塚本弘毅 TSUKAMOTO Koki

研究者番号	90399501
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2010年度: 産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 特別研究員 2007年度: 生命情報工学研究センター, 産総研特別研究員 2007年度: 産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 特別研究員 2006年度 – 2007年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 産総研特別研究員 2005年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター, 産総研特別研究員
審査区分/研究分野	研究代表者以外生体生命情報学
キーワード	研究代表者以外 classification / enzyme reactions / enzyme active sites / protein structures / oxidoreductases / 水素化物イオン移動反応 / フラグメント分子軌道法 / 触媒機構分類 / 電子移動反応 / 分類学 … もっと見る / 酵素反応 / 酵素活性部位 / 蛋白質立体構造 / 酸化還元酵素 / バイオインフォマティクス / 高性能計算 / ドッキング / 蛋白質 / コンピュータシミュレーション隠す

候補サイトの空間分布に注目した信頼度の高いタンパク質ドッキング判定手法の開発
- 研究代表者
  
  秋山泰
- 研究期間 (年度)
  2007 – 2010
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京工業大学
酸化還元酵素の立体構造に基づく触媒機構の網羅的解析及び分類法の開発
- 研究代表者
  
  長野希美
- 研究期間 (年度)
  2005 – 2007
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  独立行政法人産業技術総合研究所

すべて 2008 2007 2006

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins2008
- 著者名/発表者名
  Koki Tsukamoto, Tatsuya Yoshikawa, Yuichiro Hourai, Kazuhiko Fukui, Yutaka Akiyama, Development of an affinity
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology 6(6)
  
  ページ: 1133-1156
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] Development of an affinity evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins2008
- 著者名/発表者名
  Koki Tsukamoto, Tatsuya Yoshikawa, Yuichiro Hourai, Kazuhiko Fukui, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology 6(6)
  
  ページ: 1133-1156
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] Development of an affinity evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins2008
- 著者名/発表者名
  Koki Tsukamoto, Tatsuya Yoshikawa, Yuichiro Hourai, Kazuhiko Fukui, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology 6 (6)
  
  ページ: 1133-1156
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] Evaluation for interaction energy between glutamine and glutamine and various chemical compounds for developing the virtual screening system using quantum chemical calculations and molecular dynamics simulations.2007
- 著者名/発表者名
  K. Tsukamoto, H. Shimizu, T. Ishida, Y. Akiyama, N. Nukina
- 雑誌名
  
  WSEAS Transactions on Computers 6(4)
  
  ページ: 636-641
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17300097
[雑誌論文] Evaluation for interaction energy between glutamine and glutamine and various chemical compounds for developing the virtual screening system using quantum chemical calculations and molecular dynamics simulations.2007
- 著者名/発表者名
  K.Tsukamoto, H.Shimizu, T.Ishida, Y.Akiyama, N.Nukina
- 雑誌名
  
  WSEAS Transactions on Computers 6
  
  ページ: 636-641
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17300097
[雑誌論文] Evaluation for interaction energy between glutamine and glutamine and various chemical compounds for developing the virtual screening system using quantum chemical calculations and molecular dynamics simulations.2007
- 著者名/発表者名
  K.Tsukamoto, H.Shimizu, T.Ishida, Y.Akiyama, N.Nukina
- 雑誌名
  
  WSEAS Transactions on Computers 6(4)
  
  ページ: 636-641
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17300097
[雑誌論文] Automated Docking of NADH to the Active Site of Nitric Oxide Reductase from Fusarium Oxysporum and Semi-empirical Calculations of the Electron Transfer Mechanism and the Hydrogen-bonding Network.2006
- 著者名/発表者名
  K. Tsukamoto, Y. Akiyama
- 雑誌名
  
  WSEAS Transactions on Computers 5(8)
  
  ページ: 1701-1706
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17300097
[雑誌論文] Aggrigation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations2006
- 著者名/発表者名
  K.Tsukamoto, H.Shimizu, T.Ishida, Y.Akiyama, N.Nukina
- 雑誌名
  
  Journal of Molecular Structure:THEOCHEM 778
  
  ページ: 85-95
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17300097
[雑誌論文] Automated Docking of NADH to the Active Site of Nitric Oxide Reductase from Fusarium Oxysporum and Semi-empirical Calculations of the Electron Transfer Mechanism and the Hydrogen-bonding Network2006
- 著者名/発表者名
  K.Tsukamoto, Y.Akiyama
- 雑誌名
  
  WSEAS Transactions on Computers 5(8)
  
  ページ: 1701-1706
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17300097
[雑誌論文] Aggrigation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations.2006
- 著者名/発表者名
  K. Tsukamoto, H. Shimizu, T. Ishida, Y. Akiyama, N. Nukina
- 雑誌名
  
  Journal of Molecular Structure : THEOCHEM 778
  
  ページ: 85-95
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17300097
[雑誌論文] Automated Docking of NADH to the Active Site of Nitric Oxide Reductase from Fusarium Oxysporum and Semi-empirical Calculations of the Electron Transfer Mechanism and the Hydrogen-bonding Network2006
- 著者名/発表者名
  K.Tsukamoto, Y.Akiyama
- 雑誌名
  
  WSEAS Transactions on Computers 5
  
  ページ: 1701-1706
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17300097
[雑誌論文] Aggrigation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations2006
- 著者名/発表者名
  K.Tsukamoto, H.Shimizu, T.Ishida, Y.Akiyama, N.Nukina
- 雑誌名
  
  Journal of Molecular Structure : THEOCHEM 778
  
  ページ: 85-95
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17300097
[学会発表] Aggregation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations2007
- 著者名/発表者名
  Koki Tsukamoto, Hideaki Shimizu, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Nobuyuki Nukina
- 学会等名
  The 2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2007)
- 発表場所
  東京・お台場
- 年月日
  2007-12-18
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17300097
[学会発表] Aggregation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations,and binding free energy calculations2007
- 著者名/発表者名
  Koki Tsukamoto, Hideaki Shimizu, Takashi Ishida,Yutaka Akiyama, Nobuyuki Nukina
- 学会等名
  The 2007 Annual Conference of Japanse Society for Bioinformatics(JSBi2007)
- 発表場所
  Tokyo
- 年月日
  2007-12-18
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17300097
[学会発表] Aggiregation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantumchemical calculations,fragment molecular orbital calculations,molecular dvnamics simulations,and bindinff free energy calculations2007
- 著者名/発表者名
  Koki Tsukamoto, Hideaki Shimizu, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Nobuyuki Nukina
- 学会等名
  The 2007 Annual Conference of Japanese Society forBioinformatics (JSBi2007)
- 発表場所
  東京・お台場
- 年月日
  2007-12-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17300097

1. 秋山泰 (30243091)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 3件
2. 長野希美 (70357648)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件

塚本 弘毅 TSUKAMOTO Koki

研究課題

研究成果

共同研究者

候補サイトの空間分布に注目した信頼度の高いタンパク質ドッキング判定手法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

酸化還元酵素の立体構造に基づく触媒機構の網羅的解析及び分類法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins2008

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Development of an affinity evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins2008

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Development of an affinity evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins2008

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Evaluation for interaction energy between glutamine and glutamine and various chemical compounds for developing the virtual screening system using quantum chemical calculations and molecular dynamics simulations.2007

著者名/発表者名

雑誌名

説明

データソース

[雑誌論文] Evaluation for interaction energy between glutamine and glutamine and various chemical compounds for developing the virtual screening system using quantum chemical calculations and molecular dynamics simulations.2007

著者名/発表者名

雑誌名

説明

データソース

[雑誌論文] Evaluation for interaction energy between glutamine and glutamine and various chemical compounds for developing the virtual screening system using quantum chemical calculations and molecular dynamics simulations.2007

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Automated Docking of NADH to the Active Site of Nitric Oxide Reductase from Fusarium Oxysporum and Semi-empirical Calculations of the Electron Transfer Mechanism and the Hydrogen-bonding Network.2006

著者名/発表者名

雑誌名

説明

データソース

[雑誌論文] Aggrigation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations2006

著者名/発表者名

雑誌名

説明

データソース

[雑誌論文] Automated Docking of NADH to the Active Site of Nitric Oxide Reductase from Fusarium Oxysporum and Semi-empirical Calculations of the Electron Transfer Mechanism and the Hydrogen-bonding Network2006

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Aggrigation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations.2006

著者名/発表者名

雑誌名

説明

データソース

[雑誌論文] Automated Docking of NADH to the Active Site of Nitric Oxide Reductase from Fusarium Oxysporum and Semi-empirical Calculations of the Electron Transfer Mechanism and the Hydrogen-bonding Network2006

著者名/発表者名

雑誌名

説明

データソース

[雑誌論文] Aggrigation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations2006

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[学会発表] Aggregation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations2007

著者名/発表者名

学会等名

発表場所

年月日

説明

データソース

[学会発表] Aggregation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations,and binding free energy calculations2007

著者名/発表者名

学会等名

塚本弘毅 TSUKAMOTO Koki