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Walinda Erik  Walinda Erik

ORCIDORCID連携する *注記
… 別表記

Walinda Erik  WALINDA ERIK

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研究者番号 80782391
その他のID
所属 (現在) 2025年度: 京都大学, 医学研究科, 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2018年度 – 2023年度: 京都大学, 医学研究科, 助教
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分43040:生物物理学関連
研究代表者以外
中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野 / 中区分13:物性物理学およびその関連分野
キーワード
研究代表者
Ubiquitin / M1-linked chains / ubiquitin binding / ubiquitin / NZF domain / Protein binding / binding domains / polyubiquitin / Competitive binding / Chemical physics … もっと見る / Binding proteins / NF-kB signaling / zinc finger / HOIL-1L / linear ubiquitin / NF-kappa B / Linear polyubiquitin / Molecular competition / MD simulations / ITC / NMR spectroscopy / linear ubiquitin chains / M1 ubiquitin chains / 生物物理 / 蛋白質 / NMR / ユビキチン / Protein dynamics / Molecular recognition / nanosecond dynamics / protein binding / protein dynamics / millisecond dynamics / molecular dynamics / solution NMR / K63-linked chains / K48-linked chains / UBA domain … もっと見る
研究代表者以外
分子動力学計算 / 凝集 / 電気泳動 / タンパク質 / NMR / 電場 / 線維化 / タンパク質凝集 / 乱流 / off-center Couette cell / 速度イメージング / Rheo-NMR 隠す
  • 研究課題

    (5件)
  • 研究成果

    (27件)
  • 共同研究者

    (6人)
  •  NF-κB経路を制御する直鎖状ユビキチン鎖の競合的結合研究代表者

    • 研究代表者
      Walinda Erik
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43040:生物物理学関連
    • 研究機関
      京都大学
  •  電場中のタンパク質の解析基盤構築とその応用

    • 研究代表者
      菅瀬 謙治
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2025
    • 研究種目
      国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
    • 審査区分
      中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
    • 研究機関
      京都大学
  •  NF-κB経路における直鎖状ユビキチン鎖の競合的結合研究代表者

    • 研究代表者
      Walinda Erik
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      若手研究
    • 審査区分
      小区分43040:生物物理学関連
    • 研究機関
      京都大学
  •  動的なユビキチン鎖の構造特性と認識機構の研究研究代表者

    • 研究代表者
      Walinda Erik
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2020
    • 研究種目
      若手研究
    • 審査区分
      小区分43040:生物物理学関連
    • 研究機関
      京都大学
  •  Rheo-NMRによる乱流の速度イメージング

    • 研究代表者
      菅瀬 謙治
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2021
    • 研究種目
      国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
    • 審査区分
      中区分13:物性物理学およびその関連分野
    • 研究機関
      京都大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019 2018

すべて 雑誌論文 学会発表

  • [雑誌論文] An integrated approach of NMR experiments and MD simulations visualizes structural dynamics of a cyclic multi‐domain protein2023

    • 著者名/発表者名
      Sorada Tomoki、Walinda Erik、Shirakawa Masahiro、Sugase Kenji、Morimoto Daichi
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 32 号: 10

    • DOI

      10.1002/pro.4768

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K06161, KAKENHI-PROJECT-22K06168, KAKENHI-PROJECT-23KJ1276
  • [雑誌論文] 混雑環境がタンパク質の構造揺らぎと異常凝集体形成に影響を与える2023

    • 著者名/発表者名
      森本 大智、Erik Walinda、菅瀬 謙治
    • 雑誌名

      月刊「細胞」

      巻: 3月号 ページ: 1-1

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K06161
  • [雑誌論文] Conformational Fluctuations and Induced Orientation of a Protein, Its Solvation Shell, and Bulk Water in Weak Non-Unfolding External Electric Fields2023

    • 著者名/発表者名
      Shuto Yusuke、Walinda Erik、Morimoto Daichi、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 127 号: 34 ページ: 7417-7430

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.3c01683

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22KK0098, KAKENHI-PROJECT-22K06161, KAKENHI-PROJECT-22K06168, KAKENHI-PLANNED-22H05088, KAKENHI-PROJECT-21H02442
  • [雑誌論文] Solution structure of the HOIL-1L NZF domain reveals a conformational switch regulating linear ubiquitin affinity2023

    • 著者名/発表者名
      Walinda Erik、Sugase Kenji、Ishii Naoki、Shirakawa Masahiro、Iwai Kazuhiro、Morimoto Daichi
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 9 ページ: 105165-105165

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.105165

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K06161, KAKENHI-PROJECT-22K06168, KAKENHI-PROJECT-22H04988
  • [雑誌論文] Structural Insights into Methylated DNA Recognition by the Methyl-CpG Binding Domain of MBD6 from <i>Arabidopsis thaliana</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Mahana Yutaka、Ohki Izuru、Walinda Erik、Morimoto Daichi、Sugase Kenji、Shirakawa Masahiro
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 7 号: 4 ページ: 3212-3221

    • DOI

      10.1021/acsomega.1c04917

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H00453, KAKENHI-PROJECT-20K15757, KAKENHI-PROJECT-22K06161, KAKENHI-PROJECT-20K15756
  • [雑誌論文] Counter-flow phenomena studied by nuclear magnetic resonance (NMR) velocimetry and flow simulations2022

    • 著者名/発表者名
      Kohn Benjamin、Walinda Erik、Sugase Kenji、Morimoto Daichi、Scheler Ulrich
    • 雑誌名

      Physics of Fluids

      巻: 34 号: 7 ページ: 073608-073608

    • DOI

      10.1063/5.0097543

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K06161, KAKENHI-PROJECT-20K15756, KAKENHI-PROJECT-22K06168, KAKENHI-PROJECT-20K15757
  • [雑誌論文] Rheo‐NMR Spectroscopy for Cryogenic‐Probe‐Equipped NMR Instruments to Monitor Protein Aggregation2022

    • 著者名/発表者名
      Morimoto Daichi、Walinda Erik、Yamamoto Akihiko、Scheler Ulrich、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Current Protocols

      巻: 2 号: 12

    • DOI

      10.1002/cpz1.617

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K06161, KAKENHI-PLANNED-22H05088, KAKENHI-PROJECT-21H02442, KAKENHI-PROJECT-20K15756, KAKENHI-PROJECT-22K06168, KAKENHI-PROJECT-20K15757
  • [雑誌論文] Structural Dynamic Heterogeneity of Polyubiquitin Subunits Affects Phosphorylation Susceptibility2021

    • 著者名/発表者名
      Morimoto Daichi、Walinda Erik、Takashima Shingo、Nishizawa Mayu、Iwai Kazuhiro、Shirakawa Masahiro、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 60 号: 8 ページ: 573-583

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00619

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K15757, KAKENHI-PLANNED-18H05499, KAKENHI-PROJECT-17H06174, KAKENHI-PROJECT-19J13259, KAKENHI-PROJECT-18K19297, KAKENHI-PROJECT-18K14665
  • [雑誌論文] Molecular recognition and deubiquitination of cyclic K48-linked ubiquitin chains by OTUB12021

    • 著者名/発表者名
      Sorada Tomoki、Morimoto Daichi、Walinda Erik、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 562 ページ: 94-99

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.05.031

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18KK0075
  • [雑誌論文] Transient Diffusive Interactions with a Protein Crowder Affect Aggregation Processes of Superoxide Dismutase 1 β-Barrel2021

    • 著者名/発表者名
      Iwakawa Naoto、Morimoto Daichi、Walinda Erik、Leeb Sarah、Shirakawa Masahiro、Danielsson Jens、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 125 号: 10 ページ: 2521-2532

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c11162

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K15757, KAKENHI-PROJECT-18KK0075, KAKENHI-PROJECT-18J22192, KAKENHI-PROJECT-18K19297, KAKENHI-PROJECT-18K14665
  • [雑誌論文] Expression, solubility monitoring, and purification of the co-folded LUBAC LTM domain by structure-guided tandem folding in autoinducing cultures2021

    • 著者名/発表者名
      Walinda Erik、Morimoto Daichi、Sorada Tomoki、Iwai Kazuhiro、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Protein Expression and Purification

      巻: 187 ページ: 105953-105953

    • DOI

      10.1016/j.pep.2021.105953

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18KK0075, KAKENHI-PLANNED-18H05499, KAKENHI-PROJECT-17H06174, KAKENHI-PROJECT-20K15757, KAKENHI-PROJECT-20K15756
  • [雑誌論文] Multiple-State Monitoring of SOD1 Amyloid Formation at Single-Residue Resolution by Rheo-NMR Spectroscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Iwakawa Naoto、Morimoto Daichi、Walinda Erik、Shirakawa Masahiro、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 143 号: 28 ページ: 10604-10613

    • DOI

      10.1021/jacs.1c02974

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18KK0075, KAKENHI-PROJECT-20H00453, KAKENHI-PROJECT-20K15757, KAKENHI-PROJECT-20K15756
  • [雑誌論文] Effects of Weak Nonspecific Interactions with ATP on Proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Nishizawa Mayu、Walinda Erik、Morimoto Daichi、Kohn Benjamin、Scheler Ulrich、Shirakawa Masahiro、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 143 号: 31 ページ: 11982-11993

    • DOI

      10.1021/jacs.0c13118

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18KK0075, KAKENHI-PROJECT-20H00453, KAKENHI-PROJECT-20K15757, KAKENHI-PROJECT-20K15756
  • [雑誌論文] Rigorous analysis of the interaction between proteins and low water-solubility drugs by qNMR-aided NMR titration experiments2021

    • 著者名/発表者名
      Hirakawa Takuya、Walinda Erik、Morimoto Daichi、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 23 号: 38 ページ: 21484-21488

    • DOI

      10.1039/d1cp03175a

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K21391, KAKENHI-PROJECT-20K15757, KAKENHI-PROJECT-20K15756
  • [雑誌論文] Backbone resonance assignments of the A2 domain of mouse von Willebrand factor2021

    • 著者名/発表者名
      Morimoto Daichi、Osugi Masanori、Mahana Yutaka、Walinda Erik、Shirakawa Masahiro、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Biomolecular NMR Assignments

      巻: 15 号: 2 ページ: 427-431

    • DOI

      10.1007/s12104-021-10041-8

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18KK0075, KAKENHI-PROJECT-20H00453, KAKENHI-PROJECT-20K15757, KAKENHI-PROJECT-20K15756
  • [雑誌論文] Structural dynamics of double-stranded DNA with epigenome modification2020

    • 著者名/発表者名
      Furukawa Ayako、Walinda Erik、Arita Kyohei、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 49 号: 2 ページ: 1152-1162

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa1210

    • NAID

      120006943328

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-19H05739, KAKENHI-PLANNED-19H05741, KAKENHI-PROJECT-18H02392, KAKENHI-PROJECT-18K14665
  • [雑誌論文] Quantitative monitoring of ubiquitination/deubiquitination reaction cycles by 18O-incorporation2020

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Yuka、Morimoto Daichi、Walinda Erik、Sugase Kenji、Shirakawa Masahiro
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 529 号: 2 ページ: 418-424

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.06.008

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K15757, KAKENHI-PROJECT-18K19297, KAKENHI-PROJECT-18K14665
  • [雑誌論文] Pinpoint analysis of a protein in slow exchange using F1F2-selective ZZ-exchange spectroscopy: assignment and kinetic analysis.2020

    • 著者名/発表者名
      Mayu Nishizawa, Erik Walinda, Daichi Morimoto, Kenji Sugase
    • 雑誌名

      Journal of Biomolecular NMR

      巻: 0 号: 4-5 ページ: 0-0

    • DOI

      10.1007/s10858-020-00309-x

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14665, KAKENHI-PUBLICLY-18H04551, KAKENHI-PROJECT-19J13259
  • [雑誌論文] Tracking the 3D Rotational Dynamics in Nanoscopic Biological Systems.2020

    • 著者名/発表者名
      Ryuji Igarashi, Takuma Sugi, Shingo Sotoma, Takuya Genjo, Yuta Kumiya, Erik Walinda, Hiroshi Ueno, Kazuhiro Ikeda, Hitoshi Sumiya, Hidehito Tochio, Yohsuke Yoshinari, Yoshie Harada, Masahiro Shirakawa
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 142 号: 16 ページ: 7542-7554

    • DOI

      10.1021/jacs.0c01191

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H01838, KAKENHI-PROJECT-20H02587, KAKENHI-PROJECT-18K14665, KAKENHI-PUBLICLY-19H05380
  • [雑誌論文] Visualizing protein motion in Couette flow by all-atom molecular dynamics2020

    • 著者名/発表者名
      Walinda Erik、Morimoto Daichi、Shirakawa Masahiro、Scheler Ulrich、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1864 号: 2 ページ: 129383-129383

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.06.006

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K19297, KAKENHI-PROJECT-18KK0075, KAKENHI-PUBLICLY-18H04551, KAKENHI-WRAPUP-19H05452, KAKENHI-PROJECT-17K19196, KAKENHI-PROJECT-16K18503, KAKENHI-PROJECT-18K14665
  • [雑誌論文] NMR resonance assignments of the NZF domain of mouse HOIL-1L free and bound to linear di-ubiquitin2018

    • 著者名/発表者名
      Ishii Naoki、Walinda Erik、Iwakawa Naoto、Morimoto Daichi、Iwai Kazuhiro、Sugase Kenji、Shirakawa Masahiro
    • 雑誌名

      Biomolecular NMR Assignments

      巻: 13 号: 1 ページ: 149-153

    • DOI

      10.1007/s12104-018-09868-5

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18503, KAKENHI-PROJECT-18K14665
  • [雑誌論文] Backbone and side-chain resonance assignments of the methyl-CpG-binding domain of MBD6 from Arabidopsis thaliana2018

    • 著者名/発表者名
      Iwakawa Naoto、Mahana Yutaka、Ono Arina、Ohki Izuru、Walinda Erik、Morimoto Daichi、Sugase Kenji、Shirakawa Masahiro
    • 雑誌名

      Biomolecular NMR Assignments

      巻: 13 号: 1 ページ: 59-62

    • DOI

      10.1007/s12104-018-9851-2

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K06083, KAKENHI-PROJECT-16K18503, KAKENHI-PROJECT-18K14665, KAKENHI-PLANNED-26119004
  • [雑誌論文] Resolving biomolecular motion and interactions by R2 and R1ρ relaxation dispersion NMR2018

    • 著者名/発表者名
      Walinda Erik、Morimoto Daichi、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Methods

      巻: 148 ページ: 28-38

    • DOI

      10.1016/j.ymeth.2018.04.026

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18503, KAKENHI-PROJECT-18K14665, KAKENHI-PUBLICLY-18H04551, KAKENHI-PROJECT-15H04342
  • [学会発表] 電場中におけるタンパク質の動的構造解析基盤の構築と凝集化機構解明への応用2024

    • 著者名/発表者名
      首藤佑輔、Walinda Erik、森本大智、菅瀬謙治
    • 学会等名
      凝集系の理論化学 研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22KK0098
  • [学会発表] Solution-state polyubiquitin binding specificity exhibited by the extended NZF domain of LUBAC component HOIL-1L2022

    • 著者名/発表者名
      Erik Walinda
    • 学会等名
      NMR討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K15756
  • [学会発表] Solution-state polyubiquitin binding specificity exhibited by the extended NZF domain of LUBAC component HOIL-1L2022

    • 著者名/発表者名
      Erik Walinda
    • 学会等名
      The International Symposium in Tokyo 2022 Ubiquitin New Frontier
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K15756
  • [学会発表] Molecular fluid dynamics description of Rheo-NMR2019

    • 著者名/発表者名
      Walinda Erik
    • 学会等名
      EUROMAR 2019
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18KK0075
  • 1.  菅瀬 謙治 (00300822)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 8件
  • 2.  森本 大智 (40746616)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 12件
  • 3.  有田 恭平
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 4.  白川 昌宏
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 5.  大木 出
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 6.  原田 慶恵
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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