中井謙太 Nakai Kenta

研究者番号	60217643
その他のID
所属 (現在)	2020年度: 東京大学, 医科学研究所, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2003年度 – 2020年度: 東京大学, 医科学研究所, 教授 2008年度: 東京大学, 医科学研究所, 准教授 2000年度 – 2002年度: 東京大学, 医科学研究所, 助教授 1998年度: 大阪大学, 細胞生体工学センター, 助教授 1995年度: 大阪大学, 細胞生体工学センター, 助教授 1991年度 – 1994年度: 岡崎国立共同研究機構, 基礎生物学研究所, 助手
審査区分/研究分野	研究代表者生物系 / 基礎ゲノム科学 / 生物物理学 / 生命・健康・医療情報学研究代表者以外生物系 / ゲノム生物学 / ゲノム生物学 / 人体病理学 / 遺伝・染色体動態 / 小区分57040:口腔再生医学および歯科医用工学関連 / 小区分43050:ゲノム生物学関連
キーワード	研究代表者データベース / RNAスプライシング / 配列解析 / 異常スプライシング / ゲノム / 選択的スプライシング / ゲノム配列解析 / 転写制御領域 / 転写開始点 / モチーフ … もっと見る研究代表者以外ゲノム / ホヤ / メダカ / 感覚器 / ゲノム解析 / 配列解析 / マウス / 遺伝子発現 / 発現制御 / 遺伝子 / 転写調節 / 発生・分化 / タンパク質立体構造予測 / ES細胞 / 再生医療 / 脳 / 進化 / RNA スプライシング / ル-ルベ-ス・システム / エキソン予測 / デ-タベ-ス / 知識情報処理 / スプライシング異常 / 胚 / 発生 / cDNAライブラリ / シーケンス / 胚発生 / 神経発生 / バイオテクノロジー / 蛋白質 / 生体分子 / エピジェネティクス / マイクロアレイ / DNAメチル化 / miRNA / DNAメチル / mRNA品質管理 / 生殖細胞 / エキソン連結部複合体 / 細胞質スプライシング / 線虫 / 異常スプライシング / 性決定遺伝子 / RNA品質管理 / 核酸 / 性決定 / 神経系 / 小分子RNA / ゲノム機能発現 / 遺伝子発現調節 / RNAスプライシング / 核外輸送 / 品質管理 / 翻訳制御 / スプライシング / RNAの核外輸送 / 遺伝子機能予測 / データベース / ネットワーク / 分子間相互作用 / パスウェイ / 遺伝子疾患 / Genome analysis / Gene function prediction / Protein structure prediction / Database / Network / Molecular interactions / Pathway / Genetic diseases / ゲノム情報科学 / バイオインフォマティクス / ゲノムオントロジー / テキストからの情報抽出 / ゲノムデータベースからの知識発見 / 構造ゲノム科学 / 遺伝子ネットワーク / タンパク質相互作用解析 / 知識発見 / genome information science / bioinformatics / genome ontology / information extraction from literature / data mining from genome databases / structural genomics / gene networks / protein interaction analyses / 奇形腫 / システム病理学 / 多能性幹細胞 / エピゲノム / メチル化解析 / ヒト幹細胞 / 人体バイオリソース / 泌尿生殖器・内分泌 / 機械学習 / ディープラーニング / クリティカルエピゲノム / 眼 / プラコード / 神経堤 / エンハンサー同定 / リカレントネットワーク / 細胞種特異的エンハンサー / 特徴抽出 / Optimization / Genetic Algorithm / DNA / motif finding / 神経堤細胞 / 間葉系幹細胞 / 歯根膜細胞 / 分化誘導 / 細胞分化 / ES/iPS細胞 / 細胞ソース / 歯周組織再生 / ヒトES細胞 / iPS細胞 / 網膜隠す

脊椎動物の頭部の進化を可能にしたゲノム基盤の解明継続中
- 研究代表者
  
  日下部岳広
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分43050:ゲノム生物学関連
- 研究機関
  甲南大学
ES細胞を基軸とした歯周組織再生担当細胞の分化制御メカニズムの解明継続中
- 研究代表者
  
  岩田隆紀
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分57040:口腔再生医学および歯科医用工学関連
- 研究機関
  東京医科歯科大学
   東京女子医科大学
パーソナルゲノム時代の組織特異的エンハンサー予測アルゴリズム研究研究代表者
- 研究代表者
  
  中井謙太
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2019
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  東京大学
機械学習と遺伝的アルゴリズムを用いたエンハンサーの同定とモデル化受入研究者継続中
- 受入研究者
  
  中井謙太
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2019
- 研究種目
  
  特別研究員奨励費
- 研究分野
  
  遺伝・染色体動態
- 研究機関
  東京大学
ゲノム配列情報解釈のための染色体構造情報データベースの構築研究代表者
- 研究代表者
  
  中井謙太
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2017
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
脊椎動物の中枢神経系と感覚器の複雑化を可能にしたゲノム基盤の解明
- 研究代表者
  
  日下部岳広
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2018
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  ゲノム生物学
- 研究機関
  甲南大学
奇形腫病理の機械学習解析に基づくヒトｉＰＳ・ＥＳ細胞のクリティカルエピゲノム同定
- 研究代表者
  
  梅澤明弘
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2019
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  人体病理学
- 研究機関
  国立研究開発法人国立成育医療研究センター
ゲノム情報正常発現を保証するスプライシング未完了RNAの核内繋留機構
- 研究代表者
  
  坂本博
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  ゲノム生物学
- 研究機関
  神戸大学
モデル脊索動物を用いた神経系細胞の個性化を司るゲノム情報発現ネットワークの解明
- 研究代表者
  
  日下部岳広
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2015
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  ゲノム生物学
- 研究機関
  甲南大学
異常スプライシングＲＮＡの網羅的同定とその意義の解明
- 研究代表者
  
  坂本博
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2013
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  ゲノム生物学
- 研究機関
  神戸大学
転写因子とシス調節ＤＮＡの核内動態に基づく細胞特異的転写調節ロジックの解明
- 研究代表者
  
  日下部岳広
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2012
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  ゲノム生物学
- 研究機関
  甲南大学
網羅的エピゲノムデータのモチーフ解析によるmiRNAの転写制御への関与の検討
- 研究代表者
  
  畑田出穂
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2009
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  群馬大学
ホヤゲノムにコードされる小分子RNAの包括的探索研究代表者
- 研究代表者
  
  中井謙太
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2010
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  基礎ゲノム科学
- 研究機関
  東京大学
完全長cDNAライブラリーを利用したトランスクリプトーム解析と技術開発
- 研究代表者
  
  菅野純夫
- 研究期間 (年度)
  2005 – 2009
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
カタユウレイボヤの転写制御領域に関する情報学的モデル構築とその検証研究代表者
- 研究代表者
  
  中井謙太
- 研究期間 (年度)
  2005 – 2006
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  基礎ゲノム科学
- 研究機関
  東京大学
配列情報からの規則性の発見研究代表者
- 研究代表者
  
  中井謙太
- 研究期間 (年度)
  2003 – 2004
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
配列情報に潜む規則性の発見研究代表者
- 研究代表者
  
  中井謙太
- 研究期間 (年度)
  2000 – 2004
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
ゲノム情報科学の新展開(総括班)
- 研究代表者
  
  高木利久
- 研究期間 (年度)
  2000 – 2005
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
ゲノムの生物知識情報
- 研究代表者
  
  金久實
- 研究期間 (年度)
  1996 – 2000
- 研究種目
  
  特定領域研究(A)
- 研究機関
  京都大学
タンパク質細胞内局在部位予測知識ベースシステムの改良・発展研究代表者
- 研究代表者
  
  中井謙太
- 研究期間 (年度)
  1995
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  大阪大学
マウス胚発生過程で特異的に働く遺伝子群の解析
- 研究代表者
  
  大久保公策
- 研究期間 (年度)
  1995
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  大阪大学
モデル生物ゲノム配列情報のデータベース解析研究代表者
- 研究代表者
  
  中井謙太
- 研究期間 (年度)
  1995
- 研究種目
  
  奨励研究(A)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  大阪大学
新しい視点に立つRNAスプライス部位子測法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  中井謙太
- 研究期間 (年度)
  1994
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  岡崎国立共同研究機構
マウス胚発生過程で特異的に働く遺伝子群の解析
- 研究代表者
  
  大久保公策
- 研究期間 (年度)
  1994
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  大阪大学
データベースと人工知能を用いたRNAスプライス部位選択に関する研究研究代表者
- 研究代表者
  
  中井謙太
- 研究期間 (年度)
  1993
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  岡崎国立共同研究機構
データベースと人工知能を用いたRNAスプライス部位選択に関する研究研究代表者
- 研究代表者
  
  中井謙太
- 研究期間 (年度)
  1992
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  岡崎国立共同研究機構
デ-タベ-スと人工知能を用いたRNAスプライス部位選択に関する研究
- 研究代表者
  
  坂本博
- 研究期間 (年度)
  1991
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  京都大学

[図書] Genome Structure, Functional Genomics, and Proteomics in Ascidians. In: Paul Denny, Chittaranjan Kole (Eds) Genome Mapping and Genomics in Laboratory Animals: Genome Mapping and Genomics in Animals, Vol. 4.2012
- 著者名/発表者名
  Yasunori Sasakura, Nicolas Sierro, Kenta Nakai, Kazuo Inaba, Takehiro G. Kusakabe
- 総ページ数
  261
- 出版者
  Springer-Verlag, Berlin Heidelberg
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22310120
[図書] Genome Structure, Functional Genomics, and Proteomics in Ascidians. Paul Denny, Chittaranjan Kole (Eds) Genome Mapping and Genomics in Laboratory Animals : Genome Mapping and Genomics in Animals2012
- 著者名/発表者名
  Yasunori Sasakura, Nicolas Sierro, Kenta Nakai, Kazuo Inaba, and Takehiro G. Kusakabe
- 総ページ数
  261
- 出版者
  Springer-Verlag, Berlin Heidelberg
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22310120
[図書] 遺伝子の機能予測概論(情報生物学講義 I-配列情報の科学(松原謙一監修))2004
- 著者名/発表者名
  中井謙太
- 総ページ数
  55
- 出版者
  財団法人国際高等研究所
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Information Science Should Take a Lead in Future Biomedical Research2019
- 著者名/発表者名
  Kenta Nakai
- 雑誌名
  
  Engineering
  
  巻: 5 ページ: 1155-1158
- DOI
  10.1016/j.eng.2019.07.023
- 査読あり / オープンアクセスとしている
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00397
[雑誌論文] Analyzing the 3D chromatin organization coordinating with gene expression regulation in B-cell lymphom2019
- 著者名/発表者名
  Luis A.E. Nagai, Sung-Joon Park and Kenta Nakai
- 雑誌名
  
  BMC Medical Genomics
  
  巻: 11 ページ: 127-127
- DOI
  10.1186/s12920-018-0437-8
- 査読あり / オープンアクセスとしている
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-18H04710, KAKENHI-PROJECT-17K00397
[雑誌論文] Modeling the cis-regulatory modules of genes expressed in developmental stages of Drosophila melanogaster2017
- 著者名/発表者名
  Lopez Yosvany、Vandenbon Alexis、Nose Akinao、Nakai Kenta
- 雑誌名
  
  PeerJ
  
  巻: 5
- DOI
  10.7717/peerj.3389
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00397
[雑誌論文] Differential landscape of non-CpG methylation in embryonic stem cells and neurons caused by DNMT3s2017
- 著者名/発表者名
  Lee Jong-Hun、Park Sung-Joon、Nakai Kenta
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 7 ページ: 11295-11295
- DOI
  10.1038/s41598-017-11800-1
- 査読あり / オープンアクセスとしている
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H01403
[雑誌論文] OpenTein: a database of digital whole-slide images of stem cell-derived teratomas.2016
- 著者名/発表者名
  Park SJ, Komiyama Y, Suemori H, Umezawa A, Nakai K.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res.
  
  巻: 44
- DOI
  10.1093/nar/gkv1096
- NAID
  120006305899
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H04715
[雑誌論文] Genome-wide identification and characterization of transcription start sites and promoters in the tunicate Ciona intestinalis2016
- 著者名/発表者名
  Yokomori, R., Shimai, K., Nishitsuji, K., Suzuki, Y., Kusakabe, T. G., and Nakai K.
- 雑誌名
  
  Genome Research
  
  巻: 26 ページ: 140-150
- DOI
  10.1101/gr.184648.114
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[雑誌論文] The Exon Junction Complex controls the efficient and faithful splicing of a subset of transcripts involved in mitotic cell-cycle progression.2016
- 著者名/発表者名
  Fukumura, K., Wakabayashi, S., Kataoka, N., Sakamoto, H., ;Suzuki, Y., ;Nakai, K., Mayeda, A., Inoue, K.
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 17 ページ: 1153-1153
- DOI
  10.3390/ijms17081153
- NAID
  120005838148
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26290062, KAKENHI-PROJECT-15K14451
[雑誌論文] Characterization of the compact dicistronic microRNA precursor, miR-1/miR-133, expressed specifically in Ciona muscle tissues2013
- 著者名/発表者名
  Rie Kusakabe, Saori Tani, Koki Nishitsuji, Miyuki Shindo, Kohji Okamura, Yuki Miyamoto, Kenta Nakai, Yutaka Suzuki, Takehiro G Kusakabe, Kunio Inoue
- 雑誌名
  
  Gene Exp. Patterns
  
  巻: 13 ページ: 43-50
- DOI
  10.1016/j.gep.2012.11.001
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12J02096, KAKENHI-PROJECT-22310120, KAKENHI-PROJECT-23770250, KAKENHI-PROJECT-23770273, KAKENHI-PLANNED-20112003
[雑誌論文] Cross-validated methods for promoter/transcription start site mapping in SL trans-spliced genes, established using the Ciona intestinalis troponin I gene2011
- 著者名/発表者名
  Parul Khare, Sandra I. Mortimer, Cynthia L. Cleto, Kohji Okamura, Yutaka Suzuki, Takehiro Kusakabe, Kenta Nakai, Thomas H. Meedel, and Kenneth E. M. Hastings
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res.
  
  巻: 39 (7) ページ: 2638-2648
- DOI
  10.1093/nar/gkq1151
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22310120
[雑誌論文] Cross-validated methods forpromoter/transcription start sitemapping in SL trans-spliced genes,established using the Ciona intestinalistroponin I gene2011
- 著者名/発表者名
  P.Khare, S.I.Mortimer, C.L.Cleto, K.Okamura, Y.Suzuki, T.Kusakabe, K.Nakai, T.H.Meedel, K.E.M.Hastings
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res 39(7)
  
  ページ: 2638-2648
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310115
[雑誌論文] Profiling ascidian promoters as the primordial type of vertebrate promoter2011
- 著者名/発表者名
  Kohji Okamura, Riu Yamashita, Noriko Takimoto, Koki Nishitsuji, Yutaka Suzuki, Takehiro G. Kusakabe, and Kenta Nakai
- 雑誌名
  
  BMC Genomics
  
  巻: 12 (Suppl. 3)
- DOI
  10.1186/1471-2164-12-s3-s7
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22310120, KAKENHI-PROJECT-23770273
[雑誌論文] Development2010
- 著者名/発表者名
  A. Kubo, N. Suzuki, X. Yuan, K. Nakai, N. Satoh, K. S. Imai and Y Satou
- 雑誌名
  
  the company of biologists
  
  巻: 137 ページ: 1613-1623
- DOI
  10.1242/dev.046789
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21671004, KAKENHI-PROJECT-22310120, KAKENHI-PROJECT-22870018
[雑誌論文] Positional variations among heterogeneous nucleosome maps give dynamical information on chromatin2010
- 著者名/発表者名
  Yoshiaki Tanaka, Itsuki Yoshimura, and Kenta Nakai
- 雑誌名
  
  Chromosoma.
  
  巻: 119 (4) ページ: 391-404
- DOI
  10.1007/s00412-010-0264-y
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22310120
[雑誌論文] Gradual transitionfrom mosaic to global DNA methylationpatterns during deuterostome evolution2010
- 著者名/発表者名
  Kohji Okamura, Kazuaki A.Matsumoto, Kenta Nakai
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics 11(Suppl7)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310115
[雑誌論文] Comprehensive detection of human terminal oligo-pyrimidine (TOP) genes and analysis of their characteristics2008
- 著者名/発表者名
  Yamashita R, Suzuki Y, Takeuchi N, Wakaguri H, Ueda T, Sugano S, Nakai K.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res.
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17020002
[雑誌論文] Geome-wide demethylation during neural differentiation of P19 embryonal carcinoma cells2008
- 著者名/発表者名
  Hatada I,Morita S, Kimura M, Horii T, Yamashita R & Nakai K
- 雑誌名
  
  J Hum Genet 53
  
  ページ: 185-191
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20016002
[雑誌論文] Markov chain-based promoter structure modeling for tissue- specific expression pattern prediction.2008
- 著者名/発表者名
  Alex Vandenbon, Yuki Miyamoto, Noriko Takimoto, Takehiro Kusakabe Kenta Nakai
- 雑誌名
  
  DNA Res. 15(1)
  
  ページ: 3-11
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17310114
[雑誌論文] Markov chain-based promoter structure modeling for tissue-specific expression pattern prediction2008
- 著者名/発表者名
  Alex Vandenbon, Yuki Miyamoto, Noriko Takimoto, Takehiro Kusakabe, Kenta, Nakai
- 雑誌名
  
  DNA Res. 15(1)
  
  ページ: 3-11
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17310114
[雑誌論文] Intrinsic Promoter Activities of Primary DNA Sequences in the Human Genome.2007
- 著者名/発表者名
  Sakakibara Y, Irie T, Suzuki Y, Yamashita R, Wakaguri H, Kanai A, Chiba J, Takagi T, Mizushima-Sugano J, Hashimoto SI, Nakai K, Sugano S.
- 雑誌名
  
  DNA Res. 14
  
  ページ: 71-77
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17020002
[雑誌論文] Distinct class of putative non-conserved promoters in humans: Comparative studies of alternative promoters of human and mouse genes.2007
- 著者名/発表者名
  Tsuritani K, Irie T, Yamashita R, Sakakibara Y, Wakaguri H, Kanai A, Mizushima-Sugano J, Sugano S, Nakai K, Suzuki Y.
- 雑誌名
  
  Genome Res. 17
  
  ページ: 1005-1014
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17020002
[雑誌論文] Diverse DNA methylation statuses at alternative promoters of human genes in various tissues.2006
- 著者名/発表者名
  Cheong J, Yamada Y, Yamashita R, Irie T, Kanai A, Wakaguri H, Nakai K, Ito T, Saito I, Sugano S, Suzuki Y.
- 雑誌名
  
  DNA Res. 13
  
  ページ: 155-167
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17020002
[雑誌論文] DBTGR:a database of tunicate promoters and their regulatory elements2006
- 著者名/発表者名
  Sierro, N., Kusakabe, T., Park, K.-J., Yamashita, R., Kinoshita, K., Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Nucl.Acids Res. 34
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17310114
[雑誌論文] DBTGR : a database of tunicate promoters and their regulatory elements.2006
- 著者名/発表者名
  Sierro, N., Kusakabe, T., Park, K.-J., Yamashita, R., Kinoshita, K., Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Nuci. Acids Res. 34
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17310114
[雑誌論文] Genome-wide analysis reveals strong correlation between CpG islands with neeaby transcription start sites of genes and their tissue-specificity2005
- 著者名/発表者名
  Yamashita, R., Suzuki, Y., Sugano, S., Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Gene 350 (2)
  
  ページ: 129-136
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Prediction of transcriptional terminators in Bacillus subtilis and related species2005
- 著者名/発表者名
  De Hoon, M.J.L., Makita, Y., Nakai, K., Miyano, S.
- 雑誌名
  
  PLoS Comput. Biol. 1(3)
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Genome-wide analysis reveals strong correlation between CpG islands with nearby transcription start sites of genes and their tissue specificity.2005
- 著者名/発表者名
  Yamashita R, Suzuki Y, Sugano S, Nakai K.
- 雑誌名
  
  Gene 350
  
  ページ: 129-136
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17020002
[雑誌論文] Signal Sequence and Keyword Trap in silico for Selection of Full-Length Human cDNAs Encoding Secretion or Membrane Proteins from Oligo-Capped cDNA Libraries.2005
- 著者名/発表者名
  Kimura, K., Watanabe, A., Suzuki, Y., Ota, T., Nishikawa, T., Yamashita, R., Yamamoto, J., Sekine,M., Tsuritani, K., Ishii, S., Sugiyama, T., Saito, K., Isono, Y., Irie, R., Kushida, N., Yoneyama,T., Otsuka, R., Kanda, K., Yokoi, T., Kondo, H., Wagatsuma, M., Murakawa, K., Ishida, S., Ishibashi,T., Takahashi-Fujii, A., Tanase, T., Nagai, K., Kikuchi, H., Nakai, K., Isogai, T., Sugano, S.
- 雑誌名
  
  DNA Res. 12
  
  ページ: 117-126
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17020002
[雑誌論文] Cancer gene expression database (CGED) : a database for gene expression profiling with accompanying clinical information of human cancer tissues2005
- 著者名/発表者名
  Kato, K., Yamashita, R., Matoba, R., Monden, M., Noguchi, S., Takagi, T., Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Nucl. Acids Res. 33
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Parameter landscape analysis for common motif discovery programs, in Eskin,E. ＆ Workman, C. (eds.) Regulatory Genomics, RECOMB 2004 International Workshop, RRG 2004, San Diego, CA, USA, March 26-27, 2004, Revised Selected Papers.2005
- 著者名/発表者名
  Poluliakh, N., Konno, M., Horton, P., Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Lecture Notes in Computer Science 3318 Springer
  
  ページ: 79-87
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Bayesian joint prediction of associated transcription factors in Bacillus subtilis, Pacific Symposium on Biocomputing 2005 (Altman et al ed.)2005
- 著者名/発表者名
  Makita, Y., De Hoon, M.J.L., Ogasawara, N., Miyano, S., Nakai, K.
- 雑誌名
  
  World Scientific
  
  ページ: 507-518
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Large-scale collection and characterization of promoters of human and mouse genes2004
- 著者名/発表者名
  Suzuki, Y., Yamashita.R., Shirota, M., Sakakibara, Y., Chiba, J., Mizushima-Sugano, J., Kel, A.E., Arakawa, T., Caminci, P., Kawai, J., Hayashizaki, Y., Takagi, T., Nakai, K., Sugano, S.
- 雑誌名
  
  In silico Biol. 4
  
  ページ: 36-36
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] An O(N^2) algorithm for discovering optimal boolean pattern pairs2004
- 著者名/発表者名
  Bannai, H., Hyyro, H., Shinohara, A., Takeda, M., Nakai, K., Miyano, S.
- 雑誌名
  
  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (special section on the Workshop on Algorithms in Bioinformatics) 1(4)
  
  ページ: 159-170
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Finding optimal pairs of cooperative and competing patterns with bounded distance2004
- 著者名/発表者名
  Inenaga, S., Bannai, H., Hyyro, H., Shinohara, A., Takeda, M., Nakai, K., Miyano, S.
- 雑誌名
  
  Lecture Notes in Comp. Sci. (DS 2004) 3245
  
  ページ: 32-46
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Sequence comparison of human and mouse genes reveals a homolgous block structure in the promoter regions2004
- 著者名/発表者名
  Suzuki, Y., Yamashita,..., Nakai, K., Sugano S
- 雑誌名
  
  Genome Research 14
  
  ページ: 1711-1718
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Finding optimal pairs of patterns2004
- 著者名/発表者名
  Bannai, H., Hyyro, H., Shinohara, A., Takeda, M., Nakai, K., Miyano, S.
- 雑誌名
  
  Lecture Notes in Comp. Sci. (WABI 2004) 3240
  
  ページ: 450-462
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] DBTBS : Database of transcriptional regulation in Bacillus subtilis and its contribution to comparative genomics2004
- 著者名/発表者名
  Makita, Y., Nakao, M., Ogasawara, N., Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Nucl. Acids Res. 32
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] DBTSS (DataBase of Transcriptional Start Sites) : Progress Report 20042004
- 著者名/発表者名
  Suzuki, Y., Yamashita, R., Sugano, S., Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Nucl. Acids Res. 32
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Predicting gene regulation by sigma factors in Bacilllus subtilis from genome-wide data2004
- 著者名/発表者名
  De Hoon, M.J.L., Makita, Y., Imoto, S., Kobayashi, K., Ogasawara, N., Nakai, K., Miyano, S.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 20 (Supp. 1)
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Finding optimal pairs of patterns2004
- 著者名/発表者名
  Bannai, H., Hyyro, H., Shinohara, A., Takeda M., Nakai K., Miyano S
- 雑誌名
  
  Lecture Notes in Comp.Sci.(WABI 2004) 3240
  
  ページ: 450-462
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Large-scale collection and characterization of promoters of human and mouse genes2004
- 著者名/発表者名
  Suzuki, Y., Yamashita, R.,..., Nakai, K., Sugano, S.
- 雑誌名
  
  In silico Biol. 4
  
  ページ: 36-36
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] An O(N^2) algorithm for discovering optimal boolean pattern pairs2004
- 著者名/発表者名
  Bannai, H., Hyyro, H., Shinohara, A., Takeda.M., Nakai, K., Miyano, S.
- 雑誌名
  
  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics(special section on the Workshop on Algorithms in Bioinformatics) 1(4)
  
  ページ: 159-170
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] MELINA : motif extraction from promoter regions of potentially co-regulated genes2003
- 著者名/発表者名
  Poluliakh, N., Takagi.T., Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 19(3)
  
  ページ: 423-424
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Cancer gene expression database (CGED):a database for gene expression profiling with accompanying clinical information of human cancer tissues2003
- 著者名/発表者名
  Kato, K., Yamashita, R.,, Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Nucl.Acids Res. 33
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Intrasplicing : analysis of long intron sequences2003
- 著者名/発表者名
  Ott, S., Tamada, Y., Bannai, H., Nakai, K., Miyano, S.
- 雑誌名
  
  Pacific Symposium on Biocomputing 8
  
  ページ: 339-350
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] PSORT-B : Improving protein subcelular localization prediction for Gram-negative bacteria2003
- 著者名/発表者名
  Gardy, J.L., Spencer, C., Wang, K., Ester, M., Tusnady, G.E., Simon, I., Hua, S., deFays, K., Lambert, C., Nakai, K., Brinkman, F.S.L.
- 雑誌名
  
  Nucl. Acids Res. 31(13)
  
  ページ: 3613-3617
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Melina : a web server for motif extraction from promoter regions of potentially co-regulated genes2003
- 著者名/発表者名
  Poluliakh, N., (Nakai, K.)
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 19(3)
  
  ページ: 423-424
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207001
[雑誌論文] Melina : a web server for motif extraction from promoter regions of potentially co-regulated genes2003
- 著者名/発表者名
  Poluliakh, N., Takagi, T., Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 19(3)
  
  ページ: 423-424
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207001
[雑誌論文] The origin and evolution of eukaryotic protein kinases2002
- 著者名/発表者名
  Koike, A., Nakai, K., Takagi, T.
- 雑誌名
  
  Genome Lett. 1(2)
  
  ページ: 83-104
- NAID
  130003997079
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207001
[雑誌論文] Signal peptides, (ed. U. Langel)2002
- 著者名/発表者名
  Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Cell-Penetrating Peptides : Processes and Applications (CRC Press)
  
  ページ: 295-324
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] DBTSS : database of human transcriptional start sites and full-length cDNAs2002
- 著者名/発表者名
  Suzuki, Y., Yamashita, R., Nakai, K., Sugano, S.
- 雑誌名
  
  Nucl. Acids Res. 30(1)
  
  ページ: 328-331
- NAID
  130003997124
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Extensive feature detection of N-terminal protein sorting signals2002
- 著者名/発表者名
  Bannai, H., Tamada, Y., Maruyama, O., Nakai, K., Miyano, S.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 18 (2)
  
  ページ: 298-305
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Prediction of co-regulated genes in Bacillus subtilis on the basis of upstream elements conserved across three closely related species2001
- 著者名/発表者名
  Terai, G., Takagi, T., Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Genome Biology 2 (11)
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Prediction of in vivo fates of proteins in the era of genomics and proteomics2001
- 著者名/発表者名
  Nakai, K. et al.
- 雑誌名
  
  Journal of Structural Biology 134(2/3)
  
  ページ: 103-116
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207001
[雑誌論文] Views : fundamental building blocks in the process of knowledge discovery2001
- 著者名/発表者名
  Bannai, H., Tamada, Y., Maruyama, O., Nakai, K., Miyano, S.
- 雑誌名
  
  14th Int. FLAIRS Conf. 14th Int. FLAIRS Conf.
  
  ページ: 233-238
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Differential display analysis of mutants for the transcription factor Pdrlpregulating multidrug resistance in the budding yeast2001
- 著者名/発表者名
  Miura, F., Yada, T., Nakai, K., Sakaki, Y., Ito, T.
- 雑誌名
  
  FEBS Letters 505
  
  ページ: 103-108
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Prediction of in vivo fates of proteins in the era of genomics and proteomics2001
- 著者名/発表者名
  Nakai, K.
- 雑誌名
  
  J.Struct.Biol. 134 (2/3)
  
  ページ: 103-116
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] A novel bacterial gene-finding system with top-class accuracy in locating start codons2001
- 著者名/発表者名
  Yada, I., Totoki, Y., Takagi, T., Nakai, K.
- 雑誌名
  
  DNA Research 8 (3)
  
  ページ: 97-106
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Assessment of prediction accuracy of protein function from protein-protein interaction data2001
- 著者名/発表者名
  Hishigaki, H., Nakai, K., Ono, T., Tanigami, A., Takagi, T.
- 雑誌名
  
  Yeast 18(6)
  
  ページ: 523-531
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207001
[雑誌論文] Prediction of in vivo fates of proteins in the era of genomics and proteomics2001
- 著者名/発表者名
  Nakai, K.
- 雑誌名
  
  J. Struct. Biol. 134 (2/3)
  
  ページ: 103-116
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Prediction of in vivo fates of proteins in the era of genomics and proteomics2001
- 著者名/発表者名
  Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Journal of Structural Biology 134(2/3)
  
  ページ: 103-116
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207001
[雑誌論文] Assessment of prediction accuracy of protein function from protein-protein interaction data2001
- 著者名/発表者名
  Hishigaki, H., Nakai, K., Ono, T., Tanigami, A., Takagi, T.
- 雑誌名
  
  Yeast 18 (6)
  
  ページ: 523-531
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Protein sorting signals and prediction of subcellular localization2000
- 著者名/発表者名
  Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Adv.Protein Chem. 54
  
  ページ: 277-344
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Protein sorting signals and prediction of subcellular localization2000
- 著者名/発表者名
  Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Adv. Protein Chem. 54
  
  ページ: 277-344
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[雑誌論文] Protein sorting signals and prediction of subcellular localization2000
- 著者名/発表者名
  Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Advances in Protein Chemistry 54
  
  ページ: 277-344
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207001
[雑誌論文] Protein sorting signals and prediction of subcellular localization2000
- 著者名/発表者名
  Nakai, K. et al.
- 雑誌名
  
  Advances in Protein Chemistry 54
  
  ページ: 277-344
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207001
[雑誌論文] Genome-wide analysis reveals strong correlation between CpG islands with nearby transcription start sites of genes and their tissue-specificity
- 著者名/発表者名
  Yamashita, R., Suzuki, Y., Sugano, S., Nakai, K.
- 雑誌名
  
  Gene (In press)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013209
[学会発表] High-Dimensional Outiler Detection Algorithm via Locality Sensitive Hashing2019
- 著者名/発表者名
  Zhuo Qin and Kenta Nakai
- 学会等名
  APSCIT(Asia Pacific Society for Compting and Information Technology)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00397
[学会発表] 錐体視細胞特異的miRNA欠損メダカの網膜トランスクリプトームと視細胞モザイクパターンの解析2019
- 著者名/発表者名
  川上泰治、横森類、坂本倫紀、野口大樹、原田瑞輝、行者蕗、鈴木穣、中井謙太、大道裕、日下部岳広
- 学会等名
  第42回日本分子生物学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00397
[学会発表] ホヤ幼生の遊泳運動におけるGnRH神経系と上衣細胞の役割2019
- 著者名/発表者名
  大川奈菜子，泉有紗，曽谷実玖，大倉正道，中井淳一，堀江健生，久原篤，日下部岳広
- 学会等名
  第42回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04724
[学会発表] 錐体視細胞特異的miRNA欠損メダカの網膜トランスクリプトームと視細胞モザイクパターンの解析2019
- 著者名/発表者名
  川上泰治，緒方翼，横森類，坂本倫紀，野口大樹，原田瑞輝，行者蕗，鈴木穣，中井謙太，大道裕，日下部岳広
- 学会等名
  第42回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04724
[学会発表] Graph-based Semi-Supervised Learning for Off-target Predictions in CRISPR/ Cas9 System2019
- 著者名/発表者名
  Hao Jia and Kenta Nakai
- 学会等名
  APSCIT(Asia Pacific Society for Compting and Information Technology)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00397
[学会発表] UV 錐体特異的miRNA（miR-729）欠損メダカの網膜トランスクリプトームと視細胞モザイクパターンの解析2019
- 著者名/発表者名
  川上泰治，緒方翼，横森類，坂本倫紀，野口大樹，原田瑞輝，行者蕗，鈴木穣，中井謙太，大道裕，日下部岳広
- 学会等名
  日本動物学会第90回大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04724
[学会発表] How DNA sequencers are useful in various ways2019
- 著者名/発表者名
  Kenta Nakai
- 学会等名
  The 19th KIAS Conference on Protein Structure and Function
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00397
[学会発表] Deciphering the architecture of genetic switches encoded in non-coding DNA from massive sequence data2019
- 著者名/発表者名
  Kenta Nakai
- 学会等名
  APSCIT(Asia Pacific Society for Compting and Information Technology)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00397
[学会発表] 統合シングルセル造血トランスクリプトームにおける解析E Pluribus Cellulam: A Study of Aggregated Single-Cell Haematopoietic Transcriptomes2019
- 著者名/発表者名
  PhitLing Tang, Ashwini Patil and Kenta Nakai
- 学会等名
  第42回日本分子生物学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00397
[学会発表] In vivo calcium-imaging reveals a possible role of the GnRH system in larval swimming of Ciona2019
- 著者名/発表者名
  Nanako Okawa, Kotaro Shimai, Masamichi Ohkura, Junichi Nakai, Takeo Horie, Atsushi Kuhara, Takehiro G. Kusakabe
- 学会等名
  10th International Tunicate Meeting, Villefranche-sur-Mer, France
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04724
[学会発表] 脂肪由来幹細胞の運命決定と分化制御に関する時空間特異的ヒストン修飾のin-silico特定In-silico Identification of Spatio-Temporal Histone Modifications Associated with Regulation for Fate Decision and Differentiation of Adipose-derived Stem Cells2019
- 著者名/発表者名
  山谷恭代、朴聖俊、中井謙太
- 学会等名
  第42回日本分子生物学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00397
[学会発表] 錐体視細胞特異的miRNA の機能と脊椎動物の色覚の進化2018
- 著者名/発表者名
  日下部岳広，行者蕗，横森類，鈴木穣，中井謙太，大道裕
- 学会等名
  2018年日本動物学会近畿支部春季研究発表会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04724
[学会発表] The establishment of safety and efficacy evaluation for allogeneic periodontal ligament-derived multipotent mesenchymal stromal cell sheetwith next-generation sequencer2018
- 著者名/発表者名
  Iwata Takanori, Onizuka Satoru, Park Sung-Joon, Tsumanuma Yuka, Nakai Kenta, Izumi Yuichi, Ando Tomohiro
- 学会等名
  5th TERMIS World Congress 2018
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H02985
[学会発表] カルシウムイメージング法によるホヤ幼生gnrh発現細胞の活動記録2018
- 著者名/発表者名
  大川奈菜子，島井光太郎，大倉正道，中井淳一，堀江健生，久原篤，日下部岳広
- 学会等名
  2018年日本動物学会近畿支部春季研究発表会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04724
[学会発表] カタユウレイボヤ幼生gnrh発現細胞の細胞サブタイプの同定と機能解析2018
- 著者名/発表者名
  大川奈菜子，島井光太郎，大西康平，大倉正道，中井淳一，堀江健生，久原篤，日下部岳広
- 学会等名
  第41回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04724
[学会発表] Analyzing the 3D Chromatin Organization Coordinating with Gene Expression Regulation in B-cell Lymphoma2018
- 著者名/発表者名
  Luis A.E. Nagai, Sung-Joon Park and Kenta Nakai
- 学会等名
  The 17th International Conference On BioInformatics(InCoB-2018)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00397
[学会発表] カルシウムイメージング法によるホヤ幼生gnrh発現細胞の活動記録2017
- 著者名/発表者名
  大川奈菜子，島井光太郎，大倉正道，中井淳一，堀江健生，久原篤，日下部岳広
- 学会等名
  ComBio2017生命科学系学会合同年次大会，神戸（2017.12）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04724
[学会発表] 錐体サブタイプ特異的に発現するmiRNAの標的遺伝子の体系的探索2017
- 著者名/発表者名
  小原知輝，大道裕，瓜生藍，行者蕗，横森類，中井謙太，鈴木穣，日下部岳広
- 学会等名
  ComBio2017生命科学系学会合同年次大会，神戸（2017.12）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04724
[学会発表] Targeted deletion of miRNAs and cis-regulatory modules associate with cone opsin genes in medaka2017
- 著者名/発表者名
  Yutaka Daido, Ai Uryu, Rui Yokomori, Kenta Nakai, Yutaka Suzuki, Takehiro G. Kusakabe
- 学会等名
  18th International Congress of Developmental Biology，Singapore（2017.6）
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04724
[学会発表] Analysis of Transcriptional Regulation through a Variety of OMICs Data2017
- 著者名/発表者名
  Kenta Nakai
- 学会等名
  OMICs 2017
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K00397
[学会発表] 原始脊索動物ホヤにおけるtrans-splicingのin silico解析2017
- 著者名/発表者名
  横森類，島井光太郎，日下部岳広，中井謙太
- 学会等名
  ComBio2017生命科学系学会合同年次大会，神戸（2017.12）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04724
[学会発表] Differential expression of Piwi isoforms in the ascidian Ciona intestinalis2016
- 著者名/発表者名
  Kotaro Shimai, Takeo Horie, Rui Yokomori, Koki Nishitsuji, Yasunori Sasakura, Kenta Nakai, Takehiro G. Kusakabe
- 学会等名
  第22回国際動物学会・第87回日本動物学会合同大会
- 発表場所
  沖縄コンベンションセンター（沖縄県宜野湾市）
- 年月日
  2016-11-17
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04724
[学会発表] Calcium imaging and single cell optogenetic analysis of a neural circuit for generating swimming locomotion of the Ciona intestinalis larva2016
- 著者名/発表者名
  Takeo Horie, Masamichi Ohkura, Kotaro Shimai, Ryoko Horie, Yasunori Sasakura, Takehiro Kusakabe, Junichi Nakai, Michael Levine, Masashi Nakagawa
- 学会等名
  第22回国際動物学会・第87回日本動物学会合同大会
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学（沖縄県国頭郡恩納村）
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04724
[学会発表] Piwi and neuronal differentiation in the ascidian central nervous system2015
- 著者名/発表者名
  Kotaro Shimai, Takeo Horie, Rui Yokomori, Koki Nishitsuji, Kenta Nakai, Takehiro G. Kusakabe
- 学会等名
  8th International Tunicate Meeting
- 発表場所
  青森市文化会館（青森県青森市）
- 年月日
  2015-07-14
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[学会発表] A role of Piwi in development of the ascidian central nervous system2015
- 著者名/発表者名
  Kotaro Shimai, Takeo Horie, Rui Yokomori, Koki Nishitsuji, Maki Shirae-Kurabayashi, Akira Nakamura, Rie Kusakabe, Kunio Inoue, Kenta Nakai, Takehiro G. Kusakabe
- 学会等名
  第38回日本神経科学大会
- 発表場所
  神戸ポートアイランド（兵庫県神戸市）
- 年月日
  2015-07-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[学会発表] ホヤ中枢神経系におけるPiwiの役割2015
- 著者名/発表者名
  島井光太郎, 堀江健生，横森類，西辻光希，中井謙太，日下部岳広
- 学会等名
  RNAフロンティアミーティング2015
- 発表場所
  タカミヤヴィレッジホテル樹林（山形県山形市）
- 年月日
  2015-12-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[学会発表] Piwi plays a role in regulating cell differentiation in the ascidian central nervous system2015
- 著者名/発表者名
  Kotaro Shimai, Takeo Horie, Rui Yokomori, Koki Nishitsuji, Kenta Nakai, Takehiro G. Kusakabe
- 学会等名
  第36回日本発生生物学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- 年月日
  2015-06-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[学会発表] Structural and physiological analyses of a neural circuit for swimming locomotion of the Ciona intestinalis larva2015
- 著者名/発表者名
  Takeo Horie, Masamichi Ohkura, Yasunori Sasakura, Takehiro G. Kusakabe, Junichi Nakai, Michael S. Levine, Masashi Nakagawa
- 学会等名
  8th International Tunicate Meeting
- 発表場所
  青森市文化会館（青森県青森市）
- 年月日
  2015-07-14
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[学会発表] 計算機を用いた脊索動物カタユウレイボヤにおける組織特異的シス調節配列の同定2014
- 著者名/発表者名
  横森類、島井光太郎、西辻光希、鈴木穣、日下部岳広、中井謙太
- 学会等名
  第37回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
- 年月日
  2014-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[学会発表] Structural and physiological analysis for a central pattern generator controlling swimming locomotion of the ascidian larva2014
- 著者名/発表者名
  Takeo Horie, Masamichi Ohkura, Takehiro G. Kusakabe, Junichi Nakai, Masashi Nakagawa
- 学会等名
  第91回日本生理学会大会シンポジウム「無脊椎動物から哺乳類へとつながる運動制御の神経回路－Central Pattern Generator研究の最前線－」
- 発表場所
  鹿児島
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[学会発表] ホヤ幼生の遊泳運動神経回路の構造と生理機能の解析2014
- 著者名/発表者名
  堀江健生、大倉正道、日下部岳広、中井淳一、中川将司
- 学会等名
  日本動物学会第85回大会
- 発表場所
  東北大学川内キャンパス（宮城県仙台市）
- 年月日
  2014-09-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[学会発表] カタユウレイボヤにおける転写開始点の網羅的同定とプロモーター解析2014
- 著者名/発表者名
  横森類、島井光太郎、西辻光希、鈴木穣、日下部岳広、中井謙太
- 学会等名
  ホヤ研究会2014
- 発表場所
  筑波大学東京キャンパス（東京都文京区）
- 年月日
  2014-10-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[学会発表] A novel somatic role of Piwi in the central nervous system of the ascidian Ciona intestinalis2013
- 著者名/発表者名
  Kotaro Shimai, Takeo Horie, Koki Nishitsuji, Maki Shirae-Kurabayashi, Akira Nakamura, Rie Kusakabe, Kenta Nakai, Kunio Inoue, Takehiro G. Kusakabe
- 学会等名
  17th International Congress of Developmental Biology
- 発表場所
  Cancun, Mexico
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[学会発表] Molecular characterization of Piwi in the central nervous system of the Ciona larva2013
- 著者名/発表者名
  Kotaro Shimai, Takeo Horie, Koki Nishitsuji, Maki Shirae-Kurabayashi, Akira Nakamura, Rui Yokomori, Kenta Nakai, Takehiro G. Kusakabe
- 学会等名
  7th International Tunicate Meeting
- 発表場所
  Naples, Italy
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[学会発表] カタユウレイボヤにおける転写開始点およびプロモーターの網羅的解析2013
- 著者名/発表者名
  横森類、島井光太郎、西辻光希、鈴木穣、日下部岳広、中井謙太
- 学会等名
  第36回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  神戸
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[学会発表] Functional and structural evidence for a central pattern generator controlling swimming locomotion of the Ciona intestinalis larva2013
- 著者名/発表者名
  Takehiro G. Kusakabe, Koki Nishitsuji, Daisuke Moriguchi, Hiroki Kashiwagi, Kotaro Shimai, Daiske Honda, Masashi Nakagawa, Masamichi Ohkura, Junichi Nakai, Yasunori Sasakura, Takeo Horie
- 学会等名
  7th International Tunicate Meeting
- 発表場所
  Naples, Italy
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[学会発表] Genome-wide analysis of transcription start sites and promoters in Ciona intestinalis2013
- 著者名/発表者名
  Rui Yokomori, Kotaro Shimai, Koki Nishitsuji, Yutaka Suzuki, Takehiro G. Kusakabe, Kenta Nakai
- 学会等名
  7th International Tunicate Meeting
- 発表場所
  Naples, Italy
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25290067
[学会発表] A novel somatic role of Piwi in the central nervous system of the ascidian Ciona intestinalis2013
- 著者名/発表者名
  Kotaro Shimai, Takeo Horie, Koki Nishitsuji, Maki Shirae-Kurabayashi, Akira Nakamura, Rie Kusakabe, Kenta Nakai, Kunio Inoue, Takehiro G. Kusakabe
- 学会等名
  17th International Congress of Developmental Biology
- 発表場所
  Cancun, Mexico
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22310120
[学会発表] Sequence analyses of genetic and epigenetic information for transcriptional regulation2011
- 著者名/発表者名
  Kenta Nakai
- 学会等名
  The 9th Asia Pacific Bioinformatics Conference
- 発表場所
  Incheon, Korea
- 年月日
  2011-01-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22310120
[学会発表] Sequence analyses ofgenetic and epigenetic information fortranscriptional regulation2011
- 著者名/発表者名
  中井謙太
- 学会等名
  The 9th AsiaPacific Bioinformatics Conference(APBC2011)
- 発表場所
  仁川、韓国(keynote speech)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310115
[学会発表] Two EJC core subunits, Y14 and MAG-1, have a novel gatekeeper function in mRNA quality control in the nematode C. elegans2011
- 著者名/発表者名
  Masami Shiimori, Shunichi Wakabayashi, Yutaka Suzuki, Kenta Nakai, Kunio Inoue & Hiroshi Sakamoto
- 学会等名
  The16th annual Meeting of the RNA Society
- 発表場所
  京都国際会館
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23510234
[学会発表] Towards understanding the role of cis-regulatory regions in evolution?2011
- 著者名/発表者名
  Kenta Nakai
- 学会等名
  日本発生生物学会第44回大会
- 発表場所
  沖縄コンベンションセンター(招待講演)
- 年月日
  2011-05-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22310120
[学会発表] Sequence Analyses of genetic and epigenetic information for transcriptional regulation2011
- 著者名/発表者名
  Kenta Nakai
- 学会等名
  The 9th Asia Pacific Bioinformatics Conference
- 発表場所
  Incheon, Korea(招待講演)
- 年月日
  2011-01-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22310120
[学会発表] Gene expression and possible rolesof protein families involved inbiogenesis and functions of small RNAsin the nervous system of the ascidianCiona intestinalis(SW2-04; P-094)2010
- 著者名/発表者名
  一瀬葵、宮本由紀、寺嶋泰子、島井光太郎、西辻光希、白江-倉林麻貴、中村輝、日下部りえ、中井謙太、井上邦夫、日下部岳広
- 学会等名
  日本発生生物学会第43回大会
- 発表場所
  国立京都国際会館(ポスター)、芝蘭会館(サテライトワークショップ)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310115
[学会発表] カタユウレイボヤ脳胞におけるpiwiの新奇機能の解析(1H1700)2010
- 著者名/発表者名
  島井光太郎, 一瀬葵, 宮本由紀, 寺島泰子, 西辻光希, 白江-倉林麻貴, 中村輝, 日下部りえ, 中井謙太, 井上邦夫, 日下部岳広
- 学会等名
  日本動物学会第81回東京大会
- 発表場所
  東京大学教養学部(駒場キャンパス)(口演発表)
- 年月日
  2010-09-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310115
[学会発表] Gene expression patterns andpossible developmental roles of proteinfamilies involved in biogenesis and functions of small noncoding RNAs inCiona intestinalis2010
- 著者名/発表者名
  T.Kusakabe, A.Ichinose, Y.Miyamoto, Y.Terashima, K.Shimai, K.Nishitsuji, M.Shiraekurabayashi, A.Nakamura, R.Kusakabe, K.Nakai, K.Inoue
- 学会等名
  2nd Joint Meeting OfThe SFBD and JSDB 2010-From Cellsto Organs
- 発表場所
  InstitutPasteur-Paris (France)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310115
[学会発表] カタユウレイボヤ脳胞におけるpiwiの新規機能の解析2010
- 著者名/発表者名
  島井光太郎, 一瀬葵、宮本由紀、寺島泰子、西辻光希、白江一倉林麻貴、中村輝、日下部りえ、中井謙太、井上邦夫、日下部岳広
- 学会等名
  (社)日本動物学会第81回大会
- 発表場所
  東京大学教養学部
- 年月日
  2010-09-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310115
[学会発表] Gradual transition from mosaic to global DNA methylation patterns during deuterostome evolution2010
- 著者名/発表者名
  Kohji Okamura, Kazuaki Matsumoto, Kenta Nakai
- 学会等名
  InCoB2010
- 発表場所
  早稲田大学、東京
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310115
[学会発表] Genomic organization, expression and evolution of muscle-specific microRNAs2010
- 著者名/発表者名
  Rie Kusakabe, Saori Tani, Shigehiro Kuraku, Yuki Miyamoto, Kohji Okamura, Kenta Nakai, Takehiro G.Kusakabe, Kunio Inoue
- 学会等名
  The 19th CDB Meeting-RNA Sciences in Cell and Developmental Biology
- 発表場所
  理化学研究所CDB、兵庫県
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310115
[学会発表] Genomic organization and developmental expression of tunicate microRNAs2009
- 著者名/発表者名
  谷沙織、日下部りえ、宮本由紀、岡村浩司、中井謙太、日下部岳広、井上邦夫
- 学会等名
  The 5th International Tunicate meeting
- 発表場所
  沖縄産業支援センター
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310115
[学会発表] Evolution and developmental expression of chordate microRNAs2009
- 著者名/発表者名
  Rie Kusakabe, Saori Tani, Shigehiro Kuraku, Yuki Miyamoto, Kohji Okamura, Kenta Nakai, Takehiro, G.Kusakabe
- 学会等名
  第42回日本発生生物学会大会
- 発表場所
  朱鷺メッセ(新潟)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310115

1. 鈴木穣 (40323646)

共同の研究課題数: 7件

共同の研究成果数: 17件
2. 日下部岳広 (40280862)

共同の研究課題数: 6件

共同の研究成果数: 46件
3. 坂本博 (00187048)

共同の研究課題数: 5件

共同の研究成果数: 2件
4. 宮野悟 (50128104)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
5. 井上邦夫 (40252415)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 9件
6. 高木利久 (30110836)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 3件
7. 大久保公策 (40233069)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
8. 菅野純夫 (60162848)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 6件
9. 橋本真一 (00313099)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
10. 山田智之 (50376604)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
11. 將口栄一 (90378563)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 金久實 (70183275)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 久原哲 (00153320)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
14. 阿久津達也 (90261859)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
15. 松田秀雄 (50183950)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
16. 美宅成樹 (10107542)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
17. 森下真一 (90292854)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
18. 郷通子 (70037290)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
19. 岡本正宏 (40211122)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
20. 坂内英夫 (20323644)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 8件
21. 山下理宇 (10401259)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
22. 梅澤明弘 (70213486)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
23. 丸山修 (20282519)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
24. 土井晃一郎 (10345126)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
25. 畑田出穂 (50212147)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
26. 堀居拓郎 (00361387)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
27. 岡村浩司 (80456194)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 8件
28. 森浩禎 (90182203)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
29. 蓑島伸生 (90181966)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
30. 木下賢吾 (60332293)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
31. 豊田雅士 (50392486)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
32. 秦順一 (90051614)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
33. 岩田隆紀 (60431946)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
34. 福本祥一

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
35. 相澤理丞

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
36. 巳波孝至

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
37. 高崎輝恒

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
38. 浅井潔

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
39. BERTHIER VINCENT

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
40. 佐藤薫

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
41. 佐藤ゆたか

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
42. 日下部りえ

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
43. 朴聖俊

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

中井 謙太 Nakai Kenta

研究課題

研究成果

共同研究者

脊椎動物の頭部の進化を可能にしたゲノム基盤の解明継続中

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ES細胞を基軸とした歯周組織再生担当細胞の分化制御メカニズムの解明継続中

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

パーソナルゲノム時代の組織特異的エンハンサー予測アルゴリズム研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

機械学習と遺伝的アルゴリズムを用いたエンハンサーの同定とモデル化受入研究者継続中

受入研究者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ゲノム配列情報解釈のための染色体構造情報データベースの構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ホヤゲノムにコードされる小分子RNAの包括的探索研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

中井謙太 Nakai Kenta