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原田 隆平  Harada Ryuhei

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 60612174
その他のID
所属 (現在) 2025年度: 筑波大学, 計算科学研究センター, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2025年度: 筑波大学, 計算科学研究センター, 准教授
2021年度 – 2023年度: 筑波大学, 計算科学研究センター, 准教授
2018年度: 筑波大学, 計算科学研究センター, 准教授
2016年度 – 2017年度: 筑波大学, 計算科学研究センター, 助教
2015年度: 筑波大学, 数理物質系, 特別研究員
2015年度: 筑波大学, 数理物質系, 特別研究員(PD)
2014年度: 筑波大学, 筑波大学計算科学研究センター, 研究員
審査区分/研究分野
研究代表者
生物物理学 / 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 小区分43040:生物物理学関連
研究代表者以外
中区分39:生産環境農学およびその関連分野
キーワード
研究代表者
タンパク質 / 分子動力学シミュレーション / 分子シミュレーション / インシリコ創薬 / レアイベント / レアイベントサンプリング / タンパク質の構造変化 / 分子内・分子間コンタクト / タンパク質の効率的な構造探索 / 解離過程 … もっと見る / 異常検知 / 構造探索 / 多量体 / 分子間相互作用 / 解離プロセス / 複合体 / 機械学習 / 構造変化 / 分子動力学計算 / 生物物理学 / タンパク質の構造探索 / Gタンパク質共役受容体 / 自由エネルギー地形 / 超並列シミュレーション / 機能発現 / 構造サンプリング / フォールディング / 立体構造変化 / タンパク質の構造変化予測 / タンパク質の天然構造予測 … もっと見る
研究代表者以外
計算科学的解析 / 機能 / 構造 / Rubisco 隠す
  • 研究課題

    (5件)
  • 研究成果

    (121件)
  • 共同研究者

    (13人)
  •  薬効発揮に重要な長時間ダイナミクスを抽出・解析する分子シミュレーション手法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      原田 隆平
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2028
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
    • 研究機関
      筑波大学
  •  Rubiscoを改良する構造的要因の決定

    • 研究代表者
      松村 浩由
    • 研究期間 (年度)
      2023 – 2025
    • 研究種目
      挑戦的研究(萌芽)
    • 審査区分
      中区分39:生産環境農学およびその関連分野
    • 研究機関
      立命館大学
  •  分子動力学計算と機械学習を援用してタンパク質の構造変化を予測する研究代表者

    • 研究代表者
      原田 隆平
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2023
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43040:生物物理学関連
    • 研究機関
      筑波大学
  •  Gタンパク質共役受容体におけるシグナル伝達機構の解明研究代表者

    • 研究代表者
      原田 隆平
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      若手研究(A)
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      筑波大学
  •  タンパク質構造揺らぎに基づく構造変化予測法の構築研究代表者

    • 研究代表者
      原田 隆平
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2015
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      筑波大学

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すべて 雑誌論文 学会発表 産業財産権

  • [雑誌論文] Design of electron-donating group substituted 2-PAM analogs as antidotes for organophosphate insecticide poisoning2023

    • 著者名/発表者名
      Kongkaew Nalinee、Hengphasatporn Kowit、Injongkol Yuwanda、Mee-udorn Pitchayathida、Shi Liyi、Mahalapbutr Panupong、Maitarad Phornphimon、Harada Ryuhei、Shigeta Yasuteru、Rungrotmongkol Thanyada、Vangnai Alisa S.
    • 雑誌名

      RSC Advances

      巻: 13 号: 46 ページ: 32266-32275

    • DOI

      10.1039/d3ra03087c

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094, KAKENHI-PLANNED-21H05269
  • [雑誌論文] Determination of the Association between Mesotrione Sensitivity and Conformational Change of 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase via Free-Energy Analyses2023

    • 著者名/発表者名
      Yohei Munei, Kowit Hengphasatporn, Yuta Hori, Ryuhei Harada, and Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Agricultural and Food Chemistry

      巻: 71 号: 24 ページ: 9528-9537

    • DOI

      10.1021/acs.jafc.3c01253

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] Pathological mutations promote proteolysis of mitochondrial tRNA-specific 2-thiouridylase 1 (MTU1) via mitochondrial caseinolytic peptidase (CLPP)2023

    • 著者名/発表者名
      Ahmad Raja Norazireen?Raja、Zhang Long-Teng、Morita Rikuri、Tani Haruna、Wu Yong、Chujo Takeshi、Ogawa Akiko、Harada Ryuhei、Shigeta Yasuteru、Tomizawa Kazuhito、Wei Fan-Yan
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 52 号: 3 ページ: 1341-1358

    • DOI

      10.1093/nar/gkad1197

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K18088, KAKENHI-PROJECT-23K14113, KAKENHI-PROJECT-23K16989, KAKENHI-PROJECT-21K06094, KAKENHI-PROJECT-22KJ0156, KAKENHI-PUBLICLY-22H04628, KAKENHI-PROJECT-23K21370, KAKENHI-PROJECT-21H02731, KAKENHI-PROJECT-23K24075
  • [雑誌論文] Efficient Screening of Protein-Ligand Complexes in Lipid Bilayers Using LoCoMock Score2023

    • 著者名/発表者名
      Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    • 雑誌名

      Journal of Computer-Aided Molecular Design

      巻: 37 号: 4 ページ: 217-225

    • DOI

      10.1007/s10822-023-00502-8

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] Free-energy Profiles for Membrane Permeation of Compounds Calculated Using Rare-Event Sampling Methods2023

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 63 号: 1 ページ: 259-269

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.2c01097

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] A Structural Refinement Technique for Protein-RNA Complexes Based on a Combination of AI-based Modeling and Flexible Docking: A Study of Musashi-1 Protein2023

    • 著者名/発表者名
      Darai Nitchakan、Hengphasatporn Kowit、Wolschann Peter、Wolfinger Michael T、Shigeta Yasuteru、Rungrotmongkol Thanyada、Harada Ryuhei
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 96 号: 7 ページ: 677-685

    • DOI

      10.1246/bcsj.20230092

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] Latrunculin resistance mechanism of non‐conventional actin NAP1 uncovered by molecular dynamics simulations2023

    • 著者名/発表者名
      Morita Rikuri、Shigeta Yasuteru、Harada Ryuhei
    • 雑誌名

      Cytoskeleton

      巻: 81 号: 2-3 ページ: 143-150

    • DOI

      10.1002/cm.21798

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K16989, KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] A Variety of Initial Velocities in Restarting Molecular Dynamics Simulations Promotes Protein Transitions2023

    • 著者名/発表者名
      Munei Yohei、Shigeta Yasuteru、Harada Ryuhei
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 52 号: 5 ページ: 385-388

    • DOI

      10.1246/cl.230104

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] Promising SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitor Ligand-Binding Modes Evaluated Using LB-PaCS-MD/FMO2022

    • 著者名/発表者名
      Kowit Hengphasatporn, Ryuhei Harada, Patcharin Wilasluck, Peerapon Deetanya, Edwin R Sukandar, Warinthorn Chavasiri, Aphinya Suroengrit, Siwaporn Boonyasuppayakorn, Thanyada Rungrotmongkol, Kittikhun Wangkanont, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Scientific Report

      巻: 12 号: 1 ページ: 17984-17984

    • DOI

      10.1038/s41598-022-22703-1

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094, KAKENHI-PUBLICLY-22H04800
  • [雑誌論文] Protein Structure Validation Derives a Smart Conformational Search in a Physically Relevant Configurational Subspace2022

    • 著者名/発表者名
      Takunori Yasuda, Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 62 号: 23 ページ: 6217-6227

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.2c01173

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094, KAKENHI-PROJECT-22KJ0421
  • [雑誌論文] Autism-Associated Mutation in Hevin Induces Endoplasmic Reticulum Stress Through Structural Instability2022

    • 著者名/発表者名
      Takumi Taketomi, Takunori Yasuda, Rikuri Morita, Jaehyun Kim, Yasuteru Shigeta, Cagla Eroglu, Ryuhei Harada, Fuminori Tsuruta
    • 雑誌名

      Scientific Report

      巻: 12 号: 1 ページ: 11891-11891

    • DOI

      10.1038/s41598-022-15784-5

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094, KAKENHI-PROJECT-22KJ0421, KAKENHI-PROJECT-20K05951
  • [雑誌論文] The Structural Validation by G-factor Regulates Boost Potentials Employed in Conformational Sampling of Proteins2022

    • 著者名/発表者名
      Takunori Yasuda, Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 62 号: 14 ページ: 3442-3452

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.2c00573

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094, KAKENHI-PROJECT-22KJ0421
  • [雑誌論文] The Role of ATP in Solubilizing RNA-binding Protein Fused in Sarcoma2022

    • 著者名/発表者名
      Hayato Aida, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    • 雑誌名

      Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

      巻: 90 号: 8 ページ: 1606-1612

    • DOI

      10.1002/prot.26335

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] Split conformation of Chaetomium thermophilum Hsp104 disaggregase2021

    • 著者名/発表者名
      Inoue Yosuke、Hanazono Yuya、Noi Kentaro、Kawamoto Akihiro、Kimatsuka Masato、Harada Ryuhei、Takeda Kazuki、Kita Ryoichi、Iwamasa Natsuki、Shibata Kyoka、Noguchi Keiichi、Shigeta Yasuteru、Namba Keiichi、Ogura Teru、Miki Kunio、Shinohara Kyosuke、Yohda Masafumi
    • 雑誌名

      Structure

      巻: - 号: 7 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1016/j.str.2021.02.002

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-20H05497, KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] A Post-Process to Estimate an Approximated Minimal Free Energy Path Based on Local Centroids2021

    • 著者名/発表者名
      Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 782 ページ: 139003-139003

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2021.139003

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] Independent Nontargeted Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (Ino-PaCS-MD) to Enhance the Conformational Sampling of Proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Takunori、Morita Rikuri、Shigeta Yasuteru、Harada Ryuhei
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 17 号: 9 ページ: 5933-5943

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.1c00558

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-20H05497, KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] Solubility and Membrane Permeability of Cyclic Dipeptides Approximately Estimated by Quantum Chemistry and Molecular Dynamics Calculations2021

    • 著者名/発表者名
      Yanagi Koki、Mitsuta Yuki、Takaoka Kenta、Takahashi Teruyuki、Hengphasatporn Kowit、Harada Ryuhei、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 50 号: 12 ページ: 1964-1967

    • DOI

      10.1246/cl.210488

    • NAID

      130008131925

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-20H05497, KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] Residue Folding Degree - Relationship to Secondary Structure Categories and use as Collective Variable2021

    • 著者名/発表者名
      Vladimir Sladek, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 号: 23 ページ: 13042-13042

    • DOI

      10.3390/ijms222313042

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] In Silico Mutational Analyses Reveal Different Ligand-Binding Abilities of Double Pockets of Medaka Fish Taste Receptor Type 1 Essential for Efficient Taste Recognitions2021

    • 著者名/発表者名
      Hayato Aida, Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 23 号: 36 ページ: 20398-20405

    • DOI

      10.1039/d1cp02876f

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] Comprehensive predictions of secondary structures for comparative analysis in different species2021

    • 著者名/発表者名
      Morita Rikuri、Shigeta Yasuteru、Harada Ryuhei
    • 雑誌名

      Journal of Structural Biology

      巻: 213 号: 2 ページ: 107735-107735

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2021.107735

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-20H05497, KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] Structural Variations of Metallothionein with or without Zinc Ions Elucidated by All-Atom Molecular Dynamics Simulations2021

    • 著者名/発表者名
      Morita Rikuri、Shigeta Yasuteru、Harada Ryuhei
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 125 号: 46 ページ: 12712-12717

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c07928

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-20H05497, KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] pyProGA - A PyMOL Plugin for Protein Residue Network Analysis2021

    • 著者名/発表者名
      Vladimir Sladek, Yuta Yamamoto, Ryuhei Harada, Mitsuo Shoji, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 16

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [雑誌論文] Hybrid Cascade-Type Molecular Dynamics with a Markov State Model for Efficient Free Energy Calculations2019

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 15 号: 1 ページ: 680-687

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.8b00802

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Possible Configurations of Apo-form Taste Receptor Type 1 (T1r) Studied by Microsecond-order Molecular Dynamics Simulation2019

    • 著者名/発表者名
      Hayato Aida, Ryuhei, Harada, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 48 号: 4 ページ: 325-328

    • DOI

      10.1246/cl.181030

    • NAID

      130007624447

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Effects of Antifreezing Protein from Rhagium inquisitor Binding on Ice Growth: A Molecular Dynamics Study2019

    • 著者名/発表者名
      Kimatsuka Masato, Ryuma Sato, Ryuhei Harada, Mitsuo Shoji, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 17 号: 3 ページ: 222-224

    • DOI

      10.1246/cl.180963

    • NAID

      130007607565

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Temperature-pressure shuffling outlier flooding method enhances the conformational sampling of proteins2019

    • 著者名/発表者名
      Harada Ryuhei、Yoshino Ryunosuke、Nishizawa Hiroaki、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 40 号: 15 ページ: 1530-1537

    • DOI

      10.1002/jcc.25806

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K18150, KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules2019

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Advances in Quantum Chemistry

      巻: 78 ページ: 129-147

    • DOI

      10.1016/bs.aiq.2018.05.002

    • ISBN
      9780128160848
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Selection rules on initial structures in parallel cascade selection molecular dynamics affect conformational sampling efficiency2018

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Graphics and Modelling

      巻: 85 ページ: 153-159

    • DOI

      10.1016/j.jmgm.2018.08.014

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] How low-resolution structural data predict the conformational changes of a protein: a study on data-driven molecular dynamics simulations2018

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 20 号: 26 ページ: 17790-17798

    • DOI

      10.1039/c8cp02246a

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Simple, yet Efficient Conformational Sampling Methods for Reproducing/Predicting Biologically Rare Events of Proteins2018

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 91 号: 9 ページ: 1436-1450

    • DOI

      10.1246/bcsj.20180170

    • NAID

      130007484183

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Programed dynamical ordering in self-organization processes of a nanocube: a molecular dynamics study2018

    • 著者名/発表者名
      Harada Ryuhei、Mashiko Takako、Tachikawa Masanori、Hiraoka Shuichi、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 20 号: 14 ページ: 9115-9122

    • DOI

      10.1039/c8cp00284c

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-16H00780, KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102005, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-18H01945, KAKENHI-PROJECT-16H06164, KAKENHI-PROJECT-15KT0067
  • [雑誌論文] Coulomb and CH-π interactions in (6-4) photolyase-DNA complex dominate DNA binding and repair abilities2018

    • 著者名/発表者名
      Terai Yuma、Sato Ryuma、Yumiba Takahiro、Harada Ryuhei、Shimizu Kohei、Toga Tatsuya、Ishikawa-Fujiwara Tomoko、Todo Takeshi、Iwai Shigenori、Shigeta Yasuteru、Yamamoto Junpei
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 46 号: 13 ページ: 6761-6772

    • DOI

      10.1093/nar/gky364

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K19476, KAKENHI-PLANNED-26107004, KAKENHI-PROJECT-15H05713, KAKENHI-PROJECT-16H06164, KAKENHI-PROJECT-16K07321
  • [雑誌論文] On-the-Fly Specifications of Reaction Coordinates in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Accelerate Conformational Transitions of Proteins2018

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 14 号: 6 ページ: 3332-3341

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.8b00264

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Temperature-Shuffled Structural Dissimilarity Sampling Based on a Root-Mean-Square Deviation2018

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 58 号: 7 ページ: 1397-1405

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.8b00095

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] How Does Friction Coefficient Affect the Conformational Sampling Efficiency of Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics?2018

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 47 号: 9 ページ: 1119-1122

    • DOI

      10.1246/cl.180464

    • NAID

      130007472092

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] The Formation of Hydrophobic Core Regulates the Protein Folding of Villin Elucidated with Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics2018

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Hayato Aida, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 47 号: 10 ページ: 1300-1303

    • DOI

      10.1246/cl.180596

    • NAID

      130007495956

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Self-Avoiding Conformational Sampling (SACS) Based on Histories of Past Conformational Searches2017

    • 著者名/発表者名
      *R. Harada, *Y. Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 57 号: 12 ページ: 3070-3078

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.7b00573

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26105012, KAKENHI-PROJECT-16H06164, KAKENHI-PROJECT-15J03797
  • [雑誌論文] Dynamic Specification of Initial Structures in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) Efficiently Promotes Biologically Relevant Rare Events2017

    • 著者名/発表者名
      Harada Ryuhei、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 90 号: 11 ページ: 1236-1243

    • DOI

      10.1246/bcsj.20170177

    • NAID

      130006201499

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21719, KAKENHI-PLANNED-26105012, KAKENHI-PROJECT-16H06164, KAKENHI-PROJECT-15J03797
  • [雑誌論文] Classical cumulant dynamics for statistical chemical physics2017

    • 著者名/発表者名
      Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada, Ryuma Sato, Hirotaka Kitoh-Nishioka, My Bui Thi Kieu, Akimasa Sato, Takaki Tokiwa, Akane Kyan, Yuki Ishii, Masato Kimatsuka, Sotaro Yamasaki, Megumi Kayanuma, Mitsuo Shoji
    • 雑誌名

      Molecular Simulation

      巻: 43 号: 13-16 ページ: 1260-1268

    • DOI

      10.1080/08927022.2017.1315770

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] How does the number of initial structures affect the conformational sampling efficiency and quality in parallel cascade selection molecular dynamics (PaCS-MD)?2017

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 47 号: 6 ページ: 862-865

    • DOI

      10.1246/cl.170207

    • NAID

      130005689326

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164, KAKENHI-PROJECT-15J03797
  • [雑誌論文] Molecular Mechanism of the Reaction Specificity in Threonine Synthase: Importance of the Substrate Conformations2017

    • 著者名/発表者名
      Ujiie Yuzuru,Tanaka Wataru,Hanaoka Kyohei,Harada Ryuhei,Kayanuma Megumi,Shoji Mitsuo,Murakawa Takeshi,Ishida Toyokazu,Shigeta Yasuteru,Hayashi Hideyuki
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 121 号: 22 ページ: 5536-5543

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.7b02932

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K05573, KAKENHI-PROJECT-16H06164, KAKENHI-PROJECT-15J03797
  • [雑誌論文] Structural dissimilarity sampling with dynamically self-guiding selection2017

    • 著者名/発表者名
      Harada Ryuhei、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 38 号: 22 ページ: 1921-1929

    • DOI

      10.1002/jcc.24837

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21719, KAKENHI-PLANNED-26105012, KAKENHI-PROJECT-16H06164, KAKENHI-PROJECT-15J03797
  • [雑誌論文] Identification of the key interactions in structural transition pathway of FtsZ from Staphylococcus aureus2017

    • 著者名/発表者名
      J. Fujita, R. Harada, Y. Maeda, Y. Saito, E. Mizohata, T. Inoue, Y. Shigeta, H. Matsumura
    • 雑誌名

      J. Struct. Biol.

      巻: 198 号: 2 ページ: 65-73

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2017.04.008

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-16H00783, KAKENHI-PUBLICLY-17H05732, KAKENHI-PROJECT-16H06164, KAKENHI-PROJECT-15J00589, KAKENHI-PROJECT-15J03797
  • [雑誌論文] Temperature-shuffled parallel cascade selection molecular dynamics accelerates the structural transitions of proteins2017

    • 著者名/発表者名
      Harada Ryuhei、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 38 号: 31 ページ: 2671-2674

    • DOI

      10.1002/jcc.25060

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21719, KAKENHI-ORGANIZER-26105001, KAKENHI-PLANNED-26105012, KAKENHI-PLANNED-26107004, KAKENHI-PROJECT-16H06164, KAKENHI-PROJECT-15J03797
  • [雑誌論文] Efficient conformational search based on Structural Dissimilarity Sampling: Applications to reproductions of structural transitions on Maltodextrin Binding Protein2017

    • 著者名/発表者名
      R. Harada, Y. Shigeta
    • 雑誌名

      J. Chem. Theoret. Comp.

      巻: 13 号: 3 ページ: 1411-1423

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.6b01112

    • 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26107004, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] 最近の研究から「カスケード型超並列シミュレーションに基づく遷移経路探索法」2016

    • 著者名/発表者名
      原田隆平
    • 雑誌名

      アンサンブル

      巻: 18 号: 3 ページ: 159-167

    • DOI

      10.11436/mssj.18.159

    • NAID

      130005874978

    • ISSN
      1884-5088, 1884-6750
    • 言語
      日本語
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Theoretical analyses on a flipping mechanism of UV-induced DNA damage2016

    • 著者名/発表者名
      R. Sato, R. Harada, Y. Shigeta
    • 雑誌名

      Biophys. Physicobio.

      巻: 13 号: 0 ページ: 311-319

    • DOI

      10.2142/biophysico.13.0_311

    • NAID

      130005433879

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26107004, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Sparsity-weighted Outlier FLOODing (OFLOOD) method: Efficient rare event sampling method using sparsity of distribution2016

    • 著者名/発表者名
      R. Harada, T. Nakamura, Y. Shigeta
    • 雑誌名

      J. Comp. Chem.

      巻: 37 号: 8 ページ: 724-728

    • DOI

      10.1002/jcc.24255

    • 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26107004, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] A Fast Convergent Simulated Annealing Algorithm: Simulated Annealing Outlier FLOODing (SA-OFLOOD) Method2016

    • 著者名/発表者名
      R. Harada, T. Nakamura, Y. Shigeta
    • 雑誌名

      Bull. Chem. Soc. Jpn.

      巻: 89 号: 11 ページ: 1361-1367

    • DOI

      10.1246/bcsj.20160244

    • NAID

      130005316155

    • 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26107004, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Biomolecular interactions modulate macromolecular structure and dynamics in atomistic model of a bacterial cytoplasm2016

    • 著者名/発表者名
      Yu I, Mori T, Ando T, Harada R, Jung J, Sugita Y, Feig M
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 5

    • DOI

      10.7554/elife.19274

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-25410025, KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Common folding processes of the fast-folding proteins: Partial formations of secondary structures initiate the immediate protein folding2016

    • 著者名/発表者名
      *R. Harada,*Y. Takano, *Y. Shigeta,
    • 雑誌名

      J. Comput. Chem. in press.

      巻: - 号: 11 ページ: 767-853

    • DOI

      10.1002/jcc.24748

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-26105001, KAKENHI-PLANNED-26105012, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21719, KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Molecular mechanisms of substrate specificities of uridine-cytidine kinase2016

    • 著者名/発表者名
      W. Tanaka, M. Shoji, F. Tomoike, Y. Ujiie, K. Hanaoka, R. Harada, M. Kayanuma, K. Kamiya, T. Ishida, R. Masui, S. Kuramitsu, Y. Shigeta
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 13 号: 0 ページ: 77-84

    • DOI

      10.2142/biophysico.13.0_77

    • NAID

      130005156955

    • ISSN
      2189-4779
    • 言語
      英語
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26410002, KAKENHI-PROJECT-15K21459, KAKENHI-PROJECT-24000018, KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] TaBoo SeArch (TBSA) algorithm with a modified inverse histogram for reproducing biologically relevant rare-events of proteins,2016

    • 著者名/発表者名
      *R. Harada,*Y. Takano, *Y. Shigeta,
    • 雑誌名

      J. Chem. Theory Comput.,

      巻: 12 号: 5 ページ: 2346-2445

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.6b00082

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-26105001, KAKENHI-PLANNED-26105012, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21719, KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Parallel cascade selection molecular dynamics for efficient conformational sampling and free energy calculation of proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Akio Kitao, Ryuhei Harada, Yasutaka Nishihara, Duy Phuoc Tran
    • 雑誌名

      AIP Conference Proceedings

      巻: 1790

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Efficient conformational sampling of proteins based on a multi-dimensional TaBoo SeArch algorithm:2015

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yu Takano, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 630 ページ: 68-75

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2015.04.039

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-26105001, KAKENHI-PLANNED-26105012, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [雑誌論文] Automatic Detection of Hidden Dimension in OFLOOD Method2015

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Tomotake Nakamura, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 639 ページ: 269-274

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2015.09.031

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-26840056, KAKENHI-PLANNED-26107004
  • [雑誌論文] Simple, yet powerful methodologies for conformational sampling of proteins2015

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yu Takano, Takeshi Baba, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 17 号: 9 ページ: 6155-6173

    • DOI

      10.1039/c4cp05262e

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26105012, KAKENHI-PLANNED-26107004, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [雑誌論文] Enhanced conformational sampling method for proteins based on the TaBoo SeArch (TBSA) algorithm: Application to the folding of a mini-protein, chignolin2015

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yu Takano, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 36 号: 10 ページ: 763-772

    • DOI

      10.1002/jcc.23854

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26105012, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-26840056, KAKENHI-PLANNED-26107004
  • [雑誌論文] Non-targeted parallel cascade selection molecular dynamics (nt-PaCS-MD) for enhancement of the conformational sampling of proteins2015

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada and Akio Kitao
    • 雑誌名

      J. Chem. Theor. Comput.

      巻: 11 号: 11 ページ: 5493-5502

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.5b00723

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25104002, KAKENHI-PROJECT-15H04357, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [雑誌論文] Complete Atomistic Model of a Bacterial Cytoplasm for Integrating Physics, Biochemistry, and Systems Biology2015

    • 著者名/発表者名
      Michael Feig, Ryuhei Harada, Takaharu Mori, Isseki Yu, Koich Takahashi, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Jornal of Molecular Graphics and Modelling

      巻: 56 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1016/j.jmgm.2015.02.004

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [雑誌論文] Protein folding pathways extracted by OFLOOD: Outlier FLOODing method2015

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Tomotake Nakamura, Yu Takano, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 36 号: 2 ページ: 97-102

    • DOI

      10.1002/jcc.23773

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26105012, KAKENHI-PLANNED-26107004, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [雑誌論文] Quantal cumulant dynamics for real-time simulations of quantum many-body systems2015

    • 著者名/発表者名
      Y. Shigeta, H. Harada, M. Kayanuma, M. Shoji
    • 雑誌名

      Int. J. Quantum Chem.

      巻: 115 号: 5 ページ: 300-308

    • DOI

      10.1002/qua.24820

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26107004, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [雑誌論文] カスケード型超並列シミュレーションによるタンパク質構造遷移のパスウェイ探索2014

    • 著者名/発表者名
      西原泰孝, 原田隆平, 北尾彰朗
    • 雑誌名

      統計数理

      巻: 62 ページ: 273-284

    • NAID

      120006020818

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [雑誌論文] Conformational transition pathway and free energy analyses of proteins by parallel cascade selection molecular dynamics (PaCS-MD)2014

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yasutaka Nishihara, Nobuhiko Wakai, and Akio Kitao
    • 雑誌名

      AIP Conference Proceedings

      巻: 1618 ページ: 86-86

    • DOI

      10.1063/1.4897682

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23370066, KAKENHI-PLANNED-25104002, KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [雑誌論文] Fluctuation Flooding Method (FFM) for accelerating conformational transitions on proteins.2014

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yu Takano, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 140 号: 12 ページ: 125103-125103

    • DOI

      10.1063/1.4869594

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23657103, KAKENHI-PUBLICLY-25104717, KAKENHI-PUBLICLY-26102525, KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [雑誌論文] タンパク質の柔らかな運動を誘起する分子シミュレーション2014

    • 著者名/発表者名
      原田隆平,北尾彰朗
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 54 号: 3 ページ: 167-171

    • DOI

      10.2142/biophys.54.167

    • NAID

      130004719369

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 言語
      日本語
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23370066, KAKENHI-PLANNED-25104002, KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [雑誌論文] On the induced-fitmechanism of substrate-enzyme binding structures of Nylon-oligomerhydrolase2014

    • 著者名/発表者名
      T. Baba, R. Harada, M. Nakano, Y. Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 35 号: 16 ページ: 1240-1247

    • DOI

      10.1002/jcc.23614

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-26102525, KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [産業財産権] 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム2015

    • 発明者名
      中村朋健, 重田育照, 原田隆平
    • 権利者名
      中村朋健, 重田育照, 原田隆平
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2015-08-07
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [産業財産権] 情報処理装置, シミュレーション手法, およびシミュレーションプログラム2015

    • 発明者名
      中村朋健, 重田育照, 原田隆平
    • 権利者名
      中村朋健, 重田育照, 原田隆平
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2015-08-07
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [学会発表] Integrated AI-based Modeling and Flexible Docking for Protein-RNA Complexes Refinement2023

    • 著者名/発表者名
      Kowit Hengphasatporn, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    • 学会等名
      The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] Investigating the Binding Pathway of 2-Pralidoxime for Reactivating Organophosphate-Inhibited Human Acetylcholinesterase2023

    • 著者名/発表者名
      Nalinee Kongkaew, Kowit Hengphasatporn, Yasuteru Shigeta, Thanyada Rungrotmongkol, Ryuhei Harada
    • 学会等名
      The 6th International Conference on Molecular Simulation
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] 生体機能を紐解く分子シミュレーション手法の開発と応用2023

    • 著者名/発表者名
      原田 隆平
    • 学会等名
      自然科学研究機構 計算科学研究センター スーパーコンピュータワークショップ
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] 次世代インシリコ創薬を開拓する新しい分子シミュレーション手法の開発2023

    • 著者名/発表者名
      原田 隆平
    • 学会等名
      CBI研究機構量子構造生命科学研究所シンポジウム
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] 中分子創薬を革新する分子シミュレーション手法の開発2023

    • 著者名/発表者名
      原田 隆平
    • 学会等名
      第453回 CBI学会講演会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] 化合物の結合と膜透過プロセスを紐解くレアイベントサンプリング法の開発2023

    • 著者名/発表者名
      原田 隆平, 森田 陸離, Kowit Hengphasatporn, 重田 育照
    • 学会等名
      化合物の結合と膜透過プロセスを紐解くレアイベントサンプリング法の開発
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Sampling Rare Events of Proteins2023

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada
    • 学会等名
      The 26th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE 26)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] 脂質二重膜を考慮した膜タンパク質に対するドッキング手法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      森田陸離, 重田育照, 原田隆平
    • 学会等名
      第50回 構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] タンパク質の機能を解明する分子シミュレーション手法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      原田隆平
    • 学会等名
      第22回 日本蛋白質科学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] 生体機能を解明する分子シミュレーション手法の開発と応用2022

    • 著者名/発表者名
      原田隆平
    • 学会等名
      物性研短期研究会 「理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] Structural Validation by the G-factor Properly Regulates Boost Potentials Imposed in Conformational Sampling of Proteins2022

    • 著者名/発表者名
      Takunori Yasuda, Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    • 学会等名
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] LogP-corrected Membrane Docking Score Screens Protein-Ligand-Membrane Complexes2022

    • 著者名/発表者名
      Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    • 学会等名
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] 化合物の膜透過プロセスを紐解く自由エネルギー計算手法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 森田陸離, 重田育照
    • 学会等名
      第50回 構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] 計算科学で紐解く相分離生物学2022

    • 著者名/発表者名
      原田隆平
    • 学会等名
      公益社団法人高分子学会関東支部 主催 「相分離生物学と高分子科学の接点」
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] A Computational Study on the Half-Site Activity Mechanism of Homodimeric Tyrosyl tRNA Synthetase2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshino Okamoto, Takunori Yasuda, Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    • 学会等名
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] Enhanced Samplingにおける構造妥当性の評価は外部バイアスを適切に制御する2022

    • 著者名/発表者名
      保田拓範, 森田陸離, 重田育照, 原田隆平
    • 学会等名
      第36回 分子シミュレーション討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] Molecular Dynamics Simulation Reveals Structural Variations of Metallothionein with or without Zinc Ions2022

    • 著者名/発表者名
      Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    • 学会等名
      The 8th International Symposium on Metallomics
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよび エンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析2022

    • 著者名/発表者名
      宗井陽平, 堀優太, Kowit Hengphasatporn, 原田隆平, 重田育照
    • 学会等名
      日本コンピューター化学会 2022年 秋季年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] 分子動力学計算で解明する維持メチル化酵素 DNMT1の活性化メカニズム2021

    • 著者名/発表者名
      保田拓範, 森田陸 離, 重田育照, 原田隆平
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] Classification of Intrinsically Disordered Regions involved in Liquid-Liquid Phase Separation Using the Novel Score2021

    • 著者名/発表者名
      Hayato Aida, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta, Kentaro Tomii
    • 学会等名
      第59回 日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] ペプチドの膜透過性を評価する分子シミュレーション技術の創出2021

    • 著者名/発表者名
      原田隆平
    • 学会等名
      CBI学会(情報計算化学生物学会)2021年度大会 フォーカストセッション「ペプチド創薬を指向した計算科学の最前線」
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] タンパク質二次構造の網羅的予測2021

    • 著者名/発表者名
      森田陸離, 重田育照, 原田隆平
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] Structural Diversity of Metallothionein Revealed by Using Molecular Dynamics Simulations2021

    • 著者名/発表者名
      Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] 分子動力学計算で解明するメタロチオネインの構造多様性2021

    • 著者名/発表者名
      森田陸離, 重田育照, 原田隆平
    • 学会等名
      新学術領域研究「生命金属科学」領域会議 第4回地方巡業(東京)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] 統計モデルを用いた天然変性領域の特徴抽出のための新たなスコア2021

    • 著者名/発表者名
      會田勇斗, 原田隆平, 重田 育照, 富井健太郎
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] Elucidation of Dnmt1 Activation Mechanism by Ubiquitinated Histones Using Molecular Dynamics Simulations2021

    • 著者名/発表者名
      Takunori Yasuda, Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06094
  • [学会発表] 分子混雑のシミュレーション研究とカスケード選択型分子動力学シミュレーションの開発 (日本物理学会 第13回若手奨励賞 -領域12- 受賞記念講演)2019

    • 著者名/発表者名
      原田隆平
    • 学会等名
      日本物理学会2019年春季大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] Developments of Efficient Conformational Sampling Methods for Biogogically Rare Events2018

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada
    • 学会等名
      Asia Hub for e-Drug Discovery (AHeDD) 2018
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] カスケード型並列分子動力学シミュレーションとマルコフ状態モデルを併用したタンパク質の自由エネルギー計算2018

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 重田育照
    • 学会等名
      日本物理学会2018年秋季大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] 生物学的レアイベントを再現予測するタンパク質構造サンプリグ法の開発2018

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 重田育照
    • 学会等名
      日本物理学会 第73回年次大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] 生物学的レアイベントを再現予測するタンパク質構造サンプリグ法の開発2018

    • 著者名/発表者名
      原田隆平
    • 学会等名
      第2回ワークショップ「レアイベントの計算科学」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] 生体分子シミュレーションによる機能解析と計算生体分子医科学への展開2018

    • 著者名/発表者名
      原田隆平
    • 学会等名
      筑波大学計算科学研究センター 計算メディカルサイエンス キックオフシンポジウム
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] タンパク質の機能発現を解明する分子混雑シミュレーション手法およびカスケード型超並列シミュレーション手法の開発2018

    • 著者名/発表者名
      原田隆平
    • 学会等名
      第98回日本化学会春季大会 第67回日本化学会 進歩賞 受賞講演
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] データ駆動型分子動力学法による構造細密化と遷移構造探索2018

    • 著者名/発表者名
      重田育照, 原田隆平
    • 学会等名
      第41回ケモインフォマティクス討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] 生物学的レアイベントを効率的に再現・予測する構造サンプリング手法の開発2017

    • 著者名/発表者名
      原田隆平
    • 学会等名
      物性研究所スパコン共同利用 CCMS合同研究会「計算物質科学の今と未来」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] 生物学的レアイベントを再現/予測する効率的構造サンプリング手法の開発2017

    • 著者名/発表者名
      原田隆平
    • 学会等名
      新学術領域「柔らかな分子系」ワークショップ「若手研究者が描く分子理論の未来」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] 生物学的レアイベントを再現 / 予測するタンパク質構造サンプリング手法の開発2017

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 重田育照
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] 生物学的レアイベントを再現/予測する効率的構造サンプリング手法の開発2017

    • 著者名/発表者名
      原田隆平
    • 学会等名
      第3回近電セミナー (物理工学懇談会協賛, 化学生命系セミナー協賛)
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] 生物学的レアイベントを再 現する効率的構造サンプリング手法の開発2016

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 重田育照
    • 学会等名
      第54回に本生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] レアイベント探索手法で探求するタンパク質フォールディングの普遍性2016

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 鷹野優, 重田育照
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] カスケード型超並列シミュレーションを用いた生物学的レアイベント探索手法の構築2016

    • 著者名/発表者名
      原田隆平
    • 学会等名
      凝縮系の理論化学2016
    • 発表場所
      琉球大学(沖縄県中頭群西原町)
    • 年月日
      2016-03-10
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [学会発表] 生物学的レアイベントを再現する構造サンプリ ング手法の開発2016

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 重田育照
    • 学会等名
      第30回分子シミュレーション討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [学会発表] 逆状態分布に基づく効率的タンパク質構造サンプリング手法の開発2015

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 鷹野優, 重田育照
    • 学会等名
      第29回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      朱鷺メッセ(新潟県新潟市)
    • 年月日
      2015-11-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [学会発表] レアイベント探索手法"OFLOOD"で解明するタンパク質フォールディング機構2015

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 鷹野優, 重田育照
    • 学会等名
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール(徳島県徳島市)
    • 年月日
      2015-06-24
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [学会発表] Simple, yet Powerful Conformational Sampling Methodologies for Proteins2015

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 鷹野優, 重田育照
    • 学会等名
      環太平洋化学会議 Pacifichem 2015
    • 発表場所
      ハワイコンベンションセンター(米国ハワイ市)
    • 年月日
      2015-12-15
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [学会発表] Simple yet Powerful Conformational Sampling Methods for Reproducing Biologically Rare Events2015

    • 著者名/発表者名
      原田隆平
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [学会発表] タンパク質レアイベント抽出のための 効率的構造サンプリング手法

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 鷹野優, 重田照育
    • 学会等名
      第28回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      宮城県仙台市/仙台市民会館
    • 年月日
      2014-11-11 – 2014-11-14
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [学会発表] 蛋白質構造揺らぎを用いた構造変化加速法 :FFM

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 鷹野優, 重田照育
    • 学会等名
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      神奈川県横浜市/ワークピア横浜
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [学会発表] 大規模構造変化を誘起するMD手法を利用したナイロンオリゴマー分解酵素の誘導適合過程の解明

    • 著者名/発表者名
      馬場 剛史, 原田 隆平, 中野 雅由, 重田 育照
    • 学会等名
      第17回理論化学討論会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市/名古屋大学東山キャンパス
    • 年月日
      2014-05-22 – 2014-05-24
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [学会発表] タンパク質レアイベントを抽出する効率的構造サンプリング法

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 鷹野優, 重田照育
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      北海道札幌市/札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [学会発表] 酵素の基質結合と大規模構造変化に関する理論的研究

    • 著者名/発表者名
      馬場 剛史, 原田 隆平, 中野 雅由, 重田 育照
    • 学会等名
      第8回分子科学討論会2014東広島
    • 発表場所
      広島県東広島市/広島大学東広島キャンパス
    • 年月日
      2014-09-21 – 2014-09-23
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26840056
  • [学会発表] ナイロンオリゴマー分解酵素の大規模構造変化に対するアミノ酸変異導入の効果

    • 著者名/発表者名
      馬場 剛史, 原田 隆平, 中野 雅由, 重田 育照
    • 学会等名
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      神奈川県横浜市/ワークピア横浜
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26840056
  • 1.  松村 浩由 (30324809)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 2.  深山 浩 (60373255)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 3.  重田 育照
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 15件
  • 4.  石川 智子
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 5.  村川 武志
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 6.  庄司 光男
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 7.  鷹野 優
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 7件
  • 8.  杉田 有治
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 9.  立川 仁典
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 10.  北尾 彰朗
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 11.  林 秀行
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 12.  小川 亜希子
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 13.  吉野 龍ノ介
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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