露崎弘毅 Tsuyuzaki Kouki

研究者番号	70769520
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 千葉大学, 大学院医学研究院, 特任講師
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2023年度 – 2024年度: 千葉大学, 大学院医学研究院, 特任講師 2020年度 – 2022年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 基礎科学特別研究員 2018年度 – 2019年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 特別研究員 2016年度 – 2017年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 情報基盤センター, 特別研究員
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生命・健康・医療情報学研究代表者以外中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野 / 小区分45020:進化生物学関連 / 小区分43060:システムゲノム科学関連
キーワード	研究代表者次元圧縮 / 機械学習 / バイオインフォマティクス / オミックス / 1細胞RNA-Seq / 情報検索 / シングルセルオミックス / エピゲノム / 創薬 / AI創薬 … もっと見る / 機能アノテーション / オーファン受容体 / オミックス解析 / 逆薬理学 / 脱オーファン化 / テンソル分解 / 細胞型 / 教師あり学習 / 次世代シーケンサー / single-cell RNA-Seq / 生命情報学 … もっと見る研究代表者以外インフォマティクス / 細胞系譜解析 / 質量分析 / メタボローム / 神経 / 形態形成 / Evo-Devo / Evo-devo / 消化管 / 統合オミクス / 再解析 / 質量分析データ / メタボロミクス隠す

質量分析データリポジトリの大規模再解析による代謝研究基盤の構築
- 研究代表者
  
  津川裕司
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分43060:システムゲノム科学関連
- 研究機関
  東京農工大学
メタボロミクス研究における細胞系譜解析手法の開拓と応用
- 研究代表者
  
  津川裕司
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2026
- 研究種目
  
  挑戦的研究(開拓)
- 審査区分
  
  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
- 研究機関
  東京農工大学
バルクエピゲノムデータにおけるCell-type Deconvolution法の確立研究代表者
- 研究代表者
  
  露崎弘毅
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  千葉大学
貫通した消化管の起源をウニ幼生から探る
- 研究代表者
  
  谷口俊介
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分45020:進化生物学関連
- 研究機関
  筑波大学
非負値テンソル分解を用いたオーファン受容体結合リガンドの同定及び機能解明研究代表者
- 研究代表者
  
  露崎弘毅
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2022
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
1細胞RNA-Seqデータ内に含まれる細胞型を特定する解析手法の確立研究代表者
- 研究代表者
  
  露崎弘毅
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2018
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 2017

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ（実験医学別冊）, 「リファレンスゲノムにマッピングしない方法～salmon，kallisto，tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ」2019
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 総ページ数
  255
- 出版者
  羊土社
- ISBN
  9784758122436
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[雑誌論文] Sctensor detects many-to-many cell-cell interactions from single cell RNA-sequencing data2023
- 著者名/発表者名
  Tsuyuzaki Koki、Ishii Manabu、Nikaido Itoshi
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 24 号: 1 ページ: 420-420
- DOI
  10.1186/s12859-023-05490-y
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11312, KAKENHI-PLANNED-21H05245
[雑誌論文] nnTensor: An R package for non-negative matrix/tensordecomposition2023
- 著者名/発表者名
  Tsuyuzaki Koki、Nikaido Itoshi
- 雑誌名
  
  Journal of Open Source Software
  
  巻: 8 号: 84 ページ: 5015-5015
- DOI
  10.21105/joss.05015
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11312, KAKENHI-PLANNED-21H05245
[雑誌論文] dcTensor: An R package for discrete matrix/tensordecomposition2023
- 著者名/発表者名
  Tsuyuzaki Koki
- 雑誌名
  
  Journal of Open Source Software
  
  巻: 8 号: 88 ページ: 5664-5664
- DOI
  10.21105/joss.05664
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11312
[雑誌論文] iTensor: An R package for independent componentanalysis-based matrix/tensor decomposition2023
- 著者名/発表者名
  Tsuyuzaki Koki
- 雑誌名
  
  Journal of Open Source Software
  
  巻: 8 号: 87 ページ: 5496-5496
- DOI
  10.21105/joss.05496
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11312
[雑誌論文] WormTensor: a clustering method for time-series whole-brain activity data from C. elegans2023
- 著者名/発表者名
  Tsuyuzaki, K., Yamamoto, K., Toyoshima, Y., Sato, H., Kanamori, M., Teramoto, T., Ishihara, T., Iino, Y., and Nikaido, I.
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 24 号: 1 ページ: 254-254
- DOI
  10.1186/s12859-023-05230-2
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18149, KAKENHI-PROJECT-21K15182, KAKENHI-PROJECT-23K05958, KAKENHI-PROJECT-23K11312, KAKENHI-PROJECT-20K21805, KAKENHI-PUBLICLY-22H04838, KAKENHI-PLANNED-21H05245
[雑誌論文] WormTensor: a clustering method for time-series whole-brain activity data from C. elegans2023
- 著者名/発表者名
  Koki Tsuyuzaki, Kentaro Yamamoto, Yu Toyoshima, Hirofumi Sato, Manami Kanamori, Takayuki Teramoto, Takeshi Ishihara, Yuichi Iino, Itoshi Nikaido
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics (Accepted)
  
  巻: 未定
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[雑誌論文] Non-negative tensor factorization workflow for time series biomedical data2023
- 著者名/発表者名
  Tsuyuzaki Koki、Yoshida Naoki、Ishikawa Tetsuo、Goshima Yuki、Kawakami Eiryo
- 雑誌名
  
  STAR Protocols
  
  巻: 4 号: 3 ページ: 102318-102318
- DOI
  10.1016/j.xpro.2023.102318
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21837, KAKENHI-PROJECT-21K02356, KAKENHI-PROJECT-23K11312
[雑誌論文] 行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理2022
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 雑誌名
  
  JSBi Bioinformatics Review
  
  巻: 3 号: 1 ページ: 20-33
- DOI
  10.11234/jsbibr.2022.1
- ISSN
  2435-7022
- 言語
  日本語
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[雑誌論文] Detecting time-evolving phenotypic components of adverse reactions against BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccine via non-negative tensor factorization2022
- 著者名/発表者名
  Ikeda Kei、Nakada Taka-Aki、Kageyama Takahiro、Tanaka Shigeru、Yoshida Naoki、Ishikawa Tetsuo、Goshima Yuki、Otaki Natsuko、Iwami Shingo、Shimamura Teppei、Taniguchi Toshibumi、Igari Hidetoshi、Hanaoka Hideki、Yokote Koutaro、Tsuyuzaki Koki、Nakajima Hiroshi、Kawakami Eiryo
- 雑誌名
  
  iScience
  
  巻: 25 号: 10 ページ: 105237-105237
- DOI
  10.1016/j.isci.2022.105237
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21837, KAKENHI-PROJECT-20H04281, KAKENHI-PROJECT-20K21832, KAKENHI-PROJECT-19K20406, KAKENHI-PUBLICLY-22H04839
[雑誌論文] 行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理2021
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 雑誌名
  
  JSBi Bioinformatics Review
  
  巻: 2 号: 1 ページ: 15-29
- DOI
  10.11234/jsbibr.2021.6
- NAID
  130008101616
- ISSN
  2435-7022
- 言語
  日本語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[雑誌論文] Improved MeSH analysis software tools for farm animals2021
- 著者名/発表者名
  Amorim Sabrina T.、Tsuyuzaki Koki、Nikaido Itoshi、Morota Gota
- 雑誌名
  
  Animal Genetics
  
  巻: 53 号: 1 ページ: 171-172
- DOI
  10.1111/age.13159
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21H05245, KAKENHI-PROJECT-19K20406
[雑誌論文] OnlinePCA.jl: an ultrafast and memory-efficient incremental principal component analysis for million-level single cell RNA-sequencing2020
- 著者名/発表者名
  Koki Tsuyuzaki, Hiroyuki Sato, Kenta Sato and Itoshi Nikaido
- 雑誌名
  
  BMC Genome Biology
  
  巻: 21 (12) 号: 1 ページ: 0-0
- DOI
  10.1186/s13059-019-1900-3
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[雑誌論文] CellFishing.jl: an ultrafast and scalable cell search method for single-cell RNA sequencing2019
- 著者名/発表者名
  Kenta Sato, Koki Tsuyuzaki, Kentaro Shimizu, and Itoshi Nikaido
- 雑誌名
  
  BMC Genome Biology
  
  巻: 20(31) 号: 1 ページ: 0-0
- DOI
  10.1186/s13059-019-1639-x
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16152, KAKENHI-PROJECT-19K20406
[雑誌論文] A NMF based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq2019
- 著者名/発表者名
  Hirotaka Matsumoto, Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Koki Tsuyuzaki, Mana Umeda, Tsuyoshi Iida, Masaya Nakamura, Hideyuki Okano, and Itoshi Nikaido
- 雑誌名
  
  NAR Genomics and Bioinformatics
  
  巻: 2 (1) 号: 1
- DOI
  10.1093/nargab/lqz020
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[学会発表] オープニング2023
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 学会等名
  IIBMP2023 LLMワークショップ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11312
[学会発表] 君たちはどう生きるか？2023
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 学会等名
  IIBMP2023 ナイトセッション
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11312
[学会発表] 生命科学にパラダイムシフトを起こすテンソル分解技術2022
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 学会等名
  IPSJ-ONE
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[学会発表] Guidelines to handle large-scale and complex tensor data in R2021
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 学会等名
  BioC Asia 2021
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[学会発表] OSSを用いた1細胞オミックスデータ解析の現状と課題2021
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 学会等名
  第420回CBI学会講演会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[学会発表] 細胞間相互作用解析ワークショップ2021
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 学会等名
  BioC Asia 2021
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[学会発表] 大規模オミックスデータのためのテンソル分解の高速化2021
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 学会等名
  IPR Seminar
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[学会発表] 事例紹介: Snakemake2021
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 学会等名
  2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[学会発表] Opening Remark2021
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 学会等名
  BioC Asia 2021
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[学会発表] 多様な多次元データ構造を扱うテンソルパッケージの紹介2021
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 学会等名
  第44回日本分子生物学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[学会発表] Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing2020
- 著者名/発表者名
  Koki Tsuyuzaki, Hiroyuki Sato, Kenta Sato, Itoshi Nikaido
- 学会等名
  IIBMP2020 2020年9月1日
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[学会発表] Tensor Decomposition: A Versatile Method for Heterogeneous Biological Data Fusion2020
- 著者名/発表者名
  Koki Tsuyuzaki
- 学会等名
  BioC Asia 2020
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[学会発表] 行列・テンソル分解を用いた異種バイオデータ統合解析の数理2020
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 学会等名
  情報処理学会第64回バイオ情報学研究会/東北大学電気通信研究所第35回生体生命工学研究会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[学会発表] イントロダクション: テンソルとしてのバイオデータ2019
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 学会等名
  第42回分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20406
[学会発表] いかにして「使える」データベースを維持し続けるか2017
- 著者名/発表者名
  露崎弘毅
- 学会等名
  2017年度生命科学系学会合同年次大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16152

1. 津川裕司 (30647235)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
2. 谷口俊介 (00505331)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 宮本潤基 (20805668)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 郷康広

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
5. 石川哲朗

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
6. 二階堂愛

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
7. 飯野雄一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

露崎 弘毅 Tsuyuzaki Kouki

研究課題

研究成果

共同研究者

質量分析データリポジトリの大規模再解析による代謝研究基盤の構築

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

メタボロミクス研究における細胞系譜解析手法の開拓と応用

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

バルクエピゲノムデータにおけるCell-type Deconvolution法の確立研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

貫通した消化管の起源をウニ幼生から探る

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

非負値テンソル分解を用いたオーファン受容体結合リガンドの同定及び機能解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

1細胞RNA-Seqデータ内に含まれる細胞型を特定する解析手法の確立研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ（実験医学別冊）, 「リファレンスゲノムにマッピングしない方法～salmon，kallisto，tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ」2019

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

ISBN

データソース

[雑誌論文] Sctensor detects many-to-many cell-cell interactions from single cell RNA-sequencing data2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] nnTensor: An R package for non-negative matrix/tensordecomposition2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] dcTensor: An R package for discrete matrix/tensordecomposition2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] iTensor: An R package for independent componentanalysis-based matrix/tensor decomposition2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] WormTensor: a clustering method for time-series whole-brain activity data from C. elegans2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] WormTensor: a clustering method for time-series whole-brain activity data from C. elegans2023

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Non-negative tensor factorization workflow for time series biomedical data2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

露崎弘毅 Tsuyuzaki Kouki