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篠田 渉  SHINODA WATARU

研究者番号 70357193
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0002-3388-9227
所属 (現在) 2025年度: 岡山大学, 先鋭研究領域, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2021年度 – 2025年度: 岡山大学, 異分野基礎科学研究所, 教授
2016年度 – 2021年度: 名古屋大学, 工学研究科, 准教授
2015年度: 名古屋大学, 大学院工学研究科, 准教授
2013年度 – 2014年度: 名古屋大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授
2012年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, 健康工学研究部門, 主任研究員
2011年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, ナノシステム研究部門, 研究グループ長
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分32010:基礎物理化学関連 / 学術変革領域研究区分(Ⅱ) / 物理化学
研究代表者以外
中区分37:生体分子化学およびその関連分野 / 大区分D / 学術変革領域研究区分(Ⅱ) / 生物分子化学 / 数理物理・物性基礎
キーワード
研究代表者
分子シミュレーション / 分子動力学シミュレーション / 膜融合 / 自由エネルギー解析 / 粗視化力場 / 粗視化分子動力学シミュレーション / 粗視化 / エンドソーム脱出 / 脂質ナノ粒子 / ペプチド … もっと見る / 核酸医薬 / 膜透過 / 膜モジュレータ / 脂質混合効果 / ベシクル間相互作用 / 膜弾性 / ストレス / ストーク / 生物物理 / 生体膜融合 / 粗視化モデル / 自由エネルギー … もっと見る
研究代表者以外
脂質二重膜 / 平均配向 / 固体NMR / 立体配座 / 脂肪鎖 / ウイルス様脂質ナノ粒子 / 人工エクソソーム / マイクロ流体デバイス / 脂質粒子 / 核酸医薬 / ペプチド / 分子マシン / 細胞膜透過 / 膜モジュレータ / 動的配座 / 古細菌脂質 / ドメイン構造 / スフィンゴミエリン / 脂質ラフト / イオンチャネル / 計算手法、プログラム開発 / 計算物理 / 生物物理 / 第一原理分子動力学 / プログラム開発 / 大規模第一原理計算 隠す
  • 研究課題

    (9件)
  • 研究成果

    (83件)
  • 共同研究者

    (20人)
  •  生体膜の非対称性と不均一性が引き起こす物質輸送制御の分子機構の探求研究代表者

    • 研究代表者
      篠田 渉
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分32010:基礎物理化学関連
    • 研究機関
      岡山大学
  •  細胞膜をゆらす核酸医薬の膜透過機構の総合理解と膜透過学の創成

    • 研究代表者
      大澤 昂志
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2026
    • 研究種目
      学術変革領域研究(B)
    • 審査区分
      学術変革領域研究区分(Ⅱ)
    • 研究機関
      大阪大学
  •  膜透過の計算科学:膜モジュレータの作用と核酸透過機構の解明研究代表者

    • 研究代表者
      篠田 渉
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2026
    • 研究種目
      学術変革領域研究(B)
    • 審査区分
      学術変革領域研究区分(Ⅱ)
    • 研究機関
      岡山大学
  •  エンジニアード脂質粒子の創成とその応用

    • 研究代表者
      渡慶次 学
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2028
    • 研究種目
      基盤研究(S)
    • 審査区分
      大区分D
    • 研究機関
      北海道大学
  •  生体膜に現れる脂質ドメイン構造を司る脂質アシル鎖の平均配向

    • 研究代表者
      村田 道雄
    • 研究期間 (年度)
      2023 – 2025
    • 研究種目
      挑戦的研究(開拓)
    • 審査区分
      中区分37:生体分子化学およびその関連分野
    • 研究機関
      大阪大学
  •  脂質ナノ粒子の細胞内輸送の分子動力学:核酸エンドソーム脱出の分子機構研究代表者

    • 研究代表者
      篠田 渉
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分32010:基礎物理化学関連
    • 研究機関
      岡山大学
  •  生体モデル膜における脂質分子の動的配座とドメイン構造

    • 研究代表者
      村田 道雄
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2020
    • 研究種目
      基盤研究(S)
    • 研究分野
      生物分子化学
    • 研究機関
      大阪大学
  •  超大規模第一原理計算に基づいた複雑生体系の環境依存力場の作成

    • 研究代表者
      宮崎 剛
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2015
    • 研究種目
      挑戦的萌芽研究
    • 研究分野
      数理物理・物性基礎
    • 研究機関
      国立研究開発法人物質・材料研究機構
  •  階層的分子モデリングによる生体膜融合過程の研究研究代表者

    • 研究代表者
      篠田 渉
    • 研究期間 (年度)
      2011 – 2014
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      物理化学
    • 研究機関
      名古屋大学
      独立行政法人産業技術総合研究所

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すべて 雑誌論文 学会発表

  • [雑誌論文] Understanding the effects of ethanol on the liposome bilayer structure using microfluidic-based time-resolved small-angle X-ray scattering and molecular dynamics simulations2024

    • 著者名/発表者名
      Maeki Masatoshi、Kimura Niko、Okada Yuto、Shimizu Kazuki、Shibata Kana、Miyazaki Yusuke、Ishida Akihiko、Yonezawa Kento、Shimizu Nobutaka、Shinoda Wataru、Tokeshi Manabu
    • 雑誌名

      Nanoscale Advances

      巻: ー 号: 8 ページ: 2166-2176

    • DOI

      10.1039/d3na01073b

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-19H05781, KAKENHI-PUBLICLY-23H04049, KAKENHI-PROJECT-23K21096, KAKENHI-PROJECT-23K28408
  • [雑誌論文] Self-Assembly of Glycerol-Amphiphilic Janus Dendrimers Amplifies and Indicates Principles for the Selection of Stereochemistry by Biological Membranes2023

    • 著者名/発表者名
      Zhang Dapeng、Xiao Qi、Rahimzadeh Mehrnoush、Liu Matthew、Rodriguez-Emmenegger Cesar、Miyazaki Yusuke、Shinoda Wataru、Percec Virgil
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 145 号: 7 ページ: 4311-4323

    • DOI

      10.1021/jacs.3c00389

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [雑誌論文] pSPICA Force Field Extended for Proteins and Peptides2023

    • 著者名/発表者名
      Miyazaki Yusuke、Shinoda Wataru
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 64 号: 2 ページ: 532-542

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.3c01611

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [雑誌論文] Improved Protein Model in SPICA Force Field2023

    • 著者名/発表者名
      Yamada Teppei、Miyazaki Yusuke、Harada Shogo、Kumar Ashutosh、Vanni Stefano、Shinoda Wataru
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 19 号: 23 ページ: 8967-8977

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.3c01016

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [雑誌論文] Cooperative antimicrobial action of melittin on lipid membranes: A coarse-grained molecular dynamics study2022

    • 著者名/発表者名
      Miyazaki Yusuke、Shinoda Wataru
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes

      巻: 1864 号: 9 ページ: 183955-183955

    • DOI

      10.1016/j.bbamem.2022.183955

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [雑誌論文] SPICA Force Field for Proteins and Peptides2022

    • 著者名/発表者名
      Kawamoto Shuhei、Liu Huihui、Miyazaki Yusuke、Seo Sangjae、Dixit Mayank、DeVane Russell、MacDermaid Christopher、Fiorin Giacomo、Klein Michael L.、Shinoda Wataru
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 18 号: 5 ページ: 3204-3217

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.1c01207

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [雑誌論文] Conformation and Orientation of Branched Acyl Chains Responsible for the Physical Stability of Diphytanoylphosphatidylcholine.2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Tsuchikawa, Takuya Ono, Masaki Yamagami, Yuichi Umegawa, Wataru Shinoda, Michio Murata
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 59 号: 40 ページ: 3929-3938

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00589

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K05730, KAKENHI-PLANNED-17H06406, KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [雑誌論文] Average Conformation of Branched Chain Lipid PGP-Me That Accounts for the Thermal Stability and High-Salinity Resistance of Archaeal Membranes.2019

    • 著者名/発表者名
      Yamagami, M., Tsuchikawa, H., Cui, J., Umegawa, Y., Miyazaki, Y., Seo, S., Shinoda, W., Murata, M.
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 58 号: 37 ページ: 3869-3879

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.9b00469

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06406, KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [雑誌論文] SPICA Force Field for Lipid Membranes: Domain Formation Induced by Cholesterol.2019

    • 著者名/発表者名
      Seo, S., Shinoda, W.
    • 雑誌名

      J. Chem. Theory Comput.

      巻: 15 号: 1 ページ: 762-774

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.8b00987

    • NAID

      120006623810

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [雑誌論文] Cholesterol-Induced Conformational Change in the Sphingomyelin Headgroup2019

    • 著者名/発表者名
      Hanashima Shinya、Murakami Kazuhiro、Yura Michihiro、Yano Yo、Umegawa Yuichi、Tsuchikawa Hiroshi、Matsumori Nobuaki、Seo Sangjae、Shinoda Wataru、Murata Michio
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 117 号: 2 ページ: 307-318

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2019.06.019

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K05713, KAKENHI-PROJECT-16H06315, KAKENHI-PROJECT-18K19149
  • [雑誌論文] Amphotericin B-Ergosterol Complex Spans a Lipid Bilayer as a Single-Length Assembly.2019

    • 著者名/発表者名
      Tomoya Yamamoto, Yuichi Umegawa, Hiroshi Tsuchikawa, Shinya Hanashima, Nobuaki Matsumori, Kosuke Funahashi, Sangjae Seo, Wataru Shinoda, Michio Murata.
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 58 号: 51 ページ: 5188-5196

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.9b00835

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06315, KAKENHI-PROJECT-18K19149
  • [雑誌論文] Precise Calculation of the Local Pressure Tensor in Cartesian and Spherical Coordinates in LAMMPS2015

    • 著者名/発表者名
      中村壮伸、川本周平、篠田 渉
    • 雑誌名

      Computer Physics Communications

      巻: 190 ページ: 120-128

    • DOI

      10.1016/j.cpc.2014.11.017

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [雑誌論文] Free energy analysis along the stalk mechanism of membrane fusion2014

    • 著者名/発表者名
      川本周平、篠田 渉
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 10 号: 17 ページ: 3048-3054

    • DOI

      10.1039/c3sm52344f

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [雑誌論文] 脂質膜透過現象の分子シミュレーションによる研究2014

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 雑誌名

      膜(MEMBRANE)

      巻: 39 ページ: 372-378

    • NAID

      130005069452

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [雑誌論文] Effective interaction between small unilamellar vesicles as probed by coarse-grained molecular dynamics simulations2014

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉、Michael L Klein
    • 雑誌名

      Pure and Applied Chemistry

      巻: 86 号: 2 ページ: 215-222

    • DOI

      10.1515/pac-2014-5023

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [雑誌論文] Probing the structure of PEGylated-lipid assemblies by coarse-grained molecular dynamics2013

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉、Dennis E. Discher、Michael L. Klein、Sharon M. Loverde
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 9 号: 48 ページ: 11549-11556

    • DOI

      10.1039/c3sm52290c

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [雑誌論文] A guiding potential method for evaluating the bending rigidity of tensionless lipid membranes from molecular simulation2013

    • 著者名/発表者名
      川本周平、中村壮伸、Steven O. Nilesen、篠田 渉
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 139 号: 3

    • DOI

      10.1063/1.4811677

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [雑誌論文] Method of evaluating curvature-dependent elastic parameters for small unilamellar vesicles using molecular dynamics trajectory2013

    • 著者名/発表者名
      中村壮伸、篠田 渉
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 138 号: 12

    • DOI

      10.1063/1.4795579

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [雑誌論文] 脂質膜の粗視化分子シミュレーション2013

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 雑誌名

      Colloid & Interface Communication

      巻: 12 ページ: 55-61

    • NAID

      40020187316

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [雑誌論文] Computer simulation studies of self-assembling macromolecules2012

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉、Russell DeVane、Michael L Klein
    • 雑誌名

      Current Opinions in Structural Biology

      巻: 22 号: 2 ページ: 175-186

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2012.01.011

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [雑誌論文] Cholesterol Effect on Water Permeability through DPPC and PSM Lipid Bilayers : A Molecular Dynamics Study2011

    • 著者名/発表者名
      斎藤大明、篠田渉
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B

      巻: 115 号: 51 ページ: 15241-15250

    • DOI

      10.1021/jp201611p

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014, KAKENHI-PROJECT-23750008
  • [雑誌論文] Novel numerical method for calculating the pressure tensor in spherical coordinates for molecular systems2011

    • 著者名/発表者名
      中村壮伸、篠田渉、池庄司民夫
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 135 号: 9

    • DOI

      10.1063/1.3626410

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [雑誌論文] Free energy analysis of vesicle-to-bicelle transformation2011

    • 著者名/発表者名
      篠田渉、中村壮伸、Steven O.Nielsen
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 7 号: 19 ページ: 9012-9020

    • DOI

      10.1039/c1sm05404j

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] 濃厚電解液中のLiイオン伝導機構2023

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      分子研研究会「イオン液体インフォマティクスの発展にむけて」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] Coarse-Grained Molecular Dynamics Study on Endosomal Escape of Lipid Nanoparticles using SPICA Force Field2023

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      CECAM workshop "Macromolecular complexes: from ab initio and integrative modelling to functional dynamics"
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 脂質ナノ粒子のエンドソーム脱出の分子機構:分子シミュレーションによるアプローチ2023

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      第454回 CBI学会研究講演会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] Exploring the Mechanism of Endosomal Escape of Lipid Nanoparticles: A Coarse-Grained Molecular Dynamics Study2023

    • 著者名/発表者名
      Wataru Shinoda
    • 学会等名
      The 10th edition of the conference of the Asia Pacific Association of Theoretical and Computational Chemistry (APATCC-10)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 分子シミュレーションによる脂質ナノ粒子の構造解析とエンドソーム脱出機構の解明2023

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      第58回薬剤学懇談会研究討論会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] Selective action of antimicrobial peptides on lipid membranes: Coarse-grained molecular dynamics study2023

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] Coarse-grained molecular dynamics of lipid self-assembly2022

    • 著者名/発表者名
      Wataru Shinoda
    • 学会等名
      CECAM workshop: IONS, MEMBRANE AND CHANNELS: MULTISCALE SIMULATIONS FROM QUANTUM TO COARSE-GRAIN. A SYMPOSIUM IN HONOR OF MICHAEL L. KLEIN, FRS
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 脂質ナノ粒子を用いた核酸エンドソーム脱出の分子動力学2022

    • 著者名/発表者名
      柴田 果奈,Akhil Pratap Singh,宮崎 裕介,篠田 渉
    • 学会等名
      第44回溶液化学シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 分子動力学計算による抗菌ペプチドの膜選択性解析2022

    • 著者名/発表者名
      川端 一正,宮崎 裕介,篠田 渉
    • 学会等名
      第44回溶液化学シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるエンドソーム脱出分子機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      柴田 果奈, Akhil Pratap Singh, 篠田 渉
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 固体NMRによる脂質二重膜におけるリン脂質不飽和脂肪鎖の配座・配向解析2022

    • 著者名/発表者名
      安田 貴也、梅川 雄一、篠田 渉、村田 道雄
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [学会発表] 生体膜・脂質膜の分子シミュレーション2022

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      高分子計算機科学研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いた脂質膜におけるメリチンの抗菌作用の研究2022

    • 著者名/発表者名
      宮崎 裕介, 篠田 渉
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 環境変化によるタンパク質の構造変化を取り込んだ粗視化タンパク質モデル2022

    • 著者名/発表者名
      山田 哲平, 篠田 渉
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 環境依存の構造変化を取り入れた粗視化タンパク質モデルの開発2022

    • 著者名/発表者名
      山田 哲平, 篠田 渉
    • 学会等名
      第16回分子科学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 粗視化分子力場SPICAのタンパク質系への拡張と応用2022

    • 著者名/発表者名
      宮崎 裕介, 篠田 渉
    • 学会等名
      第16回分子科学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 環境依存の構造変化を取り込んだ粗視化タンパク質モデルの開発と脂質膜吸着現象への応用2022

    • 著者名/発表者名
      山田 哲平, 篠田 渉
    • 学会等名
      第36回分子シミュレーション討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 分子動力学計算による脂質ナノ粒子を用いた核酸エンドソーム脱出機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      柴田 果奈, Akhil Pratap Singh, 宮崎 裕介, 篠田 渉
    • 学会等名
      第36回分子シミュレーション討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 抗菌ペプチドによる膜細孔形成の分子シミュレーション研究2022

    • 著者名/発表者名
      川端 一正, 宮﨑 裕介, 篠田 渉
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 抗菌ペプチドがもつ膜選択性の分子論的研究2022

    • 著者名/発表者名
      川端 一正, 宮崎 裕介, 山田 哲平, 篠田 渉
    • 学会等名
      第36回分子シミュレーション討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 分子動力学法を用いた脂質ナノ粒子のエンドソーム脱出機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      柴田 果奈, Pratap Singh Akhil, 宮崎 裕介, 篠田 渉
    • 学会等名
      第 73 回コロイドおよび界面化学討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] Elucidation of inter-leaflet coupling in asymmetric membranes induced by very long chain sphingomyelin based on solid-state NMR2021

    • 著者名/発表者名
      Keeratisakulsith, T., Umegawa, Y., Tsuchikawa, H., Hanashima, S., Murata, M., Shinoda, W.
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [学会発表] 分子シミュレーションを用いた抗菌ペプチドの膜選択性の解明2021

    • 著者名/発表者名
      川端一正、宮﨑裕介、篠田渉
    • 学会等名
      第35回分子シミュレーション討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] Coarse-Grained Molecular Dynamics of Biomolecular Self-Assembly: Membranes, Vesicles, Lipid Nanoparticles, Virus Capsids2021

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      Pacifichem2021
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] エタノール混合によるベシクル構造転移:マルチラメラ形成機構2021

    • 著者名/発表者名
      柴田果奈、真栄城正寿、渡慶次学、篠田渉
    • 学会等名
      第35回分子シミュレーション討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 生体高分子集合系の分子シミュレーション2021

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      第16回複雑生命系秩序懇談会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K21096
  • [学会発表] 固体リンNMRを用いたバクテリオロドプシンと周辺脂質の相互作用解析2019

    • 著者名/発表者名
      加藤翔、梅川雄一、村田道雄、Seo Sangjae、篠田渉
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [学会発表] Synthesis of novel 13C, 2H-labeled Amphotericin B and the conformational analysis of glycosidic linkage in lipid bilayers.2019

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, T., Umegawa, Y., Suzuki, T., Tsuchikawa, H., Hanashima, S., Murata, M., Matsumori, N., Seo, S., Funahashi, K., Shinoda, W.
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [学会発表] メチル分岐アシル基含有リン脂質DPhPCが示す二重膜の安定性を担う分子配向・配座の解析2019

    • 著者名/発表者名
      斧拓冶、土川博史、山上正輝、梅川雄一、村田道雄、篠田渉
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [学会発表] 混合モデル二重膜における極長鎖スフィンゴミエリンの内葉・外葉間相互作用の解明2019

    • 著者名/発表者名
      足立美和子、森内舞、土川博史・Seo Sangjae、篠田渉、村田道雄
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [学会発表] Molecular Dynamics Study of Stability of Amphotericin B Channel.2018

    • 著者名/発表者名
      Funahashi, K., Seo, S., Okazaki, S., Umegawa, Y., Murata, M., Shinoda. W.
    • 学会等名
      Conference of EMLG/JMLG Meeting 2018 and 41st Symposium on Solution Chemistry of Japan
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [学会発表] Molecular orientation and conformation of archaeal membrane lipid PGP-Me by solid-state NMR and its interaction with bacteriorhodopsin2018

    • 著者名/発表者名
      Yamagami Masaki、Tsuchikawa Hiroshi、Cui Jin、Kawatake Satoshi、Sato Fuminori、Umegawa Yuichi、Murata Michio、Seo Sangjar、Shinoda Wataru
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [学会発表] アンフォテリシンBとステロールが形成するチャネル複合体の構造研究2018

    • 著者名/発表者名
      山本智也、梅川雄一、中川泰男、 鈴木大河、山上正輝、土川博史、花島慎弥、村田道雄、松森信明、Seo Sangjaed、篠田渉
    • 学会等名
      第60回天然有機化合物討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [学会発表] Amphotericin B チャネルの構造安定性と疎水性ミスマッチによるチャネル間相互作用解析2018

    • 著者名/発表者名
      舟橋康佑, Sangjae Seo、岡崎進、梅川雄一、村田道雄、篠田渉
    • 学会等名
      第32回分子シミュレーション討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [学会発表] Coarse-grained modeling of sphingomyelin and domain formation simulation.2018

    • 著者名/発表者名
      Seo, S., Shinoda, W.
    • 学会等名
      Joint Conference of EMLG/JMLG Meeting 2018 and 41st Symposium on Solution Chemistry of Japan
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [学会発表] Molecular dynamics simulations of domain formation in mixed lipid bilayers.2018

    • 著者名/発表者名
      Seo, S., Shinoda, W.
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06315
  • [学会発表] 膜の粗視化分子シミュレーション2015

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      第359回CBI学会講演会「粗視化による生体分子系のシミュレーション」
    • 発表場所
      東大、東京
    • 年月日
      2015-02-24
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] 膜構造形成の分子シミュレーション2014

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      日本物理学会第69回年次大会
    • 発表場所
      神奈川
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] 膜の柔らかさと機能:分子シミュレーションによるアプローチ2014

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      日本化学会第94春期年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Coarse-Grained molecular Dynamics Study of Self-assembled Macromolecules2013

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      International Conference on Biomolecular Simulations & Dynamics
    • 発表場所
      Chennai, India
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Coarse-Grained Molecular Simulation of Lipid Self-Assembly2013

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      APS March Meeting 2013
    • 発表場所
      Baltimore, MD, USA
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Coarse-grained molecular dynamics study on stability of liposome and effect of carbon nanoparticles2013

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      246th ACS National Meeting
    • 発表場所
      Indianapolis, IN, USA
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Free Energy Analysis of Topological and Morphological Changes in Lipid Membranes: Molecular Dynamics Study2013

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉、川本周平
    • 学会等名
      3rd International Conference on Molecular Simulation 2013 (ICMS2013)
    • 発表場所
      神戸
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Molecular Dynamics Study of Lipid Self-Assembly2013

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      33rd International Conference on Solution Chemistry
    • 発表場所
      京都
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Effect of lipid components on the stability of stalk of membrane fusion2012

    • 著者名/発表者名
      川本周平、篠田 渉
    • 学会等名
      IACIS2012 (International Association of Colloid and Interface Scientists, Conference)
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] 生体膜融合における融合細孔の形成過程のシミュレーション2012

    • 著者名/発表者名
      川本周平、篠田 渉
    • 学会等名
      日本物理学会2012秋季大会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] 階層的分子シミュレーションによる脂質膜・ベシクルの研究2012

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      第16回ペプチドフォーラム
    • 発表場所
      京都
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Morphology change of fusion stalk of lipid bilayer membrane studied by molecular dynamics simulation2012

    • 著者名/発表者名
      川本周平、篠田 渉
    • 学会等名
      第50回日本物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Molecular Dynamics Study of Self-Assembly of Amphiphiles2012

    • 著者名/発表者名
      篠田渉
    • 学会等名
      International Workshop : Mathematical approach to emerging topics in Material Science 2012
    • 発表場所
      東北大学(宮城)(招待講演)
    • 年月日
      2012-02-19
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] 曲げ応力による膜の曲げ弾性係数の解析手法2012

    • 著者名/発表者名
      川本周平、篠田 渉
    • 学会等名
      第26回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      福岡
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] 膜融合の分子メカニズムの解析2012

    • 著者名/発表者名
      川本周平、篠田渉
    • 学会等名
      第67回日本物理学会
    • 発表場所
      関西学院大学(大阪)
    • 年月日
      2012-03-24
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] 膜融合過程の自由エネルギー解析2012

    • 著者名/発表者名
      川本周平、篠田 渉
    • 学会等名
      第26回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      福岡
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Coarse Grained Molecular Simulations of Lipid Self-Assembly2012

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      Bridging Scales in Computational Polymer Chemistry
    • 発表場所
      Providence, RI, USA
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Molecular Dynamics Study of Effective Interaction Between Liposomes2012

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉
    • 学会等名
      IACIS2012 (International Association of Colloid and Interface Scientists, Conference)
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Stability of Liposome : Free Energy Analysis of Vesicle-to-Bicelle Transformation2011

    • 著者名/発表者名
      篠田渉、中村壮伸、Steven O Nielsen
    • 学会等名
      Conference on Computational Physics 2011
    • 発表場所
      Gatlinburg, Tennessee
    • 年月日
      2011-11-02
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Molecular Simulation of Liposomal Membranes2011

    • 著者名/発表者名
      篠田渉
    • 学会等名
      The 2nd international symposium on "Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials" (MSBSM 2011)
    • 発表場所
      京都大学芝蘭会館稲盛ホール(京都)(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-10
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Membrane Fusion: Free Energy Analysis

    • 著者名/発表者名
      篠田 渉、川本周平、Michael L. Klein
    • 学会等名
      International Symposium on Extended Molecular Dynamics and Enhanced Sampling: Nosé Dynamics 30 Years (NOSE30)
    • 発表場所
      慶應大、東京
    • 年月日
      2014-11-10 – 2014-11-11
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Coarse-grained model of membrane protein

    • 著者名/発表者名
      川本周平, Giacomo Fiorin, Chris MacDermaid, Russell DeVane, 篠田渉, Michael L. Klein
    • 学会等名
      International Symposium on Extended Molecular Dynamics and Enhanced Sampling: Nosé Dynamics 30 Years (NOSE30)
    • 発表場所
      慶應大、東京
    • 年月日
      2014-11-10 – 2014-11-11
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] Free Energy Analysis of Membrane Fusion

    • 著者名/発表者名
      川本周平、篠田渉、Michael L Klein
    • 学会等名
      XXVI IUPAP Conference on Computational Physics, CCP2014
    • 発表場所
      Boston, USA
    • 年月日
      2014-08-11 – 2014-08-14
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • [学会発表] 膜タンパクの粗視化モデル

    • 著者名/発表者名
      川本周平, Giacomo Fiorin, Chris MacDermaid, Russell DeVane, 篠田渉, Michael L. Klein
    • 学会等名
      第28回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2014-11-12 – 2014-11-14
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23350014
  • 1.  村田 道雄 (40183652)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 12件
  • 2.  花島 慎弥 (50373353)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 5件
  • 3.  都築 誠二 (10357527)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  宮崎 剛 (50354147)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  大塚 教雄 (30465968)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  梅川 雄一 (20587779)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 10件
  • 7.  土川 博史 (30460992)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 9件
  • 8.  三浦 薫 (90353515)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  櫻井 香里 (50447512)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 10.  大澤 昂志 (00783226)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 11.  三木 康嗣 (60422979)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 12.  川口 祥正 (90936808)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 13.  渡慶次 学 (60311437)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 14.  真栄城 正寿 (40744248)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 15.  浦野 諒 (00836976)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 16.  宮崎 裕介 (10963324)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 7件
  • 17.  杉山 成 (90615428)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 18.  KLEIN Michael L.
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 7件
  • 19.  清水 伸隆
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 20.  篠田 恵子
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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