姫岡優介 Himeoka Yusuke

研究者番号	70903160
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2021年度 – 2025年度: 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教
審査区分/研究分野	研究代表者学術変革領域研究区分(Ⅱ) / 小区分43040:生物物理学関連 / 0701:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
キーワード	研究代表者ネットワーク / 力学系 / 数理モデル / 化学反応 / 微分方程式 / 休眠状態 / ダイナミクス / 代謝モデル / 代謝 / システム生物学 … もっと見る / デザイン / 分子システム / 適応度地形 / 化学反応ネットワーク / 人工反応系 / 無細胞翻訳系 / シミュレーション / 化学反応動力学 / PUREシステム / 反応動力学 / 動力学モデル / 細胞 / 動力学 / 休眠 / 微生物隠す

研究課題
(7件)
研究成果
(44件)

細胞と人工細胞を包括する『生命-非生命転移』の統一的学理領域代表者
- 領域代表者
  
  姫岡優介
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2027
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(B)
『生命-非生命転移』学の創出研究代表者
- 研究代表者
  
  姫岡優介
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2027
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(B)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅱ)
- 研究機関
  東京大学
大腸菌における『生命-非生命転移境界』の可逆的横断研究代表者
- 研究代表者
  
  姫岡優介
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2027
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(B)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅱ)
- 研究機関
  東京大学
数理モデルを用いた分子システム適応度地形のデザイン原理の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  姫岡優介
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2025
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅱ)
- 研究機関
  東京大学
人工的代謝ネットワークを用いた静止相における細胞代謝ダイナミクスの研究研究代表者
- 研究代表者
  
  姫岡優介
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2026
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  東京大学
化学反応動力学理論を用いた頑健な反応経路設計アルゴリズムの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  姫岡優介
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2023
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅱ)
- 研究機関
  東京大学
細菌の休眠ダイナミクスを示す代謝ネットワーク構造の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  姫岡優介
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2022
- 研究種目
  
  研究活動スタート支援
- 審査区分
  
  0701:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
- 研究機関
  東京大学

すべて 2024 2023 2022

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] システム生物学入門2023
- 著者名/発表者名
  畠山哲央、姫岡優介
- 総ページ数
  288
- 出版者
  講談社
- ISBN
  9784065334348
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069
[雑誌論文] Perturbation-response analysis of<i>in silico</i>metabolic dynamics in nonlinear regime: Hard-coded responsiveness in the cofactors and network sparsity2024
- 著者名/発表者名
  Himeoka Yusuke、Furusawa Chikara
- 雑誌名
  
  eLife (to be appeared)
  
  巻: -
- DOI
  10.1101/2023.10.18.562862
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069, KAKENHI-PROJECT-22K21344, KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[雑誌論文] Evolution of hierarchy and irreversibility in theoretical cell differentiation model2023
- 著者名/発表者名
  Nakamura Yoshiyuki T、Himeoka Yusuke、Saito Nen、Furusawa Chikara
- 雑誌名
  
  PNAS Nexus
  
  巻: 3 号: 1 ページ: 454-454
- DOI
  10.1093/pnasnexus/pgad454
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069, KAKENHI-PROJECT-22K21344, KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[雑誌論文] Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the <i>Escherichia coli</i> central carbon metabolism2022
- 著者名/発表者名
  Himeoka Yusuke、Mitarai Namiko
- 雑誌名
  
  Physical Review Research
  
  巻: 4 号: 4 ページ: 043223-043223
- DOI
  10.1103/physrevresearch.4.043223
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K20626
[雑誌論文] Structural determinants of relaxation dynamics in chemical reaction networks2022
- 著者名/発表者名
  Himeoka Yusuke、Kirkegaard Julius B.、Mitarai Namiko、Krishna Sandeep
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: -
- DOI
  10.1101/2022.05.25.493374
- オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069, KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] 大腸菌代謝動力学モデルの恒常性と死2024
- 著者名/発表者名
  姫岡優介
- 学会等名
  第11回定量生物学の会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Terraced NK modelにおける遺伝子型の自由度と進化速度の関係2024
- 著者名/発表者名
  池田雄太郎, 姫岡優介, 古澤力
- 学会等名
  第11回定量生物学の会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] 細菌の休眠状態と代謝ダイナミクスの安定性2024
- 著者名/発表者名
  姫岡優介
- 学会等名
  多細胞休止を研究する会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Solving differential equations for chemical kinetics using quantics tensor train2024
- 著者名/発表者名
  Rihito Sakurai, Wataru Mizukami, Yuta Mizuno, Yusuke Himeoka, Hiroshi Shinaoka
- 学会等名
  APS March Meeting 2024
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Updating parameters of in silico PURE system model ePURE ) based on experimental observations2024
- 著者名/発表者名
  Shunnosuke Ban, Yusuke Himeoka, Tomoaki Matsuura, Yoshihiro Shimizu, Chikara Furusawa
- 学会等名
  Korea-Japan Joint Workshop of Bottom-up Synthetic Biology
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069
[学会発表] Solving differential equations for chemical kinetics using quantics tensor train2024
- 著者名/発表者名
  Rihito Sakurai, Wataru Mizukami, Yuta Mizuno, Yusuke Himeoka, Hiroshi Shinaoka
- 学会等名
  APS March Meeting 2024
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069
[学会発表] in silico細胞死2024
- 著者名/発表者名
  姫岡優介
- 学会等名
  非平衡系の物理
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Updating parameters of in silico PURE system model ePURE ) based on experimental observations2024
- 著者名/発表者名
  Shunnosuke Ban, Yusuke Himeoka, Tomoaki Matsuura, Yoshihiro Shimizu, Chikara Furusawa
- 学会等名
  Korea-Japan Joint Workshop of Bottom-up Synthetic Biology
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Emergence of Complex Host-Parasite networks of replicating RNA molecules: A Computational Analysis2023
- 著者名/発表者名
  Kei Nishida, Yusuke Himeoka, Chikara Furusawa
- 学会等名
  Statphys28 Satellite meeting Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069
[学会発表] Disruption of homeostasis and death in kinetic models of Escherichia coli metabolism2023
- 著者名/発表者名
  Yusuke HImeoka, Chikara Furusawa
- 学会等名
  Statphys28
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069
[学会発表] Solving differential equations for chemical kinetics using quantics tensor train2023
- 著者名/発表者名
  Rihito Sakurai, Wataru Mizukami, Yuta Mizuno, Yusuke Himeoka, Hiroshi Shinaoka
- 学会等名
  Computational Approaches to Quantum Many-Body Systems
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069
[学会発表] 代謝ネットワークの構造と摂動への応答性の関係2023
- 著者名/発表者名
  姫岡優介, 古澤力
- 学会等名
  「細胞を創る」研究会16.0
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Simulating fast and slow chemical kinetics with dynamic mode decomposition2023
- 著者名/発表者名
  Yuta Mizuno, Yosuke Sumiya, Yusuke Himeoka
- 学会等名
  38th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Solving differential equations for chemical kinetics using quantics tensor train2023
- 著者名/発表者名
  Rihito Sakurai, Wataru Mizukami, Yuta Mizuno, Yusuke Himeoka, Hiroshi Shinaoka
- 学会等名
  Computational Approaches to Quantum Many-Body Systems
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Disruption of metabolic homeostasis: Responsiveness due to the cofactor dynamics and network sparsity2023
- 著者名/発表者名
  姫岡優介, 古澤力
- 学会等名
  日本生物物理学会第61回年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Disruption of metabolic homeostasis: Sensitivity due to the network structure2023
- 著者名/発表者名
  Yusuke HImeoka, Chikara Furusawa
- 学会等名
  Statphys28 Satellite meeting Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069
[学会発表] Exploring Host-Parasite Networks of Replicating RNA through Computational Simulations2023
- 著者名/発表者名
  西田慧,姫岡優介,古澤力
- 学会等名
  日本進化学会第25回大会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Disruption of metabolic homeostasis: Sensitivity due to the network structure2023
- 著者名/発表者名
  Yusuke HImeoka, Chikara Furusawa
- 学会等名
  Statphys28 Satellite meeting Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Emergence of Complex Host-Parasite networks of replicating RNA molecules: A Computational Analysis2023
- 著者名/発表者名
  Kei Nishida, Yusuke Himeoka, Chikara Furusawa
- 学会等名
  Statphys28 Satellite meeting Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] 代謝反応ダイナミクスの摂動応答関係とネットワーク構造2023
- 著者名/発表者名
  姫岡優介, 古澤力
- 学会等名
  研究会「理論と実験」
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Disruption of homeostasis and death in kinetic models of Escherichia coli metabolism2023
- 著者名/発表者名
  Yusuke HImeoka, Chikara Furusawa
- 学会等名
  Statphys28
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Solving differential equations for chemical kinetics using quantics tensor train2023
- 著者名/発表者名
  Rihito Sakurai, Wataru Mizukami, Yuta Mizuno, Yusuke Himeoka, Hiroshi Shinaoka
- 学会等名
  Trends in the Theory of Quantum Materials 2023
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Solving differential equations for chemical kinetics using quantics tensor train2023
- 著者名/発表者名
  Rihito Sakurai, Wataru Mizukami, Yuta Mizuno, Yusuke Himeoka, Hiroshi Shinaoka
- 学会等名
  Trends in the Theory of Quantum Materials 2023
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069
[学会発表] Perturbation-response analysis of in silico metabolic dynamics: Hard-coded responsiveness in the cofactor and network sparsity2023
- 著者名/発表者名
  Yusuke Himeoka
- 学会等名
  Asia Synthetic Biology Association meeting 2023
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] ネットワークの構造と代謝状態の恒常性2023
- 著者名/発表者名
  姫岡優介
- 学会等名
  日本生物物理学会サブグループ人工細胞モデル＆分子ロボティクス第4回研究会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Perturbation-response analysis of in silico metabolic dynamics: Hard-coded responsiveness in the cofactor and network sparsity2023
- 著者名/発表者名
  Yusuke Himeoka
- 学会等名
  Asia Synthetic Biology Association meeting 2023
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069
[学会発表] 代謝ホメオスタシスの擾乱とネットワークの構造の関係2023
- 著者名/発表者名
  姫岡優介, 古澤力
- 学会等名
  第46回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Structure of catalytic reaction network for specialized compartments evolution2023
- 著者名/発表者名
  Shunsuke Ichii, Yusuke Himeoka, Chikara Furusawa
- 学会等名
  STATPHYS28 Satellite Meeting 窶彜tatistical Physics and Information-Processing in Living Systems窶?
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069
[学会発表] Simulating fast and slow chemical kinetics with dynamic mode decomposition2023
- 著者名/発表者名
  Yuta Mizuno, Yosuke Sumiya, Yusuke Himeoka
- 学会等名
  38th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069
[学会発表] Structure of catalytic reaction network for specialized compartments evolution2023
- 著者名/発表者名
  Shunsuke Ichii, Yusuke Himeoka, Chikara Furusawa
- 学会等名
  STATPHYS28 Satellite Meeting Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems窶?
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05403
[学会発表] Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the Escherichia coli central carbon metabolism2022
- 著者名/発表者名
  Yusuke Himeoka
- 学会等名
  Roles of Heterogeneity in Nonequilibrium Collective Dynamics 2022
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K20626
[学会発表] 大腸菌中心代謝ネットワークから生じる休眠状態様のダイナミクス2022
- 著者名/発表者名
  姫岡優介
- 学会等名
  理論合成インシリコ生物学セミナー
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K20626
[学会発表] 大腸菌代謝モデルを用いた休眠状態への遷移ダイナミクスの研究2022
- 著者名/発表者名
  姫岡優介
- 学会等名
  第2回深津ERATOプロジェクト全体会議
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K20626
[学会発表] Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the Escherichia coli central carbon metabolism2022
- 著者名/発表者名
  Yusuke Himeoka
- 学会等名
  RIKEN iTHEMS Seminar
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K20626
[学会発表] 人工的な代謝ネットワークの緩和特性とネットワーク構造2022
- 著者名/発表者名
  姫岡優介
- 学会等名
  日本物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K20626
[学会発表] Disruption of metabolic homeostasis : Sensitivity due to the network structure2022
- 著者名/発表者名
  Yusuke Himeoka
- 学会等名
  Quantitative Biology of Non-growing Microbes,
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K20626
[学会発表] 人工的な代謝ネットワークの緩和特性とネットワーク構造2022
- 著者名/発表者名
  姫岡優介
- 学会等名
  日本物理学会第 77 回年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15069
[学会発表] Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the Escherichia coli central carbon metabolism2022
- 著者名/発表者名
  Yusuke HImeoka
- 学会等名
  , Major ideas in quantitative microbial physiology: Past, Present and Future,
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K20626
[学会発表] 細胞の休眠ダイナミクスと代謝ネットワーク構造2022
- 著者名/発表者名
  姫岡優介
- 学会等名
  ネットワーク科学研究会2022
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K20626

姫岡 優介 Himeoka Yusuke

研究課題

研究成果

細胞と人工細胞を包括する『生命-非生命転移』の統一的学理領域代表者

領域代表者

研究期間 (年度)

研究種目

『生命-非生命転移』学の創出研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

大腸菌における『生命-非生命転移境界』の可逆的横断研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

数理モデルを用いた分子システム適応度地形のデザイン原理の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

人工的代謝ネットワークを用いた静止相における細胞代謝ダイナミクスの研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

化学反応動力学理論を用いた頑健な反応経路設計アルゴリズムの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

細菌の休眠ダイナミクスを示す代謝ネットワーク構造の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[図書] システム生物学入門2023

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

ISBN

データソース

[雑誌論文] Perturbation-response analysis of<i>in silico</i>metabolic dynamics in nonlinear regime: Hard-coded responsiveness in the cofactors and network sparsity2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Evolution of hierarchy and irreversibility in theoretical cell differentiation model2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the <i>Escherichia coli</i> central carbon metabolism2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Structural determinants of relaxation dynamics in chemical reaction networks2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[学会発表] 大腸菌代謝動力学モデルの恒常性と死2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Terraced NK modelにおける遺伝子型の自由度と進化速度の関係2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] 細菌の休眠状態と代謝ダイナミクスの安定性2024

著者名/発表者名

学会等名

姫岡優介 Himeoka Yusuke