石田恒 Ishida Hisashi

研究者番号	60360418
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 上席研究員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2023年度: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 上席研究員 2019年度 – 2020年度: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学領域, 上席研究員(定常) 2018年度: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 関西光科学研究所量子生命科学研究部, 上席研究員(定常) 2012年度: 独立行政法人日本原子力研究開発機構, その他部局等, 研究員 2010年度 – 2012年度: 独立行政法人日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 研究副主幹 … もっと見る 2008年度: 独立行政法人日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 研究員 2007年度: 日本原子力研究開発機構, 独立行政法人・日本原子力研究開発機構量子ビーム応用研究部門, 研究職 2006年度: 独立行政法人日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 研究職 2005年度: 独立行政法人, 日本原子力研究開発機構・量子ビーム応用研究部門・中性子生命科学ユニット, 研究職 2005年度: 独立行政法人日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門・中性子生命科学ユニット, 研究職 2004年度: 特殊法人日本原子力研究所, 中性子利用研究センター, 研究員隠す
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43040:生物物理学関連 / 生物系 / 生物物理学 / 生物系研究代表者以外生物物理学
キーワード	研究代表者分子動力学シミュレーション / 自由エネルギー / DNA / ヌクレオソーム / 自由エネルギー計算 / 電子顕微鏡像 / 分子動力学法 / リボソーム / RuvB / RuvA … もっと見る / 酸性アミノ酸 / 自由エネルギー面 / 分岐点移動 / ホリデイ構造 / ドキソルビシン / YOYO1 / SYBR-Gold / インターカレーション / ヒストン / DNA解離 / ねじれ / 遺伝子発現 / 構造変化 / 立体構造構築 / 当てはめ / ラチェット様運動 / チェット様運動 / tRNA転位 / 伸長因子EFG / tRNA 転位 / 伸長因子EF-G / 分子動力学 / 電子顕微鏡 / 自由エネルギー成分解析 / Muts / ATP加水分解 / 損傷DNA修復誘導反応 / ミスマッチDNA認識 / 天然変性タンパク質 / MutS / RuvAB / DNA組換え / モーター蛋白質 / 主成分解析 / X線結晶解析 / 基準振動解析 / 立体構造 / DNA修復 … もっと見る研究代表者以外 RuvA / MutT / molecular dynamics / molecular evolution / DNA photolyase / database / genome / DNA repair protein / アノテーション / 分子動力学 / 分子進化 / DNAホトリアーゼ / データベース / ゲノム / DNA修復タンパク質隠す

インターカレーターが引き起こすDNA・ヌクレオソーム構造変化メカニズム解析研究代表者
- 研究代表者
  
  石田恒
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構
分子動力学シミュレーションによるヌクレオソームの構造変化メカニズム解析研究代表者
- 研究代表者
  
  石田恒
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構
天然変性タンパク質としてのMutSの損傷DNA修復誘導メカニズム解析研究代表者
- 研究代表者
  
  石田恒
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2011
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  独立行政法人日本原子力研究開発機構
タンパク質合成反応サイクルにおけるリボソームの構造変化メカニズム解析研究代表者
- 研究代表者
  
  石田恒
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2012
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  独立行政法人日本原子力研究開発機構
分子シミュレーションによる、DNA組換えをおこすモーター蛋白質の分子機構解明研究代表者
- 研究代表者
  
  石田恒
- 研究期間 (年度)
  2007 – 2008
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  独立行政法人日本原子力研究開発機構
電子顕微鏡像に基づくリボソームの精密な立体構造解析研究代表者
- 研究代表者
  
  石田恒
- 研究期間 (年度)
  2005
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  独立行政法人日本原子力研究開発機構
分子動力学シミュレーションによるDNA修復メカニズムの解明研究代表者
- 研究代表者
  
  石田恒
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2005
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  独立行政法人日本原子力研究開発機構
ダイナミックスと進化情報の融合によるDNA修復関連タンパク質の機能アノテーション
- 研究代表者
  
  由良敬
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2006
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  独立行政法人日本原子力研究開発機構

すべて 2024 2023 2021 2020 2019 2013 2012 2011 2010 2008

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Torsional stress can regulate the unwrapping of two outer half superhelical turns of nucleosomal DNA2021
- 著者名/発表者名
  Ishida Hisashi、Kono Hidetoshi
- 雑誌名
  
  Proceedings of the National Academy of Sciences
  
  巻: 118 号: 7
- DOI
  10.1073/pnas.2020452118
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-18H05534, KAKENHI-PROJECT-18K06173
[雑誌論文] Nucleosome unwrapping and unstacking2020
- 著者名/発表者名
  Kono Hidetoshi、Ishida Hisashi
- 雑誌名
  
  Current Opinion in Structural Biology
  
  巻: 64 ページ: 119-125
- DOI
  10.1016/j.sbi.2020.06.020
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-18H05534, KAKENHI-PROJECT-18K06173
[雑誌論文] Free energy profile for unwrapping outer superhelical turn of CENP-A nucleosome2019
- 著者名/発表者名
  Kono Hidetoshi、Sakuraba Shun、Ishida Hisashi
- 雑誌名
  
  Biophysics and Physicobiology
  
  巻: 16 号: 0 ページ: 337-343
- DOI
  10.2142/biophysico.16.0_337
- NAID
  130007752747
- ISSN
  2189-4779
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06173, KAKENHI-PLANNED-18H05534
[雑誌論文] Molecular Dynamics Simulation System for structural analysis of biomolecules by high performance computing2011
- 著者名/発表者名
  Ishida, H
- 雑誌名
  
  Progress in Nuclear Science and Technology
  
  巻: 2 ページ: 470-476
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570165
[学会発表] 抗がん剤doxorubicinとヌクレオソームの分子動力学シミュレーション2024
- 著者名/発表者名
  石田恒、河野秀俊
- 学会等名
  第41回染色体ワークショップ・第22回核ダイナミクス研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K05726
[学会発表] 分子シミュレーションによるDNAインターカレーター構造の網羅的探索2023
- 著者名/発表者名
  石田恒、河野秀俊
- 学会等名
  第10回「富岳」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K05726
[学会発表] Analysis of conformations of intercalated DNA using molecular dynamics simulations2023
- 著者名/発表者名
  Ishida Hisashi and Kono Hidetoshi
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K05726
[学会発表] 全原子分子動力学シミュレーションを用いた、ヌクレオソーム安定性に対するねじれストレス影響の解析2020
- 著者名/発表者名
  石田恒
- 学会等名
  量子生命科学会第２回大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06173
[学会発表] 分子シミュレーションによるヌクレオソーム構造変化の網羅的探索2020
- 著者名/発表者名
  石田恒
- 学会等名
  第７回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06173
[学会発表] Positive torsional stress on DNA enhances unwrapping of nucleosomal DNA2020
- 著者名/発表者名
  Hisashi Ishida, Hidetoshi Kono
- 学会等名
  Biophysical Society Annual Meeting 2020
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06173
[学会発表] ヌクレオソームの崩壊と転写2019
- 著者名/発表者名
  河野　秀俊, ルオ　ディ, 石田　恒
- 学会等名
  第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06173
[学会発表] 分子シミュレーションによるヌクレオソーム構造変化の網羅的探索ヌクレオソームのH2A/H2B脱離メカニズム解析2019
- 著者名/発表者名
  石田　恒
- 学会等名
  第６回「京」を中核とする HPCI システム利用研究課題　成果報告会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06173
[学会発表] Free energy profile of eviction of H2A/H2B dimer from nucleosome2019
- 著者名/発表者名
  Hisashi Ishida, Hidetoshi Kono
- 学会等名
  3rd QST International Symposium
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06173
[学会発表] Integrated approach of experimental data and computer modeling and simulation for understanding chromatin structure and dynamics2019
- 著者名/発表者名
  Hidetoshi Kono, Atsushi Matsumoto, Shun Sakuraba, Hisashi Ishida
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06173
[学会発表] Sequence dependence of nucleosomal DNA unwrapping2019
- 著者名/発表者名
  角南　智子, ルオ　ディ, 石田　恒, 河野　秀俊
- 学会等名
  第３回DSB研究成果報告会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06173
[学会発表] FREE ENERGY PROFILES FOR UNWRAPPING THE OUTER SUPERHELICAL2019
- 著者名/発表者名
  石田恒、河野秀俊
- 学会等名
  Multiscale Modeling of Chromatin:Bridging Experiment with Theory
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06173
[学会発表] Free-energy landscape of tRNA translocation through ribosome revealed by electron microscopy density map and molecular dynamics simulations2013
- 著者名/発表者名
  Ishida, H and Matsumoto, A
- 学会等名
  Biophysical society 57th annual meeting
- 発表場所
  Philadelphia, USA
- 年月日
  2013-02-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570165
[学会発表] Energy landscape of translocation of tRNA molecules through ribosome revealed by electron microscopy density map and molecular dynamics simulations2013
- 著者名/発表者名
  Hisashi Ishida
- 学会等名
  Biophysical society 57th annual meeting
- 発表場所
  Philadelphia, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570165
[学会発表] Dynamics of tRNA translocation revealed by electron microscopy density map and molecular dynamics simulations2012
- 著者名/発表者名
  Ishida, H and Matsumoto, A
- 学会等名
  Mini-Symposium on Modeling, Simulation and Function of Biomolecular Assemblies
- 発表場所
  Tokyo
- 年月日
  2012-11-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570165
[学会発表] 分子動力学シミュレーションプログラムSCUBAの開発とタンパク質-核酸複合体の大規模シミュレーション2012
- 著者名/発表者名
  石田恒
- 学会等名
  第4回HPCI戦略プログラム合同研究交流会
- 発表場所
  神戸
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570165
[学会発表] Free-energy landscape of translocation through ribosome analysed using MD simulations and cryo-EM density maps2012
- 著者名/発表者名
  石田恒
- 学会等名
  第５０回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570165
[学会発表] Free-energy landscape of translocation through ribosome analysed using MD simulations and cryo-EM density maps2012
- 著者名/発表者名
  Ishida, H. and Matsumoto, A
- 学会等名
  第50回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋
- 年月日
  2012-09-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570165
[学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いたMutSタンパク質2量体の損傷DNA認識・修復誘導メカニズム解析2012
- 著者名/発表者名
  石田恒、松本淳
- 学会等名
  新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」第2回公開シンポジウム
- 発表場所
  千里ライフサイエンスセンター・ライフホール(大阪市)
- 年月日
  2012-01-24
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22113522
[学会発表] Energy landscape of translocation of tRNA molecules through ribosome revealed by electron microscopy density map and molecular dynamics simulations2011
- 著者名/発表者名
  Ishida, H. and Matsumoto, A
- 学会等名
  CECAM workshop on "Dynamics of protein-nucleic acid interactions : Integrating simulations with experiment"
- 発表場所
  Switzerland, Zurich
- 年月日
  2011-09-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570165
[学会発表] MutSのDNA修復誘導変性ループと損傷DNA認識の関連性解析2011
- 著者名/発表者名
  石田恒、松本淳
- 学会等名
  新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」第2回領域会議
- 発表場所
  宮崎県宮崎市
- 年月日
  2011-06-30
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22113522
[学会発表] Ribosome dynamics and tRNA movement using electron microscopy density map and molecular dynamics simulations2011
- 著者名/発表者名
  石田恒
- 学会等名
  7^<th> Asian Biophysics Association Symposium & Annual Meeting of the Indian Biophysical Society
- 発表場所
  New Delhi, India
- 年月日
  2011-01-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570165
[学会発表] Energy landscape of translocation of tRNA molecules through ribosome revealed by electron microscopy density map and molecular dynamics simulations2011
- 著者名/発表者名
  Hisashi Ishida, Atsushi Matsumoto
- 学会等名
  CECAM workshop on "Dynamics of protein-nucleic acid interactions : Integrating simulations with experiment"
- 発表場所
  ETHZ(Switzerland, Zurich)(招待講演)
- 年月日
  2011-09-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570165
[学会発表] Recognition mechanism of damaged DNA by MutS analysed by molecular dynamics simulations2011
- 著者名/発表者名
  Hisashi Ishida, Atsushi Matsumoto
- 学会等名
  17^<th> International Biophysics Congress (IUPAB) & 12^<th> National Biophysics Congress
- 発表場所
  Beijing, China
- 年月日
  2011-11-02
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22113522
[学会発表] Analysis of translocation of tRNA molecules through ribosome using electron microscopy density map and molecular dynamics simulations2010
- 著者名/発表者名
  石田恒
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  仙台
- 年月日
  2010-09-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570165
[学会発表] Molecular Dynamics Simulation System for structural analysis of biomolecules by high performance computing2010
- 著者名/発表者名
  石田恒
- 学会等名
  Joint International Conference on Supercomputing in Nuclear Applications and Monte Carlo 2010 (SNA+MC2010)
- 発表場所
  Tokyo, Japan
- 年月日
  2010-10-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570165
[学会発表] Analysis of-mechanism of branch migration by RuvB using molecular dynamics simulation2008
- 著者名/発表者名
  石田恒
- 学会等名
  第46回日本生物物理年会
- 発表場所
  福岡
- 年月日
  2008-12-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19042021

1. 由良敬 (50252226)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
2. 樋口真理子 (90370460)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 松本淳 (10399420)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 角南智子 (50554648)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 河野秀俊

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件

石田 恒 Ishida Hisashi

研究課題

研究成果

共同研究者

インターカレーターが引き起こすDNA・ヌクレオソーム構造変化メカニズム解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

分子動力学シミュレーションによるヌクレオソームの構造変化メカニズム解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

天然変性タンパク質としてのMutSの損傷DNA修復誘導メカニズム解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質合成反応サイクルにおけるリボソームの構造変化メカニズム解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

分子シミュレーションによる、DNA組換えをおこすモーター蛋白質の分子機構解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

電子顕微鏡像に基づくリボソームの精密な立体構造解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

分子動力学シミュレーションによるDNA修復メカニズムの解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ダイナミックスと進化情報の融合によるDNA修復関連タンパク質の機能アノテーション

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Torsional stress can regulate the unwrapping of two outer half superhelical turns of nucleosomal DNA2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Nucleosome unwrapping and unstacking2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Free energy profile for unwrapping outer superhelical turn of CENP-A nucleosome2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

ISSN

言語

データソース

[雑誌論文] Molecular Dynamics Simulation System for structural analysis of biomolecules by high performance computing2011

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[学会発表] 抗がん剤doxorubicinとヌクレオソームの分子動力学シミュレーション2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] 分子シミュレーションによるDNAインターカレーター構造の網羅的探索2023

著者名/発表者名

石田恒 Ishida Hisashi

[学会発表] 分子シミュレーションによるヌクレオソーム構造変化の網羅的探索ヌクレオソームのH2A/H2B脱離メカニズム解析2019