上田宏生 Ueda Hiroki

研究者番号	70821916
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任講師
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2021年度 – 2025年度: 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任講師
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43040:生物物理学関連研究代表者以外小区分50020:腫瘍診断および治療学関連 / 小区分53010:消化器内科学関連 / 中区分62:応用情報学およびその関連分野 / 大区分I / 小区分55010:外科学一般および小児外科学関連
キーワード	研究代表者深層学習 / ロングリードシーケンサ / RNA修飾研究代表者以外 RNA修飾 / シークエンサー / スプライシング / がん / 網羅的解析 / 網羅的分析 / 肝癌 … もっと見る / mRNA / 翻訳効率 / 配列設計 / RNA修飾塩基 / 臓器間ネットワーク / 脂肪細胞 / エピゲノム / 肥満 / 質量分析計 / HLA分子 / がん免疫治療 / 遺伝子変異 / ペプチドミクス解析 / オルガノイド / ネオアンチゲン隠す

全長RNA修飾解析によるがん転写調節異常の解明
- 研究代表者
  
  永江玄太
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2028
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分50020:腫瘍診断および治療学関連
- 研究機関
  東京大学
ナノポアシーケンサと深層学習を用いた多種RNA修飾の網羅的検出および機能解析研究代表者
- 研究代表者
  
  上田宏生
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  東京大学
エピゲノム-RNA修飾軸による肥満と生活習慣病の解明
- 研究代表者
  
  酒井寿郎
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2028
- 研究種目
  
  基盤研究(S)
- 審査区分
  
  大区分I
- 研究機関
  東北大学
化学修飾を含むmRNA配列設計の基盤技術
- 研究代表者
  
  浅井潔
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分62:応用情報学およびその関連分野
- 研究機関
  東京大学
オルガノイドを用いたがん特異的ネオアンチゲン同定法の確立
- 研究代表者
  
  笹田哲朗
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分55010:外科学一般および小児外科学関連
- 研究機関
  地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立がんセンター(臨床研究所)
新規RNAメチル化解析手法に基づく肝癌mRNA制御異常の解明
- 研究代表者
  
  永江玄太
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分53010:消化器内科学関連
- 研究機関
  東京大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Enhancing Mass spectrometry-based tumor immunopeptide identification: machine learning filter leveraging HLA binding affinity, aliphatic index and retention time deviation2024
- 著者名/発表者名
  Wei F, Kouro T, Nakamura Y, Ueda H, Iiizumi S, Hasegawa K, Asahina Y, Kishida T, Morinaga S, Himuro H, Horaguchi S, Tsuji K, Mano Y, Nakamura N, Kawamura T, Sasada T.
- 雑誌名
  
  Comput Struct Biotechnol J
  
  巻: 23 ページ: 859-869
- DOI
  10.1016/j.csbj.2024.01.023
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18346, KAKENHI-PROJECT-22K08724, KAKENHI-PROJECT-21H02995
[雑誌論文] Multiancestry genomic and transcriptomic analysis of gastric cancer2023
- 著者名/発表者名
  Totoki Y, Saito-Adachi M, Shiraishi Y, Komura D, Nakamura H, Suzuki A, Tatsuno K, Rokutan H, Hama N, Yamamoto S, Ono H, Arai Y, Hosoda F, Katoh H, et al.
- 雑誌名
  
  Nature Genetics
  
  巻: 55 号: 4 ページ: 581-594
- DOI
  10.1038/s41588-023-01333-x
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06937, KAKENHI-PROJECT-22H04990, KAKENHI-PROJECT-19H01031, KAKENHI-PROJECT-20K07378, KAKENHI-PROJECT-21K06882, KAKENHI-PROJECT-20KK0174, KAKENHI-PLANNED-19H05744, KAKENHI-ORGANIZER-22H05021, KAKENHI-PROJECT-23K21431
[雑誌論文] ナノポアシーケンサーを用いた RNA 修飾の解析2021
- 著者名/発表者名
  山崎洋人、上田宏生
- 雑誌名
  
  細胞（特集エピトランスクリプトミクス）
  
  巻: 53(14) ページ: 896-899
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K21431
[雑誌論文] direct RNA sequenceとRNA修飾の情報解析2021
- 著者名/発表者名
  上田宏生
- 雑誌名
  
  実験医学別冊ロングリードWET&DRY解析ガイド
  
  巻: - ページ: 202-212
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K21431
[雑誌論文] Base-Resolution Analysis of 5-Hydroxymethylcytidine by Selective Oxidation and Reverse Transcription Arrest2021
- 著者名/発表者名
  Koyama, K.; Hayashi, G.; Ueda, H.; Ota, S.; Nagae, G.; Aburatani, H.; Okamoto, A.
- 雑誌名
  
  Org. Biomol. Chem.
  
  巻: 19 号: 29 ページ: 6478-6486
- DOI
  10.1039/d1ob00995h
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-18H05504, KAKENHI-PUBLICLY-20H04704, KAKENHI-PROJECT-21K19040, KAKENHI-PROJECT-23K21431, KAKENHI-PUBLICLY-21H00278
[雑誌論文] Genetic and epigenetic basis of hepatoblastoma diversity2021
- 著者名/発表者名
  Nagae G, Yamamoto S, Fujita M, Fujita T, Nonaka A, Umeda T, Fukuda S, Tatsuno K, Maejima K, Hayashi A, Kurihara S, Kojima M, Hishiki T, Watanabe K, Ida K, Yano M, Hiyama Y, Tanaka Y, Inoue T, Ueda H, Nakagawa H, Aburatani H, Hiyama E.
- 雑誌名
  
  Nat Commun.
  
  巻: 12 号: 1 ページ: 5423-5423
- DOI
  10.1038/s41467-021-25430-9
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-19H05744, KAKENHI-PROJECT-19H01031, KAKENHI-PROJECT-19H01056, KAKENHI-PROJECT-23K21431
[雑誌論文] Discovering A-to-I RNA Editing Through Chemical Methodology “ICE-seq”2020
- 著者名/発表者名
  Sakurai, M., Okada, S., Ueda, H., and Yang, Y.
- 雑誌名
  
  Methods in Molecular Biology
  
  巻: 2181 ページ: 113-148
- DOI
  10.1007/978-1-0716-0787-9_8
- ISBN
  9781071607862, 9781071607879
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K16037, KAKENHI-PROJECT-23K21431
[学会発表] HLA-Mascot: Machine Learning-based False Positive Filter in Tumor Immunopeptidomics by Mass Spectrometry2023
- 著者名/発表者名
  魏　菲菲，紅露　拓，中村有子，上田宏生，氷室秀知，洞口　俊，辻　嘉代子，眞野恭伸，中村徳弘，川村　猛，笹田哲朗
- 学会等名
  第82回日本癌学会学術総会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H02995
[学会発表] Establishment of Organoids Derived from Renal Cell Cancer for Immunopeptidome Analysis2023
- 著者名/発表者名
  辻嘉代子、中村有子、上田宏生、紅露　拓、魏　菲菲、眞野恭伸、洞口　俊、氷室秀知、星野大輔、川村　猛、笹田哲朗
- 学会等名
  第82回日本癌学会学術総会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H02995
[学会発表] Long-read DNA methylation analysis of hepatoblastoma genomes using a nanopore sequencing2022
- 著者名/発表者名
  Nagae G, Umeda T, Ueda H, Aburatani H.
- 学会等名
  The 81th Japan Cancer Association Annual Meeting
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K21431
[学会発表] 個別化医療のためのネオアンチゲンペプチド同定法2021
- 著者名/発表者名
  中村有子、朝比奈佑希、紅露拓、上田宏生、近岡洋子、辰野健二、中村徳弘、油谷浩幸、笹田哲朗、川村猛
- 学会等名
  第69回質量分析総合討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H02995
[学会発表] Identification of HLA-binding neoepitopes through peptidome analysis with patient-derived xenografts2021
- 著者名/発表者名
  Taku Kouro, Takeshi Kawamura, Hiroki Ueda, Hiroyuki Kishi, Hiroyuki Aburatani, Tetsuro Sasada
- 学会等名
  第80回日本癌学会学術総会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H02995
[学会発表] ペプチドミクス解析によるネオアンチゲン同定と特異的T細胞樹立による検証2021
- 著者名/発表者名
  紅露拓、朝比奈佑希、中村有子、上田宏生、五十嵐友香、東島直子、近岡洋子、辰野健二、岸裕幸、中村徳弘、油谷浩幸、川村猛、笹田哲朗
- 学会等名
  第25回日本がん免疫学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H02995
[学会発表] nanoDoc を用いた RNA 修飾の検出2021
- 著者名/発表者名
  Ueda H
- 学会等名
  Virtual Nanopore Day
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K21431

1. 永江玄太 (10587348)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 1件
2. 笹田哲朗 (70293967)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 6件
3. 星野大輔 (30571434)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
4. 川村猛 (70306835)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 5件
5. 酒井寿郎 (80323020)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 松村欣宏 (20375257)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 松本雅記 (60380531)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 魏范研 (90555773)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 浅井潔 (30356357)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 佐藤健吾 (20365472)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 阿部洋 (80415067)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 緑川泰 (10292905)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 六反啓文

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
14. 岡田俊平

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
15. 岡本晃充

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

上田 宏生 Ueda Hiroki

研究課題

研究成果

共同研究者

全長RNA修飾解析によるがん転写調節異常の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ナノポアシーケンサと深層学習を用いた多種RNA修飾の網羅的検出および機能解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

エピゲノム-RNA修飾軸による肥満と生活習慣病の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

化学修飾を含むmRNA配列設計の基盤技術

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

オルガノイドを用いたがん特異的ネオアンチゲン同定法の確立

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

新規RNAメチル化解析手法に基づく肝癌mRNA制御異常の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Enhancing Mass spectrometry-based tumor immunopeptide identification: machine learning filter leveraging HLA binding affinity, aliphatic index and retention time deviation2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Multiancestry genomic and transcriptomic analysis of gastric cancer2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] ナノポアシーケンサーを用いた RNA 修飾の解析2021

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] direct RNA sequenceとRNA修飾の情報解析2021

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Base-Resolution Analysis of 5-Hydroxymethylcytidine by Selective Oxidation and Reverse Transcription Arrest2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Genetic and epigenetic basis of hepatoblastoma diversity2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Discovering A-to-I RNA Editing Through Chemical Methodology “ICE-seq”2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISBN

データソース

[学会発表] HLA-Mascot: Machine Learning-based False Positive Filter in Tumor Immunopeptidomics by Mass Spectrometry2023

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Establishment of Organoids Derived from Renal Cell Cancer for Immunopeptidome Analysis2023

著者名/発表者名

上田宏生 Ueda Hiroki