清水謙多郎 Shimizu Kentaro

… 別表記

清水謙太郎シミズケンタロウ

研究者番号	80178970
その他のID	https://orcid.org/0000-0002-3245-0052
外部サイト
所属 (現在)	2025年度: 日本女子大学, 理学部, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2023年度: 日本女子大学, 理学部, 教授 2021年度 – 2023年度: 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 2017年度 – 2019年度: 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 2012年度 – 2014年度: 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 2007年度 – 2011年度: 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 … もっと見る 2006年度: 東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 教授 1998年度 – 2005年度: 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 1996年度 – 1997年度: 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 1994年度 – 1995年度: 電気通信大学, 電気通信学部, 助教授 1992年度: 電気通信大学, 電気通信学部, 助教授 1990年度: 電気通信大学, 電気通信学部, 助教授 1990年度: 電気通信大学, 電気通信学部, 講師隠す
審査区分/研究分野	研究代表者生物系 / 計算機科学 / 理工系 / 生体生命情報学 / 生命・健康・医療情報学 / 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連研究代表者以外小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 情報学
キーワード	研究代表者構造予測 / タンパク質 / 生体生命情報学 / 並列計算 / プロテオーム / 蛋白質 / バイオインフォマティクス / グリッドコンピューティング / 資源管理 / MPI … もっと見る / 分子動力学法 / ミドルウェア / 分散共有メモリ / 統計ポテンシャル / 科学技術計算 / スケジューリング / 並列プログラミング環境 / オペレーティングシステム / scheduling / 分子間相互作用 / BLOSUM / アミノ酸配列 / 分子動力学シミュレーション / プロセッサ割当て / 大規模並列システム / 深層学習 / bioinformatics / computational chemistry / molecular dynamics / processor allocation / parallel programming environment / parallel computing / 大規模並列計算機 / 計算化学 / 分子動力学計算 / プロセス間通信 / operating system / 保護 / マイクロカーネル / 分散処理 / オブジェクト指向 / 構造精密化 / 構造評価 / 分子動力学 / 複合体 / 機能予測 / フラグメントアセンブリ方式 / ホモロジーモデリング / 遺伝子クラスタリング / 二次構造 / 分散共有記憶 / 負荷分散 / スレッド / カーネル / PSSM / MoRF / 天然変性 / 分子シミュレーション / ドッキング予測 / ペプチド設計 / 抗ウィルスペプチド / 活性予測 / 機械学習 / 抗菌性 / ペプチド / molecular dynamics simulation / protein structure assessment / protein structure refinement / protein structure prediction / proteome / 蛋白質構造評価 / 蛋白質構造精密化 / 蛋白質構造予測 / grid computing / data consistency protocol / scientific computing / distributed shared memory / Parallel programming environment / データー貫性制御 / データ一貫性制御 / 生命情報科学 / MP1 / エネルギー最小化計算 / 分子動力学シュミレーション / 動的資源管理 / MPI (Message Passing Interface) / スレープ方式 / マスタ / 空間分割法 / thread / object oriented system / kernel / ページ置換え方針 / global page placement / global scheduling / load balancing / multiprocessor systems / responsiveness / real-time processing / フォールトトレラント / 超並列計算機 / エミュレーション / 仮想記憶 / 並列処理 / 大域的ページ配置方針 / 大域的スケジューリング / 耐故障性 / 実時間処理 / microkernel / distributed processing / abstract data type / obejct-orient system / 永続処理 / 抽象データ型 / 予測機能 / 相互作用 / 糖 / データベース / 相互作用予測 / 糖鎖 / ブロテオーム / 不規則領域 / ネットワーク / ソフトウェア学 / ハイパフォーマンス・コンピューティング / マルチカノニカル法 / アビニシオ法 / 構造クラスタリング / ab initio法 / 配列類似度 / ハードウェア適応性 / 超並列処理 … もっと見る研究代表者以外新生ペプチド / 翻訳制御 / 粗視化モデル / 分子動力学シミュレーション / AMBER / ドッキングシミュレーション / Martini / 粗視化 / 翻訳アレスト / ドッキング / シミュレーション / uORF / リボソーム / Computer Network / Light-Weight Process / Process Migration / Parametric Analysis / Load Balancing Algorithm / Optimal Load Balancing / Distributed Computer System / Distributed Operating System / コンピュ-タ・ネットワ-ク / プロセス・マイグレ-ション / 分散透明性 / コンピュ-タネットワ-ク / 重さ可変プロセス / プロセス移送 / 負荷分散アルゴリズム / 最適負荷分散 / 分散処理 / 分散型コンピュ-タシステム / 分散型オペレ-ティングシステム / 並列計算環境 / 大規模並列計算機 / 分子動力学法 / 分子シミュレーション / 尿素 / 変性剤 / 疎水性相互作用 / 疎水効果隠す

非コード領域・タンパク構造情報を含むオミクス統合解析に基づく精密医療の実現
- 研究代表者
  
  高橋広夫
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  金沢大学
ゲノムジャンク領域にコードされる機能ペプチドの制御機構の情報学的推定と実験的検証
- 研究代表者
  
  福吉修一
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  金沢大学
分子シミュレーションと深層学習の連携によるペプチドの高精度ドッキング予測と設計研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  日本女子大学
   東京大学
膜タンパク質の天然変性領域の予測と解析研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2019
- 研究種目
  
  特別研究員奨励費
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  東京大学
タンパク質・糖鎖相互作用予測システムおよびデータベースの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2014
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京大学
タンパク質相互作用のネットワーク予測から原子レベルの結合予測までの統合的研究研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙太郎 (清水謙多郎)
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2010
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2010
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京大学
高精度のドッキング機能を有するタンパク質間相互作用予測システムの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2007
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
高精度のドッキング機能を有するタンパク質間相互作用予測システムの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2005
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
高精度タンパク質構造モデリングおよび構造評価手法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2005 – 2007
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京大学
ホモロジーモデリングとアビニシオ法の統合による高精度タンパク質構造予測手法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2004
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
大規模分散データの真に透過で効率的な共有を実現する分散共有配列システムの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2005
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  東京大学
ホモロジーモデリングとアビニシオ法の統合による高精度タンパク質構造予測手法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2003
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2003
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  東京大学
タンパク質の局所構造情報を利用したab initio立体構造・機能予測手法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2002
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2002
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  東京大学
タンパク質の局所構造情報を利用したab initio立体構造・機能予測手法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2001
- 研究種目
  
  特定領域研究(C)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2001
- 研究種目
  
  特定領域研究(C)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  東京大学
アプリケーションに適応した分散共有記憶方式を実現する並列プログラミング環境の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2001 – 2003
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  計算機科学
- 研究機関
  東京大学
タンパク質の局所構造情報を利用したab initio立体構造・機能予測手法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2000
- 研究種目
  
  特定領域研究(C)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
動的資源管理機能を備えた大規模並列プログラミング環境の開発と計算化学への応用研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎 (清水謙太郎)
- 研究期間 (年度)
  1999 – 2001
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  計算機科学
- 研究機関
  東京大学
ハードウェア構成に柔軟に適応する資源管理機能を備えた並列プログラミング環境の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  1998
- 研究種目
  
  特定領域研究(A)
- 研究機関
  東京大学
蛋白質の安定性・折れたたみ機構における水・変性剤の分子メカニズム
- 研究代表者
  
  池口満徳
- 研究期間 (年度)
  1998
- 研究種目
  
  特定領域研究(A)
- 研究機関
  東京大学
大規模並列システムのための効率的なプロセッサ割当て方針に関する研究研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  1998 – 2000
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  計算機科学
- 研究機関
  東京大学
アプリケーションに柔軟に適応できるオペレーティングシステムの構成法に関する研究研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  1996 – 1997
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  計算機科学
- 研究機関
  東京大学
耐故障実時間処理を支援する大規模並列システムの基本ソフトウェアの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  1995 – 1997
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  計算機科学
- 研究機関
  東京大学
   電気通信大学
軽量オブジェクトの分散と永続化を支援するオペレーティングシステムの研究開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  1994 – 1995
- 研究種目
  
  一般研究(C)
- 研究分野
  
  計算機科学
- 研究機関
  電気通信大学
超並列オペレーティングシステムにおける負荷分散および分散記憶管理の研究研究代表者
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  1992
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  電気通信大学
分散型オペレ-ティングシステムの実現方式に関する研究
- 研究代表者
  
  亀田壽夫
- 研究期間 (年度)
  1989 – 1990
- 研究種目
  
  一般研究(B)
- 研究分野
  
  情報学
- 研究機関
  電気通信大学

[図書] タンパク質構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用（第5章, 第1節）2023
- 著者名/発表者名
  清水謙多郎
- 総ページ数
  530
- 出版者
  技術情報協会
- ISBN
  9784861049958
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12122
[図書] Web連携テキストバイオインフォマティクス基礎と応用2022
- 著者名/発表者名
  門田幸二, 清水謙多郎, 岸野洋久, 寺田透
- 総ページ数
  228
- 出版者
  培風館
- ISBN
  9784563078324
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12122
[図書] 中国科学技術月報第44号中国・日本科学最前線-研究の現場から-2011年版(タンパク質の構造予測手法の開発)2011
- 著者名/発表者名
  清水謙多郎
- 出版者
  科学技術振興機構中国総合研究センター
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[図書] 遺伝子医学MOOK14次世代創薬テクノロジー実践:インシリコ創薬の最前線(タンパク質のabinitio構造予測)2009
- 著者名/発表者名
  中村周吾,清水謙多郎
- 出版者
  メディカルドゥ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] QM/MM Study of the Catalytic Mechanism and Substrate Specificity of the Aromatic Substrate C-Methyltransferase Fur62024
- 著者名/発表者名
  Zhao Fan、Moriwaki Yoshitaka、Noguchi Tomohiro、Shimizu Kentaro、Kuzuyama Tomohisa、Terada Tohru
- 雑誌名
  
  Biochemistry
  
  巻: 63 号: 6 ページ: 806-814
- DOI
  10.1021/acs.biochem.3c00556
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12122, KAKENHI-PLANNED-22H05120, KAKENHI-PLANNED-22H05126
[雑誌論文] Enhanced clustering-based differential expression analysis method for RNA-seq data2023
- 著者名/発表者名
  Makino M, Shimizu K, Kadota K.
- 雑誌名
  
  MethodsX
  
  巻: 12 ページ: 102518-102518
- DOI
  10.1016/j.mex.2023.102518
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12120, KAKENHI-PROJECT-21K12122
[雑誌論文] Comprehensive computational analysis of the SRK-SP11 molecular interaction underlying self-incompatibility in Brassicaceae using improved structure prediction for cysteine-rich proteins2023
- 著者名/発表者名
  Sawa Tomoki、Moriwaki Yoshitaka、Jiang Hanting、Murase Kohji、Takayama Seiji、Shimizu Kentaro、Terada Tohru
- 雑誌名
  
  Computational and Structural Biotechnology Journal
  
  巻: 21 ページ: 5228-5239
- DOI
  10.1016/j.csbj.2023.10.026
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12122, KAKENHI-PROJECT-21K06110, KAKENHI-PROJECT-21H05030
[雑誌論文] Feedback-AVPGAN: Feedback-guided generative adversarial network for generating antiviral peptides2022
- 著者名/発表者名
  1.Kano Hasegawa, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Cao Wei, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology
  
  巻: 20 号: 06 ページ: 2250026-2250026
- DOI
  10.1142/s0219720022500263
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12122
[雑誌論文] Prediction of MoRFs Based on n-gram Convolutional Neural Network2019
- 著者名/発表者名
  Chun Fang, Yoshitaka Moriwaki, Caihong Li, and Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Proceedings of 11th International Conferenceon Bioinformatics and Computational Biology
  
  巻: 60 ページ: 113-119
- DOI
  10.29007/5k4z
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17F17050
[雑誌論文] Prediction of Antifungal Peptides by Deep Learning with Character Embedding2019
- 著者名/発表者名
  Chun Fang, Yoshitaka Moriwaki, Caihong Li, and Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  IPSJ Transactions on Bioinformatics
  
  巻: 12 号: 0 ページ: 21-29
- DOI
  10.2197/ipsjtbio.12.21
- NAID
  130007685780
- ISSN
  1882-6679
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17F17050
[雑誌論文] Comparative analysis of membrane protein structure databases2018
- 著者名/発表者名
  K. Shimizu, W. Cao, G. Saad, M. Shoji, T. Terada
- 雑誌名
  
  BBA - Biomembranes
  
  巻: 1860 号: 5 ページ: 1077-1091
- DOI
  10.1016/j.bbamem.2018.01.005
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17F17050
[雑誌論文] Identifying MoRFs in Disordered Protein Using Enlarged Conserved Features2018
- 著者名/発表者名
  Chun Fang, Yoshitaka Moriwaki, Daming Zhu, and K. Shimizu
- 雑誌名
  
  2018 6th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology
  
  巻: 12 ページ: 50-54
- DOI
  10.1145/3194480.3198908
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17F17050
[雑誌論文] Overdominance effect of the bovine ghrelin receptor (GHSR1a)-DelR242 locus on growth in Japanese Shorthorn weaner bulls: Heterozygote advantage in bull selection and molecular mechanisms.2015
- 著者名/発表者名
  Masanori Komatsu, Yoichi Sato, Tatsuki Negami, Tohru Terada, Osamu Sasaki, Jumpei Yasuda, Aisaku Arakawa, Chikara Yoshida, Hideaki Takahashi, Aduli E.O. Malau-Aduli, Keiichi Suzuki and Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  G3: Genes, Genomes, Genetics
  
  巻: Volume 5 号: 2 ページ: 271-279
- DOI
  10.1534/g3.114.016105
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[雑誌論文] 生命科学の複数LODの統合による目的別タンパク質分子間相互作用Linked Open Dataの構築2014
- 著者名/発表者名
  込山悠介, 番野雅城, 鑓水優行, 加藤文彦, 大向一輝, 武田英明, 清水謙多郎
- 雑誌名
  
  人工知能学会論文誌
  
  巻: 29 号: 4 ページ: 356-363
- DOI
  10.1527/tjsai.29.356
- NAID
  130004927341
- ISSN
  1346-0714, 1346-8030
- 言語
  日本語
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[雑誌論文] Structural Basis of the Divergent Oxygenation Reactions Catalyzed by the Rieske Nonheme Iron Oxygenase Carbazole 1,9a-Dioxygenase2014
- 著者名/発表者名
  Kengo Inoue, Yusuke Usami, Yuji Ashikawa, Haruko Noguchi, Takashi Umeda, Aiko Yamagami-Ashikawa, Tadafumi Horisaki, Hiromasa Uchimura, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu, Hiroshi Habe, Hisakazu Yamane, Zui Fujimoto and Hideaki Nojiri
- 雑誌名
  
  Applied and Environmental Microbiology
  
  巻: Volume 80 号: 9 ページ: 2821-2832
- DOI
  10.1128/aem.04000-13
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109, KAKENHI-PROJECT-24780076, KAKENHI-PROJECT-26850052
[雑誌論文] Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations of Protein-Ligand Binding2014
- 著者名/発表者名
  Tatsuki Negami, Kentaro Shimizu, Tohru Terada
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  巻: Volume 35 号: 25 ページ: 1835-1845
- DOI
  10.1002/jcc.23693
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109, KAKENHI-PROJECT-24570179
[雑誌論文] Engineering the allosteric properties of archaeal non-phosphorylating glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenases.2014
- 著者名/発表者名
  Fumiaki Ito, Masayuki Miyake, Shinya Fushinobu, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu, Takayoshi Wakagi
- 雑誌名
  
  BBA - Proteins and Proteomics
  
  巻: Volume 1844 号: 4 ページ: 759-766
- DOI
  10.1016/j.bbapap.2014.01.017
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109, KAKENHI-PROJECT-24580136
[雑誌論文] TCC: an R package for comparing tag count data with robust normalization strategies.2013
- 著者名/発表者名
  Sun, J., Nishiyama, T., Shimizu, K., and Kadota, K.
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 14 号: 1 ページ: 219-219
- DOI
  10.1186/1471-2105-14-219
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22128008, KAKENHI-PROJECT-23300109, KAKENHI-PROJECT-24500359
[雑誌論文] Selective binding of antimicrobial porphyrins to the hame-receptor IsdH-NEAT3 of Staphylococcus aureus.2013
- 著者名/発表者名
  Nhuan Vu
- 雑誌名
  
  Protein Science
  
  巻: 22 号: 7 ページ: 942-953
- DOI
  10.1002/pro.2276
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-13J06526, KAKENHI-PROJECT-23300109, KAKENHI-PROJECT-24000011, KAKENHI-PROJECT-25249115
[雑誌論文] Heme binding mechanism of structurally similar iron-regulated surface determinant near transporter domains of Staphylococcus aureus exhibiting different affinities for heme.2013
- 著者名/発表者名
  Yoshitaka Moriwaki
- 雑誌名
  
  Biochemistry
  
  巻: 52 号: 49 ページ: 8866-8877
- DOI
  10.1021/bi4008325
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-13J06526, KAKENHI-PROJECT-23300109, KAKENHI-PROJECT-24000011, KAKENHI-PUBLICLY-24102516, KAKENHI-PROJECT-25249115, KAKENHI-PROJECT-25708026
[雑誌論文] タンパク質の構造予測手法の開発2011
- 著者名/発表者名
  清水謙多郎
- 雑誌名
  
  科学技術振興機構中国科学技術月報
  
  ページ: 137-140
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Protein-Protein Docking Using Multi-layered Spherical Basis Functions2011
- 著者名/発表者名
  K.Sumikoshi, T.Terada, S.Nakamura, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 2011 International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics
  
  ページ: 342-347
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Prediction of carbohydrate-binding proteins from sequences using support vector machines.2010
- 著者名/発表者名
  S.Someya, M.Kakuta, M.Morita, K.Sumikoshi, W.Cao, Z.Ge, O.Hirose, S.Nakamura, T.Terada, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  Advances in Bioinformatics
  
  ページ: 289301-289301
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Computational Protocol for Screening GPI-anchored Proteins2009
- 著者名/発表者名
  Cao Wei, Kazuya Sumikoshi, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Katsuhiko Kitamoto, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Proceedings of the First International ConBerence onBioinlbrmatics and Computational Biology (掲載確定)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20016006
[雑誌論文] Accurate prediction of native tertiary structure of protein using molecular dynamics simulation with the aid of the knowledge of secondary structures2009
- 著者名/発表者名
  Tadaomi Furuta, Kentaro Shimizu, Tohru Terada
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters 472
  
  ページ: 134-139
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20016006
[雑誌論文] Accurate prediction of native tertiary structure of protein using molecular dynamics simulation with the aid of the knowledge of secondary structures2009
- 著者名/発表者名
  Tadaomi Furuta, Kentaro Shimizu,Tohru Terada
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters 472
  
  ページ: 134-139
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Comprehensive analysis of sequence-structure relationships in the loop regions of proteins2009
- 著者名/発表者名
  S.Nakamura, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  GIW 2009 23
  
  ページ: 106-116
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Computational Protocol for Screening GPI-anchored Proteins, Proceedings of the First International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BICoB)2009
- 著者名/発表者名
  W.Cao, K.Sumikoshi, T.Terada, S.Nakamura, K.Kitamoto, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  Springer Lecture Notes in Bioinformatics Series 5462
  
  ページ: 164-175
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Accurate prediction of native tertiary structure of protein using molecular dynamics simulation with the aid of the knowledge of secondary structures2009
- 著者名/発表者名
  T.Furuta, K.Shimizu, T.Terada
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters 472
  
  ページ: 134-139
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Refinement of comparative models of protein structure by using multicanonical molecular dynamics simulations2008
- 著者名/発表者名
  R.Ishitani, T.Terada, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation 34
  
  ページ: 327-336
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Prediction of protein-protein interaction sites using only sequence information and using both sequence and structural information2008
- 著者名/発表者名
  M.Kakuta, S.Nakamura, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  IPSJ Transactions on Bioinformatics 49
  
  ページ: 25-35
- NAID
  110006684907
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Highly accurate method for ligand-binding site prediction in unbound state (apo) protein structures2008
- 著者名/発表者名
  Mizuki Morita, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics 73
  
  ページ: 468-479
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20016006
[雑誌論文] Refinement of comparative models of protein structure by using multicanonical molecular dynamics simulations2008
- 著者名/発表者名
  Ryuuchiro Ishitani, Tohru Terada, Kehtaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation 34
  
  ページ: 327-336
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] A compahson of generahzed Born methods in folding simulations2008
- 著者名/発表者名
  Tohru Terada, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters 460
  
  ページ: 295-299
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Highly accurate method for ligand-binding site prediction in unbound state (apo) protein structures2008
- 著者名/発表者名
  M.Morita, S.Nakamura, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 73, 2
  
  ページ: 468-479
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] IgE^b immune complexes activate macrophages through Fc ^γRIV binding2007
- 著者名/発表者名
  Masayuki Hirano, Randall S. Davis, W. David Fine, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu, Hirokazu Yagi, Koichi Kato, Robert P. Stephan, Max D. Cooper
- 雑誌名
  
  Nature Immunology 8
  
  ページ: 762-771
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] Mechanism of the difference in the binding affinity of E.coli tRNAGln to glutaminyl-tRNA synthetase caused by non-interface nucleotides in variable loop2007
- 著者名/発表者名
  Satoshi Yamazaki, Shugo Nakamura, Tohru Terada, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Biophysical Journal 92
  
  ページ: 192-200
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] Folding free-energy landscape of a 10-residue mini-protein, chignolin2006
- 著者名/発表者名
  Daisuke Satoh, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  FEBS Letters 580
  
  ページ: 3422-3426
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] A multicanonical ab initio molecular dynamics method : application to conformation sampling of alanine tripeptide2006
- 著者名/発表者名
  Ryota Jono, Tohru Terada, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters 432
  
  ページ: 306-312
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] Insight of the Signal Motif of GPI-(like)-anchored Proteins by Using SVM2006
- 著者名/発表者名
  Wei Cao, Kazuya Sumikoshi, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 2006 International Conference on Bioinformatics and Computational Biology(BIOCOMP'06)
  
  ページ: 541-546
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] Potential for Assessing Quality of Protein Structure hated on Contact Number Prediction2006
- 著者名/発表者名
  Takashi Ishida, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics 64, 4
  
  ページ: 940-947
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] Evaluation of efficiency of reference potential spatial warping algorithm in conformational sampling of peptides2006
- 著者名/発表者名
  Ryuichiro Ishitani, Tohru Terada, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics 124
  
  ページ: 214902-214902
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] High-precision Geometric Modeling of 3D Artifacts for Virtual Restoration2006
- 著者名/発表者名
  Junta Doi, Kentaro Shimizu, Wataru Sato, Shinji Morishita
- 雑誌名
  
  Proceedings of the IEEE International Conference on Virtual Environments, Human-computer Interfaces, and Measurement Systems
  
  ページ: 136-141
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] Identification of GPI-(like) -anchored Proteins by using SVM2006
- 著者名/発表者名
  Wei Cao, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Proceedings of the First International Multi-symposiums of Computer Science and Computational Sciences(IMSCCS'06)
  
  ページ: 711-715
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] A fast protein-protein docking algorithm using series expansion in terms of spherical basis functions2005
- 著者名/発表者名
  Kazuya Sumikoshi, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 16th International Conference on Genome Informatics(GIW2005) 16
  
  ページ: 161-173
- NAID
  130003997422
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] Highly accurate method for ligand-binding site prediction in unbound state(apo) protein structures
- 著者名/発表者名
  Mizuki Morita, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics, accepted
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] Understanding the roles of amino acid residues in tertiary structure formation of chignolin by using molecular dynamics simulation
- 著者名/発表者名
  Tohru Terada, Daisuke Satoh, Tsutomu Mikawa, Yutaka Ito, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics, accepted
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] Refinement of comparative models of protein structure by using multicanonical molecular dynamics simulations
- 著者名/発表者名
  Ryuichiro Ishitani, Tohru Terada, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation 34, 3
  
  ページ: 327-336
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[学会発表] 光合成反応中心－光捕集アンテナ超分子複合体におけるユビキノン／ユビキノール移動経路の解明2023
- 著者名/発表者名
  Yosuke Teshirogi, Yoshitaka Moriwaki, Kentaro Shimizu, Tohru Terada
- 学会等名
  日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12122
[学会発表] 生成モデルのよるタンパク質距離行列及び立体構造の生成2023
- 著者名/発表者名
  Ryo Okada, Yoshitaka Moriwaki, Kentaro Shimizu, Tohru Terada
- 学会等名
  日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12122
[学会発表] Prediction of antihypertensive activity of peptides using machine learning2022
- 著者名/発表者名
  1.Kazushi Tamura, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12122
[学会発表] P-41Trans-AVPGAN: Transformerネットワークを用いた対的生成ネットワークによる抗ウイルスペプチド生成2021
- 著者名/発表者名
  Kano Hasegawa, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada and Kentaro Shimizu
- 学会等名
  2021年日本バイオインフォマティクス学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12122
[学会発表] Identifying MoRFs in Disordered Protein Using Enlarged Conserved Features2018
- 著者名/発表者名
  C. Fang, A. Tian, K. Shimizu
- 学会等名
  2018 6th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17F17050
[学会発表] 位置特異的スコアリングマトリックスとサポートベクターマシーンを用いた脂質結合タンパク予測手法の開発2014
- 著者名/発表者名
  植木快、番野雅城、中村周吾、清水謙多郞
- 学会等名
  第14回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  横浜産貿ホールマリネリア（神奈川県、横浜市）
- 年月日
  2014-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] PROTEIN-LIGAND BINDING SIMULATIONWITHTHE MARTINI COARSE-GRAINED FORCE FIELD.2014
- 著者名/発表者名
  Tatsuki Negami, Tohru Terada, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  Biophysical Society, 58th Annual Meeting
- 発表場所
  サンフランシスコ（アメリカ）
- 年月日
  2014-02-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] タンパク質の複合体構造・相互作用に関する総合的な予測・解析/Prediction and analysis of protein complex structures and protein interactions2014
- 著者名/発表者名
  清水謙多郞、寺田透
- 学会等名
  第14回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ワークピア横浜（神奈川県、横浜市）
- 年月日
  2014-06-25
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] The factors determining protein-ligand binding processes revealed by comparative coarse-grained simulations2014
- 著者名/発表者名
  Tatsuki Negami, Tohru Terada, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  第52回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
- 年月日
  2014-09-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] Structural insight into the heme-transfer mechanism between Isd proteins in Staphylococcus aureus2014
- 著者名/発表者名
  Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Jose M. M. Caaveiro, Kouhei Tsumoto, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  第52回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
- 年月日
  2014-09-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] HEME-TRANSFER MECHANISM OF STRUCTURALLY SIMILAR ISD NEAT DOMAINS OF STAPHYLOCOCCUS AUREUS EXHIBITING DIFFERENT AFFINITIES FOR HEME.2014
- 著者名/発表者名
  Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Jose M. M. Caaveiro, Yousuke Takaoka, Itaru Hamachi, Kouhei Tsumoto, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  Biophysical Society, 58th Annual Meeting
- 発表場所
  サンフランシスコ（アメリカ）
- 年月日
  2014-02-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] Effect of basis selection in reconstructing NMR spectra using compressed sensing2014
- 著者名/発表者名
  Kazuya Sumikoshi, Teppei Ikeya, Yutaka Ito, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  第52回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
- 年月日
  2014-09-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] 黄色ブドウ球菌のヘム輸送蛋白質群Isd system におけるその構造類似性とヘムの不可逆輸送に関する考察2013
- 著者名/発表者名
  Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Jose M. M. Caaveiro, Yousuke Takaoka, Itaru Hamachi, Kouhei Tsumoto, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  第13回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  とりぎん文化会館（鳥取県鳥取市）
- 年月日
  2013-06-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] 蛋白質立体構造および相互作用の予測2013
- 著者名/発表者名
  清水謙多郎
- 学会等名
  第４回神経科学と構造生物学の融合研究会
- 発表場所
  岡崎コンファレンスセンター（愛知県岡崎市）
- 年月日
  2013-11-19
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] Development of system that predict sugar binding protein and sugar binding site based on protein sequence using support vector machine.2013
- 著者名/発表者名
  番野　雅城、込山　悠介、中村　周吾、清水　謙多郎
- 学会等名
  日本バイオインフォマティクス学会 2013年年会
- 発表場所
  タワーホール船堀（東京都江戸川区）
- 年月日
  2013-10-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] 圧縮センシングを用いたＮＭＲスペクトルの復元法2013
- 著者名/発表者名
  Kazuya Sumikoshi, Teppei Ikeya, Yutaka Ito, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  日本生物物理学会　第51回年会
- 発表場所
  国立京都国際会館（京都府京都市）
- 年月日
  2013-10-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] 黄色ブドウ球菌のIsd-NEATドメイン間におけるヘム輸送についての考察2013
- 著者名/発表者名
  Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Jose M. M. Caaveiro, Yousuke Takaoka, Itaru Hamachi, Kouhei Tsumoto, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  日本生物物理学会　第51回年会
- 発表場所
  国立京都国際会館（京都府京都市）
- 年月日
  2013-10-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] 代謝型グルタミン酸受容体の活性化過程の動的モデルの構築2013
- 著者名/発表者名
  冨士原　海太、根上　樹、寺田　透、清水　謙多郎
- 学会等名
  日本生物物理学会　第51回年会
- 発表場所
  国立京都国際会館（京都府京都市）
- 年月日
  2013-10-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] UTProt: Database Integration and Tool Development for Interactomics Utilizing Biosemantics2013
- 著者名/発表者名
  込山　悠介、番野　雅城、Gul Saad、遣水　優行、植木　快、清水　謙多郎
- 学会等名
  日本バイオインフォマティクス学会 2013年年会
- 発表場所
  タワーホール船堀（東京都江戸川区）
- 年月日
  2013-10-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] MARTINI粗視化力場を用いたタンパク質-リガンド結合過程の比較シュミレーション2013
- 著者名/発表者名
  根上樹、寺田　透、清水　謙多郎
- 学会等名
  日本生物物理学会　第51回年会
- 発表場所
  国立京都国際会館（京都府京都市）
- 年月日
  2013-10-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] Sequence derived predictor of lipid-binding proteins with support vector machine2013
- 著者名/発表者名
  植木　快、込山　悠介、番野　雅城、中村　周吾、清水　謙多郎
- 学会等名
  日本バイオインフォマティクス学会 2013年年会
- 発表場所
  タワーホール船堀（東京都江戸川区）
- 年月日
  2013-10-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23300109
[学会発表] Carbohydrate-binding proteins : A sequence-based prediction model and the database development2010
- 著者名/発表者名
  W.Cao, S.Someya, M.Kakuta, K.Sumikoshi, S.Nakamura, T.Terada, K. K. K.Shimizu
- 学会等名
  The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010)
- 発表場所
  九州大学(福岡)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] タンパク質-タンパク質ドッキングへの分子内フレキシビリティの導入2010
- 著者名/発表者名
  角越和也,中村周吾,清水謙多郎
- 学会等名
  日本生物物理学会第48回年会
- 発表場所
  東北大学(宮城)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] 二次構造情報を取り入れた分子動力学法によるタンパク質立体構造予測法の一般性の検証2010
- 著者名/発表者名
  寺田透,西村麻彦,清水謙多郎
- 学会等名
  日本生物物理学会第48回年会
- 発表場所
  東北大学(宮城)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] バイオロジカルユニットを考慮したリガンド結合タンパク質データベースの構築2009
- 著者名/発表者名
  池澤弘貴,森田瑞樹,清水謙多郎
- 学会等名
  日本生物物理学会第47回年会
- 発表場所
  徳島文理大学(徳島)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] all-βタンパク質の二次構造拘束付きマルチカノニカル分子動力学シミュレーション2009
- 著者名/発表者名
  西村麻彦,寺田透,清水謙多郎
- 学会等名
  日本生物物理学会第47回年会
- 発表場所
  徳島文理大学(徳島)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] BLASTと機械学習を用いたアミノ酸配列からのレクチン様タンパク質の予測2008
- 著者名/発表者名
  染谷星志, 角田将典, 森田瑞樹, 角越和也, 中村周吾, 清水謙多郎
- 学会等名
  第31回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  神戸
- 年月日
  2008-12-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20016006
[学会発表] 精密化プロセスを含めたタンパク質-タンパク質ドッキング手法の開発2008
- 著者名/発表者名
  角越和也,寺田透,中村周吾,清水謙多郎
- 学会等名
  日本生物物理学会第46回年会
- 発表場所
  福岡国際会議場(福岡)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] タンパク質ペアに対するカーネル関数を用いたタンパク質間相互作用予測2008
- 著者名/発表者名
  角田将典,角越和也,中村周吾,清水謙多郎
- 学会等名
  第8回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  タワーホール船堀(東京)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] タンパク質のオーダー・ディスオーダーループの配列構造相関の解析2008
- 著者名/発表者名
  中村周吾,清水謙多郎
- 学会等名
  第8回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  タワーホール船堀(東京)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] 生体分子の溶媒効果:マルチカノニカルQM/MM-MDによる研究2008
- 著者名/発表者名
  城野亮太,渡邊佑輔,清水謙多郎,寺田透
- 学会等名
  日本生物物理学会第46回年会
- 発表場所
  福岡
- 年月日
  2008-12-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによるWWドメインのフォールディング機構の解析2008
- 著者名/発表者名
  西村麻彦,西謙一郎,寺田透,清水謙多郎
- 学会等名
  第8回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  タワーホール船堀(東京)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] 生体分子の溶媒効果:マルチカノニカルQM/MM-MDによる研究2008
- 著者名/発表者名
  城野亮太,渡邊佑輔,清水謙多郎,寺田透
- 学会等名
  日本生物物理学会第46回年会
- 発表場所
  福岡国際会議場(福岡)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] タンパク質構造予測2008
- 著者名/発表者名
  清水謙多郎
- 学会等名
  JSTゲノムリテラシー講座
- 発表場所
  JSTサイエンスプラザ(東京)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] ドメイン配列を用いたタンパク質間相互作用予測2008
- 著者名/発表者名
  角田将典,角越和也,中村周吾,清水謙多郎
- 学会等名
  日本生物物理学会第46回年会
- 発表場所
  福岡国際会議場(福岡)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] Sequence-structure correlation analysis for protein loop regions2007
- 著者名/発表者名
  Shugo Nakamura, Mizuki Morita, Masanori Kakuta, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  Forty-Fifth Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, 2P004
- 発表場所
  Yokohama
- 年月日
  2007-12-22
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[学会発表] Protein-protein docking simulations2006
- 著者名/発表者名
  Kentaro Shimizu
- 学会等名
  Symposium of Institute for Protein Research, Osaka University
- 発表場所
  Osaka
- 年月日
  2006-03-23
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[学会発表] 蛋白質複合体のドッキングシミュレーション2006
- 著者名/発表者名
  清水謙多郎
- 学会等名
  大阪大学蛋白質研究所セミナー「生体分子構造情報の時間軸への展開による生命機能の解読」
- 発表場所
  大阪
- 年月日
  2006-03-23
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[学会発表] Protein tertiary structure prediction based on contact number prediction2006
- 著者名/発表者名
  Takashi Ishida, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  Fifth East Asian Biophysics Symposium & Forty-Fourth Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
- 発表場所
  Okinawa
- 年月日
  2006-11-14
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[学会発表] Improving efficiency of conformation sampling in multicanonical molecular dynamics simulation2006
- 著者名/発表者名
  Tohru Terada, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  Fifth East Asian Biophysics Symposium & Forty-Fourth Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, 46, 1P581
- 発表場所
  Okinawa
- 年月日
  2006-11-13
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[学会発表] Folding simulation of the B-domain of staphylococcal protein A2006
- 著者名/発表者名
  Ken-ichiro Nishi, Tohru Terada, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  Fifth East Asian Biophysics Symposium & Forty-Fourth Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, 46, 1P573
- 発表場所
  Okinawa
- 年月日
  2006-11-13
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[学会発表] Protein structure refinement by using multicanonical molecular dynamics simulation2005
- 著者名/発表者名
  Ryuichiro Ishitani, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  Forty-Third Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, 1P008
- 発表場所
  Sapporo
- 年月日
  2005-11-23
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191

1. 中村周吾 (90272442)

共同の研究課題数: 17件

共同の研究成果数: 26件
2. 寺田透 (40359641)

共同の研究課題数: 7件

共同の研究成果数: 23件
3. 角越和也 (90431832)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 4件
4. 池口満徳 (60261955)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
5. 伊藤素行 (20377906)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
6. 亀田壽夫 (10011660)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 角田博保 (70152600)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 寺島元章 (20114928)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 笠井琢美 (70027382)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 芦原評 (00242347)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 福吉修一 (10456410)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 砂原秀樹 (20206577)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 青柳龍也 (40202494)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
14. 中山泰一 (70251709)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
15. 高橋広夫 (30454367)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
16. 佐々木博己 (60235265)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
17. 田胡和哉

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
18. 張勇兵

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
19. FANG CHUN

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 9件
20. 門田幸二

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
21. 西山智明

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

清水 謙多郎 Shimizu Kentaro

清水 謙太郎 シミズ ケンタロウ

研究課題

研究成果

共同研究者

非コード領域・タンパク構造情報を含むオミクス統合解析に基づく精密医療の実現

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ゲノムジャンク領域にコードされる機能ペプチドの制御機構の情報学的推定と実験的検証

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

分子シミュレーションと深層学習の連携によるペプチドの高精度ドッキング予測と設計研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

膜タンパク質の天然変性領域の予測と解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパク質・糖鎖相互作用予測システムおよびデータベースの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパク質相互作用のネットワーク予測から原子レベルの結合予測までの統合的研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

高精度のドッキング機能を有するタンパク質間相互作用予測システムの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

高精度のドッキング機能を有するタンパク質間相互作用予測システムの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

高精度タンパク質構造モデリングおよび構造評価手法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ホモロジーモデリングとアビニシオ法の統合による高精度タンパク質構造予測手法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

大規模分散データの真に透過で効率的な共有を実現する分散共有配列システムの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ホモロジーモデリングとアビニシオ法の統合による高精度タンパク質構造予測手法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

清水謙多郎 Shimizu Kentaro

清水謙太郎シミズケンタロウ