福島敦史 FUKUSHIMA Atsushi

研究者番号	80415281
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 京都府立大学, 生命環境科学研究科, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2021年度 – 2024年度: 京都府立大学, 生命環境科学研究科, 教授 2020年度 – 2021年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 上級研究員 2015年度 – 2019年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 研究員 2014年度: 独立行政法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 研究員 2012年度: 独立行政法人理化学研究所, メタボローム情報チーム, 研究員 2011年度: 独立行政法人理化学研究所, メタボローム情報ユニット, 研究員
審査区分/研究分野	研究代表者園芸科学 / 小区分39020:作物生産科学関連 / 小区分39030:園芸科学関連 / 生体生命情報学研究代表者以外小区分38010:植物栄養学および土壌学関連 / 中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野 / 小区分37020:生物分子化学関連 / 小区分50010:腫瘍生物学関連 / 理工系
キーワード	研究代表者バイオインフォマティクス / トランスクリプトーム / 共発現解析 / データ統合 / 遺伝子共発現 / メタボローム / 遺伝子機能 / 機械学習 / 共発現ネットワーク解析 / バイオイフォマティクス … もっと見る / 園芸ゲノム科学・バイオインフォマティクス / 園芸ゲノム科学 / 統合データベース / トマト / ネットワーク推定 / ディファレンシャル共発現 / 遺伝子発現調節ネットワーク / ネットワーク解析 / 共発現差異 / マイクロアレイ / differential correlation / データ正規化 / トランスクリプトミクス … もっと見る研究代表者以外メタボローム / メタボロミクス / 生長制御 / micro RNA / オミックス / イネ / メチル化 / サクラクローン品種 / サクラ属 / DNAメチル化 / クローン品種 / サクラ / エピゲノム / LED / 二次代謝 / 一次代謝 / 機械学習 / 量子化学 / UVスペクトル / アントシアニン / 分子軌道計算 / 二次代謝物 / シロイヌナズナ / 植物 / 量子化学計算 / 悪性化 / がん / がん悪性化 / 口腔上皮がん / Galectin4 / 細胞接着 / 細胞移動能 / SLPI / アルカロイド / トランスクリプトミクス / 統合オミクス / 植物二次代謝 / 生合成隠す

数理情報科学とメタボローム解析による作物―環境間相互作用シグナル因子の同定研究代表者
- 研究代表者
  
  福島敦史
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分39020:作物生産科学関連
- 研究機関
  京都府立大学
イネ地上部生長に寄与するmicroRNA nexusの探索と制御因子の同定
- 研究代表者
  
  草野都
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分38010:植物栄養学および土壌学関連
- 研究機関
  筑波大学
植物遺伝子機能予測のための統合的学習アルゴリズムの開発と応用研究代表者
- 研究代表者
  
  福島敦史
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分39030:園芸科学関連
- 研究機関
  京都府立大学
   国立研究開発法人理化学研究所
サクラクローン品種をモデルとした代謝エピゲノムによる樹齢推定
- 研究代表者
  
  松本麻子
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2023
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 審査区分
  
  中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
- 研究機関
  国立研究開発法人森林研究・整備機構
狭波長LED照射に応答する植物メタボロームのデジタルケミカルマッピング
- 研究代表者
  
  草野都
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分37020:生物分子化学関連
- 研究機関
  筑波大学
タンパク質分解酵素阻害因子（SLPI）によるがん病態の悪性化誘導機構の検討
- 研究代表者
  
  三上剛和
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分50010:腫瘍生物学関連
- 研究機関
  新潟大学
統合ネットワークによる遺伝子機能予測モデルの高精度かつ持続的な構築法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  福島敦史
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2019
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  園芸科学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
ディファレンシャルネットワークによる作物有用形質に関与する遺伝子機能予測法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  福島敦史
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  園芸科学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
ポストゲノム機能解析を促進する新規データ統合手法の開発～新規共発現関係の探索～研究代表者
- 研究代表者
  
  福島敦史
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2012
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  独立行政法人理化学研究所
メタボロミクスによる植物成分生合成のゲノムマイニング
- 研究代表者
  
  齊藤和季 (斉藤和季)
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2014
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  千葉大学

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すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] Chapter "Plant Metabolomics: The Great Potential of Plant Metabolomics in Big Data Biology" in Plant Omics Advances in Big Data Biology (Edited by (Hajime Ohyanagi, Kentaro Yano, Eiji Yamamoto, Ai Kitazumi)2022
- 著者名/発表者名
  Miyako Kusano, Atsushi Fukushima
- 総ページ数
  17
- 出版者
  CABI
- ISBN
  9781789247510
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06043
[図書] Chapter 1 "Using the DiffCorr Package to Analyze and Visualize Differential Correlations in Biological Networks" In: Dehmer, Shi, Emmert-Streib, editors. Computational Network Analysis with R - Applications in Biology, Medicine and Chemistry2016
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima and Kozo Nishida
- 総ページ数
  34
- 出版者
  Wiley
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26850024
[雑誌論文] Transcriptomic, Hormonomic and Metabolomic Analyses Highlighted the Common Modules Related to Photosynthesis, Sugar Metabolism and Cell Division in Parthenocarpic Tomato Fruits during Early Fruit Set2022
- 著者名/発表者名
  Kusano Miyako、Worarad Kanjana、Fukushima Atsushi et al.
- 雑誌名
  
  Cells
  
  巻: 11 号: 9 ページ: 1420-1420
- DOI
  10.3390/cells11091420
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06043
[雑誌論文] Maize specialized metabolome networks reveal organ-preferential mixed glycosides2021
- 著者名/発表者名
  Desmet Sandrien、Saeys Yvan、Verstaen Kevin、Dauwe Rebecca、Kim Hoon、Niculaes Claudiu、Fukushima Atsushi、Goeminne Geert、Vanholme Ruben、Ralph John、Boerjan Wout、Morreel Kris
- 雑誌名
  
  Computational and Structural Biotechnology Journal
  
  巻: 19 ページ: 1127-1144
- DOI
  10.1016/j.csbj.2021.01.004
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06043
[雑誌論文] Development of RIKEN Plant Metabolome MetaDatabase2021
- 著者名/発表者名
  Fukushima Atsushi、Takahashi Mikiko、Nagasaki Hideki、Aono Yusuke、Kobayashi Makoto、Kusano Miyako、Saito Kazuki、Kobayashi Norio、Arita Masanori
- 雑誌名
  
  Plant and Cell Physiology
  
  巻: 63 号: 3 ページ: 433-440
- DOI
  10.1093/pcp/pcab173
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06043
[雑誌論文] Defective cytokinin signaling reprograms lipid and flavonoid gene-to-metabolite networks to mitigate high salinity in <i>Arabidopsis</i>2021
- 著者名/発表者名
  Abdelrahman Mostafa、Nishiyama Rie、Tran Cuong Duy、Kusano Miyako、Nakabayashi Ryo、Okazaki Yozo、Matsuda Fumio、Ch?vez Montes Ricardo A.、Mostofa Mohammad Golam、Li Weiqiang、Watanabe Yasuko、Fukushima Atsushi、Tanaka Maho、Seki Motoaki、Saito Kazuki、Herrera-Estrella Luis、Tran Lam-Son Phan
- 雑誌名
  
  Proceedings of the National Academy of Sciences
  
  巻: 118 号: 48
- DOI
  10.1073/pnas.2105021118
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06043
[雑誌論文] Metabolite and Phytohormone Profiling Illustrates Metabolic Reprogramming as an Escape Strategy of Deepwater Rice during Partially Submerged Stress2020
- 著者名/発表者名
  Fukushima Atsushi、Kuroha Takeshi、Nagai Keisuke、Hattori Yoko、Kobayashi Makoto、Nishizawa Tomoko、Kojima Mikiko、Utsumi Yoshinori、Oikawa Akira、Seki Motoaki、Sakakibara Hitoshi、Saito Kazuki、Ashikari Motoyuki、Kusano Miyako
- 雑誌名
  
  Metabolites
  
  巻: 10 号: 2 ページ: 68-68
- DOI
  10.3390/metabo10020068
- NAID
  120007132876
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06274, KAKENHI-PROJECT-19K15815, KAKENHI-PROJECT-17K07663
[雑誌論文] Cytosolic GLUTAMINE SYNTHETASE1;1 Modulates Metabolism and Chloroplast Development in Roots2020
- 著者名/発表者名
  Kusano Miyako、Fukushima Atsushi、Tabuchi-Kobayashi Mayumi、Funayama Kazuhiro、Kojima Soichi、Maruyama Kyonoshin、Yamamoto Yoshiharu Y.、Nishizawa Tomoko、Kobayashi Makoto、Wakazaki Mayumi、Sato Mayuko、Toyooka Kiminori、Osanai-Kondo Kumiko、Utsumi Yoshinori、Seki Motoaki、Fukai Chihaya、Saito Kazuki、Yamaya Tomoyuki
- 雑誌名
  
  Plant Physiology
  
  巻: 182 号: 4 ページ: 1894-1909
- DOI
  10.1104/pp.19.01118
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07477, KAKENHI-PROJECT-17K07663
[雑誌論文] Integrative omics approaches revealed a crosstalk among phytohormones during tuberous root development in cassava2020
- 著者名/発表者名
  Utsumi Yoshinori、Tanaka Maho、Utsumi Chikako、Takahashi Satoshi、Matsui Akihiro、Fukushima Atsushi、Kobayashi Makoto、Sasaki Ryosuke、Oikawa Akira、Kusano Miyako、Saito Kazuki、Kojima Mikiko、Sakakibara Hitoshi、Sojikul Punchapat、Narangajavana Jarunya、Seki Motoaki
- 雑誌名
  
  Plant Molecular Biology
  
  巻: - 号: 3 ページ: 249-269
- DOI
  10.1007/s11103-020-01033-8
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06043
[雑誌論文] Comparative co-expression network analysis extracts the <i>SlHSP70</i> gene affecting to shoot elongation of tomato2019
- 著者名/発表者名
  Vu Nam Tuan、Kamiya Ken、Fukushima Atsushi、Hao Shuhei、Ning Wang、Ariizumi Tohru、Ezura Hiroshi、Kusano Miyako
- 雑誌名
  
  Ｐｌａｎｔ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
  
  巻: 36 号: 3 ページ: 143-153
- DOI
  10.5511/plantbiotechnology.19.0603a
- NAID
  130007724757
- ISSN
  1342-4580, 1347-6114
- 年月日
  2019-09-25
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07663
[雑誌論文] メタボロームデータ解析および解釈に資する可視化手法2019
- 著者名/発表者名
  神谷健、草野都、福島敦史
- 雑誌名
  
  日本化学会情報化学部会誌
  
  巻: 37 号: 3 ページ: 72
- DOI
  10.11546/cicsj.37.72
- NAID
  130007753679
- ISSN
  0913-3747, 1347-2283
- 言語
  日本語
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K05711, KAKENHI-PROJECT-17K07663
[雑誌論文] 量子化学計算による植物が生産するUV-B防御物質の物性値予測2019
- 著者名/発表者名
  KUWAHATA Kazuaki、SAKUMA Yui、KAWASHIMA Yukio、FUKUSHIMA Atsushi、NAGASHIMA Umpei、KUSANO Miyako、TACHIKAWA Masanori
- 雑誌名
  
  Journal of Computer Chemistry, Japan
  
  巻: 18 号: 2 ページ: 108-114
- DOI
  10.2477/jccj.2019-0002
- NAID
  130007684613
- ISSN
  1347-1767, 1347-3824
- 言語
  日本語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K05711, KAKENHI-PROJECT-17K07663
[雑誌論文] HEAT INDUCIBLE LIPASE1 Remodels Chloroplastic Monogalactosyldiacylglycerol by Liberating α-Linolenic Acid in Arabidopsis Leaves under Heat Stress2018
- 著者名/発表者名
  Yasuhiro Higashi, Yozo Okazaki, Kouji Takano, Fumiyoshi Myouga, Kazuo Shinozaki, Eva Knoch, Atsushi Fukushima, Kazuki Saito
- 雑誌名
  
  Plant Cell
  
  巻: 30 号: 8 ページ: 1887-1905
- DOI
  10.1105/tpc.18.00347
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07663
[雑誌論文] High Impact Gene Discovery: Simple Strand-Specific mRNA Library Construction and Differential Regulatory Analysis Based on Gene Co-Expression Network2018
- 著者名/発表者名
  Yasunori Ichihashi, Atsushi Fukushima, Arisa Shibata, Ken Shirasu
- 雑誌名
  
  Methods in Molecular Biology
  
  巻: 1830 ページ: 163-189
- DOI
  10.1007/978-1-4939-8657-6_11
- ISBN
  9781493986569, 9781493986576
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07663, KAKENHI-ORGANIZER-15H05955, KAKENHI-PLANNED-15H05959, KAKENHI-PROJECT-17H06172
[雑誌論文] High Impact Gene Discovery: Simple Strand Specific mRNA Library Construction and Differential Regulatory Analysis Based on Gene Co-expression Network2018
- 著者名/発表者名
  Yasunori Ichihashi, Atsushi Fukushima, Arisa Shibata, Ken Shirasu
- 雑誌名
  
  Methods in Molecular Biology
  
  巻: 印刷中
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07663
[雑誌論文] Third DWF1 paralog in Solanaceae, sterol Δ24-isomerase, branches withanolide biosynthesis from the general phytosterol pathway2018
- 著者名/発表者名
  Eva Knoch, Satoko Sugawara, Tetsuya Mori, Christian Poulsen, Atsushi Fukushima, Jesper Harholt, Yoshinori Fujimoto, Naoyuki Umemoto, Kazuki Saito
- 雑誌名
  
  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
  
  巻: 115 号: 34
- DOI
  10.1073/pnas.1807482115
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07663, KAKENHI-PROJECT-17F17749
[雑誌論文] Metabolic Reprogramming in Leaf Lettuce Grown Under Different Light Quality and Intensity Conditions Using Narrow-Band LEDs2018
- 著者名/発表者名
  Kazuyoshi Kitazaki, Atsushi Fukushima, Ryo Nakabayashi, Yozo Okazaki, Makoto Kobayashi, Tetsuya Mori, Tomoko Nishizawa, Sebastian Reyes-Chin-Wo, Richard W. Michelmore, Kazuki Saito, Kazuhiro Shoji, Miyako Kusano
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 印刷中
- NAID
  120007134064
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07663
[雑誌論文] A Systems Analysis With “Simplified Source-Sink Model” Reveals Metabolic Reprogramming in a Pair of Source-to-Sink Organs During Early Fruit Development in Tomato by LED Light Treatments2018
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima, Shoko Hikosaka, Makoto Kobayashi, Tomoko Nishizawa, Kazuki Saito, Eiji Goto, Miyako Kusano
- 雑誌名
  
  Frontiers in Plant Science
  
  巻: 9 ページ: 1439-1439
- DOI
  10.3389/fpls.2018.01439
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07663
[雑誌論文] Effects of Combined Low Glutathione with Mild Oxidative and Low Phosphorus Stress on the Metabolism of Arabidopsis thaliana2017
- 著者名/発表者名
  3.Atsushi Fukushima, Mami Iwasa, Ryo Nakabayashi, Makoto Kobayashi, Tomoko Nishizawa, Yozo Okazaki, Kazuki Saito, Miyako Kusano
- 雑誌名
  
  Frontiers in Plant Science
  
  巻: 8 ページ: 1464-1464
- DOI
  10.3389/fpls.2017.01464
- NAID
  120007134052
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07663
[雑誌論文] eQTLs Regulating Transcript Variations Associated with Rapid Internode Elongation in Deepwater Rice2017
- 著者名/発表者名
  1.Takeshi Kuroha, Keisuke Nagai, Yusuke Kurokawa, Yoshiaki Nagamura, Miyako Kusano, Hideshi Yasui, Motoyuki Ashikari, Atsushi Fukushima
- 雑誌名
  
  Frontiers in Plant Science
  
  巻: 8 ページ: 1753-1753
- DOI
  10.3389/fpls.2017.01753
- NAID
  120007134740
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07663, KAKENHI-PROJECT-16K18565, KAKENHI-PLANNED-17H06473
[雑誌論文] Comparative Characterization of the Leaf Tissue of Physalis alkekengi and Physalis peruviana Using RNA-seq and Metabolite Profiling2016
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima, Michimi Nakamura, Hideyuki Suzuki, Mami Yamazaki, Eva Knoch, Tetsuya Mori, Naoyuki Umemoto, Masaki Morita, Go Hirai, Mikiko Sodeoka, and Kazuki Saito
- 雑誌名
  
  Frontiers in Plant Science
  
  巻: 7 ページ: 1883-1883
- DOI
  10.3389/fpls.2016.01883
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H01167, KAKENHI-PROJECT-26850024, KAKENHI-PROJECT-15K12760, KAKENHI-PROJECT-26350967
[雑誌論文] 植物におけるオミックス統合ネットワークシステム生物学2016
- 著者名/発表者名
  福島　敦史
- 雑誌名
  
  SAR News
  
  巻: 31 ページ: 9-16
- 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26850024
[雑誌論文] 植物科学におけるトランスクリプトーム解析の最前線2016
- 著者名/発表者名
  市橋泰範、福島敦史
- 雑誌名
  
  植物科学の最前線（BSJ-Review）
  
  巻: -
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26850024
[雑誌論文] Assessing metabolomic and chemical diversity of a soybean lineage representing 35 years of breeding2015
- 著者名/発表者名
  Miyako Kusano, Ivan Baxter, Atsushi Fukushima, Akira Oikawa, Yozo Okazaki, Ryo Nakabayashi, Denise J. Bouvrette, Frederic Achard, Andrew R. Jakubowski, Joan M. Ballam, Jonathan R. Phillips, Angela H. Culler, Kazuki Saito, George G. Harrigan
- 雑誌名
  
  Metabolomics
  
  巻: 11 号: 2 ページ: 261-270
- DOI
  10.1007/s11306-014-0702-6
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26850024
[雑誌論文] Lack of cytosolic glutamine synthetase1;2 in vascular tissues of axillary buds caused severe reduction in their outgrowth and disorder of metabolic balance in rice seedlings2015
- 著者名/発表者名
  Ohashi, M., Ishiyama, K., Kusano, M., Fukushima, A., Kojima, S., Hanada, A., Kanno, K., Hayakawa, T., Seto, Y., Kyozuka, J., Yamaguchi, S., Yamaya, T.
- 雑誌名
  
  Plant J.
  
  巻: 81 号: 2 ページ: 347-356
- DOI
  10.1111/tpj.12731
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-22119001, KAKENHI-PLANNED-22119003, KAKENHI-PLANNED-22119008, KAKENHI-PROJECT-24580090, KAKENHI-PROJECT-26450073, KAKENHI-PROJECT-26850024
[雑誌論文] Using metabolomic approaches to explore chemical diversity in rice2015
- 著者名/発表者名
  Miyako Kusano, Zhigang Yang, Yozo Okazaki, Ryo Nakabayashi, Atsushi Fukushima, Kazuki Saito
- 雑誌名
  
  Molecular Plant
  
  巻: 8 号: 1 ページ: 58-67
- DOI
  10.1016/j.molp.2014.11.010
- NAID
  120007130222
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26850024
[雑誌論文] Integrated analysis of transcriptome and metabolome of Arabidopsis albino or pale green mutants with disrupted nuclear-encoded chloroplast proteins.2014
- 著者名/発表者名
  M. Satou, H. Enoki, A. Oikawa, D. Ohta, K. Saito, T. Hachiya, H. Sakakibara, M. Kusano, A. Fukushima, K. Saito, M. Kobayashi, N. Nagata, F. Myouga, K. Shinozaki, R. Motohashi
- 雑誌名
  
  Plant Molecular Biology
  
  巻: 85 号: 4-5 ページ: 411-428
- DOI
  10.1007/s11103-014-0194-9
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-25120727, KAKENHI-PROJECT-26440170, KAKENHI-PROJECT-26850024, KAKENHI-PLANNED-25113010
[雑誌論文] Metabolomic Characterization of Knockout Mutants in Arabidopsis: Development of a Metabolite Profiling Database for Knockout Mutants in Arabidopsis2014
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima, Miyako Kusano, Ramon Francisco Mejia, Mami Iwasa, Makoto Kobayashi, Naomi Hayashi, Akiko Watanabe-Takahashi, Tomoko Narisawa, Takayuki Tohge, Manhoi Hur, Eve Syrkin Wurtele, Basil J. Nikolau, Kazuki Saito
- 雑誌名
  
  Plant Physiology
  
  巻: 165 号: 3 ページ: 948-961
- DOI
  10.1104/pp.114.240986
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26850024
[雑誌論文] Integrated network analysis and effective tools in plant systems biology2014
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima, Shigehiko Kanaya, Kozo Nishida
- 雑誌名
  
  Frontiers in Plant Science
  
  巻: 5 ページ: 598-598
- DOI
  10.3389/fpls.2014.00598
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26850024
[雑誌論文] A network perspective on nitrogen metabolism from model to crop plants using integrated “omics” approaches2014
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima, Miyako Kusano
- 雑誌名
  
  Journal of Experimental Botany
  
  巻: 65 号: 19 ページ: 5619-5630
- DOI
  10.1093/jxb/eru322
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26850024
[雑誌論文] DiffCorr: an R package to analyze and visualize differential correlations in biological networks2013
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima
- 雑誌名
  
  Gene
  
  巻: 518 ページ: 209-214
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[雑誌論文] Recent progress in the development of metabolome databases for plant systems biology2013
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima
- 雑誌名
  
  Front. Plant Sci.
  
  巻: 4 ページ: 73-73
- DOI
  10.3389/fpls.2013.00073
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[雑誌論文] Coupling deep transcriptome analysis with untargeted metabolic profiling in Ophiorrhiza pumila to further the understanding of the biosynthesis of the anti-cancer alkaloid camptothecin and anthraquinones2013
- 著者名/発表者名
  Mami Yamazaki, Keiichi Mochida, Takashi Asano, Ryo Nakabayashi, Motoaki Chiba, Udomson Nirin, Yasuyo Yamazaki, Dayan B. Goodenowe, Ushio Sankawa, Takuhiro Yoshida, Atsushi Toyoda, Yasushi Totoki, Yoshiyuki Sakaki, Elsa Góngora-Castill, C. Robin Buell, Tetsuya Sakurai and Kazuki Saito
- 雑誌名
  
  Plant Cell Physiol.
  
  巻: 54 号: 5 ページ: 686-696
- DOI
  10.1093/pcp/pct040
- NAID
  10031177048
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22108008, KAKENHI-PROJECT-24570041
[雑誌論文] Transcriptome data modeling : an approach toward target identification for plant metabolic engineering2013
- 著者名/発表者名
  Keiko Yonekura-Sakakibara, Atsushi Fukushima, Kazuki Saito
- 雑誌名
  
  Curr. Opin. Biotechnol
  
  巻: 24 ページ: 285-290
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[雑誌論文] Recent progress in the development of metabolome databases for plant systems biology2013
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima, Miyako Kusano
- 雑誌名
  
  Front. Plant Sci
  
  巻: 4 ページ: 73-73
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[雑誌論文] Two glycosyltransferases involved in anthocyanin modification delineated by transcriptome independent component analysis in Arabidopsis thaliana2012
- 著者名/発表者名
  Keiko Yonekura-Sakakibara, Atsushi Fukushima, Ryo Nakabayashi, Kousuke Hanada, Fumio Matsuda, Satoko Sugawara, Eri Inoue, Takashi Kuromori, Takuya Ito, Kazuo Shinozaki, Bunyapa Wangwattana, Mami Yamazaki, Kazuki Saito.
- 雑誌名
  
  Plant J.
  
  巻: 69 ページ: 154-167
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22108008
[雑誌論文] Exploring tomato gene functions based on coexpression modules using graph clustering and differential coexpression approaches2012
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima, Tomoko Nishizawa, Mariko Hayakumo, Shoko Hikosaka, Kazuki Saito, Eiji Goto, Miyako Kusano
- 雑誌名
  
  Plant Physiol
  
  巻: 158 ページ: 1487-1502
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[雑誌論文] Deciphering starch quality of rice kernels using metabolite profiling and pedigree network analysis2012
- 著者名/発表者名
  Miyako Kusano, Atsushi Fukushima, Naoko Fujita, Yozo Okazaki, Makoto Kobayashi, Naoko Fujita Oitome, Kaworu Ebana, Kazuki Saito
- 雑誌名
  
  Mol. Plant
  
  巻: 5 ページ: 442-451
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[雑誌論文] Exploring tomato gene functions based on coexpression modules using graph clustering and differential coexpression approaches2012
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima
- 雑誌名
  
  Plant Physiol.
  
  巻: 158 号: 4 ページ: 1487-1502
- DOI
  10.1104/pp.111.188367
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[雑誌論文] Transcriptional and metabolic programs following exposure of plants to UV-B irradiation2011
- 著者名/発表者名
  Takayuki Tohge, Miyako Kusano, Atsushi Fukushima, Kazuki Saito, Alisdair R. Fernie
- 雑誌名
  
  Plant Signal. Behav
  
  巻: 6 ページ: 1987-1992
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[雑誌論文] Metabolomics reveals comprehensive reprogramming involving two independent metabolic responses of Arabidopsis to ultraviolet-B light2011
- 著者名/発表者名
  Miyako Kusano, Takayuki Tohge, Atsushi Fukushima, Makoto Kobayashi, Naomi Hayashi, Hitomi Otsuki, Youichi Kondou, Hiroto Goto, Mika Kawashima, Fumio Matsuda, Rie Niida, Minami Matsui, Kazuki Saito, Alisdair R. Fernie
- 雑誌名
  
  Plant J
  
  巻: 67 ページ: 354-369
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[雑誌論文] Current challenges and future potential of tomato breeding using omics approaches
- 著者名/発表者名
  Miyako Kusano, Atsushi Fukushima
- 雑誌名
  
  Breed. Sci
  
  巻: (in press)
- NAID
  10031151522
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[学会発表] 生育環境の違いによる'染井吉野'の全ゲノムメチル化比較2023
- 著者名/発表者名
  松本麻子・川口晃平・福島敦史・加藤珠理・草野都・小林誠
- 学会等名
  第135回日本森林学会大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21344
[学会発表] 質量分析による植物メタボロミクスデータの情報解析と共有2023
- 著者名/発表者名
  福島敦史
- 学会等名
  2023年度日本計量生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06043
[学会発表] RIKEN Plant Metabolome MetaDatabaseの開発2022
- 著者名/発表者名
  福島敦史、高橋みき子、長崎英樹、青野佑亮、小林誠、草野都、斉藤和季、小林紀郎、有田正規
- 学会等名
  日本質量分析学会第70回質量分析総合討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06043
[学会発表] 植物メタボロームデータの標準化と共有に向けた統合メタデータベースの開発2022
- 著者名/発表者名
  福島敦史, 高橋みき子, 長崎英樹, 小林誠, 草野都, 斉藤和季, 小林紀郎, 有田正規
- 学会等名
  第63回日本植物生理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06043
[学会発表] メタボロームデータの標準化と共有のための統合メタデータベース開発2021
- 著者名/発表者名
  福島敦史
- 学会等名
  第15回メタボロームシンポジウムプログラム
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06043
[学会発表] 植物メタボロームデータの標準化と共有に向けた統合メタデータベースの開発2021
- 著者名/発表者名
  福島敦史, 高橋みき子, 長崎英樹, 小林誠, 草野都, 斉藤和季, 小林紀郎, 有田正規
- 学会等名
  第38回日本植物バイオテクノロジー学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06043
[学会発表] Secretory leukocyte protease inhibitor による細胞移動能の制御機構に関する研究2020
- 著者名/発表者名
  三上剛和, 福島敦史, 水谷祐輔，早津学，小宮山一雄，牛木辰男
- 学会等名
  第125回日本解剖学会総会・全国学術集会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K07226
[学会発表] ディファレンシャルネットワークに基づく遺伝子機能予測2019
- 著者名/発表者名
  福島敦史
- 学会等名
  第37回日本植物細胞分子生物学会（京都）大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07663
[学会発表] 植物が生産するUV-B防御物質に対する光吸収スペクトルの理論計算2019
- 著者名/発表者名
  桑畑和明, 福島敦史, 長嶋雲兵, 草野都, 立川仁典
- 学会等名
  第13回メタボロ―ムシンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K05711
[学会発表] RIKEN Plant Metabolome MetaDatabase: An integrated plant metabolome data repository based on the semantic web2018
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima, Mikiko Takahashi, Nozomu Sakurai, Toshiaki Tokimatsu, Hideki Nagasaki, Hideki Hirakawa, Takeshi Ara, Masanori Arita, Norio Kobayashi
- 学会等名
  SWAT4HCLS 2018
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07663
[学会発表] 植物メタボロームデータの再解析・アノテーション高度化に向けた情報基盤整備2018
- 著者名/発表者名
  福島敦史, 津川裕司, 高橋みき子, 小林紀郎
- 学会等名
  第12回メタボロームシンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07663
[学会発表] MSEAp: Development of a metabolite set enrichment analysis toolkit for plant metabolomics community2018
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima and Kozo Nishida
- 学会等名
  第36回日本植物細胞分子生物学会（金沢）大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K07663
[学会発表] Let's Use R/Bioconductor and Log Your Analysis2014
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima
- 学会等名
  the 10th International conference of the Metabolomics Society (Metabolomics 2014)
- 発表場所
  Marica/Washington Hotel (山形県鶴岡市)
- 年月日
  2014-06-23
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26850024
[学会発表] 独立成分分析によるアントシアニン修飾関連配糖化酵素遺伝子の機能同定2012
- 著者名/発表者名
  榊原圭子, 福島敦史, 中林亮, 花田耕介, 松田史生, 菅原聡子, 井上恵理, 黒森崇, 伊藤卓也, 篠崎一雄, Wangwattana Bunyapa, 山崎真巳, 斉藤和季
- 学会等名
  第53回日本植物生理学会年会
- 発表場所
  京都, 日本
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[学会発表] Transcriptome Independent Component Analysis Lead to the Identification of Two Glycosyltransferases Involved in Anthocyanin Modification in Arabidopsis thaliana2012
- 著者名/発表者名
  Keiko Sakakibara, Atsushi Fukushima, Ryo Nakabayashi, Kousuke Hanada, Fumio Matsuda, Satoko Sugawara, Eri Inoue, Takashi Kuromori, Takuya Ito, Kazuo Shinozaki, Bunyapa Wangwattana, Mami Yamazaki, Kazuki Saito
- 学会等名
  26th International Conference on Polyphenols (ICP2012)
- 発表場所
  Florence, Italy
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[学会発表] DiffCorr: an R package to analyze and visualize differential correlations in biological networks2012
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima
- 学会等名
  PRIB 2012
- 発表場所
  Tokyo Japan
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[学会発表] DiffCorr: an R package to analyze and visualize differential correlations in biological networks2012
- 著者名/発表者名
  福島敦史
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会(2012年日本バイオインフォマティクス学会年会情報計算化学生物学会（CBI学会）年次大会オミックス医療研究会年会)
- 発表場所
  東京, 日本
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[学会発表] DiffCorr: an R package to analyze and visualize differential correlations in biological networks2012
- 著者名/発表者名
  福島敦史
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会(2012 年日本バイオインフォマティクス学会年会情報計算化学生物学会(CBI 学会)年次大会オミックス医療研究会年会)
- 発表場所
  東京, 日本
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[学会発表] DiffCorr: an R package to analyze and visualize differential correlations in biological networks2012
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima
- 学会等名
  PRIB 2012
- 発表場所
  Tokyo, Japan
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[学会発表] Characterizing coexpression modules using graph clustering and differential coexpression approaches in Solanum lycopersicum2012
- 著者名/発表者名
  福島敦史, 西澤具子, 早雲まり子, 彦坂晶子, 斉藤和季, 後藤英司, 草野都
- 学会等名
  第53回日本植物生理学会年会
- 発表場所
  京都, 日本
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[学会発表] Two Glycosyltransferases Involved in Anthocyanin Modification Delimited by Transcriptome Independent Component Analysis in Arabidopsis thaliana2011
- 著者名/発表者名
  Keiko Sakakibara, Atsushi Fukushima, Ryo Nakabayashi, Kousuke Hanada, Fumio Matsuda, Satoko Sugawara, Eri Inoue, Takashi Kuromori, Takuya Ito, Kazuo Shinozaki, Bunyapa Wangwattana, Mami Yamazaki, Kazuki Saito
- 学会等名
  Gordon Research Conference on Plant Metabolic Engineering, Waterville
- 発表場所
  Valley, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[学会発表] Exploring tomato gene functions based on coexpression modules using graph clustering approaches2011
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima, Tomoko Nishizawa, Mariko Hayakumo, Shoko Hikosaka, Kazuki Saito, Eiji Goto, Miyako Kusano
- 学会等名
  The 2011 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatic
- 発表場所
  Kobe, Japan
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[学会発表] Exploring tomato gene functions based on coexpression modules using graph clustering approaches2011
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima, Tomoko Nishizawa, Mariko Hayakumo, Shoko Hikosaka, Kazuki Saito, Eiji Goto, Miyako Kusano
- 学会等名
  The 2011 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
- 発表場所
  神戸国際会議場 (兵庫県)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[学会発表] Characterizing coexpression modules using graph clustering and differential correlation approaches in Solanum lycopersicum2011
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima, Tomoko Nishizawa, Mariko Hayakumo, Shoko Hikosaka, Kazuki Saito, Eiji Goto, Miyako Kusano
- 学会等名
  8th Solanaceare and 2nd Cucurbitaceae Joint Conference
- 発表場所
  神戸国際会議場 (兵庫県)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[学会発表] Characterizing coexpression modules using graph clustering and differential coexpression approaches in Solanum lycopersicum2011
- 著者名/発表者名
  Atsushi Fukushima, Tomoko Nishizawa, Mariko Hayakumo, Shoko Hikosaka, Kazuki Saito, Eiji Goto, Miyako Kusano
- 学会等名
  8th Solanaceae and 2nd Cucurbitaceae Genome Joint Conference (SOL&ICuGI2011)
- 発表場所
  Kobe, Japan
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23700355
[学会発表] トマト果実肥大に及ぼす代謝変動解明のためのシステム生物学的アプローチ
- 著者名/発表者名
  福島敦史,　西澤具子, 小林誠, 彦坂晶子, 後藤英司, 斉藤　和季, 草野　都
- 学会等名
  第32回日本植物細胞分子生物学会大会
- 発表場所
  アイーナ (いわて県民情報交流センター) (岩手県盛岡市)
- 年月日
  2014-08-21 – 2014-08-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26850024

1. 草野都 (60415148)

共同の研究課題数: 5件

共同の研究成果数: 2件
2. 齊藤和季 (00146705)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 山崎真巳 (70222370)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
4. 吉本尚子 (10415333)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 榊原圭子 (20360555)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
6. 中林亮 (30586160)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
7. 三上剛和 (80434075)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
8. 松本麻子 (90353862)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
9. 上原範久 (30368211)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 早津学 (40468898)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
11. 水谷祐輔 (40646238)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
12. 津田啓方 (60325470)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 立川仁典 (00267410)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
14. 青木裕一 (40747599)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
15. 加藤珠理 (90467217)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
16. 圓山恭之進 (10425530)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
17. 永田典子

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
18. 平井剛

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
19. 黒羽剛

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
20. 斉藤和季

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
21. 豊岡公徳

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
22. 経塚淳子

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
23. 山谷知行

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
24. 馬建鋒

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

福島 敦史 FUKUSHIMA Atsushi

研究課題

研究成果

共同研究者

数理情報科学とメタボローム解析による作物―環境間相互作用シグナル因子の同定研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

イネ地上部生長に寄与するmicroRNA nexusの探索と制御因子の同定

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

植物遺伝子機能予測のための統合的学習アルゴリズムの開発と応用研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

サクラクローン品種をモデルとした代謝エピゲノムによる樹齢推定

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

狭波長LED照射に応答する植物メタボロームのデジタルケミカルマッピング

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質分解酵素阻害因子（SLPI）によるがん病態の悪性化誘導機構の検討

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

統合ネットワークによる遺伝子機能予測モデルの高精度かつ持続的な構築法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ディファレンシャルネットワークによる作物有用形質に関与する遺伝子機能予測法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ポストゲノム機能解析を促進する新規データ統合手法の開発～新規共発現関係の探索～研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

メタボロミクスによる植物成分生合成のゲノムマイニング

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[図書] Chapter "Plant Metabolomics: The Great Potential of Plant Metabolomics in Big Data Biology" in Plant Omics Advances in Big Data Biology (Edited by (Hajime Ohyanagi, Kentaro Yano, Eiji Yamamoto, Ai Kitazumi)2022

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

ISBN

データソース

[図書] Chapter 1 "Using the DiffCorr Package to Analyze and Visualize Differential Correlations in Biological Networks" In: Dehmer, Shi, Emmert-Streib, editors. Computational Network Analysis with R - Applications in Biology, Medicine and Chemistry2016

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[雑誌論文] Transcriptomic, Hormonomic and Metabolomic Analyses Highlighted the Common Modules Related to Photosynthesis, Sugar Metabolism and Cell Division in Parthenocarpic Tomato Fruits during Early Fruit Set2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

福島敦史 FUKUSHIMA Atsushi