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優 乙石  Yu Isseki

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 90402544
所属 (現在) 2025年度: 前橋工科大学, 工学部, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2019年度 – 2023年度: 前橋工科大学, 工学部, 准教授
2015年度 – 2016年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 研究員
2014年度: 独立行政法人理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 研究員
2013年度: 独立行政法人理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 協力研究員
2008年度 – 2012年度: 青山学院大学, 理工学部, 助教
2007年度: 名古屋大学, 大学院・工学研究科, COE研究員
審査区分/研究分野
研究代表者
物理化学 / 小区分32010:基礎物理化学関連
研究代表者以外
大区分G
キーワード
研究代表者
分子動力学 / 分子混雑 / 細胞環境 / 水和 / 蛋白質 / 生物物理 / 蛋白質間相互作用 / ATP / 分子動力学シミュレーション / 深海 … もっと見る / 部分モル体積 / 高圧 / ハイパフォーマンスコンピューティング / TMAO / オスモライト / 自由エネルギー / 分子クラウディング / 理論化学 / 計算化学 / Kirkwood-Buff理論 / 選択的水和 / 溶媒効果 / エクトイン / タンパク質 … もっと見る
研究代表者以外
マルチスケールシミュレーション / 蛋白質の構造柔軟性 / 酵素反応 / 蛋白質構造柔軟性 / 細胞内環境 / マルチスケール / 機械学習 / 酵素反応解析 / 分子混雑環境 / スーパーコンピュータ / SAXS / NMR / 酵素反応ダイナミクス / 液液相分離 / 細胞内分子混雑環境 / マルチスケールモデル / 分子動力学 隠す
  • 研究課題

    (5件)
  • 研究成果

    (205件)
  • 共同研究者

    (15人)
  •  マルチスケール分子動力学シミュレーションによる細胞内分子動態の解明

    • 研究代表者
      杉田 有治
    • 研究期間 (年度)
      2019 – 2023
    • 研究種目
      基盤研究(S)
    • 審査区分
      大区分G
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  ハイドロトロープとしてのATP:細胞環境シミュレーションによる物理化学的解明研究代表者

    • 研究代表者
      優 乙石
    • 研究期間 (年度)
      2019 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分32010:基礎物理化学関連
    • 研究機関
      前橋工科大学
  •  体積変化の計算化学が解明する高圧生体分子反応研究代表者

    • 研究代表者
      優 乙石
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2016
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      物理化学
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  生体分子機能を促進する分子クラウディング効果の微視的解明研究代表者

    • 研究代表者
      優 乙石
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2012
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      物理化学
    • 研究機関
      青山学院大学
  •  生体高分子とコソルベントが操る水分子ネットワークの分子情報論的解明研究代表者

    • 研究代表者
      優 乙石
    • 研究期間 (年度)
      2007 – 2009
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      物理化学
    • 研究機関
      青山学院大学
      名古屋大学

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すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] In-cell NMR Spectroscopy: From Molecular Sciences to Cell Biology2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita, Michael Feig
    • 総ページ数
      305
    • 出版者
      Royal Society of Chemistry
    • ISBN
      9781788012171
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [図書] Biomolecular Simulation: Methods and Protocols2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita, Motoshi Kamiya, Hiraku Oshima, Suyong Re
    • 総ページ数
      578
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9781493996070
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [図書] すぐできる分子シミュレーションビギナーズマニュアル2008

    • 著者名/発表者名
      長岡正隆(編・著)優乙石, 他(著)
    • 総ページ数
      291
    • 出版者
      講談社サイエンティフィク
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [図書] すぐできる分子シミュレーションビギナーズマニュアル2008

    • 著者名/発表者名
      長岡正隆編・著優乙石, 他7名著
    • 出版者
      講談社
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [雑誌論文] SPANA: Spatial decomposition analysis for cellular-scale molecular dynamics simulations2024

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Takaharu Mori, Daisuke Matsuoka, Donatas Surblys, Yuji Sugita1
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 45 号: 8 ページ: 498-505

    • DOI

      10.1002/jcc.27260

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K05389, KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PLANNED-21H05157, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Free-energy landscapes of transmembrane homodimers by bias-exchange adaptively biased molecular dynamics2024

    • 著者名/発表者名
      Ito Shingo、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Biophysical Chemistry

      巻: 307 ページ: 107190-107190

    • DOI

      10.1016/j.bpc.2024.107190

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] GENESIS CGDYN: large-scale coarse-grained MD simulation with dynamic load balancing for heterogeneous biomolecular systems2024

    • 著者名/発表者名
      Jung Jaewoon、Tan Cheng、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1 ページ: 3370-3370

    • DOI

      10.1038/s41467-024-47654-1

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PLANNED-21H05282, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Allosteric regulation of ホイ-reaction stage I in tryptophan synthase upon the ホア-ligand binding2023

    • 著者名/発表者名
      Shingo Ito, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 158 号: 11 ページ: 115101-115101

    • DOI

      10.1063/5.0134117

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
  • [雑誌論文] Development of Hidden Markov Modeling of Molecular Orientations and Structures from High-Speed Atomic Force Microscopy Time-Series Images2023

    • 著者名/発表者名
      Tomonori Ogane, Daisuke Noshiro, Toshio Ando, Atsuko Yamashita, Yuji Sugita, Yasuhiro Matsunaga
    • 雑誌名

      PLoS Comp. Biol.

      巻: 18 号: 12 ページ: e1010384-e1010384

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1010384

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-22H00405, KAKENHI-PROJECT-20H03195, KAKENHI-PROJECT-20K21380
  • [雑誌論文] Structural insights into the complex of oncogenic KRas4BG12V and Rgl2, a RalA/B activator2023

    • 著者名/発表者名
      M. Tariq, T. Ikeya, N. Togashi, L. Fairall, S. Kamei, S. Mayooramurugan, L.R. Abbott, A. Hasan, C. Bueno-Alejo, S. Sukegawa, B. Romartinez-Alonso, M.A.M. Campillo, A.J. Hudson, Y. Ito, J.W.R. Schwabe, C. Dominguez, K. Tanaka
    • 雑誌名

      Life Sci. Alliance

      巻: 7 号: 1 ページ: e202302080-e202302080

    • DOI

      10.26508/lsa.202302080

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06114, KAKENHI-PLANNED-19H05773, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-21H02419
  • [雑誌論文] Acceleration of generalized replica exchange with solute tempering simulations of large biological systems on massively parallel supercomputer2023

    • 著者名/発表者名
      Jung Jaewoon、Kobayashi Chigusa、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: - 号: 20 ページ: 1740-1749

    • DOI

      10.1002/jcc.27124

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05282, KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Extension of the iSoLF implicit-solvent coarse-grained model for multicomponent lipid bilayers2023

    • 著者名/発表者名
      Ugarte La Torre Diego、Takada Shoji、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 159 号: 7 ページ: 75101-75101

    • DOI

      10.1063/5.0160417

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Highly charged proteins and their repulsive interactions antagonize biomolecular condensation2023

    • 著者名/発表者名
      Cheng Tan, Ai Niitsu, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      JACS Au

      巻: 3 号: 3 ページ: 834-848

    • DOI

      10.1021/jacsau.2c00646

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PLANNED-21H05282, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-21J40162
  • [雑誌論文] Interactions of the N- and C-Terminal SH3 Domains of Drosophila Drk with the Proline-Rich Peptides from Sos and Dos2023

    • 著者名/発表者名
      P.M. Sayeesh, M. Iguchi, Y. Suemoto, J. Inoue, K. Inomata, T. Ikeya, Y. Ito
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci.

      巻: 24 号: 18 ページ: 14135-14135

    • DOI

      10.3390/ijms241814135

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06114, KAKENHI-PLANNED-19H05773, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-21H02419
  • [雑誌論文] Direct Observation of Membrane-Associated H-Ras in the Native Cellular Environment by In-Cell <sup>19</sup>F-NMR Spectroscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Ikari Masaomi、Yagi Hiromasa、Kasai Takuma、Inomata Kohsuke、Ito Masahiro、Higuchi Kae、Matsuda Natsuko、Ito Yutaka、Kigawa Takanori
    • 雑誌名

      JACS Au

      巻: 3 号: 6 ページ: 1658-1669

    • DOI

      10.1021/jacsau.3c00108

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06533, KAKENHI-PLANNED-19H05773, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-21H02419
  • [雑誌論文] Modified protein-water interactions in CHARMM36m for thermodynamics and kinetics of proteins in dilute and crowded solutions2022

    • 著者名/発表者名
      Daiki Matsubara, Kento Kasahara, Hisham Dokainish, Hiraku Oshima, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 27 号: 17 ページ: 5726-5726

    • DOI

      10.3390/molecules27175726

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation2022

    • 著者名/発表者名
      Matsunaga Yasuhiro、Kamiya Motoshi、Oshima Hiraku、Jung Jaewoon、Ito Shingo、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 14 号: 6 ページ: 1503-1512

    • DOI

      10.1007/s12551-022-01030-9

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05282, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20K21380
  • [雑誌論文] Protein Folding Intermediates on the Dimensionality Reduced Landscape with UMAP and Native Contact Likelihood2022

    • 著者名/発表者名
      Mao Oide, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 157 号: 7 ページ: 75101-75101

    • DOI

      10.1063/5.0099094

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Protein assembly and crowding simulations2022

    • 著者名/発表者名
      Lim Heo, Yuji Sugita, Michael Feig
    • 雑誌名

      Curr. Opin. Struct. Biol.

      巻: 73 ページ: 102340-102340

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2022.102340

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Yuxia Zhang, Chigusa Kobayashi, Xiaohan Cai, Satoshi Watanabe, Akihisa Tsutsumi, Masahide Kikkawa, Yuji Sugita, Kenji Inaba2022

    • 著者名/発表者名
      Yuxia Zhang, Chigusa Kobayashi, Xiaohan Cai, Satoshi Watanabe, Akihisa Tsutsumi, Masahide Kikkawa, Yuji Sugita, Kenji Inaba
    • 雑誌名

      Cell reports

      巻: 41 号: 10 ページ: 111760-111760

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2022.111760

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PLANNED-21H05253, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-21H04758
  • [雑誌論文] Insight into the C-terminal SH3 domain mediated binding of Drosophila Drk to Sos and Dos2022

    • 著者名/発表者名
      Sayeesh P.M., Ikeya, T., Sugasawa, H., Watanabe, R., Mishima, M., Inomata, K., & Ito, Y.
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 625 ページ: 87-93

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.08.007

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06114, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-21H02419, KAKENHI-PLANNED-19H05773
  • [雑誌論文] Practical Protocols for Efficient Sampling of Kinase-Inhibitor Binding Pathways Using Two-Dimensional Replica-Exchange Molecular Dynamics2022

    • 著者名/発表者名
      Shinobu Ai、Re Suyong、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 9 ページ: 878830-878830

    • DOI

      10.3389/fmolb.2022.878830

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Weight average approaches for predicting dynamical properties of biomolecules2022

    • 著者名/発表者名
      Yagi Kiyoshi、Re Suyong、Mori Takaharu、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 72 ページ: 88-94

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2021.08.008

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06532, KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PLANNED-21H05157, KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Implementation of residue-level coarse-grained models I GENESIS for large-scale molecular dynamics simulations2022

    • 著者名/発表者名
      Cheng Tan, Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Diego Ugarte, Shoji Takada, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      PLoS Comp. Biol.

      巻: 18 号: 4 ページ: e1009578-e1009578

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1009578

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PLANNED-21H05282, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Modified Hamiltonian in FEP Calculations for Reducing the Computational Cost of Electrostatic Interactions2022

    • 著者名/発表者名
      Hiraku Oshima, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Chem. Inf. Model.

      巻: 62 号: 11 ページ: 2846-2856

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.1c01532

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Structural Effects of Spike Protein D614G Mutation in SARS-CoV-22022

    • 著者名/発表者名
      Hisham M. Dokainish, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Biophys. J.

      巻: 122 号: 14 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2022.11.025

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Towards de novo design of transmembrane α-helical assemblies using structural modelling and molecular dynamics simulation2022

    • 著者名/発表者名
      Ai Niitsu, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Biophys. Rev.

      巻: 14 号: 5 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1039/d2cp03972a

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PUBLICLY-22H05438, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-21J40162, KAKENHI-PUBLICLY-21H00412
  • [雑誌論文] The inherent flexibility of receptor binding domains in SARS-CoV-2 spike protein2022

    • 著者名/発表者名
      Dokainish Hisham M、Re Suyong、Mori Takaharu、Kobayashi Chigusa、Jung Jaewoon、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 11

    • DOI

      10.7554/elife.75720

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06532, KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-20K15737, KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PLANNED-21H05157, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Computational analysis on the allostery of tryptophan synthase: relationship between α/β-ligand binding and distal domain closure2022

    • 著者名/発表者名
      Shingo Ito, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 126 号: 17 ページ: 3300-3308

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c01556

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20H02701
  • [雑誌論文] Coarse-Grained Modeling of Multiple Pathways in Conformational Transitions of Multi-Domain Proteins2021

    • 著者名/発表者名
      A. Shinobu, C. Kobayashi, Y. Matsunaga, and Y. Sugita
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 61 号: 5 ページ: 2427-2443

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.1c00286

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K21380, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Structural basis of the protochromic green/red photocycle of the chromatic acclimation sensor RcaE2021

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Nagae, Masashi Unno, Taiki Koizumi, Yohei Miyanoiri, Tomotsumi Fujisawa, Kento Masui, Takanari Kamo, Kei Wada, Toshihiko Eki, Yutaka Ito, Yuu Hirose, Masaki Mishima
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 118(20) 号: 20

    • DOI

      10.1073/pnas.2024583118

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06707, KAKENHI-PLANNED-19H05773, KAKENHI-PROJECT-19H03169, KAKENHI-PROJECT-21H02419, KAKENHI-PROJECT-21K04997, KAKENHI-PLANNED-21H05260, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20H03196
  • [雑誌論文] Elucidation of interactions regulating conformational stability and dynamics of SARS-CoV-2 S-protein2021

    • 著者名/発表者名
      Mori Takaharu、Jung Jaewoon、Kobayashi Chigusa、Dokainish Hisham M.、Re Suyong、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 120 号: 6 ページ: 1060-1071

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2021.01.012

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06532, KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Protein-Protein Interactions in Cellular Environments: Theoretical study with Large-scale All-atom Molecular Dynamics Simulations2021

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 杉田治
    • 雑誌名

      Frontier, Journal of the Japan Society of Theoretical Chemistry

      巻: 3 ページ: 2-8

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K05389
  • [雑誌論文] Exploring the Minimum-Energy Pathways and Free-Energy Profiles of Enzymatic Reactions with QM/MM Calculations2021

    • 著者名/発表者名
      Yagi Kiyoshi、Ito Shingo、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 125 号: 18 ページ: 4701-4713

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c01862

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Molecular Basis for Two Stereoselective Diels-Alderases that Produce Decalin Skeletons2021

    • 著者名/発表者名
      Fujiyama Keisuke、Kato Naoki、Re Suyong、Kinugasa Kiyomi、Watanabe Kohei、Takita Ryo、Nogawa Toshihiko、Hino Tomoya、Osada Hiroyuki、Sugita Yuji、Takahashi Shunji、Nagano Shingo
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 60 号: 41 ページ: 22401-22410

    • DOI

      10.1002/anie.202106186

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06992, KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-20K15273, KAKENHI-PLANNED-19H05780, KAKENHI-PUBLICLY-20H05445, KAKENHI-PROJECT-20K05858, KAKENHI-PROJECT-20K05872, KAKENHI-PROJECT-21K19099, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20H00416, KAKENHI-PLANNED-17H06412
  • [雑誌論文] Anharmonic Vibrational Calculations Based on Group-Localized Coordinates: Applications to Internal Water Molecules in Bacteriorhodopsin2021

    • 著者名/発表者名
      Yagi Kiyoshi、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 17 号: 8 ページ: 5007-5020

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.1c00060

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Multi-Scale Flexible Fitting of Proteins to Cryo-EM Density Maps at Medium Resolution2021

    • 著者名/発表者名
      Kulik Marta、Mori Takaharu、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 8

    • DOI

      10.3389/fmolb.2021.631854

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Optimized Hydrogen Mass Repartitioning Scheme Combined with Accurate Temperature/Pressure Evaluations for Thermodynamic and Kinetic Properties of Biological Systems2021

    • 著者名/発表者名
      Jaewoon Jung, Kento Kasahara, Chigusa Kobayashi, Hiraku Oshima, Takaharu Mori, and Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Chem. Theory Comput.

      巻: 17 号: 8 ページ: 5312-5321

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.1c00185

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Efficient Flexible Fitting Refinement with Automatic Error Fixing for De Novo Structure Modeling from Cryo-EM Density Maps2021

    • 著者名/発表者名
      Mori Takaharu、Terashi Genki、Matsuoka Daisuke、Kihara Daisuke、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 61 号: 7 ページ: 3516-3528

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.1c00230

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06532, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Reduced Efficacy of a Src Kinase Inhibitor in Crowded Protein Solution.2021

    • 著者名/発表者名
      Kento Kasahara, Suyong Re, Grzegorz Nawrocki, Hiraku Oshima, Chiemi Mishima-Tsumagari, Yukako Miyata-Yabuki, Mutsuko Kukimoto-Niino, Isseki Yu, Mikako Shirouzu, Michael Feig, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 4099-4099

    • DOI

      10.1038/s41467-021-24349-5

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Structural and energetic analysis of metastable intermediate states in the E1P-E2P transition of Ca2+-ATPase2021

    • 著者名/発表者名
      C. Kobayashi, Y. Matsunaga, J. Jung, Y. Sugita
    • 雑誌名

      Proceeding of the National Academy of Sciences of the United States of America

      巻: 118 号: 40

    • DOI

      10.1073/pnas.2105507118

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K21380, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Unraveling the Coupling between Conformational Changes and Ligand Binding in Ribose Binding Protein Using Multiscale Molecular Dynamics and Free-Energy Calculations2021

    • 著者名/発表者名
      Ren Weitong、Dokainish Hisham M.、Shinobu Ai、Oshima Hiraku、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 125 号: 11 ページ: 2898-2909

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c11600

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20K15737
  • [雑誌論文] CHARMM-GUI Free Energy Calculator for Absolute and Relative Ligand Solvation and Binding Free Energy Simulations2020

    • 著者名/発表者名
      Kim Seonghoon、Oshima Hiraku、Zhang Han、Kern Nathan R.、Re Suyong、Lee Jumin、Roux Benoit、Sugita Yuji、Jiang Wei、Im Wonpil
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 16 号: 11 ページ: 7207-7218

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.0c00884

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Exploring Large Domain Motions in Proteins Using Atomistic Molecular Dynamics with Enhanced Conformational Sampling2020

    • 著者名/発表者名
      Dokainish Hisham M.、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 号: 1 ページ: 270-270

    • DOI

      10.3390/ijms22010270

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20K15737
  • [雑誌論文] Domain selective labeling for NMR studies of multidomain proteins by domain ligation using highly active sortase A2020

    • 著者名/発表者名
      Aizu Takahiro、Suzuki Takumi、Kido Akihiro、Nagai Kan、Kobayashi Ayaho、Sugiura Reiko、Ito Yutaka、Mishima Masaki
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1864 号: 2 ページ: 129419-129419

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.129419

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-19H05773, KAKENHI-PROJECT-19H03169, KAKENHI-PROJECT-19H03376, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Use of single-molecule time-series data for refining conformational dynamics in molecular simulations2020

    • 著者名/発表者名
      Matsunaga Yasuhiro、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 61 ページ: 153-159

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2019.12.022

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] In-cell NMR as a sensitive tool to monitor physiological condition of Escherichia coli2020

    • 著者名/発表者名
      Sugiki Toshihiko、Yamaguchi Yoshihiro、Fujiwara Toshimichi、Inouye Masayori、Ito Yutaka、Kojima Chojiro
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 2466-2466

    • DOI

      10.1038/s41598-020-59076-2

    • NAID

      120006952208

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-19H04856, KAKENHI-PLANNED-19H05773, KAKENHI-PROJECT-17H03641, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Prediction of Protein-Ligand Binding Pose and Affinity Using the gREST+FEP Method2020

    • 著者名/発表者名
      Oshima Hiraku、Re Suyong、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 60 号: 11 ページ: 5382-5394

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.0c00338

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] A singularity-free torsion angle potential for coarse-grained molecular dynamics simulations2020

    • 著者名/発表者名
      Tan Cheng、Jung Jaewoon、Kobayashi Chigusa、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 153 号: 4 ページ: 044110-044110

    • DOI

      10.1063/5.0013089

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] New parallel computing algorithm of molecular dynamics for extremely huge scale biological systems2020

    • 著者名/発表者名
      Jung Jaewoon、Kobayashi Chigusa、Kasahara Kento、Tan Cheng、Kuroda Akiyoshi、Minami Kazuo、Ishiduki Shigeru、Nishiki Tatsuo、Inoue Hikaru、Ishikawa Yutaka、Feig Michael、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 42 号: 4 ページ: 231-241

    • DOI

      10.1002/jcc.26450

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Free Energy Analysis of a Conformational Change of Heme ABC Transporter BhuUV-T2020

    • 著者名/発表者名
      Tamura Koichi、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 11 号: 8 ページ: 2824-2829

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.0c00547

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Group-based evaluation of temperature and pressure for molecular dynamics simulation with a large time step2020

    • 著者名/発表者名
      Jung Jaewoon、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 153 号: 23 ページ: 234115-234115

    • DOI

      10.1063/5.0027873

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Atg9 is a lipid scramblase that mediates autophagosomal membrane expansion2020

    • 著者名/発表者名
      Matoba Kazuaki、Kotani Tetsuya、Tsutsumi Akihisa、Tsuji Takuma、Mori Takaharu、Noshiro Daisuke、Sugita Yuji、Nomura Norimichi、Iwata So、Ohsumi Yoshinori、Fujimoto Toyoshi、Nakatogawa Hitoshi、Kikkawa Masahide、Noda Nobuo N.
    • 雑誌名

      Nature Structural & Molecular Biology

      巻: 27 号: 12 ページ: 1185-1193

    • DOI

      10.1038/s41594-020-00518-w

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06532, KAKENHI-PROJECT-19K07265, KAKENHI-PROJECT-19K16071, KAKENHI-PROJECT-19K16344, KAKENHI-PLANNED-19H05707, KAKENHI-PUBLICLY-20H05339, KAKENHI-PROJECT-16H06375, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-18H03989, KAKENHI-PROJECT-18H04023, KAKENHI-PROJECT-19H00923, KAKENHI-PROJECT-18K05334, KAKENHI-PROJECT-18K06097, KAKENHI-PLANNED-19H05708, KAKENHI-PLANNED-19H05777
  • [雑誌論文] In situ structural biology using in-cell NMR2020

    • 著者名/発表者名
      Nishida Noritaka、Ito Yutaka、Shimada Ichio
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1864 号: 2 ページ: 129364-129364

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.05.007

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-WRAPUP-19H05452, KAKENHI-PLANNED-19H05773, KAKENHI-PROJECT-17H06097, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] バクテリア細胞質中の代謝物-蛋白質間相互作用:全原子細胞質モデルと大規模分子動力学計算による理論的研究2017

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 杉田有治
    • 雑誌名

      分子シミュレーション研究会誌「アンサンブル」

      巻: Vol. 19, No. 2 ページ: 75-80

    • NAID

      130006729057

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • [雑誌論文] Influence of Protein Crowder Size on Hydration Structure and Dynamics in Macromolecular Crowding2017

    • 著者名/発表者名
      Po-hung Wang, Isseki Yu, Michael Feig, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 671 ページ: 63-70

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2017.01.012

    • 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • [雑誌論文] Biomolecular interactions modulate macromolecular structure and dynamics in atomistic model of a bacterial cytoplasm2016

    • 著者名/発表者名
      Yu I, Mori T, Ando T, Harada R, Jung J, Sugita Y, Feig M
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 5

    • DOI

      10.7554/elife.19274

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-25410025, KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Spatio-Temporal Characteristics of Transfer Free Energy of Apomyoglobin into the Crowding Condition with Trimethylamine N-oxide: A Study with Three Types of the Kirkwood-Buff Integral2012

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu*, Kyoko Nakada, Masataka Nagaoka
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B

      巻: 116 ページ: 4080-4088

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [雑誌論文] Spatio-Temporal Characteristics of the Transfer Free Energy of Apomyoglobin into the Molecular Crowding Condition with Trimethylamine N-oxide : A Study with Three Types of the Kirkwood-Buff Integral2012

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Nakada Kyoko, Nagaoka Masataka
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B

      巻: 116 号: 13 ページ: 4080-4088

    • DOI

      10.1021/jp300380p

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [雑誌論文] Influence of Hydrostatic Pressure on Dynamics and Spatial Distribution of Protein Partial Molar Volume: Time-Resolved Surficial Kirkwood-Buff Approach2010

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu*, Masayoshi Takayanagi, Masataka Nagaoka
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B

      巻: 114 ページ: 12392-12397

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [雑誌論文] Influence of Hydrostatic Pressure on Dynamics and Spatial Distribution of Protein Partial Molar Volume : Time-Resolved Surficial Kirkwood-Buff Approach2010

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 田崎智大, 中田恭子, 長岡正隆
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B

      巻: 114 ページ: 12392-12397

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [雑誌論文] Energy Flow Analysis in Proteins via Ensemble Molecular Dynamics Simulations: Time-Resolved Vibrational Analysis and Surficial Kirkwood-Buff Theory2009

    • 著者名/発表者名
      Masataka Nagaoka, Isseki Yu, Masayoshi Takayanagi
    • 雑誌名

      Proteins: Energy, Heat and Signal Flow (D.M. Leitner and I.E. Straub, Eds. )

      ページ: 169-196

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [雑誌論文] Carrier Method for the General Evaluation and Control of Pose, Molecular Conformation, Tracking, and the Like2009

    • 著者名/発表者名
      Eckhard Hitzer, Kanta Tachibana, Sven Buchholz and Isseki Yu
    • 雑誌名

      Advances in Applied Clifford Algebras (印刷中)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [雑誌論文] Energy Flow Analysis in Proteins via Ensemble Molecular Dynamics Simulations : Time-Resolved Vibrational Analysis and Surficial Kirkwood-Buff Theory2009

    • 著者名/発表者名
      Masataka Nagaoka, Isseki Yu, Masayoshi Takayanagi
    • 雑誌名

      Proteins : Energy, Heat and Signal Flow

      ページ: 169-196

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [雑誌論文] Intrinsic Alterations in the Partial Molar Volume on the Protein Denaturation: Surficial Kirkwood-Buff Approach2009

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Masayoshi Takayanagi, Masataka Nagaoka
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B 113

      ページ: 3543-3547

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [雑誌論文] IntrinSiC Alterations in the Partial Molar Volume on the Protein Denaturation : Surficial Kirkwood-Buff Approach2009

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Masayoshi Takayanagi and Masataka Nagaoka
    • 雑誌名

      Journal of PhySiCal Chemistry B 113

      ページ: 3543-3547

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [雑誌論文] Carrier Method for the General Evaluation and Control of Pose, Molecular Conformation, Tracking, etc.2008

    • 著者名/発表者名
      Eckhard Hitzer, Kanta Tachibana, Sven Buchholz, Isseki Yu
    • 雑誌名

      Advances in Applied Clifford Algebras 19

      ページ: 339-364

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [雑誌論文] Surficial Kirkwood-Buff Approach on the Preferential Interaction of Urea and Ectoine with Protein2008

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Masataka Nagaoka
    • 雑誌名

      Proceedings of International Symposium on Frontiers of Computational Science

      ページ: 9-14

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [雑誌論文] Microscopic Understanding of Preferential Exclusion of Compatible Solute Ectoine: Direct Interaction and Hydration Alteration2007

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Masataka Nagaoka
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B 111

      ページ: 10231-10238

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [雑誌論文] Microscopic Understanding of Preferential Exclusion of Compatible Solute Ectoine: Direct Interaction and Hydration Alteration.2007

    • 著者名/発表者名
      優 乙石, 長岡 正隆
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B 111

      ページ: 10231-10238

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] Protein Functions in Crowded Cellular Environments2024

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 6th Symposium on Biophysics Postgraduate Research in Hong Kong
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Refinement of Markov State Model using experimental data and nonlinear dimensional reduction methods2024

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      ACS Symposium on Markov State Modeling of Conformational Dynamics in the Wake of Machine Learning
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] NMR studies of multi-domain adaptor proteins in signal transduction pathways2024

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito,Teppei Ikeya,Sayeesh P.M.,Mao Oide,Yuji Sugita
    • 学会等名
      TJ2024 (Taiwan-Japan NMR Symposium 2024)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Integrated Modeling of Flexible Multi-Domain Protein Structures in Solution2024

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita, Mao Oide, Teppei Ikeya, Yutaka Ito
    • 学会等名
      9th Polish-Korean Conference on Protein Folding
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Enhanced Conformational Sampling for Protein Dynamics and Function2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      8th Polish-Korean Conference on Protein Folding
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Molecular dynamics simulation of the substrate channeling in tryptophan synthetase2023

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 伊東真吾, 八木清, 杉田有治
    • 学会等名
      第61回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Monomeric Structures of GRB2 in Solution by Integrated Modeling2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita, Mao Oide, Teppei Ikeya, Yutaka Ito
    • 学会等名
      EMBO workshop on Computational Structural Biology
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Protein Dynamics and Functions using enhanced MD simulations2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 23rd Sanibel Meeting
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Multi-scale molecular dynamics simulations on protein function in intracellular environments2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      CCP2023
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] How cellular environments are regulated by non-specific molecular interaction2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Biomolecules and Nanostructures 8
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Analysis of the mechanism underlying multivalent interactions between GRB2 and SOS1 and their LLPS using solution NMR2023

    • 著者名/発表者名
      Teppei Ikeya,Mao Oide,W. Ren,Keita Tateno,Takami Ando,Haruka Sugasawa,Yuji Sugita,Yutaka Ito
    • 学会等名
      第61回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Accurate Langevin integration for isothermal-isobaric condition with a large time step2023

    • 著者名/発表者名
      Jaewoon Jung, Yuji Sugita
    • 学会等名
      CCP2023
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Protein dynamics and functions using enhanced MD simulations2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      CECAM Workshop
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] In-cell NMR studies of the Keap1-Nrf2 system2023

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito,Mei Toyoda,Shiori Suehiro,Kaito Shima,Teppei Ikeya,Takafumi Suzuki, Masayuki Yamamoto, Kohsuke Inomata
    • 学会等名
      Asia-Pacific Nuclear Magnetic Resonance (APNMR) 2023
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Interaction of N-and C-terminal SH3 domains of Drosophila adapter protein Drk with Sos and Dos2023

    • 著者名/発表者名
      Sayeesh PM,Mayuki Iguchi,Haruka Sugasawa,Kahsuke Inomata,Teppei Ikeya,Yutaka Ito
    • 学会等名
      The 19th European Magnetic Resonance Congress
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Regulation of Biomolecular Condensation Studied with Large-Scale Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations in GENESIS2023

    • 著者名/発表者名
      Cheng Tan, Ai Niitsu, Jaewoon Jung, Yuji Sugita
    • 学会等名
      第61回生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Crowding effects on protein structure, dynamics, and functions2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 21st KIAS Conference on Protein Folding and Function
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Binding free energy landscape of c-Src kinase to its inhibitors sampled by molecular dynamics simulations: effect of ligand size and flexibility2023

    • 著者名/発表者名
      Ai Shinobu, Suyong Re, Yuji Sugita
    • 学会等名
      BPS2023
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Coarse-grained modeling and simulations of protein and lipid dynamics2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      MBSJ
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Structural and dynamic studies on the Drosophila adapter Protein Drk2023

    • 著者名/発表者名
      Sayeesh PM,Mayumi Iguchi,Teppei Ikeya,Yutaka Ito
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Theoretical study of the influence of solvent conditions on the structure and interaction of core region in LC domain of FUS2023

    • 著者名/発表者名
      Suzuka Tokunaga, Isseki Yu
    • 学会等名
      The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K05389
  • [学会発表] Microscopic Investigation on the Protein Aggregation Inhibition by ATP in Cell2022

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 杉田有治
    • 学会等名
      第9回HPCIシステム利用研究課題 成果報告会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K05389
  • [学会発表] Conformational Dynamics and Functions of Proteins in Crowded Cellular Environments2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      BPS Thematic Meeting Hamburg
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Computational studies of conformational dynamics of membrane transporters and pumps2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] De novo design of membrane coiled-coil barrels2022

    • 著者名/発表者名
      Ai Niitsu, Andrew R Thomson, Alistair Scott, Jason T Sengel, Kozhinjampara R Mahendran, Yuji Sugita, R Leo Brady, Mark I Wallace, Hagan Bayley, and Derek N Woolfson
    • 学会等名
      Alpbach Workshop: Coiled coils, fibrous & repeat proteins
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] NMR studies of a Drosophila adapter protein, Drk2022

    • 著者名/発表者名
      Sayeesh, PM, Teppei Ikeya, Haruka Sugasawa, Riki Watanabe, Yutaka Ito
    • 学会等名
      第1回生命金属科学シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Reduced efficacy of a Src kinase inhibitor in crowded protein solution2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Prof. Sihyun Ham Memorial Symposium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Protein behaviours under intracellular crowding environments2022

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito
    • 学会等名
      TMU Workshop on Protein NMR
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Microscopic Investigation on the Protein Aggregation Inhibition by ATP in Cell2022

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 杉田有治
    • 学会等名
      第9回HPCIシステム利用研究課題 成果報告会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Stability and interaction of macromolecules altered by nucleoside triphosphates in cellular crowding2022

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 山崎竜人, Feig Michael, 杉田有治
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Stability and dynamics of de novo designed transmembrane peptide barrels2022

    • 著者名/発表者名
      Ai Niitsu, Jaewoon Jung, and Yuji Sugita
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Solution NMR approaches to 3D structure determination of proteins in living cells2022

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito
    • 学会等名
      The Protein Society Webinar “Exploring Proteins in Living Cells”
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Free-energy calculations of protein-ligand binding in solution and crowded environments2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      WCB2022
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Stability and interaction of macromolecules altered by nucleoside triphosphates in cellular crowding2022

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 山崎竜人, Feig Michael, 杉田有治
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K05389
  • [学会発表] Multi-scale simulations of large biological systems on Fugaku2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      R-CCS symposium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Protein structure determination by NMR: conformational multiplicity and the effects of macromolecular crowding2022

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito
    • 学会等名
      The 7th International Symposium on Drug Discovery and Design by NMR
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Solution NMR approaches to 3D structure determination of proteins in living eukaryotic cells2021

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito, Kohsuke Inomata, Teppei Ikeya
    • 学会等名
      22nd International Society of Magnetic Resonance Conference (ISMAR)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Enhanced Sampling Techniques2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      CECAM CHARMM-GUI Workshop
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Development of Trajectory Analyzer for Cellular-Scale Molecular Dynamics Simulations2021

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 杉田有治
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Parallel computing algorithms in molecular dynamics simulations for extremely large-scale biological systems2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      HITS Colloquium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Multi-state structure determination and dynamics analysis reveals a new ubiquitin-recognition mechanism in yeast ubiquitin C-terminal hydrolase2021

    • 著者名/発表者名
      Teppei Ikeya, Mayu Okada, Yutaka Tateishi, Eri Nojiri, Tsutomu Mikawa, Sundaresan Rajesh, Hiroki Ogasa, Takumi Ueda, Hiromasa Yagi, Toshiyuki Kohno, Takanori Kigawa, Ichio Shimada, Peter Guentert, Yutaka Ito
    • 学会等名
      22nd International Society of Magnetic Resonance Conference (ISMAR)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Mechanisms for conformational changes of proteins upon ligand bindings2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Polish-Korean Protein Folding Conference
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] In situ Analysis of Protein Dynamics with All atom Cytoplasm Simulations2021

    • 著者名/発表者名
      優乙石, Po-hung Wang , 杉田有治
    • 学会等名
      第8回HPCIシステム利用研究課題 成果報告会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Procedures to obtain reliable free-energy profiles of conformational changes in membrane transporters2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      ACS Fall 2021
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Insight into the C-terminal SH3 mediated binding of Drosophila Drk towards Sos and Dos2021

    • 著者名/発表者名
      Sayeesh. P. M., Teppei Ikeya, Haruka Sugasawa, Riki Watanabe, Yutaka Ito
    • 学会等名
      22nd International Society of Magnetic Resonance Conference (ISMAR)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] In situ Analysis of Protein Dynamics with All atom Cytoplasm Simulations2021

    • 著者名/発表者名
      優乙石, Po-hung Wang , 杉田有治
    • 学会等名
      第8回HPCIシステム利用研究課題 成果報告会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K05389
  • [学会発表] Multi-scale MD simulations using GENESIS on Fugaku2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 1st Fugaku Bio-supercomputing Workshop on Cellular-Scale Molecular Dynamics Simulations
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Development of GENESIS MD software on Fugaku supercomputer for understanding large scale biomolecular phenomena in cellular environments2021

    • 著者名/発表者名
      Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Yuji Sugita
    • 学会等名
      Pachifichem symposium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Development of Trajectory Analyzer for Cellular-Scale Molecular Dynamics Simulations2021

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 杉田有治
    • 学会等名
      第59回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K05389
  • [学会発表] Mechanisms for conformational changes of proteins upon ligand bindings2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Finding the reaction path of metalloenzyme using QM/MM in GENESIS2021

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita
    • 学会等名
      Pachifichem symposium (#83)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] How macromolecular crowding environments affect protein-ligand binding kinetics and thermodynamics2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Pachifichem symposium (#200)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Molecular mechanisms for conformational changes and chemical reactions in the Ca2+-ATPase2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Pachifichem symposium (#206)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Conformational flexibility and stability of SARS-CoV-2 spike protein in solution2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      ACS Spring 2021
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Insight into the C-terminal SH3 mediated binding of Drosophila Drk towards Sos and Dos2021

    • 著者名/発表者名
      Sayeesh. P. M., Teppei Ikeya, Haruka Sugasawa, Riki Watanabe, Yutaka Ito
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Intrinsic Conformational Flexibility of SARS-CoV-2 Spike-Protein Simulated on Fugaku2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 3rd R-CCS International Symposium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Reduced protein-protein interactions in the cellular crowding with binding of nucleoside triphosphates2020

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Michael Feig, and Yuji Sugita
    • 学会等名
      第58回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K05389
  • [学会発表] All-atom molecular dynamics simulation of the altered protein-protein interaction with metabolites and ions in the cytoplasm.2020

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu
    • 学会等名
      Biophysical Society 64th Annual Meeting
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Reduced protein-protein interactions in the cellular crowding with binding of nucleoside triphosphates2020

    • 著者名/発表者名
      優乙石, Michael Feig, 杉田有治
    • 学会等名
      第58回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] All-atom molecular dynamics simulation of the altered protein-protein interaction with metabolites and ions in the cytoplasm2020

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Michael Feig, and Yuji Sugita
    • 学会等名
      Biophysical Society 64th Annual Meeting
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K05389
  • [学会発表] Use of enhanced conformational sampling for the analysis of protein-ligand binding processes2020

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Telluride Summer Research Conference
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] All-atom molecular dynamics simulations of spike protein on the surface of SARS-CoV-2 in solution2020

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      RIKEN-NRC HPC Workshop
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Free-Energy Calculations of Protein-Ligand Binding in Solution and in Cellular Environments2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Free Energy Workshop
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 細胞質中の代謝物によって改変される蛋白質間相互作用の全原子分子動力学シミュレーション2019

    • 著者名/発表者名
      優 乙石
    • 学会等名
      第33回 分子シミュレーション討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Slow-down of protein and metabolite diffusion in crowded protein solution", TSRC workshop on macromolecular crowding2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Telluride Summer Conference
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Solution NMR approaches to 3D structure determination of proteins in living eukaryotic cells2019

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito, Teppei Ikeya
    • 学会等名
      The 42th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Free-Energy Landscape of Protein-Ligand Binding by generalized REST2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      257th ACS national meeting
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] High-resolution protein 3D structure determination in living eukaryotic cells2019

    • 著者名/発表者名
      Takashi Tanaka, Yutaka Ito, et al.
    • 学会等名
      The 12th Australian and New Zealand Society for Magnetic Resonance Conference (ANZMAG conference 2019)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Free-Energy Calculations of Protein-Ligand Binding using GENESIS2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Supercomputer Symposium at IMS
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Molecular Dynamics and Interaction of Protein-Ligand Binding in Crowded Cellular Environments2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      the 42th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Free-Energy Calculations of Protein-Ligand Binding by Enhanced Sampling Methods2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 10th Toyota RIKEN International Workshop on Science of Life Phenomena Woven by Water and Biomolecules
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Protein-protein and protein-ligand interaction in cellular environments2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      PSSJ 19th Annual Symposium
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] All-atom molecular dynamics simulation of the reduced protein-protein interaction with metabolites in the cytoplasm2019

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Michael Feig, and Yuji Sugita
    • 学会等名
      第57回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K05389
  • [学会発表] All-atom molecular dynamics simulation of the reduced protein-protein interaction with metabolites in the cytoplasm.2019

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Machine learning approach to link MD simulation with single-molecule experiment for understanding protein folding and dynamics2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 5th Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Simulations of Biomolecules in Cellular Crowded Environments2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Albany 2019. the 20th Conversation
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 細胞質中の代謝物によって改変される蛋 白質間相互作用の全原子分子動力学シミュ レーション2019

    • 著者名/発表者名
      優乙石, Feig Michael, 杉田有治
    • 学会等名
      第33 回分子シミュレーション討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K05389
  • [学会発表] Solution NMR approaches to 3D structure determination of proteins in living eukaryotic cells2019

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito, Teppei Ikeya
    • 学会等名
      33rd Annual Symposium of the Protein Society, USA
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] High resolution protein 3D structure determination in living eukaryotic cells2019

    • 著者名/発表者名
      Teppei Ikeya, Yutaka Ito
    • 学会等名
      The 8th Asia Pacific NMR Symposium, Singapore
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Free-Energy Calculations of Protein-Ligand Binding using GENESIS software2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      ICMS2019
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Enhanced Conformational Sampling Methods for Free Energy Calculation2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      CHARMM-GUI Workshop
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Multi-state protein structure determination by integrated analysis of several NMR data sets2019

    • 著者名/発表者名
      Teppei Ikeya, Yutaka Ito
    • 学会等名
      IPR seminar
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Large-scale molecular dynamics simulation of biomolecules in cellular environments2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Accelerated Data Analytics and Computing Workshop 8
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 全原子細胞質モデルと大規模分子動力学計算による細胞内生体分子ダイナミクスの理論的解明2017

    • 著者名/発表者名
      優乙石
    • 学会等名
      物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の今と未来」
    • 発表場所
      東京大学 千葉県柏市
    • 年月日
      2017-04-04
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • [学会発表] Theoretical Study of the Influence of Cellular Crowding on the Dynamics and Interactions of proteins2016

    • 著者名/発表者名
      優乙石、森貴治、安藤格士、Jaewoon Jung、原田隆平、Michael Feig、杉田有治
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜 神奈川県横浜市
    • 年月日
      2016-12-01
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • [学会発表] Influence of Macromolecular Crowding on the Dynamics and Interactions of proteins: All-atom Molecular Dynamics Study2016

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Takaharu Mori, Tadashi Ando, Ryuhei Harada, Jaewoon Jung, Michael Feig, Yuji Sugita
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      エポカルつくば 茨城県つくば市
    • 年月日
      2016-11-26
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • [学会発表] バクテリア細胞質中の混み合い環境下における蛋白質と代謝物の全原子分子動力学シミュレーション2015

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Takaharu Mori, Jaewoon Jung, Tadashi Ando, Ryuhei Harada, Michael Feig, Yuji Sugita
    • 学会等名
      38回日本分子生物学会年会、88回 日本生化学大会 合同大会
    • 発表場所
      兵庫県・神戸市
    • 年月日
      2015-12-01
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • [学会発表] Dynamics, Stability, and Interactions of Proteins and Metabolites in Bacterial Cytoplasm: All-atom Molecular Dynamics Study2015

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Takaharu Mori, Jaewoon Jung, Tadashi Ando, Ryuhei Harada, Michael Feig, Yuji Sugita
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      石川県・金沢大学
    • 年月日
      2015-09-15
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • [学会発表] Atomistic Molecular Dynamics Simulation of a Complete Model of Bacterial Cytoplasm2015

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Takaharu Mori, Jaewoon Jung, Tadashi Ando, Ryuhei Harada, Michael Feig, Yuji Sugita
    • 学会等名
      International Conference on Computational Methods (ICCM) 2015
    • 発表場所
      ニュージーランド・オークランド
    • 年月日
      2015-07-15
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • [学会発表] 細胞内環境での蛋白質の分子運動と機能2015

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Takaharu Mori, Jaewoon Jung, Tadashi Ando, Ryuhei Harada, Michael Feig, Yuji Sugita
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会2015大会スポンサーセッション生命科学におけるインフォマティクスと物理化学の融合
    • 発表場所
      京都・京都大学・宇治キャンパス
    • 年月日
      2015-10-30
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • [学会発表] Dynamics and Interactions of Macromolecules in the Cytoplasm of Mycoplasma Genitalium: All-atom Molecular Dynamics Study2014

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Takaharu Mori, Jaewoon Jung, Tadashi Ando, Ryuhei Harada, Michael Feig, Yuji Sugita
    • 学会等名
      Workshop on Computer Modeling and Simulation of Biomolecular Systems
    • 発表場所
      理化学研究所/和光市/埼玉県
    • 年月日
      2014-09-22
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • [学会発表] Space-Time Characteristics of the Protein Thermodynamic Quantities under the Molecular Crowding Condition of Cytoplasm in Extremophiles: Kirkwood-Buff Approach Combined with Molecular Dynamics Simulation2014

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu
    • 学会等名
      Biophysical Society 58th Annual Meeting
    • 発表場所
      サンフランシスコ
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • [学会発表] Kirkwood-Buff積分法による蛋白質移相自由エネルギーの三次元可視化: 細胞内分子混雑効果の微視的理解に向けて2013

    • 著者名/発表者名
      優 乙石
    • 学会等名
      計算統計物理学第4回研究会
    • 発表場所
      山口大学
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • [学会発表] 蛋白質移相自由エネルギーの空間分布に与える溶質表面特性の影響:オスモライトによる分子クラウディング環境下の場合2012

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      第6回分子科学討論会
    • 発表場所
      東京大学
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] 蛋白質移相自由エネルギーの空間分布に与える溶質表面特性の影響:オスモライトによる分子クラウディング環境下の場合2012

    • 著者名/発表者名
      優 乙石
    • 学会等名
      第6回分子科学討論会 東京大学
    • 発表場所
      東京大学
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] TMAO 添加による蛋白質溶媒和自由エネルギー変化の微視的解明: 3 次元カークウッド-バフ積分法によるマッピング解析2012

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      第26回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      九州大学
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] カークウッド‐バフ積分法による蛋白質移相自由エネルギーの 計算と映像化: 分子クラウディング環境の微視的理解に向けて2012

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      第15回理論化学討論会
    • 発表場所
      仙台市福祉プラザ
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] トリメチルアミンN-オキシドで模倣した細胞質環境へのアポミオグロビン移相自由エネルギー:カークウッド-バフ積分法による時空間解析2012

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      日本化学会第92春季年会
    • 発表場所
      慶応大学
    • 年月日
      2012-03-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] Three-dimensional Imaging of the Protein Transfer Free Energy into the Molecular Crowding Condition with TMAO2012

    • 著者名/発表者名
      優 乙石
    • 学会等名
      第50回生物物理学会年会 名古屋市 名古屋大学
    • 発表場所
      名古屋大学
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] トリメチルアミン N-オキシドで模倣した細胞質環境へのアポミオグロビン移相自由エネルギー:カークウッド‐バフ積分法による時空間解析2012

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      日本化学会第92 春季年会
    • 発表場所
      慶応大学
    • 年月日
      2012-03-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] Three-dimensional Imaging of the Protein Transfer Free Energy into the Molecular Crowding Condition with TMAO2012

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      第50回生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] TMAO添加による蛋白質溶媒和自由エネルギー変化の微視的解明: 3次元カークウッド-バフ積分法によるマッピング解析2012

    • 著者名/発表者名
      優 乙石
    • 学会等名
      第26回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      九州大学
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] High Pressure-Induced Hydration Volume Change around the Protein : Kirkwood-Buff Approach combined with Molecular Dynamics Simulation2011

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      第49回生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学
    • 年月日
      2011-09-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] 高静水圧が及ぼすアポミオグロビンの遠位水和体積変化:分子動力学法と連携するカークウッド‐バフ積分法による考察2011

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      分子科学討論会 2011
    • 発表場所
      札幌市 札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2011-09-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] High Pressure-Induced Hydration Volume Change around the Protein:Kirkwood-Buff Approach combined with Molecular Dynamics Simulation2011

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      第49回生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学
    • 年月日
      2011-09-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] 高静水圧が及ぼすアポミオグロビンの遠位水和体積変化:分子動力学法と連携するカークウッド-バフ積分法による考察2011

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      分子科学討論会2011
    • 発表場所
      札幌市札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2011-09-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] Molecular Dynamics Picture of Protein Partial Molar Volume Reduction under High Hydrostatic Pressure:Time-Resolved Kirkwood-Buff Approach2010

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      生物物理学会48回年会
    • 発表場所
      東北大学
    • 年月日
      2010-09-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] Molecular Dynamics Picture of Protein Partial Molar Volume Reduction under High Hydrostatic Pressure : Time-Resolved Kirkwood-Buff Approach2010

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      生物物理学会48回年会
    • 発表場所
      東北大学
    • 年月日
      2010-09-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] アポミオグロビン部分モル体積のダイナミクスおよび空間分布に及ぼす高静水圧の影響:時間分解カークウッド-バフ積分法による考察2010

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      分子科学討論会2010
    • 発表場所
      大阪大学
    • 年月日
      2010-09-14
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] アポミオグロビン部分モル体積のダイナミクスおよび空間分布に及ぼす高静水圧の影響:時間分解カークウッド-バフ積分法による考察2010

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      分子科学討論会 2010
    • 発表場所
      大阪大学
    • 年月日
      2010-09-14
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] 補償溶質エクトインによる蛋白質構造安定化の分子機構:分子動力学シミュレーション法による微視的理解2010

    • 著者名/発表者名
      優乙石、中田恭子、長岡正隆
    • 学会等名
      11回極限環境生物学会年会
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2010-11-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22750015
  • [学会発表] Solvent Effect on the Protein Structure : Surficial Kirkwood?Buff Approach2009

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Masataka Nagaoka
    • 学会等名
      International Symposium on Frontiers of Computational Science
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      2009-03-16
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] Protein Volume Paradox and its Molecular Picture : A Study by Surficial Kirkwood-Buff Integral Method2009

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 長岡正隆
    • 学会等名
      第47回生物物理学会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      2009-10-31
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] 部分モル体積の空間分布から見たタンパク質変性:カークウツド-パフ積分法による考察2009

    • 著者名/発表者名
      優乙石、長岡正隆
    • 学会等名
      第3回分子科学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-09-22
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] 表面カークウツド. パフ積分法によるタンパク質部分モル体積不変性の微視的理解2009

    • 著者名/発表者名
      優乙石、長岡正隆
    • 学会等名
      理論化学討論会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-05-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] Protein Volume Paradox and its Molecular Picture: A Study by Surficial Kirkwood-Buff Integral Method2009

    • 著者名/発表者名
      優乙石長岡正隆
    • 学会等名
      第47回生物物理学会年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      2009-11-01
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] 表面カークウッド-バフ積分法によるタンパク質部分モル体積不変性の微視的理解2009

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 長岡正隆
    • 学会等名
      第12回理論化学討論会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-05-28
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] 部分モル体積の空間分布から見たタンパク質変性:カークウッド-パフ積分法による考察2009

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 長岡正隆
    • 学会等名
      第3回分子科学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-05-28
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] Molecular Picture of Protein Volume Paradox : A Studv by Surficial Kirkwood-Buff Integral Method2009

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 長岡正隆
    • 学会等名
      The fourth Asian Pacific Conference on Theoretical & Computational Chemistry
    • 発表場所
      ポートディクソンマレーシア
    • 年月日
      2009-12-22
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] Molecular Picture of Protein Volume Paradox: A Study by Surficial Kirkwood-Buff Integral Method2009

    • 著者名/発表者名
      Isseki YU, Masataka Nagaoka
    • 学会等名
      The fourth Asian Pacific Conference on Theoretical & Computational Chemistry
    • 発表場所
      クアラルンプール
    • 年月日
      2009-12-22
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] 表面Kirkwood-Buff法による補償溶質エクトイン選択的排除の分子論的理解2008

    • 著者名/発表者名
      優乙石、長岡正隆
    • 学会等名
      日本化学会第88回春季会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-03-28
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] Surficial Kirkwood-Buff Approach on the Preferential Interaction of Urea and Ectoine with Protein2008

    • 著者名/発表者名
      Isseki YU, Masataka Nagaoka
    • 学会等名
      Intemational Symposium on Frontiers of Computational Science
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2008-11-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] Surficial Kirkwood?Buff Approach Combined with All-Atom Molecular Dynamics Simulation : Analysis of Solvent Structure around Biomolecules2008

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Masataka Nagaoka
    • 学会等名
      International Symposium on Frontiers of Computational Science
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      2008-11-28
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] 表面Kirkwood-Buff法による補償溶質エクトイン選択的排除の分子論的理解2008

    • 著者名/発表者名
      優 乙石, 長岡 正隆
    • 学会等名
      日本化学会第88春季年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-03-28
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] エクトイン水溶液中のタンパク質表面における選択的水和発現機構の分子論的考察2007

    • 著者名/発表者名
      優 乙石, 長岡 正隆
    • 学会等名
      第10同理論化学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2007-05-14
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] エクトイン水溶液中のタンパク質表面における選択的水和発現機構の分子論的考察2007

    • 著者名/発表者名
      優乙石、長岡正隆
    • 学会等名
      第10回理論化学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2007-05-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] Molecular Mechanism of the Preferential Exclusion of Compatible Solute Ectoine on the Protein Surface2007

    • 著者名/発表者名
      優 乙石, 長岡 正隆
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-23
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] エクトイン水溶液中のタンパク質および小ペプチド表面における選択的水和の微視的描像2007

    • 著者名/発表者名
      優 乙石, 長岡 正隆
    • 学会等名
      第1回分子科学討論会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2007-09-20
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] Molecular Mechanism of the Preferential Exclusion of Compatible Solute Ectoine on the Protein Surface2007

    • 著者名/発表者名
      優乙石、長岡正隆
    • 学会等名
      第45回生物物理学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-12-23
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] エクトイン水溶液中のタンパク質および小ペプチド表面における選択的水和2007

    • 著者名/発表者名
      優乙石、長岡正隆
    • 学会等名
      第1回分子科学討論会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2007-09-19
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] Microscopic Understanding of Preferential Exclusion of Compatible Solute Ectoine: Surficial Kirkwood-Buff Approach2007

    • 著者名/発表者名
      優 乙石, 長岡 正隆
    • 学会等名
      The 3rd Asian Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry (APCTCIII)
    • 発表場所
      北京
    • 年月日
      2007-09-23
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] Microscopic Understanding of Preferential Exclusion of Compatible Solute Ectoine: Surficial Kirkwood-Buff Approach2007

    • 著者名/発表者名
      Isseki YU, Masataka Nagaoka
    • 学会等名
      The 3rd Asian Pacific Conference on Theoretical & Computational Chemistry
    • 発表場所
      北京
    • 年月日
      2007-09-23
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19750004
  • [学会発表] Dynamics and Interactions of Macromolecules in the Bacterial Cytoplasm: All-atom Molecular Dynamics Study

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Takaharu Mori, Jaewoon Jung, Tadashi Ando, Ryuhei Harada, Michael Feig, Yuji Sugita
    • 学会等名
      日本生物物理学会第52回年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター/札幌/北海道
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • [学会発表] All-atom Molecular Dynamics Simulation of the Complete Model of Bacterial Cytoplasm”

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Takaharu Mori, Jaewoon Jung, Tadashi Ando, Ryuhei Harada, Michael Feig, Yuji Sugita
    • 学会等名
      第5回AICS国際シンポジウム
    • 発表場所
      計算科学研究機構/神戸市/兵庫県
    • 年月日
      2014-12-08 – 2014-12-09
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • [学会発表] The solvent-accessible surface area of proteins affects water structure and dynamics

    • 著者名/発表者名
      Po-hung Wang, Isseki Yu, Michael Feig, and Yuji Sugita
    • 学会等名
      日本生物物理学会第52回年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター/札幌/北海道
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25410025
  • 1.  杉田 有治 (80311190)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 95件
  • 2.  伊藤 隆 (80261147)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 23件
  • 3.  ワン ポーホン
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 4.  広瀬 侑
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 5.  池谷 鉄兵
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 3件
  • 6.  滝田 良
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 7.  西田 紀貴
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 8.  松永 康佑
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 9.  李 秀栄
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 3件
  • 10.  笠原 健人
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 11.  鄭 載運
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 12.  森 貴治
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 5件
  • 13.  児嶋 長次郎
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 14.  八木 清
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 15.  葛西 卓磨
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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