松永康佑 MATSUNAGA YASUHIRO

研究者番号	60464525
その他のID	https://orcid.org/0000-0003-2872-3908
所属 (現在)	2024年度: 埼玉大学, 理工学研究科, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2024年度: 埼玉大学, 理工学研究科, 准教授 2021年度 – 2023年度: 埼玉大学, 情報メディア基盤センター, 准教授 2020年度: 埼玉大学, 理工学研究科, 准教授 2015年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究機構, 研究員 2014年度: 独立行政法人理化学研究所, 計算科学研究機構, 研究員 2013年度: 独立行政法人理化学研究所, 計算科学研究機構, 基礎科学特別研究員 2012年度: 独立行政法人理化学研究所, 粒子系生物物理研究チーム, 基礎科学特別研究員
審査区分/研究分野	研究代表者中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野 / 小区分60100:計算科学関連 / 複合領域 / 生物物理学
キーワード	研究代表者分子動力学シミュレーション / 分子シミュレーション / ドッキング / ウイルス外殻 / 準等価理論 / データ同化 / タンパク質 / タイリング理論 / エンドツーエンド微分可能 / アジョイント法 … もっと見る / 誤差逆伝播法 / 微分可能プログラミング / 核形成 / ドッキング計算 / 外殻 / カプシド / ドッキングシミュレーション / タイリング / ベイズ推定 / 状態遷移 / FRET計測 / フォールディング / 1分子FRET計測 / 機械学習 / 分子動力学 / シミュレーション / 多剤排出トランスポーター / アデニル酸キナーゼ / 統計数理隠す

エンドツーエンド微分可能なアプローチによる実験と生体分子モデリングの融合研究代表者
- 研究代表者
  
  松永康佑
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分60100:計算科学関連
- 研究機関
  埼玉大学
タイリング理論と分子科学の協働によるウイルス外殻構造の新たな設計原理の探究研究代表者
- 研究代表者
  
  松永康佑
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 審査区分
  
  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
- 研究機関
  埼玉大学
タイリングによるウイルス外殻のボトムアップ設計研究代表者
- 研究代表者
  
  松永康佑
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 審査区分
  
  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
- 研究機関
  埼玉大学
パスサンプリングによる1分子FRET光子計数データのモデリング研究代表者
- 研究代表者
  
  松永康佑
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2015
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
タンパク質構造変化データの統計解析研究代表者
- 研究代表者
  
  松永康佑
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2013
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  独立行政法人理化学研究所

すべて 2023 2022 2021 2020 2016 2015 2014 2013 2012 その他

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] 実験医学増刊 Vol.38 No.20 機械学習を生命科学に使う！2020
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 総ページ数
  8
- 出版者
  羊土社
- ISBN
  9784758103916
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[雑誌論文] Development of Hidden Markov Modeling of Molecular Orientations and Structures from High-Speed Atomic Force Microscopy Time-Series Images2023
- 著者名/発表者名
  Tomonori Ogane, Daisuke Noshiro, Toshio Ando, Atsuko Yamashita, Yuji Sugita, Yasuhiro Matsunaga
- 雑誌名
  
  PLoS Comp. Biol.
  
  巻: 18 号: 12 ページ: e1010384-e1010384
- DOI
  10.1371/journal.pcbi.1010384
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-22H00405, KAKENHI-PROJECT-20H03195, KAKENHI-PROJECT-20K21380
[雑誌論文] End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images2023
- 著者名/発表者名
  Matsunaga Yasuhiro、Fuchigami Sotaro、Ogane Tomonori、Takada Shoji
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 13 号: 1
- DOI
  10.1038/s41598-022-27057-2
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[雑誌論文] Representation of Protein Dynamics Disentangled by Time-Structure-Based Prior2023
- 著者名/発表者名
  Ishizone Tsuyoshi、Matsunaga Yasuhiro、Fuchigami Sotaro、Nakamura Kazuyuki
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 20 号: 1 ページ: 436-450
- DOI
  10.1021/acs.jctc.3c01025
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18105, KAKENHI-PROJECT-23KJ2000, KAKENHI-PROJECT-23K28102
[雑誌論文] gRESTシミュレーションによるVHH抗体の構造サンプリング2023
- 著者名/発表者名
  松永康佑、東田連
- 雑誌名
  
  理論化学会会誌「フロンティア」
  
  巻: 1月号(通巻17号) ページ: 13-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[雑誌論文] Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation2022
- 著者名/発表者名
  Matsunaga Yasuhiro、Kamiya Motoshi、Oshima Hiraku、Jung Jaewoon、Ito Shingo、Sugita Yuji
- 雑誌名
  
  Biophysical Reviews
  
  巻: 14 号: 6 ページ: 1503-1512
- DOI
  10.1007/s12551-022-01030-9
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05282, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20K21380
[雑誌論文] Construction of a Humanized Artificial VHH Library Reproducing Structural Features of Camelid VHHs for Therapeutics2022
- 著者名/発表者名
  T. Murakami, S. Kumachi, Y. Matsunaga, M. Sato, K. Wakabayashi-Nakao, H. Masaki, R. Yonehara, M. Motohashi, N. Nemoto, and M. Tsuchiya
- 雑誌名
  
  Antibodies
  
  巻: 11 号: 1 ページ: 10-10
- DOI
  10.3390/antib11010010
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380, KAKENHI-PROJECT-21H05025
[雑誌論文] Coarse-Grained Modeling of Multiple Pathways in Conformational Transitions of Multi-Domain Proteins2021
- 著者名/発表者名
  A. Shinobu, C. Kobayashi, Y. Matsunaga, and Y. Sugita
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 61 号: 5 ページ: 2427-2443
- DOI
  10.1021/acs.jcim.1c00286
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380, KAKENHI-PROJECT-19H05645
[雑誌論文] Enhanced Conformational Sampling of Nanobody CDR H3 Loop by Generalized Replica-Exchange with Solute Tempering2021
- 著者名/発表者名
  R. Higashida, Y. Matsunaga
- 雑誌名
  
  Life
  
  巻: 11 号: 12 ページ: 1428-1428
- DOI
  10.3390/life11121428
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[雑誌論文] Rigid-body fitting to atomic force microscopy images for inferring probe shape and biomolecular structure2021
- 著者名/発表者名
  T. Niina, Y. Matsunaga, and S. Takada
- 雑誌名
  
  PLoS Computational Biology
  
  巻: 17 号: 7 ページ: e1009215-e1009215
- DOI
  10.1371/journal.pcbi.1009215
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[雑誌論文] タンパク質の構造変化をどのように記述するか――生体分子におけるパスサンプリング手法の発展2021
- 著者名/発表者名
  松永康佑、藤崎弘士、森次圭
- 雑誌名
  
  日本物理学会誌
  
  巻: 76 ページ: 714-722
- NAID
  130008113824
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[雑誌論文] Structural and energetic analysis of metastable intermediate states in the E1P-E2P transition of Ca2+-ATPase2021
- 著者名/発表者名
  C. Kobayashi, Y. Matsunaga, J. Jung, Y. Sugita
- 雑誌名
  
  Proceeding of the National Academy of Sciences of the United States of America
  
  巻: 118 号: 40
- DOI
  10.1073/pnas.2105507118
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380, KAKENHI-PROJECT-19H05645
[雑誌論文] Dimensionality of Collective Variables for Describing Conformational Changes of a Multi-Domain Protein2016
- 著者名/発表者名
  Y. Matsunaga, Yasuaki Komuro, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Takaharu Mori, and Y. Sugita
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry Letters
  
  巻: 7 号: 8 ページ: 1446-1451
- DOI
  10.1021/acs.jpclett.6b00317
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26120533, KAKENHI-PLANNED-26119006
[雑誌論文] 11.GENESIS: A hybrid-parallel and multi-scale molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms for biomolecular and cellular simulations2015
- 著者名/発表者名
  Jaewoon Jung, Takaharu Mori, Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, Takao Yoda, Michael Feig, Yuji Sugita
- 雑誌名
  
  WIREs Comp. Mol. Sci.
  
  巻: 5 号: 4 ページ: 310-323
- DOI
  10.1002/wcms.1220
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PUBLICLY-26120533
[雑誌論文] Extended phase-space methods for enhanced sampling in molecular simulations: a review2015
- 著者名/発表者名
  H. Fujisaki, K. Moritsugu, Y. Matsunaga, T. Morishita, and L. Maragliano
- 雑誌名
  
  Frontiers in Bioengineering and Biotechnology
  
  巻: 3
- DOI
  10.3389/fbioe.2015.00125
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26120533
[雑誌論文] 9.Sequential data assimilation for single-molecule FRET photon-counting data2015
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Matsunaga, Akinori Kidera, Yuji Sugita
- 雑誌名
  
  J. Chem. Phys.
  
  巻: 142 号: 21 ページ: 214115-214115
- DOI
  10.1063/1.4921983
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PUBLICLY-26120533
[雑誌論文] 5.Domain Motion Enhanced (DoME) Model for Efficient Conformational Sampling of Multidomain Proteins2015
- 著者名/発表者名
  Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, Ryotaro Koike, Motonori Ota, Yuji Sugita
- 雑誌名
  
  J. Phys. Chem. B
  
  巻: 119 号: 46 ページ: 14584-14593
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.5b07668
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PUBLICLY-26120533
[雑誌論文] ストリング法によるタンパク質構造変化の解析2014
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 雑誌名
  
  分子シミュレーション研究会会誌アンサンブル
  
  巻: 16 ページ: 29-35
- NAID
  130005087682
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24770159
[雑誌論文] ストリング法によるタンパク質構造変化解析2014
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 雑誌名
  
  統計数理
  
  巻: 62 ページ: 285-299
- NAID
  120006020808
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26120533
[雑誌論文] ストリング法によるタンパク質構造変化の解析2014
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 雑誌名
  
  分子シミュレーション研究会会誌アンサンブル
  
  巻: 16 ページ: 29-35
- NAID
  130005087682
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24770159
[雑誌論文] Spatio-temporal Hierarchy in the Dynamics of a Minimalist Protein Model2013
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Matsunaga, Akinori Baba, Chun Biu Li, John Straub, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki, R. Berry
- 雑誌名
  
  The Journal of Chemical Physics
  
  巻: 139 号: 21 ページ: 215101-215101
- DOI
  10.1063/1.4834415
- NAID
  120005385312
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-23115007, KAKENHI-PROJECT-24540394, KAKENHI-PROJECT-24770159, KAKENHI-PROJECT-25287105, KAKENHI-PROJECT-25610105, KAKENHI-PROJECT-25650044
[雑誌論文] Minimum Free Energy Path of Ligand-Induced Transition in Adenylate Kinase2012
- 著者名/発表者名
  Y. Matsunaga, H. Fujisaki, T. Terada, T. Furuta, K. Moritsugu, and A. Kidera
- 雑誌名
  
  PLoS Comput. Biol
  
  巻: 8 号: 6 ページ: 12-12
- DOI
  10.1371/journal.pcbi.1002555
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22540421, KAKENHI-PROJECT-23247027, KAKENHI-PROJECT-23540454, KAKENHI-PROJECT-23570198, KAKENHI-PROJECT-24770159
[雑誌論文] PLoS One2012
- 著者名/発表者名
  Matsunaga, Y., Koike, R., Ota, M., Tame, J. R. H. & Kidera, A.
- 雑誌名
  
  Influence of structural symmetry on protein dynamics.
  
  巻: 7 号: 11 ページ: 11-11
- DOI
  10.1371/journal.pone.0050011
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22370044, KAKENHI-PROJECT-23247027, KAKENHI-PROJECT-24770159, KAKENHI-PLANNED-21113007
[学会発表] End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images2023
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Matsunaga
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K28102
[学会発表] End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images2023
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18105
[学会発表] Integrative Modeling of Biomolecular Dynamics from Molecular Dynamics Simulations and Single-Molecule Experiments2023
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Matsunaga
- 学会等名
  Multi-scale Molecular Dynamics Simulation and Machine Learning of Biomolecular Systems
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K28102
[学会発表] Integrative Modeling of Biomolecular Dynamics from Molecular Dynamics Simulations and Single-Molecule Experiments2023
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Matsunaga
- 学会等名
  Multi-scale Molecular Dynamics Simulation and Machine Learning of Biomolecular Systems
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18105
[学会発表] Integrative modeling of biomolecular dynamics from simulations and experiments2023
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Matsunaga
- 学会等名
  The 5th R-CCS international symposium
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] インシリコモデリングへ向けたVHH抗体の分子シミュレーション2023
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第2回日本抗体学会学術大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K28102
[学会発表] Integrative modeling of biomolecular dynamics from simulations and experiments2023
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Matsunaga
- 学会等名
  The joint symposium of Kanto spin chemistry meeting 2022 and startup symposium “Strategic research center, incubation research group of biomolecular dynamics”
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] ウイルスカプシド構造のタイリングによる解析2023
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第4回生体分子シミュレーション・モデリング研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K28102
[学会発表] Integrative modeling of biomolecular dynamics from molecular dynamics simulations and single-molecule experiments2023
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Matsunaga
- 学会等名
  The 6th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2023)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18105
[学会発表] ウイルスカプシド構造のタイリングによる解析2023
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第4回生体分子シミュレーション・モデリング研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18105
[学会発表] インシリコモデリングへ向けたVHH抗体の分子シミュレーション2023
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第2回日本抗体学会学術大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18105
[学会発表] Integrative modeling of biomolecular dynamics from molecular dynamics simulations and single-molecule experiments2023
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Matsunaga
- 学会等名
  The 6th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2023)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K28102
[学会発表] 実験とシミュレーションを統合した生体分子構造ダイナミクスのモデリング2022
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第40回関東CAE懇話会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] 機械学習を用いた実験データとシミュレーションデータの統合モデリング(データ同化)2022
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  蛋白質データサイエンスセミナー
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] 生体分子構造ダイナミクスの統合モデリング2022
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第3回ピコバイオロジー研究会(
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] エンドツーエンドで微分可能なトラジェクトリ解析ツールの開発2022
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第2回生体分子シミュレーション・モデリング研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] 微分可能なアプローチによる高速原子間力顕微鏡データの解析2022
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第30回情報計測オンラインセミナー
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] 実験とシミュレーションを統合した生体分子構造ダイナミクスのモデリング2022
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第19回新学術「高速分子動画」オンラインセミナー
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] 生体分子系の分子動力学シミュレーションデータの解析入門2022
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第4回スパコンコロキウム
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] Integrative Modeling of Protein Dynamics from High-Speed Atomic Force Microscopy and Molecular Dynamics Simulations2022
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Matsunaga
- 学会等名
  蛋白研セミナー Frontier of Dynamic Structural Biology
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] 実験とシミュレーションを統合したタンパク質ダイナミクスのモデリング2022
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第22回日本蛋白質科学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] 生体分子構造ダイナミクスの統合モデリング2021
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第4回ワークショップ「レア・イベント解析とデータ科学」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] 生体分子構造ダイナミクスの統合モデリング2021
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  統計物理と統計科学のセミナー
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] VHH抗体の構造と熱安定性のモデリング2021
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  計算メディカルサイエンスワークショップ2021
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] Integrative modeling of protein dynamics from experimental data and molecular dynamics simulations2020
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第43会日本分子生物学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] Integrative modeling of protein dynamics from single-molecule experiments and molecular dynamics simulations2020
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第58回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] 計測とシミュレーションを統合したタンパク質ダイナミクスのモデリング2020
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第93回日本生化学会大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21380
[学会発表] 1分子FRETデータと分子動力学シミュレーションによるタンパク質ダイナミクス解析2016
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第16回日本蛋白質科学会年会ワークショップ「生命分子計測のスパースモデリング：限られた計測データから生命分子の構造情報を引き出す」
- 発表場所
  福岡国際会議場・（福岡県・福岡市）
- 年月日
  2016-06-07
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26120533
[学会発表] 1分子FRETデータと分子動力学シミュレーションによるタンパク質ダイナミクス解析2016
- 著者名/発表者名
  松永康佑、杉田有治
- 学会等名
  第16回日本蛋白質科学会年会若手奨励賞シンポジウム
- 発表場所
  福岡国際会議場・（福岡県・福岡市）
- 年月日
  2016-06-08
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26120533
[学会発表] データ同化技術を用いた1分子FRET計測融合シミュレーションによるタンパク質動態の解明2014
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  第1回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会
- 発表場所
  コクヨホール（東京都・品川区）
- 年月日
  2014-10-31
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26120533
[学会発表] Finding Conformational Transition Pathways in Biomolecules with the String Method and Sequential Data Assimilation2014
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Matsunaga
- 学会等名
  Rare Event Sampling and Related Topics I
- 発表場所
  統計数理研究所（東京都）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24770159
[学会発表] Finding Conformational Transition Pathways in Biomolecules with the String Method and Sequential Data Assimilation2014
- 著者名/発表者名
  Y. Matsunaga
- 学会等名
  Rare Event Sampling and Related Topics I
- 発表場所
  ISM, Tokyo, Japan
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24770159
[学会発表] 生体分子シミュレーション研究のGPGPUによる加速2013
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  2013年度理研シンポジウム「理研RICC新搭載GPUと科学へのアプリケーション」
- 発表場所
  理化学研究所・和光
- 年月日
  2013-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24770159
[学会発表] 最小自由エネルギー経路探索法による多剤排出トランスポーターの薬剤排出機構の解明2013
- 著者名/発表者名
  木寺詔紀, 寺田透, 藤崎弘士, 森次圭, 松永康佑, 池口満徳
- 学会等名
  平成24年度「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題中間報告会
- 発表場所
  東京
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24770159
[学会発表] Sequential data assimilation of single-molecule FRET photon-counting data by using molecular dynamics simulations2013
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Matsunaga
- 学会等名
  Workshop on Molecular Simulations of Biophysics and Biochemistry
- 発表場所
  理化学研究所・計算科学研究機構（神戸市）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24770159
[学会発表] 生体分子シミュレーション研究のGPGPUによる加速2013
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  2013年度理研シンポジウム「理研RICC新搭載GPUと科学へのアプリケーション」
- 発表場所
  理化学研究所（和光市）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24770159
[学会発表] Sequential data assimilation of single-molecule FRET photon-counting data by using molecular dynamics simulations2013
- 著者名/発表者名
  Y. Matsunaga
- 学会等名
  Workshop on Molecular Simulations of Biophysics and Biochemistry
- 発表場所
  RIKEN AICS, Kobe, Japan
- 年月日
  2013-11-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24770159
[学会発表] 有限温度ストリング法によるアデニル酸キナーゼの最小自由エネルギー経路探索2012
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  化学反応経路探索のニューフロンティア２０１２
- 発表場所
  東京
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24770159
[学会発表] 有限温度ストリング法によるアデニル酸キナーゼの最小自由エネルギー経路探索2012
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2012」
- 発表場所
  東京大学・山上会館
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24770159
[学会発表] Sequential data assimilation of single-molecule FRET photon-counting data by using molecular dynamics simulations
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Matsunaga, and Yuji Sugita
- 学会等名
  Telluride Workshop on Coarse-Grained Modeling of Structure and Dynamics of Biomacromolecules
- 発表場所
  テルライド（米国）
- 年月日
  2014-08-04 – 2014-08-08
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26120533
[学会発表] Molecular dynamics simulation studies using multi-copy based methods: string method and sequential data assimilation
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Matsunaga
- 学会等名
  5th AICS International Symposium
- 発表場所
  理化学研究所・計算科学研究機構（兵庫県・神戸市）
- 年月日
  2014-12-08 – 2014-12-09
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26120533
[学会発表] 1分子FRET光子計数データのモデリング
- 著者名/発表者名
  松永康佑
- 学会等名
  新学術領域研究スパースモデリングの深化と高次元データ駆動科学の創成 2014年度公開シンポジウム
- 発表場所
  東京工業大学すずかけ台キャンパス（神奈川県・横浜市）
- 年月日
  2014-12-15 – 2014-12-17
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26120533

1. 舘知宏 (50586740)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
2. 堀山貴史 (60314530)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
3. 優乙石

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
4. 藤崎弘士

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
5. 杉田有治

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 4件
6. 鄭載運

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
7. TAME J.R.H.

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
8. 小松崎民樹

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
9. 李振風

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

松永 康佑 MATSUNAGA YASUHIRO

研究課題

研究成果

共同研究者

エンドツーエンド微分可能なアプローチによる実験と生体分子モデリングの融合研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タイリング理論と分子科学の協働によるウイルス外殻構造の新たな設計原理の探究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タイリングによるウイルス外殻のボトムアップ設計研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

パスサンプリングによる1分子FRET光子計数データのモデリング研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質構造変化データの統計解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] 実験医学増刊 Vol.38 No.20 機械学習を生命科学に使う！2020

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

ISBN

データソース

[雑誌論文] Development of Hidden Markov Modeling of Molecular Orientations and Structures from High-Speed Atomic Force Microscopy Time-Series Images2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Representation of Protein Dynamics Disentangled by Time-Structure-Based Prior2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] gRESTシミュレーションによるVHH抗体の構造サンプリング2023

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Construction of a Humanized Artificial VHH Library Reproducing Structural Features of Camelid VHHs for Therapeutics2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Coarse-Grained Modeling of Multiple Pathways in Conformational Transitions of Multi-Domain Proteins2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Enhanced Conformational Sampling of Nanobody CDR H3 Loop by Generalized Replica-Exchange with Solute Tempering2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Rigid-body fitting to atomic force microscopy images for inferring probe shape and biomolecular structure2021

松永康佑 MATSUNAGA YASUHIRO