中村周吾 Nakamura Shugo

研究者番号	90272442
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所属 (現在)	2025年度: 東洋大学, 情報連携学部, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2024年度: 東洋大学, 情報連携学部, 教授 2007年度 – 2011年度: 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 准教授 2006年度: 東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 助教授 2001年度 – 2005年度: 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 1998年度 – 2000年度: 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手
審査区分/研究分野	研究代表者生体生命情報学 / 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生物物理学 / 生物物理学研究代表者以外生物系 / 理工系 / 計算機科学 / 生体生命情報学
キーワード	研究代表者タンパク質 / 立体構造予測 / ディスオーダー / 構造予測 / ダイナミクス / 核酸 / 天然変性タンパク質 / folding / generalized ensemble method / mini hairpin molecule … もっと見る / nucleic acids / マルチカノニカル分子動力学法 / フォールディング / 拡張アンサンブル法 / ミニヘアピン分子 / 局所構造情報 / シミュレーション / 蛋白質 / ディスオーダー蛋白質 / コンピュータシミュレーション / SVM / タンパク質ループ領域 / 局所配列構造相関 / 機能予測 / トランスファーRNA / 並列計算技術 / 複合体 … もっと見る研究代表者以外構造予測 / 生体生命情報学 / 並列計算 / タンパク質 / プロテオーム / 蛋白質 / 資源管理 / ミドルウェア / グリッドコンピューティング / 分散共有メモリ / 統計ポテンシャル / 分子動力学法 / 分子間相互作用 / バイオインフォマティクス / BLOSUM / アミノ酸配列 / 大規模並列計算機 / computational chemistry / molecular dynamics / scheduling / processor allocation / parallel programming environment / parallel computing / 分子動力学シミュレーション / 科学技術計算 / 計算化学 / 分子動力学計算 / スケジューリング / プロセッサ割当て / MPI / 並列プログラミング環境 / 構造精密化 / 構造評価 / 分子動力学 / 複合体 / 機能予測 / フラグメントアセンブリ方式 / ホモロジーモデリング / 遺伝子クラスタリング / 二次構造 / molecular dynamics simulation / protein structure assessment / protein structure refinement / protein structure prediction / proteome / bioinformatics / 蛋白質構造評価 / 蛋白質構造精密化 / 蛋白質構造予測 / MP1 / エネルギー最小化計算 / 分子動力学シュミレーション / 動的資源管理 / MPI (Message Passing Interface) / スレープ方式 / マスタ / 大規模並列システム / 空間分割法 / ブロテオーム / 不規則領域 / ネットワーク / ソフトウェア学 / ハイパフォーマンス・コンピューティング / マルチカノニカル法 / アビニシオ法 / 構造クラスタリング / ab initio法 / 配列類似度 / 並列計算環境 / 分子シミュレーション / 尿素 / 変性剤 / 疎水性相互作用 / 疎水効果隠す

ダイナミクス情報を考慮した深層学習技術による天然変性タンパク質複合体構造予測研究代表者
- 研究代表者
  
  中村周吾
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東洋大学
コンピュータを用いたディスオーダー蛋白質の構造情報の網羅的解析研究代表者
- 研究代表者
  
  中村周吾
- 研究期間 (年度)
  2009 – 2011
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京大学
タンパク質相互作用のネットワーク予測から原子レベルの結合予測までの統合的研究
- 研究代表者
  
  清水謙太郎 (清水謙多郎)
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2010
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2010
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京大学
タンパク質の局所配列・構造情報に着目した機能予測法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  中村周吾
- 研究期間 (年度)
  2007 – 2008
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京大学
高精度のドッキング機能を有するタンパク質間相互作用予測システムの開発
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2007
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
高精度のドッキング機能を有するタンパク質間相互作用予測システムの開発
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2005
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
高精度タンパク質構造モデリングおよび構造評価手法の開発
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2005 – 2007
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京大学
ホモロジーモデリングとアビニシオ法の統合による高精度タンパク質構造予測手法の開発
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2004
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
大規模分散データの真に透過で効率的な共有を実現する分散共有配列システムの開発
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2005
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  東京大学
計算機シミュレーションによる核酸立体構造の安定性とダイナミクスの網羅的解析研究代表者
- 研究代表者
  
  中村周吾
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2005
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  東京大学
ホモロジーモデリングとアビニシオ法の統合による高精度タンパク質構造予測手法の開発
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2003
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2003
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  東京大学
タンパク質の局所構造情報を利用したab initio立体構造・機能予測手法の開発
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2002
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2002
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  東京大学
タンパク質の局所構造情報を利用したab initio立体構造・機能予測手法の開発
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2001
- 研究種目
  
  特定領域研究(C)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2001
- 研究種目
  
  特定領域研究(C)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  東京大学
並列計算技術を用いたタンパク質・核酸複合体のダイナミクスの解析研究代表者
- 研究代表者
  
  中村周吾
- 研究期間 (年度)
  2001 – 2002
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  東京大学
タンパク質の局所構造情報を利用したab initio立体構造・機能予測手法の開発
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  2000
- 研究種目
  
  特定領域研究(C)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学
動的資源管理機能を備えた大規模並列プログラミング環境の開発と計算化学への応用
- 研究代表者
  
  清水謙多郎 (清水謙太郎)
- 研究期間 (年度)
  1999 – 2001
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  計算機科学
- 研究機関
  東京大学
蛋白質の安定性・折れたたみ機構における水・変性剤の分子メカニズム
- 研究代表者
  
  池口満徳
- 研究期間 (年度)
  1998
- 研究種目
  
  特定領域研究(A)
- 研究機関
  東京大学
大規模並列システムのための効率的なプロセッサ割当て方針に関する研究
- 研究代表者
  
  清水謙多郎
- 研究期間 (年度)
  1998 – 2000
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  計算機科学
- 研究機関
  東京大学

すべて 2012 2011 2010 2009 2008 2007 2006 2005 2004 その他

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] タンパク質のab initio構造予測2009
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 総ページ数
  6
- 出版者
  メディカルドゥ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[図書] 遺伝子医学MOOK14次世代創薬テクノロジー実践:インシリコ創薬の最前線(タンパク質のabinitio構造予測)2009
- 著者名/発表者名
  中村周吾,清水謙多郎
- 出版者
  メディカルドゥ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[図書] タンパク質のab initio構造予測2009
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 総ページ数
  6
- 出版者
  メディカルドゥ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20016006
[雑誌論文] Blind prediction of quaternary structures of homo-oligomeric proteins from amino acid sequences based on templates2012
- 著者名/発表者名
  M. Morita, M. Kakuta, K. Shimizu, S. Nakamura
- 雑誌名
  
  J. Proteome Sci. Comput. Biol.
  
  巻: 1
- URL
  http://www.hoajonline.com/jpscb/1/1/1
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[雑誌論文] Prospects for tertiary structure prediction of RNA basea on secondary structure information2012
- 著者名/発表者名
  S.Yamasaki, S.Nakamura, K.Fukui
- 雑誌名
  
  J.Chem.Inf.Model.
  
  巻: 52 号: 2 ページ: 557-567
- DOI
  10.1021/ci2003413
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289, KAKENHI-PROJECT-22700317
[雑誌論文] Prediction of N-myristoylation modification of proteins by SVM2011
- 著者名/発表者名
  W.Cao, K.Sumikoshi, S.Nakamura, T.Terada, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  Bioinformation
  
  巻: 6 ページ: 204-206
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[雑誌論文] Mutually exclusive expression of Gaia and Ga14 reveals diversification of taste receptor cells in zebrafish2011
- 著者名/発表者名
  M.Ohmoto, S.Okada, S.Nakamura, K.Abe, I.Matsumoto
- 雑誌名
  
  J.Comp.Neurol.
  
  巻: 519 号: 8 ページ: 1616-1629
- DOI
  10.1002/cne.22589
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289, KAKENHI-PROJECT-23248058, KAKENHI-PROJECT-23688016
[雑誌論文] Prediction of N-myristoylation modification of proteins by SVM2011
- 著者名/発表者名
  W. Cao, K. Sumikoshi, S. Nakamura, T. Terada, K. Shimizu
- 雑誌名
  
  Bioinformation
  
  巻: 6(5) ページ: 204-206
- URL
  http://www.bioinformation.net/006/97320630006204.pdf
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[雑誌論文] Protein-Protein Docking Using Multi-layered Spherical Basis Functions2011
- 著者名/発表者名
  K.Sumikoshi, T.Terada, S.Nakamura, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 2011 International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics
  
  ページ: 342-347
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Protein-protein docking using multi-layered spherical basis functions2011
- 著者名/発表者名
  K. Sumikoshi, T. Terada, S. Nakamura, K. Shimizu
- 雑誌名
  
  Int. Proc. Chem., Biol. Environ. Eng.
  
  巻: 5 ページ: 342-347
- URL
  http://www.ipcbee.com/vol5/76-X10027.pdf
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[雑誌論文] BUDDY-system : A web site for constructing a dataset of protein pairs between ligand-bound and unbound states2011
- 著者名/発表者名
  M. Morita, T. Terada, S. Nakamura, K. Shimizu
- 雑誌名
  
  BMC Res. Notes
  
  巻: 4 号: 1 ページ: 143-143
- DOI
  10.1186/1756-0500-4-143
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289, KAKENHI-PROJECT-23300109
[雑誌論文] Protein-protein docking using multi-layered spherical basis functions2011
- 著者名/発表者名
  K.Sumikoshi, T.Terada, S.Nakamura, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  Int.Proc.Chem., Biol.Environ.Eng.
  
  巻: 5 ページ: 342-347
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[雑誌論文] Prediction of carbohydrate-binding proteins from sequences using support vector machines2010
- 著者名/発表者名
  S.Someya, M.Kakuta, M.Morita, K. Sumikoshi, W.Cao, Z.Ge, O.Hirose, S.Nakamura, T.Terada, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  Adv.Bioinform.
  
  巻: ArticleID:289301
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[雑誌論文] Prediction of carbohydrate-binding proteins from sequences using support vector machines2010
- 著者名/発表者名
  S. Someya, M. Kakuta, M. Morita, K. Sumikoshi, W. Cao, Z. Ge, O. Hirose, S. Nakamura, T. Terada, K. Shimizu
- 雑誌名
  
  Adv. Bioinform.
  
  巻: 2010 ページ: 1-9
- DOI
  10.1155/2010/289301
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[雑誌論文] Prediction of carbohydrate-binding proteins from sequences using support vector machines.2010
- 著者名/発表者名
  S.Someya, M.Kakuta, M.Morita, K.Sumikoshi, W.Cao, Z.Ge, O.Hirose, S.Nakamura, T.Terada, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  Advances in Bioinformatics
  
  ページ: 289301-289301
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Comprehensive analysis of sequence-structure relationships in the loop regions of proteins2009
- 著者名/発表者名
  S.Nakamura
- 雑誌名
  
  GIW 2009
  
  巻: 23 ページ: 106-116
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Comprehensive analysis of sequence-structure relationships in the loop regions of proteins2009
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 雑誌名
  
  Genome Informatics 23
  
  ページ: 106-116
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[雑誌論文] Comprehensive analysis of sequence-structure relationships in the loop regions of proteins2009
- 著者名/発表者名
  S.Nakamura, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  GIW 2009 23
  
  ページ: 106-116
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Computational Protocol for Screening GPI-anchored Proteins, Proceedings of the First International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BICoB)2009
- 著者名/発表者名
  W.Cao, K.Sumikoshi, T.Terada, S.Nakamura, K.Kitamoto, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  Springer Lecture Notes in Bioinformatics Series 5462
  
  ページ: 164-175
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Computational Protocol for Screening GPI-anchored Proteins, Proceedings of the First International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BICoB) 20092009
- 著者名/発表者名
  W. Cao, K. Sumikoshi, T. Terada, S. Nakamura, K. Kitamoto, K. Shimizu
- 雑誌名
  
  Springer Lecture Notes in Bioinformatics Series (in press)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19500251
[雑誌論文] Anti-metatype peptides, a molecular tool with high sensitivity and specificity to monitor small ligands2009
- 著者名/発表者名
  J. Inaba, S. Nakamura, K. Shimizu, T. Asami, Y. Suzuki
- 雑誌名
  
  Anal. Biochem. 388(1)
  
  ページ: 63-70
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19500251
[雑誌論文] Computational Protocol for Screening GPI-anchored Proteins2009
- 著者名/発表者名
  Cao Wei, Kazuya Sumikoshi, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Katsuhiko Kitamoto, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Proceedings of the First International ConBerence onBioinlbrmatics and Computational Biology (掲載確定)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20016006
[雑誌論文] Comprehensive analysis of sequence-structure relationships in the loop regions of proteins2009
- 著者名/発表者名
  S. Nakamura, K. Shimizu
- 雑誌名
  
  Genome Inform.
  
  巻: 23(1) ページ: 106-116
- URL
  http://giw.hgc.jp/giw2009/pdf/33-Nakamura.pdf
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[雑誌論文] Anti-metatype peptides, a molecular tool with high sensitivity and specificity to monitor small ligands.2009
- 著者名/発表者名
  J. Inaba, S. Nakamura, K. Shimizu, T. Asami, Y. Suzuki
- 雑誌名
  
  Analytical Biochemistry 388
  
  ページ: 63-70
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19500251
[雑誌論文] Comprehensive analysis of sequence-structure relationships in the loop regions of proteins2009
- 著者名/発表者名
  S.Nakamura
- 雑誌名
  
  GIW 2009
  
  巻: 23 ページ: 106-116
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20016006
[雑誌論文] Prediction of protein-protein interaction sites using only sequence information and using both sequence and structural information2008
- 著者名/発表者名
  M.Kakuta, S.Nakamura, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  IPSJ Transactions on Bioinformatics 49
  
  ページ: 25-35
- NAID
  110006684907
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Prediction of protein-protein interaction sites using only sequence information and using both sequence and structural information2008
- 著者名/発表者名
  M. Kakuta, S. Nakamura, K. Shimizu
- 雑誌名
  
  IPSJ Transactions on Bioinformatics(SIG 5(TBIO4)) 49
  
  ページ: 25-35
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19500251
[雑誌論文] Highly accurate method for ligand-binding site prediction in unbound state (apo) protein structures2008
- 著者名/発表者名
  Mizuki Morita, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics 73
  
  ページ: 468-479
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20016006
[雑誌論文] Highly accurate method for ligand-binding site prediction in unbound state (apo) protein structures2008
- 著者名/発表者名
  M. Morita, S. Nakamura, K. Shimizu
- 雑誌名
  
  PROTEINS 印刷中(掲載確定)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19500251
[雑誌論文] Highly accurate method for ligand-binding site prediction in unbound state (apo) protein structures.2008
- 著者名/発表者名
  M. Morita, S. Nakamura, K. Shimizu
- 雑誌名
  
  PROTEINS 83
  
  ページ: 468-479
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19500251
[雑誌論文] Highly accurate method for ligand-binding site prediction in unbound state (apo) protein structures2008
- 著者名/発表者名
  M. Morita, S. Nakamura, K. Shimizu
- 雑誌名
  
  PROTEINS 73(2)
  
  ページ: 468-479
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19500251
[雑誌論文] Highly accurate method for ligand-binding site prediction in unbound state (apo) protein structures2008
- 著者名/発表者名
  M.Morita, S.Nakamura, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 73, 2
  
  ページ: 468-479
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[雑誌論文] Mechanism of the difference in the binding affinity of E.coli tRNAGln to glutaminyl-tRNA synthetase caused by non-interface nucleotides in variable loop2007
- 著者名/発表者名
  Satoshi Yamazaki, Shugo Nakamura, Tohru Terada, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Biophysical Journal 92
  
  ページ: 192-200
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] IgE^b immune complexes activate macrophages through Fc ^γRIV binding2007
- 著者名/発表者名
  Masayuki Hirano, Randall S. Davis, W. David Fine, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu, Hirokazu Yagi, Koichi Kato, Robert P. Stephan, Max D. Cooper
- 雑誌名
  
  Nature Immunology 8
  
  ページ: 762-771
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] Prediction of protein-protein interaction sites using only sequence information and using both sequence and structural information2007
- 著者名/発表者名
  M. Kakuta, S. Nakamura, K. Shimizu
- 雑誌名
  
  IPSJ Transactions on Bioinformatics 49
  
  ページ: 25-35
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19500251
[雑誌論文] Insight of the Signal Motif of GPI-(like)-anchored Proteins by Using SVM2006
- 著者名/発表者名
  Wei Cao, Kazuya Sumikoshi, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 2006 International Conference on Bioinformatics and Computational Biology(BIOCOMP'06)
  
  ページ: 541-546
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] Folding free-energy landscape of a 10-residue mini-protein, chignolin2006
- 著者名/発表者名
  Daisuke Satoh, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  FEBS Letters 580
  
  ページ: 3422-3426
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] Potential for Assessing Quality of Protein Structure hated on Contact Number Prediction2006
- 著者名/発表者名
  Takashi Ishida, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics 64, 4
  
  ページ: 940-947
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] Distributed shared arrays : Portable shared-memory programming interface for multiple computer systems2005
- 著者名/発表者名
  A.Nomoto, Y.Watanabe, W.Kaneko, T.Terada, S.Nakamura, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 2004 Symposium on Applications & the Internet (印刷中)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16570132
[雑誌論文] A fast protein-protein docking algorithm using series expansion in terms of spherical basis functions2005
- 著者名/発表者名
  Kazuya Sumikoshi, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 16th International Conference on Genome Informatics(GIW2005) 16
  
  ページ: 161-173
- NAID
  130003997422
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[雑誌論文] Improvement of accuracy of free-energy landscapes of peptids calculated with generalized Born model by using numerical solutions of Poisson's equation2004
- 著者名/発表者名
  T.Ishizuka, T.Terada, S.Nakamura, K.Shimizu
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters 393
  
  ページ: 546-551
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16570132
[雑誌論文] Computational Protocol for Screening GPI-anchored Proteins.
- 著者名/発表者名
  W. Cao, K. Sumikoshi, T Terada, S. Nakamura, K. Kitamoto K, Shimizu
- 雑誌名
  
  Proc. 1st Int'l Conf. Bioinform. Comput. Biol. (BICoB) 2009 (印刷中掲載確定)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19500251
[雑誌論文] Highly accurate method for ligand-binding site prediction in unbound state(apo) protein structures
- 著者名/発表者名
  Mizuki Morita, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 雑誌名
  
  PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics, accepted
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[学会発表] Bilab in CASP9～モノマーおよび複合体構造予測～2011
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 学会等名
  IPAB公開セミナーCASP9特集
- 発表場所
  東京工業大学
- 年月日
  2011-02-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[学会発表] アミノ酸配列からのタンパク質立体構造予測と4次構造予測2011
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 学会等名
  日本生化学会大会
- 発表場所
  国立京都国際会館
- 年月日
  2011-09-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[学会発表] アミノ酸配列からのタンパク質立体構造予測と4次構造予測2011
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 学会等名
  第84回日本生化学会大会シンポジウム
- 発表場所
  国立京都国際会館(招待講演)
- 年月日
  2011-09-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[学会発表] Bilab in CASP9-モノマーおよび複合体構造予測-2011
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 学会等名
  IPAB公開セミナーCASP9特集
- 発表場所
  東京工業大学
- 年月日
  2011-02-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[学会発表] 蛋白質のホモマー構造予測2011
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 学会等名
  計算タンパク質科学研究会
- 発表場所
  伊良湖
- 年月日
  2011-08-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[学会発表] タンパク質-タンパク質ドッキングへの分子内フレキシビリティの導入2010
- 著者名/発表者名
  角越和也,中村周吾,清水謙多郎
- 学会等名
  日本生物物理学会第48回年会
- 発表場所
  東北大学(宮城)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] Carbohydrate-binding proteins : A sequence-based prediction model and the database development2010
- 著者名/発表者名
  W.Cao, S.Someya, M.Kakuta, K.Sumikoshi, S.Nakamura, T.Terada, K. K. K.Shimizu
- 学会等名
  The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010)
- 発表場所
  九州大学(福岡)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] タンパク質立体構造予測サーバおよびモデル構造の品質評価プラットフォームの開発2010
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 学会等名
  日本生物物理学会年会
- 発表場所
  仙台
- 年月日
  2010-09-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] 蛋白質モデル構造の品質評価について2010
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 学会等名
  計算タンパク質科学研究会
- 発表場所
  城崎大会議館
- 年月日
  2010-09-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[学会発表] タンパク質の局所配列構造相関について2009
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 学会等名
  計算タンパク質科学研究会
- 発表場所
  聴泉閣かめや
- 年月日
  2009-09-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[学会発表] Development of protein local structure prediction method based on combination of multiple support vector machines2009
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 学会等名
  生物物理学会年会
- 発表場所
  アスティとくしま
- 年月日
  2009-10-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21500289
[学会発表] 複数のサポートベクタマシンの組み合わせによるタンパク質局所構造予測法の開発2009
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 学会等名
  日本生物物理学会第47回年会
- 発表場所
  徳島
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] 複数のサポートベクタマシンの組み合わせによるタンパク質局所構造予測法の開発2009
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 学会等名
  日本生物物理学会第47回年会
- 発表場所
  徳島
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20016006
[学会発表] BLASTと機械学習を用いたアミノ酸配列からのレクチン様タンパク質の予測2008
- 著者名/発表者名
  染谷星志, 角田将典, 森田瑞樹, 角越和也, 中村周吾, 清水謙多郎
- 学会等名
  第31回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  神戸
- 年月日
  2008-12-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20016006
[学会発表] 精密化プロセスを含めたタンパク質-タンパク質ドッキング手法の開発2008
- 著者名/発表者名
  角越和也,寺田透,中村周吾,清水謙多郎
- 学会等名
  日本生物物理学会第46回年会
- 発表場所
  福岡国際会議場(福岡)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] タンパク質ペアに対するカーネル関数を用いたタンパク質間相互作用予測2008
- 著者名/発表者名
  角田将典,角越和也,中村周吾,清水謙多郎
- 学会等名
  第8回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  タワーホール船堀(東京)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] タンパク質のオーダー・ディスオーダーループの配列構造相関の解析2008
- 著者名/発表者名
  中村周吾,清水謙多郎
- 学会等名
  第8回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  タワーホール船堀(東京)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] ドメイン配列を用いたタンパク質間相互作用予測2008
- 著者名/発表者名
  角田将典,角越和也,中村周吾,清水謙多郎
- 学会等名
  日本生物物理学会第46回年会
- 発表場所
  福岡国際会議場(福岡)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20500269
[学会発表] タンパク質ループ領域の配列構造相関2008
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 学会等名
  第8回日本蛋白質科学会
- 発表場所
  タワーホール船堀
- 年月日
  2008-06-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19500251
[学会発表] Sequence-structure correlation analysis for protein loop regions2007
- 著者名/発表者名
  Shugo Nakamura, Mizuki Morita, Masanori Kakuta, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  Forty-Fifth Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, 2P004
- 発表場所
  Yokohama
- 年月日
  2007-12-22
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[学会発表] タンパク質ループ領域の配列構造相関の解析2007
- 著者名/発表者名
  中村周吾
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- 年月日
  2007-12-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19500251
[学会発表] タンパク質ループ領域の配列構造相関の解析2007
- 著者名/発表者名
  Shugo Nakamura
- 学会等名
  日本生物物理学会第45回年会
- 発表場所
  横浜
- 年月日
  2007-12-22
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[学会発表] Protein tertiary structure prediction based on contact number prediction2006
- 著者名/発表者名
  Takashi Ishida, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  Fifth East Asian Biophysics Symposium & Forty-Fourth Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
- 発表場所
  Okinawa
- 年月日
  2006-11-14
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191
[学会発表] Protein structure refinement by using multicanonical molecular dynamics simulation2005
- 著者名/発表者名
  Ryuichiro Ishitani, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  Forty-Third Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, 1P008
- 発表場所
  Sapporo
- 年月日
  2005-11-23
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17500191

1. 清水謙多郎 (80178970)

共同の研究課題数: 17件

共同の研究成果数: 26件
2. 寺田透 (40359641)

共同の研究課題数: 6件

共同の研究成果数: 5件
3. 池口満徳 (60261955)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
4. 角越和也 (90431832)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 2件

中村 周吾 Nakamura Shugo

研究課題

研究成果

共同研究者

ダイナミクス情報を考慮した深層学習技術による天然変性タンパク質複合体構造予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

コンピュータを用いたディスオーダー蛋白質の構造情報の網羅的解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパク質の局所配列・構造情報に着目した機能予測法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

計算機シミュレーションによる核酸立体構造の安定性とダイナミクスの網羅的解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

中村周吾 Nakamura Shugo