苙口友隆 Oroguchi Tomotaka

研究者番号	90589821
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 講師
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2017年度 – 2023年度: 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 講師 2014年度 – 2015年度: 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 2012年度 – 2014年度: 慶應義塾大学, 理工学部, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者生物物理・化学物理・ソフトマターの物理 / 小区分13040:生物物理、化学物理およびソフトマターの物理関連 / 生体分子化学およびその関連分野 / 理工系 / 生物系研究代表者以外大区分B
キーワード	研究代表者分子動力学シミュレーション / 水和構造 / 溶液X線散乱 / 生体分子 / MDシミュレーション / 構造アンサンブル / 蛋白質 / 溶媒和自由エネルギー / X線散乱回折実験 / 蛋白質ダイナミックス … もっと見る / 分子力場 / 機能的構造揺らぎ / 自由エネルギー地形 / 動的構造 / 水素結合 / 蛋白質分子力場 / X線溶液散乱 / 構造アンサンブル最適化 / 溶液Ｘ線散乱 / 情報量空間 / 構造アンサンブル最適化法 / 蛋白質-水分子間相互作用 / 蛋白質構造の自由エネルギー地形 / 蛋白質分子 / X線回折散乱実験 / 生体分子の機能発揮機構 / ベイズ統計 / 溶液散乱実験 / 機能的構造変化 / 電子－電子二重共鳴計測 / 中性子溶液散乱 / 蛋白質の機能的構造揺らぎ / 分子クラウディング環境 / 電子―電子二重共鳴計測 / 溶液X戦散乱 / 溶液中性子散乱 / 蛋白質ダイナミクス / 分子クラウディング / グルタミン酸脱水素酵素 / ダイナミックス / 低温X線結晶構造解析 / 水素結合ネットワーク / 構造サンプリング法 / マルチスケール構造サンプリング / 原子間力顕微鏡 / DNA結合蛋白質 / 天然変性領域 / MD-SAXS / 構造サンプリング / 核磁気共鳴法 / 天然変性タンパク質 … もっと見る研究代表者以外蛋白質ダイナミクス / 租視化分子動力学計算 / 中性子準弾性散乱 / MD連携解析 / 蛋白質階層間連携ダイナミクス / 蛋白質重水素化 / 階層関連ダイナミクス / 分子動力学計算 / ドメイン選択重水素化 / 新世代中性子構造生物学 / 計算機連携解析 / ドメインライゲーション / タンパク質重水素化 / 中性子溶液散乱 / 階層間連携ダイナミクス / 分子動力学シミュレーション / 重水素化 / 生体高分子ダイナミクス / 中性子散乱隠す

水素結合の方向性を厳密に取り扱った高信頼度な蛋白質分子力場の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  苙口友隆
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分13040:生物物理、化学物理およびソフトマターの物理関連
- 研究機関
  慶應義塾大学
新世代中性子構造生物学の開拓
- 研究代表者
  
  杉山正明
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(S)
- 審査区分
  
  大区分B
- 研究機関
  京都大学
分子クラウディング環境下における生体分子の機能的構造揺らぎの解析研究代表者
- 研究代表者
  
  苙口友隆
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2019
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 研究分野
  
  生体分子化学およびその関連分野
- 研究機関
  慶應義塾大学
生体分子の機能発揮機構における水和構造の役割の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  苙口友隆
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2020
- 研究種目
  
  若手研究(A)
- 研究分野
  
  生物物理・化学物理・ソフトマターの物理
- 研究機関
  慶應義塾大学
X線回折散乱実験と分子シミュレーションを用いた生体分子の動的構造の解析研究代表者
- 研究代表者
  
  苙口友隆
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2015
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  慶應義塾大学
生体分子構造およびに生体分子間相互作用の安定化における水分子の役割の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  苙口友隆
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2015
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理・化学物理・ソフトマターの物理
- 研究機関
  慶應義塾大学
天然変性蛋白質の動的構造及び基質認識機構の原子レベルでの解明研究代表者
- 研究代表者
  
  苙口友隆
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2013
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  慶應義塾大学

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すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Internal dynamics of multidomain protein as revealed by an optimized neutron spin echo measurement and all-atom molecular dynamics simulation2023
- 著者名/発表者名
  Inoue Rintaro、Oroguchi Tomotaka、Oda Takashi、Farago Bela、Martel Anne、Porcar Lionel、Sato Mamoru、Sugiyama Masaaki
- 雑誌名
  
  Physical Review Research
  
  巻: 5 号: 4 ページ: 043154-043154
- DOI
  10.1103/physrevresearch.5.043154
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06527, KAKENHI-PROJECT-21K03489, KAKENHI-PROJECT-19KK0071
[雑誌論文] Common architectures in cyanobacteria Prochlorococcus cells visualized by X-ray diffraction imaging using X-ray free electron laser2021
- 著者名/発表者名
  Kobayashi Amane、Takayama Yuki、Hirakawa Takeshi、Okajima Koji、Oide Mao、Oroguchi Tomotaka、Inui Yayoi、Yamamoto Masaki、Matsunaga Sachihiro、Nakasako Masayoshi
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 11 号: 1 ページ: 3877-3877
- DOI
  10.1038/s41598-021-83401-y
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-19H05783, KAKENHI-PROJECT-19H03259, KAKENHI-PROJECT-20K14434, KAKENHI-PLANNED-20H05911, KAKENHI-PROJECT-17H04854, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-21H01050, KAKENHI-PROJECT-21K03489
[雑誌論文] Energy landscape of domain motion in glutamate dehydrogenase deduced from cryo‐electron microscopy2020
- 著者名/発表者名
  Oide Mao、Kato Takayuki、Oroguchi Tomotaka、Nakasako Masayoshi
- 雑誌名
  
  The FEBS Journal
  
  巻: - 号: 16 ページ: 3472-3493
- DOI
  10.1111/febs.15224
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-17H04854, KAKENHI-PROJECT-18J11653, KAKENHI-PROJECT-17K19209
[雑誌論文] Dipole?dipole interactions between tryptophan side chains and hydration water molecules dominate the observed dynamic stokes shift of lysozyme2020
- 著者名/発表者名
  Fukuda Asahi、Oroguchi Tomotaka、Nakasako Masayoshi
- 雑誌名
  
  Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects
  
  巻: 1864 号: 2 ページ: 129406-129406
- DOI
  10.1016/j.bbagen.2019.07.015
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-17H04854, KAKENHI-PROJECT-17K19209
[雑誌論文] Assessment of Force Field Accuracy Using Cryogenic Electron Microscopy Data of Hyper-thermostable Glutamate Dehydrogenase2020
- 著者名/発表者名
  Oroguchi Tomotaka、Oide Mao、Wakabayashi Taiki、Nakasako Masayoshi
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 124 号: 39 ページ: 8479-8494
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.0c04464
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H05229
[雑誌論文] Combination of coarse-grained molecular dynamics simulations and small-angle X-ray scattering experiments2019
- 著者名/発表者名
  Ekimoto T, Kokabu Y, Oroguchi T, Ikeguchi M
- 雑誌名
  
  Biophysics and Physicobiology
  
  巻: 16 号: 0 ページ: 377-390
- DOI
  10.2142/biophysico.16.0_377
- NAID
  130007752757
- ISSN
  2189-4779
- 言語
  英語
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PROJECT-17K19209
[雑誌論文] Molecular shape under far-red light and red light-induced association of Arabidopsis phytochrome B2019
- 著者名/発表者名
  Mao Oide, Takaaki Hikima, Tomotaka Oroguchi, Takayuki Kato, Yuhki Yamaguchi, Shizue Yoshihara, Masaki Yamamoto, Masayoshi Nakasako, Koji Okajima.
- 雑誌名
  
  FEBS Journal
  
  巻: 287 号: 8 ページ: 1612-1625
- DOI
  10.1111/febs.15095
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04854, KAKENHI-PROJECT-18J11653, KAKENHI-PROJECT-17K19209
[雑誌論文] Growth of cuprous oxide particles in liquid-phase synthesis investigated by X-ray laser2018
- 著者名/発表者名
  Tomotaka Oroguchi, Takashi Yoshidome, Takahiro Yamamoto, Masayoshi Nakasako
- 雑誌名
  
  Nano Letters
  
  巻: 18 号: 8 ページ: 5192-5197
- DOI
  10.1021/acs.nanolett.8b02153
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K19209, KAKENHI-PUBLICLY-17H05891, KAKENHI-PROJECT-16H02218, KAKENHI-PROJECT-17H04854
[雑誌論文] Classification of ab initio models of proteins restored from small-angle X-ray scattering2018
- 著者名/発表者名
  Mao Oide, Yuki Sekiguchi, Asahi Fukuda, Koji Okajima, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako
- 雑誌名
  
  Journal of Synchrotron Radiation
  
  巻: 25 号: 5 ページ: 1379-1388
- DOI
  10.1107/s1600577518010342
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K19209, KAKENHI-PUBLICLY-17H05891, KAKENHI-PROJECT-16H02218, KAKENHI-PROJECT-17H04854, KAKENHI-PROJECT-18J11653
[雑誌論文] Diffraction apparatus and procedure in tomography X-ray diffraction imaging for biological cells at cryogenic temperature using synchrotron X-ray radiation2018
- 著者名/発表者名
  Amane Kobayashi, Yuki Takayama, Koji Okajima, Mao Oide, Takahiro Yamamoto, Yuki Sekiguchi, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako, Yoshiki Kohmura, Masaki Yamamoto, Takahiko Hoshi, Yasufumi Torizuka
- 雑誌名
  
  Journal of Synchrotron Radiation
  
  巻: 25 号: 6 ページ: 1803-1818
- DOI
  10.1107/s1600577518012687
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K19209, KAKENHI-PROJECT-16H02218, KAKENHI-PROJECT-17H04854, KAKENHI-PROJECT-19K21186
[雑誌論文] Blue-light excited LOV1 and LOV2 domains cooperatively regulate the kinase activity of full-length phototropin2 from Arabidopsis2018
- 著者名/発表者名
  M. Oide, K. Okajima, H. Nakagami, T. Kato, Y. Sekiguchi, T. Oroguchi, T. Hikima, M. Yamamoto and M. Nakasako
- 雑誌名
  
  The Journal of Biological Chemistry
  
  巻: 293 号: 3 ページ: 963-972
- DOI
  10.1074/jbc.ra117.000324
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K19209, KAKENHI-PUBLICLY-17H05891, KAKENHI-PROJECT-17H04854
[雑誌論文] Shot-by-shot characterization of focused X-ray free electron laser pulses2018
- 著者名/発表者名
  A. Kobayashi, Y. Sekiguchi, T. Oroguchi, M. Yamamoto and M. Nakasako
- 雑誌名
  
  Shot-by-shot characterization of focused X-ray free electron laser pulses
  
  巻: 8 号: 1 ページ: 831-831
- DOI
  10.1038/s41598-018-19179-3
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K19209, KAKENHI-PROJECT-16H02218, KAKENHI-PROJECT-17H04854, KAKENHI-PROJECT-15J01831
[雑誌論文] Influences of lone-pair electrons on directionality of hydrogen bonds formed by hydrophilic amino acids side chains in molecular dynamics simulation2017
- 著者名/発表者名
  T. Oroguchi and M. Nakasako
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 7 号: 1 ページ: 15859-15859
- DOI
  10.1038/s41598-017-16203-w
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K19209, KAKENHI-PUBLICLY-17H05891, KAKENHI-PROJECT-17H04854
[雑誌論文] A protocol for searching most probable phase-retrieved maps in coherent X-ray diffraction imaging by exploiting relationship between convergence of retrieved phase and success of calculation2017
- 著者名/発表者名
  Y. Sekiguchi, S. Hashimoto, A. Kobayashi, T. Oroguchi and M. Nakasako
- 雑誌名
  
  Journal of Synchrotron Radiation
  
  巻: 24 号: 5 ページ: 1024-1038
- DOI
  10.1107/s1600577517008396
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K19209, KAKENHI-PUBLICLY-17H05891, KAKENHI-PROJECT-16H02218, KAKENHI-PROJECT-17H04854, KAKENHI-PROJECT-15J01831
[雑誌論文] Common structural features of toxic intermediates from α-synuclein and GroES fibrillogenesis detected using cryogenic coherent X-ray diffraction imaging2017
- 著者名/発表者名
  H. Kameda, S. Usugi, M. Kobayashi, N. Fukui, S. Lee, K. Hongo, T. Mizobata, Y.　Sekiguchi, Y. Masaki, A. Kobayashi, T. Oroguchi, M. Nakasako, Y. Takayama, M. Yamamoto, and Y. Kawata
- 雑誌名
  
  Journal of Biochemistry (Tokyo)
  
  巻: １６１号: 1 ページ: 55-65
- DOI
  10.1093/jb/mvw052
- NAID
  40021091513
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02218, KAKENHI-PROJECT-15J01707, KAKENHI-PROJECT-15J01831, KAKENHI-PROJECT-16K21621, KAKENHI-PROJECT-17K19209, KAKENHI-PROJECT-17H04854
[雑誌論文] Classification and assessment of retrieved electron density maps in coherent X-ray diffraction imaging using multivariate statistics2016
- 著者名/発表者名
  Y. Sekiguchi, T. Oroguchi and M. Nakasako
- 雑誌名
  
  Journal of Synchrotron Radiation
  
  巻: 23 号: 1 ページ: 312-323
- DOI
  10.1107/s1600577515018202
- 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01647, KAKENHI-PUBLICLY-26104535, KAKENHI-PROJECT-15J01707, KAKENHI-PROJECT-26800227
[雑誌論文] Coherent X-ray diffraction imaging of chloroplasts from Cyanidioschyzon merolae by using X-ray free electron laser.2015
- 著者名/発表者名
  Takayama, Y., Inui, Y., Sekiguchi, Y., Kobayashi, A., Oroguchi, T., Yamamoto, M., Matsunaga, S., and Nakasako, M.
- 雑誌名
  
  PLANT AND CELL PHYSIOLOGY
  
  巻: 未定号: 7 ページ: 1-15
- DOI
  10.1093/pcp/pcv032
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-25114514, KAKENHI-PUBLICLY-25120726, KAKENHI-PROJECT-25891033, KAKENHI-PROJECT-26291067, KAKENHI-PUBLICLY-26104535, KAKENHI-PROJECT-15J01831, KAKENHI-PROJECT-26800227
[雑誌論文] Signal-enhancement and Patterson-search phasing for high-spatial-resolution coherent X-ray diffraction imaging of biological objects2015
- 著者名/発表者名
  Y. Takayama, S. Maki-Yonekura, T. Oroguchi, M. Nakasako and K. Yonekura
- 雑誌名
  
  Sci. Rep.
  
  巻: 5 号: 1 ページ: 8074-8074
- DOI
  10.1038/srep08074
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24657111, KAKENHI-PUBLICLY-25120725, KAKENHI-PROJECT-25891033, KAKENHI-PUBLICLY-26104535, KAKENHI-PROJECT-26800227
[雑誌論文] Coherent X-ray diffraction imaging of chloroplasts from Cyanidioschyzon merolae by using X-ray free electron laser2015
- 著者名/発表者名
  Yuki Takayama, Yayoi Inui Yuki Sekiguchi1, Amane Kobayashi, Tomotaka Oroguchi, Masaki Yamamoto, Sachihiro Matsunaga and Masayoshi Nakasako
- 雑誌名
  
  PLANT CELL PHYSIOLOGY
  
  巻: in press
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26800227
[雑誌論文] Cryogenic coherent x-ray diffraction imaging for biological non-crystalline particles using the KOTOBUKI-1 diffraction apparatus at SACLA2015
- 著者名/発表者名
  Tomotaka Oroguchi, Yuki Sekiguchi, Amane Kobayashi,Yu Masaki, Asahi Fukuda, Saki Hashimoto, Masayoshi Nakasako, Yuichi Ichikawa, Hitoshi Kurumizaka, Mitsuhiro Shimizu et al.,
- 雑誌名
  
  Journal of Physics B: Atomic, Molecular and Optical Physics
  
  巻: 48 号: 18 ページ: 184003-184003
- DOI
  10.1088/0953-4075/48/18/184003
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26430186, KAKENHI-PUBLICLY-26104535, KAKENHI-PROJECT-15J01707, KAKENHI-PROJECT-15J01831, KAKENHI-PROJECT-26800227, KAKENHI-PROJECT-25000013
[雑誌論文] Coherent X-ray diffraction imaging of chloroplasts from Cyanidioschyzon merolae by using X-ray free electron laser2015
- 著者名/発表者名
  Yuki Takayama, Yayoi Inui Yuki Sekiguchi1, Amane Kobayashi, Tomotaka Oroguchi, Masaki Yamamoto, Sachihiro Matsunaga and Masayoshi Nakasako
- 雑誌名
  
  PLANT CELL PHYSIOLOGY
  
  巻: in press
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104535
[雑誌論文] Classification of projection images of proteins with structural polymorphism by manifold: A simulation study for X-ray free-electron laser diffraction imaging2015
- 著者名/発表者名
  T. Yoshidome, T. Oroguchi, M. Nakasako and M. Ikeguchi
- 雑誌名
  
  Physical Review E
  
  巻: 92 号: 3 ページ: 032710-032723
- DOI
  10.1103/physreve.92.032710
- 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01647, KAKENHI-PUBLICLY-26104535, KAKENHI-PROJECT-26800227
[雑誌論文] Dark-field phase retrieval under the constraint of the Friedel symmetry in coherent X-ray diffraction imaging2014
- 著者名/発表者名
  Amane Kobayashi, Yuki Sekiguchi, Yuki Takayama, Tomotaka Oroguchi, and Masayoshi Nakasako
- 雑誌名
  
  OPTICAL EXPRESS
  
  巻: 22 ページ: 27892-27909
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104535
[雑誌論文] Single shot three-dimensional imaging of high-index-faceted nanocrystals with femtosecond X-ray free electron laser pulses2014
- 著者名/発表者名
  R. Xu, H. Jiang, C. Song, Z. Huang, J. A. Rodriguez, C-C. Chen, D. Nam, J. Park, M. Gallagher-Jones, S. Kim, S. Kim, A. Suzuki, Y. Takayama, T. Oroguchi, Y. Takahashi, J. Fan, Y. Zou, T. Hatsui, Y. Inubushi, T. Kameshima, K. Yonekura et al.
- 雑誌名
  
  Nat. Commun.
  
  巻: 5 号: 1 ページ: 4061-4061
- DOI
  10.1038/ncomms5061
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24657111, KAKENHI-PUBLICLY-25120725, KAKENHI-PROJECT-25891033, KAKENHI-PUBLICLY-26104535, KAKENHI-PROJECT-26800227
[雑誌論文] IDATEN and G-SITENNO: GUI assisted software for coherent X-ray diffraction imaging experiments and data analyses at SACLA2014
- 著者名/発表者名
  Yuki Sekiguchi, Masaki Yamamoto, Tomotaka Oroguchi, Yuki Takayama, Shigeyuki Suzuki and Masayoshi Nakasako
- 雑誌名
  
  JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION
  
  巻: 21 ページ: 1378-1383
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104535
[雑誌論文] IDATEN and G-SITENNO: GUI assisted software for coherent X-ray diffraction imaging experiments and data analyses at SACLA2014
- 著者名/発表者名
  Yuki Sekiguchi, Masaki Yamamoto, Tomotaka Oroguchi, Yuki Takayama, Shigeyuki Suzuki and Masayoshi Nakasako
- 雑誌名
  
  JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION
  
  巻: 21 ページ: 1378-1383
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26800227
[雑誌論文] Light-induced conformational changes of LOV (Light Oxygen Voltage-sensing domain) 1 and LOV2 relative to the kinase domain and regulation of kinase activity in Chlamydomonas phototropin.2014
- 著者名/発表者名
  Okajima, K., Y. Aihara, Y. Takayama, M. Nakajima, S. Kashojiya, T. Hikima, T. Oroguchi, A. Kobayashi, Y. Sekiguchi, M. Yamamoto, T. Suzuki, A. Nagatani, M. Nakasako and S. Tokutomi
- 雑誌名
  
  J. Biol. Chem
  
  巻: 289 号: 1 ページ: 413-422
- DOI
  10.1074/jbc.m113.515403
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-22120001, KAKENHI-PLANNED-22120002, KAKENHI-PLANNED-22120005, KAKENHI-PROJECT-22244054, KAKENHI-PROJECT-23770040, KAKENHI-PUBLICLY-24113723, KAKENHI-PUBLICLY-25120725
[雑誌論文] Signal enhancement and Patterson-search phasing for high-spatial-resolution coherent X-ray diffraction imaging of biological objects2014
- 著者名/発表者名
  Amane Kobayashi, Yuki Sekiguchi, Yuki Takayama, Tomotaka Oroguchi, and Masayoshi Nakasako
- 雑誌名
  
  OPTICAL EXPRESS
  
  巻: 22 ページ: 27892-27909
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26800227
[雑誌論文] 蛋白質水和構造の実験研究2013
- 著者名/発表者名
  中迫雅由、苙口友隆、高山裕貴、中島真、松井夕花
- 雑誌名
  
  アンサンブル
  
  巻: 15 ページ: 7-18
- NAID
  130004566739
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-24113723
[雑誌論文] KOTOBUKI-1 apparatus for cryogenic coherent X-ray diffraction imaging2013
- 著者名/発表者名
  Masayoshi Nakasako, Yuki Takayama, Tomotaka Oroguchi, et al.
- 雑誌名
  
  Review of Scientific Instruments
  
  巻: 84 号: 9 ページ: 93705-93705
- DOI
  10.1063/1.4822123
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-24113723, KAKENHI-PROJECT-24657111, KAKENHI-PUBLICLY-25120725, KAKENHI-PUBLICLY-25120726, KAKENHI-PROJECT-26291011
[雑誌論文] Protein dynamics investigated by small-angle x-ray scattering and molecular dynamics simulations2013
- 著者名/発表者名
  Tomotaka Oroguchi, Mitsunori Ikeguchi, Mamoru Sato
- 雑誌名
  
  日本結晶学会誌
  
  巻: 55 ページ: 24-31
- NAID
  10031156002
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-24113723
[雑誌論文] コヒーレントX線回折イメージング構造解析理論の開発と展望2013
- 著者名/発表者名
  中迫雅由、苙口友隆、高山裕貴、小林周、児玉渉、坂本啓太、吉留崇、池口満徳
- 雑誌名
  
  放射光
  
  巻: 26 ページ: 11-25
- NAID
  10031139080
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-24113723
[雑誌論文] Three-dimensional structure determination protocol for noncrystalline biomolecules using x-ray free-electron laser diffraction imaging2013
- 著者名/発表者名
  Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako
- 雑誌名
  
  Physical Review E
  
  巻: 87 ページ: 022712-022712
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-24113723
[雑誌論文] MD-SAXS method with nonspherical boundaries2012
- 著者名/発表者名
  Tomotaka Oroguchi, Mitsunori Ikeguchi
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letter
  
  巻: 541 ページ: 117-121
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-24113723
[雑誌論文] 非結晶粒子のコヒーレントＸ線回折イメージング2012
- 著者名/発表者名
  中迫雅由，高山裕貴，苙口友隆，白濱圭也，関口優希，山本雅貴，米倉功治，引間孝明，眞木‐さおり，高橋幸生，鈴木明大，松永幸大，加藤翔一，星貴彦
- 雑誌名
  
  レーザー研究
  
  巻: 40 ページ: 680-686
- NAID
  10031004094
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-24113723
[雑誌論文] Ｘ線自由電子レーザーを用いた非結晶粒子のコヒーレントＸ線回折イメージング実験2012
- 著者名/発表者名
  中迫雅由，高山裕貴，苙口友隆，白濱圭也，関口優希，山本雅貴，米倉功治，引間孝明，眞木‐さおり，高橋幸生，鈴木明大，松永幸大，加藤翔一，星貴彦
- 雑誌名
  
  オプトロニクス
  
  巻: 368 ページ: 101-106
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-24113723
[学会発表] Optimization of MD-derived conformational ensemble in information content space and its application to experimental SAXS data2023
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K03489
[学会発表] Optimization of MD-derived conformational ensemble in information content space and its application to experimental X-ray solution scattering data2023
- 著者名/発表者名
  T. Oroguchi
- 学会等名
  TSRC Proten Dynamiccs Workshop
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K03489
[学会発表] Refinement of MD-derived conformational ensemble by referring to experimental SANXS data in framework of Bayesian statistics2022
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K03489
[学会発表] X線小角散乱と計算科学を用いた統合的解析による天然変性タンパク質の動的構造と機能の理解2022
- 著者名/発表者名
  小田隆, 大井里香, 古寺哲幸, 安藤敏夫, 小沼剛, 菅瀬謙治, 苙口友隆, 井上倫太郎, 杉山正明, 石野園子, 石野良純, 佐藤衛
- 学会等名
  日本農芸化学会2022年度京都大会(JSBBA2022)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H05229
[学会発表] 蛋白質の機能的動きに沿った溶媒和自由エネルギー変化の評価法開発2021
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  第59回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H05229
[学会発表] 蛋白質の機能的動きに沿った溶媒和自由エネルギー変化の評価法開発2021
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  第59回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04854
[学会発表] MDシミュレーションと溶液散乱実験による蛋白質構造揺らぎの可視化: ベイズ学習の適用に向けて2021
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  CBI学会2021年大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04854
[学会発表] MDシミュレーションと溶液散乱実験による蛋白質構造揺らぎの可視化: ベイズ学習の適用に向けて2021
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  CBI学会2021年大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H05229
[学会発表] 蛋白質の機能的動きに沿った溶媒和自由エネルギー変化の評価法開発2021
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  第59回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K03489
[学会発表] MDシミュレーションと溶液散乱実験による蛋白質構造揺らぎの可視化: ベイズ学習の適用に向けて2021
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  CBI学会2021年大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K03489
[学会発表] 蛋白質の階層構造ダイナミクスの解明2020
- 著者名/発表者名
  中川洋、井上倫太郎、小田隆、矢木-内海真穂、斉尾智英、苙口友隆、長田裕也、杉山正明、佐藤衛、川北至信、岩瀬裕希、富永大輝、高田慎一
- 学会等名
  量子ビームサイエンスフェスタ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H05229
[学会発表] Domain motion of Fv-fragment in antibody immunoglobulin G controls conformation of antigen-recognizing loop through hydration structure2019
- 著者名/発表者名
  T. Oroguchi, M. Nakasako
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H05229
[学会発表] The structure and function of intrinsically disordered region of Hef that is associated with a DNA repair2019
- 著者名/発表者名
  T. Oda, A. Sekino, A. Murakami, R. Oi, M. Yoneyama, N. Kodera, T. Ando, T. Konuma, K. Sugase, T. Oroguchi, S. Ishino, Y. Ishino, and M. Sato
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H05229
[学会発表] DNA修復にかかわるHefの天然変性領域の揺らいだ構造と機能2019
- 著者名/発表者名
  小田隆, 関野絢子, 村上綾香, 大井里香, 米山真紀, 古寺哲幸, 安藤敏夫, 小沼剛, 菅瀬謙治, 苙口友隆, 井上倫太郎, 杉山正明, 石野園子, 石野良純, 佐藤衛
- 学会等名
  第4回LLPS研究会・ASUKA若手交流会2019
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H05229
[学会発表] Domain motion of Fv-fragment in antibody immunoglobulin G controls conformation of antigen-recognizing loop through hydration structure2019
- 著者名/発表者名
  苙口友隆、中迫雅由
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04854
[学会発表] The dynamic structure and function of intrinsically disordered region of Hef that is associated with a DNA repair2019
- 著者名/発表者名
  T. Oda, A. Sekino, A. Murakami, R. Oi, M. Yoneyama, N. Kodera, T. Ando, T. Konuma, K. Sugase, T. Oroguchi, R. Inoue, M. Sugiyama, S. Ishino, Y. Ishino, M. Sato
- 学会等名
  3rd Asia-Oceania Conference on Neutron Scattering (AOCNS 2019)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H05229
[学会発表] Domain motion of Fv-fragment in antibody immunoglobulin G controls conformation of antigen-recognizing loop through hydration structure2019
- 著者名/発表者名
  苙口友隆、中迫雅由
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K19209
[学会発表] Domain motion of Fv-fragment in anti-dansyl immunoglobulin G controls conformation of its flexible antigen-binding region2018
- 著者名/発表者名
  苙口友隆、中迫雅由
- 学会等名
  第56回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04854
[学会発表] Domain motion of Fv-fragment in anti-dansyl immunoglobulin G controls conformation of its flexible antigen-binding region2018
- 著者名/発表者名
  苙口友隆、中迫雅由
- 学会等名
  第56回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K19209
[学会発表] Protein Structural Fluctuations Investigated by X-ray Solution Scattering and Molecular Dynamics Simulation2017
- 著者名/発表者名
  Tomotaka Oroguchi
- 学会等名
  第55回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04854
[学会発表] Protein conformational fluctuations and hydration structures investigated by the combination of MD simulations and X-ray experiments2017
- 著者名/発表者名
  T. Oroguchi
- 学会等名
  TSRC Protein Dynamics Workshop
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K19209
[学会発表] Protein Structural Fluctuations Investigated by X-ray Solution Scattering and Molecular Dynamics Simulation2017
- 著者名/発表者名
  T. Oroguchi
- 学会等名
  第55回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K19209
[学会発表] MDシミュレーションと溶液X線小角散乱で探る蛋白質の構造揺らぎ2017
- 著者名/発表者名
  苙口友隆、大出真央、岡島公司、中迫雅由、引間孝明、山本雅貴
- 学会等名
  第17回日本蛋白質科学会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K19209
[学会発表] Protein conformational fluctuations and hydration structures investigated by the combination of MD simulations and X-ray experiments2017
- 著者名/発表者名
  Tomotaka Oroguchi
- 学会等名
  TSRC Protein Dynamics Workshop
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04854
[学会発表] MDシミュレーションと溶液X線散乱で探る2017
- 著者名/発表者名
  苙口友隆、大出真央、岡島公司、中迫雅由、引間孝明、山本雅貴
- 学会等名
  第17回日本蛋白質科学会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04854
[学会発表] Nanoscale wetting and drying processes work as a switch for protein functional motions2016
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  日本化学会第96春季年会
- 発表場所
  同志社大学 (京都府・京田辺市)
- 年月日
  2016-03-24
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104535
[学会発表] Nanoscale wetting and drying processes dominate protein functional motions2016
- 著者名/発表者名
  Tomotaka Oroguchi
- 学会等名
  TSRC Protein Dynamics Workshop
- 発表場所
  Telluride (USA)
- 年月日
  2016-08-03
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26800227
[学会発表] Nanoscale wetting and drying processes work as a switch for protein functional motions2016
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  日本化学会第96春季年会
- 発表場所
  同志社大学 (京都府・京田辺市)
- 年月日
  2016-03-24
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26800227
[学会発表] Nanoscale wetting and drying processes dominate protein functional motions2015
- 著者名/発表者名
  Tomotaka Oroguchi
- 学会等名
  TSRC Protein Dynamics Workshop
- 発表場所
  Telluride (USA)
- 年月日
  2015-08-03
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104535
[学会発表] X線溶液散乱と分子動力学シミュレーションで探る蛋白質の機能的構造揺らぎ2014
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  第2回 Neutrons in Biology 研究会
- 発表場所
  日本原子力研究開発機構原子力科学研究所
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-24113723
[学会発表] 実験と分子シミュレーションを用いた天然変性蛋白質の動的構造解析2014
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」第3回公開シンポジウム
- 発表場所
  九州大学医学部百年講堂
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-24113723
[学会発表] Ｘ線溶液散乱と分子動力学シミュレーションで探る蛋白質の構造揺らぎ2013
- 著者名/発表者名
  苙口友隆、池口満徳
- 学会等名
  第51回生物物理学会年会
- 発表場所
  国立京都国際会館
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-24113723
[学会発表] Protein dynamics investigated by small-angle x-ray solution scattering and molecular dynamics simulation2013
- 著者名/発表者名
  Tomotaka Oroguchi
- 学会等名
  4-th Japan-France Joint Seminar
- 発表場所
  播磨
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-24113723
[学会発表] A protocol for structure analysis of non-crystalline particles with X-ray free electron laser2012
- 著者名/発表者名
  Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako
- 学会等名
  生物物理学会　第50年会
- 発表場所
  名古屋
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-24113723
[学会発表] Protein dynamics investigated by small-angle X-ray solution scattering and molecular dynamics simulations2012
- 著者名/発表者名
  Tomotaka Oroguchi
- 学会等名
  15th International Small-Angle Scattering Conference 2012
- 発表場所
  Sydney, Australia
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-24113723
[学会発表] Nanoscale wetting and drying processes control protein functional motions
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学（石川県、金沢市）
- 年月日
  2015-09-13 – 2015-09-15
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104535
[学会発表] グルタミン酸脱水素酵素のドメイン運動に協奏した水和構造変化
- 著者名/発表者名
  苙口友隆、中迫雅由
- 学会等名
  第52回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター　（北海道、札幌市）
- 年月日
  2014-09-25 – 2014-09-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26800227
[学会発表] Nanoscale wetting and drying processes control protein functional motions
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学　（石川県、金沢市）
- 年月日
  2015-09-13 – 2015-09-15
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26800227
[学会発表] グルタミン酸脱水素酵素のドメイン運動に協奏した水和構造変化
- 著者名/発表者名
  苙口友隆、中迫雅由
- 学会等名
  第52回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
- 年月日
  2014-09-25 – 2014-09-27
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104535
[学会発表] Nanoscale wetting and drying processes control protein functional motions
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  The 2015 TSRC workshop on Protein Dynamics
- 発表場所
  Telluride, USA
- 年月日
  2015-08-03 – 2015-08-07
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26800227
[学会発表] Nanoscale wetting and drying processes control protein functional motions
- 著者名/発表者名
  苙口友隆
- 学会等名
  The 2015 TSRC workshop on Protein Dynamics
- 発表場所
  Telluride, USA
- 年月日
  2015-08-03 – 2015-08-07
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-26104535

1. 杉山正明 (10253395)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 4件
2. 中川洋 (20379598)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
3. 矢木真穂 (40608999)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
4. 富永大輝 (50513694)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
5. 佐藤衛 (60170784)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 5件
6. 井上倫太郎 (80563840)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 4件
7. 齋尾智英 (80740802)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 小田隆 (00573164)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 6件
9. 米倉功治

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
10. 眞木さおり

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
11. 胡桃坂仁志

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
12. 山本雅貴

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
13. 松永幸大

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
14. 中迫雅由

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 3件
15. 清水光弘

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
16. 西村いくこ

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
17. 長谷あきら

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
18. 徳富哲

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

苙口 友隆 Oroguchi Tomotaka

研究課題

研究成果

共同研究者

水素結合の方向性を厳密に取り扱った高信頼度な蛋白質分子力場の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

新世代中性子構造生物学の開拓

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

分子クラウディング環境下における生体分子の機能的構造揺らぎの解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

生体分子の機能発揮機構における水和構造の役割の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

X線回折散乱実験と分子シミュレーションを用いた生体分子の動的構造の解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

生体分子構造およびに生体分子間相互作用の安定化における水分子の役割の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

天然変性蛋白質の動的構造及び基質認識機構の原子レベルでの解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Internal dynamics of multidomain protein as revealed by an optimized neutron spin echo measurement and all-atom molecular dynamics simulation2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Common architectures in cyanobacteria Prochlorococcus cells visualized by X-ray diffraction imaging using X-ray free electron laser2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Energy landscape of domain motion in glutamate dehydrogenase deduced from cryo‐electron microscopy2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Dipole?dipole interactions between tryptophan side chains and hydration water molecules dominate the observed dynamic stokes shift of lysozyme2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Assessment of Force Field Accuracy Using Cryogenic Electron Microscopy Data of Hyper-thermostable Glutamate Dehydrogenase2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Combination of coarse-grained molecular dynamics simulations and small-angle X-ray scattering experiments2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

ISSN

言語

データソース

[雑誌論文] Molecular shape under far-red light and red light-induced association of Arabidopsis phytochrome B2019

苙口友隆 Oroguchi Tomotaka