清水義宏 Shimizu Yoshihiro

研究者番号	90401231
その他のID	https://orcid.org/0000-0003-3499-1394
所属 (現在)	2025年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームディレクター
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2020年度 – 2024年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー 2018年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, ユニットリーダー 2015年度 – 2017年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, ユニットリーダー 2014年度: 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, ユニットリーダー 2007年度 – 2009年度: 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教 2008年度: 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者システムゲノム科学 / 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野 / 生物系 / 理工系 / 分子生物学研究代表者以外学術変革領域研究区分(Ⅱ) / 中区分61:人間情報学およびその関連分野 / 大区分J / 小区分50020:腫瘍診断および治療学関連 / 生体関連化学 / 生物分子科学
キーワード	研究代表者リボソーム / 無細胞タンパク質合成 / tRNA / 翻訳 / 無細胞タンパク質合成システム / プロテオーム / オミクス解析 / 質量分析 / プロテオミクス解析 / 脳梗塞 … もっと見る / 次世代シーケンス解析 / 蛋白質 / 生体分子 / マイクロ流路 / 次世代シーケンサー / mRNA / Synthetic biology / キロマイシン / SmpB / tmRNA / トランストランスレーション / 生体高分子構造・機能 … もっと見る研究代表者以外電子-分子インタフェイス / 大量生産 / 自己複製 / 人工細胞 / オートマター / 質量分析 / 極限環境生命圏 / 初期生命進化 / CO代謝微生物 / 蛇紋岩化反応サイト / CO微生物 / 合成生物学 / オミックス解析 / CO2シープ / 蛇紋岩化反応 / 極限環境 / メタトランスクリプトーム / メタゲノム / 分子ロボティクス / 人工多細胞 / 1細胞質量分析 / 薬理薬効 / 抗体医薬 / ADC / 分子イメージング / 抗体 / ドラッグデリバリー / プロテオミクス / プロテオーム / トリッガーファクター / 翻訳後修飾 / GroEL / フォールデング / 生体外蛋白質合成系 / 膜蛋白質 / 分泌蛋白質 / フォールディング / シャペロン / リボソーム / 無細胞蛋白質合成系隠す

生物班：CO環境で成立する生物圏の解明
- 研究代表者
  
  鈴木志野
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2026
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅱ)
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
   国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構
血清オミックス解析による脳梗塞部位同定技術の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水義宏
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 審査区分
  
  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
プログラム可能な動的微粒子群「オートマター」の創成と展開
- 研究代表者
  
  野村慎一郎
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(S)
- 審査区分
  
  大区分J
- 研究機関
  東北大学
プログラム可能な動的微粒子群「オートマター」の創成と展開
- 研究代表者
  
  野村慎一郎
- 研究期間 (年度)
  2020
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分61:人間情報学およびその関連分野
- 研究機関
  東北大学
高感度ナノESI式１細胞質量分析による薬理薬効評価法の創出と革新的新薬の開発
- 研究代表者
  
  安永正浩
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分50020:腫瘍診断および治療学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人国立がん研究センター
翻訳鋳型核酸の部位特異的大規模解析によるセントラルドグマが持つ高次性の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  清水義宏
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2018
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
タンパク質量の均一化による微量タンパク質の網羅的解析
- 研究代表者
  
  松本桂彦
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2016
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  生体関連化学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
リボソームプロファイリングを用いた無細胞タンパク質合成システムの解析研究代表者
- 研究代表者
  
  清水義宏
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  システムゲノム科学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
無細胞タンパク質合成システムの自己複製研究代表者
- 研究代表者
  
  清水義宏
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  若手研究(A)
- 研究分野
  
  システムゲノム科学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
人工細胞モデル構築のための基盤技術としての無細胞タンパク質合成システムの構築研究代表者
- 研究代表者
  
  清水義宏
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2009
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  東京大学
トランス翻訳特異的な蛋白質SmpBが引き起こすリボソームの動態解析研究代表者
- 研究代表者
  
  清水義宏
- 研究期間 (年度)
  2007 – 2008
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  分子生物学
- 研究機関
  東京大学
翻訳と共役した無細胞蛋白質成熟システムの構築
- 研究代表者
  
  上田卓也
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2008
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  生物分子科学
- 研究機関
  東京大学

[図書] 実験の自動化・自律化によるR&Dの効率化と運用方法第10章第5節2023
- 著者名/発表者名
  川又生吹, 清水稜, Richard J. Archer, 野村 M. 慎一郎
- 総ページ数
  545
- 出版者
  技術情報協会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[図書] RNA実験ノート上巻2008
- 著者名/発表者名
  清水義宏、上田卓也
- 出版者
  羊土社
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[図書] RNA実験ノート上「大腸菌由来酵素・因子群を用いた翻訳」2008
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 出版者
  羊土社
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[図書] The PURE System:A Minimal Cell-Free Translation System. In Kudlick, W., Katzen, F. and Bennett, R.(eds.), Cell-Free Protein Expression2007
- 著者名/発表者名
  Ying, B.W., Shimizu, Y. and Ueda, T.
- 出版者
  (2007).Landes Bioscience,Austin
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[雑誌論文] Development of PCR primers enabling the design of flexible sticky ends for efficient concatenation of long DNA fragments2024
- 著者名/発表者名
  Nomura Kohei、Onda Kaoru、Murase Hirotaka、Hashiya Fumitaka、Ono Yukiteru、Terai Goro、Oka Natsuhisa、Asai Kiyoshi、Suzuki Daisuke、Takahashi Naho、Hiraoka Haruka、Inagaki Masahito、Kimura Yasuaki、Shimizu Yoshihiro、Abe Naoko、Abe Hiroshi
- 雑誌名
  
  RSC Chemical Biology
  
  巻: 5 号: 4 ページ: 360-371
- DOI
  10.1039/d3cb00212h
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K19280, KAKENHI-PROJECT-20H05701
[雑誌論文] Scalable Synthesis of Planar Macroscopic Lipid-Based Multi-Compartment Structures2023
- 著者名/発表者名
  Archer Richard J.、Hamada Shogo、Shimizu Ryo、Nomura Shin-Ichiro M.
- 雑誌名
  
  Langmuir
  
  巻: 39 号: 14 ページ: 4863-4871
- DOI
  10.1021/acs.langmuir.2c02859
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K12239, KAKENHI-PLANNED-20H05969, KAKENHI-PLANNED-20H05970, KAKENHI-PUBLICLY-22H05396, KAKENHI-PROJECT-20H05701, KAKENHI-PROJECT-20H00619, KAKENHI-PROJECT-23K17485, KAKENHI-ORGANIZER-20H05968
[雑誌論文] Ebola virus-like particles reprogram cellular metabolism2023
- 著者名/発表者名
  Tang Huaqi、Abouleila Yasmine、Saris Anno、Shimizu Yoshihiro、Ottenhoff Tom H. M.、Mashaghi Alireza
- 雑誌名
  
  Journal of Molecular Medicine
  
  巻: 101 号: 5 ページ: 557-568
- DOI
  10.1007/s00109-023-02309-4
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K19280, KAKENHI-PROJECT-20H05701
[雑誌論文] A large‐scale targeted proteomics of plasma extracellular vesicles shows utility for prognosis prediction subtyping in colorectal cancer2022
- 著者名/発表者名
  Kasahara Keiko、Narumi Ryohei、Nagayama Satoshi、Masuda Keiko、Esaki Tsuyoshi、Obama Kazutaka、Tomonaga Takeshi、Sakai Yoshiharu、Shimizu Yoshihiro、Adachi Jun
- 雑誌名
  
  Cancer Medicine
  
  巻: 12 号: 6 ページ: 7616-7626
- DOI
  10.1002/cam4.5442
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K19280, KAKENHI-PROJECT-20H05701, KAKENHI-PROJECT-21K20835
[雑誌論文] Capillary microsampling-based single-cell metabolomics by mass spectrometry and its applications in medicine and drug discovery2022
- 著者名/発表者名
  Abouleila Yasmine、Ali Ahmed、Masuda Keiko、Mashaghi Alireza、Shimizu Yoshihiro
- 雑誌名
  
  Cancer Biomarkers
  
  巻: 33 号: 4 ページ: 437-447
- DOI
  10.3233/cbm-210184
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[雑誌論文] Spontaneous and Driven Growth of Multicellular Lipid Compartments to Millimeter Size from Porous Polymer Structures2022
- 著者名/発表者名
  Shin-ichiro M. Nomura, Ryo Shimizu, Richard James Archer, Gen Hayase, Taro Toyota, Richard Mayne, Andrew Adamatzky
- 雑誌名
  
  ChemSystemsChem
  
  巻: 4(5) 号: 5
- DOI
  10.1002/syst.202200006
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-20H05968, KAKENHI-PLANNED-20H05969, KAKENHI-PLANNED-20H05970, KAKENHI-PROJECT-20H05701, KAKENHI-PROJECT-20H00619
[雑誌論文] A red light?responsive photoswitch for deep tissue optogenetics2022
- 著者名/発表者名
  Kuwasaki Yuto、Suzuki Kazushi、Yu Gaigai、Yamamoto Shota、Otabe Takahiro、Kakihara Yuki、Nishiwaki Michiru、Miyake Keita、Fushimi Keiji、Bekdash Ramsey、Shimizu Yoshihiro、Narikawa Rei、Nakajima Takahiro、Yazawa Masayuki、Sato Moritoshi
- 雑誌名
  
  Nature Biotechnology
  
  巻: 40 号: 11 ページ: 1672-1679
- DOI
  10.1038/s41587-022-01351-w
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K14705, KAKENHI-PROJECT-20H05701
[雑誌論文] Transfer RNA Synthesis-Coupled Translation and DNA Replication in a Reconstituted Transcription/Translation System2022
- 著者名/発表者名
  Miyachi Ryota、Shimizu Yoshihiro、Ichihashi Norikazu
- 雑誌名
  
  ACS Synthetic Biology
  
  巻: 11 号: 8 ページ: 2791-2799
- DOI
  10.1021/acssynbio.2c00163
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701, KAKENHI-PUBLICLY-22H05402
[雑誌論文] Efficient and Precise Protein Synthesis in a Cell-Free System Using a Set of In Vitro Transcribed tRNAs with Nucleotide Modifications2022
- 著者名/発表者名
  Amikura Kazuaki、Hibi Keita、Shimizu Yoshihiro
- 雑誌名
  
  Methods in Molecular Biology, Cell-Free Gene Expression
  
  巻: 2433 ページ: 151-168
- DOI
  10.1007/978-1-0716-1998-8_9
- ISBN
  9781071619971, 9781071619988
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[雑誌論文] ePURE_JSBML: A Tool for Constructing a Deterministic Model of a Reconstituted Escherichia coli Protein Translation System with a User‐Specified Nucleic Acid Sequence2022
- 著者名/発表者名
  Shimizu Yoshihiro、Tanimura Naoki、Matsuura Tomoaki
- 雑誌名
  
  Advanced Biology
  
  巻: 7 号: 3 ページ: 2200177-2200177
- DOI
  10.1002/adbi.202200177
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701, KAKENHI-PROJECT-22K21344, KAKENHI-PLANNED-21H05228
[雑誌論文] Cell-Free Synthesis of Human Endothelin Receptors and Its Application to Ribosome Display2022
- 著者名/発表者名
  Nakai Hiroki、Isshiki Kinuka、Hattori Masato、Maehira Hiromasa、Yamaguchi Tatsumi、Masuda Keiko、Shimizu Yoshihiro、Watanabe Takayoshi、Hohsaka Takahiro、Shihoya Wataru、Nureki Osamu、Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime、Matsuura Tomoaki
- 雑誌名
  
  Analytical Chemistry
  
  巻: 94 号: 9 ページ: 3831-3839
- DOI
  10.1021/acs.analchem.1c04714
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05423, KAKENHI-PUBLICLY-20H04923, KAKENHI-PROJECT-17H00888, KAKENHI-PROJECT-20H05701, KAKENHI-PROJECT-21K19298, KAKENHI-PROJECT-19KK0178, KAKENHI-PLANNED-21H05228, KAKENHI-PROJECT-21H05037
[雑誌論文] Versatile and multiplexed mass spectrometry-based absolute quantification with cell-free-synthesized internal standard peptides2022
- 著者名/発表者名
  Masuda Keiko、Kasahara Keiko、Narumi Ryohei、Shimojo Masaru、Shimizu Yoshihiro
- 雑誌名
  
  Journal of Proteomics
  
  巻: 251 ページ: 104393-104393
- DOI
  10.1016/j.jprot.2021.104393
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[雑誌論文] <i>In vitro</i> reconstitution of the <i>Escherichia coli</i> 70S ribosome with a full set of recombinant ribosomal proteins2021
- 著者名/発表者名
  Aoyama Ryo、Masuda Keiko、Shimojo Masaru、Kanamori Takashi、Ueda Takuya、Shimizu Yoshihiro
- 雑誌名
  
  The Journal of Biochemistry
  
  巻: 171 号: 2 ページ: 227-237
- DOI
  10.1093/jb/mvab121
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[雑誌論文] Direct infusion nano-electrospray ionization mass spectrometry for therapeutic drug monitoring of ciprofloxacin and its metabolites in human saliva2021
- 著者名/発表者名
  Demeiry Menna El、Ali Ahmed、Abouleila Yasmine、Zarad Walaa、El-Gendy Heba、Salam Randa Abdel、Hadad Ghada、Shimizu Yoshihiro、Masujima Tsutomu、Emara Samy
- 雑誌名
  
  Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis
  
  巻: 195 ページ: 113866-113866
- DOI
  10.1016/j.jpba.2020.113866
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[雑誌論文] Antisense Oligonucleotide Modified with Disulfide Units Induces Efficient Exon Skipping in mdx Myotubes through Enhanced Membrane Permeability and Nucleus Internalization2021
- 著者名/発表者名
  Haruka Hiraoka, Zhaoma Shu, Bao Tri Le, Keiko Masuda, Kosuke Nakamoto, Lyu Fangjie, Naoko Abe, Fumitaka Hashiya, Yasuaki Kimura, Yoshihiro Shimizu, Rakesh N Veedu, Hiroshi Abe
- 雑誌名
  
  ChemBioChem
  
  巻: 22(24) 号: 24 ページ: 3437-3442
- DOI
  10.1002/cbic.202100413
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K22704, KAKENHI-PROJECT-20H05701, KAKENHI-PROJECT-21K14750, KAKENHI-PROJECT-21K14751
[雑誌論文] Boundary-Free Ribosome Compartmentalization by Gene Expression on a Surface2021
- 著者名/発表者名
  Levy Michael、Falkovich Reuven、Vonshak Ohad、Bracha Dan、Tayar Alexandra M.、Shimizu Yoshihiro、Daube Shirley S.、Bar-Ziv Roy H.
- 雑誌名
  
  ACS Synthetic Biology
  
  巻: 10 号: 3 ページ: 609-619
- DOI
  10.1021/acssynbio.0c00613
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[雑誌論文] Single-Cell Screening of Tamoxifen Abundance and Effect Using Mass Spectrometry and Raman-Spectroscopy2019
- 著者名/発表者名
  Ali Ahmed、Abouleila Yasmine、Shimizu Yoshihiro、Hiyama Eiso、Watanabe Tomonobu M.、Yanagida Toshio、Germond Arno
- 雑誌名
  
  Analytical Chemistry
  
  巻: 91 号: 4 ページ: 2710-2718
- DOI
  10.1021/acs.analchem.8b04393
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680, KAKENHI-PLANNED-18H05409, KAKENHI-PROJECT-19H01056
[雑誌論文] High-resolution crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Thermus thermophiles2019
- 著者名/発表者名
  Matsumoto A., Uehara Y., Shimizu Y., Ueda T., Uchiumi T., Ito K.
- 雑誌名
  
  Proteins
  
  巻: 87 号: 3 ページ: 226-235
- DOI
  10.1002/prot.25643
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06080, KAKENHI-PUBLICLY-17H05680, KAKENHI-PROJECT-16H04741, KAKENHI-PROJECT-16H02089, KAKENHI-PROJECT-19H03155
[雑誌論文] Live single cell mass spectrometry reveals cancer‐specific metabolic profiles of circulating tumor cells2019
- 著者名/発表者名
  Abouleila Yasmine、Onidani Kaoru、Ali Ahmed、Shoji Hirokazu、Kawai Takayuki、Lim Chwee Teck、Kumar Vipin、Okaya Shinobu、Kato Ken、Hiyama Eiso、Yanagida Toshio、Masujima Tsutomu、Shimizu Yoshihiro、Honda Kazufumi
- 雑誌名
  
  Cancer Science
  
  巻: 110 号: 2 ページ: 697-706
- DOI
  10.1111/cas.13915
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680, KAKENHI-PROJECT-16K19381, KAKENHI-PROJECT-16H02778, KAKENHI-PROJECT-16H05547, KAKENHI-PROJECT-19H01056, KAKENHI-PROJECT-19H03856
[雑誌論文] Phosphorogenic and spontaneous formation of tris(bipyridine)ruthenium in peptide scaffolds2019
- 著者名/発表者名
  Karimiavargani Marziyeh、Tada Seiichi、Minagawa Noriko、Shimizu Yoshihiro、Hirose Takuji、Ito Yoshihiro、Uzawa Takanori
- 雑誌名
  
  Journal of Peptide Science
  
  巻: 25 号: 4
- DOI
  10.1002/psc.3158
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680, KAKENHI-PROJECT-17K07232
[雑誌論文] Quantitative Characterization of Translational Riboregulators Using an in Vitro Transcription?Translation System2018
- 著者名/発表者名
  Senoussi Anis、Lee Tin Wah Jonathan、Shimizu Yoshihiro、Robert J?r?me、Jaramillo Alfonso、Findeiss Sven、Axmann Ilka M.、Estevez-Torres Andr?
- 雑誌名
  
  ACS Synthetic Biology
  
  巻: 7 号: 5 ページ: 1269-1278
- DOI
  10.1021/acssynbio.7b00387
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680
[雑誌論文] Robustness of a Reconstituted Escherichia coli Protein Translation System Analyzed by Computational Modeling2018
- 著者名/発表者名
  Matsuura Tomoaki、Hosoda Kazufumi、Shimizu Yoshihiro
- 雑誌名
  
  ACS Synthetic Biology
  
  巻: 7 号: 8 ページ: 1964-1972
- DOI
  10.1021/acssynbio.8b00228
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680, KAKENHI-PROJECT-17H00888
[雑誌論文] Cell-free synthesis of stable isotope-labeled internal standards for targeted quantitative proteomics2018
- 著者名/発表者名
  Narumi Ryohei、Masuda Keiko、Tomonaga Takeshi、Adachi Jun、Ueda Hiroki R.、Shimizu Yoshihiro
- 雑誌名
  
  Synthetic and Systems Biotechnology
  
  巻: 3 号: 2 ページ: 97-104
- DOI
  10.1016/j.synbio.2018.02.004
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680, KAKENHI-PROJECT-16H04707
[雑誌論文] G-Protein Coupled Receptor Protein Synthesis on a Lipid Bilayer Using a Reconstituted Cell-Free Protein Synthesis System2018
- 著者名/発表者名
  Gessesse Belay、Nagaike Takashi、Nagata Koji、Shimizu Yoshihiro、Ueda Takuya
- 雑誌名
  
  Life
  
  巻: 8 号: 4 ページ: 54-54
- DOI
  10.3390/life8040054
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680, KAKENHI-PROJECT-16H02089
[雑誌論文] A three-dimensional single-cell-resolution whole-brain atlas using CUBIC-X expansion microscopy and tissue clearing2018
- 著者名/発表者名
  Murakami Tatsuya C.、Mano Tomoyuki、Saikawa Shu、Horiguchi Shuhei A.、Shigeta Daichi、Baba Kousuke、Sekiya Hiroshi、Shimizu Yoshihiro、Tanaka Kenji F.、Kiyonari Hiroshi、Iino Masamitsu、Mochizuki Hideki、Tainaka Kazuki、Ueda Hiroki R.
- 雑誌名
  
  Nat Neurosci
  
  巻: 21 号: 4 ページ: 627-637
- DOI
  10.1038/s41593-018-0109-1
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H01621, KAKENHI-PUBLICLY-17H05688, KAKENHI-PUBLICLY-17H05700, KAKENHI-PLANNED-25117002, KAKENHI-PROJECT-25221004, KAKENHI-PROJECT-15H03123, KAKENHI-PROJECT-16K15124, KAKENHI-PROJECT-18K14915, KAKENHI-PUBLICLY-17H05680, KAKENHI-PUBLICLY-17H06062, KAKENHI-PROJECT-16J05041, KAKENHI-PROJECT-25221304
[雑誌論文] Reconstitution of 30S ribosomal subunits in vitro using ribosome biogenesis factors2018
- 著者名/発表者名
  Tamaru Daichi、Amikura Kazuaki、Shimizu Yoshihiro、Nierhaus Knud H.、Ueda Takuya
- 雑誌名
  
  RNA
  
  巻: 24 号: 11 ページ: 1512-1519
- DOI
  10.1261/rna.065615.118
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680, KAKENHI-PROJECT-16H02089
[雑誌論文] 人工細胞と無細胞タンパク質合成システム.2017
- 著者名/発表者名
  安達仁朗, 清水義宏
- 雑誌名
  
  人工細胞の創製とその応用 (シーエムシー出版植田充美監修)
  
  巻: not applicable ページ: 8-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[雑誌論文] Reaction dynamics analysis of a reconstituted Escherichia coli protein translation system by computational modeling2017
- 著者名/発表者名
  Matsuura, T., Tanimura, N., Hosoda, K., Yomo, T., and Shimizu, Y.
- 雑誌名
  
  Proc Natl Acad Sci U S A
  
  巻: 114 号: 8
- DOI
  10.1073/pnas.1615351114
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00767, KAKENHI-PROJECT-26710014, KAKENHI-PROJECT-26640134
[雑誌論文] Protein Absolute Quantification Using Cell-Free-Synthesized Peptide2017
- 著者名/発表者名
  Ryohei Narumi, Yoshihiro Shimizu, Hiroki R. Ueda
- 雑誌名
  
  Proteome Letters
  
  巻: 2 ページ: 75-82
- NAID
  130006743386
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680
[雑誌論文] 人工細胞と無細胞タンパク質合成システム.2017
- 著者名/発表者名
  安達仁朗, 清水義宏
- 雑誌名
  
  人工細胞の創製とその応用 (シーエムシー出版植田充美監修)
  
  巻: not applicable ページ: 8-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[雑誌論文] Mammalian Reverse Genetics without Crossing Reveals Nr3a as a Short-Sleeper Gene.2016
- 著者名/発表者名
  Sunagawa GA, Sumiyama K, Ukai-Tadenuma M, Perrin D, Fujishima H, Ukai H, Nishimura O, Shi S, Ohno R, Narumi R, Shimizu Y, Tone D, Ode KL, Kuraku S, Ueda HR.
- 雑誌名
  
  Cell Rep.
  
  巻: 14 号: 3 ページ: 662-677
- DOI
  10.1016/j.celrep.2015.12.052
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134, KAKENHI-PLANNED-23115006, KAKENHI-PUBLICLY-26113720, KAKENHI-PROJECT-25221004, KAKENHI-PROJECT-14J06417, KAKENHI-PROJECT-26870858, KAKENHI-PROJECT-26710014
[雑誌論文] Mass spectrometry-based absolute quantification reveals rhythmic variation of mouse circadian clock proteins.2016
- 著者名/発表者名
  Narumi R, Shimizu Y, Ukai-Tadenuma M, Ode KL, Kanda GN, Shinohara Y, Sato A, Matsumoto K, Ueda HR.
- 雑誌名
  
  Proc. Natl. Acad. Sci. USA
  
  巻: 133 号: 24 ページ: 3461-3467
- DOI
  10.1073/pnas.1603799113
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25221004, KAKENHI-PROJECT-26710014, KAKENHI-PROJECT-15K13750, KAKENHI-PROJECT-26640134
[雑誌論文] Integration of a Reconstituted Cell-free Protein-synthesis System on a Glass Microchip2015
- 著者名/発表者名
  Tanaka, Y. and Shimizu, Y.
- 雑誌名
  
  Analytical Sciences
  
  巻: 31 号: 2 ページ: 67-71
- DOI
  10.2116/analsci.31.67
- NAID
  130004827457
- ISSN
  0910-6340, 1348-2246
- 言語
  英語
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134, KAKENHI-PROJECT-26710014
[雑誌論文] 無細胞タンパク質合成システム2015
- 著者名/発表者名
  清水義宏、木賀大介
- 雑誌名
  
  生物工学会誌
  
  巻: 93 ページ: 603-606
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[雑誌論文] 無細胞タンパク質合成システム2015
- 著者名/発表者名
  清水義宏、木賀大介
- 雑誌名
  
  生物工学会誌
  
  巻: 93 ページ: 603-606
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[雑誌論文] 生命の部分再構成としてのPURE system2014
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 雑誌名
  
  生体の科学
  
  巻: 65 ページ: 498-499
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[雑誌論文] Biochemical aspects of bacterial strategies for handling the incomplete translation processes.2014
- 著者名/発表者名
  Shimizu, Y.
- 雑誌名
  
  Front. Microbiol.
  
  巻: 5 ページ: 170-170
- DOI
  10.3389/fmicb.2014.00170
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134, KAKENHI-PROJECT-26710014
[雑誌論文] 生命の部分再構成としてのPURE system2014
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 雑誌名
  
  生体の科学
  
  巻: 65 ページ: 498-499
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[雑誌論文] Whole-brain imaging with single-cell resolution using chemical cocktails and computational analysis.2014
- 著者名/発表者名
  Etsuo A. Susaki, Kazuki Tainaka, Dimitri Perrin, Fumiaki Kishino, Takehiro Tawara, Tomonobu M. Watanabe, Chihiro Yokoyama, Hirotaka Onoe, Megumi Eguchi, Shun Yamaguchi, Takaya Abe, Hiroshi Kiyonari, Yoshihiro Shimizu, Atsushi Miyawaki, Hideo Yokota, Hiroki R. Ueda
- 雑誌名
  
  Cell
  
  巻: 157 号: 3 ページ: 726-739
- DOI
  10.1016/j.cell.2014.03.042
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-23115006, KAKENHI-PROJECT-25221004, KAKENHI-PROJECT-25293254, KAKENHI-PROJECT-25560428, KAKENHI-PUBLICLY-26118517, KAKENHI-PROJECT-26280110, KAKENHI-PROJECT-26640134, KAKENHI-PROJECT-26710014
[雑誌論文] Epitope mapping using ribosome display in a reconstituted cell-free protein synthesis system2009
- 著者名/発表者名
  Osada, E., Shimizu, Y.., Akbar, B. K., Kanamori, T., Ueda, T.
- 雑誌名
  
  J Biochem 145
  
  ページ: 693-700
- NAID
  10025589286
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[雑誌論文] Real-time monitoring of cell-free translation on a quartz-crystal microbalance2009
- 著者名/発表者名
  Takahashi, S., Iida, M., Furusawa, H., Shimizu, Y.., Ueda, T., Okahata, Y.
- 雑誌名
  
  Journal of the American Chemical Society 131
  
  ページ: 9326-9332
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[雑誌論文] Epitope mapping using ribosome display in reconstituted cell-free protein synthesis system2009
- 著者名/発表者名
  Eriko Osada, Yoshihiro Shimizu, Bintang K. Akbar, Takashi Kanamori, Takuya Ueda
- 雑誌名
  
  J. Biochem 145
  
  ページ: 693-700
- NAID
  10025589286
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[雑誌論文] 70S ribosomes bind to Shine-Dalgarno sequences without required dissociations2008
- 著者名/発表者名
  Shuntaro Takahashi, Ryoko Akita, Hisao Matsuno, Hiroyuki Furusawa, Yoshihiro Shimizu, Takuya Ueda, Yoshio Okahata
- 雑誌名
  
  Chembiochem 9
  
  ページ: 870-873
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[雑誌論文] 70 S ribosomes bind to Shine-Dalgarno sequences without required dissociations2008
- 著者名/発表者名
  Takahashi, S., Akita, R., Matsuno, H., Furusawa, H., Shimizu, Y.., Ueda, T., Okahata, Y.
- 雑誌名
  
  Chembiochem 9
  
  ページ: 870-873
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[雑誌論文] Single-molecule imaging of full protein synthesis by immobilized ribosomes.2008
- 著者名/発表者名
  Uemura, S., Iizuka, R., Ueno, T., Shimizu, Y.., Taguchi, H., Ueda, T., Puglisi, J. D., Funatsu, T.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res.
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[雑誌論文] Single-molecule imaging of full protein synthesis by immobilized ribosomes2008
- 著者名/発表者名
  Sotaro Uemura, Ryo Iizuka, Taro Ueno, Yoshihiro Shimizu, Hideki Taguchi, Takuya Ueda, Joseph D. Puglisi, Takashi Funatsu
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res 36
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[雑誌論文] Elongation factor Tu mutants expand amino acid tolerance of protein biosynthesis system2008
- 著者名/発表者名
  Yoshio Doi, Takashi Ohtsuki, Yoshihiro Shimizu, Takuya Ueda, Masahiko Sisido
- 雑誌名
  
  J. Am. Chem. Soc 9
  
  ページ: 870-873
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[雑誌論文] The PURE System : A Minimal Cell-Free Translation System In Kudlick, W., Katzen, F. Bennett, R. (eds.)2007
- 著者名/発表者名
  Ying, B.-W., Shimizu, Y., Ueda, T.
- 雑誌名
  
  Cell-Free Protein Expression. Landes Bioscience
  
  ページ: 76-83
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[雑誌論文] Ribosomal Protein SI Is not Essential for the trans-translation Machinery2007
- 著者名/発表者名
  Qi, H., Shimizu, Y. and Ueda, T
- 雑誌名
  
  J Mol Biol 368
  
  ページ: 845-852
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[雑誌論文] Ribosomal protein S1 is not essential for the trans-translation machinery2007
- 著者名/発表者名
  Hao Qi, Yoshihiro Shimizu, Takuya Ueda
- 雑誌名
  
  J. Mol. Biol 368
  
  ページ: 845-852
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[雑誌論文] Ribosomal Protein S1 Is not Essential for the trans-translation Machinery.2007
- 著者名/発表者名
  Qi, H., Shimizu, Y., Ueda, T.
- 雑誌名
  
  J Mol Biol 368
  
  ページ: 845-852
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[雑誌論文] Efficient protein selection based on ribosome display system with purified components.2007
- 著者名/発表者名
  Ohashi, H., Shimizu, Y., Ying, B.W., Ueda, T.
- 雑誌名
  
  Biochem Biophys Res Commun 352
  
  ページ: 270-276
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[雑誌論文] Protein-based peptide-bond formation by aminoacyl-tRNA protein transferase2007
- 著者名/発表者名
  Kazunori Watanabe, Yukimatsu Toh, Kyoko Suto, Yoshihiro Shimizu, Natsuhisa Oka, Takeshi, Wada, Kozo Tomita
- 雑誌名
  
  Nature 449
  
  ページ: 867-871
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[雑誌論文] SmpB triggers GTP hydrolysis of elongation factor Tu on Ribosome's by compensating for the lack of codon-anticodon interaction during trans-translation initiation.2006
- 著者名/発表者名
  Shimizu, Y., Ueda, T.
- 雑誌名
  
  J Biol Chem 281
  
  ページ: 15987-15996
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[雑誌論文] Cell-free translation systems for protein engineering.2006
- 著者名/発表者名
  Shimizu, Y., Kuruma, Y., Ying, B.W., Umekage, S., Ueda, T.
- 雑誌名
  
  Febs J 273
  
  ページ: 4133-4140
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[学会発表] PURE-ly synthetic ribosome biogenesis in DNA compartments on a chip2023
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  BioJapan2023セミナー「HFSP-成果発表会-」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K19280
[学会発表] PURE-ly synthetic ribosome biogenesis in DNA compartments on a chip2023
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  BioJapan2023セミナー「HFSP-成果発表会-」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[学会発表] 大腸菌リボソームは真核細胞の中で何をするのか？2023
- 著者名/発表者名
  大塚衆志, 大野博久,益田恵子, 清水義宏, 齊藤博英
- 学会等名
  第18回無細胞生命科学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[学会発表] Designing RNP network structures for inducing um-scale molecular assembly2023
- 著者名/発表者名
  Kazuya Ankai, Hirohisa Ohno, Masahiro Takinoue, Yoshihiro Shimizu, Hirohide Saito and Shin-ichiro M. Nomura
- 学会等名
  DNA29
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[学会発表] An attempt to reconstitute a translation system from genetic information alone2023
- 著者名/発表者名
  Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  2nd Cell Free Systems Conference at Austin
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[学会発表] 無細胞から迫る増える人工細胞2023
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第9回Yet Another Artificial-Cells研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[学会発表] An attempt to reconstitute a translation system from genetic information alone2023
- 著者名/発表者名
  Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  2nd Cell Free Systems Conference at Austin, USA
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K19280
[学会発表] Social implementation of a cell-free protein synthesis system2023
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会シンポジウム
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[学会発表] Social implementation of a cell-free protein synthesis system2023
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会シンポジウム
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K19280
[学会発表] Toward automated production of Multicellular Lipid Compartments2022
- 著者名/発表者名
  Ryo Shimizu, Richard Archer James, Gen Hayase, Satoshi Murata, Shinichiro M. Nomura
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[学会発表] Toward automated production of Multi-cellular Lipid Compartments2022
- 著者名/発表者名
  Ryo Shimizu, Richard Archer James, Gen Hayase, Satoshi Murata, Shinichiro M. Nomura
- 学会等名
  第6回分子ロボティクス年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[学会発表] Towards full scratch engineering of a protein synthesis system2022
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第45回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[学会発表] Automatter prototype: toward creating programmable artificial and autonomous molecular system2021
- 著者名/発表者名
  Nomura, S.-i. M., Takinoue, T., Shimizu, Y., Saito, H.
- 学会等名
  PacifiChem2021
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[学会発表] 遺伝子情報のみから翻訳システムを再構成する試み2020
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第93回日本生化学会大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H05701
[学会発表] Functional and structural analysis of cell-free synthesized membrane proteins2019
- 著者名/発表者名
  Belay Gessesse, Takuya Ueda, Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  63rd Annual Meeting of the Biophysical Society
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680
[学会発表] 無細胞合成ペプチドを利用した定量プロテオミクスへの展開2018
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第5回Ribosome Meeting
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680
[学会発表] 生体膜上の生物化学における無細胞タンパク質合成システムの利用2018
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  大阪大学蛋白質研究所セミナー　生体膜上の生物化学2018
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680
[学会発表] Interaction analysis of mRNA sequence and ribosome during translation initiation using next generation sequencer2018
- 著者名/発表者名
  Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  International Symposium on "Proteins; from the Cradle to the Grave"
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680
[学会発表] 新規タンパク質定量法「MS-QBiC」による体内時刻の測定2017
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  神戸ポートアイランド創薬フォーラム
- 発表場所
  神戸ポートアイランド
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[学会発表] 新規タンパク質定量法「MS-QBiC」による体内時刻の測定2017
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  メディカルジャパン2017大阪
- 発表場所
  インテックス大阪
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[学会発表] Elucidation of higher-order stucture in central dogma pathways by large-scale analyses of mRNA sequences2017
- 著者名/発表者名
  Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  International Symposium on Protein Quality Control
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680
[学会発表] 特定のtRNAを抜く　～　よりコントローラブルなPURE systemにむけて2017
- 著者名/発表者名
  佐藤文, 清水義宏
- 学会等名
  第12回無細胞生命科学研究会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680
[学会発表] Synthetic and systems biological application of the PURE system2017
- 著者名/発表者名
  Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  Workshop on Cell-free synthetic biology of artificial cells
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680
[学会発表] 鋳型核酸の部位特異的大規模解析によるセントラルドグマが持つ高次性の解析2017
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  新学術領域研究「新生鎖の生物学」平成29年度第一回班会議
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05680
[学会発表] 新規タンパク質定量法「MS-QBiC」による体内時刻の測定2017
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  メディカルジャパン2017大阪
- 発表場所
  インテックス大阪
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[学会発表] 新規タンパク質定量法「MS-QBiC」による体内時刻の測定2017
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  神戸ポートアイランド創薬フォーラム
- 発表場所
  神戸ポートアイランド
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[学会発表] タンパク質合成の再構成2016
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  日本進化学会第18回大会ワークショップ
- 発表場所
  東京工業大学
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[学会発表] 再構成型無細胞タンパク質合成システムを利用した新規タンパク質定量法「MS-QBiC」による体内時刻の測定2016
- 著者名/発表者名
  清水義宏, 鳴海良平, 上田泰己
- 学会等名
  第68回日本生物工学会大会
- 発表場所
  富山国際会議場
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[学会発表] Body time detection by a novel protein quantification method using mass spectrometry and cell-free protein synthesis system.2016
- 著者名/発表者名
  Shimizu Y, Narumi R, Ueda HR
- 学会等名
  QBiC Symposium 2016
- 発表場所
  千里ライフサイエンスセンター
- 年月日
  2016-09-05
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[学会発表] 次世代シーケンサーを用いたmRNA 配列とリボソームの相互作用解析2016
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  「細胞を創る」研究会9.0
- 発表場所
  早稲田大学
- 年月日
  2016-11-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[学会発表] タンパク質合成の再構成2016
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  日本進化学会第18回大会ワークショップ
- 発表場所
  東京工業大学
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[学会発表] 次世代シーケンサーを用いたmRNA 配列とリボソームの相互作用解析2016
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第11回無細胞生命科学研究会
- 発表場所
  岩手雫石　ゆこたんの森
- 年月日
  2016-10-06
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[学会発表] Body time detection by a novel protein quantification method using mass spectrometry and cell-free protein synthesis system.2016
- 著者名/発表者名
  Shimizu Y, Narumi R, Ueda HR
- 学会等名
  QBiC Symposium 2016
- 発表場所
  千里ライフサイエンスセンター
- 年月日
  2016-09-05
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[学会発表] 再構成型無細胞タンパク質合成システムを利用した新規タンパク質定量法「MS-QBiC」による体内時刻の測定2016
- 著者名/発表者名
  清水義宏, 鳴海良平, 上田泰己
- 学会等名
  第68回日本生物工学会大会
- 発表場所
  富山国際会議場
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[学会発表] 次世代シーケンサーを用いたmRNA 配列とリボソームの相互作用解析2016
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第11回無細胞生命科学研究会
- 発表場所
  岩手雫石　ゆこたんの森
- 年月日
  2016-10-06
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[学会発表] 次世代シーケンサーを用いたmRNA 配列とリボソームの相互作用解析2016
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  「細胞を創る」研究会9.0
- 発表場所
  早稲田大学
- 年月日
  2016-11-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[学会発表] Systems biological approaches for the E. coli translation system2015
- 著者名/発表者名
  Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  Workshop in 13th European Conference on Artificial Life
- 発表場所
  York Univ, UK
- 年月日
  2015-07-21
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[学会発表] 次世代シーケンサーを用いたmRNA配列とリボソームの相互作用解析2015
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第10回無細胞生命科学研究会
- 発表場所
  理化学研究所横浜キャンパス（神奈川県横浜市）
- 年月日
  2015-10-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[学会発表] 次世代シーケンサーを用いたmRNA配列とリボソームの相互作用解析2015
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第10回無細胞生命科学研究会
- 発表場所
  理化学研究所横浜キャンパス
- 年月日
  2015-10-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[学会発表] Systems biological approaches for the E. coli translation system2015
- 著者名/発表者名
  Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  Workshop in 13th European Conference on Artificial Life
- 発表場所
  York (UK)
- 年月日
  2015-07-21
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[学会発表] 全成分タンパク質合成反応モデルの構築とこれを用いた反応ダイナミクス解析2015
- 著者名/発表者名
  松浦友亮、清水義宏、細田一史、谷村直樹、四方哲也
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学（石川県金沢市）
- 年月日
  2015-09-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[学会発表] 全成分タンパク質合成反応モデルの構築とこれを用いた反応ダイナミクス解析2015
- 著者名/発表者名
  松浦友亮、清水義宏、細田一史、谷村直樹、四方哲也
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学
- 年月日
  2015-09-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[学会発表] PURE systemによるペプチド合成を利用したマウス時計タンパク質の絶対定量2014
- 著者名/発表者名
  鳴海良平, 清水義宏, 上田泰己
- 学会等名
  第9回無細胞生命科学研究会
- 発表場所
  大阪大学
- 年月日
  2014-10-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[学会発表] Reconstitution of a translation system from molecular parts.2014
- 著者名/発表者名
  Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  Development and future of artificial cells: Computation, fluctuation, and evolution.
- 発表場所
  京都大学
- 年月日
  2014-06-10
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26710014
[学会発表] PURE systemによるペプチド合成を利用したマウス時計タンパク質の絶対定量2014
- 著者名/発表者名
  鳴海良平, 清水義宏, 上田泰己
- 学会等名
  第9回無細胞生命科学研究会
- 発表場所
  大阪大学
- 年月日
  2014-10-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[学会発表] Reconstitution of a translation system from molecular parts.2014
- 著者名/発表者名
  Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  Development an future of artificial cells: Comutation, fluctuation, and evolution.
- 発表場所
  京都大学
- 年月日
  2014-06-10
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26640134
[学会発表] 無細胞蛋白質合成系における30Sリボソームサブユニットの再構成2009
- 著者名/発表者名
  田丸大知, 清水義宏, 上田卓也
- 学会等名
  第3回無細胞生命科学研究会弘前大学創立50周年
- 発表場所
  記念会館みちのくホール
- 年月日
  2009-03-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[学会発表] Reconstitution of tRNA in a cell-free protein synthesis system2008
- 著者名/発表者名
  Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  Synthetic Biology 4.0
- 発表場所
  Hong Kong, China
- 年月日
  2008-10-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[学会発表] Reconstitution of tRNA in a cell-free protein synthesis system2008
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第17回理研CDBミーティング
- 発表場所
  神戸
- 年月日
  2008-10-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20034009
[学会発表] Reconstitution of tRNA in a cell-free protein synthesis system2008
- 著者名/発表者名
  Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  Synthetic Biology4.0
- 発表場所
  香港
- 年月日
  2008-10-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[学会発表] Reconstitution of tRNA in a cell-free protein synthesis system2008
- 著者名/発表者名
  Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  Synthetic Biology 4.0
- 発表場所
  Hong Kong, China
- 年月日
  2008-10-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20034009
[学会発表] 無細胞蛋白質合成系における3OSリボソームサブユニットの再構成2008
- 著者名/発表者名
  田丸大知, 清水義宏, 上田卓也
- 学会等名
  「細胞を創る」研究会1.0
- 発表場所
  大阪大学吹田キャンパス銀杏会館
- 年月日
  2008-10-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[学会発表] 無細胞蛋白質合成系における30Sリボソームサブユニットの再構成2008
- 著者名/発表者名
  田丸大知, 清水義宏, 上田卓也
- 学会等名
  第5回21世紀大腸菌研究会
- 発表場所
  静岡国民年金健康センター「藤枝エミナース」
- 年月日
  2008-07-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[学会発表] 無細胞蛋白質合成系における30Sリボソームサブユニットの再構成無細胞蛋白質合成系における30Sリボソームサブユニットの再構成2008
- 著者名/発表者名
  田丸大知, 清水義宏, 上田卓也
- 学会等名
  第10回日本RNA学会年会
- 発表場所
  札幌市・札幌コンベンションセンター
- 年月日
  2008-07-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[学会発表] 無細胞タンパク質合成系におけるtRNAの再構成2008
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第10回RNAミーティング
- 発表場所
  札幌
- 年月日
  2008-07-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[学会発表] 無細胞タンパク質合成系におけるtRNAの再構成2008
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第10回RNAミーティング
- 発表場所
  札幌
- 年月日
  2008-07-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20034009
[学会発表] 再構築型無細胞蛋白質合成システムの開発とその応用2008
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  大阪大学蛋白質研究所セミナー
- 発表場所
  大阪
- 年月日
  2008-09-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[学会発表] Reconstitution of tRNA in a cell-free protein synthesis system2008
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第17回理研CDBミーティング
- 発表場所
  神戸
- 年月日
  2008-10-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[学会発表] 再構築型無細胞蛋白質合成システムの開発とその応用2008
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  大阪大学蛋白質研究所セミナー
- 発表場所
  大阪
- 年月日
  2008-09-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20034009
[学会発表] Reconstruction of functional E. coli 30S ribosomal subunits in a cell-free system2008
- 著者名/発表者名
  Daichi Tamaru, Yoshihiro Shimizu, Takuya Ueda
- 学会等名
  The Fourth International Meeting on Synthetic Biology
- 発表場所
  Hong Kong University of Science and Technology
- 年月日
  2008-10-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[学会発表] 大腸菌trans-translationにおけるSmpBの機能解析2007
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第2回無細胞生命科学研究会
- 発表場所
  東京大学柏キャンパス
- 年月日
  2007-10-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[学会発表] 大腸菌trans-translationにおけるSmpBの機能解析2007
- 著者名/発表者名
  清水義宏
- 学会等名
  第2回無細胞生命科学研究会
- 発表場所
  柏
- 年月日
  2007-10-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[学会発表] Application of PURE system, the reconstituted cell-free protein synthesis system.2007
- 著者名/発表者名
  Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  Synthetic Biology 3.0
- 発表場所
  ETH Zurich, Switzerland
- 年月日
  2007-06-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143
[学会発表] PURE system による膜タンパク質の合成2007
- 著者名/発表者名
  阿部真人, 金森崇, 車命徹, 西山賢一, 清水義宏, 上田卓也
- 学会等名
  日本分子生物学会
- 発表場所
  横浜
- 年月日
  2007-12-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[学会発表] PURE system におけるtRNA成分の再構成2007
- 著者名/発表者名
  福島伸也, 清水義宏, 大野敏, 横川隆志, 西川一八, 上田卓也
- 学会等名
  日本分子生物学会
- 発表場所
  横浜
- 年月日
  2007-12-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18201040
[学会発表] Application of PURE system, the reconstituted cell-free protein synthesis system2007
- 著者名/発表者名
  Yoshihiro Shimizu
- 学会等名
  Synthetic Biology 3.0
- 発表場所
  Zurich
- 年月日
  2007-06-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770143

1. 野村慎一郎 (50372446)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 6件
2. 瀧ノ上正浩 (20511249)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 2件
3. 大野博久 (90612391)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 2件
4. 上田卓也 (80184927)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 18件
5. 松本桂彦 (60632859)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 上田泰己 (20373277)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
7. 鳴海良平 (60582202)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 安永正浩 (80450576)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 柳田敏雄 (30089883)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 齊藤博英 (20423014)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 鈴木志野 (10557002)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 石井俊一 (10556913)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 加藤創一郎 (30597787)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
14. 網蔵和晃 (60735918)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
15. 福山宥斗 (70880813)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
16. 砂川玄志郎 (70710250)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
17. 豊田太郎

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
18. 浜田省吾

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
19. 山本翔太

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
20. 伊東孝祐

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
21. 松浦友亮

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
22. 平岡陽花

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
23. 大出晃士

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
24. 田中謙二

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
25. 加藤泰彦

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

清水 義宏 Shimizu Yoshihiro

研究課題

研究成果

共同研究者

生物班：CO環境で成立する生物圏の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

血清オミックス解析による脳梗塞部位同定技術の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

プログラム可能な動的微粒子群「オートマター」の創成と展開

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

プログラム可能な動的微粒子群「オートマター」の創成と展開

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

高感度ナノESI式１細胞質量分析による薬理薬効評価法の創出と革新的新薬の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

翻訳鋳型核酸の部位特異的大規模解析によるセントラルドグマが持つ高次性の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質量の均一化による微量タンパク質の網羅的解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

リボソームプロファイリングを用いた無細胞タンパク質合成システムの解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

無細胞タンパク質合成システムの自己複製研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

人工細胞モデル構築のための基盤技術としての無細胞タンパク質合成システムの構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

トランス翻訳特異的な蛋白質SmpBが引き起こすリボソームの動態解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

翻訳と共役した無細胞蛋白質成熟システムの構築

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] 実験の自動化・自律化によるR&Dの効率化と運用方法 第10章第5節2023

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

清水義宏 Shimizu Yoshihiro

[図書] 実験の自動化・自律化によるR&Dの効率化と運用方法第10章第5節2023

[図書] RNA実験ノート上「大腸菌由来酵素・因子群を用いた翻訳」2008