矢原耕史 Yahara Koji

研究者番号	70542356
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 国立健康危機管理研究機構, 国立感染症研究所薬剤耐性研究センター, 室長
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2019年度 – 2023年度: 国立感染症研究所, 薬剤耐性研究センター, 室長 2016年度 – 2019年度: 国立感染症研究所, 薬剤耐性研究センター, 主任研究官 2015年度: 久留米大学, 付置研究所, 講師
審査区分/研究分野	研究代表者小区分58030:衛生学および公衆衛生学分野関連:実験系を含まない / 生物系 / 遺伝・染色体動態研究代表者以外小区分57060:外科系歯学関連 / 消化器内科学 / 小区分49050:細菌学関連 / 中区分58:社会医学、看護学およびその関連分野
キーワード	研究代表者ゲノム / 細菌 / 組換え / 進化 / サーベイランス / 疫学 / 薬剤耐性 / 口腔 / ヴァイローム / ファージ … もっと見る / 自然選択 / 医療コスト / 保菌 / MRSA / DPC / JANIS / 疾病負荷 / ナノポア / メタゲノム / ロングリード / ゲノム疫学 / ディスク法 / セフトリアキソン / MIC / スクリーニング / 薬剤感受性 / 細菌検査 / 系統 / 淋菌 / 最近 / ビッグデータ / ウイルス / 組み換え / 航空 / 情報 / 集団遺伝 / 病原性 … もっと見る研究代表者以外胃がん / 胃癌 / 病原性 / ヘリコバクター・ピロリ / 系統・サブタイプ分類 / 口腔 / 薬剤関連顎骨壊死MRONJ / 微生物叢 / Actinomyces / MRONJ / 薬剤関連顎骨壊死 / ゲノム / エピゲノム / 適応進化 / Pacbio / 遺伝子発現ネットワーク / GWAS / エピゲノム進化 / メチローム / トランスポーター / 外膜タンパク / 集団ゲノム / 細菌ゲノム / 細菌GWAS / ピロリ菌 / 細菌発がん / ゲノム解析 / オルガノイド（ガストロイド） / ヘリコバクター・ピロリ（ピロリ菌） / 胃上皮細胞 / 次世代シーケンス / 全ゲノム解析 / 病原因子 / オルガノイド / テーラーメイド / 薬剤耐性 / モンゴル / ブータン / ベトナム / アフリカ / 東アジア / 遺伝子解析 / テーラーメード / 抗菌薬耐性 / 国際共同研究隠す

４つのビッグデータを統合した薬剤耐性菌の疾病負荷に関する研究研究代表者
- 研究代表者
  
  矢原耕史
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分58030:衛生学および公衆衛生学分野関連:実験系を含まない
- 研究機関
  国立感染症研究所
薬剤関連顎骨壊死に関わる微生物の疾患関連遺伝子と新たなサブタイプの解析
- 研究代表者
  
  矢原寛子
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分57060:外科系歯学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人国立国際医療研究センター
拡張viromeデータと長鎖シーケンサーを用いたファージと宿主のビッグデータ解析研究代表者
- 研究代表者
  
  矢原耕史
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2020
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  国立感染症研究所
新規2次元胃上皮細胞培養系を用いた疾患特異的ピロリ菌病原因子の追及
- 研究代表者
  
  山岡吉生
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分49050:細菌学関連
- 研究機関
  大分大学
多剤耐性淋菌のゲノム解読に基づくサーベイランスと進化・伝播の解析研究代表者
- 研究代表者
  
  矢原耕史
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2023
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分58030:衛生学および公衆衛生学分野関連:実験系を含まない
- 研究機関
  国立感染症研究所
ピロリ菌の病原性と薬剤耐性を考慮したテーラーメード治療の確立に関する国際共同研究
- 研究代表者
  
  山岡吉生
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2023
- 研究種目
  
  国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
- 審査区分
  
  中区分58:社会医学、看護学およびその関連分野
- 研究機関
  大分大学
細菌感染ウィルスのゲノム組み換えの宿主依存性と疾患特異性のビッグデータ解析研究代表者
- 研究代表者
  
  矢原耕史
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2018
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  国立感染症研究所
発がんに影響するピロリ菌の遺伝子とエピゲノム状態のPacBio解読による探索
- 研究代表者
  
  小林一三
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2019
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  消化器内科学
- 研究機関
  杏林大学
1塩基単位の組換え率推定に基づく病原細菌13種のゲノムの組換えのホット領域の解析研究代表者
- 研究代表者
  
  矢原耕史
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2018
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  遺伝・染色体動態
- 研究機関
  国立感染症研究所
   久留米大学

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すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Development of selective isolation media for detecting the genera Actinomyces and Schaalia from oral specimens containing indigenous bacteria2024
- 著者名/発表者名
  Sadao Aoki, Hiroko Yahara, Ryoma Nakao, Osamu Tsuzukibashi and Koji Yahara
- 雑誌名
  
  Access Microbiology
  
  巻: 6 号: 5
- DOI
  10.1099/acmi.0.000768.v3
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K10129
[雑誌論文] Comparison of disease and economic burden between MRSA infection and MRSA colonization in a university hospital: a retrospective data integration study2024
- 著者名/発表者名
  Hirabayashi Aki、Yahara Koji、Oka Keisuke、Kajihara Toshiki、Ohkura Teruko、Hosaka Yumiko、Shibayama Keigo、Sugai Motoyuki、Yagi Tetsuya
- 雑誌名
  
  Antimicrobial Resistance & Infection Control
  
  巻: 13 号: 1 ページ: 27-27
- DOI
  10.1186/s13756-024-01383-8
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K18972, KAKENHI-PROJECT-22K10597
[雑誌論文] Corrigendum: ‘Genome-wide association study of gastric cancer- and duodenal ulcer-derived Helicobacter pylori strains reveals discriminatory genetic variations and novel oncoprotein candidates’2023
- 著者名/発表者名
  Tuan Vo Phuoc、Yahara Koji、Dung Ho Dang Quy、Binh Tran Thanh、Tung Pham Huu、Tri Tran Dinh、Thuan Ngo Phuong Minh、Khien Vu Van、Trang Tran Thi Huyen、Phuc Bui Hoang、Tshibangu-Kabamba Evariste、Matsumoto Takashi、Akada Junko、Suzuki Rumiko、Okimoto Tadayoshi、etc. Kobayashi Ichizo、Yamaoka Yoshio
- 雑誌名
  
  Microbial Genomics
  
  巻: 9 号: 7
- DOI
  10.1099/mgen.0.001062
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18KK0266
[雑誌論文] Author Correction: Repeated out-of-Africa expansions of Helicobacter pylori driven by replacement of deleterious mutations2023
- 著者名/発表者名
  Thorpe Harry A.、Tourrette Elise、Yahara Koji、Vale Filipa F.、Liu Siqi、Oleastro Monica、Alarcon Teresa、Perets Tsachi-Tsadok、Latifi-Navid Saeid、Yamaoka Yoshio、etc、Engstrand Lars、Agreus Lars、Suerbaum Sebastian、Thorell Kaisa、Falush Daniel
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 14 号: 1 ページ: 1539-1539
- DOI
  10.1038/s41467-023-37302-5
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18KK0266
[雑誌論文] Repeated out-of-Africa expansions of Helicobacter pylori driven by replacement of deleterious mutations.2022
- 著者名/発表者名
  Thorpe HA, Tourrette E, Yahara K, Vale FF, Liu S, Oleastro M, Alarcon T. Perets TT, Latifi-Navid S, Yamaoka Y, Martinez-Gonzalez B, Karayiannis I, Karamitros T, Sgouras DN, Elamin W, Pascoe B, Sheppard SK, Ronkainen J, Aro P, Engstrand L, Agreus L, Suerbaum S, Thorell K, Falush D.
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 13 号: 1 ページ: 6842-6842
- DOI
  10.1038/s41467-022-34475-3
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18KK0266, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-19H03473, KAKENHI-PUBLICLY-21H00346, KAKENHI-PROJECT-23K24133
[雑誌論文] Genomic differentiation within East Asian Helicobacter pylori2022
- 著者名/発表者名
  You Yuanhai、Thorell Kaisa、He Lihua、Yahara Koji、Yamaoka Yoshio、Cha Jeong-Heon、Murakami Kazunari、Katsura Yukako、Kobayashi Ichizo、Falush Daniel、Zhang Jianzhong、TEAMHp
- 雑誌名
  
  Microbial Genomics
  
  巻: 8 号: 2 ページ: 1-14
- DOI
  10.1099/mgen.0.000676
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K16707, KAKENHI-PROJECT-19H03473, KAKENHI-PROJECT-18KK0266, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-22K07164, KAKENHI-PUBLICLY-21H00346, KAKENHI-PROJECT-23K24133
[雑誌論文] Genome-wide association study of gastric cancer- and duodenal ulcer-derived Helicobacter pylori strains reveals discriminatory genetic variations and novel oncoprotein candidates2021
- 著者名/発表者名
  Tuan V P、Yahara K、Dung H D Q、Binh T T、Huu T P、Tri T D、Thuan N P M、Khien V V、Trang T T H、Phuc B H、Tshibangu-Kabamba E、Matsumoto T、Akada J、Suzuki R、Okimoto T、Kodama M、Murakami K、Yano H、Fukuyo M、Takahashi N、Kato M、Nishiumi S、Azuma T、Ogura Y、Hayashi T、Toyoda A、Kobayashi I、Yamaoka Y
- 雑誌名
  
  Microbial Genomics
  
  巻: 7 号: 11 ページ: 1-17
- DOI
  10.1099/mgen.0.000680
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K16707, KAKENHI-PROJECT-19H03473, KAKENHI-PROJECT-20K07394, KAKENHI-PROJECT-21K07898, KAKENHI-PROJECT-21K08010, KAKENHI-PROJECT-18KK0266, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Long-read metagenomics using PromethION uncovers oral bacteriophages and their interaction with host bacteria2021
- 著者名/発表者名
  Yahara Koji、Suzuki Masato、Hirabayashi Aki、Suda Wataru、Hattori Masahira、Suzuki Yutaka、Okazaki Yusuke
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 12 号: 1 ページ: 1-12
- DOI
  10.1038/s41467-020-20199-9
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K07509, KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21723, KAKENHI-PUBLICLY-19H04846, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429
[雑誌論文] Emergence and evolution of antimicrobial resistance genes and mutations in Neisseria gonorrhoeae2021
- 著者名/発表者名
  Yahara Koji、Ma Kevin C.、Mortimer Tatum D.、Shimuta Ken、Nakayama Shu-ichi、Hirabayashi Aki、Suzuki Masato、Jinnai Michio、Ohya Hitomi、Kuroki Toshiro、Watanabe Yuko、Yasuda Mitsuru、Deguchi Takashi、Eldholm Vegard、Harrison Odile B.、Maiden Martin C. J.、Grad Yonatan H.、Ohnishi Makoto
- 雑誌名
  
  Genome Medicine
  
  巻: 13 号: 1 ページ: 1-12
- DOI
  10.1186/s13073-021-00860-8
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K07509, KAKENHI-PROJECT-18K17406, KAKENHI-PROJECT-18H02659
[雑誌論文] Shotgun metagenome sequencing identification of a set of genes encoded by Actinomyces associated with medication-related osteonecrosis of the jaw2020
- 著者名/発表者名
  Yahara Hiroko、Hiraki Akimitsu、Maruoka Yutaka、Hirabayashi Aki、Suzuki Masato、Yahara Koji
- 雑誌名
  
  PLOS ONE
  
  巻: 15 号: 11 ページ: e0241676-e0241676
- DOI
  10.1371/journal.pone.0241676
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K07509, KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21723, KAKENHI-PUBLICLY-19H04846, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429, KAKENHI-PROJECT-22KJ3160
[雑誌論文] Analysis of genetic recombination and the pan-genome of a highly recombinogenic bacteriophage species2019
- 著者名/発表者名
  Yahara Koji、Lehours Philippe、Vale Filipa F.
- 雑誌名
  
  Microbial Genomics
  
  巻: 5 号: 8 ページ: 1-9
- DOI
  10.1099/mgen.0.000282
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21723, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429, KAKENHI-PUBLICLY-19H04846
[雑誌論文] Trends and patterns of national antimicrobial consumption in Japan from 2004 to 20162018
- 著者名/発表者名
  Tsutsui Atsuko、Yahara Koji、Shibayama Keigo
- 雑誌名
  
  Journal of Infection and Chemotherapy
  
  巻: 24 号: 6 ページ: 414-421
- DOI
  10.1016/j.jiac.2018.01.003
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04666
[雑誌論文] Evaluating the origin and virulence of a Helicobacter pylori cagApositive strain isolated from a non-human primate2018
- 著者名/発表者名
  Kana Hashi, Chihiro Imai, Koji Yahara, Kamrunnesa Tahmina, Takeru Hayashi, Takeshi Azuma, Takako Miyabe-Nishiwaki, Hideyuki Sato, Masao Matsuoka, Sachi Niimi, Munehiro Okamoto, Masanori Hatakeyama
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 8 号: 1 ページ: 15981-15981
- DOI
  10.1038/s41598-018-34425-4
- NAID
  120006539613
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K07105, KAKENHI-PROJECT-18KK0204, KAKENHI-PROJECT-16H06373, KAKENHI-PROJECT-17H04666
[雑誌論文] Automated detection of outbreaks of antimicrobial-resistant bacteria in Japan2018
- 著者名/発表者名
  Tsutsui A.、Yahara K.、Clark A.、Fujimoto K.、Kawakami S.、Chikumi H.、Iguchi M.、Yagi T.、Baker M.A.、O'Brien T.、Stelling J.
- 雑誌名
  
  Journal of Hospital Infection
  
  巻: pii: S0195-6701(18) 号: 2 ページ: 30540-1
- DOI
  10.1016/j.jhin.2018.10.005
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04666
[雑誌論文] Macroevolution of gastric Helicobacter species unveils interspecies admixture and time of divergence2018
- 著者名/発表者名
  Annemieke Smet, Koji Yahara, Mirko Rossi, Alfred Tay, Steffen Backert, Ensser Armin, James G. Fox, Bram Flahou, Richard Ducatelle, Freddy Haesebrouck, Jukka Corander
- 雑誌名
  
  The ISME journal
  
  巻: 印刷中
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04666
[雑誌論文] Identification of stress responsive genes by studying specific relationships between mRNA and protein abundance2018
- 著者名/発表者名
  Morimoto Shimpei、Yahara Koji
- 雑誌名
  
  Heliyon
  
  巻: 4 号: 3 ページ: e00558-e00558
- DOI
  10.1016/j.heliyon.2018.e00558
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04666
[雑誌論文] A GWAS on Helicobacter pylori strains points to genetic variants associated with gastric cancer risk2018
- 著者名/発表者名
  Berthenet Elvire、Yahara Koji、Thorell Kaisa、Pascoe Ben、Meric Guillaume、Mikhail Jane M.、Engstrand Lars、Enroth Helena、Burette Alain、Megraud Francis、Varon Christine、Atherton John C、Smith Sinead、Wilkinson Thomas S.、Hitchings Matthew D.、Falush Daniel、Sheppard Samuel K.
- 雑誌名
  
  BMC Biology
  
  巻: 16 号: 1 ページ: 84-84
- DOI
  10.1186/s12915-018-0550-3
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04666
[雑誌論文] Investigation of recombination-intense viral groups and their genes in the Earth’s virome2018
- 著者名/発表者名
  Meier-Kolthoff Jan P.、Uchiyama Jumpei、Yahara Hiroko、Paez-Espino David、Yahara Koji
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 8 号: 1 ページ: 11496-11496
- DOI
  10.1038/s41598-018-29272-2
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K07127, KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21723, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429, KAKENHI-PUBLICLY-17H05826, KAKENHI-PROJECT-17H04666, KAKENHI-PROJECT-16J04570
[雑誌論文] Genomic surveillance of Neisseria gonorrhoeae to investigate the distribution and evolution of antimicrobial-resistance determinants and lineages2018
- 著者名/発表者名
  Yahara Koji、Nakayama Shu-ichi、Shimuta Ken、Lee Ken-ichi、Morita Masatomo、Kawahata Takuya、Kuroki Toshiro、Watanabe Yuko、Ohya Hitomi、Yasuda Mitsuru、Deguchi Takashi、Didelot Xavier、Ohnishi Makoto
- 雑誌名
  
  Microbial Genomics
  
  巻: 4 号: 8 ページ: 1-13
- DOI
  10.1099/mgen.0.000205
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K11061, KAKENHI-PROJECT-18K09163, KAKENHI-PROJECT-18K09184, KAKENHI-PROJECT-18K17406, KAKENHI-PROJECT-18H02659, KAKENHI-PROJECT-18H03046
[雑誌論文] Macroevolution of gastric Helicobacter species unveils interspecies admixture and time of divergence2018
- 著者名/発表者名
  Smet Annemieke、Yahara Koji、Rossi Mirko、Tay Alfred、Backert Steffen、Armin Ensser、Fox James G.、Flahou Bram、Ducatelle Richard、Haesebrouck Freddy、Corander Jukka
- 雑誌名
  
  The ISME Journal
  
  巻: 12 号: 10 ページ: 2518-2531
- DOI
  10.1038/s41396-018-0199-5
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04666
[雑誌論文] Rapid evolution of distinct Helicobacter pylori subpopulations in the Americas.2017
- 著者名/発表者名
  Thorell K, Yahara K, Berthenet E, Lawson DJ, Mikhail J, Kato I, Mendez A, Rizzato C, Bravo MM, Suzuki R, Yamaoka Y, Torres J, Sheppard SK, Falush D.
- 雑誌名
  
  PLoS Genet
  
  巻: 13(2) 号: 2 ページ: 1-21
- DOI
  10.1371/journal.pgen.1006546
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02657, KAKENHI-PROJECT-16H05191, KAKENHI-PROJECT-15K21554, KAKENHI-PROJECT-17K08834
[雑誌論文] Genome-wide survey of codons under diversifying selection in a highly recombining bacterial species, Helicobacter pylori.2016
- 著者名/発表者名
  ・Koji Yahara, Yoshikazu Furuta, Shinpei Morimoto, Chie Kikutake, Sho Komukai, Dorota Matelska, Stanisław Dunin-Horkawicz, Janusz M. Bujnicki, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi
- 雑誌名
  
  DNA Research
  
  巻: - 号: 2 ページ: 135-43
- DOI
  10.1093/dnares/dsw003
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25291080, KAKENHI-PUBLICLY-26113704, KAKENHI-PROJECT-15K21554
[雑誌論文] The Landscape of Realized Homologous Recombination in Pathogenic Bacteria.2015
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara, Xavier Didelot, Keith A. Jolley, Ichizo Kobayashi, Martin C.J. Maiden, Samuel K. Sheppard and Daniel Falush
- 雑誌名
  
  Molecular Biology and Evolution
  
  巻: 33 号: 2 ページ: 456-471
- DOI
  10.1093/molbev/msv237
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25291080, KAKENHI-PUBLICLY-26113704, KAKENHI-PROJECT-15K21554
[学会発表] Emergence and evolution of antimicrobial resistance genes in Neisseria gonorrhoeae2022
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara, Kevin C. Ma, Tatum D. Mortimer, Ken Shimuta, Shu-ichi Nakayama, Aki Hirabayashi, Masato Suzuki, Michio Jinnai, Hitomi Ohya, Toshiro Kuroki, Yuko Watanabe, Mitsuru Yasuda, Takashi Deguchi, Vegard Eldholm, Odile B. Harrison, Martin C. J. Maiden, Yonatan H. Grad, Makoto Ohnishi
- 学会等名
  日本細菌学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K17406
[学会発表] Emergence and evolution of antimicrobial resistance genes and mutations in Neisseria gonorrhoeae2022
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara, Kevin C. Ma, Tatum D. Mortimer, Ken Shimuta, Shu-ichi Nakayama, Aki Hirabayashi, Masato Suzuki, Michio Jinnai, Hitomi Ohya, Toshiro Kuroki, Yuko Watanabe, Mitsuru Yasuda, Takashi Deguchi, Vegard Eldholm, Odile B. Harrison, Martin C. J. Maiden, Yonatan H. Grad, Makoto Ohnishi
- 学会等名
  NgoRS
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K17406
[学会発表] Emergence and evolution of antimicrobial resistance genes in Neisseria gonorrhoeae2022
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara, Kevin C. Ma, Tatum D. Mortimer, Ken Shimuta, Shu-ichi Nakayama, Aki Hirabayashi, Masato Suzuki, Michio Jinnai, Hitomi Ohya, Toshiro Kuroki, Yuko Watanabe, Mitsuru Yasuda, Takashi Deguchi, Vegard Eldholm, Odile B. Harrison, Martin C. J. Maiden, Yonatan H. Grad, Makoto Ohnishi
- 学会等名
  日本ゲノム微生物学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K17406
[学会発表] Long-read metagenomics using PromethION uncovers oral bacteriophages and their interaction with host bacteria2021
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara, Masato Suzuki, Aki Hirabayashi, Wataru Suda, Masahira Hattori, Yutaka Suzuki, Yusuke Okazaki
- 学会等名
  ゲノム微生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H04846
[学会発表] 唾液のメタゲノム解読と薬剤耐性菌ゲノムサーベイランスに関する最近の話題2021
- 著者名/発表者名
  矢原耕史
- 学会等名
  東海大学シンポジウム「感染症診断と治療におけるゲノム解析」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H04846
[学会発表] ファージと宿主菌のビッグデータ解析 - Earth's viromeデータの拡張とPromethIONの活用2020
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara, Philippe Lehours, Filipa F Vale, 平林亜希, 鈴木仁人, 鈴木穣
- 学会等名
  ゲノム微生物学会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H04846
[学会発表] Emergence and evolution of cephalosporin-resistance genes and fluoroquinolone-resistance mutations spreading worldwide in Neisseria gonorrhoeae2020
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara, Kevin C. Ma, Tatum D. Mortimer, Ken Shimuta, Shu-ichi Nakayama, Aki Hirabayashi, Masato Suzuki, Michio Jinnai, Hitomi Ohya, Toshiro Kuroki, Yuko Watanabe, Mitsuru Yasuda, Takashi Deguchi, Vegard Eldholm, Odile B. Harrison, Martin C. J. Maiden, Yonatan H. Grad, Makoto Ohnishi
- 学会等名
  Wellcome Trust Conference "Antimicrobial Resistance - Genomes, Big Data and Emerging Technologies 2020
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K17406
[学会発表] Shotgun metagenome sequencing identification of a set of genes encoded by Actinomyces associated with medication-related osteonecrosis of the jaw2020
- 著者名/発表者名
  Hiroko Yahara, Akimitsu Hiraki, Yutaka Maruoka, Aki Hirabayashi, Masato Suzuki, Koji Yahara
- 学会等名
  細菌学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H04846
[学会発表] H. pylori epigenome micro-evolution associated with DNA methyltransferases’ sequence-specificity changes2019
- 著者名/発表者名
  M. Fukuyo1,2, H. Yano3,4, H. Yonezawa5, N. Takahashi5, K. Yahara6, M. Konno7, T. F. Shibata8, S. Shigenobu8, B. Rahmutulla1, I. Uchiyama8, Y. Hasegawa2, O. Ohara2, A. Kaneda1, I. Kobayashi3,5,9
- 学会等名
  EHMSG2019
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04666
[学会発表] Population genomic studies of microbial recombination, phylogeny, and population structure2019
- 著者名/発表者名
  矢原耕史
- 学会等名
  日本ゲノム微生物学会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K21554
[学会発表] A potential biomarker panel to distinguish gastric cancer from duodenal ulcer: results from GWAS in East Asian-type Helicobacter pylori2019
- 著者名/発表者名
  Vo Phuoc Tuan, Kouji Yahara, Yoshio Yamaoka
- 学会等名
  The 27th Annual Meeting of the Korean College of Helicobacter and Upper Gastrointestinal Research and the 16th Japan-Korea Joint Symposium on Helicobacter Research
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18KK0266
[学会発表] Investigation of recombination-intense viral groups and their genes in the Earth's virome2019
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara, Jan P. Meier-Kolthoff, Jumpei Uchiyama, Hiroko Yahara, David Paez-Espino
- 学会等名
  日本ゲノム微生物学会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05826
[学会発表] H. pylori base-excision restriction enzyme: an oncoprotein?2019
- 著者名/発表者名
  I. Kobayashi1,2, K. Hanada3, M. Fukuyo4, K. Yahara5, H. Yonezawa1, Ceslovas Venclovas6, Y. Katsura7, H. Yano2, N. Takahashi2, A. Toyoda8, S. Nishiumi9, T. Azuma9, M. Kato10
- 学会等名
  The 78th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association, Kyoto
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04666
[学会発表] Bacterial genome- and epigenome-wide association study (GWAS and EWAS) of gastric cancer and intestinal metaplasia2019
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara, Daniel Falush, Ichizo Kobayashi
- 学会等名
  HpGP BAG meeting. National Cancer Institute
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04666
[学会発表] Population and meta genomic studies of bacteriophages and host bacteria utilizing Earth's virome and PromethION2019
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara
- 学会等名
  ネオウイルス学国際ワークショップ（with Dr. Matthew Sullivan）
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H04846
[学会発表] Population and meta genomic studies of bacteriophages and host bacteria utilizing Earth's virome and PromethION2019
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara
- 学会等名
  ウイルス情報解析国際ワークショップ（with Dr. Mart Krupovic and Dr. Kira Makarova）
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H04846
[学会発表] DNAメチル化酵素の配列特異性変換によるピロリ菌エピゲノム・ミクロ進化2019
- 著者名/発表者名
  福世真樹, 矢野大和, 矢原耕史, 今野武津子, 柴田朋子, 重信秀治, 内山郁夫, 小林一三
- 学会等名
  第13回日本ゲノム微生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04666
[学会発表] Population genomic studies of microbial recombination, phylogeny, and population structure2019
- 著者名/発表者名
  矢原耕史
- 学会等名
  ゲノム微生物学会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K17406
[学会発表] Genomic surveillance of Neisseria gonorrhoeae to investigate the distribution and evolution of antimicrobial-resistance determinants and lineages2018
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara, Shu-ichi Nakayama, Ken Shimuta, Ken-ichi Lee, Masatomo Morita, Takuya Kawahata, Toshiro Kuroki, Yuko Watanabe, Hitomi Ohya, Mitsuru Yasuda, Takashi Deguchi, Xavier Didelot, Makoto Ohnishi
- 学会等名
  薬剤耐性菌研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K17406
[学会発表] ウイルスの系統とゲノム組換え - Earth's viromeデータの解析から -2018
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara, Jan P. Meier-Kolthoff, Jumpei Uchiyama, Hiroko Yahara, David Paez-Espino
- 学会等名
  日本進化学会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05826
[学会発表] ピロリ菌多数株ゲノムメチローム解析プロジェクトの現状と展望2018
- 著者名/発表者名
  小林一三、高橋規子、福世真樹、矢野大和、矢原耕史、内山郁夫
- 学会等名
  第12回日本ゲノム微生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04666
[学会発表] 種内・近縁種間での遺伝情報の水平移動 - ウイルスと薬剤耐性菌を例に -2018
- 著者名/発表者名
  矢原耕史
- 学会等名
  遺伝研・研究集会「自然界の生物種間における遺伝情報の多様性をもたらす "DNA水平伝播" の解析と活用法」
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05826
[学会発表] 種内・近縁種間での遺伝情報の水平移動　- ウイルスと薬剤耐性菌を例に -2018
- 著者名/発表者名
  矢原耕史
- 学会等名
  遺伝研・研究集会「自然界の生物種間における遺伝情報の多様性をもたらす"DNA水平伝播"の解析と活用法」
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K17406
[学会発表] Investigation of Recombination-intense Viral Groups and Genes in Oral Microbiome2018
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara, Jan P. Meier-Kolthoff, Jumpei Uchiyama, Hiroko Yahara, David Paez-Espino
- 学会等名
  日本口腔感染症学会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05826
[学会発表] Rapid evolution of distinct Helicobacter pylori subpopulations in the Americas2018
- 著者名/発表者名
  矢原耕史*, Kaisa Thorell*, Elvire Berthenet, Daniel J. Lawson, Jane Mikhail, Ikuko Kato, Alfonso Mendez, Cosmeri Rizzato, Maria Mercedes Bravo, 鈴木留美子,山岡吉生, Javier Torres, Samuel K. Sheppard, Daniel Falush
- 学会等名
  日本進化学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K21554
[学会発表] ピロリ菌DNAメチル化酵素遺伝子の再編による配列特異性変換とエピゲノム・ミクロ進化2018
- 著者名/発表者名
  福世真樹, 矢野大和, 矢原耕史, 桂有加子、今野武津子, 柴田朋子, 重信秀治, 内山郁夫, 小林一三
- 学会等名
  GSJ2018 日本遺伝学会第 90 回大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04666
[学会発表] Identification of 60 Genomic Islands in H. pylori2017
- 著者名/発表者名
  Ikuo Uchiyama, Jacob Albritton, Masaki Fukuyo, Kenji K. Kojima, Koji Yahara, Ichizo Kobayashi
- 学会等名
  EHMSG2017: European Helicobacter and Microbiota Study Group; EHMSG XXXth International Workshop on Helicobacter & Microbiota in Inflammation & Cancer
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04666
[学会発表] Elucidation of recombination hot regions under selection in bacteria2017
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara
- 学会等名
  Recent Advances in Biological Sciences: A Roadmap for Island Communities
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K21554
[学会発表] Rapid evolution of distinct Helicobacter pylori subpopulations in the Americas - showcase of stratified chromosome painting -2017
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara*, Kaisa Thorell*, Elvire Berthenet, Daniel J. Lawson, Jane Mikhail, Ikuko Kato, Alfonso Mendez, Cosmeri Rizzato, Mar?´a Mercedes Bravo, Rumiko Suzuki, Yoshio Yamaoka, Javier Torres, Samuel K. Sheppard, Daniel Falush
- 学会等名
  Applied Bioinformatics and Public Health Microbiology 2017
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K21554
[学会発表] 種内多数のゲノムデータから組換えの痕跡と集団構造を推定する手法とその応用2016
- 著者名/発表者名
  矢原耕史
- 学会等名
  第77回インシリコ・メガバンク研究会
- 発表場所
  東北メディカルメガバンク
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K21554
[学会発表] Methods for studying recombination hot regions and population structure in bacteria2016
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara
- 学会等名
  SMBE Satellite Workshop on Genome Evolution in Pathogen Transmission and Disease
- 発表場所
  Shiga Lake Hotel
- 年月日
  2016-02-23
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K21554
[学会発表] Elucidation of recombination hot regions and population structure in bacteria2016
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara
- 学会等名
  International Symposium on Genome Microbiology
- 発表場所
  Tokyo Institute of Technology
- 年月日
  2016-03-06
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K21554
[学会発表] 病原細菌の遺伝情報の水平伝達 -集団ゲノミクスのアプローチ-2016
- 著者名/発表者名
  矢原耕史
- 学会等名
  日本分子生物学会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K21554
[学会発表] The landscape of realized homologous recombination in pathogenic bacteria2016
- 著者名/発表者名
  矢原耕史、Xavier Didelot、Keith A Jolley、小林一三、Martin C. J. Maiden、Samuel K. Sheppard and Daniel Falush
- 学会等名
  日本進化学会
- 発表場所
  東京工業大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K21554
[学会発表] 病原細菌の種内多数のゲノムデータから組換えのホット領域と集団構造を推定する新たなアプローチ2015
- 著者名/発表者名
  矢原耕史
- 学会等名
  生命科学データ解析の方法論と健康科学への応用
- 発表場所
  東京大学医科学研究所
- 年月日
  2015-10-17
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K21554
[学会発表] A novel method for efficient inference of recombination hot regions in bacterial genomes and its application to 200 C. jejuni genomes2015
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara, Xavier Didelot, M. Azim Ansari, Samuel K. Sheppard and Daniel Falush
- 学会等名
  The 18th International workshop on Campylobacter, Helicobacter and related organisms
- 発表場所
  Energy Events Centre in Rotorua
- 年月日
  2015-11-03
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K21554
[学会発表] Efficient inference of recombination hot regions in bacterial genomes2015
- 著者名/発表者名
  Koji Yahara, Xavier Didelot, M. Azim Ansari, Samuel K. Sheppard and Daniel Falush
- 学会等名
  Conference to celebrate the opening of our new MRC CLIMB centre “What can we learn from hundreds of bacterial genomes?”
- 発表場所
  Swansea University
- 年月日
  2015-10-22
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K21554

1. 山岡吉生 (00544248)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 5件
2. 小林一三 (30126057)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 10件
3. 松本昂 (50609667)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
4. 塚本善之 (00433053)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 濱田文彦 (70252707)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 神谷茂 (10177587)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
7. 矢原寛子 (10757488)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
8. Falush Daniel

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 5件
9. Didelot Xavier

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 3件
10. Maiden Martin

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
11. Sheppard Samuel

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 5件
12. 鈴木仁人

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 3件
13. 福世真樹

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
14. 古田芳一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
15. 内山淳平

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
16. 梶原俊毅

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
17. 鈴木留美子

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
18. 林剛瑠

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
19. 志牟田健

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

矢原 耕史 Yahara Koji

研究課題

研究成果

共同研究者

４つのビッグデータを統合した薬剤耐性菌の疾病負荷に関する研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

薬剤関連顎骨壊死に関わる微生物の疾患関連遺伝子と新たなサブタイプの解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

拡張viromeデータと長鎖シーケンサーを用いたファージと宿主のビッグデータ解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

新規2次元胃上皮細胞培養系を用いた疾患特異的ピロリ菌病原因子の追及

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

多剤耐性淋菌のゲノム解読に基づくサーベイランスと進化・伝播の解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ピロリ菌の病原性と薬剤耐性を考慮したテーラーメード治療の確立に関する国際共同研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

細菌感染ウィルスのゲノム組み換えの宿主依存性と疾患特異性のビッグデータ解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

発がんに影響するピロリ菌の遺伝子とエピゲノム状態のPacBio解読による探索

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

1塩基単位の組換え率推定に基づく病原細菌13種のゲノムの組換えのホット領域の解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Development of selective isolation media for detecting the genera Actinomyces and Schaalia from oral specimens containing indigenous bacteria2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Comparison of disease and economic burden between MRSA infection and MRSA colonization in a university hospital: a retrospective data integration study2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Corrigendum: ‘Genome-wide association study of gastric cancer- and duodenal ulcer-derived Helicobacter pylori strains reveals discriminatory genetic variations and novel oncoprotein candidates’2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Author Correction: Repeated out-of-Africa expansions of Helicobacter pylori driven by replacement of deleterious mutations2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Repeated out-of-Africa expansions of Helicobacter pylori driven by replacement of deleterious mutations.2022

著者名/発表者名

矢原耕史 Yahara Koji