奥田綾 Okuda Aya

研究者番号	80825646
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 京都大学, 複合原子力科学研究所, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2023年度: 京都大学, 複合原子力科学研究所, 准教授 2020年度 – 2022年度: 京都大学, 複合原子力科学研究所, 助教 2019年度: 京都大学, 複合原子力科学研究所, 研究員
審査区分/研究分野	研究代表者小区分38030:応用生物化学関連研究代表者以外中区分14:プラズマ学およびその関連分野
キーワード	研究代表者中性子小角散乱法 / マルチドメインタンパク質 / 区分同位体標識 / タンパク質ライゲーション研究代表者以外 X線・中性子小角散乱同時測定 / SAXS/SANS同時測定 / 部分重水素化 / 小角中性子散乱 / マルチドメインタンパク質 / 重水素化 / 中性子散乱

区分重水素化試料調製を目指した酵素によるタンパク質ライゲーション技術の確立研究代表者
- 研究代表者
  
  奥田綾
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2024
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分38030:応用生物化学関連
- 研究機関
  京都大学
量子ビーム相関解析法による生体高分子構造・ダイナミクスの探求
- 研究代表者
  
  井上倫太郎
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2023
- 研究種目
  
  国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
- 審査区分
  
  中区分14:プラズマ学およびその関連分野
- 研究機関
  京都大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Mechanistic Modeling of Amyloid Oligomer and Protofibril Formation in Bovine Insulin2024
- 著者名/発表者名
  Yuzu Keisuke、Imamura Hiroshi、Nozaki Takuro、Fujii Yuki、Badawy Shaymaa Mohamed Mohamed、Morishima Ken、Okuda Aya、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki、Chatani Eri
- 雑誌名
  
  Journal of Molecular Biology
  
  巻: 436 号: 6 ページ: 168461-168461
- DOI
  10.1016/j.jmb.2024.168461
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06503, KAKENHI-PROJECT-22KJ2255, KAKENHI-PROJECT-19KK0071, KAKENHI-PROJECT-20H03224
[雑誌論文] Characterization of K-binding factor involved in water-soluble complex of menaquinone-7 produced by <i>Bacillus subtilis natto</i>2023
- 著者名/発表者名
  Chatake Toshiyuki、Yanagisawa Yasuhide、Murakami Risa、Ohsugi Tadanori、Sumi Hiroyuki、Takata Takumi、Okuda Aya、Morishima Ken、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki
- 雑誌名
  
  The Journal of Biochemistry
  
  巻: 174 号: 4 ページ: 383-389
- DOI
  10.1093/jb/mvad051
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K15051, KAKENHI-PROJECT-19KK0071
[雑誌論文] Overall structure of fully assembled cyanobacterial KaiABC circadian clock complex by an integrated experimental-computational approach2022
- 著者名/発表者名
  Yunoki Yasuhiro、Matsumoto Atsushi、Morishima Ken、Martel Anne、Porcar Lionel、Sato Nobuhiro、Yogo Rina、Tominaga Taiki、Inoue Rintaro、Yagi-Utsumi Maho、Okuda Aya、Shimizu Masahiro、Urade Reiko、Terauchi Kazuki、Kono Hidetoshi、Yagi Hirokazu、Kato Koichi、Sugiyama Masaaki
- 雑誌名
  
  Communications Biology
  
  巻: 5 号: 1 ページ: 184-184
- DOI
  10.1038/s42003-022-03143-z
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-18H05534, KAKENHI-PROJECT-19K05833, KAKENHI-PROJECT-20K06579, KAKENHI-PROJECT-19KK0071, KAKENHI-PROJECT-21K15051, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-20K22629
[雑誌論文] Extracting time series matching a small-angle X-ray scattering profile from trajectories of molecular dynamics simulations2022
- 著者名/発表者名
  Shimizu Masahiro、Okuda Aya、Morishima Ken、Inoue Rintaro、Sato Nobuhiro、Yunoki Yasuhiro、Urade Reiko、Sugiyama Masaaki
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 12 号: 1 ページ: 9970-9970
- DOI
  10.1038/s41598-022-13982-9
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K15051, KAKENHI-PROJECT-19KK0071, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-20K06579, KAKENHI-PLANNED-18H05534
[雑誌論文] Efficient Multiple Domain Ligation for Proteins Using Asparaginyl Endopeptidase by Selection of Appropriate Ligation Sites Based on Steric Hindrance2022
- 著者名/発表者名
  Okuda Aya、Shimizu Masahiro、Inoue Rintaro、Urade Reiko、Sugiyama Masaaki
- 雑誌名
  
  Angewandte Chemie International Edition
  
  巻: 62 号: 1
- DOI
  10.1002/anie.202214412
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19KK0071, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-20K06579, KAKENHI-PLANNED-18H05534
[雑誌論文] Elucidation of the mechanism of subunit exchange in αB crystallin oligomers2021
- 著者名/発表者名
  Inoue Rintaro、Sakamaki Yusuke、Takata Takumi、Wood Kathleen、Morishima Ken、Sato Nobuhiro、Okuda Aya、Shimizu Masahiro、Urade Reiko、Fujii Noriko、Sugiyama Masaaki
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 11 号: 1 ページ: 1-9
- DOI
  10.1038/s41598-021-82250-z
- NAID
  120006956390
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06579, KAKENHI-PROJECT-20K11646, KAKENHI-PROJECT-19KK0071, KAKENHI-PLANNED-18H05534, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-17K13221, KAKENHI-PROJECT-19K16088
[雑誌論文] Deuteration Aiming for Neutron Scattering2021
- 著者名/発表者名
  Okuda Aya、Inoue Rintaro、Morishima Ken、Saio Tomohide、Yunoki Yasuhiro、Yagi-Utsumi Maho、Yagi Hirokazu、Shimizu Masahiro、Sato Nobuhiro、Urade Reiko、Kato Koichi、Sugiyama Masaaki
- 雑誌名
  
  Biophysics and Physicobiology
  
  巻: 18 号: 0 ページ: 16-27
- DOI
  10.2142/biophysico.bppb-v18.003
- NAID
  130008000165
- ISSN
  2189-4779
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06579, KAKENHI-PROJECT-20K22629, KAKENHI-PROJECT-19KK0071, KAKENHI-PLANNED-18H05534, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-18J21063, KAKENHI-PROJECT-19K16088
[雑誌論文] Solution structure of multi-domain protein ER-60 studied by aggregation-free SAXS and coarse-grained-MD simulation2021
- 著者名/発表者名
  Okuda Aya、Shimizu Masahiro、Morishima Ken、Inoue Rintaro、Sato Nobuhiro、Urade Reiko、Sugiyama Masaaki
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 11 号: 1 ページ: 1-13
- DOI
  10.1038/s41598-021-85219-0
- NAID
  120006997066
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06579, KAKENHI-PROJECT-20K22629, KAKENHI-PROJECT-19KK0071, KAKENHI-PLANNED-18H05534, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-19K16088
[雑誌論文] Dynamics of proteins with different molecular structures under solution condition2020
- 著者名/発表者名
  Inoue Rintaro、Oda Takashi、Nakagawa Hiroshi、Tominaga Taiki、Saio Tomohide、Kawakita Yukinobu、Shimizu Masahiro、Okuda Aya、Morishima Ken、Sato Nobuhiro、Urade Reiko、Sato Mamoru、Sugiyama Masaaki
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 10 号: 1 ページ: 21678-21678
- DOI
  10.1038/s41598-020-78311-4
- NAID
  120007193758
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06527, KAKENHI-PROJECT-20K06579, KAKENHI-PROJECT-19KK0071, KAKENHI-PLANNED-18H05534, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-18H02391, KAKENHI-PROJECT-20H02944, KAKENHI-PROJECT-19K16088, KAKENHI-PUBLICLY-19H04945
[雑誌論文] Newly developed Laboratory-based Size exclusion chromatography Small-angle x-ray scattering System (La-SSS)2019
- 著者名/発表者名
  R. Inoue, T. Nakagawa, K. Morishima, N. Sato, A. Okuda, R. Urade, R. Yogo, S. Yanaka, M. Yagi-Utsumi, K. Kato, K. Omoto, K. Ito, M. Sugiyama
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 9 号: 1 ページ: 1-12
- DOI
  10.1038/s41598-019-48911-w
- NAID
  120006799252
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K16088, KAKENHI-PROJECT-19KK0071, KAKENHI-PLANNED-18H05534, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-19H01017, KAKENHI-PROJECT-19J15602, KAKENHI-PROJECT-17K07361, KAKENHI-PROJECT-18K14892
[学会発表] 小胞体における酸化的フォールディング酵素の機能・構造相関解析2024
- 著者名/発表者名
  奥田綾
- 学会等名
  日本農芸化学会2024年度大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K13882
[学会発表] Development of efficient multiple domain ligation method for proteins2023
- 著者名/発表者名
  A. Okuda, M. Shimizu, R. Inoue, R. Urade, M. Sugiyama
- 学会等名
  26th Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography - IUCr 2023
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19KK0071
[学会発表] Analysis of solution structure of CYP105A1 with small angle X-ray scattering2023
- 著者名/発表者名
  A. Okuda, Y. Yunoki, M. Shimizu, R. Inoue, M. Sugiyama
- 学会等名
  2023 International Joint Meeting of the 23rd International Conference on Cytochrome P450 and the 38th Annual Meeting of the Japanese Society for the Study of Xenobiotics - 2023 ICCP450/JSSX, Japan
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19KK0071
[学会発表] 区分同位体修飾のための酵素を用いた高効率タンパク質ライゲーション法の開発2023
- 著者名/発表者名
  奥田綾、清水将裕、井上倫太郎、裏出令子、杉山正明
- 学会等名
  第23回日本蛋白質科学年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K13882
[学会発表] 生化学実験と分子動力学計算の協働による酵素を用いたプロテインライゲーションの実現2023
- 著者名/発表者名
  奥田綾、清水将裕、井上倫太郎、裏出令子、杉山正明
- 学会等名
  第96回日本生化学会大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K13882
[学会発表] 区分重水素化試料を用いた逆転コントラスト同調中性子小角散乱測定2023
- 著者名/発表者名
  奥田綾、清水将裕、井上倫太郎、裏出令子、杉山正明
- 学会等名
  第23回日本中性子科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K13882
[学会発表] Development of efficient multiple domain ligation method for proteins2023
- 著者名/発表者名
  Aya Okuda, Masahiro Shimizu, Rintaro Inoue, Reiko Urade, Masaaki Sugiyama
- 学会等名
  International Union of Crystallography (IUCr) 2023
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K13882
[学会発表] Deuteration Aiming for Neutron Scattering (DANS) in KumatorI Deuteration Station (KIDS)2023
- 著者名/発表者名
  Aya Okuda, Rintaro Inoue, Ken Morishima, Masahiro Shimizu, Reiko Urade, Masaaki Sugiyama
- 学会等名
  DeuNet 2023 Facility Meeting
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K13882
[学会発表] Integrated Method with Analytical Ultracentrifugation and Small-Angle Scattering (AUC-SAS) for the Structural Analysis of a Biomacromolecule in a Polydisperse Solution.2022
- 著者名/発表者名
  MORISHIMA, Ken; OKUDA, Aya; SATO, Nobuhiro; SHIMIZU, Masahiro; YUNOKI, Yasuhiro; INOUE, Rintaro; URADE, Reiko; SUGIYAMA, Masaaki
- 学会等名
  SAS2022
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19KK0071
[学会発表] Domain Conformation of Multi-domain Protein ER-60 Studied with Hybrid Approach of Coarse-grained Simulations and Small-angle X-ray Scattering2022
- 著者名/発表者名
  SHIMIZU, Masahiro; OKUDA, Aya; MORISHIMA, Ken; SATO, Nobuhiro; INOUE, Rintaro; YUNOKI, Yasuhiro; URADE, Reiko; SUGIYAMA
- 学会等名
  SAS2022
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19KK0071
[学会発表] Solution Structure Analysis of the Multi-domain Protein, ER-60 by Small Angle Scattering2022
- 著者名/発表者名
  OKUDA, Aya; SHIMIZU, Masahiro; MORISHIMA, Ken; INOUE, Rintaro; SATO, Nobuhiro; YUNOKI, Yasuhiro; URADE, Reiko; SUGIYAMA,
- 学会等名
  SAS2022
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19KK0071
[学会発表] Establishment of basic techniques related to protein sample preparation for neutron scattering2021
- 著者名/発表者名
  Okuda, Aya; Inoue, Rintaro; Morishima, Ken; Yunoki, Yasuhiro; Shimizu, Masahiro; Sato, Nobuhiro; Urade, Reiko; Sugiyama, Masaaki
- 学会等名
  IUCR2021
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19KK0071
[学会発表] αB-クリスタリンのサブユニット交換機構2021
- 著者名/発表者名
  井上倫太郎、酒巻裕介、高田匠、Kathleen Wood, 守島健、奥田綾、清水将裕、佐藤信浩、裏出令子、藤井紀子、杉山正明
- 学会等名
  量子ビームサイエンスフェスタ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19KK0071
[学会発表] Subunit dynamics in alpha-crystallin through deuteration-assisted small-angle neutron scattering2021
- 著者名/発表者名
  Inoue, Rintaro; Sakamaki, Yusuke; Takata, Takumi; Morishima, Ken; Wood, Kathleen; Sato, Nobuhiro; Okuda, Aya; Shimizu, Masahiro; Urade, Reiko; Fujii, Noriko; Sugiyama, Masaaki
- 学会等名
  IUCr 2021
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19KK0071
[学会発表] 中性子散乱解析を目指したタンパク質試料調製技術の確立2021
- 著者名/発表者名
  奥田綾, 井上倫太郎, 守島健, 清水将裕, 佐藤信浩, 裏出令子, 杉山正明
- 学会等名
  量子ビームサイエンスフェスタ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19KK0071
[学会発表] 超遠心分析とX線小角散乱の統合手法 (AUC -SAXS ) によるタンパク質複合体の構造解析2021
- 著者名/発表者名
  守島健、宮本洋祐、清水将裕、柚木康弘、奥田綾、佐藤信浩、井上倫太郎、裏出令子、矢木宏和、加藤晃一、杉山正明
- 学会等名
  量子ビームサイエンスフェスタ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19KK0071
[学会発表] AUC-SAS: Integrated analysis of biomacromolecular structure with analytical ultracentrifugation (AUC) and small-angle scattering (SAS)2021
- 著者名/発表者名
  Morishima, Ken; Inoue, Rintaro; Shimizu, Masahiro; Okuda, Aya; Sato, Nobuhiro; Urade, Reiko; Sugiyama, Masaaki
- 学会等名
  IUCR2021
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19KK0071
[学会発表] 中性子散乱解析を目指したタンパク質ライゲーションの技術戦略2020
- 著者名/発表者名
  奥田綾, 清水将裕, 守島健, 佐藤信浩, 井上倫太郎, 裏出令子, 杉山正明
- 学会等名
  第20回日本中性子科学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19KK0071
[学会発表] Subunit dynamics in a-crystallin through deuteration-assisted small-angle neutron scattering2019
- 著者名/発表者名
  R. Inoue, Y. Sakamaki, K. Wood1, K. Morishima, T. Takumi, N. Sato, A. Okuda, R. Urade, N. Fujii, M. Sugiyama
- 学会等名
  J-PARC symposium 2019
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19KK0071

1. 井上倫太郎 (80563840)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 16件
2. 杉山正明 (10253395)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 17件
3. 守島健 (40812087)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 14件
4. 小田隆

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
5. 今村比呂志

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
6. 河野秀俊

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

奥田 綾 Okuda Aya

研究課題

研究成果

共同研究者

区分重水素化試料調製を目指した酵素によるタンパク質ライゲーション技術の確立研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

量子ビーム相関解析法による生体高分子構造・ダイナミクスの探求

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Mechanistic Modeling of Amyloid Oligomer and Protofibril Formation in Bovine Insulin2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Characterization of K-binding factor involved in water-soluble complex of menaquinone-7 produced by <i>Bacillus subtilis natto</i>2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Overall structure of fully assembled cyanobacterial KaiABC circadian clock complex by an integrated experimental-computational approach2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Extracting time series matching a small-angle X-ray scattering profile from trajectories of molecular dynamics simulations2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Efficient Multiple Domain Ligation for Proteins Using Asparaginyl Endopeptidase by Selection of Appropriate Ligation Sites Based on Steric Hindrance2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Elucidation of the mechanism of subunit exchange in αB crystallin oligomers2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Deuteration Aiming for Neutron Scattering2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

ISSN

言語

データソース

[雑誌論文] Solution structure of multi-domain protein ER-60 studied by aggregation-free SAXS and coarse-grained-MD simulation2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Dynamics of proteins with different molecular structures under solution condition2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Newly developed Laboratory-based Size exclusion chromatography Small-angle x-ray scattering System (La-SSS)2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[学会発表] 小胞体における酸化的フォールディング酵素の機能・構造相関解析2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Development of efficient multiple domain ligation method for proteins2023

著者名/発表者名

学会等名

奥田綾 Okuda Aya