小林直宏 Kobayashi Naohiro

研究者番号	80272160
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 上級研究員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2025年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 上級研究員 2022年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 上級研究員 2019年度 – 2020年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 放射光科学研究センター, 上級研究員 2018年度: 大阪大学, 蛋白質研究所, 特任准教授(常勤) 2017年度: 大阪大学, 蛋白質研究所, 特任准教授 … もっと見る 2016年度 – 2017年度: 大阪大学, たんぱく質研究所, 特任准教授(常勤) 2015年度: 大阪大学, たんぱく質研究所, 研究員 2012年度 – 2013年度: 大阪大学, たんぱく質研究所, 研究員 2010年度 – 2011年度: 大阪大学, 蛋白質研究所, 特任研究員 1998年度: 筑波大, 応用生物化学系, 助手 1996年度 – 1997年度: 筑波大学, 応用生物化学系, 助手隠す
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43040:生物物理学関連 / 構造生物化学 / 生物生産化学・応用有機化学研究代表者以外中区分32:物理化学、機能物性化学およびその関連分野 / 構造生物化学
キーワード	研究代表者データベース / NMR / 自動解析 / 自動化 / 核磁気共鳴 / フォールディング / 深層学習 / 高度化 / 構造解析 / 人工知能 … もっと見る / モデリング / ホモロジーモデリング / ＮＭＲ / 核磁気共鳴法 / 最適化 / 学習型 / GPU / 帰属 / シグナル / 機械学習 / シグナル帰属 / 相補複合体 / ペプチドフラグメント / プロテインGB1ドメイン / 動力学的解析 / CDスペクトル / 二次元NMRスペクトル / 蛋白質高次構造 / フラグメント / ペプチド合成 / ペプチド … もっと見る研究代表者以外自動解析 / 超高分解能 / 固体ＮＭＲ / 自動構造決定 / 自動化 / 立体構造 / 蛋白質 / NMR 隠す

機械学習・理論計算・実測データを活用した生体高分子の動的状態を可視化する新規技術研究代表者
- 研究代表者
  
  小林直宏
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
超高分解能固体NMRと自動解析による非結晶性生体高分子と先端材料構造解析の新機軸
- 研究代表者
  
  石井佳誉
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  挑戦的研究(開拓)
- 審査区分
  
  中区分32:物理化学、機能物性化学およびその関連分野
- 研究機関
  東京工業大学
人工知能型自動NMRデータ解析システムの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  小林直宏
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
   大阪大学
NMR分子置換法の開発
- 研究代表者
  
  児嶋長次郎
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2017
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  構造生物化学
- 研究機関
  横浜国立大学
データベースを利用したNMR創薬支援パイプラインの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  小林直宏
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2017
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  構造生物化学
- 研究機関
  大阪大学
データベースを有効活用した学習型ＮＭＲシグナル自動解析システムの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  小林直宏
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2012
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  構造生物化学
- 研究機関
  大阪大学
フラグメント間相互作用を利用した蛋白質立体構造形成機構の研究研究代表者
- 研究代表者
  
  小林直宏
- 研究期間 (年度)
  1997
- 研究種目
  
  萌芽的研究
- 研究分野
  
  生物生産化学・応用有機化学
- 研究機関
  筑波大学
合成ペプチドによる蛋白質立体構造形成過程の研究研究代表者
- 研究代表者
  
  小林直宏
- 研究期間 (年度)
  1996
- 研究種目
  
  奨励研究(A)
- 研究分野
  
  生物生産化学・応用有機化学
- 研究機関
  筑波大学

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すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Mechanism of hERG inhibition by gating-modifier toxin, APETx1, deduced by functional characterization2021
- 著者名/発表者名
  Matsumura Kazuki、Shimomura Takushi、Kubo Yoshihiro、Oka Takayuki、Kobayashi Naohiro、Imai Shunsuke、Yanase Naomi、Akimoto Madoka、Fukuda Masahiro、Yokogawa Mariko、Ikeda Kazuyoshi、Kurita Jun-ichi、Nishimura Yoshifumi、Shimada Ichio、Osawa Masanori
- 雑誌名
  
  BMC Molecular and Cell Biology
  
  巻: 22 号: 1 ページ: 1-16
- DOI
  10.1186/s12860-020-00337-3
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K07284, KAKENHI-PUBLICLY-19H04973, KAKENHI-PUBLICLY-20H05449, KAKENHI-PROJECT-20H03424, KAKENHI-PROJECT-18K06152, KAKENHI-PROJECT-18K06606, KAKENHI-PROJECT-17H06097
[雑誌論文] Robust folding of a de novo designed ideal protein even with most of the core mutated to valine.2020
- 著者名/発表者名
  R. Koga, M. Yamamoto, K. Takahiro, N. Kobayashi, T. Sugiki, T. Fujiwara and N. Koga
- 雑誌名
  
  Proc. Natl. Acad. Sci. USA
  
  巻: 117 号: 49 ページ: 31149-31156
- DOI
  10.1073/pnas.2002120117
- NAID
  120006952207
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152, KAKENHI-PLANNED-18H05420
[雑誌論文] Crystal contact-free conformation of an intrinsically flexible loop in protein crystal: Tim21 as the case study2020
- 著者名/発表者名
  Bala Siqin、Shinya Shoko、Srivastava Arpita、Ishikawa Marie、Shimada Atsushi、Kobayashi Naohiro、Kojima Chojiro、Tama Florence、Miyashita Osamu、Kohda Daisuke
- 雑誌名
  
  Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects
  
  巻: 1864 号: 2 ページ: 129418-129418
- DOI
  10.1016/j.bbagen.2019.129418
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152, KAKENHI-PUBLICLY-19H04856, KAKENHI-WRAPUP-19H05452, KAKENHI-PROJECT-17H03641, KAKENHI-PROJECT-18J01012, KAKENHI-PROJECT-17K07309
[雑誌論文] Nucleus Accumbens-Associated Protein 1 Binds DNA Directly through the BEN Domain in a Sequence-Specific Manner2020
- 著者名/発表者名
  Nakayama Naomi、Sakashita Gyosuke、Nagata Takashi、Kobayashi Naohiro、Yoshida Hisashi、Park Sam-Yong、Nariai Yuko、Kato Hiroaki、Obayashi Eiji、Nakayama Kentaro、Kyo Satoru、Urano Takeshi
- 雑誌名
  
  Biomedicines
  
  巻: 8 号: 12 ページ: 608-608
- DOI
  10.3390/biomedicines8120608
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07307, KAKENHI-PROJECT-18K06086, KAKENHI-PROJECT-18K06152, KAKENHI-PROJECT-20H01007
[雑誌論文] Solution structure of Gaussia Luciferase with five disulfide bonds and identification of a putative coelenterazine binding cavity by heteronuclear NMR.2020
- 著者名/発表者名
  N. Wu, N. Kobayashi, K. Tsuda, S. Unzai, T. Saotome, Y. Kuroda and T. Yamazaki.
- 雑誌名
  
  Sci. Rep.
  
  巻: 10 号: 1 ページ: 20069-20069
- DOI
  10.1038/s41598-020-76486-4
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152, KAKENHI-PROJECT-18H02385
[雑誌論文] H, 13C and 15N resonance assignment of the YTH domain of YTHDC2.2020
- 著者名/発表者名
  F. He, R. Endo, K. Kuwasako, M. Takahashi, K. Tsuda, T. Nagata, S. Watanabe, A. Tanaka, N. Kobayashi, T. Kigawa, P. Guentert, M. Shirouzu, S. Yokoyama and Y. Muto.
- 雑誌名
  
  Biomol. NMR Assign.
  
  巻: 15 号: 1 ページ: 1-7
- DOI
  10.1007/s12104-020-09974-3
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152, KAKENHI-PROJECT-20K06508
[雑誌論文] BioMagResBank (BMRB) as a Resource for Structural Biology2020
- 著者名/発表者名
  Romero Pedro R.、Kobayashi Naohiro、Wedell Jonathan R.、Baskaran Kumaran、Iwata Takeshi、Yokochi Masashi、Maziuk Dimitri、Yao Hongyang、Fujiwara Toshimichi、Kurusu Genji、Ulrich Eldon L.、Hoch Jeffrey C.、Markley John L.
- 雑誌名
  
  Methods Molelcular Biology
  
  巻: 14 ページ: 187-218
- DOI
  10.1007/978-1-0716-0270-6_14
- ISBN
  9781071602690, 9781071602706
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152
[雑誌論文] How Does the Recently Discovered Peptide MIP Exhibit Much Higher Binding Affinity than an Anticancer Protein p53 for an Oncoprotein MDM22019
- 著者名/発表者名
  Yamada Tatsuya、Hayashi Tomohiko、Hikiri Simon、Kobayashi Naohiro、Yanagawa Hiroshi、Ikeguchi Mitsunori、Katahira Masato、Nagata Takashi、Kinoshita Masahiro
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 59 号: 8 ページ: 3533-3544
- DOI
  10.1021/acs.jcim.9b00226
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152, KAKENHI-PROJECT-19K14674, KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PROJECT-17H03663, KAKENHI-PUBLICLY-17H05878, KAKENHI-PROJECT-17K07307
[雑誌論文] Noise peak filtering in multi-dimensional NMR spectra using convolutional neural networks2018
- 著者名/発表者名
  Kobayashi, N., Hattori, Y., Nagata, T., Shinya, S., Guentert, P., Kojima, C., Fujiwara, T.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 34 号: 24 ページ: 4300-4301
- DOI
  10.1093/bioinformatics/bty581
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07312, KAKENHI-PROJECT-18K06152, KAKENHI-PUBLICLY-17H05836, KAKENHI-PUBLICLY-17H05873, KAKENHI-PROJECT-18J01012, KAKENHI-PROJECT-17H03641
[雑誌論文] Conjugation of two RNA aptamers improves binding affinity to AML1 Runt domain2017
- 著者名/発表者名
  Nomura Yusuke、Yamazaki Kaori、Amano Ryo、Takada Kenta、Nagata Takashi、Kobayashi Naohiro、Tanaka Yoichiro、Fukunaga Junichi、Katahira Masato、Kozu Tomoko、Nakamura Yoshikazu、Haishima Yuji、Torigoe Hidetaka、Sakamoto Taiichi
- 雑誌名
  
  J Biochem
  
  巻: 162 号: 6 ページ: 431-436
- DOI
  10.1093/jb/mvx049
- NAID
  40021421327
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07307, KAKENHI-PUBLICLY-17H05878, KAKENHI-PROJECT-15K06970, KAKENHI-PROJECT-26440026
[雑誌論文] Backbone and side chain assignments of the second RNA-binding domain of Musashi-1 in its free form and in complex with 5-mer RNA2017
- 著者名/発表者名
  Iwaoka Ryo、Nagata Takashi、Tsuda Kengo、Imai Takao、Okano Hideyuki、Kobayashi Naohiro、Katahira Masato
- 雑誌名
  
  Biomol NMR Assign
  
  巻: 11 号: 2 ページ: 265-268
- DOI
  10.1007/s12104-017-9760-9
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07307, KAKENHI-PUBLICLY-17H05878, KAKENHI-PROJECT-15K06970, KAKENHI-PROJECT-26440026
[雑誌論文] nmrML: A Community Supported Open Data Standard for the Description, Storage, and Exchange of NMR Data2017
- 著者名/発表者名
  Schober D., Jacob D., W.M., Cruz J.A.、Marcu A.、Grant J.R.、Moing A.、Deborde C.、de Figueiredo L.F.、Haug K.、Rocca-Serra P.、Easton J.、Ebbels T.M. D.、Yokochi M.、Kobayashi N.、... Neumann S.
- 雑誌名
  
  Analytical Chemistry
  
  巻: 90 号: 1 ページ: 649-656
- DOI
  10.1021/acs.analchem.7b02795
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06970
[雑誌論文] Solution structure of the first RNA recognition motif domain of human spliceosomal protein SF3b49 and its mode of interaction with a SF3b145 fragment2017
- 著者名/発表者名
  Kuwasako, K.
- 雑誌名
  
  Protein Science
  
  巻: 26 号: 2 ページ: 280-290
- DOI
  10.1002/pro.3080
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01548, KAKENHI-PROJECT-16H04756, KAKENHI-PROJECT-15K06945, KAKENHI-PROJECT-15K06970, KAKENHI-PROJECT-15K06982, KAKENHI-PROJECT-17K07312
[雑誌論文] Modern Technologies of Solution Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy for Three-dimensional Structure Determination of Proteins Open Avenues for Life Scientists2017
- 著者名/発表者名
  Sugiki Toshihiko、Kobayashi Naohiro、Fujiwara Toshimichi
- 雑誌名
  
  Computational and Structural Biotechnology Journal
  
  巻: 15 ページ: 328-339
- DOI
  10.1016/j.csbj.2017.04.001
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06970
[雑誌論文] OneDep: Unified wwPDB System for Deposition, Biocuration, and Validation of Macromolecular Structures in the PDB Archive.2017
- 著者名/発表者名
  Young JY, Westbrook JD, Feng Z, Sala R, Peisach E, Oldfield TJ, Sen S, Gutmanas A, Armstrong DR, Berrisford JM, Chen L, Chen M, Di Costanzo L, Dimitropoulos D, Gao G, Ghosh S, Gore S, Guranovic V, Hendrickx PM, Hudson BP, Igarashi R, Ikegawa Y, Kobayashi N et al.
- 雑誌名
  
  Structure
  
  巻: 25 号: 3 ページ: 536-545
- DOI
  10.1016/j.str.2017.01.004
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06970
[雑誌論文] Publication of nuclear magnetic resonance experimental data with semantic web technology and the application thereof to biomedical research of proteins2016
- 著者名/発表者名
  Masashi Yokochi, Naohiro Kobayashi, Eldon L. Ulrich, Akira R. Kinjo, Takeshi Iwata, Yannis E. Ioannidis, Miron Livny, John L. Markley, Haruki Nakamura, Chojiro Kojima, and Toshimichi Fujiwara
- 雑誌名
  
  J. Biomed. Semant.
  
  巻: 7 ページ: 16-16
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K14681
[雑誌論文] Publication of nuclear magnetic resonance experimental data with semantic web technology and the application thereof to biomedical research of proteins2016
- 著者名/発表者名
  Yokochi Masashi, Kobayashi Naohiro, Ulrich Eldon, Kinjo Akira, Iwata Takeshi, Ioannidis Yannis, Livny Miron, Markley John, Nakamura Haruki, Kojima Chojiro, Fujiwara Toshimichi
- 雑誌名
  
  Journal of Biomedical Semantics
  
  巻: 7 号: 1 ページ: 1-4
- DOI
  10.1186/s13326-016-0057-1
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06970
[雑誌論文] A robust method for quantitative identification of ordered cores in an ensemble of biomolecular structures by non-linear multi-dimensional scaling using inter-atomic distance variance matrix2014
- 著者名/発表者名
  Naohiro Kobayashi
- 雑誌名
  
  J. Biomol. NMR
  
  巻: 58巻号: 1 ページ: 61-67
- DOI
  10.1007/s10858-013-9805-z
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[雑誌論文] 1H, 13C, and 15N resonance assignments of the dsRBDs of mouse RNA helicase A2013
- 著者名/発表者名
  Takashi Nagata T, Kengo Tsuda, Naohiro Kobayashi, Peter Guntert, Shigeyuki Yokoyama, and Yutaka Muto
- 雑誌名
  
  Biomolecular NMR Assignment
  
  巻: 7巻号: 1 ページ: 69-72
- DOI
  10.1007/s12104-012-9380-3
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116, KAKENHI-PROJECT-23370080, KAKENHI-PROJECT-23570146, KAKENHI-PUBLICLY-24113710, KAKENHI-PROJECT-25440032
[雑誌論文] ビッグデータ時代の生体高分子ＮＭＲデータベース、BioMagResBank (BMRB)　その有効利用とわが国における現状2013
- 著者名/発表者名
  小林直宏
- 雑誌名
  
  日本核磁気共鳴学会機関誌
  
  巻: 4 ページ: 121-124
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[雑誌論文] ビッグデータ時代の生体高分子NMRデータベース、BioMagResBank (BMRB)その有効利用とわが国における現状2013
- 著者名/発表者名
  小林直宏
- 雑誌名
  
  日本核磁気共鳴学会機関誌
  
  巻: 58巻ページ: 121-124
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[雑誌論文] Solution structures of the double-stranded RNA-binding domains from rna helicase A2012
- 著者名/発表者名
  Takashi Nagata, Kengo Tsuda, Naohiro Kobayashi, Mikako Shirouzu, Takanori, Kigawa, Peter Guntert, Shigeyuki Yokoyama, and Yutaka Muto
- 雑誌名
  
  Proteins
  
  巻: 80巻号: 6 ページ: 1699-1706
- DOI
  10.1002/prot.24059
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116, KAKENHI-PROJECT-23570146
[雑誌論文] Structural insight into the interaction of ADP-ribose with the PARP WWE domains2012
- 著者名/発表者名
  Fahu He, Kengo Tsuda, Mari Takahashi, Keiko Kuwasako, Takako Terada, Mikako Shirouzu, Satoru Watanabe, Takanori Kigawa, Naohiro Kobayashi, Peter Guntert, Shigeyuki Yokoyama, Yutaka Muto
- 雑誌名
  
  FEBS Lett.
  
  巻: 586巻号: 21 ページ: 3858-3864
- DOI
  10.1016/j.febslet.2012.09.009
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[雑誌論文] Structure of Musashi1 in a complex with target RNA : The role of aromatic stacking interactions2012
- 著者名/発表者名
  Ohyama, T., Nagata, T., Tsuda, K., Kobayashi, N., Imai, T., Okano, H., Yamazaki, T. and Katahira, M
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res
  
  巻: 10 号: 7 ページ: 3218-3231
- DOI
  10.1093/nar/gkr1139
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21370047, KAKENHI-PROJECT-22570116, KAKENHI-PROJECT-23570146, KAKENHI-PROJECT-23657072, KAKENHI-PUBLICLY-24121714
[雑誌論文] NMR study of xenotropic murine leukemia virus-related virus protease in a complex with amprenavir2012
- 著者名/発表者名
  Ayako Furukawa, Hideyasu Okamura, Ryo Morishita, Satoko Matsunaga, Naohiro Kobayashi, Takahisa Ikegami, Tsutomu Kodaki, Akifumi Takaori-Kondo, Ryo Akihide, Takashi Nagata, Masato Katahira
- 雑誌名
  
  Biochem Biophys Res Commun.
  
  巻: 24巻号: 2 ページ: 284-289
- DOI
  10.1016/j.bbrc.2012.07.083
- NAID
  120004873605
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116, KAKENHI-PROJECT-23390110, KAKENHI-PROJECT-23570146, KAKENHI-PROJECT-24390115, KAKENHI-PUBLICLY-24113710, KAKENHI-PLANNED-24115004, KAKENHI-PUBLICLY-24121714
[雑誌論文] An automated system designed for large scale NMR data deposition and annotation : Application to over 600 assigned chemical shift data entries to the BioMagResBank from the RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative internal database2012
- 著者名/発表者名
  Naohiro Kobayashi, Yoko Harano, Naoya Tochio, Eiichi Nakatani, Takanori Kigawa, Shigeyuki Yokoyama, Steven Mading, Eldon L. Ulrich, John L. Markley, Hideo Akutsu and Toshimichi Fujiwara
- 雑誌名
  
  J. Biomol. NMR
  
  巻: 53巻号: 4 ページ: 311-320
- DOI
  10.1007/s10858-012-9641-6
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[雑誌論文] Solution structure of the Splicing Factor Motif (SFM) of the human Prp18 protein2012
- 著者名/発表者名
  He, F., Inoue, M., Kigawa, T., Takahashi, M., Kuwasako, K., Tsuda, K., Kobayashi, N., Terada, T., Shirouzu, M., Tanaka, A., Sugano, S., Guntert, P., Yokoyama, S., Muto, Y.
- 雑誌名
  
  Proteins
  
  巻: 80 号: 3 ページ: 968-974
- DOI
  10.1002/prot.24003
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21370045, KAKENHI-PROJECT-22570116, KAKENHI-PROJECT-23370080, KAKENHI-PROJECT-23570217, KAKENHI-PUBLICLY-23112723
[雑誌論文] Structural basis for the dual RNA-recognition modes of human Tra2-β RRM2011
- 著者名/発表者名
  Tsuda, K., Someya, T., Kuwasako, K., Takahashi, M., Fahu, H., Inoue, M., Harada, T., Watanabe, S., Terada, T., Kobayashi, N., Shirouzu, M., Kigawa, T., Tanaka, A., Sugano, S., Guntert, P., Yokoyama, S., Muto, Y.
- 雑誌名
  
  Nucl.Acids Res.
  
  巻: 39(4) 号: 4 ページ: 1538-1553
- DOI
  10.1093/nar/gkq854
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21370045, KAKENHI-PROJECT-22570116, KAKENHI-PROJECT-23570145
[雑誌論文] The NMR structure of FliK, the trigger for the switch of substrate specificity in the flagellar type III secretion appratus2011
- 著者名/発表者名
  S.Mizuno, H.Amida, N.Kobayashi, S.Aizawa, S.Tate
- 雑誌名
  
  J.Mol.Biol.
  
  巻: 409 号: 4 ページ: 558-573
- DOI
  10.1016/j.jmb.2011.04.008
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22018021, KAKENHI-PROJECT-22570116, KAKENHI-PUBLICLY-23107724, KAKENHI-PROJECT-23659024
[学会発表] Structural differences and Novel Polymorphs of Synthetic and brain-derived Aβ42 Fibrils by1H-detected SSNMR2020
- 著者名/発表者名
  A. Wickramasinghe, Y. Xiao, N. Kobayashi, T. Yamazaki and Y. Ishii
- 学会等名
  第59回NMR討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152
[学会発表] 多次元固体 MAS-NMR を用いたヘリオロドプシンの立体構造解析2020
- 著者名/発表者名
  鈴木しぶき，長島敏雄, 金子莉奈, 沖津貴志, 和田昭盛, 小林直宏, 山崎俊夫, 井上圭一, 神取秀樹, 川村出
- 学会等名
  第59回NMR討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152
[学会発表] 高速・高精度な MagRO による NMR 構造解析の完全自動化2020
- 著者名/発表者名
  小林直宏，杉木俊彦，南慎太朗，佐久間航也，長島敏雄，児嶋長次郎，藤原敏道，小杉貴洋，古賀理恵，古賀信康，山崎俊夫
- 学会等名
  第59回NMR討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152
[学会発表] Exploration of novel αβ protein folds by de novo design2020
- 著者名/発表者名
  南慎太郎、小林直宏、杉木俊彦、鈴木かの、千見寺浄慈、古賀理恵、古賀信康
- 学会等名
  64th BioPhysical Society Annual Meeting, SanDiego
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152
[学会発表] ヒト脂質輸送蛋白質CERがクラミジア封入体の膜蛋白Incにハイジャックされる分子機序の溶NMR解析2020
- 著者名/発表者名
  杉木俊彦，熊谷圭悟，新家粧子，小林直宏，藤原敏道，花田賢太郎，児嶋長次郎
- 学会等名
  第59回NMR討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152
[学会発表] Design of Globin-like Complicated Folds2020
- 著者名/発表者名
  佐久間航也、小林直宏、杉木俊彦、鈴木かの、小林直也、小杉貴洋、村田武士、古賀理恵、古賀信康
- 学会等名
  64th BioPhysical Society Annual Meeting, SanDiego
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152
[学会発表] 生体系NMRの最前線基礎から学ぶー構造解析自動化2020
- 著者名/発表者名
  小林直宏
- 学会等名
  令和２年蛋白研セミナー
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152
[学会発表] Nearly complete assignments for 23kDa membrane protein by solid-state NMR using MagRO system assisted by Graph_Robot based on finite automaton theory.2019
- 著者名/発表者名
  小林直宏、長嶋敏夫、山崎俊夫
- 学会等名
  第58回NMR討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152
[学会発表] Structural characterization of Aβ(1-42) fi brils in nano-mole scale by 1H-detected SSNMR under UFMASStructural characterization of Aβ(1-42) fi brils in nano-mole scale by 1H-detected SSNMR under UFMAS2019
- 著者名/発表者名
  Ayesha Wickramasinghe, Yiling Xiao、小林直宏、石井佳誉
- 学会等名
  第58回NMR討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152
[学会発表] Application of Deep Neural Networks for Highly Accurate NMR Structure Analysis by Deep-MagRO2018
- 著者名/発表者名
  Naohiro Kobayashi, Toshihiko Sugiki, Yoshikazu Hattori, Takashi Nagata, Shoko Shinya, Julia M. Wuerz, Rie Koga, Nobuyasu Koga, Peter Guentert, Chojiro Kojima and Toshimichi Fujiwara
- 学会等名
  ICMRBS2018
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152
[学会発表] Deep-MagRO: 深層学習を応用した高速かつ高精度な統合的NMR解析システム2018
- 著者名/発表者名
  小林直宏、杉木俊彦、永田崇、Peter Guentert, 児嶋長次郎、藤原敏道
- 学会等名
  第57回NMR討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06152
[学会発表] Highly automated NMR signal assignments using peak-noise recognition assisted by Deep Neural Networks2017
- 著者名/発表者名
  N. Kobayashi, T. Nagata , C. Kojima and T. Fujiwara
- 学会等名
  Gordon Research Conference
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06970
[学会発表] 人工知能世代のNMRデータベースと解析2017
- 著者名/発表者名
  小林直宏
- 学会等名
  第17回日本蛋白質科学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06970
[学会発表] 深層学習により強化されたNMR立体構造解析2017
- 著者名/発表者名
  小林直宏、永田崇、服部良一、新家粧子、J.M. Wurz, P. Guntert、児嶋長次郎、藤原敏道
- 学会等名
  第56回NMR討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06970
[学会発表] 統合化されたNMRデータベースの蛋白質研究への有効利用2016
- 著者名/発表者名
  小林直宏
- 学会等名
  第16回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場(福岡県、福岡市)
- 年月日
  2016-06-07
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06970
[学会発表] New generation of NMR analysis assisted by Deep Learning and highly sophisticated Web-tools developed by PDBj-BMRB2016
- 著者名/発表者名
  小林直宏
- 学会等名
  第54回生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場(茨城県、つくば市)
- 年月日
  2016-11-25
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06970
[学会発表] 深層学習に支援されたNMRシグナルの自動解析2016
- 著者名/発表者名
  小林直宏、服部良一、永田崇、児嶋長次郎、藤原敏道
- 学会等名
  第55回NMR討論会
- 発表場所
  広島国際会議場(広島県、広島市)
- 年月日
  2016-11-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06970
[学会発表] 高度化された生体高分子NMRデータベース2016
- 著者名/発表者名
  小林直宏、横地政史、岩田武史、児嶋長次郎、藤原敏道
- 学会等名
  トーゴーの日シンポジウム2016
- 発表場所
  東京大学弥生講堂(東京都、文京区)
- 年月日
  2016-10-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06970
[学会発表] New library system in MagRO for automated analysis of NMR data on biomacromolecules2016
- 著者名/発表者名
  N. Kobayashi, M. Yokochi, T. Iwata , J.L. Markley , E.L. Ulrich ,E. Schmidtc , P. Guntertc, Y. Hattori, C. Kojima and T. Fujiwara
- 学会等名
  ICMRBS 2016
- 発表場所
  国立京都国際会館（京都府、左京区)
- 年月日
  2016-08-21
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06970
[学会発表] New strategy for high-throughput NMR analysis using the NMR database BMRB and tools for automated NMR analysis, MagRO, FLYA and CYANA2015
- 著者名/発表者名
  Naohiro Kobayashi, Masashi Yokochi, Takeshi Iwata, Bikash Ranjan Sahoo, Takashi Nagata, John L. Markley, Eldon L. Ulrich, Elena Schmidt, Peter Guentert, Chojiro Kojima and Toshimichi Fujiwara
- 学会等名
  International Society of Magnetic Resonance 2016
- 発表場所
  CELAP, Shanghai, China
- 年月日
  2015-08-16
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06970
[学会発表] NMRデータベースBioMagResBankの統合的拡張と公開2015
- 著者名/発表者名
  小林直宏、横地政史、岩田武史、本野千恵、廣明秀一、児嶋長次郎、藤原敏道
- 学会等名
  第54回NMR討論会
- 発表場所
  千葉工業大学, 千葉県習志野市
- 年月日
  2015-11-06
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06970
[学会発表]2013
- 著者名/発表者名
  Naohiro Kobayashi
- 学会等名
  International Conference on Structural Genomics 2013
- 発表場所
  札幌市
- 年月日
  2013-07-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表]2013
- 著者名/発表者名
  永田崇,白川貴恵,小林直宏,始平堂弘和,片平正人,堀澤健一,土居信英,柳川弘志
- 学会等名
  第52回NMR討論会
- 発表場所
  金沢市
- 年月日
  2013-11-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] IVV法により取得した高選択的MDM2結合ペプチドによる MDM2: p53結合阻害の構造基盤2013
- 著者名/発表者名
  永田　崇，白川貴恵，小林直宏，始平堂弘和，片平正人，堀澤健一，土居信英，柳川弘志
- 学会等名
  第52回NMR討論会
- 発表場所
  金沢市
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] Multi-site binding of high affinity aptamer against AML1 Runt domain2013
- 著者名/発表者名
  天野亮,野村祐介,永田崇,小林直宏,森瑶子,福永淳一,田中陽一郎,片平正人,中村義一,神津知子,坂本泰一
- 学会等名
  第40回国際核酸化学シンポジウム
- 発表場所
  横浜市
- 年月日
  2013-12-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] 転写因子AML1に対して複数の結合部位を持つ高親和性RNAアプタマーの解析2013
- 著者名/発表者名
  天野亮,野村祐介,永田崇,小林直宏,森瑶子,福永淳一,田中陽一郎,片平正人,中村義一,神津知子,坂本泰一
- 学会等名
  第36回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  神戸市
- 年月日
  2013-12-06
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] 仮想化技術を活用した生体高分子の解析研究のすすめ2012
- 著者名/発表者名
  小林直宏
- 学会等名
  第12回蛋白質科学会年会
- 発表場所
  名古屋市
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] 化学シフトデータベースを利用した高精度なNMR構造評価システム2012
- 著者名/発表者名
  小林直宏
- 学会等名
  第51回NMR討論会
- 発表場所
  名古屋市
- 年月日
  2012-11-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] 仮想化技術を用いたNMRデータの統合的解析環境2012
- 著者名/発表者名
  小林直宏
- 学会等名
  第50回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋市
- 年月日
  2012-09-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] 仮想化技術による生体高分子NMR解析環境およびBMRBデータベースサーバーの統合化2012
- 著者名/発表者名
  小林直宏
- 学会等名
  トーゴーの日シンポジウム2012
- 発表場所
  東京
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] MagRO-Assign : A Tool for Automated Sequence Specific Assignment of Chemical Shifts for NMR Signals of Protein Backbone2011
- 著者名/発表者名
  Noahiro Kobayashi
- 学会等名
  EUROMAE2011
- 発表場所
  フランクフルト(ドイツ)
- 年月日
  2011-08-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] New server systems based on virtual computing for the database BMRB and MagRO-Tools for NMR analysis2011
- 著者名/発表者名
  Noahiro Kobayashi
- 学会等名
  第50回NMR討論会記念国際シンポジウムISMAR2011
- 発表場所
  横浜
- 年月日
  2011-11-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] New server systems based on virtual computing for the database BMRB and MagRO-Tools for NMR analysis2011
- 著者名/発表者名
  Naohiro Kobayashi, Takeshi Iwata, Yoko Harano, Chojiro Kojima, Haruki Nakamura, Toshimichi Fujiwara
- 学会等名
  第50回記念NMR討論会国際シンポジウム
- 発表場所
  横浜
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] MagRO-Assign : a tool for automated sequence specific assignment of chemical shifts for NMR signals of protein backbone2011
- 著者名/発表者名
  Naohiro Kobayashi, Ayako Furukawa, Soichiro Kitazawa, Takashi Nagata, Ryo Kitahara, Masato Katahira and Toshimichi Fujiwara
- 学会等名
  EUROMAR2011
- 発表場所
  Frankfurt (Germany)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] NMRデータと構造アンサンブル、解析手法の基礎と応用2011
- 著者名/発表者名
  小林直宏
- 学会等名
  新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識と機能発現」第二回若手育成講習会
- 発表場所
  大阪大学蛋白質研究所(大阪)(招待講演)
- 年月日
  2011-04-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] A molecular viewer and tools for analysis and validation of NMR data and structure ensembles2010
- 著者名/発表者名
  Naohiro Kobayashi
- 学会等名
  XXIVth International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems (ICMRBS)
- 発表場所
  Cairns convention centre (Australia)
- 年月日
  2010-08-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] 新しいデータ構造、データ評価法、自動解析技術によるNMR解析ツール群の開発2010
- 著者名/発表者名
  小林直宏
- 学会等名
  蛋白研セミナー「実験と計算機科学で解明する蛋白質機能構造」
- 発表場所
  大阪大学蛋白質研究所(大阪)(招待講演)
- 年月日
  2010-07-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116
[学会発表] オントロジー工学を利用したNMRデータ解析、評価およびデータベース登録を支援するツール、MagROシステムの開発2010
- 著者名/発表者名
  小林直宏
- 学会等名
  第49回NMR討論会
- 発表場所
  タワーホール船堀(東京)
- 年月日
  2010-11-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570116

1. 児嶋長次郎 (50333563)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 14件
2. 廣明秀一 (10336589)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
3. 本野千恵 (80415752)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
4. 杉木俊彦 (70635698)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 古板恭子 (30727665)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 石井佳誉 (40799045)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 永田崇

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 4件
8. ペーターギュンタート

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
9. 下村拓史

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
10. 片平正人

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
11. 楯真一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

小林 直宏 Kobayashi Naohiro

研究課題

研究成果

共同研究者

機械学習・理論計算・実測データを活用した生体高分子の動的状態を可視化する新規技術研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

超高分解能固体NMRと自動解析による非結晶性生体高分子と先端材料構造解析の新機軸

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

人工知能型自動NMRデータ解析システムの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

NMR分子置換法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

データベースを利用したNMR創薬支援パイプラインの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

データベースを有効活用した学習型ＮＭＲシグナル自動解析システムの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

フラグメント間相互作用を利用した蛋白質立体構造形成機構の研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

合成ペプチドによる蛋白質立体構造形成過程の研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Mechanism of hERG inhibition by gating-modifier toxin, APETx1, deduced by functional characterization2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Robust folding of a de novo designed ideal protein even with most of the core mutated to valine.2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Crystal contact-free conformation of an intrinsically flexible loop in protein crystal: Tim21 as the case study2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Nucleus Accumbens-Associated Protein 1 Binds DNA Directly through the BEN Domain in a Sequence-Specific Manner2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Solution structure of Gaussia Luciferase with five disulfide bonds and identification of a putative coelenterazine binding cavity by heteronuclear NMR.2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] H, 13C and 15N resonance assignment of the YTH domain of YTHDC2.2020

著者名/発表者名

小林直宏 Kobayashi Naohiro

[雑誌論文] ビッグデータ時代の生体高分子ＮＭＲデータベース、BioMagResBank (BMRB)　その有効利用とわが国における現状2013