石田豊和 Ishida Toyokazu

研究者番号	70443166
所属 (現在)	2025年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 材料・化学領域, 主任研究員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2017年度 – 2023年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 材料・化学領域, 主任研究員 2015年度 – 2016年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 機能材料コンピュテーショナルデザイン研究センター, 主任研究員 2014年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, ナノ材料研究部門, 主任研究員 2014年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, ナノシステム研究部門, 研究員 2012年度 – 2013年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, ナノシステム研究部門, 研究班長/主任研究員 … もっと見る 2011年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, ナノシステム研究部門, 研究員 2011年度: 産業技術総合研究所, 計算科学, 研究員 2008年度 – 2009年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, 計算科学研究部門, 研究員 2007年度: 産業技術総合研究所, 計算科学研究部門, 研究員隠す
審査区分/研究分野	研究代表者物理化学 / 小区分32010:基礎物理化学関連研究代表者以外構造生物化学
キーワード	研究代表者自由エネルギー計算 / QM/MM計算 / 分子動力学計算 / 電子状態計算 / バイオマス分解酵素 / 基底状態不安定化 / 酵素反応 / Glycoside hydrolase(GH) / キシラナーゼ（Xylanase） / Glycoside hydrolase (GH) … もっと見る / 酵素反応機構 / アミノ酸変異 / 糖鎖認識 / 構造－機能相関 / ab initio QM/MM計算 / 生体内化学反応理論 / 酵素機能改変 / 反応遷移状態/中間体 / 複合シミュレーション / 基質不安定化 / グリコシル化反応 / 基質歪み / キシラナーゼ (Xylanase) / 理論計算化学 / 血液型糖鎖 / ノロウィルス / 糖鎖認識機構 / 分子間相互作用 / キャプシドタンパク質 / レクチン / 理論化学 / オロチジンーリン酸脱炭酸酵素 / 生体分子シミュレーション / 相互作用エネルギー解析 / 遷移状態安定化 / オロチジン一リン酸脱炭酸酵素 / FMO 法 / ODCase / 基質認識 / 酸素反応 / FMO法 / MM法 / Chorismate Mutase / FMO計算 / 分子動カ学計算 / MM計算 / QM / 分子動力学 / 電子状態 / 生体化学反応論 … もっと見る研究代表者以外 OMPDCase / OMPDC / 酵素反応機構 / ODCase / 結晶構造 / 酵素反応 / X線結晶構造解析 / 国際情報交換 / X線結晶構造 / 計算機シミュレーション / 高分解能結晶構造 / 結晶構造解析 / 脱炭酸反応 / 基質の歪み / タンパク質X線結晶構造解析 / 酵素基質複合体 / 蛋白質X線結晶構造解析 / 基質構造の歪み / 反応中間体構造 / X線結晶解析隠す

酵素反応における基質の基底状態不安定化仮説に対する理論計算化学からの検証研究代表者
- 研究代表者
  
  石田豊和
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分32010:基礎物理化学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人産業技術総合研究所
複合シミュレーション技術によるバイオマス分解酵素の反応機構解明と機能改変研究代表者
- 研究代表者
  
  石田豊和
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分32010:基礎物理化学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人産業技術総合研究所
糖鎖結合性タンパク質の分子認識/反応機構に関する分子基盤の構築研究代表者
- 研究代表者
  
  石田豊和
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2017
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  物理化学
- 研究機関
  国立研究開発法人産業技術総合研究所
珍しい特徴を有する二つの酵素の立体構造に基づく触媒機構解明とその利用
- 研究代表者
  
  藤橋雅宏
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2014
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  構造生物化学
- 研究機関
  京都大学
タンパク質機能の自由エネルギー解析と機能制御の分子基盤研究代表者
- 研究代表者
  
  石田豊和
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2013
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  物理化学
- 研究機関
  独立行政法人産業技術総合研究所
オロチジン一リン酸脱炭酸酵素の基質の歪みを利用した反応触媒機構の解析
- 研究代表者
  
  藤橋雅宏
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2011
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  構造生物化学
- 研究機関
  京都大学
複合的シミュレーション手法を用いた酵素機能の理論予測研究代表者
- 研究代表者
  
  石田豊和
- 研究期間 (年度)
  2007 – 2009
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  物理化学
- 研究機関
  独立行政法人産業技術総合研究所

[図書] The Fragment Molecular Orbital Method : Practical Applications to Large Molecular Systems2009
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 総ページ数
  24
- 出版者
  Modeling Protein Environment in an Enzymatic Catalysis : A Case Study of the Chorismate Mutase Reaction
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[図書] Modeling Protein Environment in an Enzymatic Catalysis: A Case Study of the Chorismate Mutase Reaction"、Book chapter in "The Fragment Molecular Orbital Method: Practical Applications to Large Molecular Systems2009
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 出版者
  Taylor & Francis group
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[雑誌論文] Insight into the Catalytic Mechanism of GH11 Xylanase: Computational Analysis of Substrate Distortion Based on a Neutron Structure2020
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida*, Jerry M. Parks, and Jeremy C. Smith*
- 雑誌名
  
  Journal of the American Chemical Society
  
  巻: 142 号: 42 ページ: 17966-17980
- DOI
  10.1021/jacs.0c02148
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05052
[雑誌論文] Computational analysis of carbohydrate recognition based on hybrid QM/MM modeling: a case study of norovirus capsid protein in complex with Lewis antigen2018
- 著者名/発表者名
  Ishida Toyokazu
- 雑誌名
  
  Physical Chemistry Chemical Physics
  
  巻: 20 号: 7 ページ: 4652-4665
- DOI
  10.1039/c7cp07701g
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410031
[雑誌論文] Computational modeling of carbohydrate recognition in protein complex2017
- 著者名/発表者名
  Ishida Toyokazu
- 雑誌名
  
  AIP Conference Proceedings
  
  巻: 1906 ページ: 030021-030021
- DOI
  10.1063/1.5012300
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410031
[雑誌論文] 大規模量子計算を基礎とした酵素反応研究の現状と今後の展望2013
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 雑誌名
  
  生物物理
  
  巻: 53 巻ページ: 326-327
- NAID
  10031203613
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[雑誌論文] Substrate Distortion Contributes to the Catalysis of Orotidine 5′-Monophosphate Decarboxylase2013
- 著者名/発表者名
  藤橋雅宏、石田豊和、黒田新悟、Lakshmi P. Kotra, Emil F. Pai, 三木邦夫
- 雑誌名
  
  JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY
  
  巻: 135巻号: 46 ページ: 17432-17443
- DOI
  10.1021/ja408197k
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035, KAKENHI-PROJECT-24570130
[雑誌論文] 複合シミュレーション手法によるタンパク質機能の分子シミュレーション2012
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 雑誌名
  
  アンサンブル
  
  巻: 14 巻ページ: 32-39
- NAID
  130004566722
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[雑誌論文] タンパク質機能の分子シミュレーション: 基質認識と酵素反応2011
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 雑誌名
  
  化学と工業
  
  巻: ６４巻ページ: 626-626
- NAID
  10029282496
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[雑誌論文] タンパク質機能の分子シミュレーション : 基質認識と酵素反応2011
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 雑誌名
  
  化学と工業
  
  巻: 64 巻ページ: 626-626
- NAID
  10029282496
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[雑誌論文] Computational Model ing of Carbohydrate-Recognition Process in E-Selectin Complex: Structural Mapp ing of Sialyl Lewis X onto Ab Initio QM /MM Free Energy Surface2010
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 雑誌名
  
  The Journal o f Physical Chemistry B vol.114、no.11
  
  ページ: 3950-3964
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[雑誌論文] Effects of Point Mutation on Enzymatic Activity: Correlation between Protein Electronic Structure and Motion in Chorismate Mutase Reaction2010
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 雑誌名
  
  Journal of the American Chemical Society vol.132、no.20
  
  ページ: 7104-7118
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[雑誌論文] Effects of Point Mutation on Enzymatic Activity : Correlation between Protein Electronic Structure and Motion in Chorismate Mutase Reaction2010
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 雑誌名
  
  Journal of the American Chemical Society 132(In press)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[雑誌論文] Computational Modeling of Carbohydrate-Recognition Process in E-Selectin Complex : Structural Mapping of Sialyl Lewis X onto Ab Initio QM/MM Free Energy Surface2010
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B 114
  
  ページ: 3950-3964
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[雑誌論文] Toward Accurate Modeling of Enzymatic Reactions : All Electron Quantum Chemical Analysis combined with QM/MM Calculation of Chorismate Mutase2008
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 雑誌名
  
  AIP Conference Proceedings : SELECTED PAPERS FROM ICNAAM 2007 AND ICCMSE 2007 1046
  
  ページ: 7-10
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[雑誌論文] Toward Accurate Modeling of Enzymatic Reactions: All Electron Quantum Chemical Analysis combined with QM/MM Calculation of Chorismate Mutase2008
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 雑誌名
  
  AIP Conference Proceedings: SELECTED PAPERS FROM ICNAAM 2007 AND ICCMSE 2007 vol.1046
  
  ページ: 40734-40734
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[雑誌論文] Probing Protein Environment in an Enzymatic Process : All-Electron Quantum Chemical Analysis combined with ab initio Quantum Mechanical / Molecular Mechanical Modeling of Chorismate Mutase2008
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 雑誌名
  
  JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 129
  
  ページ: 125105-125105
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[雑誌論文] Probing Protein Environment in an Enzymatic Process: All-Electron Quantum Chemical Analysis combined with ab initio Quantum Mechanical / Molecular Mechanical Modeling of Chorismate Mutase2008
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics vol.129、no.12
  
  ページ: 125105-125105
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[雑誌論文] Towazd Accurate Modeling of Enzymatic Reactions:All Electron Quantum Chemical Analysis combined with QM/MM Calculation of Chorismate Mutase
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 雑誌名
  
  Recent Advances in Computational Sciences & Engineering (In press)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] 酵素反応における基底状態不安定化仮説：バイオマス分解酵素 GH11-Xylanase の反応機構について2024
- 著者名/発表者名
  石田豊和、Jerry M. Parks, Jeremy C. Smith
- 学会等名
  日本化学会第104 春季年会（2024）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K05045
[学会発表] 中性子構造と理論計算化学に基づくバイオマス分解酵素（GH11 Xylanase）の反応機構解明2023
- 著者名/発表者名
  石田豊和、Jerry M. Parks, Jeremy C. Smith
- 学会等名
  第２３回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K05045
[学会発表] Theoretical Insight into Catalytic Mechanism of GH11 Xylanase: ab initio QM/MM Modeling based on Neutron Structure2023
- 著者名/発表者名
  石田豊和、Jerry M. Parks, Jeremy C. Smith
- 学会等名
  TACC 2023 in Sapporo
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K05045
[学会発表] 酵素反応における基底状態不安定化仮説の検証：GH11-Xylanase を例として2023
- 著者名/発表者名
  石田豊和、Jerry M. Parks, Jeremy C. Smith
- 学会等名
  第１７回分子科学討論会 2023大阪
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K05045
[学会発表] 中性子構造と複合シミュレーション解析に基づく GH11 Xylanase の酵素活性機構2022
- 著者名/発表者名
  石田豊和、Jerry M. Parks、Jeremy C. Smith
- 学会等名
  第24回理論化学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K05045
[学会発表] バイオマス分解酵素（Xylanase）の反応機構2021
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida, Jerry M. Parks, Jeremy C. Smith
- 学会等名
  第15回分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05052
[学会発表] バイオマス分解酵素の触媒機構2020
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida, Jerry M. Parks, Jeremy C. Smith
- 学会等名
  日本化学会第100 春季年会（2020）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05052
[学会発表] バイオマス分解酵素の反応機構2019
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida, Jerry M. Parks, Jeremy C. Smith
- 学会等名
  第33回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05052
[学会発表] Computational analysis of carbohydrate recognition mechanism in proteins （計算科学によるタンパク質の糖鎖認識機構の解析）2019
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  The 9th NTChem WorkShop
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05052
[学会発表] Computational analysis of carbohydrate recognition based on hybrid QM/MM approach（複合分子モデリング技術による糖鎖認識機構の解析）2019
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  日本化学会第99春季年会 (2019)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05052
[学会発表] Computational Analysis of Carbohydrate Recognition based on ab initio QM/MM Modeling2018
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  ICPAC Langkawi 2018　(International Congress on Pure & Applied Chemistry Langkawi)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05052
[学会発表] Computational modeling of carbohydrate recognition in protein complex2017
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  Modeling Interactions in Biomolecules VIII (WATOC2017 SATELLITE)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410031
[学会発表] Computational modeling of carbohydrate recognition in proteins2017
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  13th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering (ICCMSE 2017)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410031
[学会発表] Computational Modeling of Protein Functions: Molecular Recognition and Enzymatic Catalysis2016
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  The 4th International Symposium for Young Chemists on Stimuli- Responsive Chemical Species for the Creation of Functional Molecules
- 発表場所
  大阪大学（吹田キャンパス）サントリーメモリアルホール
- 年月日
  2016-12-12
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410031
[学会発表] Computational modeling of carbohydrate recognition in norovirus capsid protein with lewis antigen2015
- 著者名/発表者名
  石田豊和、久保田智巳、白土東子
- 学会等名
  Pacifichem 2015 : International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
- 発表場所
  HAWAII CONVENTION CENTER
- 年月日
  2015-12-17
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410031
[学会発表] ノロウィルスキャプシドタンパク質の糖鎖認識における糖鎖構造依存性2015
- 著者名/発表者名
  石田豊和、久保田智巳、白土東子
- 学会等名
  第9回分子科学討論会 2015東京
- 発表場所
  東京工業大学大岡山キャンパス
- 年月日
  2015-09-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410031
[学会発表] ノロウィルスキャプシドタンパク質と血液型糖鎖抗原との糖鎖認識機構2015
- 著者名/発表者名
  石田豊和、久保田智巳、白土東子
- 学会等名
  第18回理論化学討論会
- 発表場所
  大阪大学(豊中キャンパス)　大阪大学会館
- 年月日
  2015-05-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410031
[学会発表] ノロウィルスキャプシドタンパク質とルイス抗原との糖鎖認識:計算科学による相互作用解析2015
- 著者名/発表者名
  石田豊和、久保田智巳、白土東子
- 学会等名
  第15回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  徳島市あわぎんホール
- 年月日
  2015-06-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410031
[学会発表] Computational Modeling of Enzymatic Function: Effects of Substrate Distortion in ODCase Reaction2014
- 著者名/発表者名
  石田豊和、藤橋雅宏
- 学会等名
  19th International Workshop on Quantum Systems in Chemistry, Physics and Biology (QSCP XIX)
- 発表場所
  Tamsui, Taipei, Taiwan
- 年月日
  2014-11-15
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410031
[学会発表] タンパク質機能の分子シミュレーション2014
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第6回産総研ナノシステム連携促進フォーラム
- 発表場所
  秋葉原コンベンションホール（東京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] タンパク質機能の分子シミュレーション2014
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第6回産総研ナノシステム連携促進フォーラム
- 発表場所
  秋葉原コンベンションホール(東京都)
- 年月日
  2014-02-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] Computational Modeling of Protein Functions: Probing Protein Environment in Enzymatic Catalysis2014
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  台湾中央研究院　生物化学研究所セミナー
- 発表場所
  Institute of Biomedical Sciences, Academia Sinica
- 年月日
  2014-11-13
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410031
[学会発表] オロチジン一リン酸脱炭酸酵素の反応機構における基質歪みの役割2014
- 著者名/発表者名
  藤橋雅宏, 石田豊和, 黒田新悟, 三登一八, Emil F. Pai, Lakshmi P. Kotra, 三木邦夫
- 学会等名
  日本結晶学会
- 発表場所
  東京大学農学部
- 年月日
  2014-11-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24570130
[学会発表] 酵素活性における基質歪みの効果：ODCaseの酵素反応を例として2014
- 著者名/発表者名
  石田豊和、藤橋雅宏
- 学会等名
  日本化学会第94春季年会
- 発表場所
  名古屋大学　東山キャンパス（愛知県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] オロチジン一リン酸脱炭酸酵素の反応機構2014
- 著者名/発表者名
  藤橋雅宏, 石田豊和, 黒田新悟, 三登一八, Emil F. Pai, Lakshmi P. Kotra, 三木邦夫
- 学会等名
  物構研サイエンスフェスタ2013
- 発表場所
  つくば市　つくば国際会議場
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24570130
[学会発表] オロチジン一リン酸脱炭酸酵素の基質の歪みを利用した反応機構2014
- 著者名/発表者名
  藤橋雅宏, 石田豊和, 黒田新悟, 三登一八, Lakshmi P. Kotra, Emil F. Pai, 三木邦夫
- 学会等名
  第14回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  横浜市ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア
- 年月日
  2014-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24570130
[学会発表] 酵素活性における基質歪みの効果:ODCase の酵素反応を例として2014
- 著者名/発表者名
  石田豊和, 藤橋雅宏
- 学会等名
  日本化学会第94回春季年会
- 発表場所
  名古屋大学東山キャンパス(愛知県)
- 年月日
  2014-03-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] ノロウィルスキャプシドタンパク質とルイス抗原との糖鎖認識機構2014
- 著者名/発表者名
  石田豊和、久保田智巳、白土東子
- 学会等名
  第８回分子科学討論会 2014 東広島
- 発表場所
  広島大学　東広島キャンパス
- 年月日
  2014-09-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410031
[学会発表] 複合シミュレーション手法で探るオロチジン一リン酸脱炭酸酵素の触媒機構2013
- 著者名/発表者名
  石田豊和, 藤橋雅宏
- 学会等名
  第13回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  とりぎん文化会館(鳥取県)
- 年月日
  2013-06-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] 酵素活性における基質歪みの効果 : ODCase の酵素反応を例として2013
- 著者名/発表者名
  石田豊和, 藤橋雅宏
- 学会等名
  第7回分子科学討論会 2013 京都
- 発表場所
  京都テルサ(京都府)
- 年月日
  2013-09-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] オロチジン一リン酸脱炭酸酵素の反応触媒機構の解析2013
- 著者名/発表者名
  藤橋雅宏, 石田豊和, 黒田新悟, 三登一八, Lakshmi P. Kotra, Emil F. Pai, 三木邦夫
- 学会等名
  第13回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  とりぎん文化会館(鳥取県)
- 年月日
  2013-06-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] Computational Modeling of Protein Functions: Molecular Recognition and Enzymatic Catalysis2013
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第５回JCS理論化学国際会議
- 発表場所
  東大寺総合文化センター（奈良県）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] 複合シミュレーションによるODCaseの反応機構解析2013
- 著者名/発表者名
  石田豊和、藤橋雅宏
- 学会等名
  日本化学会第93春季年会 (2013)
- 発表場所
  立命館大学びわこ・くさつキャンパス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] 高分解能結晶構造と計算科学の融合によるノロウイルス糖鎖認識機構の解析2013
- 著者名/発表者名
  石田豊和、白土東子、成松久、久保田智巳
- 学会等名
  第12回　産総研・産技連　LS-BT合同研究発表会
- 発表場所
  産総研つくばセンター共用講堂
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] Computer Simulation of Protein Function: Molecular Recognition and Enzymatic Catalysis2013
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  Nagoya Symposium : Frontiers in Structural Physiology
- 発表場所
  名古屋大学・豊田講堂
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] Computer simulation of protein function: molecular recognition and enzymatic catalysis2013
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  Nagoya Symposium: Frontiers in structural physiology
- 発表場所
  名古屋大学豊田講堂(愛知県)
- 年月日
  2013-01-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] 複合シミュレーション手法で探るオロチジン一リン酸脱炭酸酵素の触媒機構2013
- 著者名/発表者名
  石田豊和、藤橋雅宏
- 学会等名
  第13回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  鳥取市とりぎん文化会館（鳥取県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] 複合シミュレーションによる ODCase の反応機構解析2013
- 著者名/発表者名
  石田豊和, 藤橋雅宏
- 学会等名
  日本化学会第93回春季年会
- 発表場所
  立命館大学びわこくさつキャンパス(滋賀県)
- 年月日
  2013-03-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] オロチジン一リン酸脱炭酸酵素の反応触媒機構の解析2013
- 著者名/発表者名
  藤橋雅宏、石田豊和、黒田新悟、三登一八、Lakshmi P. Kotra, Emil F. Pai, 三木邦夫
- 学会等名
  第13回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  鳥取市とりぎん文化会館（鳥取県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] オロチジン一リン酸脱炭酸酵素の反応触媒機構の解析2013
- 著者名/発表者名
  藤橋雅宏, 石田豊和, 黒田新悟, 三登一八, Emil F Pai, Lakshmi P. Kotra, 三木邦夫
- 学会等名
  第13回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  鳥取市　とりぎん文化会館
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24570130
[学会発表] 酵素活性における基質歪みの効果:ODCaseの酵素反応を例として2013
- 著者名/発表者名
  石田豊和、藤橋雅宏
- 学会等名
  第7回分子科学討論会 2013京都
- 発表場所
  京都テルサ（京都府）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] 高分解能結晶構造と計算科学の融合によるノロウィルス糖鎖認識機構の解析2013
- 著者名/発表者名
  石田豊和, 白土東子, 成松久, 久保田智巳
- 学会等名
  第12回産総研-産技連 LS-BT 合同研究発表会
- 発表場所
  産総研つくばセンター共用講堂(茨城県)
- 年月日
  2013-02-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] Computational modeling of protein functions: molecular recognition and enzymatic catalysis2013
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第5回 JCS 理論化学国際会議
- 発表場所
  東大寺総合文化センター(奈良県)
- 年月日
  2013-12-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] 若い世代の特別講演会：「タンパク質機能の分子シミュレーション：基質認識と酵素反応」2012
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  日本化学会第９２春季年会(招待講演)
- 発表場所
  神奈川県　慶応義塾大学　日吉キャンパス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] 基質構造の歪みを利用するオロチジン一リン酸脱炭酸酵素の反応機構2012
- 著者名/発表者名
  藤橋雅宏, 石田豊和, 黒田新悟, Emil F Pai, Lakshmi P. Kotra, 三木邦夫
- 学会等名
  平成24年度日本結晶学会年会
- 発表場所
  東北大学片平キャンパス (仙台市)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24570130
[学会発表] 若い世代の特別講演会タンパク質機能の分子シミュレーション:基質認識と酵素反応2012
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  日本化学会第92回春季年会
- 発表場所
  慶応義塾大学日吉キャンパス(神奈川県)
- 年月日
  2012-03-27
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] タンパク質機能の分子シミュレーション : 基質認識と酵素反応を例として2011
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第5回分子科学討論会 2011 札幌
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター(北海道)
- 年月日
  2011-09-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] Computational modeling of carbohydrate recognition in selectin complex2011
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第71回岡崎コンファレンス「糖鎖分子科学の新たな展望」
- 発表場所
  岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
- 年月日
  2011-10-13
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] オロチジンーリン酸脱炭酸酵素の反応における基質の歪みの役割2011
- 著者名/発表者名
  藤橋雅宏, 石田豊和, 黒田新悟, Emil F Pai, Lakshmi P Kotra, 三木邦夫
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
- 年月日
  2011-06-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22770102
[学会発表] オロチジン一リン酸脱炭酸酵素の反応における基質の歪みの役割2011
- 著者名/発表者名
  藤橋雅宏, 石田豊和, 黒田新悟, Emil F Pai, Lakshmi P Kotra, 三木邦夫
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
- 年月日
  2011-06-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22770102
[学会発表] Computational modeling of carbohydrate recognition in selectin complex2011
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  Ninth triennial congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC 2011)
- 発表場所
  University of Santiago, Santiago De Compostela, スペイン
- 年月日
  2011-07-21
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] Computational Modeling of Carbohydrate-Recognition in Selectin Complex2011
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第71回岡崎コンファレンス「糖鎖分子科学の新たな展望」　(招待講演)
- 発表場所
  愛知県　岡崎コンファレンスセンター
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] Computational Modeling of Carbohydrate-Recognition in Selectin Complex2011
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  Ninth triennial congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC 2011)　　(招待講演)
- 発表場所
  スペイン　Santiago De Compostela
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] タンパク質機能の分子シミュレーション:基質認識と酵素反応を例として2011
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第５回分子科学討論会２０１１札幌
- 発表場所
  北海道　札幌コンベンションセンター
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23550035
[学会発表] タンパク質機能の分子シミュレーション:基質認識と酵素反応2010
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  平成21年度産総研・産技連LS-BT合同研究発表会
- 発表場所
  産総研つくばセンター共用講堂
- 年月日
  2010-02-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] 複合モデリング計算によるODCaseの反応機構の解析2010
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第4回公開シンポジウム
- 発表場所
  自然科学研究機構岡崎コンファレンスセンター
- 年月日
  2010-03-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] タンパク質機能の分子シミュレーション:基質認識と酵素反応2010
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第4回ナノバイオデバイス・ワークショップ
- 発表場所
  産総研つくばセンター共用講堂
- 年月日
  2010-01-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] 糖タンパク質の糖鎖認識機構の分子モデリング2010
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第90回日本化学会第90春季年会
- 発表場所
  近畿大学
- 年月日
  2010-03-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] ODCaseの酵素触媒機構2009
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第3回分子科学討論会
- 発表場所
  名古屋大学東山キャンパス
- 年月日
  2009-09-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] Probing Protein Environment in Enzymatic Process : Hybrid Computational Modeling of Chorismate Mutase Catalysis2009
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 学会等名
  次世代スーパーコンピュータプロジェクト・第3回公開シンポジウム
- 発表場所
  自然科学研究機構岡崎コンファレンスセンター
- 年月日
  2009-03-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] Probing Protein Environment in Enzymatic Process based on Hybrid Computational Modeling: Case Study of Chorismate Mutase Catalysis2009
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 学会等名
  BIT's 2nd Annual Protein and Peptide Conference (PepCon 2009)
- 発表場所
  Seoul, South Korea
- 年月日
  2009-04-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] 階層的計算手法を用いたセレクチンの糖鎖認識機構の解析2009
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第9回日本蛋白質科学年会
- 発表場所
  熊本全日空ホテル
- 年月日
  2009-05-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] タンパク質機能の分子シミュレーション:基質認識と酵素反応2009
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  計算科学シンポジウム
- 発表場所
  秋葉原UDX
- 年月日
  2009-12-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] 複合モデリング計算によるタンパク質機能の理論解析:タンパク質分解酵素を例として2009
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第82回日本生化学会大会
- 発表場所
  神戸ポートアイランド
- 年月日
  2009-10-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] 糖タンパク質の糖鎖認識機構の分子モデリング2009
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第12回理論化学討論会
- 発表場所
  東京大学本郷キャンパス
- 年月日
  2009-05-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] Probing Protein Environment in Enzymatic Process based on Hybrid Computational Modeling : Case Study of Chorismate Mutase Catalysis2009
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 学会等名
  BIT's 2^<nd> Annual Protein and Peptide Conference (PepCon 2009)
- 発表場所
  Seoul, South Korea
- 年月日
  2009-04-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] 複合的モデリングを用いた酵素反応におけるタンパク質環境の解析 : chorismate mutaseを例として2008
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第8回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  タワーホール船堀、東京
- 年月日
  2008-06-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] セレクチン-糖鎖複合体の構造解析 : 複合シミュレーションによるアプローチ2008
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  日本化学会第2回関東支部大会(2008)
- 発表場所
  群馬大学桐生キャンパス
- 年月日
  2008-09-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] セレクチン-糖鎖複合体の構造解析:複合シミュレーションによるアプローチ2008
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  日本化学会第2回関東支部大会
- 発表場所
  群馬大学桐生キャンパス
- 年月日
  2008-09-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] Hybrid Modeling Study of a Ligand Recognition Process in Selectin-Carbohydrate Complex2008
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 学会等名
  1st International Conference of The Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience
- 発表場所
  東京国際交流館, 日本科学未来館
- 年月日
  2008-06-06
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] Theoretical Modeling of Ligand Recognition Process in Selectin Complex2008
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 学会等名
  International Conference on Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials (MSBSM2008)
- 発表場所
  Akihabara Convention Hall 5B
- 年月日
  2008-06-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] Hybrid Modeling Study of a Ligand Recognition Process in Selectin-Carbohydrate Complex2008
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 学会等名
  1st International Conference of The Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience
- 発表場所
  東京国際交流館,日本科学未来館
- 年月日
  2008-06-06
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] 糖タンパク質ー糖鎖複合体の階層的分子モデリング2008
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第22回分子シミュレーション討論会
- 発表場所
  岡山大学
- 年月日
  2008-11-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] Theoretical Perspectives on the Reaction Mechanism of Serine Proteases2008
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 学会等名
  BIT'S 1st Annual Protein and Peptide Conference (Pepcon 2008)
- 発表場所
  Shenzhen, China
- 年月日
  2008-04-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] Computational Modeling of Carbohydrate Recognition Process in Selectins2008
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 学会等名
  Computational Sciences Workshop 2008 (CSW2008)
- 発表場所
  エポカルつくば
- 年月日
  2008-12-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] 糖タンパク質セレクチンの糖鎖認識機構2008
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第2回分子科学討論会
- 発表場所
  福岡国際会議場
- 年月日
  2008-09-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] Theoretical Perspectives on the Reaction Mechanism of Serine Proteases2008
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 学会等名
  BIT's 1st Annual Protein and Peptide Conference (PepCon 2008)
- 発表場所
  Shenzhen, China
- 年月日
  2008-04-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] 糖タンパク質セレクチンの糖鎖認識機構2008
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第2回分子科学討論会(福岡)
- 発表場所
  福岡国際会議場
- 年月日
  2008-09-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] 糖タンパク質-糖鎖複合体の階層的分子モデリング2008
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第22回分子シミュレーション討論会
- 発表場所
  岡山大学
- 年月日
  2008-11-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] 複合的モデリングを用いた酵素反応におけるタンパク質環境の解析:chorismate mutaseを例として2008
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第8回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  タワーホール船堀、東京
- 年月日
  2008-06-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] タンパク質-糖鎖認識機構の分子モデリング2007
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第1回分子科学討論会2007(仙台)
- 発表場所
  北大学川内北キャンパス
- 年月日
  2007-09-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] タンパク質-糖鎖認識機構の分子モデリング2007
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第1回分子科学討論会2007
- 発表場所
  東北大学川内北キャンパス
- 年月日
  2007-09-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] 酵素反応の詳細な理解に向けて:QM/MM+全電子計算によるタンパク質環境の解析2007
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第10回理論化学討論会
- 発表場所
  名古屋大学野依記念学術交流館
- 年月日
  2007-05-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] Toward Accurate Modeling of Enzymatic Reactions: All Electron Quantum Chemical Analysis combined with QM/MM Calculation of Chorismate Mutase2007
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 学会等名
  International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering2007(ICCMSE2007)
- 発表場所
  コルフ、ギリシャ
- 年月日
  2007-09-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] Toward Accurate Mo deling of Enzymatic Reactions: All Elec tron Quantum Chemical Analysis combined with QM/MM Calculation of Chorismate M utase2007
- 著者名/発表者名
  Toyokazu Ishida
- 学会等名
  International Conference of Co mputational Methods in Sciences and Eng ineering 2007 (ICCMSE 2007)
- 発表場所
  Corfu、Greece
- 年月日
  2007-09-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19750021
[学会発表] Computational Modeling of Protein Functions: Probing Protein Environment in Enzymatic Catalysis
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  WATOC 2014 Satellite Meeting on Large Condensed and Biological Systems
- 発表場所
  Universidad de Concepcion, Concepcion, Chile
- 年月日
  2014-10-13 – 2014-10-14
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410031
[学会発表] QM分科会第一部　生体系のエネルギー計算、QM分科会第二部　酵素反応基礎論とQM/MM法による理論計算
- 著者名/発表者名
  石田豊和
- 学会等名
  第18回分子シミュレーション夏の学校
- 発表場所
  大原温泉　湯元のお宿　民宿大原山荘
- 年月日
  2014-09-02 – 2014-09-03
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410031
[学会発表] Substrate distortion in the catalysis of orotidine monophosphate decarboxylase
- 著者名/発表者名
  Masahiro Fujihashi, Toyokazu Ishida, Shingo Kuroda, Kazuya Mito, Lakshmi P. Kotra, Emil F. Pai, Kunio Miki
- 学会等名
  23rd Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
- 発表場所
  Montreal, Quebec, Canada
- 年月日
  2014-08-06 – 2014-08-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24570130

1. 藤橋雅宏 (10397581)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 8件
2. 佐藤努 (80334655)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. KOTRA P. lakshmi

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件

石田 豊和 Ishida Toyokazu

研究課題

研究成果

共同研究者

酵素反応における基質の基底状態不安定化仮説に対する理論計算化学からの検証研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

複合シミュレーション技術によるバイオマス分解酵素の反応機構解明と機能改変研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

糖鎖結合性タンパク質の分子認識/反応機構に関する分子基盤の構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

珍しい特徴を有する二つの酵素の立体構造に基づく触媒機構解明とその利用

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパク質機能の自由エネルギー解析と機能制御の分子基盤研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

オロチジン一リン酸脱炭酸酵素の基質の歪みを利用した反応触媒機構の解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

複合的シミュレーション手法を用いた酵素機能の理論予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] The Fragment Molecular Orbital Method : Practical Applications to Large Molecular Systems2009

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[図書] Modeling Protein Environment in an Enzymatic Catalysis: A Case Study of the Chorismate Mutase Reaction"、Book chapter in "The Fragment Molecular Orbital Method: Practical Applications to Large Molecular Systems2009

著者名/発表者名

出版者

データソース

[雑誌論文] Insight into the Catalytic Mechanism of GH11 Xylanase: Computational Analysis of Substrate Distortion Based on a Neutron Structure2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Computational analysis of carbohydrate recognition based on hybrid QM/MM modeling: a case study of norovirus capsid protein in complex with Lewis antigen2018

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Computational modeling of carbohydrate recognition in protein complex2017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] 大規模量子計算を基礎とした酵素反応研究の現状と今後の展望2013

著者名/発表者名

雑誌名

NAID

データソース

[雑誌論文] Substrate Distortion Contributes to the Catalysis of Orotidine 5′-Monophosphate Decarboxylase2013

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

石田豊和 Ishida Toyokazu