原野雄一 Harano Yuichi

研究者番号	60456259
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 姫路獨協大学, 薬学部, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2014年度 – 2019年度: 姫路獨協大学, 薬学部, 准教授 2011年度 – 2013年度: 大阪大学, たんぱく質研究所, 准教授 2012年度: 大阪大学, たんぱく質研究所, 特任准教授 2008年度 – 2012年度: 大阪大学, 蛋白質研究所, 特任准教授 2008年度: 東京工業大学, グローバルエッジ研究院, テニュア・トラック助教
審査区分/研究分野	研究代表者生体生命情報学 / 生物物理・化学物理・ソフトマターの物理研究代表者以外複合領域
キーワード	研究代表者蛋白質 / 水和熱力学 / 溶液化学 / 水和自由エネルギー / 構造活性相関 / in silico 創薬 / in silico創薬 / 結合自由エネルギー / 溶媒和熱力学 / 理論創薬 … もっと見る / 生物物理学 / 熱力学 / 生体分子 / 国際研究者交流（ドイツ） / 国際情報交換（ドイツ） / 積分幾何学 / 計算化学 / Hadwiger定理 / 液体論 / エントロピー / 構造予測 / 立体構造 / 溶媒和エントロピー / 立体構造予測 / タンパク質 … もっと見る研究代表者以外量子化学計算 / 分子動力学シミュレーション / ABCトランスポータ / ホモロジーモデリング / 水和 / MMPBSA法 / CFTR / MDシミュレーション / 自由エネルギー / ABCトランスポーター / ATP加水分解自由エネルギー / 蛋白質-リガンド結合自由エネルギー / 水和エンタルピー / 水和エントロピー / 水和自由エネルギー / 水 / ATP / ABC トランスポータ隠す

水が駆動する巨大生体分子の自律化メカニズムの熱力学解析研究代表者
- 研究代表者
  
  原野雄一
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2019
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生物物理・化学物理・ソフトマターの物理
- 研究機関
  姫路獨協大学
Ｈａｄｗｉｇｅｒの定理に基づいた蛋白質水和熱力学量の汎用的計算手法研究代表者
- 研究代表者
  
  原野雄一
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2014
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  姫路獨協大学
   大阪大学
溶液論と計算科学的手法によるABCトランスポータの構造変化と機能発現機構の解明
- 研究代表者
  
  櫻井実
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2012
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  東京工業大学
溶液の物理化学に基づくタンパク質立体構造予測法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  原野雄一
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2011
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  大阪大学
   東京工業大学

すべて 2017 2016 2015 2013 2012 2011 2010 2009 2008 その他

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Glycosaminoglycan Binding and Non-endocytic Membrane Translocation of Cell-permeable Octaarginine Monitored by Real Time In-cell NMR Spectroscopy2017
- 著者名/発表者名
  Y. Takechi-Haraya, K. Aki, Y. Tohyama, Y. Harano, T. Kawakami, H. Saito, E. Okamura
- 雑誌名
  
  Pharmaceuticals
  
  巻: 10 号: 2 ページ: 42-60
- DOI
  10.3390/ph10020042
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K05254, KAKENHI-PROJECT-15K05401, KAKENHI-PROJECT-17H03979
[雑誌論文] Water based on a molecular model behaves like a hard-sphere solvent for a nonpolar solute when the reference interaction site model and related theories are employed2016
- 著者名/発表者名
  T. Hayashi, H. Oshima, Y. Harano, M. Kinoshita
- 雑誌名
  
  J. Phys.: Condens. Matter
  
  巻: 28 号: 34 ページ: 344003-344003
- DOI
  10.1088/0953-8984/28/34/344003
- 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K05254
[雑誌論文] An Accurate and Efficient Computation Method of the Hydration Free Energy of a Large, Complex Molecule2015
- 著者名/発表者名
  T. Yoshidome, T. Ekimoto, N. Matubayasi, Y. Harano, M. Kinoshita, M. Ikeguchi
- 雑誌名
  
  J. Chem. Phys.
  
  巻: 142 ページ: 175101-175101
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K05254
[雑誌論文] A morphometric approach for the accurate solvation thermodynamics of proteins and ligands2013
- 著者名/発表者名
  Y. Harano, R. Roth, S. Chiba
- 雑誌名
  
  J. Comput. Chem.
  
  巻: 34 号: 23 ページ: 1969-1974
- DOI
  10.1002/jcc.23348
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24650158
[雑誌論文] Does water drive protein folding?2013
- 著者名/発表者名
  Y. Maruyama, Y. Harano
- 雑誌名
  
  Chem. Phys. Lett.
  
  巻: 581 ページ: 85-90
- DOI
  10.1016/j.cplett.2013.07.006
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24650158
[雑誌論文] A scoring function based on solvation thermodynamics for protein structure prediction2012
- 著者名/発表者名
  S. Du
- 雑誌名
  
  BIOPHYSICS
  
  巻: 8 号: 0 ページ: 127-138
- DOI
  10.2142/biophysics.8.127
- NAID
  130002104520
- ISSN
  1349-2942
- 言語
  英語
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-20118001, KAKENHI-PROJECT-22300100, KAKENHI-PROJECT-24650158, KAKENHI-PLANNED-20118004, KAKENHI-PLANNED-20118006
[雑誌論文] Application of Hydration Thermodynanlics to the Evaluation of Protein Structures and Protein-Ligand Binding2012
- 著者名/発表者名
  Y. Harano
- 雑誌名
  
  Entropy
  
  巻: 14 号: 8 ページ: 1443-1468
- DOI
  10.3390/e14081443
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-20118001, KAKENHI-PLANNED-20118006, KAKENHI-PROJECT-24650158
[雑誌論文] Evaluation of Protein-Ligand Binding Free Energy Focused on its Entropic Components2012
- 著者名/発表者名
  S.Chiba, Y.Harano, R.Roth, M.Kinoshita, M.Sakurai
- 雑誌名
  
  J.Comput.Chem.
  
  巻: 33 号: 5 ページ: 550-560
- DOI
  10.1002/jcc.22891
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-20118001, KAKENHI-PLANNED-20118004, KAKENHI-PLANNED-20118006, KAKENHI-PROJECT-22300100, KAKENHI-PROJECT-24650158
[雑誌論文] Free-energy function for discriminating the native fold of a protein from misfolded decoys2011
- 著者名/発表者名
  Yasuda S, Yoshidome T, Harano Y, Roth R, Oshima H, Oda K, Sugita Y, Ikeguchi M, Kinoshita M
- 雑誌名
  
  Proteins
  
  巻: 79 ページ: 2161-2171
- NAID
  120005593601
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[雑誌論文] Free-Energy Function for Discriminating the Native Fold of a Protein from Misfolded Decoys2011
- 著者名/発表者名
  S.Yasuda, T.Yoshidome, Y.Harano, E.Roth, H.Oshima, K.Oda, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
- 雑誌名
  
  Proteins-Structure Function and Bioinformatics
  
  巻: 79 号: 7 ページ: 2161-2171
- DOI
  10.1002/prot.23036
- NAID
  120005593601
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-20118001, KAKENHI-PLANNED-20118004, KAKENHI-PLANNED-20118006, KAKENHI-PROJECT-20700267, KAKENHI-PROJECT-22300100
[雑誌論文] Morphometric Approach to Thermodynamic Quantities of Solvation of Complex Molecules : Extension to Multicomponent Solvent2011
- 著者名/発表者名
  R.Kodama, R.Roth, Y.Harano, M.Kinoshita
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics
  
  巻: 135 号: 4
- DOI
  10.1063/1.3617247
- NAID
  120003338824
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-20118001, KAKENHI-PLANNED-20118004, KAKENHI-PLANNED-20118006, KAKENHI-PROJECT-20700267, KAKENHI-PROJECT-22300100
[雑誌論文] Effects of side-chain packing on the formation of secondary structures in protein folding2010
- 著者名/発表者名
  Yasuda, S ; Yoshidome, T ; Oshima, H ; Kodama, R ; Harano, Y ; Kinoshita, M
- 雑誌名
  
  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS
  
  巻: 132 ページ: 65105-65105
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[雑誌論文] Effects of side-chain packing on the formation of secondary structures in protein folding2010
- 著者名/発表者名
  Yasuda S, Yoshidome T, Oshima H, Kodama R, Harano Y, Kinoshita M
- 雑誌名
  
  J.Chem.Phys. 132
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[雑誌論文] Effects of side-chain packingon the formation of secondary structures in proteinfolding2010
- 著者名/発表者名
  S. Yasuda, T. Yoshidome, H. Oshima, R. Kodama, Y.Harano, M. Kinoshita M
- 雑誌名
  
  J. Chem. Phys. 132
  
  ページ: 65105-65105
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20118006
[雑誌論文] Effects of side-chain packing on the formation of secondary structures in protein folding2010
- 著者名/発表者名
  S.Yasuda, T.Yoshidome, H.Oshima, R.Kodama, Y.Harano, M.Kinoshita
- 雑誌名
  
  J.Chem.Phys.
  
  巻: 132
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20118006
[雑誌論文] Effects of side-chain packing on the formation of secondary structures in protein folding2010
- 著者名/発表者名
  Yasuda S, Yoshidome T, Oshima H, Kodama R, Harano Y, Kinoshita M
- 雑誌名
  
  J. Chem. Phys.
  
  巻: 132
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[雑誌論文] Theoretical analysis on thermal stability of a protein focused on the water entropy2009
- 著者名/発表者名
  Amano K, Yoshidome T, Harano Y, Oda K, Kinoshita M
- 雑誌名
  
  Chem. Phys. Lett.
  
  巻: 474 ページ: 190-194
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[雑誌論文] Theoretical analysis on thermal stability of a protein focused on the water entropy2009
- 著者名/発表者名
  Amano K, Yoshidome T, Harano Y, Oda K, Kinoshita M
- 雑誌名
  
  Chem.Phys.Lett. 474
  
  ページ: 190-194
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[雑誌論文] Pressure effects on structures formed by entropically driven self-assembly : Illustration for denaturation of proteins2009
- 著者名/発表者名
  Yoshidome T, Harano Y, Kinoshita M
- 雑誌名
  
  Phys. Rev. E.
  
  巻: 79
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[雑誌論文] Free-energy function based on an all-atom model for proteins2009
- 著者名/発表者名
  Yoshidome, T, Oda, K ; Harano, Y, et al.
- 雑誌名
  
  PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 77
  
  ページ: 950-961
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[雑誌論文] Pressure effects on structures formed by entropically driven self-assembly : Illustration for denaturation of proteins2009
- 著者名/発表者名
  Yoshidome T, Harano Y, Kinoshita M
- 雑誌名
  
  Phys.Rev.E. 79
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[雑誌論文] Pressure effects on structures formed by entropically driven self-assembly : Illustration for denaturation of proteins2009
- 著者名/発表者名
  Yoshidome, T, Harano, Y ; Kinoshita, M
- 雑誌名
  
  PHYSICAL REVIEW E 79
  
  ページ: 11912-11912
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[雑誌論文] Theoretical analysis on thermal stability of a protein focused on the water entropy2009
- 著者名/発表者名
  Amano, K ; Yoshidome, T, Harano, Y, et al.
- 雑誌名
  
  CHEMICAL PHYSICS LETTERS 474
  
  ページ: 190-194
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[雑誌論文] Free-energy function based on an all-atom model for proteins2009
- 著者名/発表者名
  Yoshidome T, Oda K, Harano Y, Roth R, Sugita Y, Ikeguhci M, Kinoshita M
- 雑誌名
  
  Proteins
  
  巻: 77 ページ: 950-961
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[雑誌論文] Free-energy function based on an all-atom model for proteins2009
- 著者名/発表者名
  Yoshidome T, Oda K, Harano Y, Roth R, Sugita Y, Ikeguhci M, Kinoshita M
- 雑誌名
  
  Proteins 77
  
  ページ: 950-961
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[雑誌論文] Molecular mechanism of pressure denaturation of proteins2008
- 著者名/発表者名
  Y. Harano, T. Yoshidome, & M. Kinoshita
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics 129
  
  ページ: 145103-9
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[雑誌論文] Pressure effects on structures formed by entropically drivenself-assembly : Illustration for denaturation of proteins2008
- 著者名/発表者名
  T. Yoshidome, Y. Harano, & M. Kinoshita
- 雑誌名
  
  Physical Review E 79
  
  ページ: 11912-10
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[学会発表] Does water drive a protein to fold?2013
- 著者名/発表者名
  Yutaka Maruyama, Yuichi Harano
- 学会等名
  第 51 回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  京都国際会館
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24650158
[学会発表] A Morphometric Approach for the Accurate Solvation Thermodynamics of Proteins and Ligands2013
- 著者名/発表者名
  Yuichi Harano, Roland Roth, Shuntaro Chiba
- 学会等名
  第 51 回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  京都国際会館
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24650158
[学会発表] 巨大分子の自己組織化を考える為のエネルギー論2013
- 著者名/発表者名
  原野雄一
- 学会等名
  「次世代の物質科学・ナノサイエンスを探る」研究会
- 発表場所
  北海道大学
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24650158
[学会発表] ペプチドおよび蛋白質の溶解度計算を目指した形態熱力学2012
- 著者名/発表者名
  原野雄一
- 学会等名
  蛋白研セミナー
- 発表場所
  大阪大学
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24650158
[学会発表] Theoretical studies for biomolecular behavior in a liquid state from the viewpoint of molecular crowding2010
- 著者名/発表者名
  原野雄一
- 学会等名
  第48回生物物理学会
- 発表場所
  東北大学
- 年月日
  2010-09-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[学会発表] Theoretical studies for biomolecular behavior in a liquid state from the viewpoint of molecular crowding.2010
- 著者名/発表者名
  原野雄一
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会
- 発表場所
  東北大学(招待講演)
- 年月日
  2010-09-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[学会発表] Development of predicting the native structure of a protein focusing on water entropy2010
- 著者名/発表者名
  原野雄一
- 学会等名
  The 4th Mini-Symposium on Liquid
- 発表場所
  九州大学
- 年月日
  2010-06-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[学会発表] Refinement of Modeled Protein Structure by Replica Exchange Molecular Dynamics and Hydration Entropy based Scoring Function2010
- 著者名/発表者名
  S.Du, Y.Harano, M.Sakurai, M.Kinoshita
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20118006
[学会発表] Theoretical studies for biomolecular behavior in a liquid state from the view point of molecular crowding2010
- 著者名/発表者名
  Y.Harano
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20118006
[学会発表] Application of the Scoring Function Based on Solvation Free Energy to Protein Structure Prediction2010
- 著者名/発表者名
  S.Du, Y.Harano, M.Sakurai, M.Kinoshita
- 学会等名
  第10回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  札幌
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20118006
[学会発表] A novel method for evaluating protein-ligand binding affinity based on thermodynamics: focusing on entropy2010
- 著者名/発表者名
  S. Chiba, Y. Harano, M. Kinoshita and M. Sakurai
- 学会等名
  Pacifichem 2010 Congress
- 発表場所
  ホノルル(アメリカ)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20118006
[学会発表] Development of predicting the native structure of a protein focusing on py2010
- 著者名/発表者名
  原野雄一
- 学会等名
  The 4th Mini-Symposium onwater entro Liquid
- 発表場所
  九州大学
- 年月日
  2010-06-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[学会発表] A novel method for evaluating protein-ligand binding affinity based on thermodynamics : focusing on entropy2010
- 著者名/発表者名
  S.Chiba, Y.Harano, M.Kinoshita, M.Sakurai
- 学会等名
  Pacifichem 2010 Congress
- 発表場所
  ホノルル
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20118006
[学会発表] 水のエントロピーに焦点をおいたタンパク質-リガンド間結合能の評価2009
- 著者名/発表者名
  原野雄一, 他3名
- 学会等名
  生物物理学会第47回年会
- 発表場所
  アスティとくしま
- 年月日
  2009-10-31
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[学会発表] 水のエントロピーに焦点を置いたタンパク質-リガンド間結合能の新規計算手法2009
- 著者名/発表者名
  千葉峻太朗、野村淳磨、原野雄一、木下政弘、櫻井実
- 学会等名
  第47回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  アスティ徳島(徳島)
- 年月日
  2009-11-01
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20118006
[学会発表] リガンド-タンパク質間の結合自由エネルギーに対するマルチフィジクス的計算手法の比較および評価2009
- 著者名/発表者名
  千葉峻太朗、野村淳磨、原野雄一、木下政弘、櫻井実
- 学会等名
  第9回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  熊本全日空ホテル
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20118006
[学会発表] タンパク質の立体構造予測に向けた新規スコア関数2008
- 著者名/発表者名
  原野雄三、他5名
- 学会等名
  生物物理学会第46回年会
- 発表場所
  福岡国際会議場
- 年月日
  2008-12-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20700267
[学会発表] Hydration thermodynamics for biomolecular dynamics
- 著者名/発表者名
  原野雄一
- 学会等名
  第５２回日本生物物理学会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター
- 年月日
  2014-09-25 – 2014-09-27
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24650158

1. 櫻井実 (50162342)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
2. 桜井実

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 7件
3. 木下正弘

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 3件

原野 雄一 Harano Yuichi

研究課題

研究成果

共同研究者

水が駆動する巨大生体分子の自律化メカニズムの熱力学解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

Ｈａｄｗｉｇｅｒの定理に基づいた蛋白質水和熱力学量の汎用的計算手法研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

溶液論と計算科学的手法によるABCトランスポータの構造変化と機能発現機構の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

溶液の物理化学に基づくタンパク質立体構造予測法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Glycosaminoglycan Binding and Non-endocytic Membrane Translocation of Cell-permeable Octaarginine Monitored by Real Time In-cell NMR Spectroscopy2017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Water based on a molecular model behaves like a hard-sphere solvent for a nonpolar solute when the reference interaction site model and related theories are employed2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] An Accurate and Efficient Computation Method of the Hydration Free Energy of a Large, Complex Molecule2015

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] A morphometric approach for the accurate solvation thermodynamics of proteins and ligands2013

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Does water drive protein folding?2013

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] A scoring function based on solvation thermodynamics for protein structure prediction2012

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

ISSN

言語

データソース

[雑誌論文] Application of Hydration Thermodynanlics to the Evaluation of Protein Structures and Protein-Ligand Binding2012

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Evaluation of Protein-Ligand Binding Free Energy Focused on its Entropic Components2012

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Free-energy function for discriminating the native fold of a protein from misfolded decoys2011

著者名/発表者名

雑誌名

NAID

データソース

[雑誌論文] Free-Energy Function for Discriminating the Native Fold of a Protein from Misfolded Decoys2011

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

原野雄一 Harano Yuichi