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境 祐二  Sakai Yuji

研究者番号 70631779
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0002-2184-4304
所属 (現在) 2025年度: 横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科(八景キャンパス), 特任教員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2025年度: 横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科(八景キャンパス), 特任教員
2022年度 – 2024年度: 京都大学, 医生物学研究所, 特定准教授
2018年度 – 2021年度: 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 助教
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分43040:生物物理学関連 / 小区分43010:分子生物学関連 / 小区分44010:細胞生物学関連
研究代表者以外
小区分43030:機能生物化学関連
キーワード
研究代表者
ソフトマター物理 / 生物物理 / 数理生物学 / 生物物理学 / オルガネラ / 数理モデル / 染色体 / シミュレーション / 分子動力学 / 高分子物理 … もっと見る / クロマチン動態 / トポイソメラーゼ / コンデンシン / 数理生物 / イメージング / オートファジー / 膜ダイナミクス / 形態形成 / 三次元電子顕微鏡 / 膜変形 / 超解像顕微鏡 / 分子生物学 / クロマチン / 一分子計測 / 分子シミュレーション / 数理モデリング / ソフトマター / 細胞生物学 / 理論生物 / 染色体分離 / 染色体凝縮 / 分子動力学シミュレーション / 高分子物理学 / 染色体形成 / 細胞生物 / 相分離 / 形の相転移 / 膜物理 / 曲率因子 / 膜物理学 / ソフトマター物理学 / 定量生物学 / 理論生物学 / 膜リモデリング … もっと見る
研究代表者以外
膜脂質 / リパーゼ / 動力学シミュレーション解析 / オートファジー / 脂質分解 / エクソソーム / ミクロオートファジー / マクロオートファジー / LLPS / フェリチン液滴 隠す
  • 研究課題

    (6件)
  • 研究成果

    (45件)
  • 共同研究者

    (3人)
  •  メンブレンアーゼAtg15の動的構造変化と膜脂質分解における活性制御機構

    • 研究代表者
      堀江 朋子 (川俣朋子)
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43030:機能生物化学関連
    • 研究機関
      東京科学大学
  •  フェリチン液滴オートファジーの分子メカニズムの総合的理解

    • 研究代表者
      山本 林
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分43030:機能生物化学関連
    • 研究機関
      日本医科大学
  •  オートファジー膜ダイナミクスの理論的解明研究代表者

    • 研究代表者
      境 祐二
    • 研究期間 (年度)
      2023 – 2026
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43040:生物物理学関連
    • 研究機関
      京都大学
  •  分裂期染色体形成ダイナミクスの理論的解明研究代表者

    • 研究代表者
      境 祐二
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43010:分子生物学関連
    • 研究機関
      京都大学
      東京大学
  •  数理手法を用いたオートファジー・ダイナミクスの解明研究代表者

    • 研究代表者
      境 祐二
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2019
    • 研究種目
      若手研究
    • 審査区分
      小区分44010:細胞生物学関連
    • 研究機関
      東京大学
  •  数理手法を用いた分裂期染色体ダイナミクスの解明研究代表者

    • 研究代表者
      境 祐二
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2019
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 研究機関
      東京大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019 2018

すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] 医学のあゆみ 272巻9号「オートファゴソーム形成の物理モデル」2020

    • 著者名/発表者名
      境祐二、本田郁子
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      医歯薬出版
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482
  • [雑誌論文] Experimental determination and mathematical modeling of standard shapes of forming autophagosomes2024

    • 著者名/発表者名
      Sakai Yuji、Takahashi Satoru、Koyama-Honda Ikuko、Saito Chieko、Mizushima Noboru
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1038/s41467-023-44442-1

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K05715, KAKENHI-PUBLICLY-22H04635
  • [雑誌論文] A mechanism that ensures non-selective cytoplasm degradation by autophagy2023

    • 著者名/発表者名
      Kotani Tetsuya、Sakai Yuji、Kirisako Hiromi、Kakuta Chika、Kakuta Soichiro、Ohsumi Yoshinori、Nakatogawa Hitoshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 5815-5815

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41525-x

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K06123, KAKENHI-PROJECT-23K05715
  • [雑誌論文] 分裂期染色体形成の数理モデル・シミュレーション2023

    • 著者名/発表者名
      境祐二
    • 雑誌名

      アグリバイオ

      巻: 7 ページ: 1159-1164

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K05715
  • [雑誌論文] 分裂期染色体形成ダイナミクスの理論的解明2022

    • 著者名/発表者名
      境祐二
    • 雑誌名

      月刊 細胞

      巻: 54(11) ページ: 642-645

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482
  • [雑誌論文] 染色体形成ダイナミクスの数理モデリング2022

    • 著者名/発表者名
      境祐二
    • 雑誌名

      アグリバイオ

      巻: 6(12) ページ: 1170-1175

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482
  • [雑誌論文] Experimental determination and mathematical modeling of standard shapes of forming autophagosomes2022

    • 著者名/発表者名
      Sakai Yuji、Takahashi Satoru、Koyama-Honda Ikuko、Saito Chieko、Mizushima Noboru
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: 500884 ページ: 1-25

    • DOI

      10.1101/2022.07.20.500884

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482
  • [雑誌論文] オートファゴソーム形成の膜変形ダイナミクスの数理モデル2022

    • 著者名/発表者名
      SAKAI Yuji
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 62 号: 1 ページ: 50-52

    • DOI

      10.2142/biophys.62.50

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 言語
      日本語
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482, KAKENHI-PROJECT-23K05715
  • [雑誌論文] Modeling Membrane Morphological Change during Autophagosome Formation2020

    • 著者名/発表者名
      Sakai Yuji、Koyama-Honda Ikuko、Tachikawa Masashi、Knorr Roland L.、Mizushima Noboru
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 23 号: 9 ページ: 101466-101466

    • DOI

      10.1016/j.isci.2020.101466

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482, KAKENHI-PUBLICLY-20H04903
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of condensin-mediated mitotic chromosome assembly2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Tatsuya Hirano, Masashi Tachikawa
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2004 ページ: 319-334

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-9520-2_22

    • ISBN
      9781493995196, 9781493995202
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-18H04708, KAKENHI-PLANNED-15H05971, KAKENHI-PROJECT-18H05276
  • [雑誌論文] Modeling the functions of condensin in chromosome shaping and segregation2018

    • 著者名/発表者名
      Sakai Yuji、Mochizuki Atsushi、Kinoshita Kazuhisa、Hirano Tatsuya、Tachikawa Masashi
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 14 号: 6 ページ: e1006152-e1006152

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1006152

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-18H04708, KAKENHI-PUBLICLY-18H04768, KAKENHI-PUBLICLY-18H04874, KAKENHI-PROJECT-15K06959
  • [学会発表] Molecular dynamics of autophagosomal lipid transfer Atg22023

    • 著者名/発表者名
      Sakai Yuji, Noda N. Nobuo, Sugita Yuji
    • 学会等名
      The 34th IUPAP Conference on Computational Physics CCP 2023
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K05715
  • [学会発表] 未閉鎖オートファゴソームの標準形態の実験的決定と理論モデル2023

    • 著者名/発表者名
      境 祐二, 髙橋 暁 ,小山-本田 郁子, 齊藤 知恵子, 水島 昇
    • 学会等名
      第96回日本生化学会大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K05715
  • [学会発表] オートファゴソーム形成における脂質輸送の分子動力学2023

    • 著者名/発表者名
      境祐二, 的場一晃, 杉田有治, 野田展生
    • 学会等名
      第15回オートファジー研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K05715
  • [学会発表] Experimental determination and theoretical model of standard shapes of forming autophagosomes2023

    • 著者名/発表者名
      Sakai Yuji, Takahashi Satoru, Saito Chieko, Koyama-Honda Ikuko, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      11th International Conference on Biological Physics ICBP 2023
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K05715
  • [学会発表] Modeling of mitotic chromosome shaping2023

    • 著者名/発表者名
      Sakai Yuji
    • 学会等名
      第75回日本細胞生物学会大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K05715
  • [学会発表] Molecular dynamics of autophagosomal lipid transfer2023

    • 著者名/発表者名
      Sakai Yuji, Matoba Kazuaki, Noda N. Nobuo, Sugita Yuji
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K05715
  • [学会発表] オートファゴソーム形成における膜変形の定量化と理論モデル2022

    • 著者名/発表者名
      境 祐二、髙橋 暁、小山-本田 郁子、齊藤 知恵子、水島 昇
    • 学会等名
      第74回日本細胞生物学会大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482
  • [学会発表] オートファゴソーム形成における膜形態変化の数理モデリング2022

    • 著者名/発表者名
      境祐二
    • 学会等名
      2022年度数理生物学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482
  • [学会発表] 分裂期におけるクロマチン動態と構造の数理モデル2022

    • 著者名/発表者名
      境祐二
    • 学会等名
      ゲノムモデリング研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482
  • [学会発表] Experimental determination and theoretical model of standard shapes of forming autophagosomes2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Satoru Takahashi, Ikuko Koyama-Honda, Chieko Saito, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482
  • [学会発表] オートファゴソーム形成の膜変形ダイナミクスの数理モデル2022

    • 著者名/発表者名
      境祐二
    • 学会等名
      京都大学ウイルス再生医科学研究所セミナー
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482
  • [学会発表] Modeling Membrane Morphological Change during Autophagosome Formation2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai
    • 学会等名
      iTHEMS Biology Seminar
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482
  • [学会発表] オートファゴソーム形成の膜物理2021

    • 著者名/発表者名
      境祐二
    • 学会等名
      ERATO シンポジウム「形の細胞生物学:理論と実験で迫る」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482
  • [学会発表] オートファゴソーム形成における 隔離膜形態の標準化と数理モデル2021

    • 著者名/発表者名
      境祐二、髙橋暁、小山-本田郁子、齊藤知恵子、水島昇
    • 学会等名
      オートファジー研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482
  • [学会発表] オートファゴソーム形成における膜動態のモデリング2020

    • 著者名/発表者名
      境祐二、本田 郁子、立川 正志、Roland Knorr、水 島 昇
    • 学会等名
      第20回東京大学生命科学シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06482
  • [学会発表] Theoretical modeling for autophagosome formation2019

    • 著者名/発表者名
      境祐二,本田-小山郁子, 立川正志, Roland Knorr, 水島昇
    • 学会等名
      第19回東京大学生命科学シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14693
  • [学会発表] Modeling autophagosome formation2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Roland L. Knorr, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      Joint 12th EBSA / 10th ICBP-IUPAP Biophysics Congress
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14693
  • [学会発表] Modeling cooperative action of condensin and topo II in mitotic chromosome assembly2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai
    • 学会等名
      Chromosome Dynamics 2019
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-18H04708
  • [学会発表] 染色体の形と分離の関係2019

    • 著者名/発表者名
      境祐二
    • 学会等名
      サイズ生物学ワークショップ
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-18H04708
  • [学会発表] Theoretical modeling for autophagosome formation2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Roland L. Knorr, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      China-Japan-Korea Symposium on Autophagy
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14693
  • [学会発表] オートファゴソーム形成の理論モデル2019

    • 著者名/発表者名
      境祐二,本田-小山郁子, 立川正志, Roland Knorr, 水島昇
    • 学会等名
      第12回オートファジー研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14693
  • [学会発表] Modeling cooperative action of condensin and topo II in mitotic chromosome assembly2019

    • 著者名/発表者名
      Y. Sakai, M. Tachikawa, K. Kinoshita, T. Hirano
    • 学会等名
      EMBO Workshop: Organization of bacterial and eukaryotic genomes by SMC complexes
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-18H04708
  • [学会発表] Modeling of condensin functions in chromosome shaping and segregation2019

    • 著者名/発表者名
      境祐二
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-18H04708
  • [学会発表] コンデンシンと Ki-67 による凝縮染色体形成の数理モデル2019

    • 著者名/発表者名
      境祐二
    • 学会等名
      第36回染色体ワークショップ/第17回核ダイナミクス研究会
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-18H04708
  • [学会発表] Theoretical modeling for autophagosome formation2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Roland L. Knorr, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      EMBO Workshop: Membrane shaping and remodeling by proteins
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14693
  • [学会発表] Modeling and simulation of condensin and Ki-67 on mitotic chromosome assembly2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai
    • 学会等名
      The 8th Meeting on Chromosome Orchestration System
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-18H04708
  • [学会発表] Modeling morphological change during autophagosome formation2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Roland L. Knorr, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      EMBO Workshop: Autophagy: From molecular principles to human diseases
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14693
  • [学会発表] Mathematical modelling for autophagosome formation2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      2018 Annual Meeting of the Society for Mathematical Biology & the Japanese Society for Mathematical Biology
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14693
  • [学会発表] Physical modeling for autophagosome formation2018

    • 著者名/発表者名
      境祐二
    • 学会等名
      細胞システムの動態と論理X
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14693
  • [学会発表] Physical Modeling for autophagosome formation2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      Physics of living matter
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14693
  • [学会発表] Modeling and Simulation of condensin functions on chromosome shaping and segregation2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Atsushi Mochizuki, Kazuhisa Kinoshita, Tatsuya Hirano, Masashi Tachikawa
    • 学会等名
      Principles of Chromosome Structure and Function
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-18H04708
  • [学会発表] Modeling of condensin functions on chromosome shaping and segregation2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai
    • 学会等名
      The 7th Meeting on Chromosome Orchestration System
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-18H04708
  • [学会発表] Model of autophagosome formation regulated by curvature-generators2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      Advances in Physics of Emergent orders in Fluctuations 2018
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14693
  • [学会発表] コンデンシンによる分裂期染色体形成の物理モデル2018

    • 著者名/発表者名
      境祐二
    • 学会等名
      クロマチン・細胞核の動的構造変換とゲノム機能制御
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-18H04708
  • 1.  山本 林 (80551283)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 2.  堀江 朋子 (70435527)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 3.  小谷 哲也
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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