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中村 卓  Nakamura Takashi

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 80344050
その他のID
所属 (現在) 2025年度: 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2024年度 – 2025年度: 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 教授
2021年度 – 2023年度: 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 准教授
2016年度 – 2018年度: 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 准教授
2006年度 – 2007年度: 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 講師
2003年度: 理研, 研究員
2002年度: 理化学研究所, レメディエーション研究チーム, 基礎科学特別研究員
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分64010:環境負荷およびリスク評価管理関連 / 遷移状態制御 / 応用生物化学 / 応用微生物学・応用生物化学
研究代表者以外
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 小区分64010:環境負荷およびリスク評価管理関連
キーワード
研究代表者
ハロ酸脱ハロゲン化酵素 / 分子動力学計算 / グラフニューラルネットワーク / 記述子 / 予測モデル構築 / Rs値 / パッシブサンプリング法 / 機能改良 / 量子化学計算 / 遷移状態解析 … もっと見る / 計算結果と実験結果の対応 / 反応経路自動探索プログラム / 遷移状態構造探索 / 酵素反応 / 加水分解反応 / 反応経路自動探索 / 実験結果と計算結果の対応 / 活性化エネルギー / 遷移状態構造 / 計算精度 / QM/MM計算 / 遷移状態エネルギー分割法 / 環境汚染物質分解 / ドッキングシミュレーション / フラグメント間分子相互作用エネルギー / フラグメント分子軌道法 / 酵素反応機構解析 / L-DEX YL / ホモロジーモデリング / 酵素分解機構解明 / ペンタクロロフェノール / バイオレメディエーション … もっと見る
研究代表者以外
出芽酵母 / 機械学習 / 機能アノテーション / オミックス解析 / 金属イオン結合アッセイ / X線結晶構造解析 / メタボローム解析 / 結合アッセイ / モニタリング / 微量化学物質 / POCIS 隠す
  • 研究課題

    (7件)
  • 研究成果

    (5件)
  • 共同研究者

    (7人)
  •  立体構造情報に基づく生物学的意味をもつ金属結合タンパク質予測

    • 研究代表者
      塩生 真史
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
    • 研究機関
      長浜バイオ大学
  •  多変量解析や機械学習で推定したパラメータによる水環境モニタリング法の作業効率改善研究代表者

    • 研究代表者
      中村 卓
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分64010:環境負荷およびリスク評価管理関連
    • 研究機関
      長浜バイオ大学
  •  補因子結合予測と実験検証の組み合わせにより未同定の酵素を明らかにできるか?

    • 研究代表者
      塩生 真史
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
    • 研究機関
      長浜バイオ大学
  •  水中残留化学物質の生態系曝露量を精度高くモニタリングする改良型POCISの開発

    • 研究代表者
      須戸 幹
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2025
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分64010:環境負荷およびリスク評価管理関連
    • 研究機関
      滋賀県立大学
  •  酵素の機能改良のための遷移状態解析法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      中村 卓
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      遷移状態制御
    • 研究機関
      長浜バイオ大学
  •  ハロ酸脱ハロゲン化酵素の酵素反応機構解析とその有害物質分解と有用物質生産への応用研究代表者

    • 研究代表者
      中村 卓
    • 研究期間 (年度)
      2006 – 2007
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      応用生物化学
    • 研究機関
      長浜バイオ大学
  •  コンピューターモデリングを活用した高効率有害物質分解酵素の創出研究代表者

    • 研究代表者
      中村 卓
    • 研究期間 (年度)
      2002 – 2003
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      応用微生物学・応用生物化学
    • 研究機関
      特殊法人理化学研究所

すべて 2022 2019 2018 2016

すべて 学会発表

  • [学会発表] Prediction of novel PLP-binding proteins using graph neural network2022

    • 著者名/発表者名
      Masafumi Shionyu, Momoka Nakamoto, Atsushi Hijikata, Takashi Nakamura, Yukio Mukai
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会(千葉)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K24945
  • [学会発表] ハロ酸デハロゲナーゼL-DEX YLの触媒する脱ハロゲン化反応の量子化学計算 による反応経路特定2019

    • 著者名/発表者名
      田中 悠介、中村 卓、近藤 洋隆、渡邉 博文、田中 成典
    • 学会等名
      日本化学会 第99春季年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16KT0166
  • [学会発表] 量子化学計算による酵素反応機構解析2018

    • 著者名/発表者名
      中村 卓
    • 学会等名
      静岡大学理学部 生体分子化学特別講演会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16KT0166
  • [学会発表] QM/MM法によるハロ酸脱ハロゲン化酵素L-DEX YLのフルオロ酢酸分解反応の機構解析2018

    • 著者名/発表者名
      中村 卓、近藤 洋隆、渡邉 博文、田中 成典
    • 学会等名
      日本化学会 第12回バイオ関連化学シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16KT0166
  • [学会発表] Computational analysis of defluorination of fluoroacetic acid catalyzed by L-2-haloacid dehalogenase from Pseudomonas sp. YL2016

    • 著者名/発表者名
      中村 卓
    • 学会等名
      The Fifth International Conference on Cofactors & Active Enzyme Molecule 2016
    • 発表場所
      宇奈月国際会館「セレネ」(富山県黒部市)
    • 年月日
      2016-09-04
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16KT0166
  • 1.  塩生 真史 (30345847)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 1件
  • 2.  須戸 幹 (50206570)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 3.  向 由起夫 (60252615)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  藤本 和宏 (00511255)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  田中 成典 (10379480)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 6.  岩間 憲治 (60269727)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 7.  向 由紀夫
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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