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露崎 弘毅  Tsuyuzaki Kouki

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 70769520
その他のID
所属 (現在) 2025年度: 千葉大学, 大学院医学研究院, 特任講師
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2023年度 – 2024年度: 千葉大学, 大学院医学研究院, 特任講師
2020年度 – 2022年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 基礎科学特別研究員
2018年度 – 2019年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 特別研究員
2016年度 – 2017年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 情報基盤センター, 特別研究員
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生命・健康・医療情報学
研究代表者以外
中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野 / 小区分45020:進化生物学関連 / 小区分43060:システムゲノム科学関連
キーワード
研究代表者
次元圧縮 / 機械学習 / バイオインフォマティクス / オミックス / 1細胞RNA-Seq / 情報検索 / シングルセルオミックス / エピゲノム / 創薬 / AI創薬 … もっと見る / 機能アノテーション / オーファン受容体 / オミックス解析 / 逆薬理学 / 脱オーファン化 / テンソル分解 / 細胞型 / 教師あり学習 / 次世代シーケンサー / single-cell RNA-Seq / 生命情報学 … もっと見る
研究代表者以外
インフォマティクス / 細胞系譜解析 / 質量分析 / メタボローム / 神経 / 形態形成 / Evo-Devo / Evo-devo / 消化管 / 統合オミクス / 再解析 / 質量分析データ / メタボロミクス 隠す
  • 研究課題

    (6件)
  • 研究成果

    (30件)
  • 共同研究者

    (7人)
  •  質量分析データリポジトリの大規模再解析による代謝研究基盤の構築

    • 研究代表者
      津川 裕司
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2026
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分43060:システムゲノム科学関連
    • 研究機関
      東京農工大学
  •  メタボロミクス研究における細胞系譜解析手法の開拓と応用

    • 研究代表者
      津川 裕司
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2026
    • 研究種目
      挑戦的研究(開拓)
    • 審査区分
      中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
    • 研究機関
      東京農工大学
  •  バルクエピゲノムデータにおけるCell-type Deconvolution法の確立研究代表者

    • 研究代表者
      露崎 弘毅
    • 研究期間 (年度)
      2023 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
    • 研究機関
      千葉大学
  •  貫通した消化管の起源をウニ幼生から探る

    • 研究代表者
      谷口 俊介
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2025
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分45020:進化生物学関連
    • 研究機関
      筑波大学
  •  非負値テンソル分解を用いたオーファン受容体結合リガンドの同定及び機能解明研究代表者

    • 研究代表者
      露崎 弘毅
    • 研究期間 (年度)
      2019 – 2022
    • 研究種目
      若手研究
    • 審査区分
      小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  1細胞RNA-Seqデータ内に含まれる細胞型を特定する解析手法の確立研究代表者

    • 研究代表者
      露崎 弘毅
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 2017

すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ(実験医学別冊), 「リファレンスゲノムにマッピングしない方法~salmon,kallisto,tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ」2019

    • 著者名/発表者名
      露崎弘毅
    • 総ページ数
      255
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      9784758122436
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [雑誌論文] Sctensor detects many-to-many cell-cell interactions from single cell RNA-sequencing data2023

    • 著者名/発表者名
      Tsuyuzaki Koki、Ishii Manabu、Nikaido Itoshi
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 24 号: 1 ページ: 420-420

    • DOI

      10.1186/s12859-023-05490-y

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K11312, KAKENHI-PLANNED-21H05245
  • [雑誌論文] nnTensor: An R package for non-negative matrix/tensordecomposition2023

    • 著者名/発表者名
      Tsuyuzaki Koki、Nikaido Itoshi
    • 雑誌名

      Journal of Open Source Software

      巻: 8 号: 84 ページ: 5015-5015

    • DOI

      10.21105/joss.05015

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K11312, KAKENHI-PLANNED-21H05245
  • [雑誌論文] dcTensor: An R package for discrete matrix/tensordecomposition2023

    • 著者名/発表者名
      Tsuyuzaki Koki
    • 雑誌名

      Journal of Open Source Software

      巻: 8 号: 88 ページ: 5664-5664

    • DOI

      10.21105/joss.05664

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K11312
  • [雑誌論文] iTensor: An R package for independent componentanalysis-based matrix/tensor decomposition2023

    • 著者名/発表者名
      Tsuyuzaki Koki
    • 雑誌名

      Journal of Open Source Software

      巻: 8 号: 87 ページ: 5496-5496

    • DOI

      10.21105/joss.05496

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K11312
  • [雑誌論文] WormTensor: a clustering method for time-series whole-brain activity data from C. elegans2023

    • 著者名/発表者名
      Tsuyuzaki, K., Yamamoto, K., Toyoshima, Y., Sato, H., Kanamori, M., Teramoto, T., Ishihara, T., Iino, Y., and Nikaido, I.
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 24 号: 1 ページ: 254-254

    • DOI

      10.1186/s12859-023-05230-2

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K18149, KAKENHI-PROJECT-21K15182, KAKENHI-PROJECT-23K05958, KAKENHI-PROJECT-23K11312, KAKENHI-PROJECT-20K21805, KAKENHI-PUBLICLY-22H04838, KAKENHI-PLANNED-21H05245
  • [雑誌論文] WormTensor: a clustering method for time-series whole-brain activity data from C. elegans2023

    • 著者名/発表者名
      Koki Tsuyuzaki, Kentaro Yamamoto, Yu Toyoshima, Hirofumi Sato, Manami Kanamori, Takayuki Teramoto, Takeshi Ishihara, Yuichi Iino, Itoshi Nikaido
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics (Accepted)

      巻: 未定

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [雑誌論文] Non-negative tensor factorization workflow for time series biomedical data2023

    • 著者名/発表者名
      Tsuyuzaki Koki、Yoshida Naoki、Ishikawa Tetsuo、Goshima Yuki、Kawakami Eiryo
    • 雑誌名

      STAR Protocols

      巻: 4 号: 3 ページ: 102318-102318

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2023.102318

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K21837, KAKENHI-PROJECT-21K02356, KAKENHI-PROJECT-23K11312
  • [雑誌論文] 行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理2022

    • 著者名/発表者名
      露崎 弘毅
    • 雑誌名

      JSBi Bioinformatics Review

      巻: 3 号: 1 ページ: 20-33

    • DOI

      10.11234/jsbibr.2022.1

    • ISSN
      2435-7022
    • 言語
      日本語
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [雑誌論文] Detecting time-evolving phenotypic components of adverse reactions against BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccine via non-negative tensor factorization2022

    • 著者名/発表者名
      Ikeda Kei、Nakada Taka-Aki、Kageyama Takahiro、Tanaka Shigeru、Yoshida Naoki、Ishikawa Tetsuo、Goshima Yuki、Otaki Natsuko、Iwami Shingo、Shimamura Teppei、Taniguchi Toshibumi、Igari Hidetoshi、Hanaoka Hideki、Yokote Koutaro、Tsuyuzaki Koki、Nakajima Hiroshi、Kawakami Eiryo
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 25 号: 10 ページ: 105237-105237

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.105237

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K21837, KAKENHI-PROJECT-20H04281, KAKENHI-PROJECT-20K21832, KAKENHI-PROJECT-19K20406, KAKENHI-PUBLICLY-22H04839
  • [雑誌論文] 行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理2021

    • 著者名/発表者名
      露崎 弘毅
    • 雑誌名

      JSBi Bioinformatics Review

      巻: 2 号: 1 ページ: 15-29

    • DOI

      10.11234/jsbibr.2021.6

    • NAID

      130008101616

    • ISSN
      2435-7022
    • 言語
      日本語
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [雑誌論文] Improved MeSH analysis software tools for farm animals2021

    • 著者名/発表者名
      Amorim Sabrina T.、Tsuyuzaki Koki、Nikaido Itoshi、Morota Gota
    • 雑誌名

      Animal Genetics

      巻: 53 号: 1 ページ: 171-172

    • DOI

      10.1111/age.13159

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05245, KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [雑誌論文] OnlinePCA.jl: an ultrafast and memory-efficient incremental principal component analysis for million-level single cell RNA-sequencing2020

    • 著者名/発表者名
      Koki Tsuyuzaki, Hiroyuki Sato, Kenta Sato and Itoshi Nikaido
    • 雑誌名

      BMC Genome Biology

      巻: 21 (12) 号: 1 ページ: 0-0

    • DOI

      10.1186/s13059-019-1900-3

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [雑誌論文] CellFishing.jl: an ultrafast and scalable cell search method for single-cell RNA sequencing2019

    • 著者名/発表者名
      Kenta Sato, Koki Tsuyuzaki, Kentaro Shimizu, and Itoshi Nikaido
    • 雑誌名

      BMC Genome Biology

      巻: 20(31) 号: 1 ページ: 0-0

    • DOI

      10.1186/s13059-019-1639-x

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K16152, KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [雑誌論文] A NMF based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq2019

    • 著者名/発表者名
      Hirotaka Matsumoto, Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Koki Tsuyuzaki, Mana Umeda, Tsuyoshi Iida, Masaya Nakamura, Hideyuki Okano, and Itoshi Nikaido
    • 雑誌名

      NAR Genomics and Bioinformatics

      巻: 2 (1) 号: 1

    • DOI

      10.1093/nargab/lqz020

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [学会発表] オープニング2023

    • 著者名/発表者名
      露崎弘毅
    • 学会等名
      IIBMP2023 LLMワークショップ
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K11312
  • [学会発表] 君たちはどう生きるか?2023

    • 著者名/発表者名
      露崎弘毅
    • 学会等名
      IIBMP2023 ナイトセッション
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K11312
  • [学会発表] 生命科学にパラダイムシフトを起こすテンソル分解技術2022

    • 著者名/発表者名
      露崎弘毅
    • 学会等名
      IPSJ-ONE
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [学会発表] Guidelines to handle large-scale and complex tensor data in R2021

    • 著者名/発表者名
      露崎弘毅
    • 学会等名
      BioC Asia 2021
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [学会発表] OSSを用いた1細胞オミックスデータ解析の現状と課題2021

    • 著者名/発表者名
      露崎弘毅
    • 学会等名
      第420回CBI学会講演会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [学会発表] 細胞間相互作用解析ワークショップ2021

    • 著者名/発表者名
      露崎弘毅
    • 学会等名
      BioC Asia 2021
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [学会発表] 大規模オミックスデータのためのテンソル分解の高速化2021

    • 著者名/発表者名
      露崎弘毅
    • 学会等名
      IPR Seminar
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [学会発表] 事例紹介: Snakemake2021

    • 著者名/発表者名
      露崎弘毅
    • 学会等名
      2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [学会発表] Opening Remark2021

    • 著者名/発表者名
      露崎弘毅
    • 学会等名
      BioC Asia 2021
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [学会発表] 多様な多次元データ構造を扱うテンソルパッケージの紹介2021

    • 著者名/発表者名
      露崎弘毅
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [学会発表] Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing2020

    • 著者名/発表者名
      Koki Tsuyuzaki, Hiroyuki Sato, Kenta Sato, Itoshi Nikaido
    • 学会等名
      IIBMP2020 2020年9月1日
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [学会発表] Tensor Decomposition: A Versatile Method for Heterogeneous Biological Data Fusion2020

    • 著者名/発表者名
      Koki Tsuyuzaki
    • 学会等名
      BioC Asia 2020
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [学会発表] 行列・テンソル分解を用いた 異種バイオデータ統合解析の数理2020

    • 著者名/発表者名
      露崎弘毅
    • 学会等名
      情報処理学会第64回バイオ情報学研究会/東北大学電気通信研究所第35回生体生命工学研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [学会発表] イントロダクション: テンソルとしてのバイオデータ2019

    • 著者名/発表者名
      露崎弘毅
    • 学会等名
      第42回分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20406
  • [学会発表] いかにして「使える」データベースを維持し続けるか2017

    • 著者名/発表者名
      露崎弘毅
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K16152
  • 1.  津川 裕司 (30647235)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 2.  谷口 俊介 (00505331)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 3.  宮本 潤基 (20805668)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  郷 康広
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 5.  石川 哲朗
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 6.  二階堂 愛
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 7.  飯野 雄一
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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