中東憲治 NAKAHIGASHI Kenji

研究者番号	70322740
その他のID
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2015年度: 慶應義塾大学, 先端生命研, 准教授 2014年度: 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任准教授 2013年度 – 2014年度: 慶應義塾大学, その他の研究科, 准教授 2013年度: 慶應義塾大学, 政策･メディア研究科, 特任准教授 2012年度: 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任准教授 … もっと見る 2009年度 – 2010年度: 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 准教授 2008年度: 慶應義塾大学, 大学院・政策・メディア研究科, 准教授 2000年度: 京都大学, 大学院・理学研究科, 助手隠す
審査区分/研究分野	研究代表者システムゲノム科学 / 基礎ゲノム科学研究代表者以外分子生物学 / システムゲノム科学 / 生体生命情報学
キーワード	研究代表者翻訳 / 抗生物質 / コドン / 翻訳制御 / リボソーム / ゲノム解析技術 / リボソームプロファイリング / マルチオミクス / 分子遺伝学 / タンパク質代謝 … もっと見る / 大腸菌 / プロテオミクス / 翻訳郊率 / タンパク質分解 / タンパク質ターンオーバー / ゲノム発現 … もっと見る研究代表者以外大腸菌 / protoporphyrinogen IX oxidase / ferrochelatase / spinach (Spinacia oleracea) / thymidylate synthase / cucumber (Cucumis sativus) / hemF gene of E.coli / soybean (Glycine max) / rice (Oryza sativa) / ダイズ / キューリ / シロイヌナズナ / CPOX / PPOX / ポルフィリン / プロトポルフィリノゲンIXオキシダーゼ / フェロキレテース / ホウレンソウ(Spinacia oleracea) / チミジル酸合成酵素遺伝子 / キューリ(Cucumis sativus) / 大腸菌(E.coli)のhemF遺伝子 / ダイズ(Glycine max) / イネ(Orgza sativa) / 細胞内ネットワーク / 遺伝的ネットワーク / 二重欠失株 / Chemical Genomics / Multiplex解析 / population変動 / 貞コピー可動型発現プラスミド / deep sequence / 一遺伝子欠失株 / 分子バーコード / ケミカルバイオロジー / 長期定常期 / 大腸菌population変動解析 / バーコード解析 / deep sequencing / stationary phase / chemical genomics / population dynamics / deletion collection / bar-code / E. coli / 無細胞タンパク質合成系 / 酵素反応速度論 / 酵素隠す

長期定常期から分裂再開までの細胞の生存戦略
- 研究代表者
  
  森浩禎
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2015
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  システムゲノム科学
- 研究機関
  奈良先端科学技術大学院大学
ｍＲＮＡと新生ペプチドの局所構造による翻訳効率変化のゲノムワイド解析研究代表者
- 研究代表者
  
  中東憲治
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2014
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  システムゲノム科学
- 研究機関
  慶應義塾大学
細胞内タンパク質ターンオーバーの網羅的解析研究代表者
- 研究代表者
  
  中東憲治
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2010
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  基礎ゲノム科学
- 研究機関
  慶應義塾大学
人工代謝系を用いたキネティクソーム解析技術の開発と大腸菌中心炭素代謝系への応用
- 研究代表者
  
  石井伸佳
- 研究期間 (年度)
  2008
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  慶應義塾大学
大腸菌の可視光感受性変異株を利用した高等植物のポルフィリン合成系遺伝子群の解析
- 研究代表者
  
  井口八郎
- 研究期間 (年度)
  1999 – 2000
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  分子生物学
- 研究機関
  京都大学

すべて 2016 2015 2014 2013 2012 2010 2009 2008 その他

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] In Systems biology and biotechnology of Escherichia coli.(Yup LS ed)(Resources for Escherichia coli Systems Biology)2009
- 著者名/発表者名
  Mori H, Yamamoto N, Dose H, Nakahigashi K, Datsenko KA, Wanner BL
- 出版者
  Springer
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[図書] 遺伝子医学MOOK(マルチオミクス(multi-omics)解析で見えてきた大腸菌の遺伝・環境変化に対する応答機構, 16)
- 著者名/発表者名
  中東憲治、冨田勝
- 出版者
  株式会社メディカルドウ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[雑誌論文] Comprehensive identification of translation start sites by Tetracycline-inhibited Ribosome Profiling (TetRP)2016
- 著者名/発表者名
  Kenji Nakahigashi Yuki Takai Michiko Kimura Nozomi Abe Toru Nakayashiki Yuh Shiwa Hirofumi Yoshikawa Barry L. Wanner Yasushi Ishihama Hirotada Mori
- 雑誌名
  
  DNA Res
  
  巻: Mar 23 号: 3 ページ: 1-8
- DOI
  10.1093/dnares/dsw008
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25250028
[雑誌論文] GenoBase: comprehensive resource database of Escherichia coli K-122015
- 著者名/発表者名
  Otsuka Y, Muto A, Takeuchi R, Okada C, Ishikawa M, Nakamura K, Yamamoto N, Dose H, Nakahigashi K, Tanishima S, Suharnan S, Nomura W, Nakayashiki T, Aref WG, Bochner BR, Conway T, Gribskov M, Kihara D, Rudd KE, Tohsato Y, Wanner BL & Mori H
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 43 号: D1 ページ: 606-617
- DOI
  10.1093/nar/gku1164
- NAID
  120005830851
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24310148, KAKENHI-PUBLICLY-25108716
[雑誌論文] Effect of codon adaptation on codon-level and gene-level translation efficiency in vivo2014
- 著者名/発表者名
  Nakahigashi K, Takai Y, Shiwa Y, Wada M, Honma M, Yoshikawa H, Tomita M, Kanai A, and Mori H
- 雑誌名
  
  BMC Genomics
  
  巻: 15 号: 1 ページ: 1115-1115
- DOI
  10.1186/1471-2164-15-1115
- NAID
  120005830843
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24310148, KAKENHI-PROJECT-25250028
[雑誌論文] A systematic survey of in vivo obligate chaperonin-dependent substrates.2010
- 著者名/発表者名
  Fujiwara K, Ishihama Y, Nakahigashi K, Soga T, Taguchi H
- 雑誌名
  
  EMBO J 29(9)
  
  ページ: 1552-1564
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[雑誌論文] 13C-metabolic flux analysis for batch culture of Escherichia coli and its Pyk and Pgi gene knockout mutants based on mass isotopomer distribution of intracellular metabolites2010
- 著者名/発表者名
  Toya Y, Ishii N, Nakahigashi K, Hirasawa T, Soga T, Tomita M, Shimizu K
- 雑誌名
  
  Biotechnol Prog 26(4)
  
  ページ: 975-992
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[雑誌論文] Systematic phenome analysis of Escherichia coli multiple-knockout mutants reveals hidden reactions in central carbon metabolism2009
- 著者名/発表者名
  中東憲治
- 雑誌名
  
  Molecular Systems Biology 5
  
  ページ: 306-306
- NAID
  120005830850
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[雑誌論文] Update on the Keio collection of Escherichia coli single-gene deletion mutants2009
- 著者名/発表者名
  Yamamoto N, Nakahigashi K, Nakamichi T, Yoshino M, Takai Y, Touda Y, Furubayashi A, Kinjyo S, Dose H, Hasegawa M, Datsenko KA, Nakayashiki T, Tomita M, Wanner BL, Mori H
- 雑誌名
  
  Mol Syst Biol 5
  
  ページ: 335-335
- NAID
  120005830849
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[雑誌論文] Systematic phenome analysis of Escherichia coli multiple-knockout mutants reveals hidden reactions in central carbon metabolism2009
- 著者名/発表者名
  Nakahigashi K, Toya Y, Ishii N, Soga T, Hasegawa M, Watanabe H, Takai Y, Honma M, Mori H, Tomita M
- 雑誌名
  
  Mol Syst Biol 5
  
  ページ: 306-306
- NAID
  120005830850
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[雑誌論文] マルチオミクス解析で見えてきた大腸菌の遺伝・環境変化に対する応答機構2009
- 著者名/発表者名
  中東憲治
- 雑誌名
  
  遺伝子医学MOOK 16
  
  ページ: 152-158
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] 遺伝子レベル、コドンレベルでの翻訳効率解析2014
- 著者名/発表者名
  中東憲治、高井幸、志波優、兼崎友、吉川博文、森浩禎、冨田勝
- 学会等名
  第８回ゲノム微生物学会年会
- 発表場所
  東京都世田谷区
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24310148
[学会発表] Deep Sequence Analysis of the relationship between sRNA- related factors and Dynamic Changes of sRNA Expression in Escherichia coli2013
- 著者名/発表者名
  Motomu Matsui, Yoshiki Ikeda, Gakuto Makino, Masaru Tomita, Akio Kanai, Kenji Nakahigashi
- 学会等名
  JSBi2013
- 発表場所
  東京都江戸川区
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24310148
[学会発表] Ribosome profilingによる翻訳開始部位の精密マッピング2013
- 著者名/発表者名
  中東憲治
- 学会等名
  第7回日本ゲノム微生物学会年会
- 発表場所
  長浜バイオ大学
- 年月日
  2013-03-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24310148
[学会発表] Precise mapping of Translational initiation sites by Ribosome profiling2013
- 著者名/発表者名
  Kenji Nakahigashi
- 学会等名
  UK-Japan Systems Microbiology Workshop
- 発表場所
  京都府京都市
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24310148
[学会発表] Ribosome profilingと抗生物質の特性を利用した大腸菌翻訳開始部位の再アノテーション2012
- 著者名/発表者名
  中東憲治
- 学会等名
  第35回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
- 年月日
  2012-12-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24310148
[学会発表] Comprehensive analysis of protein turnover (and its effect on metabolic simulation).2010
- 著者名/発表者名
  Kenji Nakahigashi
- 学会等名
  UK-Japan Symposium of Systems and Synthetic Biology
- 発表場所
  Guildford UK
- 年月日
  2010-09-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] Comprehensive analysis of protein turnover2010
- 著者名/発表者名
  Nakahigashi, K
- 学会等名
  UK-Japan Systems & Synthetic Biology workshop
- 発表場所
  Surrey大学(英国)(招待講演)
- 年月日
  2010-09-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] 増殖、非増殖状態におけるタンパク質ターンオーバーの環境変化に伴う変化2010
- 著者名/発表者名
  中東憲治
- 学会等名
  第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
- 発表場所
  神戸ポートアイランド
- 年月日
  2010-12-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] Degradation and turnover of protein in growing and non-growing E. coli cell after environmental perturbation.2010
- 著者名/発表者名
  Kenji Nakahigashi, Yasushi Ishihama, Toya Yoshihiro, Masaru Tomita
- 学会等名
  BMB2010
- 発表場所
  神戸
- 年月日
  2010-12-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] Comprehensive analysis of protein turnover in aerobic and an aerobic continuous culture of E.coli2009
- 著者名/発表者名
  中東憲治
- 学会等名
  第32回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- 年月日
  2009-12-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] Systematic phenome analysis of Escherichia coli multiple-knockout mutants reveals hidden reactions in central carbon metabolism2009
- 著者名/発表者名
  中東憲治
- 学会等名
  UK-Japan Workshop on Systems Biology
- 発表場所
  コスモスクエア国際交流センター大阪
- 年月日
  2009-09-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] Systematic phenome analysis of E. coli multiple-knockout mutants reveals hidden reactions in central carbon metabolism2009
- 著者名/発表者名
  Kenji Nakahigashi
- 学会等名
  UK-Japan Symposium of Systems Biology
- 発表場所
  Osaka
- 年月日
  2009-09-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] Comprehensive analysis of protein turnover in aerobic and anaerobic continuous culture of E. coli2009
- 著者名/発表者名
  中東憲治, 石濱泰, 本間雅之, 高井幸, 冨田勝
- 学会等名
  第32回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  横浜
- 年月日
  2009-12-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] Protein turnover-omics : Comprehensive analysis of protein turnover in E. coli.2008
- 著者名/発表者名
  Kenji Nakahigashi
- 学会等名
  International E. coli Alliance for Systerns Biology
- 発表場所
  イギリス・ケンブリッジ
- 年月日
  2008-09-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] Robustness of bacterial metabolic network. Views from Multi-Omics analysis.2008
- 著者名/発表者名
  Kenji Nakahigashi
- 学会等名
  Design and Engineering of Microbial Genomes
- 発表場所
  中央研究院, 台北, 台湾
- 年月日
  2008-11-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] Multi-Omics解析からてくるバクテリア代謝の頑強性2008
- 著者名/発表者名
  中東憲治
- 学会等名
  第18回玉川微生物資源ワークショップ
- 発表場所
  三島
- 年月日
  2008-10-31
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] Robustness of bacterial metabolic network. Views from Multi-Omics analysis.2008
- 著者名/発表者名
  Kenji Nakahigashi
- 学会等名
  Design and Engineering of Microbial Genomes Academia Sinica Workshop
- 発表場所
  Taipei, Taiwan
- 年月日
  2008-11-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] Protein-turnoveromics ; global analyses of protein turnover in E. coli2008
- 著者名/発表者名
  Kenji Nakahigashi, Yasushi Ishihama, Nobuyuki Ishii, Masaru Tomita
- 学会等名
  IECA2008
- 発表場所
  Hixton UK
- 年月日
  2008-09-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] Robustness of bacterial metabolic network. Views from multi-omics analysis2008
- 著者名/発表者名
  Kenji Nakahigashi
- 学会等名
  Seminar at Center for Mathematical Modeling, University of Chile
- 発表場所
  サンチアゴ, チリ国
- 年月日
  2008-12-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20310117
[学会発表] Hfqとデグラドソーム変異によるsRNAとmRNA翻訳への影響
- 著者名/発表者名
  松井求、池田幸樹、牧野岳都、志波優、兼崎友、吉川博文、冨田勝、金井昭夫、中東憲治
- 学会等名
  第37回日本分子学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜（横浜）
- 年月日
  2014-11-25 – 2014-11-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24310148
[学会発表] 大腸菌の増殖停止・再開と RNA-seq 解析
- 著者名/発表者名
  牧泰史、大塚悠太、上田雅美、和田明、古池晶、吉田秀司、中東憲治、森浩禎
- 学会等名
  第九回ゲノム微生物学会
- 発表場所
  神戸大学（神戸）
- 年月日
  2015-03-06 – 2015-03-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24310148

1. 森浩禎 (90182203)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 5件
2. 石濱泰 (30439244)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 4件
3. 金井昭夫 (60260329)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 3件
4. 山田守 (30174741)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 松野浩嗣 (10181744)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 田村武幸 (00437261)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 遠里由香理 (80346171)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 牧泰史 (60401733)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 斉藤菜摘 (50287546)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 高坂智之 (70500453)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 井口八郎 (20028195)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 石井伸佳 (80383941)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 片岡正和 (90332676)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件

中東 憲治 NAKAHIGASHI Kenji

研究課題

研究成果

共同研究者

長期定常期から分裂再開までの細胞の生存戦略

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ｍＲＮＡと新生ペプチドの局所構造による翻訳効率変化のゲノムワイド解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

細胞内タンパク質ターンオーバーの網羅的解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

人工代謝系を用いたキネティクソーム解析技術の開発と大腸菌中心炭素代謝系への応用

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

大腸菌の可視光感受性変異株を利用した高等植物のポルフィリン合成系遺伝子群の解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] In Systems biology and biotechnology of Escherichia coli.(Yup LS ed)(Resources for Escherichia coli Systems Biology)2009

著者名/発表者名

出版者

データソース

[図書] 遺伝子医学MOOK(マルチオミクス(multi-omics)解析で見えてきた大腸菌の遺伝・環境変化に対する応答機構, 16)

著者名/発表者名

出版者

データソース

[雑誌論文] Comprehensive identification of translation start sites by Tetracycline-inhibited Ribosome Profiling (TetRP)2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] GenoBase: comprehensive resource database of Escherichia coli K-122015

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Effect of codon adaptation on codon-level and gene-level translation efficiency in vivo2014

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] A systematic survey of in vivo obligate chaperonin-dependent substrates.2010

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] 13C-metabolic flux analysis for batch culture of Escherichia coli and its Pyk and Pgi gene knockout mutants based on mass isotopomer distribution of intracellular metabolites2010

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Systematic phenome analysis of Escherichia coli multiple-knockout mutants reveals hidden reactions in central carbon metabolism2009

著者名/発表者名

雑誌名

NAID

データソース

[雑誌論文] Update on the Keio collection of Escherichia coli single-gene deletion mutants2009

著者名/発表者名

雑誌名

NAID

データソース

[雑誌論文] Systematic phenome analysis of Escherichia coli multiple-knockout mutants reveals hidden reactions in central carbon metabolism2009

著者名/発表者名

雑誌名

中東憲治 NAKAHIGASHI Kenji