徳永裕二 Tokunaga Yuuji

研究者番号	80713354
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2021年度 – 2024年度: 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 2021年度: 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部 ), 助教 2017年度 – 2021年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究員 2016年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 創薬分子プロファイリング研究センター, 研究員
審査区分/研究分野	研究代表者小区分47020:薬系分析および物理化学関連 / 構造生物化学 / 学術変革領域研究区分(Ⅲ) 研究代表者以外中区分47:薬学およびその関連分野 / 小区分43040:生物物理学関連 / 小区分45010:遺伝学関連 / 小区分47020:薬系分析および物理化学関連
キーワード	研究代表者構造平衡 / 立体構造 / 溶液NMR法 / シグナル伝達 / キナーゼ / リン酸化 / 硫黄運搬 / システイン残基 / タンパク質 / 核磁気共鳴法 … もっと見る / p38 / ストレス応答 / pH / 核磁気共鳴（NMR）法 / MAPキナーゼ / リン酸化・脱リン酸化 / 核磁気共鳴NMR / 立体構造変化 / 過硫化・多硫化 / tRNA硫黄修飾 / 核磁気共鳴（NMR） / 過硫化／パーサルファイド化 / レドックス修飾 / 膜貫通領域 / 膜タンパク質 / レッドクス修飾 / 硫黄化修飾 / 重水素化 / 高分子量タンパク質 / 硫黄修飾 / システイン / NMR / 高分子量観測 / 核磁気共鳴 / tRNA修飾 / 過硫化 / 溶液NMR / 細胞内情報伝達 / 分子間相互作用 / 基質選択性 / ダイナミクス / 基質特異性 / MAPキナーゼp38 / pH依存性 / タンパク質キナーゼ / 構造生物学 / 酵素ー基質親和性 / His残基プロトン化 / 細胞応答 / 基質選別 … もっと見る研究代表者以外 NMR / 創薬基盤技術 / 創薬 / dielectric relaxation / RNA polymerase / hydration / fidelity / sub-THz / 水素結合ダイナミクス / アボーティブ転写 / ポージング / 転写開始 / RNAポリメラーゼ / 遺伝情報 / 転写調節 / テラヘルツ光 / 反復DNA配列 / 水 / 反復パターン / テラヘルツ / 水素結合 / 水和 / 溶液NMR / 水素結合ネットワーク / イミノプロトン / 反復配列 / 転写因子 / DNA / サブテラヘルツ / クリプトサイト / タンパク質 / 動的構造 / 動的相互作用 / 薬物 / 創薬作用点 / 薬剤設計 / 運動性 / 立体構造 / 膜透過活性 / モダリティ / 膜透過 / 中分子 / バイオ医薬 / 測定技術開発 / 非侵襲的 / 非破壊的 / 製剤条件 / バイオ医薬品 / 高次構造解析 / 創薬科学 / 高分子バイオ医薬隠す

酵素反応の正確性における水和の寄与：分子基盤の理解とサブテラヘルツ波による制御
- 研究代表者
  
  今清水正彦
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人産業技術総合研究所
キナーゼのリン酸化・脱リン酸化を介したシグナル伝達制御のNMR動的構造生物学研究代表者
- 研究代表者
  
  徳永裕二
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分47020:薬系分析および物理化学関連
- 研究機関
  東京大学
過硫化による機能調節メカニズムを解明するタンパク質NMR構造解析技術の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  徳永裕二
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2023
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅲ)
- 研究機関
  東京大学
中分子の膜透過を評価し膜透過活性を付与する創薬基盤技術の構築
- 研究代表者
  
  竹内恒
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2021
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 審査区分
  
  中区分47:薬学およびその関連分野
- 研究機関
  東京大学
   国立研究開発法人産業技術総合研究所
高活性化合物を創生し創薬標的の枯渇を解消する動的構造創薬技術の確立
- 研究代表者
  
  竹内恒
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分47020:薬系分析および物理化学関連
- 研究機関
  東京大学
   国立研究開発法人産業技術総合研究所
遺伝情報の再定義：DNAと水の協同運動を反映した反復配列の概念導入
- 研究代表者
  
  今清水正彦
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分45010:遺伝学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人産業技術総合研究所
膜タンパク質の膜貫通領域におけるシステイン残基を介したレドックス感知機構研究代表者
- 研究代表者
  
  徳永裕二
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分47020:薬系分析および物理化学関連
- 研究機関
  東京大学
   国立研究開発法人産業技術総合研究所
製剤条件でバイオ医薬の立体構造を非侵襲的に評価する新規NMR技術の開発
- 研究代表者
  
  竹内恒
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2019
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 審査区分
  
  中区分47:薬学およびその関連分野
- 研究機関
  国立研究開発法人産業技術総合研究所
機能的構造平衡に基づく刺激に適合したキナーゼシグナル選別機構の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  徳永裕二
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2018
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  構造生物化学
- 研究機関
  国立研究開発法人産業技術総合研究所
機能的構造平衡のNMR解析による刺激に適合したキナーゼシグナル選別機構の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  徳永裕二
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2017
- 研究種目
  
  研究活動スタート支援
- 研究分野
  
  構造生物化学
- 研究機関
  国立研究開発法人産業技術総合研究所

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017 2016

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Nonthermal acceleration of protein hydration by sub-terahertz irradiation2023
- 著者名/発表者名
  Sugiyama Jun-ichi、Tokunaga Yuji、Hishida Mafumi、Tanaka Masahito、Takeuchi Koh、Satoh Daisuke、Imashimizu Masahiko
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 14 号: 1 ページ: 2825-2825
- DOI
  10.1038/s41467-023-38462-0
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K18374, KAKENHI-PLANNED-19H05717, KAKENHI-PUBLICLY-22H04566, KAKENHI-PROJECT-23K27310, KAKENHI-PROJECT-20H03298
[雑誌論文] The oxidative folding of nascent polypeptides provides electrons for reductive reactions in the ER2023
- 著者名/発表者名
  Uegaki Kaiku、Tokunaga Yuji、Inoue Michio、Takashima Seiji、Inaba Kenji、Takeuchi Koh、Ushioda Ryo、Nagata Kazuhiro
- 雑誌名
  
  Cell Reports
  
  巻: 42 号: 7 ページ: 112742-112742
- DOI
  10.1016/j.celrep.2023.112742
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K18374, KAKENHI-PROJECT-21H02914, KAKENHI-PROJECT-23K23885, KAKENHI-PLANNED-21H05253, KAKENHI-PLANNED-21H05268, KAKENHI-PUBLICLY-22H05558, KAKENHI-PROJECT-21H04758, KAKENHI-PROJECT-23K27310
[雑誌論文] Repetitive DNA symmetry elements negatively regulate gene expression in embryonic stem cells2022
- 著者名/発表者名
  Mellul Meir、Lahav Shlomtzion、Imashimizu Masahiko、Tokunaga Yuji、Lukatsky David B.、Ram Oren
- 雑誌名
  
  Biophysical Journal
  
  巻: 121 号: 16 ページ: 3126-3135
- DOI
  10.1016/j.bpj.2022.07.011
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03298
[雑誌論文] Nonthermal excitation effects mediated by subterahertz radiation on hydrogen exchange in ubiquitin2021
- 著者名/発表者名
  Tokunaga Yuji、Tanaka Masahito、Iida Hitoshi、Kinoshita Moto、Tojima Yuya、Takeuchi Koh、Imashimizu Masahiko
- 雑誌名
  
  Biophysical Journal
  
  巻: 120 号: 12 ページ: 1-8
- DOI
  10.1016/j.bpj.2021.04.013
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K18731, KAKENHI-PROJECT-18H02393, KAKENHI-PROJECT-20H03298
[雑誌論文] Function-Related Dynamics in Multi-Spanning Helical Membrane Proteins Revealed by Solution NMR2021
- 著者名/発表者名
  Takeuchi Koh、Kofuku Yutaka、Imai Shunsuke、Ueda Takumi、Tokunaga Yuji、Toyama Yuki、Shiraishi Yutaro、Shimada Ichio
- 雑誌名
  
  Membranes
  
  巻: 11 号: 8 ページ: 604-604
- DOI
  10.3390/membranes11080604
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21494, KAKENHI-PUBLICLY-20H04722, KAKENHI-PROJECT-18H02393, KAKENHI-PROJECT-21H02619, KAKENHI-PROJECT-20K21473, KAKENHI-PROJECT-17H06097, KAKENHI-PUBLICLY-21H05509, KAKENHI-PROJECT-20H03375, KAKENHI-PROJECT-20H03378, KAKENHI-PROJECT-23K21289
[雑誌論文] Conformational Plasticity of Cyclic Ras‐Inhibitor Peptides Defines Cell Permeabilization Activity2021
- 著者名/発表者名
  Takeuchi Koh、Misaki Imai、Tokunaga Yuji、Fujisaki Miwa、Kamoshida Hajime、Takizawa Takeshi、Hanzawa Hiroyuki、Shimada Ichio
- 雑誌名
  
  Angewandte Chemie International Edition
  
  巻: 60 号: 12 ページ: 6567-6572
- DOI
  10.1002/anie.202016647
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21494, KAKENHI-PROJECT-17H06097
[雑誌論文] Role of NMR in High Ordered Structure Characterization of Monoclonal Antibodies2020
- 著者名/発表者名
  Tokunaga Yuji、Takeuchi Koh
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 22 号: 1 ページ: 46-46
- DOI
  10.3390/ijms22010046
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-20H04722, KAKENHI-PROJECT-20H03378
[雑誌論文] Spotlight on the Ballet of Proteins: The Structural Dynamic Properties of Proteins Illuminated by Solution NMR2020
- 著者名/発表者名
  Tokunaga Yuji、Viennet Thibault、Arthanari Haribabu、Takeuchi Koh
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 21 号: 5 ページ: 1829-1829
- DOI
  10.3390/ijms21051829
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K19415
[雑誌論文] Targeting the cryptic sites: NMR-based strategy to improve protein druggability by controlling the conformational equilibrium2020
- 著者名/発表者名
  Mizukoshi Yumiko、Takeuchi Koh、Tokunaga Yuji、Matsuo Hitomi、Imai Misaki、Fujisaki Miwa、Kamoshida Hajime、Takizawa Takeshi、Hanzawa Hiroyuki、Shimada Ichio
- 雑誌名
  
  Science Advances
  
  巻: 6 号: 40
- DOI
  10.1126/sciadv.abd0480
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-20H04722, KAKENHI-PROJECT-18H02393, KAKENHI-PROJECT-20H03378, KAKENHI-PROJECT-17H06097
[雑誌論文] Control of Transcription Initiation by Biased Thermal Fluctuations on Repetitive Genomic Sequences2020
- 著者名/発表者名
  Imashimizu Masahiko、Tokunaga Yuji、Afek Ariel、Takahashi Hiroki、Shimamoto Nobuo、Lukatsky David B.
- 雑誌名
  
  Biomolecules
  
  巻: 10 号: 9 ページ: 1299-1299
- DOI
  10.3390/biom10091299
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K18731, KAKENHI-PROJECT-20H03298
[雑誌論文] Structural Fingerprints of an Intact Monoclonal Antibody Acquired under Formulated Storage Conditions via 15N Direct Detection Nuclear Magnetic Resonance2020
- 著者名/発表者名
  Tokunaga Yuji、Takeuchi Koh、Okude Junya、Ori Kazutomo、Torizawa Takuya、Shimada Ichio
- 雑誌名
  
  Journal of Medicinal Chemistry
  
  巻: - 号: 10 ページ: 5360-5366
- DOI
  10.1021/acs.jmedchem.0c00231
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K07040, KAKENHI-PROJECT-18K19415, KAKENHI-PROJECT-18H02393, KAKENHI-PROJECT-17H06097
[雑誌論文] Forbidden Coherence Transfer of 19F Nuclei to Quantitatively Measure the Dynamics of a CF3-Containing Ligand in Receptor-Bound States2017
- 著者名/発表者名
  Tokunaga Yuji、Takeuchi Koh、Shimada Ichio
- 雑誌名
  
  Molecules
  
  巻: 22 号: 9 ページ: 1492-1492
- DOI
  10.3390/molecules22091492
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K15083, KAKENHI-PROJECT-17H06097
[学会発表] 核磁気共鳴法によるタンパク質の機能制御機構の解析とレドックス系への応用2023
- 著者名/発表者名
  徳永裕二
- 学会等名
  レドックス R&D 戦略研究会夏のシンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05558
[学会発表] 大腸菌由来tRNA硫黄修飾関連タンパク質TusEによる硫黄運搬の構造機構の溶液NMR解析2023
- 著者名/発表者名
  徳永裕二, 鴫直樹, 竹内恒
- 学会等名
  第96回日本生化学会大会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05558
[学会発表] 大腸菌由来tRNA硫黄修飾関連タンパク質TusEによる硫黄運搬の構造機構の溶液NMR解析2022
- 著者名/発表者名
  徳永裕二, 鴫直樹, 嶋田一夫, 竹内恒
- 学会等名
  第95回日本生化学会大会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05558
[学会発表] An NMR approach for elucidating the mechanism of functional regulation of proteins by persulfidation2022
- 著者名/発表者名
  Yuji Tokunaga, Naoki Shigi, Ichio Shimada, and Koh Takeuchi
- 学会等名
  Redox Week in Sendai 2022
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05558
[学会発表] 生体高分子水溶液への非熱的0.1THz励起作用2021
- 著者名/発表者名
  今清水正彦、杉山順一、田中真人、徳永裕二
- 学会等名
  第15回日本電磁波エネルギー応用学会シンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03298
[学会発表] Nonthermal Excitation Effects Mediated by Sub-Terahertz Radiation on Biomolecular Hydration Dynamics and Reactions.2021
- 著者名/発表者名
  今清水正彦、徳永裕二、田中真人、杉山順一
- 学会等名
  第59回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03298
[学会発表] 細胞透過性を決めるRas阻害環状ペプチドの構造的柔軟性2020
- 著者名/発表者名
  竹内恒，今井美咲, 徳永裕二,藤崎美和, 鴨志田一, 滝沢剛, 半沢宏之,嶋田一夫
- 学会等名
  第59回 NMR 討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21494
[学会発表] 15N直接検出NMR法による製剤・保存条件におけるモノクローナル抗体の非破壊的観測2020
- 著者名/発表者名
  徳永裕二、竹内恒、奥出順也、小里一友、鳥澤拓也、嶋田一夫
- 学会等名
  第59回NMR討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K07040
[学会発表] 遺伝情報とDNAの物性をつなげる：DNAと水の水素結合ダイナミクスから見た転写調節機能2020
- 著者名/発表者名
  今清水正彦、徳永裕二、田中真人、高橋弘喜
- 学会等名
  第92回日本遺伝学会大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03298
[学会発表] テラバイオロジー：テラヘルツ領域の分子運動から生物機能を理解する2020
- 著者名/発表者名
  今清水正彦、徳永裕二、田中真人、保科宏道、竹内恒
- 学会等名
  第10回超異分野学会本大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03298
[学会発表] Effects of Nonthermal Excitation Mediated by Terahertz Radiation on Biomolecular Dynamics and Reactions2020
- 著者名/発表者名
  今清水正彦、徳永裕二、田中真人、保科宏道、山口裕資、竹内恒
- 学会等名
  The 8th International Workshop on Far-Infrared Technologies (IW-FIRT 2021)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03298
[学会発表] ATP濃度減少およびpH低下を伴うストレス条件下におけるMAPK p38αのシグナル伝達最適化機構の溶液NMR法による解明2019
- 著者名/発表者名
  徳永裕二、竹内恒、高橋栄夫、嶋田一夫
- 学会等名
  第9回定量生物学の会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K15083
[学会発表] 15N 直接検出NMR法による高分子量バイオ医薬の非侵襲的観測2018
- 著者名/発表者名
  徳永裕二，竹内恒，鳥澤拓也，奥出順也，嶋田一夫
- 学会等名
  第57回NMR討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K19415
[学会発表] 溶液NMR法を用いたMAPK p38αによるストレスシグナル伝達最適化の構造機構の解明2018
- 著者名/発表者名
  徳永裕二、竹内恒、高橋栄夫、嶋田一夫
- 学会等名
  第56回生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K15083
[学会発表] 溶液 NMR 法を用いた MAPK p38αによるストレス刺激に適合した基質選別機構の解明2017
- 著者名/発表者名
  徳永裕二
- 学会等名
  ConBio2017(兵庫県神戸市)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K15083
[学会発表] MAPK p38αによるストレス刺激に適合した基質選別機構の解明2017
- 著者名/発表者名
  徳永裕二
- 学会等名
  第56回NMR討論会（東京都八王子市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K15083
[学会発表] Structural Basis for the Optimum Signal Transduction via MAPK p38α under the Stress-associated ATP-depleted, Low pH Condition Elucidated by Solution NMR2016
- 著者名/発表者名
  徳永裕二, 竹内恒, 高橋栄夫, 嶋田一夫
- 学会等名
  第42回内藤コンファレンス
- 発表場所
  札幌シャトレーゼガトーキングダム
- 年月日
  2016-10-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H07473
[学会発表] 低ATP濃度およびpH低下を付随するストレス刺激に対するMAPK p38αの頑強かつ基質選択的なリン酸化機構の溶液NMR解析2016
- 著者名/発表者名
  徳永裕二, 竹内恒, 高橋栄夫, 嶋田一夫
- 学会等名
  第89回日本生化学会大会
- 発表場所
  仙台国際センター／東北大学川内北キャンパス
- 年月日
  2016-09-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H07473

1. 竹内恒 (20581284)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 9件
2. 今清水正彦 (90465930)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 8件
3. 坂倉正義 (20334336)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 鴫直樹 (20392623)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 田中真人 (30386643)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 5件
6. 佐々木章 (30580162)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件

徳永 裕二 Tokunaga Yuuji

研究課題

研究成果

共同研究者

酵素反応の正確性における水和の寄与：分子基盤の理解とサブテラヘルツ波による制御

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

キナーゼのリン酸化・脱リン酸化を介したシグナル伝達制御のNMR動的構造生物学研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

過硫化による機能調節メカニズムを解明するタンパク質NMR構造解析技術の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

中分子の膜透過を評価し膜透過活性を付与する創薬基盤技術の構築

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

高活性化合物を創生し創薬標的の枯渇を解消する動的構造創薬技術の確立

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

遺伝情報の再定義：DNAと水の協同運動を反映した反復配列の概念導入

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

膜タンパク質の膜貫通領域におけるシステイン残基を介したレドックス感知機構研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

製剤条件でバイオ医薬の立体構造を非侵襲的に評価する新規NMR技術の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

機能的構造平衡に基づく刺激に適合したキナーゼシグナル選別機構の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

機能的構造平衡のNMR解析による刺激に適合したキナーゼシグナル選別機構の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Nonthermal acceleration of protein hydration by sub-terahertz irradiation2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] The oxidative folding of nascent polypeptides provides electrons for reductive reactions in the ER2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Repetitive DNA symmetry elements negatively regulate gene expression in embryonic stem cells2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Nonthermal excitation effects mediated by subterahertz radiation on hydrogen exchange in ubiquitin2021

徳永裕二 Tokunaga Yuuji