岡崎圭一 Okazaki Kei-ichi

研究者番号	50792529
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設), 計算科学研究センター, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2022年度 – 2025年度: 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設), 計算科学研究センター, 准教授 2020年度: 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設), 計算科学研究センター, 准教授 2018年度 – 2019年度: 分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 特任准教授
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43040:生物物理学関連 / 学術変革領域研究区分(Ⅱ)
キーワード	研究代表者分子シミュレーション / ATP合成酵素 / 構造予測AI / AlphaFold / 生体分子モーター / GTP / 細胞膜 / 生体分子マシン / 構造変化 / 粗視化モデル … もっと見る / ダイナミン / 細胞膜変形分子マシン / 生体膜マイクロチップ / 疎水性ゲート / 基質輸送速度 / 遷移パス / 分子動力学シミュレーション / トランスポーター隠す

AlphaFoldと分子シミュレーションの統合による分子モーターの構造変化制御研究代表者
- 研究代表者
  
  岡崎圭一
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2026
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅱ)
- 研究機関
  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設)
細胞膜変形分子マシンの動作メカニズム：多量体形成と構造変化による膜変形の理論研究研究代表者
- 研究代表者
  
  岡崎圭一
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設)
トランスポーターの基質輸送速度を変える変異の理論的予測研究代表者
- 研究代表者
  
  岡崎圭一
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設)
  分子科学研究所

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019 2018

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Accelerated Molecular Dynamics and AlphaFold Uncover a Missing Conformational State of Transporter Protein OxlT2024
- 著者名/発表者名
  Ohnuki Jun、Jaunet-Lahary Titouan、Yamashita Atsuko、Okazaki Kei-ichi
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry Letters
  
  巻: 15 号: 3 ページ: 725-732
- DOI
  10.1021/acs.jpclett.3c03052
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K14160, KAKENHI-PROJECT-23K23858
[雑誌論文] Optimizing Go-MARTINI Coarse-Grained Model for F-BAR Protein on Lipid Membrane2021
- 著者名/発表者名
  Mahmood Md. Iqbal、Poma Adolfo B.、Okazaki Kei-ichi
- 雑誌名
  
  Frontiers in Molecular Biosciences
  
  巻: 8 ページ: 619381-619381
- DOI
  10.3389/fmolb.2021.619381
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[雑誌論文] Learning reaction coordinates via cross-entropy minimization: Application to alanine dipeptide2020
- 著者名/発表者名
  Mori Yusuke、Okazaki Kei-ichi、Mori Toshifumi、Kim Kang、Matubayasi Nobuyuki
- 雑誌名
  
  The Journal of Chemical Physics
  
  巻: 153 号: 5 ページ: 054115-054115
- DOI
  10.1063/5.0009066
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-20H05221, KAKENHI-PROJECT-18H02415, KAKENHI-PROJECT-19H04206, KAKENHI-PROJECT-18K05049, KAKENHI-PROJECT-18H01188
[雑誌論文] Chemical-State-Dependent Free Energy Profile from Single-Molecule Trajectories of Biomolecular Motors: Application to Processive Chitinase2020
- 著者名/発表者名
  Okazaki Kei-ichi、Nakamura Akihiko、Iino Ryota
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 124 号: 30 ページ: 6475-6487
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.0c02698
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415, KAKENHI-PROJECT-18H02418
[雑誌論文] キチン加水分解酵素は熱ゆらぎを利用して1方向に動きながら結晶性バイオマスを分解する2019
- 著者名/発表者名
  NAKAMURA Akihiko、OKAZAKI Kei-ichi、FURUTA Tadaomi、SAKURAI Minoru、IINO Ryota
- 雑誌名
  
  生物物理
  
  巻: 59 号: 6 ページ: 330-333
- DOI
  10.2142/biophys.59.330
- NAID
  130007750992
- ISSN
  0582-4052, 1347-4219
- 言語
  日本語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[雑誌論文] Curvature induction and sensing of the F-BAR protein Pacsin1 on lipid membranes via molecular dynamics simulations2019
- 著者名/発表者名
  Mahmood Md. Iqbal、Noguchi Hiroshi、Okazaki Kei-ichi
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 9 号: 1 ページ: 14557-14557
- DOI
  10.1038/s41598-019-51202-z
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[雑誌論文] Mechanism of the electroneutral sodium/proton antiporter PaNhaP from transition-path shooting2019
- 著者名/発表者名
  Okazaki Kei-ichi、Wohlert David、Warnau Judith、Jung Hendrik、Yildiz Ozkan、Kuhlbrandt Werner、Hummer Gerhard
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 10 号: 1 ページ: 1742-1742
- DOI
  10.1038/s41467-019-09739-0
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[雑誌論文] Ion Binding and Selectivity of the Na+/H+ Antiporter MjNhaP1 from Experiment and Simulation2019
- 著者名/発表者名
  Warnau Judith、Wohlert David、Okazaki Kei-ichi、Yildiz Ozkan、Gamiz-Hernandez Ana P.、Kaila Ville R. I.、Kuhlbrandt Werner、Hummer Gerhard
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 124 号: 2 ページ: 336-344
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.9b08552
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[学会発表] Molecular Simulation and Statistical Inference of Functional Motions of Biomolecular Machines2023
- 著者名/発表者名
  Kei-ichi Okazaki
- 学会等名
  The 5th R-CCS International Symposium: Fugaku and Beyond
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23858
[学会発表] Dynamin-1 assembly and membrane tubule constriction mechanism revealed by coarse-grained simulations2023
- 著者名/発表者名
  Md. Iqbal Mahmood, Shintaroh Kubo, and Kei-ichi Okazaki
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23858
[学会発表] Conformational dynamics of transporter proteins revealed by molecular simulation and AlphaFold22023
- 著者名/発表者名
  Kei-ichi Okazaki
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23858
[学会発表] Coarse-grained simulations of curvature induction and sensing of the F-BAR protein Pacsin1 on lipid membranes2022
- 著者名/発表者名
  Kei-ichi Okazaki
- 学会等名
  The 6th Telluride Workshop on Coarse-Grained Modeling of Structure and Dynamics of Biomacromolecules
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23858
[学会発表] 生体分子マシンにおける機能発現ダイナミクスの解明とその制御2021
- 著者名/発表者名
  岡崎圭一
- 学会等名
  第1回生体分子シミュレーション・モデリング研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[学会発表] Mechanism of Na+/H+ antiporter from transition path sampling and engineering of a faster transporter2020
- 著者名/発表者名
  Kei-ichi Okazaki
- 学会等名
  Frontiers of Computational Physics from meV to MeV
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[学会発表] 分子モーターの１方向性運動モデルの新規推定法の開発 ―キチナーゼへの応用2020
- 著者名/発表者名
  岡崎圭一
- 学会等名
  第10回分子モーター討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[学会発表] Curvature induction and sensing of the F-BAR protein Pacsin1 on lipid membranes via molecular dynamics simulations2020
- 著者名/発表者名
  Kei-ichi Okazaki
- 学会等名
  第58回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[学会発表] 遷移パスサンプリングによる膜輸送タンパク質の基質輸送メカニズムの解明2019
- 著者名/発表者名
  岡崎圭一
- 学会等名
  スーパーコンピュータワークショップ2018
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[学会発表] Molecular simulation and modeling of functional dynamics in FoF1 ATP synthase2019
- 著者名/発表者名
  Kei-ichi Okazaki
- 学会等名
  2nd Tokyo ATPase Workshop
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[学会発表] Dynamic energy landscape of a linear motor chitinase from single-particle tracking trajectories2019
- 著者名/発表者名
  Kei-ichi Okazaki
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[学会発表] 生体分子マシンにおける機能ダイナミクスの解明2018
- 著者名/発表者名
  岡崎圭一
- 学会等名
  生物物理若手の会第58回夏の学校
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[学会発表] Transport mechanism of sodium/proton antiporter from transition-path simulations2018
- 著者名/発表者名
  Kei-ichi Okazaki
- 学会等名
  the 2nd workshop on Advances in Theory and Computation of Complex Systems --- Biological Systems
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[学会発表] Mechanism of electroneutral sodium/proton antiporter from transition-path shooting2018
- 著者名/発表者名
  Kei-ichi Okazaki
- 学会等名
  Institute Seminar, Max-Planck Institute of Biophysics
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415
[学会発表] Mechanism of Na+/H+ antiporter from transition-path simulations: Making faster transporter based on mechanism2018
- 著者名/発表者名
  Kei-ichi Okazaki
- 学会等名
  Workshop: Trends in Computational Molecular Biophysics
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02415

1. 渡邉力也 (30540108)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
2. 金鋼

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
3. 大貫隼

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

岡崎 圭一 Okazaki Kei-ichi

研究課題

研究成果

共同研究者

AlphaFoldと分子シミュレーションの統合による分子モーターの構造変化制御研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

細胞膜変形分子マシンの動作メカニズム：多量体形成と構造変化による膜変形の理論研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

トランスポーターの基質輸送速度を変える変異の理論的予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Accelerated Molecular Dynamics and AlphaFold Uncover a Missing Conformational State of Transporter Protein OxlT2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Optimizing Go-MARTINI Coarse-Grained Model for F-BAR Protein on Lipid Membrane2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Learning reaction coordinates via cross-entropy minimization: Application to alanine dipeptide2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

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[雑誌論文] Chemical-State-Dependent Free Energy Profile from Single-Molecule Trajectories of Biomolecular Motors: Application to Processive Chitinase2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

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[雑誌論文] キチン加水分解酵素は熱ゆらぎを利用して1方向に動きながら結晶性バイオマスを分解する2019

著者名/発表者名

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データソース

[雑誌論文] Curvature induction and sensing of the F-BAR protein Pacsin1 on lipid membranes via molecular dynamics simulations2019

著者名/発表者名

雑誌名

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データソース

[雑誌論文] Mechanism of the electroneutral sodium/proton antiporter PaNhaP from transition-path shooting2019

著者名/発表者名

雑誌名

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[雑誌論文] Ion Binding and Selectivity of the Na+/H+ Antiporter MjNhaP1 from Experiment and Simulation2019

著者名/発表者名

雑誌名

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データソース

[学会発表] Molecular Simulation and Statistical Inference of Functional Motions of Biomolecular Machines2023

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Dynamin-1 assembly and membrane tubule constriction mechanism revealed by coarse-grained simulations2023

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Conformational dynamics of transporter proteins revealed by molecular simulation and AlphaFold22023

著者名/発表者名

学会等名

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[学会発表] Coarse-grained simulations of curvature induction and sensing of the F-BAR protein Pacsin1 on lipid membranes2022

著者名/発表者名

学会等名

岡崎圭一 Okazaki Kei-ichi