues in aqueous conditions*2019
- 著者名/発表者名
  Nakayoshi Tomoki、Kato Koichi、Kurimoto Eiji、Oda Akifumi
- 雑誌名
  
  Molecular Physics
  
  巻: - 号: 14 ページ: e1702727-e1702727
- DOI
  10.1080/00268976.2019.1702727
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19J23595, KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Computational studies on the mechanisms of nonenzymatic intramolecular cyclization of the glutamine residues located at N-termini catalyzed by inorganic phosphate species2019
- 著者名/発表者名
  Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
- 雑誌名
  
  ACS Omega
  
  巻: 5 号: 16 ページ: 9162-9170
- DOI
  10.1021/acsomega.9b04384
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257, KAKENHI-PROJECT-19J23595
[雑誌論文] Possible Mechanisms of Nonenzymatic Formation of Dehydroalanine Residue Catalyzed by Dihydrogen Phosphate Ion2019
- 著者名/発表者名
  Nakayoshi Tomoki、Kato Koichi、Kurimoto Eiji、Oda Akifumi
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 123 号: 15 ページ: 3147-3155
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.8b10386
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Draft Genome Sequence of Aspergillus terreus High-Itaconic-Acid-Productivity Mutant TN-4842019
- 著者名/発表者名
  Kanamasa Shin、Minami Tomoyuki、Okabe Mitsuyasu、Park Enoch Y.、Fujimoto Tsukasa、Takahashi Anna、Murase Masataka、Fukuyoshi Shuichi、Oda Akifumi、Satou Kenji、Takahashi Hiro
- 雑誌名
  
  Microbiology Resource Announcements
  
  巻: 8 号: 49
- DOI
  10.1128/mra.01170-19
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06454, KAKENHI-PROJECT-17K08257, KAKENHI-PUBLICLY-17H05659, KAKENHI-PROJECT-19K22892, KAKENHI-PROJECT-18H03330
[雑誌論文] Computational Studies on Water-Catalyzed Mechanisms for Stereoinversion of Glutarimide Intermediates Formed from Glutamic Acid Residues in Aqueous Phase2019
- 著者名/発表者名
  Nakayoshi Tomoki、Fukuyoshi Shuichi、Kato Koichi、Kurimoto Eiji、Oda Akifumi
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 20 号: 10 ページ: 2410-2410
- DOI
  10.3390/ijms20102410
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19J23595, KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] ER subtype selectivity of m-carborane-containing phenols: C-alkyl groups on the m-carborane cage enhance ERα selectivity2019
- 著者名/発表者名
  Ohta Kiminori、Ogawa Takumi、Kato Koichi、Oda Akifumi、Endo Yasuyuki
- 雑誌名
  
  Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters
  
  巻: 29 号: 16 ページ: 2290-2293
- DOI
  10.1016/j.bmcl.2019.06.025
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08029, KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Computational Studies on the Nonenzymatic Deamidation Mechanisms of Glutamine Residues2019
- 著者名/発表者名
  Kato Koichi、Nakayoshi Tomoki、Kurimoto Eiji、Oda Akifumi
- 雑誌名
  
  ACS Omega
  
  巻: 4 号: 2 ページ: 3508-3513
- DOI
  10.1021/acsomega.8b03199
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] スクシンイミドおよびグルタルイミド構造に対する古典的分子力場パラメータの評価2019
- 著者名/発表者名
  仲吉朝希、加藤紘一、福吉修一、栗本英治、小田彰史
- 雑誌名
  
  名城大学総合研究所総合学術研究論文集
  
  巻: 18 ページ: 19-28
- NAID
  40022135713
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Three dimensional structures of putative, primitive proteins to investigate the origin of homochirality2019
- 著者名/発表者名
  Oda Akifumi、Nakayoshi Tomoki、Kato Koichi、Fukuyoshi Shuichi、Kurimoto Eiji
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 9 号: 1 ページ: 11594-11594
- DOI
  10.1038/s41598-019-48134-z
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19J23595, KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Selective and competitive inhibition of kynurenine aminotransferase 2 by glycyrrhizic acid and its analogues2019
- 著者名/発表者名
  Yoshida Yukihiro、Fujigaki Hidetsugu、Kato Koichi、Yamazaki Kyoka、Fujigaki Suwako、Kunisawa Kazuo、Yamamoto Yasuko、Mouri Akihiro、Oda Akifumi、Nabeshima Toshitaka、Saito Kuniaki
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 9 号: 1 ページ: 10243-10243
- DOI
  10.1038/s41598-019-46666-y
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K07490, KAKENHI-PROJECT-18K19761, KAKENHI-PROJECT-17H04252, KAKENHI-PROJECT-17K01969, KAKENHI-PROJECT-17K08257, KAKENHI-PROJECT-18K15377
[雑誌論文] Functional characterization of 40 CYP2B6 allelic variants by assessing efavirenz 8-hydroxylation2018
- 著者名/発表者名
  Watanabe Takashi、Saito Takahiro、Rico Evelyn Marie Gutierrez、Hishinuma Eiji、Kumondai Masaki、Maekawa Masamitsu、Oda Akifumi、Saigusa Daisuke、Saito Sakae、Yasuda Jun、Nagasaki Masao、Minegishi Naoko、Yamamoto Masayuki、Yamaguchi Hiroaki、Mano Nariyasu、Hirasawa Noriyasu、Hiratsuka Masahiro
- 雑誌名
  
  Biochemical Pharmacology
  
  巻: 156 ページ: 420
- DOI
  10.1016/j.bcp.2018.09.010
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08233, KAKENHI-PROJECT-17K08257, KAKENHI-PROJECT-18K06742, KAKENHI-PROJECT-15K09464
[雑誌論文] Structural differences between the ligand-binding pockets of estrogen receptors alpha and beta2018
- 著者名/発表者名
  Kato K、Fujii K、Nakayoshi T、Watanabe Y、Fukuyoshi S、Ohta K、Endo Y、Yamaotsu N、Hirono S、Kurimoto E、Oda A
- 雑誌名
  
  Journal of Physics: Conference Series
  
  巻: 1136 ページ: 012021-012021
- DOI
  10.1088/1742-6596/1136/1/012021
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Validation of molecular force field parameters for peptides including isomerized amino acids2018
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Ohgi Takahashi
- 雑誌名
  
  Chirality
  
  巻: 30 号: 4 ページ: 332-341
- DOI
  10.1002/chir.22821
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Comparison of the activation energy barrier for succinimide formation from α- and β-aspartic acid residues obtained from density functional theory calculations2018
- 著者名/発表者名
  Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
- 雑誌名
  
  Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics
  
  巻: 1866 号: 7 ページ: 759-766
- DOI
  10.1016/j.bbapap.2017.12.011
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] 分子動力学法による小さいタンパク質の立体構造予測におけるシミュレーション時間の検討2018
- 著者名/発表者名
  加藤紘一、仲吉朝希、福吉修一、栗本英治、小田彰史
- 雑誌名
  
  名城大学総合研究所総合学術研究論文集
  
  巻: 17 ページ: 41-50
- NAID
  40021640439
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Computational studies on non-succinimide-mediated stereoinversion mechanism of aspartic acid residues assisted by phosphate2018
- 著者名/発表者名
  Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Akifumi Oda
- 雑誌名
  
  Molecular Physics
  
  巻: 116 号: 5-6 ページ: 686-696
- DOI
  10.1080/00268976.2017.1414964
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Triazine-Based Cationic Leaving Group: Synergistic Driving Forces for Rapid Formation of Carbocation Species2018
- 著者名/発表者名
  Hikaru Fujita, Satoshi Kakuyama, Shuichi Fukuyoshi, Naoko Hayakawa, Akifumi Oda, Munetaka Kunishima
- 雑誌名
  
  The Journal of Organic Chemistry
  
  巻: 83 号: 8 ページ: 4568-4580
- DOI
  10.1021/acs.joc.8b00331
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257, KAKENHI-PROJECT-17H03970
[雑誌論文] Computational studies on the water-catalyzed stereoinversion mechanism of glutamic acid residues in peptides and proteins2018
- 著者名/発表者名
  Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
- 雑誌名
  
  Chirality
  
  巻: 30 号: 5 ページ: 527-535
- DOI
  10.1002/chir.22841
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Functional characterization of 50 CYP2D6 allelic variants by assessing primaquine 5-hydroxylation2018
- 著者名/発表者名
  Saito Takahiro、Gutierrez Rico Evelyn Marie、Kikuchi Aoi、Kaneko Akira、Kumondai Masaki、Akai Fumika、Saigusa Daisuke、Oda Akifumi、Hirasawa Noriyasu、Hiratsuka Masahiro
- 雑誌名
  
  Drug Metabolism and Pharmacokinetics
  
  巻: 33 号: 6 ページ: 250
- DOI
  10.1016/j.dmpk.2018.08.004
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08233, KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Difference in substrate specificity of carboxylesterase and arylacetamide deacetylase between dogs and humans2018
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Yoshida, Tatsuki Fukami, Takaya Kurokawa, Saki Gotoh, Akifumi Oda, Miki Nakajima
- 雑誌名
  
  European Journal of Pharmaceutical Sciences
  
  巻: 111 ページ: 167-176
- DOI
  10.1016/j.ejps.2017.09.040
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] The assembling mechanism of coiled-coil domains of the yeast cargo receptors Emp46p/47p and the mutational alteration of pH-dependency of complex formation2018
- 著者名/発表者名
  Koichi Kato, Takahisa Furuhashi, Koichi Kato, Akifumi Oda, Eiji Kurimoto
- 雑誌名
  
  Journal of Biochemistry
  
  巻: 163 号: 5 ページ: 441-446
- DOI
  10.1093/jb/mvy011
- NAID
  40021555337
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257, KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102008
[雑誌論文] Effect of the Arg456His mutation on the three-dimensional structure of cytochrome P450 1A2 predicted by molecular dynamics simulations2018
- 著者名/発表者名
  Watanabe Y、Kato K、Fukuyoshi S、Hiratsuka M、Yamaotsu N、Hirono S、Gouda H、Oda A
- 雑誌名
  
  Journal of Physics: Conference Series
  
  巻: 1136 ページ: 012023-012023
- DOI
  10.1088/1742-6596/1136/1/012023
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Functional characterization of 9 CYP2A13 allelic variants by assessment of nicotine C-oxidation and coumarin 7-hydroxylation2018
- 著者名/発表者名
  Masaki Kumondai, Hiroki Hosono, Masamitsu Maekawa, Hiroaki Yamaguchi, Nariyasu Mano, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
- 雑誌名
  
  Drug Metabolism and Pharmacokinetics
  
  巻: 33 号: 1 ページ: 82-89
- DOI
  10.1016/j.dmpk.2017.11.004
- NAID
  210000161998
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Prediction of the three-dimensional structures of histone deacetylase 1 complexed with romidepsin and FK-A52018
- 著者名/発表者名
  Oda A、Kato K、Morino M、Nakayoshi T、Fukuyoshi S、Saijo K、Ishioka C、Kurimoto E
- 雑誌名
  
  Journal of Physics: Conference Series
  
  巻: 1136 ページ: 012019-012019
- DOI
  10.1088/1742-6596/1136/1/012019
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Molecular dynamics study of the interaction between PACAP (6’?38’) and the N-terminal extracellular domain of the human splice variant hPAC1-R-short, aiming at the development of neuropathic pain medicine2018
- 著者名/発表者名
  Watanabe Y、Oda A、Gouda H
- 雑誌名
  
  Journal of Physics: Conference Series
  
  巻: 1136 ページ: 012024-012024
- DOI
  10.1088/1742-6596/1136/1/012024
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Novel androgen receptor full antagonists: Design, synthesis, and a docking study of glycerol and aminoglycerol derivatives that contain p -carborane cages2018
- 著者名/発表者名
  Kaise Asako、Ohta Kiminori、Fujii Shinya、Oda Akifumi、Goto Tokuhito、Endo Yasuyuki
- 雑誌名
  
  Bioorganic & Medicinal Chemistry
  
  巻: 26 号: 13 ページ: 3805-3811
- DOI
  10.1016/j.bmc.2018.06.007
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K08029, KAKENHI-PROJECT-17K08257, KAKENHI-PROJECT-17H03997
[雑誌論文] Influences of conformations of peptides on stereoinversions and/or isomerizations of aspartic acid residues2018
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Ohgi Takahashi
- 雑誌名
  
  Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics
  
  巻: 1866 号: 7 ページ: 783-788
- DOI
  10.1016/j.bbapap.2018.01.006
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Computational studies on cyclic imide formation mechanism of glutamic acid residues catalyzed by two water molecules2018
- 著者名/発表者名
  Nakayoshi T、Kato K、Fukuyoshi S、Takahashi O、Kurimoto E、Oda A
- 雑誌名
  
  Journal of Physics: Conference Series
  
  巻: 1136 ページ: 012020-012020
- DOI
  10.1088/1742-6596/1136/1/012020
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Determination of molecular force field parameters for nitronyl nitroxide derivatives using quantum chemical calculations2017
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto
- 雑誌名
  
  Polyhedron
  
  巻: 136 ページ: 93-101
- DOI
  10.1016/j.poly.2017.03.009
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Functional characterization of 34 CYP2A6 allelic variants by assessment of nicotine C-oxidation and coumarin 7-hydroxylation activities2017
- 著者名/発表者名
  Hiroki Hosono, Masaki Kumondai, Masamitsu Maekawa, Hiroaki Yamaguchi, Nariyasu Mano, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
- 雑誌名
  
  Drug Metabolism and Disposition
  
  巻: 45 号: 3 ページ: 279-285
- DOI
  10.1124/dmd.116.073494
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064, KAKENHI-PROJECT-26460034
[雑誌論文] Theoretical Study on Keto-enol Tautomerization of Glutarimide for Exploration of the Isomerization Reaction Pathway of Glutamic Acid in Proteins Using Density Functional Theory2017
- 著者名/発表者名
  S. Fukuyoshi, T. Nakayoshi, O. Takahashi, A. Oda
- 雑誌名
  
  Molecular Physics
  
  巻: 115 号: 5 ページ: 560-565
- DOI
  10.1080/00268976.2016.1232844
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064, KAKENHI-PROJECT-26460034
[雑誌論文] Validation of Molecular Dynamics Simulations for Prediction of Three-dimensional Structures of Small Proteins2017
- 著者名/発表者名
  Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
- 雑誌名
  
  Molecules
  
  巻: 22 号: 10 ページ: 1716-1716
- DOI
  10.3390/molecules22101716
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Functional characterization of 21 allelic variants of dihydropyrimidinase2017
- 著者名/発表者名
  Eiji Hishinuma, Fumika Akai, Yoko Narita, Masamitsu Maekawa, Hiroaki Yamaguchi, Nariyasu Mano, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
- 雑誌名
  
  Biochemical Pharmacology
  
  巻: 143 ページ: 118-128
- DOI
  10.1016/j.bcp.2017.06.121
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Investigation of substrate recognition for cytochrome P450 1A2 mediated by water molecules using docking and molecular dynamics simulations2017
- 著者名/発表者名
  Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Koichi Kato, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Hiroaki Gouda, Akifumi Oda
- 雑誌名
  
  Journal of Molecular Graphics and Modelling
  
  巻: 74 ページ: 326-336
- DOI
  10.1016/j.jmgm.2017.04.006
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064, KAKENHI-PROJECT-26460034, KAKENHI-PROJECT-17K08257
[雑誌論文] Triethylated chromones with substituted naphthalenes as tubulin inhibitors2016
- 著者名/発表者名
  Kyoko Nakagawa-Goto, Yukako Taniguchi, Yurie Watanabe, Akifumi Oda, Emika Ohkoshi, Ernest Hamel, Kuo-Hsiung Lee, Masuo Goto
- 雑誌名
  
  Bioorganic & Medicinal Chemistry
  
  巻: 24 号: 22 ページ: 6048-6057
- DOI
  10.1016/j.bmc.2016.09.062
- 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064, KAKENHI-PROJECT-26460034, KAKENHI-PROJECT-26462854
[雑誌論文] Whole exome sequencing combined with integrated variant annotation prediction identifies a causative myosin essential light chain variant in hypertrophic cardiomyopathy.2016
- 著者名/発表者名
  Nomura A, Tada H, Teramoto R, Konno T, Hodatsu A, Won HH, Kathiresan S, Ino H, Fujino N, Yamagishi M, Hayashi K.
- 雑誌名
  
  J Cardiol.
  
  巻: 2 号: 2 ページ: 133-9
- DOI
  10.1016/j.jjcc.2015.09.003
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460670, KAKENHI-PROJECT-26460742, KAKENHI-PROJECT-25460648, KAKENHI-PROJECT-25860589, KAKENHI-PROJECT-15K09134
[雑誌論文] Molecular dynamics simulations to investigate the influences of amino acid mutations on protein three-dimensional structures of cytochrome P450 2D6.1, 2, 10, 14A, 51, and 622016
- 著者名/発表者名
  S. Fukuyoshi, M. Kometani, Y. Watanabe, M. Hiratsuka, N. Yamaotsu, S. Hirono, N. Manabe, O. Takahashi, A. Oda
- 雑誌名
  
  PLOS ONE
  
  巻: 11 号: 4 ページ: e0152946-e0152946
- DOI
  10.1371/journal.pone.0152946
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064, KAKENHI-PROJECT-26460034
[雑誌論文] Prediction of Three-dimensional Structures and Structural Flexibilities of Wild-type and Mutant Cytochrome P450 1A2 using Molecular Dynamics Simulations2016
- 著者名/発表者名
  Y. Watanabe, S. Fukuyoshi, M. Hiratsuka, N. Yamaotsu, S. Hirono, O. Takahashi, A. Oda
- 雑誌名
  
  Journal of Molecular Graphics and Modelling
  
  巻: 68 ページ: 48-56
- DOI
  10.1016/j.jmgm.2016.06.006
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064, KAKENHI-PROJECT-26460034
[雑誌論文] Effects of initial settings on computational protein-ligand docking accuracies for several docking programs2015
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 41 号: 10-12 ページ: 1027-1034
- DOI
  10.1080/08927022.2014.917300
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034, KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[雑誌論文] Development of a novel class of tubulin inhibitor from desmosdumotin B with a hydroxylated bicyclic B-ring2015
- 著者名/発表者名
  Nakagawa-Goto K, Oda A, Hamel E, Ohkoshi E, Bastow KF, Lee KH, Goto M
- 雑誌名
  
  J Med Chem
  
  巻: 58 号: 5 ページ: 2378-2389
- DOI
  10.1021/jm501859j
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25293024, KAKENHI-PROJECT-26460034, KAKENHI-PUBLICLY-15H01064, KAKENHI-PROJECT-25670054
[雑誌論文] Prediction of binding modes between protein L-isoaspartyl (D-aspartyl) O-methyltransferase and peptide substrates including isomerized aspartic acid residues using in silico analytic methods for the substrate screening2015
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Ikuhiko Noji, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi
- 雑誌名
  
  Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis
  
  巻: 印刷中ページ: 116-122
- DOI
  10.1016/j.jpba.2015.02.030
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034, KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[雑誌論文] Functional characterization of 20 allelic variants of CYP1A22015
- 著者名/発表者名
  Miyabi Ito, Yuki Katono, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
- 雑誌名
  
  Drug Metabolism and Pharmacokinetics
  
  巻: 30 号: 3 ページ: 247-252
- DOI
  10.1016/j.dmpk.2015.03.001
- NAID
  50014429958
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034, KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[雑誌論文] Functional characterization of 12 allelic variants of CYP2C8 by assessment of paclitaxel 6α-hydroxylation and amodiaquine N-deethylation2015
- 著者名/発表者名
  Chiharu Tsukada, Takahiro Saito, Masamitsu Maekawa, Nariyasu Mano, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
- 雑誌名
  
  Drug Metabolism and Pharmacokinetics
  
  巻: 30 号: 5 ページ: 366-373
- DOI
  10.1016/j.dmpk.2015.07.003
- NAID
  50014429976
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034, KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[雑誌論文] Design and Synthesis of Carborane-containing Estrogen Receptor-beta (ERβ)-Selective Ligands2015
- 著者名/発表者名
  Kiminori Ohta, Takumi Ogawa, Akifumi Oda, Asako Kaise, Yasuyuki Endo
- 雑誌名
  
  Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters
  
  巻: 25 号: 19 ページ: 4174-4178
- DOI
  10.1016/j.bmcl.2015.08.007
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034, KAKENHI-PROJECT-26460151, KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[雑誌論文] Biochemical, biological and structural properties of romidepsin (FK228) and its analogs as novel HDAC/PI3K dual inhibitors.2015
- 著者名/発表者名
  2.Saijo, K.，Imamura, J.，Narita, K.，Oda, A.，Shimodaira, H.，Katoh, T.，Ishioka, C.
- 雑誌名
  
  Cancer Sci
  
  巻: 106 号: 2 ページ: 208-215
- DOI
  10.1111/cas.12585
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24300339, KAKENHI-PROJECT-24590017, KAKENHI-PROJECT-25830110, KAKENHI-PROJECT-26460034, KAKENHI-PROJECT-15K07865
[雑誌論文] Comparison of photoreactions of flutamide in acetonitrile and 2-propanol solvents in the absence of cage-forming compounds2015
- 著者名/発表者名
  Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Akifumi Oda
- 雑誌名
  
  Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry
  
  巻: 298 ページ: 55-61
- DOI
  10.1016/j.jphotochem.2014.10.009
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[雑誌論文] Predicting three-dimensional conformations of peptides constructed of only glycine, alanine, aspartic acid, and valine2015
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Shuichi Fukuyoshi
- 雑誌名
  
  Origins of Life and Evolution of Biospheres
  
  巻: 印刷中号: 1-2 ページ: 183-193
- DOI
  10.1007/s11084-015-9418-5
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034, KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[雑誌論文] Electrocardiographic QRS Fragmentation as a Marker for Myocardial Fibrosis in Hypertrophic Cardiomyopathy.2015
- 著者名/発表者名
  Konno T, Hayashi K, Fujino N, Oka R, Nomura A, Nagata Y, Hodatsu A, Sakata K, Furusho H, Takamura M, Nakamura H, Kawashiri MA, Yamagishi M.
- 雑誌名
  
  J Cardiovasc Electrophysiol.
  
  巻: 26 号: 10 ページ: 1081-1087
- DOI
  10.1111/jce.12742
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K09118, KAKENHI-PROJECT-15K09134, KAKENHI-PROJECT-26460670, KAKENHI-PROJECT-26460742, KAKENHI-PROJECT-25670295, KAKENHI-PROJECT-25860589
[雑誌論文] Estrogenic activity of bis(4-hydroxyphenyl)methanes with cyclic hydrophobic structure2015
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Kojima, Takumi Ogawa, Souichiro Kitao, Manabu Sato, Akifumi Oda, Kiminori Ohta, Yasuyuki Endo
- 雑誌名
  
  Bioorganic & Medicinal Chemistry
  
  巻: 23 号: 21 ページ: 6900-6911
- DOI
  10.1016/j.bmc.2015.09.046
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034, KAKENHI-PROJECT-26460151, KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[雑誌論文] Functional characterization of 21 CYP2C19 allelic variants for clopidogrel 2-oxidation2015
- 著者名/発表者名
  M. Takahashi, T. Saito, M. Ito, C. Tsukada, Y. Katono, H. Hosono, M. Maekawa, M. Shimada, N. Mano, A. Oda, N. Hirasawa, M. Hiratsuka
- 雑誌名
  
  The Pharmacogenomics Journal
  
  巻: 15 号: 1 ページ: 26-32
- DOI
  10.1038/tpj.2014.30
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[雑誌論文] Right ventricular hypertrophy is associated with cardiovascular events in hypertrophic cardiomyopathy: evidence from study with magnetic resonance imaging.2015
- 著者名/発表者名
  Nagata Y, Konno T, Fujino N, Hodatsu A, Nomura A, Hayashi K, Nakamura H, Kawashiri MA, Yamagishi M.
- 雑誌名
  
  Can J Cardiol.
  
  巻: 31 号: 6 ページ: 702-708
- DOI
  10.1016/j.cjca.2014.12.036
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K09118, KAKENHI-PROJECT-15K09134, KAKENHI-PROJECT-26460670, KAKENHI-PROJECT-26460742, KAKENHI-PROJECT-15H04783, KAKENHI-PROJECT-25670295, KAKENHI-PROJECT-25860589
[雑誌論文] Investigation of photoreaction for 2-nitrobenzofuran and its 3-methyl derivative2015
- 著者名/発表者名
  Yurie Watanabe, Tomohiro Tanaka, Shuichi Fukuyoshi, Akifumi Oda
- 雑誌名
  
  Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry
  
  巻: 311 ページ: 137-143
- DOI
  10.1016/j.jphotochem.2015.06.024
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034, KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[雑誌論文] 結合型D-アミノ酸についての計算機的研究2014
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 雑誌名
  
  D-アミノ酸学会誌
  
  巻: 2(1) ページ: 1-6
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[雑誌論文] Increased extent of myocardial fibrosis in genotyped hypertrophic cardiomyopathy with ventricular tachyarrhythmias.2014
- 著者名/発表者名
  Fujita T, Konno T, Yokawa J, Masuta E, Nagata Y, Fujino N, Funada A, Hodatsu A, Kawashiri MA, Yamagishi M, Hayashi K.
- 雑誌名
  
  J Cardiol.
  
  巻: in press 号: 1 ページ: 63-68
- DOI
  10.1016/j.jjcc.2014.10.002
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24591041, KAKENHI-PROJECT-25460648, KAKENHI-PROJECT-15K09134, KAKENHI-PROJECT-26460742, KAKENHI-PROJECT-25860589
[雑誌論文] Fragmented QRS Predicts Heart Failure Progression in Patients With Hypertrophic Cardiomyopathy2014
- 著者名/発表者名
  Nomura A, Konno T, Fujita T, Tanaka Y, Nagata Y, Tsuda T, Hodatsu A, Sakata K, Nakamura H, Kawashiri MA, Fujino N, Yamagishi M, Hayashi K.
- 雑誌名
  
  Circulation Journal
  
  巻: 79 号: 1 ページ: 136-143
- DOI
  10.1253/circj.CJ-14-0822
- NAID
  130004704014
- ISSN
  1346-9843, 1347-4820
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24591041, KAKENHI-PROJECT-24790748, KAKENHI-PROJECT-26460670, KAKENHI-PROJECT-26460742, KAKENHI-PROJECT-15K09134
[雑誌論文] Functional Characterization of Wild-type and 49 CYP2D6 Allelic Variants for <i>N</i>-Desmethyltamoxifen 4-Hydroxylation Activity2014
- 著者名/発表者名
  Yuka Muroi, Takahiro Saito, Masamitsu Takahashi, Kanako Sakuyama, Yui Niinuma, Miyabi Ito, Chiharu Tsukada, Kiminori Ohta, Yasuyuki Endo, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
- 雑誌名
  
  Ｄｒｕｇ　Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ　ａｎｄ　Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ
  
  巻: 29 号: 5 ページ: 360-366
- DOI
  10.2133/dmpk.DMPK-14-RG-014
- NAID
  130004463395
- ISSN
  1347-4367, 1880-0920
- 言語
  英語
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[雑誌論文] Predicting the structures of complexes between phosphoinositide 3-kinase (PI3K) and romidepsin-related compounds for the drug design of PI3K/histone deacetylase dual inhibitors using computational docking and the ligand-based drug design approach.2014
- 著者名/発表者名
  Oda, A.，Saijo, K.，Ishioka, C.，Narita, K.，Katoh, T.，Watanabe, Y.，Fukuyoshi, S.，Takahashi, O.
- 雑誌名
  
  J Mol Graph Model
  
  巻: 54 ページ: 46-53
- DOI
  10.1016/j.jmgm.2014.08.007
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24300339, KAKENHI-PROJECT-24590017, KAKENHI-PROJECT-26460034
[雑誌論文] Evaluation of influence of single nucleotide polymorphisms in cytochrome P450 2B6 on substrate recognition using computational docking and molecular dynamics simulation2014
- 著者名/発表者名
  Kana Kobayashi, Ohgi Takahashi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Yurie Watanabe, Akifumi Oda
- 雑誌名
  
  PLOS ONE
  
  巻: 9
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[雑誌論文] Multi-objective Optimizations for Selections of Protein-Ligand Docking Poses using Pareto Optima as a Consensus Score2014
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Shuichi Fukuyoshi, Ryoichi Nakagaki, Ohgi Takahashi
- 雑誌名
  
  JPS Conference Proceedings
  
  巻: 1 ページ: 16005-16005
- DOI
  10.7566/jpscp.1.016005
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[雑誌論文] Effects of initial settings on computational protein-ligand docking accuracies for several docking programs2014
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 40
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[雑誌論文] Rapid proliferation of activated lymph node CD4+ T Cells is achieved by eliminating gap phases in cell cycle progression.2014
- 著者名/発表者名
  Mishima, T., Toda, S., Ando, Y., Matsunaga, T. and Inobe, M.
- 雑誌名
  
  Cell. Mol. Biol. Lett.
  
  巻: 19 号: 4 ページ: 638-648
- DOI
  10.2478/s11658-014-0219-z
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24510068, KAKENHI-PROJECT-25281017, KAKENHI-PROJECT-25640089
[雑誌論文] Evaluation of influence of single nucleotide polymorphisms in cytochrome P450 2B6 on substrate recognition using computational docking and molecular dynamics simulation2014
- 著者名/発表者名
  K. Kobayashi, O. Takahashi, M. Hiratsuka, N. Yamaotsu, S. Hirono, Y. Watanabe, A. Oda
- 雑誌名
  
  PLOS ONE
  
  巻: 9(5) 号: 5 ページ: 96789-96789
- DOI
  10.1371/journal.pone.0096789
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[雑誌論文] 生命の起源におけるタンパク質ワールド仮説に登場する [GADV]-タンパク質のスレッディングおよびab initioモデリングによる立体構造推定2013
- 著者名/発表者名
  小田彰史、福吉修一、中垣良一
- 雑誌名
  
  Journal of Computer Aided Chemistry
  
  巻: 14 号: 0 ページ: 23-35
- DOI
  10.2751/jcac.14.23
- NAID
  130004428037
- ISSN
  1345-8647
- 言語
  日本語
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[雑誌論文] Evaluations of the conformational search accuracy of CAMDAS using experimental three-dimensional structures of protein-ligand complexes2013
- 著者名/発表者名
  A. Oda, N. Yamaotsu, S. Hirono, Y. Takano, S. Fukuyoshi, R. Nakagaki, O. Takahashi
- 雑誌名
  
  J. Phys. : Conf. Ser
  
  巻: 454 ページ: 12028-12028
- DOI
  10.1088/1742-6596/454/1/012028
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[雑誌論文] Determination of AMBER Force Field Parameters for Thioester by Quantum Chemical Calculations2013
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Shuichi Fukuyoshi, Ryoichi Nakagaki, and Ohgi Takahashi
- 雑誌名
  
  Chemistry Letters
  
  巻: 42 号: 10 ページ: 1206-1208
- DOI
  10.1246/cl.130517
- NAID
  10031201311
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[雑誌論文] Computational Studies on the Repair Mechanism of Peptides Including Isomerized Aspartic Acid Residues by Protein L-Isoaspartyl (D-Aspartyl) O-Methyltransferase2012
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Ikuhiko Noji, Kana Kobayashi, Shuichi Fukuyoshi, Ryoichi Nakagaki, Ohgi Takahashi
- 雑誌名
  
  Peptide Science
  
  巻: 2012 ページ: 253-256
- NAID
  10031161619
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[雑誌論文] Computational studies on the repair mechanism of peptides including isomerized aspartic acid residues by protein L-isoaspartyl (D-aspartyl) O-methyltransferase2012
- 著者名/発表者名
  A. Oda, I. Noji, K. Kobayashi, S. Fukuyoshi, Nakagaki, O. Takahashi
- 雑誌名
  
  Peptide Sci
  
  ページ: 253-256
- NAID
  10031161619
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[雑誌論文] Development of Androgen Recby Application of Ten-vertex p-Carborane as a Novel Hydrophobic Core Structure2012
- 著者名/発表者名
  Shinya Fujii, Kiminori Ohta, Tokuhito Goto, Akifumi Oda, Hiroyuki Masuno, Ysuyuki Endo, Hiroyuki Kagechika
- 雑誌名
  
  Med. Chem. Commun
  
  巻: 3 号: 6 ページ: 680-684
- DOI
  10.1039/c2md00294a
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20390035, KAKENHI-PROJECT-23659051, KAKENHI-PROJECT-23790128, KAKENHI-PROJECT-23790137, KAKENHI-PROJECT-24790115, KAKENHI-PLANNED-22136013
[雑誌論文] Romidepsin (FK228) and its analogs directly inhibit PI3K activity and potently induce apoptosis as HDAC/PI3K dual inhibitors2012
- 著者名/発表者名
  Ken Saijo, Tadashi Katoh, Hideki Shimodaira, Akifumi Oda, Ohgi Takahashi, Chikashi Ishioka
- 雑誌名
  
  Cancer Science
  
  巻: 103 号: 11 ページ: 1994-2001
- DOI
  10.1111/cas.12002
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137, KAKENHI-PROJECT-24300339, KAKENHI-PROJECT-24590017
[雑誌論文] FADおよびFADH2存在下におけるD-アスパラギン酸酸化酵素とD-アスパラギン酸のドッキングシミュレーション2011
- 著者名/発表者名
  小林佳奈, 村上知之, 吉田崇志, 小田彰史, 高橋央宜
- 雑誌名
  
  東北薬科大学研究誌
  
  巻: 58 ページ: 35-40
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[雑誌論文] Brownian dynamics simulations of a wild type and mutants of bovine pancreatic trypsin inhibitors2008
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 雑誌名
  
  Biological & Pharmaceutical Bulletin 31
  
  ページ: 2182-2186
- NAID
  110007005012
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[雑誌論文] ウリジンニリン酸グルクロン酸転移酵素IAIの立体構造予測2008
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 雑誌名
  
  東北薬科大学研究誌 55
  
  ページ: 85-90
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[雑誌論文] Brownian dynamics simulations of a wild type and mutants of bovine pancreatic trypsin inhibitors2008
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Ohgi Takahashi
- 雑誌名
  
  Biological & Pharmaceutical Bulletin 31
  
  ページ: 2182-2186
- NAID
  110007005012
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[雑誌論文] ウリジン二リン酸グルクロン酸転移酵素1A1の立体構造予測2008
- 著者名/発表者名
  小田彰史, 小林佳奈, 高橋央宜
- 雑誌名
  
  東北薬科大学研究誌 55
  
  ページ: 85-90
- NAID
  110008750893
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[雑誌論文] Effects of initial settings on computational protein-ligand docking accuracies for several docking programs
- 著者名/発表者名
  A. Oda, N. Yamaotsu, S. Hirono, Y. Watanabe, S. Fukuyoshi, O. Takahashi
- 雑誌名
  
  Mol. Simul
  
  巻: (in press)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによる野生型および変異型CYP2A13の立体構造の推定2020
- 著者名/発表者名
  日置翔、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
- 学会等名
  日本薬学会第140年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] ヒトおよびイヌのカルボキシルエステラーゼ2の分子動力学シミュレーション2020
- 著者名/発表者名
  中野裕二朗、仲吉朝希、加藤紘一、深見達基、中島美紀、栗本英治、小田彰史
- 学会等名
  日本薬学会第140年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] Computational Analysis on Deamidation Mechanisms of Asparagine Residues Catalyzed by Acetic Acid2020
- 著者名/発表者名
  Tomoki Nakayoshi, Kota Wanita, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
- 学会等名
  60th Sanibel Symposium
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] Computational Studies on Pyroglutamylation Mechanism of N-Terminal Glutamic Acid Residues in Aqueous Conditions2019
- 著者名/発表者名
  Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
- 学会等名
  59th Sanibel Symposium
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] Functional characterization of 11 allelic variants of CYP2C9 identified in 3554 Japanese individuals2019
- 著者名/発表者名
  Kumondai M, Ito A, Saito T, Saito S, Yasuda J, Nagasaki M, Kinoshita K, Yamamoto M, Oda A, Hirasawa N, Hiratsuka M
- 学会等名
  International Conferences on Cytochrome P450
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] Computational studies on nonenzymatic succinimide-formation mechanisms of the aspartic acid residues catalyzed by two water molecules2019
- 著者名/発表者名
  Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
- 学会等名
  The 4th International Conference of D-Amino Acid Research
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] Effects of main chain conformations on succinimide formation from asparagine residues2019
- 著者名/発表者名
  Koichi Kato, Kaho Miura, Tomoki Nakayoshi, Kikuo Tsukamoto, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
- 学会等名
  The 4th International Conference of D-Amino Acid Research
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによるCYP2C8変異体の立体構造解析2019
- 著者名/発表者名
  仲吉朝希、加藤紘一、松浦絵梨、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
- 学会等名
  日本コンピュータ化学会2019秋季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] Influence of the conformations of alpha A-crystallin peptides on the isomerization rates of aspartic acid residues2019
- 著者名/発表者名
  Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
- 学会等名
  The 4th International Conference of D-Amino Acid Research
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによる野生型および変異型ジヒドロピリミジナーゼの構造解析2019
- 著者名/発表者名
  名倉鮎香、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
- 学会等名
  第65回日本薬学会東海支部大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] GADVアミノ酸セットにグルタミン酸が加わることの構造生物学的意味2019
- 著者名/発表者名
  小田彰史、仲吉朝希、加藤紘一、森部聖士、野田奈津子、栗本英治
- 学会等名
  生命の起原および進化学会第44回学術講演会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] 野生型および変異型ジヒドロピリミジナーゼの分子動力学シミュレーション2019
- 著者名/発表者名
  名倉鮎香、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
- 学会等名
  日本薬学会第139年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] 酵素で制御されていない生体内反応についての計算化学的研究2019
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 学会等名
  第7回物理・分析系若手研究者セミナー
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] 日本人3554人の全ゲノム解析から同定されたジヒドロピリミジナーゼ遺伝子多型におけるバリアント酵素の機能変化2019
- 著者名/発表者名
  成田瑶子、菱沼英史、齋藤さかえ、安田純、長﨑正朗、前川正充、小田彰史、平澤典保、平塚真弘
- 学会等名
  日本薬学会第139年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いた野生型および変異型CYP2A6の立体構造の推定2019
- 著者名/発表者名
  野倉里香、仲吉朝希、加藤紘一、松浦絵梨、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
- 学会等名
  日本薬学会第139年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] Theoretical study for the influence of Asp-residue stereoinversion and/or isomerization on the three-dimensional structure of ribonuclease A2018
- 著者名/発表者名
  Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
- 学会等名
  22nd European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによる野生型および変異型シトクロムP450 2C8 の構造および柔軟性の評価2018
- 著者名/発表者名
  松浦絵梨、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
- 学会等名
  第64回日本薬学会東海支部大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] Modification of pH-dependence for coiled-coil assembly by introducing glutamate residue to the hydrophobic surface: computational design and experimental mutagenesis2018
- 著者名/発表者名
  Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
- 学会等名
  22nd European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] Prediction of three-dimensional structures of histone deacetylase 1 complexed with romidepsin and its analog2017
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Koichi Kato, Mayu Morino, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Ken Saijo, Chikashi Ishioka, Eiji Kurimoto
- 学会等名
  XXIX IUPAP Conference on Computational Physics
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] A computational study of racemization mechanism of aspartate residue catalyzed by phosphate ion2017
- 著者名/発表者名
  Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Akifumi Oda
- 学会等名
  The 57th Sanibel Symposium
- 発表場所
  St. Simons Island（USA）
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] ラセミ体のアミノ酸から構築された原始タンパク質の立体構造の推定2017
- 著者名/発表者名
  小田彰史、仲吉朝希、加藤紘一、福吉修一、栗本英治
- 学会等名
  日本薬学会第138年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] Analysis of functional segments in the coiled coil domains of yeast cargo receptors Emp46p/47p and application to pH sensitive devices2017
- 著者名/発表者名
  Koichi Kato, Yukiho Shimizu, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
- 学会等名
  19th International Union of Pure and Applied Biophysics and 11th European Biophysical Societies' Association Congress
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] 計算機によるドッキングで得られた複合体構造候補に対する分子動力学シミュレーション2017
- 著者名/発表者名
  小田彰史、加藤紘一、仲吉朝希、福吉修一、栗本英治
- 学会等名
  第45回構造活性相関シンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] ヒトプロテアソームα 6, α 7 サブユニットにより形成されるリングを応用したタンパク質の集積化2017
- 著者名/発表者名
  栗本英治、神藤彩加、橋本友佳、小田彰史
- 学会等名
  日本薬学会第137年会
- 発表場所
  仙台国際会議場（宮城県仙台市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] Influences of conformations of peptides on stereoinversions and/or isomerizations of aspartic acid residues2017
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Ohgi Takahashi
- 学会等名
  The 3rd International Conference of D-Amino Acid Research
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] ドッキングポーズの選別を分子動力学シミュレーションによって行うことは可能か2017
- 著者名/発表者名
  小田彰史、福吉修一、栗本英治
- 学会等名
  日本薬学会第137年会
- 発表場所
  仙台国際会議場（宮城県仙台市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] 21種類のジヒドロピリミジナーゼ遺伝子多型バリアントの機能解析2017
- 著者名/発表者名
  菱沼英史、赤井文香、成田瑶子、前川正充、山口浩明、眞野成康、小田彰史、平澤典保、平塚真弘
- 学会等名
  日本薬物動態学会第32回年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] D-アミノ酸を含んだ[GADV]-ペプチドの配座探索2017
- 著者名/発表者名
  小田彰史、福吉修一、栗本英治
- 学会等名
  生命の起原および進化学会第42回学術講演会
- 発表場所
  九州工業大学（福岡県飯塚市）
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] ニコチンC-酸化活性およびクマリン7-水酸化活性におけるCYP2A13遺伝子多型バリアント酵素の機能変化2017
- 著者名/発表者名
  公文代將希、細野寛貴、前川正充、小田彰史、平澤典保、平塚真弘
- 学会等名
  日本薬物動態学会第32回年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] A computational study of racemization mechanism of aspartate residue catalyzed by phosphate ion2017
- 著者名/発表者名
  Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Akifumi Oda
- 学会等名
  The 57th Sanibel Symposium
- 発表場所
  St. Simons Island （USA）
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] アミノ酸残基の非酵素的反応はタンパク質構成選択に影響を与えたか2017
- 著者名/発表者名
  仲吉朝希、加藤紘一、福吉修一、栗本英治、小田彰史
- 学会等名
  生命の起原および進化学会第43回学術講演会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] リン酸触媒によるスクシンイミド中間体を経由しないアスパラギン酸残基のラセミ化反応機構2017
- 著者名/発表者名
  仲吉朝希、福吉修一、高橋央宜、小田彰史
- 学会等名
  日本薬学会第137年会
- 発表場所
  仙台国際会議場（宮城県仙台市）
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] 日本人2049人の全ゲノム解析から同定された8種のDHPレアバリント活性変化2017
- 著者名/発表者名
  成田瑶子、菱沼英史、齋藤さかえ、安田純、長﨑正朗、前川正充、小田彰史、平澤典保、平塚真弘
- 学会等名
  第56回日本薬学会東北支部大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] Validation of molecular force field parameters for D-amino acids using quantum chemical calculations of model peptides2017
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Ohgi Takahashi
- 学会等名
  Chirality 2017
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] Evaluations of Density Functionals and Solvation Effect for Racemization Reaction of Amino Acid Residues2017
- 著者名/発表者名
  Shuichi Fukuyoshi, Tomoki Nakayoshi, Ohgi Takahashi, Akifumi Oda
- 学会等名
  The 57th Sanibel Symposium
- 発表場所
  St. Simons Island（USA）
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Effect of the Arg456His mutation on the threedimensional structure of cytochrome P450 1A2 predicted by molecular dynamics simulations2017
- 著者名/発表者名
  Yurie Watanabe, Koichi Kato, Shuichi Fukuyoshi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Hiroaki Gouda, Akifumi Oda
- 学会等名
  XXIX IUPAP Conference on Computational Physics
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K08257
[学会発表] アスパラギン酸残基のラセミ化反応における計算化学的研究2017
- 著者名/発表者名
  福吉修一、仲吉朝希、高橋央宜、小田彰史
- 学会等名
  日本薬学会第137年会
- 発表場所
  仙台国際会議場（宮城県仙台市）
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] 酵母輸送タンパク質Emp46p/47p コイルドコイルドメインのpH 依存的複合体形成における機能セグメントの抽出2017
- 著者名/発表者名
  加藤紘一、池畑美帆、小田彰史、栗本英治
- 学会等名
  日本薬学会第137年会
- 発表場所
  仙台国際会議場（宮城県仙台市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] Evaluations of Density Functionals and Solvation Effect for Racemization Reaction of Amino Acid Residues2017
- 著者名/発表者名
  Shuichi Fukuyoshi, Tomoki Nakayoshi, Ohgi Takahashi, Akifumi Oda
- 学会等名
  The 57th Sanibel Symposium
- 発表場所
  St. Simons Island （USA）
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] 日本人集団で新規に同定されたCYP2C19遺伝子多型バリアントの機能評価2016
- 著者名/発表者名
  齋藤雄大、高橋理充、小田彰史、前川正充、三枝大輔、平澤典保、平塚真弘
- 学会等名
  日本薬物動態学会第31回年会
- 発表場所
  キッセイ文化ホール（長野県松本市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] 酵母輸送タンパク質Emp46p/47pのコイルドコイルのプロリン変異によるpH依存的会合特性の変化2016
- 著者名/発表者名
  加藤紘一、古橋隆久、小田彰史、栗本英治
- 学会等名
  第89回日本生化学会大会
- 発表場所
  仙台国際会議場（宮城県仙台市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] CYP2A6遺伝子多型バリアント酵素の機能変化2016
- 著者名/発表者名
  公文代將希、細野寛貴、前川正充、小田彰史、平澤典保、平塚真弘
- 学会等名
  日本薬物動態学会第31回年会
- 発表場所
  キッセイ文化ホール（長野県松本市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] Evaluations of Force Field Parameters for D-Amino Acid Residues Using Density Functional Theory2016
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Ohgi Takahashi, Shuichi Fukuyoshi
- 学会等名
  56th Sanibel Symposium
- 発表場所
  King and Prince Hotel, St. Simons Island (USA)
- 年月日
  2016-02-16
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Evaluations of Force Field Parameters for D-Amino Acid Residues Using Density Functional Theory2016
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Ohgi Takahashi, Shuichi Fukuyoshi
- 学会等名
  56th Sanibel Symposium
- 発表場所
  King and Prince Hotel, St. Simons Island (USA)
- 年月日
  2016-02-16
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] A computational study of water-assisted cyclization mechanism of glutamate residue2016
- 著者名/発表者名
  Tomoki NAKAYOSHI, Shuichi FUKUYOSHI, Ohgi TAKAHASHI, Akifumi ODA
- 学会等名
  第44回構造活性相関シンポジウム
- 発表場所
  京都大学（京都府京都市）
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] タンパク質中グルタミン酸異性化反応経路に対する計算化学的考察2016
- 著者名/発表者名
  福吉修一、仲吉朝希、高橋央宜、小田彰史
- 学会等名
  第12回D-アミノ酸学会学術講演会
- 発表場所
  高知大学（高知県高知市）
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] [GADV]-ペプチドと[GADS]-ペプチドの2次構造形成能の比較2016
- 著者名/発表者名
  小田彰史、仲吉朝希、福吉修一
- 学会等名
  第41回生命の起原および進化学会学術講演会
- 発表場所
  鳴門教育大学（鳴門）
- 年月日
  2016-03-15
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Theoretical study on keto-enol tautomerization of glutarimide for exploration of the isomerization reaction pathway of glutamic acid in proteins using density functional theory2016
- 著者名/発表者名
  Shuichi Fukuyoshi, Tomoki Nakayoshi, Ohgi Takahashi, Akifumi Oda
- 学会等名
  56th Sanibel Symposium
- 発表場所
  King and Prince Hotel, St. Simons Island (USA)
- 年月日
  2016-02-17
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] 全ゲノム解析から同定された CYP2C9レアバリアント解析評価2016
- 著者名/発表者名
  伊藤暁生、齋藤雄大、長﨑正朗、齋藤さかえ、安田純、小田彰史、平澤典保、平塚真弘
- 学会等名
  第55回日本薬学会東北支部大会
- 発表場所
  奥羽大学（福島県郡山市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いたCYP1A2の基質認識における水分子の役割の予測2016
- 著者名/発表者名
  渡邉友里江、福吉修一、平塚真弘、山乙教之、広野修一、小田彰史
- 学会等名
  日本薬学会第136年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜（横浜）
- 年月日
  2016-03-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] なぜタンパク質は主にL-アミノ酸のみから構築されているのか：構造バイオインフォマティクス手法による推定2016
- 著者名/発表者名
  小田彰史、仲吉朝希、福吉修一
- 学会等名
  日本薬学会第136年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜（横浜）
- 年月日
  2016-03-28
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] D-アミノ酸を含んだ原始タンパク質の立体構造の推定2016
- 著者名/発表者名
  小田彰史、福吉修一、栗本英治
- 学会等名
  第12回D-アミノ酸学会学術講演会
- 発表場所
  高知大学（高知県高知市）
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] 水分子のアシストするタンパク質内グルタミン酸残基のラセミ化反応についての計算化学的検討2016
- 著者名/発表者名
  仲吉朝希、福吉修一、高橋央宜、小田彰史
- 学会等名
  第12回D-アミノ酸学会学術講演会
- 発表場所
  高知大学（高知県高知市）
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Analysis for assembling mechanism of coiledcoil domains in yeast cargo receptor Emp46p/47p and modification of pH-dependence for the complex formation2016
- 著者名/発表者名
  Koichi KATO, Takahisa FURUHASHI, Eiji, KURIMOTO, Akifumi ODA
- 学会等名
  第44回構造活性相関シンポジウム
- 発表場所
  京都大学（京都府京都市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] CONFORMATIONAL ENERGIES AND MOLECULAR FORCE FIELD PARAMETERS FOR NITRONYL NITROXIDE OBTAINED BY QUANTUM CHEMICAL CALCULATIONS2016
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Shuichi Fukuyoshi
- 学会等名
  The 15th International Conference on Molecule-Based Magnets
- 発表場所
  Sendai International Center （Sendai）
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] 限られたアミノ酸のみから原始タンパク質が構築できるか？2016
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 学会等名
  科学研究費補助金新学術領域研究「冥王代生命学の創成」平成28年度中規模ワークショップ
- 発表場所
  東京工業大学（東京都目黒区）
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] CONFORMATIONAL ENERGIES AND MOLECULAR FORCE FIELD PARAMETERS FOR NITRONYL NITROXIDE OBTAINED BY QUANTUM CHEMICAL CALCULATIONS2016
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Shuichi Fukuyoshi
- 学会等名
  The 15th International Conference on Molecule-Based Magnets
- 発表場所
  Sendai International Center （Sendai）
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] ヒトプロテアソームα6,α7サブユニットにより形成されるリングをベースとしたタンパク質の集積化2016
- 著者名/発表者名
  神藤彩加、石原利紗、小田彰史、栗本英治
- 学会等名
  第62回日本薬学会東海支部大会
- 発表場所
  愛知学院大学（愛知県名古屋市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] 水分子のアシストするAsp-Pro配列におけるAspの異性化反応経路探索2016
- 著者名/発表者名
  仲吉朝希、福吉修一、高橋央宜、小田彰史
- 学会等名
  日本薬学会北陸支部第128回例会
- 発表場所
  北陸大学（石川県金沢市）
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Computational study of isomerization reaction route of the aspartic acid2016
- 著者名/発表者名
  Shuichi FUKUYOSHI, Tomoki NAKAYOSHI, Ohgi TAKAHASHI, Akifumi ODA
- 学会等名
  第44回構造活性相関シンポジウム
- 発表場所
  京都大学（京都府京都市）
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Theoretical study on keto-enol tautomerization of glutarimide for exploration of the isomerization reaction pathway of glutamic acid in proteins using density functional theory2016
- 著者名/発表者名
  Shuichi Fukuyoshi, Tomoki Nakayoshi, Ohgi Takahashi, Akifumi Oda
- 学会等名
  56th Sanibel Symposium
- 発表場所
  King and Prince Hotel, St. Simons Island (USA)
- 年月日
  2016-02-17
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Three dimensional structures of primitive proteins generated in the racemic amino acid pool2016
- 著者名/発表者名
  Akifumi ODA, Shuichi FUKUYOSHI, Eiji KURIMOTO
- 学会等名
  第44回構造活性相関シンポジウム
- 発表場所
  京都大学（京都府京都市）
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] タンパク質中グルタルイミドのエノール化反応経路探索2016
- 著者名/発表者名
  福吉修一、仲吉朝希、高橋央宜、小田彰史
- 学会等名
  日本薬学会第136年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜（横浜）
- 年月日
  2016-03-28
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Evaluation of the structural features between estrogen receptor alpha and beta using molecular dynamics simulations2016
- 著者名/発表者名
  Kenichiro FUJII, Shuichi FUKUYOSHI, Noriyuki YAMAOTSU, Shuichi HIRONO, Akifumi ODA
- 学会等名
  第44回構造活性相関シンポジウム
- 発表場所
  京都大学（京都府京都市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] 密度汎関数法を用いたタンパク質中グルタミン酸の異性化経路探索2015
- 著者名/発表者名
  福吉修一、仲吉朝希、高橋央宜、小田彰史
- 学会等名
  第11回D-アミノ酸学会学術講演会
- 発表場所
  シティホールプラザアオーレ長岡（長岡）
- 年月日
  2015-08-25
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Solvent and substituent effect on lifetime of colored form of dinitrobenzylpyridine derivatives2015
- 著者名/発表者名
  Shuichi Fukuyoshi, Tomoki Nakayoshi, Yurie Watanabe, Akifumi Oda
- 学会等名
  Pacifichem 2015
- 発表場所
  Hawaii Convention Center, Honolulu (USA)
- 年月日
  2015-12-17
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Structural prediction of wild-type and mutant CYP1A2 complexed with 7-ethoxyresorufin using docking and molecular dynamics simulations2015
- 著者名/発表者名
  Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Akifumi Oda
- 学会等名
  Pacifichem 2015
- 発表場所
  Hawaii Convention Center, Honolulu (USA)
- 年月日
  2015-12-18
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] D-アミノ酸のための分子力場パラメータの開発および評価2015
- 著者名/発表者名
  小田彰史、福吉修一、高橋央宜
- 学会等名
  第11回D-アミノ酸学会学術講演会
- 発表場所
  シティホールプラザアオーレ長岡（長岡）
- 年月日
  2015-08-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] Structural prediction of wild-type and mutant CYP1A2 complexed with 7-ethoxyresorufin using docking and molecular dynamics simulations2015
- 著者名/発表者名
  Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Akifumi Oda
- 学会等名
  Pacifichem 2015
- 発表場所
  Hawaii Convention Center,Honolulu (USA)
- 年月日
  2015-12-18
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] Investigation of the substrate recognition for cytochrome P450 1A2 mediated by water molecules using docking and molecular dynamics simulations2015
- 著者名/発表者名
  渡邉友里江, 福吉修一, 平塚真弘, 山乙教之, 広野修一, 小田彰史
- 学会等名
  第43回構造活性相関シンポジウム
- 発表場所
  新潟日報メディアシップ（新潟）
- 年月日
  2015-09-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] D-アミノ酸のための分子力場パラメータの開発および評価2015
- 著者名/発表者名
  小田彰史、福吉修一、高橋央宜
- 学会等名
  第11回D-アミノ酸学会学術講演会
- 発表場所
  シティホールプラザアオーレ長岡（長岡）
- 年月日
  2015-08-25
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Solvent and substituent effect on lifetime of colored form of dinitrobenzylpyridine derivatives2015
- 著者名/発表者名
  Shuichi Fukuyoshi, Tomoki Nakayoshi, Yurie Watanabe, Akifumi Oda
- 学会等名
  Pacifichem 2015
- 発表場所
  Hawaii Convention Center,Honolulu (USA)
- 年月日
  2015-12-17
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] Evaluation of structual differences between estrogen receptor α and β using the ligand binding site search program HBOP/HBSITE2015
- 著者名/発表者名
  Kenichiro Fujii, Shuichi Fukuyoshi, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Akifumi Oda
- 学会等名
  Pacifichem 2015
- 発表場所
  Hawaii Convention Center, Honolulu (USA)
- 年月日
  2015-12-18
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] 小さいタンパク質の立体構造および二次構造を分子動力学法で予測できるか？2015
- 著者名/発表者名
  小田彰史、福吉修一
- 学会等名
  日本薬学会第135年会
- 発表場所
  神戸サンボーホール（神戸）
- 年月日
  2015-03-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] Influence of Genetic Polymorphism on Complex Structure of CYP1A2 with 7-Ethoxyresorufin Predicted by Docking and Molecular Dynamics Simulation2015
- 著者名/発表者名
  Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Akifumi Oda
- 学会等名
  19th International Conference on Cytochrome P450
- 発表場所
  National Olympics Memorial Youth Center (Tokyo)
- 年月日
  2015-06-13
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Structural predictions of primitive proteins including only limited types of amino acids2015
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda
- 学会等名
  8th Astrobiology Workshop
- 発表場所
  東京工業大学（東京）
- 年月日
  2015-11-28
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] Influence of Genetic Polymorphism on Complex Structure of CYP1A2 with 7-Ethoxyresorufin Predicted by Docking and Molecular Dynamics Simulation2015
- 著者名/発表者名
  Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Akifumi Oda
- 学会等名
  19th International Conference on Cytochrome P450
- 発表場所
  National Olympics Memorial Youth Center (Tokyo)
- 年月日
  2015-06-13
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] 限られたアミノ酸のみからなる原始タンパク質の立体構造の推定2015
- 著者名/発表者名
  小田彰史、仲吉朝希、福吉修一
- 学会等名
  日本コンピュータ化学会2015秋季年会
- 発表場所
  函館市地域交流まちづくりセンター（函館）
- 年月日
  2015-10-31
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Fragmented QRS improves prediction ability of the Risk-SCD calculator for sudden cardiac death in Japanese patients with hypertrophic cardiomyopathy.2015
- 著者名/発表者名
  Teramoto R, Konno T, Tada H, Tsuda T, Hodatsu A, Sakata K, Hayashi K, Fujino N, Kawashiri MA, Yamagishi M.
- 学会等名
  European Society of Cardiology, Annual congress in 2015
- 発表場所
  London, UK
- 年月日
  2015-08-29
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K09134
[学会発表] Study of racemization reaction route of the glutamic acid assisted by water molecules2015
- 著者名/発表者名
  福吉修一, 仲吉朝希, 高橋央宜, 小田彰史
- 学会等名
  第43回構造活性相関シンポジウム・第10回薬物の分子設計と開発に関する日中シンポジウム
- 発表場所
  新潟日報メディアシップ（新潟）
- 年月日
  2015-09-28
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Structural comparison between wild-type and mutant N-acetyltransferase 2 using molecular dynamics simulation2015
- 著者名/発表者名
  村田瑛理子，福吉修一，山乙教之，広野修一，小田彰史
- 学会等名
  第43回構造活性相関シンポジウム・第10回薬物の分子設計と開発に関する日中シンポジウム
- 発表場所
  新潟日報メディアシップ（新潟）
- 年月日
  2015-09-28
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] Evaluation of structual differences between estrogen receptor α and β using the ligand binding site search program HBOP/HBSITE2015
- 著者名/発表者名
  Kenichiro Fujii, Shuichi Fukuyoshi, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Akifumi Oda
- 学会等名
  Pacifichem 2015
- 発表場所
  Hawaii Convention Center,Honolulu (USA)
- 年月日
  2015-12-18
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] タンパク質中グルタミン酸の分子内環化反応についての量子化学計算2015
- 著者名/発表者名
  仲吉朝希、福吉修一、高橋央宜、小田彰史
- 学会等名
  日本薬学会北陸支部第127回例会
- 発表場所
  富山大学（富山）
- 年月日
  2015-11-15
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] Structural predictions of primitive proteins including only limited types of amino acids2015
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda
- 学会等名
  8th Astrobiology Workshop
- 発表場所
  東京工業大学（東京）
- 年月日
  2015-11-28
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01064
[学会発表] PI3KがHDAC阻害剤ロミデプシンを認識する機構の分子動力学シミュレーションによる解析2014
- 著者名/発表者名
  小田彰史,西條憲,石岡千加史,加藤正,福吉修一,中垣良一,高橋央宜
- 学会等名
  日本薬学会第134年会
- 発表場所
  熊本大学(熊本)
- 年月日
  2014-03-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] PREDICTIONS OF BINDING MODES BETWEEN PROTEIN L-ISOASPARTYL (D-ASPARTYL) O-METHYLTRANSFERASE AND LIGANDS2014
- 著者名/発表者名
  Akifumi ODA, Ikuhiko NOJI, Shuichi FUKUYOSHI, Ohgi TAKAHASHI
- 学会等名
  The 2nd International Conference of D-Amino Acid Research
- 発表場所
  Tochigi Prefectural Culture Center (Utsunomiya)
- 年月日
  2014-09-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] 分子動力学法による小さいタンパク質の立体構造の推定2014
- 著者名/発表者名
  小田彰史、福吉修一
- 学会等名
  第42回構造活性相関シンポジウム
- 発表場所
  くまもと森都心プラザ（熊本）
- 年月日
  2014-11-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] カルボランのAMBER力場パラメータの開発2014
- 著者名/発表者名
  小田彰史、太田公規、遠藤泰之、福吉修一
- 学会等名
  第37回情報化学討論会
- 発表場所
  豊橋商工会議所（豊橋）
- 年月日
  2014-11-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] 野生型および変異型CYP2B6 の柔らかさが薬物代謝に与える影響の推定2014
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Kana Kobayashi, Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Ohgi Takahashi
- 学会等名
  第52回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター（札幌）
- 年月日
  2014-09-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] Investigations for Conformations of [GADV]-peptides Using Molecular Dynamics Simulations2014
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Shuichi Fukuyoshi
- 学会等名
  Origins 2014
- 発表場所
  Nara Prefecture New Public Hall (Nara)
- 年月日
  2014-07-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] タンパク質中D-アミノ酸残基のin silico解析2013
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 学会等名
  ERATO浅野プロジェクト講演会・酵素化学工学セミナー
- 発表場所
  富山県立大学(射水)
- 年月日
  2013-11-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] PI3KがHDAC阻害剤ロミデプシンを認識する機構についてリガンドベース手法と構造ベース手法を組み合わせて計算機的に解明する2013
- 著者名/発表者名
  小田彰史,西條憲,石岡千加史,加藤正,福吉修一,中垣良一,高橋央宜
- 学会等名
  日本薬学会第133年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(横浜)
- 年月日
  2013-03-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] タンパク質中に残基として含まれるD-アミノ酸をコンピュータで取り扱う2013
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 学会等名
  第9回D-アミノ酸研究会学術講演会
- 発表場所
  関西大学(吹田)
- 年月日
  2013-09-06
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] チオエステル周辺のAMBER力場の開発および評価2013
- 著者名/発表者名
  小田彰史,福吉修一,中垣良一,高橋央宜
- 学会等名
  第51回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  京都国際会議場(京都)
- 年月日
  2013-10-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] Effects of Initial Settings on Computational Protein-Ligand Docking Accuracies for several Docking Programs2013
- 著者名/発表者名
  A. Oda, N. Yamaotsu, S. Hirono, Y. Watanabe, Fukuyoshi, R. Nakagaki, O. Takahashi
- 学会等名
  3rd International Conference on Molecular Simulation
- 発表場所
  Kobe International Conference Center(Kobe)
- 年月日
  2013-11-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] Computational studies on substrate recognition mechanism of protein L-soaspartyl (D-aspartyl) O-methyltransferase2013
- 著者名/発表者名
  A. Oda, I. Noji, K. Kobayashi, S. Fukuyoshi, R. Nakagaki, O. Takahashi
- 学会等名
  International Conference on Structural Genomics 2013 -Structural Life Science-
- 発表場所
  Keio Plaza Hotel Sapporo(Sapporo)
- 年月日
  2013-07-31
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] Novel consensus scoring strategy for evaluations of protein-ligand docking poses using multiobjective optimization2013
- 著者名/発表者名
  A. Oda, S. Fukuyoshi, R. Nakagaki, O. Takahashi
- 学会等名
  The 12th Asia Pacific Physics Conference
- 発表場所
  Makuhari Messe(Chiba)
- 年月日
  2013-07-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] Prediction of the complex structure between PI3K and romidepsin (FK-228) for drug design of PI3K/HDAC dual inhibitors2012
- 著者名/発表者名
  A. Oda, K. Saijo, C. Ishioka, T. Katoh, S. Fukuyoshi, R. Nakagaki, O. Takahashi
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会
- 発表場所
  タワーホール船堀(東京)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] 残基としてD-アミノ酸を含む系の分子力学計算のための力場パラメータの評価2012
- 著者名/発表者名
  小田彰史,高橋央宜
- 学会等名
  第12回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  名古屋国際会議場(名古屋)
- 年月日
  2012-06-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] Prediction of the Complex Structure between PI3K and Romidepsin (FK-228) for Drug Design of PI3K/HDAC Dual Inhibitors2012
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Ken Saijo, Chikashi Ishioka, Tadashi Katoh, Shuichi Fukuyoshi, Ryoichi Nakagaki, Ohgi Takahashi
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会
- 発表場所
  タワーホール船堀（東京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] タンパク質-リガンドドッキングにおける多目的最適化の有用性の評価2012
- 著者名/発表者名
  小田彰史,高橋央宜,福吉修一,中垣良一
- 学会等名
  日本コンピュータ化学会2012秋季年会
- 発表場所
  山形大学(山形)
- 年月日
  2012-10-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] ヒトPIMTがL-β-AspとD-α-Aspの両方を認識する機構についての計算機的研究2012
- 著者名/発表者名
  小田彰史,小林佳奈,高橋央宜
- 学会等名
  日本薬学会第132年会
- 発表場所
  北海道大学(札幌)
- 年月日
  2012-03-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] Evaluations of conformational search accuracy of CAMDAS using experimental three-dimensional structures of protein-ligand complexes2012
- 著者名/発表者名
  A. Oda, N. Yamaotsu, S. Hirono, Y. Takano, S. Fukuyoshi, R. Nakagaki, O. Takahashi
- 学会等名
  Conference on Computational Physics 2012
- 発表場所
  Nichii Gakkan conference center(Kobe)
- 年月日
  2012-10-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] Pareto optimal consensus score for evaluations of protein-ligand complex structures2011
- 著者名/発表者名
  A. Oda, O. Takahashi
- 学会等名
  CBI/JSBi 2011
- 発表場所
  Kobe international conference center(Kobe)
- 年月日
  2011-11-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] アミノ酸残基の立体反転についての計算機的研究2011
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 学会等名
  2011年度CACフォーラム一泊研修会
- 発表場所
  リゾーピア熱海(熱海)
- 年月日
  2011-10-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] Validation of quantum chemical methods for geometrical optimizations of sulfonamide derivatives2011
- 著者名/発表者名
  A. Oda, Y. Takano, O. Takahashi
- 学会等名
  XVIth International Workshop on Quantum Systems in Chemistry and Physics
- 発表場所
  Ishikawa Prefecture Museum of Art(Kanazawa)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] 異性化アスパラギン酸を含むペプチドに対する分子力学計算の妥当性の評価2011
- 著者名/発表者名
  小田彰史,小林佳奈,高橋央宜
- 学会等名
  第39回構造活性相関シンポジウム
- 発表場所
  東京理科大学(野田)
- 年月日
  2011-11-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] 非金属元素に対する高次項を含んだ電荷平衡法2011
- 著者名/発表者名
  小田彰史,小林佳奈,高橋央宜
- 学会等名
  平成23年度化学系学協会東北大会
- 発表場所
  東北大学(仙台)
- 年月日
  2011-09-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] NAT2の補酵素およびアミノ酸残基がイソニアジドのドッキングに果たす役割についての計算機的研究2008
- 著者名/発表者名
  小田彰史, 高橋央宜
- 学会等名
  第36回構造活性相関シンポジウム
- 発表場所
  神戸
- 年月日
  2008-11-02
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[学会発表] N-アセチルトランスフェラーゼ2の基質認識部位に関する計算化学的検討2008
- 著者名/発表者名
  小田彰史, 高橋央宜
- 学会等名
  日本分子生物学会第8回春季シンポジウム
- 発表場所
  札幌
- 年月日
  2008-05-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[学会発表] Computational Studies for Ligand Recognition Mechanisms of DrugMetabolizing Enzymes by Using Molecular Simulations2008
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Kana Kobayashi, Ohgi Takahashi
- 学会等名
  Simulations, The 2nd Taiwan-Japan Young Researchers Conference on Computational and Systems Biology
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2008-11-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[学会発表] Computational Studies for Ligand Recognition Mechanisms of Drug Metabolizing Enzymes by Using Molecular Simulations2008
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 学会等名
  The 2nd Taiwan-Japan Young Researchers Conference on Computational and Systems Biology
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2008-11-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[学会発表] チオエステル基周辺の構造変化に伴ったエネルギーの変化に関する量子化学的研究2008
- 著者名/発表者名
  小田彰史, 高橋央宜, 鷹野優
- 学会等名
  第46回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  福岡
- 年月日
  2008-12-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[学会発表] Computational studies for the role of the disulfide bond in UGT1A1 by using homology modeling and molecular dynamics simulations2008
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Kana Kobayashi, Ohgi Takahashi
- 学会等名
  CBI Annual Meeting 2008 International Symposium
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2008-10-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[学会発表] チオェステル基周辺の構造変化に伴ったエネルギーの変化に関する量子化学的研究2008
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 学会等名
  第46回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  福岡
- 年月日
  2008-12-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[学会発表] Computational studies for the role of the disulfide bond in UGTIAI by using homology modeling and molecular dynamics simulations2008
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 学会等名
  CBI Annual Meeting 2008 International Symposium
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2008-10-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[学会発表] 計算化学手法によるスルホンアミド誘導体の立体構造解析2008
- 著者名/発表者名
  小田彰史、高橋央宜、松崎久夫、鷹野優
- 学会等名
  日本化学会第88春季年会
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2008-03-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[学会発表] N-アセチルトランスフェラーゼ2のリガンド認識機構の計算機的検討2008
- 著者名/発表者名
  小田彰史、高橋央宜、松崎久夫
- 学会等名
  日本薬学会第128年会
- 発表場所
  横浜
- 年月日
  2008-03-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[学会発表] タンパク質-リガンド複合体予測構造の分子シミュレ-ションによる評価2007
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  横浜
- 年月日
  2007-12-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[学会発表] タンパク質-リガンド複合体予測構造の分子シミュレーションによる評価2007
- 著者名/発表者名
  小田彰史, 鷹野優, 中村春木, 山乙教之, 広野修一, 高橋央宜, 松崎久夫
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  横浜
- 年月日
  2007-12-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19850019
[学会発表] Novel consensus scoring strategy for evaluations of protein-ligand docking poses using multiobjective optimization
- 著者名/発表者名
  A. Oda, S. Fukuyoshi, R. Nakagaki, O. Takahashi
- 学会等名
  The 12th Asia Pacific Physics Conference
- 発表場所
  Makuhari Messe (Chiba)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] Effects of Initial Settings on Computational Protein-Ligand Docking Accuracies for several Docking Programs
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Ryoichi Nakagaki, Ohgi Takahashi
- 学会等名
  3rd International Conference on Molecular Simulation
- 発表場所
  Kobe International Conference Center (Kobe)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] チオエステル周辺のAMBER力場の開発および評価
- 著者名/発表者名
  小田彰史, 福吉修一, 中垣良一, 高橋央宜
- 学会等名
  第51回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  京都国際会議場（京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] PI3KがHDAC阻害剤ロミデプシンを認識する機構についてリガンドベース手法と構造ベース手法を組み合わせて計算機的に解明する
- 著者名/発表者名
  小田彰史、西條憲、石岡千加史、加藤正、福吉修一、中垣良一、高橋央宜
- 学会等名
  日本薬学会第133年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜（神奈川県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] Pareto optimal consensus score for evaluations of protein-ligand complex structures
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Ohgi Takahashi
- 学会等名
  CBI/JSBi 2011
- 発表場所
  Kobe international conference center (Kobe)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] タンパク質－リガンドドッキングにおける多目的最適化の有用性の評価
- 著者名/発表者名
  小田彰史、高橋央宜、福吉修一、中垣良一
- 学会等名
  日本コンピュータ化学会2012秋季年会
- 発表場所
  山形大学（山形県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] 残基としてD-アミノ酸を含む系の分子力学計算のための力場パラメータの評価
- 著者名/発表者名
  小田彰史、高橋央宜
- 学会等名
  第12回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  名古屋国際会議場（愛知県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] 異性化アスパラギン酸を含むペプチドに対する分子力学計算の妥当性の評価
- 著者名/発表者名
  小田彰史, 小林佳奈, 高橋央宜
- 学会等名
  第39回構造活性相関シンポジウム
- 発表場所
  東京理科大学（野田）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] Computational studies on substrate recognition mechanism of protein L-isoaspartyl (D-aspartyl) O-methyltransferase
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Ikuhiko Noji, Kana Kobayashi, Shuichi Fukuyoshi, Ryoichi Nakagaki, Ohgi Takahashi
- 学会等名
  International Conference on Structural Genomics 2013 -Structural Life Science-
- 発表場所
  Keio Plaza Hotel Sapporo (Sapporo)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] 非金属元素に対する高次項を含んだ電荷平衡法
- 著者名/発表者名
  小田彰史, 小林佳奈, 高橋央宜
- 学会等名
  平成23年度化学系学協会東北大会
- 発表場所
  東北大学（仙台）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] TEDB-TB analogs as new classes of tubulin inhibitors
- 著者名/発表者名
  Kyoko Nakagawa-Goto, Akifumi Oda, Ernest Hamel, Emika Ohkoshi, Bastow F Kenneth, Kuo-Hsiung Lee, Masuo Goto
- 学会等名
  246th ACS National Meeting
- 発表場所
  Indiana Convention Center (Indianapolis)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] アミノ酸残基の立体反転についての計算機的研究
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 学会等名
  2011年度ＣＡＣフォーラム一泊研修会(招待講演)
- 発表場所
  リゾーピア熱海（熱海）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] Validation of quantum chemical methods for geometrical optimizations of sulfonamide derivatives
- 著者名/発表者名
  Akifumi Oda, Yu Takano and Ohgi Takahashi
- 学会等名
  XVIth International Workshop on Quantum Systems in Chemistry and Physics
- 発表場所
  Ishikawa Prefecture Museum of Art (Kanazawa)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] タンパク質中D-アミノ酸残基のin silico解析
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 学会等名
  ERATO浅野プロジェクト講演会・酵素化学工学セミナー
- 発表場所
  富山県立大学（射水）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] ヒトPIMTがL-β-AspとD-α-Aspの両方を認識する機構についての計算機的研究
- 著者名/発表者名
  小田彰史, 小林佳奈, 高橋央宜
- 学会等名
  日本薬学会第132年会
- 発表場所
  北海道大学（札幌）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] タンパク質中に残基として含まれるD-アミノ酸をコンピュータで取り扱う
- 著者名/発表者名
  小田彰史
- 学会等名
  第9回D-アミノ酸研究会学術講演会
- 発表場所
  関西大学（吹田）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] PI3KがHDAC阻害剤ロミデプシンを認識する機構の分子動力学シミュレーションによる解析
- 著者名/発表者名
  小田彰史、西條憲、石岡千加史、加藤正、福吉修一、中垣良一、高橋央宜
- 学会等名
  日本薬学会第134年会
- 発表場所
  熊本市総合体育館（熊本）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137
[学会発表] PREDICTION OF THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES AND STRUCTURAL FLEXIBILITIES OF WILD-TYPE AND MUTANT CYTOCHROME P450 1A2 BY MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS
- 著者名/発表者名
  Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Akifumi Oda
- 学会等名
  19th North American ISSX Meeting and 29th JSSX Annual Meeting
- 発表場所
  Hilton San Francisco, San Francisco (USA)
- 年月日
  2014-10-19 – 2014-10-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26460034
[学会発表] Evaluations of conformational search accuracy of CAMDAS using experimental three-dimensional structures of protein-ligand complexes
- 著者名/発表者名
  A. Oda, N. Yamaotsu, S. Hirono, Y. Takano, S. Fukuyoshi, R. Nakagaki, O. Takahashi
- 学会等名
  Conference on Computational Physics 2012
- 発表場所
  Nichii Gakkan conference center（兵庫県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23790137

1. 松永司 (60192340)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 1件
2. 猪部学 (10312414)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
3. 若杉光生 (80345595)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
4. 国嶋崇隆 (10214975)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
5. 後藤享子 (50180245)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 西永真理 (10646681)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 遠藤良夫 (30211783)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 今野哲雄 (50377389)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
9. 林研至 (00422642)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
10. 脇本博子

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 後藤益生

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
12. 高橋広夫

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
13. 太田公規

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 3件
14. 町田千代子

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
15. 金政真

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
16. 中川享子

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
17. 川尻剛照

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 3件
18. 遠藤泰之

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 3件
19. 石岡千加史

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
20. 加藤正

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
21. 西條憲

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
22. 藤野陽

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
23. 寳達明彦

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
24. 藤井晋也

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
25. 影近弘之

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
26. 山本康子

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
27. 藤垣英嗣

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

小田 彰史 Oda Akifumi

研究課題

研究成果

共同研究者

COを反応物・触媒とする化学反応の量子化学計算：非酵素的に生体分子は作れるか？研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

薬物代謝酵素の動的構造揺らぎがリガンドおよび水分子の認識に与える影響研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ホスホリラーゼ異常リン酸化による心不全発症機序の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

限られたアミノ酸のみから原始タンパク質が構築できるか？研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

薬物代謝酵素の立体構造および柔らかさは遺伝多型によってどのように変わるか？研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ケミカルバイオロジーを利用したヒトヌクレオチド除去修復機構の解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

シスプラチン抵抗性関連因子ＥＲＣＣ１の分解を誘導する新規低分子化合物の解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

多目的最適化と対話型最適化を利用した蛋白質－リガンドドッキングプログラムの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

遺伝多型を持つ薬物代謝酵素のリガンド認識機構についての計算機的研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] Theory, Kinetics and Implementation (D. E. Garcia, et al., Eds.), chapter 22012

著者名/発表者名

出版者

データソース

[図書] Quantum Systems in Chemistry and Physics: Progress in Methods and Applications2012

著者名/発表者名

出版者

データソース

[図書] Quantum Systems in Chemistry and Physics: Progress in Methods and Applications (K. Nishikawa, et al., Eds.), chapter 172012

著者名/発表者名

データソース

[雑誌論文] CYP2D6 genotyping analysis and functional characterization of novel allelic variants in a Ni-Vanuatu and Kenyan population by assessing dextromethorphan O-demethylation activity2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Antiproliferative Aspidosperma-Type Monoterpenoid Indole Alkaloids from Bousigonia mekongensis Inhibit Tubulin Polymerization2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Draft Genome Sequence of Saccharomyces cerevisiae Strain Pf-1, Isolated from Prunus mume2019

小田彰史 Oda Akifumi