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Bekker Gerardu  Bekker Gerardus Gertrudis Theodorus Bernardus

… 別表記

Bekker Gerardu  ベッカー ゲラルダス

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研究者番号 80813758
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0001-8385-5693
所属 (現在) 2025年度: 大阪大学, 蛋白質研究所, 特任講師(常勤)
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2025年度: 大阪大学, 蛋白質研究所, 特任講師(常勤)
2020年度 – 2022年度: 大阪大学, 蛋白質研究所, 特任助教(常勤)
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分43040:生物物理学関連
研究代表者以外
小区分43040:生物物理学関連
キーワード
研究代表者
Protein stability / Molecular Dynamics
研究代表者以外
親和性予測 / 免疫関連タンパク質 / 分子動力学計算 / 機械学習 / 構造予測 / 分子動力学シミュレーション
  • 研究課題

    (3件)
  • 研究成果

    (12件)
  • 共同研究者

    (4人)
  •  T細胞受容体に対するデータ駆動型分子デザイン法の開発

    • 研究代表者
      神谷 成敏
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43040:生物物理学関連
    • 研究機関
      兵庫県立大学
  •  Development of a database of protein dynamics to elucidate key molecular contributions to stability and affinity研究代表者

    • 研究代表者
      Bekker Gerardu
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      若手研究
    • 審査区分
      小区分43040:生物物理学関連
    • 研究機関
      大阪大学
  •  癌細胞由来のペプチドと免疫関連タンパク質の複合体構造予測法と親和性予測法の開発

    • 研究代表者
      神谷 成敏
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分43040:生物物理学関連
    • 研究機関
      兵庫県立大学

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文

  • [雑誌論文] Mutual induced-fit mechanism drives binding between intrinsically disordered Bim and cryptic binding site of Bcl-xL2023

    • 著者名/発表者名
      Bekker Gert-Jan、Araki Mitsugu、Oshima Kanji、Okuno Yasushi、Kamiya Narutoshi
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 6 号: 1 ページ: 349-349

    • DOI

      10.1038/s42003-023-04720-6

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03229
  • [雑誌論文] Thermal Stability Estimation of Single Domain Antibodies Using Molecular Dynamics Simulations2022

    • 著者名/発表者名
      Bekker Gert-Jan、Kamiya Narutoshi
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2552 ページ: 151-163

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2609-2_8

    • ISBN
      9781071626085, 9781071626092
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03229
  • [雑誌論文] Advancing the field of computational drug design using multicanonical molecular dynamics-based dynamic docking2022

    • 著者名/発表者名
      Bekker Gert-Jan、Kamiya Narutoshi
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 14 号: 6 ページ: 1349-1358

    • DOI

      10.1007/s12551-022-01010-z

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03229
  • [雑誌論文] Dynamical Methods to Study Interaction in Proteins Facilitating Molecular Understanding of Cancer2021

    • 著者名/発表者名
      Dasgupta Bhaskar、Bekker Gert-Jan、Kamiya Narutoshi
    • 雑誌名

      Handbook of Oxidative Stress in Cancer: Mechanistic Aspects

      巻: - ページ: 1-17

    • DOI

      10.1007/978-981-15-4501-6_149-1

    • ISBN
      9789811545016
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03229
  • [雑誌論文] Accurate Binding Configuration Prediction of a G-Protein-Coupled Receptor to Its Antagonist Using Multicanonical Molecular Dynamics-Based Dynamic Docking2021

    • 著者名/発表者名
      Bekker Gert-Jan、Araki Mitsugu、Oshima Kanji、Okuno Yasushi、Kamiya Narutoshi
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 61 号: 10 ページ: 5161-5171

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.1c00712

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03229
  • [雑誌論文] Dynamic Docking Using Multicanonical Molecular Dynamics: Simulating Complex Formation at the Atomistic Level2021

    • 著者名/発表者名
      Bekker Gert-Jan、Kamiya Narutoshi
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: - ページ: 187-202

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-1209-5_11

    • ISBN
      9781071612088, 9781071612095
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03229
  • [雑誌論文] Cutinases from thermophilic bacteria (actinomycetes): From identification to functional and structural characterization2021

    • 著者名/発表者名
      Oda Masayuki、Numoto Nobutaka、Bekker Gert-Jan、Kamiya Narutoshi、Kawai Fusako
    • 雑誌名

      Methods in Enzymology

      巻: - ページ: 159-185

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2020.12.031

    • ISBN
      9780128220122
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03229
  • [雑誌論文] Exploring ligand binding pathways on proteins using hypersound-accelerated molecular dynamics2021

    • 著者名/発表者名
      Araki Mitsugu、Matsumoto Shigeyuki、Bekker Gert-Jan、Isaka Yuta、Sagae Yukari、Kamiya Narutoshi、Okuno Yasushi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1038/s41467-021-23157-1

    • NAID

      120007041708

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K06594, KAKENHI-PROJECT-20H03229, KAKENHI-PROJECT-21K06510
  • [雑誌論文] N-Terminal-Driven Binding Mechanism of an Antigen Peptide to Human Leukocyte Antigen-A*2402 Elucidated by Multicanonical Molecular Dynamic-Based Dynamic Docking and Path Sampling Simulations2021

    • 著者名/発表者名
      Bekker Gert-Jan、Kamiya Narutoshi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 125 号: 49 ページ: 13376-13384

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c07230

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03229
  • [雑誌論文] Cryptic-site binding mechanism of medium-sized Bcl-xL inhibiting compounds elucidated by McMD-based dynamic docking simulations2021

    • 著者名/発表者名
      Bekker Gert-Jan、Fukuda Ikuo、Higo Junichi、Fukunishi Yoshifumi、Kamiya Narutoshi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 5046-5046

    • DOI

      10.1038/s41598-021-84488-z

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03229
  • [雑誌論文] Exhaustive search of the configurational space of heat‐shock protein 90 with its inhibitor by multicanonical molecular dynamics based dynamic docking2020

    • 著者名/発表者名
      Bekker Gert‐Jan、Araki Mitsugu、Oshima Kanji、Okuno Yasushi、Kamiya Narutoshi
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 41 号: 17 ページ: 1606-1615

    • DOI

      10.1002/jcc.26203

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03229
  • [雑誌論文] Structural basis of mutants of <scp>PET</scp> ‐degrading enzyme from <i>Saccharomonospora viridis</i> <scp>AHK190</scp> with high activity and thermal stability2020

    • 著者名/発表者名
      Emori Miho、Numoto Nobutaka、Senga Akane、Bekker Gert‐Jan、Kamiya Narutoshi、Kobayashi Yuma、Ito Nobutoshi、Kawai Fusako、Oda Masayuki
    • 雑誌名

      Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

      巻: 89 号: 5 ページ: 502-511

    • DOI

      10.1002/prot.26034

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03229
  • 1.  神谷 成敏 (80420462)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 11件
  • 2.  織田 昌幸 (20318231)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 3.  伊藤 暢聡 (40361703)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 4.  荒木 望嗣
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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