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大貫 慎輔  Ohnuki Shinsuke

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 80739756
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2020年度 – 2022年度: 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任助教
2014年度 – 2015年度: 東京大学, 新領域創成科学研究科, 特任研究員
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分43040:生物物理学関連 / ケミカルバイオロジー
キーワード
研究代表者
CalMorph / 細胞形態 / 出芽酵母 / 遺伝的相互作用 / 一細胞フェノーム / シミュレーション / プールド培養液 / 遺伝子破壊株 / 顕微鏡画像 / DNAバーコード … もっと見る / DNA barcode / 大規模解析 / 次世代シーケンサ / Bar-seq / FACS / iIACS / 相互作用 / ハイコンテントイメージング / 交絡因子 / 多様性 / 表現型解析 / 一般化線形モデル 隠す
  • 研究課題

    (2件)
  • 研究成果

    (23件)
  • 共同研究者

    (6人)
  •  一細胞フェノーム取得技術の大規模並列化に関する基盤的研究研究代表者

    • 研究代表者
      大貫 慎輔
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43040:生物物理学関連
    • 研究機関
      東京大学
  •  出芽酵母の一細胞フェノームによる遺伝子機能と化学物質応答の統計モデリング研究代表者

    • 研究代表者
      大貫 慎輔
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2015
    • 研究種目
      研究活動スタート支援
    • 研究分野
      ケミカルバイオロジー
    • 研究機関
      東京大学

すべて 2023 2022 2021 2020 2015 2014

すべて 雑誌論文 学会発表

  • [雑誌論文] Prediction of ethanol fermentation under stressed conditions using yeast morphological data.2023

    • 著者名/発表者名
      Itto-Nakama K, Watanabe S, Ohnuki S, Kondo N, Kikuchi R, Nakamura T, Ogasawara W, Kasahara K, Ohya Y.
    • 雑誌名

      J Biosci Bioeng.

      巻: 135 号: 3 ページ: 210-216

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2022.12.008

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06584, KAKENHI-PROJECT-23K23483
  • [雑誌論文] Jerveratrum-Type Steroidal Alkaloids Inhibit β-1,6-Glucan Biosynthesis in Fungal Cell Walls2022

    • 著者名/発表者名
      Kubo Karen、Itto-Nakama Kaori、Ohnuki Shinsuke、Yashiroda Yoko、Li Sheena C.、Kimura Hiromi、Kawamura Yumi、Shimamoto Yasuhiro、Tominaga Ken-Ichi、Yamanaka Daisuke、Adachi Yoshiyuki、Takashima Shinichiro、Noda Yoichi、Boone Charles、Ohya Yoshikazu
    • 雑誌名

      Microbiology Spectrum

      巻: 10 号: 1

    • DOI

      10.1128/spectrum.00873-21

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K05764, KAKENHI-PLANNED-17H06411, KAKENHI-PROJECT-20K06584, KAKENHI-PROJECT-20K07487, KAKENHI-PROJECT-23K23483
  • [雑誌論文] High-throughput platform for yeast morphological profiling predicts the targets of bioactive compounds2022

    • 著者名/発表者名
      Ohnuki, S., Ogawa, I., Itto-Nakama, K., Lu, F., Ranjan, A., Kabbage, M., Gebre, AA., Yamashita, M., Li, SC., Yashiroda, Y., Yoshida, S., Usui, T., Piotrowski, JS., Andrews, BJ., Boone, C., Brown, GW., Ralph, J., Ohya, Y.
    • 雑誌名

      npj Systems Biology and Applications

      巻: 8 号: 1 ページ: 3-3

    • DOI

      10.1038/s41540-022-00212-1

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06411, KAKENHI-PROJECT-20K06584, KAKENHI-PROJECT-23K23483
  • [雑誌論文] Assignment of unimodal probability distribution models for quantitative morphological phenotyping.2022

    • 著者名/発表者名
      Ghanegolmohammadi F, Ohnuki S, Ohya Y.
    • 雑誌名

      BMC Biol.

      巻: 20 号: 1 ページ: 81-81

    • DOI

      10.1186/s12915-022-01283-6

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06584, KAKENHI-PROJECT-23K23483
  • [雑誌論文] Intelligent sort‐timing prediction for image‐activated cell sorting2022

    • 著者名/発表者名
      Zhao Yaqi、Isozaki Akihiro、Herbig Maik、Hayashi Mika、Hiramatsu Kotaro、Yamazaki Sota、Kondo Naoko、Ohnuki Shinsuke、Ohya Yoshikazu、Nitta Nao、Goda Keisuke
    • 雑誌名

      Cytometry Part A

      巻: 103 号: 1 ページ: 88-97

    • DOI

      10.1002/cyto.a.24664

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05633, KAKENHI-PROJECT-20H00317, KAKENHI-PROJECT-20K06584, KAKENHI-PROJECT-23K23483
  • [雑誌論文] Deep imaging flow cytometry.2022

    • 著者名/発表者名
      Huang K, Matsumura H, Zhao Y, Herbig M, Yuan D, Mineharu Y, Harmon J, Findinier J, Yamagishi M, Ohnuki S, Nitta N, Grossman AR, Ohya Y, Mikami H, Isozaki A, Goda K.
    • 雑誌名

      Lab Chip.

      巻: 22 号: 5 ページ: 876-889

    • DOI

      10.1039/d1lc01043c

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06584, KAKENHI-PROJECT-19H05633, KAKENHI-PROJECT-20H00317, KAKENHI-PROJECT-23K23483
  • [雑誌論文] AI-based forecasting of ethanol fermentation using yeast morphological data.2021

    • 著者名/発表者名
      Itto-Nakama K, Watanabe S, Kondo N, Ohnuki S, Kikuchi R, Nakamura T, Ogasawara W, Kasahara K, Ohya Y.
    • 雑誌名

      Biosci Biotechnol Biochem.

      巻: 86 号: 1 ページ: 125-134

    • DOI

      10.1093/bbb/zbab188

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06584, KAKENHI-PROJECT-19H03205
  • [雑誌論文] Defining Functions of Mannoproteins in Saccharomyces cerevisiae by High-Dimensional Morphological Phenotyping.2021

    • 著者名/発表者名
      Ghanegolmohammadi F, Okada H, Liu Y, Itto-Nakama K, Ohnuki S, Savchenko A, Bi E, Yoshida S, Ohya Y.
    • 雑誌名

      J Fungi (Basel).

      巻: 7 号: 9 ページ: 769-769

    • DOI

      10.3390/jof7090769

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06584, KAKENHI-PROJECT-19H03205
  • [雑誌論文] Genome Editing to Generate Sake Yeast Strains with Eight Mutations That Confer Excellent Brewing Characteristics.2021

    • 著者名/発表者名
      Chadani T, Ohnuki S, Isogai A, Goshima T, Kashima M, Ghanegolmohammadi F, Nishi T, Hirata D, Watanabe D, Kitamoto K, Akao T, Ohya Y.
    • 雑誌名

      Cells

      巻: 10 号: 6 ページ: 1299-1299

    • DOI

      10.3390/cells10061299

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06584, KAKENHI-PROJECT-19H03205
  • [雑誌論文] Poacic acid, a β-1,3-glucan-binding antifungal agent, inhibits cell-wall remodeling and activates transcriptional responses regulated by the cell-wall integrity and high-osmolarity glycerol pathways in yeast.2021

    • 著者名/発表者名
      Garcia R, Itto-Nakama K, Rodriguez-Pena JM, Chen X, Sanz AB, de Lorenzo A, Pavon-Verges M, Kubo K, Ohnuki S, Nombela C, Popolo L, Ohya Y, Arroyo J.
    • 雑誌名

      FASEB J.

      巻: 10 号: 9 ページ: 1299-1299

    • DOI

      10.1096/fj.202100278r

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06584, KAKENHI-PROJECT-19H03205
  • [雑誌論文] Are droplets really suitable for single-cell analysis? A case study on yeast in droplets.2021

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa Y, Ohnuki S, Kondo N, Itto-Nakama K, Ghanegolmohammadi F, Isozaki A, Ohya Y, Goda K.
    • 雑誌名

      Lab Chip.

      巻: 21 号: 19 ページ: 3793-3803

    • DOI

      10.1039/d1lc00469g

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06584, KAKENHI-PROJECT-19H03205
  • [雑誌論文] Sequentially addressable dielectrophoretic array for high-throughput sorting of large-volume biological compartments2020

    • 著者名/発表者名
      A Isozaki, Y Nakagawa, M H Loo, Y Shibata, N Tanaka, D L Setyaningrum, J-W Park, Y Shirasaki, H Mikami, D Huang, H Tsoi, C T Riche, T Ota, H Miwa, Y Kanda, T Ito, K Yamada, O Iwata, K Suzuki, S Ohnuki, Y Ohya, Y Kato, T Hasunuma, S Matsusaka, M Yamagishi, M Yazawa, S Uemura, K Nagasawa, H Watarai, D Di Carlo, K Goda
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 29 号: 22 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1126/sciadv.aba6712

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06584, KAKENHI-PROJECT-20K21522, KAKENHI-PROJECT-18K14101, KAKENHI-PROJECT-19H03205
  • [雑誌論文] 6 Virtual-freezing fluorescence imaging flow cytometry.2020

    • 著者名/発表者名
      Mikami H, Kawaguchi M, Huang CJ, Matsumura H, Sugimura T, Huang K, Lei C, Ueno S, Miura T, Ito T, Nagasawa K, Maeno T, Watarai H, Yamagishi M, Uemura S, Ohnuki S, Ohya Y, Kurokawa H, Matsusaka S, Sun CW, Ozeki Y, Goda K.
    • 雑誌名

      Nat Commun.

      巻: 6 号: 1 ページ: 1162-1162

    • DOI

      10.1038/s41467-020-14929-2

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H03205, KAKENHI-PROJECT-20K06584, KAKENHI-PROJECT-19H05633
  • [雑誌論文] Intelligent image-activated cell sorting 2.02020

    • 著者名/発表者名
      Isozaki Akihiro, Hiraki Kei, et al.
    • 雑誌名

      Lab on a Chip

      巻: 1 号: 13 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1039/d0lc00080a

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H01714, KAKENHI-PROJECT-20K06584, KAKENHI-PROJECT-19F19716, KAKENHI-PROJECT-19H05633
  • [雑誌論文] Quantification of Cell, Actin, and Nuclear DNA Morphology with High-Throughput Microscopy and CalMorph.2015

    • 著者名/発表者名
      Okada H, Ohnuki S, Ohya Y.
    • 雑誌名

      Cold Spring Harb Protoc.

      巻: 2015 (4) 号: 4 ページ: 408-412

    • DOI

      10.1101/pdb.prot078667

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26882019, KAKENHI-PROJECT-15H04402
  • [雑誌論文] Profiling of the effects of antifungal agents on yeast cells based on morphometric analysis.2015

    • 著者名/発表者名
      Gebre AA, Okada H, Kim C, Kubo K, Ohnuki S, Ohya Y.
    • 雑誌名

      FEMS Yeast Res.

      巻: 15 号: 5 ページ: fov040-fov040

    • DOI

      10.1093/femsyr/fov040

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H04483, KAKENHI-PROJECT-26882019
  • [雑誌論文] Unveiling nonessential gene deletions that confer significant morphological phenotypes beyond natural yeast strains2014

    • 著者名/発表者名
      Yang M, Ohnuki S, Ohya Y
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 15 号: 1 ページ: 932-932

    • DOI

      10.1186/1471-2164-15-932

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24370002, KAKENHI-PROJECT-26882019
  • [学会発表] ストレス条件下における細胞形態からエタノール発酵量を予測するAIの開発2022

    • 著者名/発表者名
      一刀かおり、渡部峻、大貫慎輔、近藤直子、菊地亮太、中村徹、小笠原渉、笠原堅、大矢禎一
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06584
  • [学会発表] 機械学習を用いた遺伝子機能に共通する形態特徴量の抽出2020

    • 著者名/発表者名
      大貫 慎輔、徐 聴涛、大矢 禎一
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06584
  • [学会発表] Application of Generalized Linear Model to Reveal Nonessential Genes of Deletion Mutants with Significant Morphological Phenotypes beyond Natural Yeast Strains2015

    • 著者名/発表者名
      Shinsuke Ohnuki, Ming Yang, Yoshikazu Ohya
    • 学会等名
      27th International conference on yeast genetics and molecular biology
    • 発表場所
      Trentino (Italy)
    • 年月日
      2015-09-06
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26882019
  • [学会発表] 一般化線形モデルを使った自然界には存在しない形態を持つ出芽酵母の解析2015

    • 著者名/発表者名
      大貫慎輔、楊明、大矢禎一
    • 学会等名
      日本分子生物学会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(神戸)
    • 年月日
      2015-12-03
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26882019
  • [学会発表] 一般化線形モデルを使った自然界には存在しない形態を持つ出芽酵母の解析2015

    • 著者名/発表者名
      大貫慎輔、楊明、大矢禎一
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム
    • 発表場所
      広島大学(広島)
    • 年月日
      2015-09-01
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26882019
  • [学会発表] 出芽酵母必須遺伝子の半数以上はヘテロ破壊によりハプロ不全性を示す2014

    • 著者名/発表者名
      大貫 慎輔、大矢 禎一
    • 学会等名
      日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2014-11-25
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26882019
  • 1.  野田 陽一
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 2.  八代田 陽子
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 3.  BOONE CHARLES
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 4.  大矢 禎一
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 3件
  • 5.  合田 圭介
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 6.  平木 敬
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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