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武藤 愛  Ai Muto

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 80730506
その他のID
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2023年度 – 2024年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 学振特別研究員RPD
2021年度 – 2022年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 訪問研究員
2017年度 – 2020年度: 奈良先端科学技術大学院大学, データ駆動型サイエンス創造センター, 助教
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分43060:システムゲノム科学関連 / 生物機能・バイオプロセス
研究代表者以外
小区分61030:知能情報学関連
キーワード
研究代表者
接合伝達 / 大腸菌遺伝子欠失株ライブラリ / bar-seq / 網羅的遺伝子欠失株ライブラリ / 大腸菌 / 薬剤耐性 / バイオテクノロジー / 酵素 / 応用微生物 / 細菌 … もっと見る / ゲノム / バイオインフォマティクス / 遺伝子欠失株ライブラリ / システム生物学 / 新規代謝経路 / 代謝パスウェイ / 代謝経路 / 遺伝的相互作用 / 合成致死 … もっと見る
研究代表者以外
生育結合 / 流束均衡解析 / 増殖連動型生産 / 線形計画問題 / 遺伝子削除問題 / 反応削除問題 / 制約モデル / ゲノムスケールモデル / 遺伝子削除 / 微生物 / GPRルール / 遺伝子削除戦略 / 代謝ネットワーク設計 / ゲノムスケール代謝モデル / 混合整数線形計画法 / アルゴリズム / 増殖連動生産 / 有用物質生産 / 代謝ネットワーク 隠す
  • 研究課題

    (4件)
  • 研究成果

    (14件)
  • 共同研究者

    (3人)
  •  薬剤持続性を介した大腸菌薬剤耐性獲得進化の定量的観察と耐性化抑制変異の探索研究代表者

    • 研究代表者
      武藤 愛
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2028
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43060:システムゲノム科学関連
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  大腸菌二重欠失株の網羅的構築による薬剤耐性獲得能を抑制するターゲット遺伝子の探索研究代表者

    • 研究代表者
      武藤 愛
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2023
    • 研究種目
      若手研究
    • 審査区分
      小区分43060:システムゲノム科学関連
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
      奈良先端科学技術大学院大学
  •  有用物質を効率的に生産する代謝ネットワークの設計アルゴリズム

    • 研究代表者
      田村 武幸
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分61030:知能情報学関連
    • 研究機関
      京都大学
  •  大腸菌合成致死遺伝子の網羅的検出による代謝経路の論理的再構築研究代表者

    • 研究代表者
      武藤 愛
    • 研究期間 (年度)
      2017 – 2022
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      生物機能・バイオプロセス
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
      奈良先端科学技術大学院大学

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 学会発表

  • [雑誌論文] Gene Deletion Algorithms for Minimum Reaction Network Design by Mixed-Integer Linear Programming for Metabolite Production in Constraint-Based Models: gDel_minRN2023

    • 著者名/発表者名
      Tamura Takeyuki、Muto-fujita Ai、Tohsato Yukako、Kosaka Tomoyuki
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology

      巻: 30 号: 5 ページ: 553-568

    • DOI

      10.1089/cmb.2022.0352

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [雑誌論文] Evaluation of PCR conditions for characterizing bacterial communities with full-length 16S rRNA genes using a portable nanopore sequencer2020

    • 著者名/発表者名
      S Fujiyoshi, A Muto-Fujita, F Maruyama
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 12580-12580

    • DOI

      10.1038/s41598-020-69450-9

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17885, KAKENHI-PROJECT-20K18903
  • [学会発表] Evolution of Metabolic Networks Explored by Chemical Reaction Modules2022

    • 著者名/発表者名
      Ai Muto-Fujita
    • 学会等名
      日本微生物生態学会 第35回大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17885
  • [学会発表] 『実験自動化 x 遺伝子欠失株ライブラリ』で目指す新規代謝ネットワークの探索2021

    • 著者名/発表者名
      武藤 愛
    • 学会等名
      2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17885
  • [学会発表] Gene deletion algorithms for minimum reaction network design by mixed-integer linear programming for metabolite production in constraint-based models: gDel_minRN2021

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura, Ai Muto-Fujita, Yukako Tohsato and Tomoyuki Kosaka
    • 学会等名
      第10回生命医薬情報学連合大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [学会発表] 大腸菌の網羅的二重欠失株生育実験データに基づく代謝ネットワークモデルの補完2020

    • 著者名/発表者名
      武藤 愛
    • 学会等名
      2020年日本バイオインフォマティクス学会年会・第9回生命医薬情報学連合大会(iibmp2020)
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17885
  • [学会発表] 大腸菌の網羅的二重欠失株生育実験データに基づく代謝ネットワークモデルの補完2020

    • 著者名/発表者名
      武藤愛
    • 学会等名
      第9回生命医薬情報学連合大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K20386
  • [学会発表] Rewiring diagram of Escherichia coli metabolic network models by Genome-scale genetic interaction analysis2019

    • 著者名/発表者名
      Ai Muto-Fujita, Jonathan Monk, Yuichiro Tanaka, Bernhard O Palsson and Hirotada Mori.
    • 学会等名
      2019年日本バイオインフォマティクス学会年会・第8回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2019)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17885
  • [学会発表] Comprehensive Analysis of Genetic Interactions in E.coli2019

    • 著者名/発表者名
      Ai Muto-Fujita
    • 学会等名
      Annual Meeting of Systems and Synthetic Bacteriology
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17885
  • [学会発表] 化学反応モジュールから探る代謝ネットワークの進化2019

    • 著者名/発表者名
      武藤愛
    • 学会等名
      CBI学会2019年大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17885
  • [学会発表] Genome-scale genetic interaction analysis to rewire comprehensive metabolic models of Escherichia coli2019

    • 著者名/発表者名
      Ai Muto-Fujita, Jonathan Monk, Yuichiro Tanaka, Bernhard O Palsson and Hirotada Mori.
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2019
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17885
  • [学会発表] 大腸菌合成致死遺伝子の網羅的検出による未知代替経路の探索2018

    • 著者名/発表者名
      武藤愛、田中雄一郎、野﨑麻希、森浩禎
    • 学会等名
      第91回日本生化学会大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17885
  • [学会発表] 分子バーコードを用いた大腸菌遺伝子欠失株混合培養時の集団動態の検出2017

    • 著者名/発表者名
      Nurhezreen Md Iqbal, 蓮實 紗弥, 石黒 宗, 山本-エヴァンス 楠, 森 秀人, 武藤愛, 谷内江 望 and 森 浩禎
    • 学会等名
      NGS現場の会 第五回研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17885
  • [学会発表] Towards the discovery of unknown metabolic pathways in E.coli -An application of comprehensive genetic interaction analysis-2017

    • 著者名/発表者名
      Ai Muto-Fujita, Yuichiro Tanaka, Jonathan Monk, Bernhard O. Palsson and Hirotada Mori
    • 学会等名
      From Genetic Networks to a Cellular Wiring Diagram
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K17885
  • 1.  田村 武幸 (00437261)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 2.  高坂 智之 (70500453)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 3.  遠里 由佳子 (80346171)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件

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