菊地武司 Kikuchi Takeshi

研究者番号	90195206
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所属 (現在)	2025年度: 立命館大学, 生命科学部, 授業担当講師
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2021年度 – 2023年度: 立命館大学, 生命科学部, 教授 2014年度 – 2016年度: 立命館大学, 生命科学部, 教授 2008年度: 立命館大学, 生命科学部, 教授 2007年度: 立命館大学, 情報理工学部, 教授 2000年度 – 2002年度: 倉敷芸術科学大学, 産業科学技術学部, 教授
審査区分/研究分野	研究代表者生物系 / 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生物物理学 / 生命・健康・医療情報学 / 基礎ゲノム科学研究代表者以外高分子構造物性(含繊維)
キーワード	研究代表者構造予測 / フォールディング / コンタクトマップ / タンパク立体構造 / 残基間平均距離統計 / ORF / ドメイン領域 / 平均距離マップ / ゲノム情報科学 / Covid-19 … もっと見る / 創薬 / 自由エネルギー不等式 / SARS-CoV-2 / 陽溶媒 / RISM理論 / ファインマン自由エネルギー不等式 / 結合自由エネルギー / Real Chain / Monte Carlo Simulation / Pair Correlation Function / Folding / Effective Potential / Denatured State / Interresidue Average Distance / Structure Prediction / モンテカルロシミュレーンョン / フォールディシグ / 実在鎖 / モンテカルロシミュレーション / 残基間対相関関数 / 有効残基間ポテンシャル / 変性状態 / アミノ酸間平均距離統計 / タンパク立体構造予測 / Ｇｏモデル / 分子動力学 / Goモデル / 平均距離統計 / 配列解析 / フォールディング機構 / 配列相同タンパク質 / Ｇｏモデル / 進化的保存疎水残基 / フォールディング部位 / タンパク質立体構造 / アミノ酸配列相同性 / ADM / 疎水性パッキング / 残基対コンタクト / 立体構造形成 / モンテカルロ法 / φ値解析 / 立体構造形成部位 / 残基対コンタクト頻度 / タンパク構造予測 / バイオインフォマティクス … もっと見る研究代表者以外 Biological Functionality / Molecular Assembly / Thermal Hystereisis Behavior / Molecular Simulation / Structural Analysis / Spectroscopic Properties / Chitosan-Iodine Compley / Polysaccharide / 温度履歴挙動 / 生理機能 / 分子集合 / 熱履歴挙動 / 分子シミュレーション / 構造解析 / 分光特性 / キトサン・ヨウ素錯体 / 多糖類隠す

自由エネルギー不等式に基づくタンパク質－リガンド結合自由エネルギー予測法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  菊地武司
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  立命館大学
アミノ酸配列相同性が著しく高いにも拘らず立体構造の異なるタンパク質の構造構築原理研究代表者
- 研究代表者
  
  菊地武司
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  立命館大学
残基間平均距離統計を用いたタンパク構造形成部位の予測研究代表者
- 研究代表者
  
  菊地武司
- 研究期間 (年度)
  2007 – 2008
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  基礎ゲノム科学
- 研究機関
  立命館大学
タンパクのアミノ酸間平均距離統計を用いたゲノム配列解析法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  菊地武司
- 研究期間 (年度)
  2001
- 研究種目
  
  特定領域研究(C)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  倉敷芸術科学大学
タンパク質のアミノ酸間平均距離統計を用いたゲノム配列解析法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  菊地武司
- 研究期間 (年度)
  2000 – 2002
- 研究種目
  
  特定領域研究(C)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  倉敷芸術科学大学
キトサン・ヨウ素複合体の超分子形成とその温度履歴挙動の究明およびその生理機能評価
- 研究代表者
  
  矢島博文
- 研究期間 (年度)
  2000 – 2001
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  高分子構造物性(含繊維)
- 研究機関
  東京理科大学
アミノ酸間の距離の相関を考慮したタンパクの構造予測法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  菊地武司
- 研究期間 (年度)
  2000 – 2002
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  倉敷芸術科学大学

すべて 2022 2021 2017 2016 2015 2014 2009 2008 2007

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Decoding an Amino Acid Sequence to Extract Information on Protein Folding2022
- 著者名/発表者名
  Kikuchi Takeshi
- 雑誌名
  
  Molecules
  
  巻: 27 号: 9 ページ: 3020-3020
- DOI
  10.3390/molecules27093020
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12130
[雑誌論文] Properties of Amino Acid Sequences of Lysozyme-Like Superfamily Proteins Relating to Their Folding Mechanisms.2017
- 著者名/発表者名
  Takuto Nakashima, Michirou Kabata, and Takeshi Kikuchi
- 雑誌名
  
  Journal of Proteomics & Bioinformatics
  
  巻: 10 号: 4 ページ: 94-107
- DOI
  10.4172/jpb.1000429
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330335
[雑誌論文] Implication of the cause of differences in 3D structures of proteins with high sequence identity based on analyses of amino acid sequences and 3D structures2014
- 著者名/発表者名
  Masanari Matsuoka, Masatake Sugita, Takeshi Kikuchi
- 雑誌名
  
  BMC Research Notes
  
  巻: 7 号: 1 ページ: 654-654
- DOI
  10.1186/1756-0500-7-654
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-13J09198, KAKENHI-PROJECT-26330335
[雑誌論文] Spin correlations in a no frustrated one-dimensional spin system and the formation of the ground state as a model of protein folding2009
- 著者名/発表者名
  Takeshi Kikuchi
- 雑誌名
  
  Physica A : Statistical Mechanics and its Applications 388
  
  ページ: 129-136
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[雑誌論文] Analysis of 3D structural differences in the IgG-binding domains based on the interresidue average-distance statistics2008
- 著者名/発表者名
  Takeshi Kikuchi
- 雑誌名
  
  Amino Acids 5
  
  ページ: 541-549
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[雑誌論文] Analysis of 3D structural differences in the IgG binding domains based on the average-distance statistics2008
- 著者名/発表者名
  Takeshi Kikuchi
- 雑誌名
  
  Amino Acids (掲載確定)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[雑誌論文] Prediction of Protein Folding Properties Based on Interresidue Average Distance Statistics2007
- 著者名/発表者名
  Takeshi Kikuchi
- 雑誌名
  
  the 10th International Congress on Amino Acids and Proteins(ICAAP)(August 2007, Kallithea, Greece)Amino Acids 33
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] Estimation of relative binding free energy based on a free energy for the cyclin dependent　kinase2- ligand system2021
- 著者名/発表者名
  新大樹　菊地武司
- 学会等名
  生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12130
[学会発表] Estimation of relative binding free enrgy based on a free energy inequality for the Checkopoint kinase1-ligand system2021
- 著者名/発表者名
  芝原慶太　菊地武司
- 学会等名
  生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12130
[学会発表] Decoding Protein Sequencesto Extract Information of Folding Nuclei2017
- 著者名/発表者名
  Takeshi Kikuchi
- 学会等名
  Protein & Peptide Conference (PepCon-2017)
- 発表場所
  ヒルトン福岡シーホーク（福岡県博多市）
- 年月日
  2017-03-24
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330335
[学会発表] Sequence analysis on the information of folding nuclei in proteins with interesting 3D properties2016
- 著者名/発表者名
  Takeshi Kikuchi
- 学会等名
  Frontier of Structural Biology 2016
- 発表場所
  New Orleans（USA)
- 年月日
  2016-08-22
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330335
[学会発表] Lysozyme superfamilyにおけるフォールディング機構保存性の、残基間距離の統計情報を用いた予測2016
- 著者名/発表者名
  中島拓飛、加畑通朗、菊地武司
- 学会等名
  第16回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場（福岡県博多市）
- 年月日
  2016-06-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330335
[学会発表] β-Trefoilタンパクのフォールディングに重要な残基に関する残基間平均距離統計に基づく解析2016
- 著者名/発表者名
  桐岡拓也、菊地武司
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330335
[学会発表] β-Trefoilタンパクのフォールディングに重要な残基に関する残基間平均距離統計に基づく解析2016
- 著者名/発表者名
  桐岡拓也、菊地武司
- 学会等名
  第16回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場（福岡県博多市）
- 年月日
  2016-06-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330335
[学会発表] Lysozyme スーパーファミリーのアミノ酸配列解析によるフォールディング領域予測2016
- 著者名/発表者名
  中島拓飛、加畑通朗、菊地武司
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330335
[学会発表] 高い配列相同性を持ちながら異なる立体構造を持つタンパク質のアミノ酸配列と立体構造に基づく解析2015
- 著者名/発表者名
  大西晃平、松岡雅成、杉田昌岳、菊地武司
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（石川県金沢市）
- 年月日
  2015-09-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330335
[学会発表] TM1457 におけるアミノ酸配列と立体構造との関連2015
- 著者名/発表者名
  大西晃平、菊地武司
- 学会等名
  第１５回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  あわぎんホール（徳島県徳島市）
- 年月日
  2015-06-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330335
[学会発表] Analysis of the effect of amino acid mutations on the protein folding segments by means of sequence and evolutionary analyses2014
- 著者名/発表者名
  松岡雅成　菊地武司
- 学会等名
  日本生物物理学会第52回年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター（北海道）
- 年月日
  2014-09-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26330335
[学会発表] 自由エネルギー変分原理を用いたFKBP阻害剤の結合自由エネルギーの予測とリガンドの分類2008
- 著者名/発表者名
  南康智、菊地武司
- 学会等名
  日本生物物理学会第46回年会講演予稿集S28
- 発表場所
  福岡
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] 自由エネルギー変分原理に基づくFKBP(免疫抑制剤結合タンパク質)阻害剤の結合自由エネルギーの予測2008
- 著者名/発表者名
  南康智, 菊地武司
- 学会等名
  第8回日本蛋白質科学会
- 発表場所
  タワーホール船橋(東京)
- 年月日
  2008-06-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] 自由エネルギー変分原理を用いたFKBP阻害剤の結合エネルギー予測とリガンドの分類2008
- 著者名/発表者名
  南康智, 菊地武司
- 学会等名
  第46回に本生物物理学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場(福岡)
- 年月日
  2008-12-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] グロビンフォールドへリックスE-H単位の立体構造の普遍性について2008
- 著者名/発表者名
  永岡清秀、菊地武司
- 学会等名
  第8回日本蛋白質科学会年会講演要旨集p64
- 発表場所
  東京
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] グロビンフォールドヘリックスE-H単位の立体構造の普遍性について2008
- 著者名/発表者名
  永岡清秀, 菊地武司
- 学会等名
  第8回日本蛋白質科学会
- 発表場所
  タワーホール船橋(東京)
- 年月日
  2008-06-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] グロビンフォールドへリックスE-H単位の立体構造の普遍性-残基間平均距離を用いた解析2008
- 著者名/発表者名
  菊地武司
- 学会等名
  日本生物物理学会第46回年会講演予稿集S22
- 発表場所
  福岡
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] グロビンフォールドヘリックスE-H単位の立体構造の普遍性-残基間平均距離を用いた解析-2008
- 著者名/発表者名
  菊地武司
- 学会等名
  第46回に本生物物理学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場(福岡)
- 年月日
  2008-12-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] 自由エネルギー変分原理に基づくFKBP(免疫抑制剤結合タンパク質)阻害剤の結合自由エネルギーの予測2008
- 著者名/発表者名
  南康智、菊地武司
- 学会等名
  第8回日本蛋白質科学会年会講演要旨集p62
- 発表場所
  東京
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] 自由エネルギー変分原理の基づくジヒドロ葉酸還元酵素阻害剤の相対的結合自由エネルギー計算2007
- 著者名/発表者名
  坂本龍則、菊地武司
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会講演予稿集S26
- 発表場所
  横浜
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] Prediction of Protein Folding Properties Based on Interresidue Average Distance Statistics2007
- 著者名/発表者名
  Takeshi Kikuchi
- 学会等名
  the 10th International Congress on Amino Acids and Proteins
- 発表場所
  Kallithea, Greece
- 年月日
  2007-08-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] IgG結合ドメインの立体構造の違いについて-残基間平均距離に基づく解析-2007
- 著者名/発表者名
  菊地武司
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会講演予稿集S27
- 発表場所
  横浜
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] 自由エネルギー変分原理を用いた相対的結合自由エネルギー計算とジヒドロ葉酸還元酵素阻害剤への応用2007
- 著者名/発表者名
  新江雄一、菊地武司
- 学会等名
  第7回蛋白質科学会講演要旨集
- 発表場所
  仙台
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] 自由エネルギー変分原理を用いた相対的結合自由エネルギー計算とジヒドロ葉酸還元酵素阻害剤への応用2007
- 著者名/発表者名
  新江雄一、菊地武司
- 学会等名
  第7回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  仙台
- 年月日
  2007-05-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] Prediction of protein folding properties based on interresidue average distance statistics2007
- 著者名/発表者名
  Takeshi Kikuchi
- 学会等名
  International Conference of Amino acid and Porteins
- 発表場所
  Tessalloniki, Greece
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] 自由エネルギー変分原理に基づく相対的結合自由エネルギー計算とそのFK506結合タンパク阻害剤への応用2007
- 著者名/発表者名
  新江雄一、南康智、菊地武司
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  横浜
- 年月日
  2007-12-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] 自由エネルギー変分原理の基づく相対的結合自由エネルギー計算とそのFKBP結合タンパク阻害剤への応用2007
- 著者名/発表者名
  新江雄一、菊地武司
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会講演予稿集S114
- 発表場所
  横浜
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] IgG結合ドメインの立体構造の違いについて-残基間平均距離統計に基づく解析2007
- 著者名/発表者名
  菊地武司
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  横浜
- 年月日
  2007-12-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] 残基間平均距離統計ポテンシャルによるIgG結合ドメイン類縁蛋白の構造の差異に関する解析2007
- 著者名/発表者名
  菊地武司、原田織江
- 学会等名
  第7回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  仙台
- 年月日
  2007-05-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] 自由エネルギー変分原理に基づくジヒドロ葉酸還元酵素の相対結合自由エネルギー計算2007
- 著者名/発表者名
  坂本龍則、菊地武司
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  横浜
- 年月日
  2007-12-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202
[学会発表] 残基間平均距離統計ポテンシャルによるIgG結合ドメイン類縁タンパクの構造の差異に関する解析2007
- 著者名/発表者名
  原田織江、菊地武司
- 学会等名
  第7回蛋白質科学会講演要旨集
- 発表場所
  仙台
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19510202

1. 矢島博文 (10147506)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
2. 指輪仁之 (20205884)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 深井文雄 (90124487)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件

菊地 武司 Kikuchi Takeshi

研究課題

研究成果

共同研究者

自由エネルギー不等式に基づくタンパク質－リガンド結合自由エネルギー予測法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

アミノ酸配列相同性が著しく高いにも拘らず立体構造の異なるタンパク質の構造構築原理研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

残基間平均距離統計を用いたタンパク構造形成部位の予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパクのアミノ酸間平均距離統計を用いたゲノム配列解析法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質のアミノ酸間平均距離統計を用いたゲノム配列解析法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

キトサン・ヨウ素複合体の超分子形成とその温度履歴挙動の究明およびその生理機能評価

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

アミノ酸間の距離の相関を考慮したタンパクの構造予測法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Decoding an Amino Acid Sequence to Extract Information on Protein Folding2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Properties of Amino Acid Sequences of Lysozyme-Like Superfamily Proteins Relating to Their Folding Mechanisms.2017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Implication of the cause of differences in 3D structures of proteins with high sequence identity based on analyses of amino acid sequences and 3D structures2014

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Spin correlations in a no frustrated one-dimensional spin system and the formation of the ground state as a model of protein folding2009

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Analysis of 3D structural differences in the IgG-binding domains based on the interresidue average-distance statistics2008

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Analysis of 3D structural differences in the IgG binding domains based on the average-distance statistics2008

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Prediction of Protein Folding Properties Based on Interresidue Average Distance Statistics2007

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[学会発表] Estimation of relative binding free energy based on a free energy for the cyclin dependent kinase2- ligand system2021

著者名/発表者名

学会等名

菊地武司 Kikuchi Takeshi

[学会発表] Estimation of relative binding free energy based on a free energy for the cyclin dependent　kinase2- ligand system2021