近藤寛子 Kondo Hiroko

研究者番号	60700028
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 北見工業大学, 工学部, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2025年度: 北見工業大学, 工学部, 准教授 2019年度 – 2023年度: 北見工業大学, 工学部, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者学術変革領域研究区分(Ⅱ) / 小区分43040:生物物理学関連研究代表者以外小区分43040:生物物理学関連 / 小区分34030:グリーンサステイナブルケミストリーおよび環境化学関連
キーワード	研究代表者構造機能相関 / 深層学習 / シトクロムP450 / 分子シミュレーション / 機械学習 / データベース / 分子力場 / ヘムタンパク質研究代表者以外量子化学計算 / 分子動力学シミュレーション … もっと見る / 蛋白質 / 分子力場 / 二次構造 / 水素結合 / 水系合成化学 / 反応工学 / 汚染物質除去 / ゼータ電位 / 分子動力学 / フローテーション / 水系反応 / 薬物分離 / 精製技術 / 色素 / グリーン化学 / 低環境負荷プロセス / 反応分離工学 / 染色排水 / 医療排水 / 迅速精製 / 排水処理 / 塩基性薬物 / 塩基性色素 / 気泡 / 水溶液 / 低環境負荷 / 疎水相互作用 / 分離 / 薬物 / 気液界面 / 密度汎関数法隠す

シトクロムP450における触媒反応の多様性の原理の解明と機能予測モデルの構築研究代表者
- 研究代表者
  
  近藤寛子
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2026
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅱ)
- 研究機関
  北見工業大学
タンパク質により生み出されるヘムの多機能性の起源の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  近藤寛子
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  北見工業大学
計算科学による蛋白質構造形成相互作用の高次構造依存性の解明と新規分子力場の開発
- 研究代表者
  
  鷹野優
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  広島市立大学
蛋白質構造形成に関する高次構造依存性の解明および新規分子力場の開発
- 研究代表者
  
  鷹野優
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  広島市立大学
気液界面修飾型薬物捕捉場の創成と持続可能な水系反応分離工学の構築
- 研究代表者
  
  齋藤徹
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分34030:グリーンサステイナブルケミストリーおよび環境化学関連
- 研究機関
  北見工業大学

すべて 2023 2022 2021 2020 2019

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Negative fragmentation approach for investigating the depolarization effect of neighboring residues on hydrogen bonds in π-helix2023
- 著者名/発表者名
  Kondo Hiroko X.、Nakamura Haruki、Takano Yu
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters
  
  巻: 815 ページ: 140361-140361
- DOI
  10.1016/j.cplett.2023.140361
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06164, KAKENHI-PLANNED-20H05883, KAKENHI-PROJECT-19K06589
[雑誌論文] Prediction of Protein Function from Tertiary Structure of the Active Site in Heme Proteins by Convolutional Neural Network2023
- 著者名/発表者名
  Kondo Hiroko X.、Iizuka Hiroyuki、Masumoto Gen、Kabaya Yuichi、Kanematsu Yusuke、Takano Yu
- 雑誌名
  
  Biomolecules
  
  巻: 13 号: 1 ページ: 137-137
- DOI
  10.3390/biom13010137
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06164, KAKENHI-PROJECT-21K14741, KAKENHI-PLANNED-20H05883, KAKENHI-PROJECT-19K06589, KAKENHI-PUBLICLY-22H04813
[雑誌論文] Computational Exploration of Minimum Energy Reaction Pathway of N2O Formation from Intermediate I of P450nor Using an Active Center Model2023
- 著者名/発表者名
  Kanematsu Yusuke、Kondo Hiroko X.、Takano Yu
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 24 号: 24 ページ: 17172-17172
- DOI
  10.3390/ijms242417172
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06164, KAKENHI-PROJECT-23K05707, KAKENHI-PUBLICLY-22H04813, KAKENHI-PLANNED-20H05883
[雑誌論文] Random Forest Classifier of Heme Proteins Using Porphyrin Distortions and Axial Ligands of Heme2023
- 著者名/発表者名
  Fujikawa Hinako、Kondo Hiroko X.、Kanematsu Yusuke、Takano Yu
- 雑誌名
  
  Chemistry Letters
  
  巻: 52 号: 6 ページ: 503-507
- DOI
  10.1246/cl.230150
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06164, KAKENHI-PROJECT-23K05707, KAKENHI-PROJECT-21K14741, KAKENHI-PUBLICLY-22H04813, KAKENHI-PLANNED-20H05883
[雑誌論文] Global Analysis of Heme Proteins Elucidates the Correlation between Heme Distortion and the Heme-Binding Pocket2022
- 著者名/発表者名
  Kondo Hiroko X.、Fujii Masanori、Tanioka Takuma、Kanematsu Yusuke、Yoshida Takashi、Takano Yu
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 62 号: 4 ページ: 775-784
- DOI
  10.1021/acs.jcim.1c01315
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05883, KAKENHI-PROJECT-19K06589, KAKENHI-PROJECT-21K14741
[雑誌論文] Analysis of Fluctuation in the Heme-Binding Pocket and Heme Distortion in Hemoglobin and Myoglobin2022
- 著者名/発表者名
  Kondo Hiroko X.、Takano Yu
- 雑誌名
  
  Life
  
  巻: 12 号: 2 ページ: 210-210
- DOI
  10.3390/life12020210
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05883, KAKENHI-PROJECT-19K06589
[雑誌論文] Elucidation of the Correlation between Heme Distortion and Tertiary Structure of the Heme-Binding Pocket Using a Convolutional Neural Network2022
- 著者名/発表者名
  Kondo Hiroko X.、Iizuka Hiroyuki、Masumoto Gen、Kabaya Yuichi、Kanematsu Yusuke、Takano Yu
- 雑誌名
  
  Biomolecules
  
  巻: 12 号: 9 ページ: 1172-1172
- DOI
  10.3390/biom12091172
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06164, KAKENHI-PLANNED-20H05883, KAKENHI-PROJECT-19K06589, KAKENHI-PUBLICLY-22H04813, KAKENHI-PROJECT-21K14741
[雑誌論文] Effects of Active-Center Reduction of Plant-Type Ferredoxin on Its Structure and Dynamics: Computational Analysis Using Molecular Dynamics Simulations2022
- 著者名/発表者名
  Nakayoshi Tomoki、Ohnishi Yusuke、Tanaka Hideaki、Kurisu Genji、Kondo Hiroko X.、Takano Yu
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 23 号: 24 ページ: 15913-15913
- DOI
  10.3390/ijms232415913
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06164, KAKENHI-PLANNED-20H05879, KAKENHI-PLANNED-20H05883, KAKENHI-PROJECT-21H02417
[雑誌論文] Conformational Preference of Flavonols and Its Effect on the Chemical Properties Involved in Radical Scavenging Activity2022
- 著者名/発表者名
  Kondo Hiroko X.、Takano Yu
- 雑誌名
  
  Chemistry
  
  巻: 4 号: 4 ページ: 1123-1135
- DOI
  10.3390/chemistry4040076
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06164, KAKENHI-PLANNED-20H05883, KAKENHI-PROJECT-19K06589
[雑誌論文] Quantum chemical studies on hydrogen bonds in helical secondary structures2022
- 著者名/発表者名
  Takano Yu、Kondo Hiroko X.、Nakamura Haruki
- 雑誌名
  
  Biophysical Reviews
  
  巻: 14 号: 6 ページ: 1369-1378
- DOI
  10.1007/s12551-022-01034-5
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06164, KAKENHI-PLANNED-20H05883, KAKENHI-PROJECT-19K06589
[雑誌論文] Structure of Heme-binding Pocket in Heme Protein is Generally Rigid and can be Predicted by AlphaFold22022
- 著者名/発表者名
  Kondo Hiroko X.、Kanematsu Yusuke、Takano Yu
- 雑誌名
  
  Chemistry Letters
  
  巻: 51 号: 7 ページ: 704-708
- DOI
  10.1246/cl.220172
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05883, KAKENHI-PROJECT-19K06589, KAKENHI-PUBLICLY-22H04813
[雑誌論文] Depolarizing Effects in Hydrogen Bond Energy in 310-Helices Revealed by Quantum Chemical Analysis2022
- 著者名/発表者名
  Kondo Hiroko X.、Nakamura Haruki、Takano Yu
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 23 号: 16 ページ: 9032-9032
- DOI
  10.3390/ijms23169032
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06164, KAKENHI-PLANNED-20H05883, KAKENHI-PROJECT-19K06589
[雑誌論文] PyDISH: database and analysis tools for heme porphyrin distortion in heme proteins2020
- 著者名/発表者名
  Kondo Hiroko X、Kanematsu Yusuke、Masumoto Gen、Takano Yu
- 雑誌名
  
  Database
  
  巻: 2020
- DOI
  10.1093/database/baaa066
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589, KAKENHI-PROJECT-19H02752
[雑誌論文] Effects of a remote mutation from the contact paratope on the structure of CDR-H3 in the anti-HIV neutralizing antibody PG162019
- 著者名/発表者名
  Kondo Hiroko X.、Kiribayashi Ryo、Kuroda Daisuke、Kohda Jiro、Kugimiya Akimitsu、Nakano Yasuhisa、Tsumoto Kouhei、Takano Yu
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 9 号: 1 ページ: 19840-19840
- DOI
  10.1038/s41598-019-56154-y
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589, KAKENHI-WRAPUP-19H05451, KAKENHI-PROJECT-19H03522, KAKENHI-PROJECT-19H04202, KAKENHI-PROJECT-17H06109
[雑誌論文] Hydrogen bond donors and acceptors are generally depolarized in ホア窶辛elices as revealed by a molecular tailoring approach2019
- 著者名/発表者名
  *H. X. Kondo, A. Kusaka, C. K. Kitakawa, J. Onari, S. Yamanaka, H. Nakamura, *Y. Takano
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  巻: 40 号: 23 ページ: 2043-2052
- DOI
  10.1002/jcc.25859
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07325, KAKENHI-PROJECT-19K06589, KAKENHI-WRAPUP-19H05451, KAKENHI-PROJECT-19H02752
[学会発表] 機械学習手法を用いたヘムタンパク質における構造機能相関の解析2023
- 著者名/発表者名
  近藤寛子
- 学会等名
  レア・イベントの計算科学第6回ワークショップ
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K05707
[学会発表] Analysis of structure-function correlation in the active sites of heme proteins2023
- 著者名/発表者名
  近藤寛子, 飯塚博幸, 舛本現, 兼松佑典, 鷹野優
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K05707
[学会発表] ヒスチジン二残基を軸配位子とするヘムbの分子力場パラメータの決定と検証2023
- 著者名/発表者名
  仲吉朝希・近藤寛子・酒井友紀菜・兼松佑典・新井博文・鷹野優
- 学会等名
  第51回構造活性相関シンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06164
[学会発表] Depolarizing effects in hydrogen bond energy in 310-helices revealed by quantum chemical analysis2022
- 著者名/発表者名
  Yu Takano, Hiroko X. Kondo, Haruki Nakamura
- 学会等名
  International Congress on Pure & Applied Chemistry Kota Kinabalu
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589
[学会発表] Depolarizing effects in hydrogen bond energy in 310-helices revealed by quantum chemical analysis2022
- 著者名/発表者名
  Yu Takano, Hiroko X. Kondo, Haruki Nakamura
- 学会等名
  International Congress on Pure & Applied Chemistry Yangon (ICPAC Kota Kinabalu) 2022
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06164
[学会発表] ヘム蛋白質における構造機能相関の解明に向けたヘム結合部位のタンパク質環境とヘムの歪みの相関解析2021
- 著者名/発表者名
  近藤寛子，飯塚博幸，舛本現，兼松佑典，鷹野優
- 学会等名
  日本コンピュータ化学会2021年秋季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589
[学会発表] Computational study of the structural function relationship of heme proteins2021
- 著者名/発表者名
  Yu Takano, Hiroko X. Kondo, Yusuke Kanematsu
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589
[学会発表] ヘムタンパク質における構造機能相関の解明に向けたタンパク質ポケットとヘムの歪みの相関解析2021
- 著者名/発表者名
  近藤寛子，飯塚博幸，舛本現，兼松佑典，鷹野優
- 学会等名
  第21回日本蛋白質科学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589
[学会発表] PyDISH: Database and analysis tools for heme porphyrin distortion in heme proteins2020
- 著者名/発表者名
  鷹野優・近藤寛子・兼松佑典・舛本現
- 学会等名
  第58回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589
[学会発表] Quantum chemical analysis of the hydrogen bond interactions in secondary structures of proteins with Negative Fragmentation Approach2020
- 著者名/発表者名
  Yu Takano, Hiroko X. Kondo, Haruki Nakamura
- 学会等名
  The 60th Sanibel Symposium
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589
[学会発表] ヘムタンパク質におけるヘム周囲のタンパク質環境とヘムの歪みの網羅解析2020
- 著者名/発表者名
  近藤寛子・藤井理則・谷岡卓磨・兼松佑典・吉田孝・鷹野優
- 学会等名
  錯体化学会第70回討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589
[学会発表] ヘムの構造歪みデータベースおよび解析ツールPyDISHの開発2020
- 著者名/発表者名
  鷹野優・近藤寛子・兼松佑典・舛本現
- 学会等名
  日本コンピュータ化学会2020秋季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589
[学会発表] Analysis of an effect of mutations on the structure of CDR-H3 in the anti-HIV neutralizing antibody PG162020
- 著者名/発表者名
  近藤寛子・桐林遼・黒田大祐・津本浩平・鷹野優
- 学会等名
  第58回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589
[学会発表] Hydrogen bond donors and acceptors are generally depolarized in α-helices as revealed by a molecular tailoring approach2019
- 著者名/発表者名
  近藤寛子・草鹿あゆみ・中村春木・鷹野優
- 学会等名
  第19回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589
[学会発表] Negative Fragmentation Approachを用いたタンパク質の二次構造における相互作用エネルギーの解析2019
- 著者名/発表者名
  近藤寛子，草鹿あゆみ，中村春木，鷹野優
- 学会等名
  日本コンピュータ化学会2019秋季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02752
[学会発表] Hydrogen bond donors and acceptors are generally depolarized in α-helices as revealed by a negative fragmentation approach2019
- 著者名/発表者名
  Yu Takano, Hiroko X. Kondo, Ayumi Kusaka, Shusuke Yamanaka, Haruki Nakamura
- 学会等名
  International Congress on Pure & Applied Chemistry Yangon 2019
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589
[学会発表] Hydrogen bond donors and acceptors are generally depolarized in α-helices as revealed by a molecular tailoring approach2019
- 著者名/発表者名
  Hiroko X. Kondo, Ayumi Kusaka, Haruki Nakamura, Yu Takano
- 学会等名
  第19回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02752
[学会発表] ヘムの構造歪みに着目した統計解析・電子状態計算による構造機能相関の解明とデータベースの構築2019
- 著者名/発表者名
  近藤寛子，兼松佑典，藤井理則，石井学，舛本現，今田康博，吉田孝，鷹野優
- 学会等名
  第46回生体分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02752
[学会発表] Negative Fragmentation Approachを用いたタンパク質の二次構造における相互作用エネルギーの解析2019
- 著者名/発表者名
  近藤寛子・草鹿あゆみ・中村春木・鷹野優
- 学会等名
  日本コンピュータ化学会2019秋季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589
[学会発表] Hydrogen bond donors and acceptors are generally depolarized in α-helices as revealed by a negative fragmentation approach2019
- 著者名/発表者名
  鷹野優・近藤寛子・草鹿あゆみ・山中秀介・中村春木
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06589

1. 鷹野優 (30403017)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 31件
2. 齋藤徹 (40186945)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 林英男 (10385536)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 安田啓司 (80293645)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 中村春木

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

近藤 寛子 Kondo Hiroko

研究課題

研究成果

共同研究者

シトクロムP450における触媒反応の多様性の原理の解明と機能予測モデルの構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質により生み出されるヘムの多機能性の起源の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

計算科学による蛋白質構造形成相互作用の高次構造依存性の解明と新規分子力場の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

蛋白質構造形成に関する高次構造依存性の解明および新規分子力場の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

気液界面修飾型薬物捕捉場の創成と持続可能な水系反応分離工学の構築

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Negative fragmentation approach for investigating the depolarization effect of neighboring residues on hydrogen bonds in π-helix2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Prediction of Protein Function from Tertiary Structure of the Active Site in Heme Proteins by Convolutional Neural Network2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Computational Exploration of Minimum Energy Reaction Pathway of N2O Formation from Intermediate I of P450nor Using an Active Center Model2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Random Forest Classifier of Heme Proteins Using Porphyrin Distortions and Axial Ligands of Heme2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Global Analysis of Heme Proteins Elucidates the Correlation between Heme Distortion and the Heme-Binding Pocket2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Analysis of Fluctuation in the Heme-Binding Pocket and Heme Distortion in Hemoglobin and Myoglobin2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Elucidation of the Correlation between Heme Distortion and Tertiary Structure of the Heme-Binding Pocket Using a Convolutional Neural Network2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Effects of Active-Center Reduction of Plant-Type Ferredoxin on Its Structure and Dynamics: Computational Analysis Using Molecular Dynamics Simulations2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Conformational Preference of Flavonols and Its Effect on the Chemical Properties Involved in Radical Scavenging Activity2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Quantum chemical studies on hydrogen bonds in helical secondary structures2022

近藤寛子 Kondo Hiroko

[学会発表] ヘム蛋白質における構造機能相関の解明に向けたヘム結合部位のタンパク質環境とヘムの歪みの相関解析2021