伊藤暁 Itoh Satoru

研究者番号	90595381
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2021年度 – 2023年度: 分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 助教 2016年度 – 2018年度: 分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 助教 2012年度 – 2014年度: 分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43020:構造生物化学関連 / 生物物理学 / 生物物理・化学物理
キーワード	研究代表者分子シミュレーション / アミロイド線維 / アミロイドベータペプチド / 生体分子 / 生物物理 / アミロイド / 国際情報交換 / アミロイド形成 / アミロイド線維形成

計算機シミュレーションによる脂質膜上でのアミロイドベータペプチドの凝集過程の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  伊藤暁
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43020:構造生物化学関連
- 研究機関
  分子科学研究所
新たなpH一定のシミュレーションによるアミロイドβのオリゴマー形成機構の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  伊藤暁
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2018
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  分子科学研究所
計算機シミュレーションで探るアミロイドベータペプチドのオリゴマー形成過程研究代表者
- 研究代表者
  
  伊藤暁
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2014
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理・化学物理
- 研究機関
  分子科学研究所

すべて 2024 2023 2022 2021 2018 2017 2016 2015 2014 2013 2012

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] The Double-Layered Structure of Amyloid-β Assemblage on GM1-Containing Membranes Catalytically Promotes Fibrillization2023
- 著者名/発表者名
  Yagi-Utsumi Maho、Itoh Satoru G.、Okumura Hisashi、Yanagisawa Katsuhiko、Kato Koichi、Nishimura Katsuyuki
- 雑誌名
  
  ACS Chemical Neuroscience
  
  巻: 14 号: 15 ページ: 2648-2657
- DOI
  10.1021/acschemneuro.3c00192
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040, KAKENHI-PROJECT-21K06118
[雑誌論文] Inhibition of amyloid-β(16–22) aggregation by polyphenols using replica permutation with solute tempering molecular dynamics simulation2023
- 著者名/発表者名
  Fukuhara Daiki、Itoh Satoru G.、Okumura Hisashi
- 雑誌名
  
  Biophysics and Physicobiology
  
  巻: 20 号: 4 ページ: n/a
- DOI
  10.2142/biophysico.bppb-v20.0045
- ISSN
  2189-4779
- 言語
  英語
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[雑誌論文] Replica permutation with solute tempering for molecular dynamics simulation and its application to the dimerization of amyloid-β fragments2022
- 著者名/発表者名
  Fukuhara Daiki、Itoh Satoru G.、Okumura Hisashi
- 雑誌名
  
  The Journal of Chemical Physics
  
  巻: 156 号: 8 ページ: 084109-084109
- DOI
  10.1063/5.0081686
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[雑誌論文] Key Residue for Aggregation of Amyloid-β Peptides2022
- 著者名/発表者名
  Itoh Satoru G.、Yagi-Utsumi Maho、Kato Koichi、Okumura Hisashi
- 雑誌名
  
  ACS Chemical Neuroscience
  
  巻: 13 号: 22 ページ: 3139-3151
- DOI
  10.1021/acschemneuro.2c00358
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[雑誌論文] Implementations of replica-permutation and replica sub-permutation methods into LAMMPS2022
- 著者名/発表者名
  Yamauchi Masataka、La Penna Giovanni、Itoh Satoru G.、Okumura Hisashi
- 雑誌名
  
  Computer Physics Communications
  
  巻: 276 ページ: 108362-108362
- DOI
  10.1016/j.cpc.2022.108362
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[雑誌論文] Ingenuity in performing replica permutation: How to order the state labels for improving sampling efficiency2022
- 著者名/発表者名
  Fukuhara Daiki、Yamauchi Masataka、Itoh Satoru G.、Okumura Hisashi
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  巻: 44 号: 4 ページ: 534-545
- DOI
  10.1002/jcc.27020
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[雑誌論文] Role of Water Molecules and Helix Structure Stabilization in the Laser-Induced Disruption of Amyloid Fibrils Observed by Nonequilibrium Molecular Dynamics Simulations.2021
- 著者名/発表者名
  Okumura H, Itoh SG, Nakamura K, Kawasaki T.
- 雑誌名
  
  J. Phys. Chem. B
  
  巻: in press 号: 19 ページ: 2361-2368
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.0c11491
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K07242, KAKENHI-PROJECT-21K06118, KAKENHI-PROJECT-21K06040
[雑誌論文] Effects of a Hydrophilic/Hydrophobic Interface on Amyloid-β Peptides Studied by Molecular Dynamics Simulations and NMR Experiments2018
- 著者名/発表者名
  Itoh Satoru G.、Yagi-Utsumi Maho、Kato Koichi、Okumura Hisashi
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 123 号: 1 ページ: 160-169
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.8b11609
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-WRAPUP-18H05203, KAKENHI-PROJECT-16K18531, KAKENHI-PROJECT-17K15441
[雑誌論文] Oligomer formation of amyloid-β(29-42) from its monomers using the Hamiltonian replica-permutation molecular dynamics simulation2016
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh and Hisashi Okumura
- 雑誌名
  
  J. Phys. Chem. B
  
  巻: 120 号: 27 ページ: 6555-6561
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.6b03828
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00790, KAKENHI-PROJECT-16K18531
[雑誌論文] Structural and fluctuational difference between two ends of Aβ amyloid fibril: MD simulation predicts only one end has open conformations2016
- 著者名/発表者名
  Hisashi Okumura and Satoru G. Itoh
- 雑誌名
  
  Sci. Rep.
  
  巻: 6 号: 1 ページ: 38422-38422
- DOI
  10.1038/srep38422
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00790, KAKENHI-PROJECT-16K18531
[雑誌論文] Structural basis of TRPA1 inhibition by HC-030031 utilizing species-specific differences.2016
- 著者名/発表者名
  Gupta R, Saito S, Mori Y, Itoh S, Okumura H, Tominaga M.
- 雑誌名
  
  Sci. Rep.
  
  巻: 6 号: 1 ページ: 37460-37460
- DOI
  10.1038/srep37460
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-15H05928, KAKENHI-PROJECT-16K18531
[雑誌論文] Redox-dependent conformational transition of catalytic domain of protein disulfide isomerase indicated by crystal structure-based molecular dynamics simulation2015
- 著者名/発表者名
  Koya Inagaki, Tadashi Satoh, Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura, Koichi Kato
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters
  
  巻: 619 ページ: 203-207
- DOI
  10.1016/j.cplett.2014.11.017
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296, KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102008
[雑誌論文] Manifold correction method for the Nose-Hoover and Nose-Poincare molecular dynamics simulations2014
- 著者名/発表者名
  H. Okumura, S. G. Itoh, A. M. Ito, H. Nakamura, and T. Fukushima
- 雑誌名
  
  J. Phys. Soc. Jpn.
  
  巻: 83 号: 2 ページ: 24003-24003
- DOI
  10.7566/jpsj.83.024003
- NAID
  40019984185
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23740325, KAKENHI-PROJECT-24740296
[雑誌論文] Amyloid fibril disruption by ultrasonic cavitation: Nonequilibrium molecular dynamics simulations2014
- 著者名/発表者名
  H. Okumura and S. G. Itoh
- 雑誌名
  
  J. Am. Chem. Soc.
  
  巻: 136 号: 30 ページ: 10549-10552
- DOI
  10.1021/ja502749f
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23740325, KAKENHI-PROJECT-24740296, KAKENHI-PUBLICLY-26102550
[雑誌論文] Dimerization process of amyloid-β(29-42) studied by the Hamiltonian replica-permutation molecular dynamics simulations2014
- 著者名/発表者名
  S. G. Itoh and H. Okumura
- 雑誌名
  
  J. Phys. Chem. B
  
  巻: 118 号: 39 ページ: 11428-11436
- DOI
  10.1021/jp505984e
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23740325, KAKENHI-PROJECT-24740296, KAKENHI-PUBLICLY-26102550
[雑誌論文] Hamiltonian replica-permutation method and its applications to an alanine dipeptide and amyloid-beta (29-42) peptides2013
- 著者名/発表者名
  S. G. Itoh and H. Okumura
- 雑誌名
  
  J. Comput. Chem.
  
  巻: 34 号: 29 ページ: 2493-2497
- DOI
  10.1002/jcc.23402
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23740325, KAKENHI-PROJECT-24740296
[雑誌論文] Decomposition-order effects of time-integrator on ensemble averages for the Nose-Hoover thermostat2013
- 著者名/発表者名
  S. G. Itoh, T. Morishita, and H. Okumura
- 雑誌名
  
  J. Chem. Phys.
  
  巻: 139 号: 6 ページ: 64103-64103
- DOI
  10.1063/1.4817194
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23740325, KAKENHI-PROJECT-24740296
[雑誌論文] Coulomb replica-exchange method: Handling electrostatic attractive and repulsive forces for biomolecules2013
- 著者名/発表者名
  S. G. Itoh and H. Okumura
- 雑誌名
  
  J. Comput. Chem.
  
  巻: 34 号: 8 ページ: 622-639
- DOI
  10.1002/jcc.23167
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23740325, KAKENHI-PROJECT-24740296
[雑誌論文] On-the-fly reconstruction of free-energy profiles using logarithmic mean-force dynamics2013
- 著者名/発表者名
  Tetsuya Morishita, Satoru. G. Itoh, Hisashi Okumura, Masuhiro Mikami
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  巻: 34 号: 16 ページ: 1375-1384
- DOI
  10.1002/jcc.23267
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[雑誌論文] Transformation of a design peptide between the alpha-helix and beta-hairpin structures by a helix-strand replica-exchange molecular dynamics simulation2013
- 著者名/発表者名
  H. Okumura and S. G. Itoh
- 雑誌名
  
  Phys. Chem. Chem. Phys.
  
  巻: 15 号: 33 ページ: 13852-13861
- DOI
  10.1039/c3cp44443k
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23740325, KAKENHI-PROJECT-24740296
[雑誌論文] Replica-permutation method with the Suwa-Todo algorithm beyond the replica-exchange method2013
- 著者名/発表者名
  S. G. Itoh and H. Okumura
- 雑誌名
  
  J. Chem. Theory Comput.
  
  巻: 9 号: 1 ページ: 570-581
- DOI
  10.1021/ct3007919
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23740325, KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] Molecular dynamics simulation of amyloid-β peptides in bulk water and at hydrophilic/hydrophobic interfaces2024
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh
- 学会等名
  Telluride Science Research Center Workshop “The Role of Fluctuations and Dynamics in Biomolecular Function”
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[学会発表] 分子シミュレーションを用いたアミロイド線維形成初期過程の解明2023
- 著者名/発表者名
  伊藤暁
- 学会等名
  第23回日本蛋白質科学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[学会発表] Dimer formation process of amyloid-β peptides studied by the generalized-ensemble algorithms2023
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  34th IUPAP Conference on Computational Physics
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[学会発表] Early process of oligomer formation of amyloid-β peptides using the Coulomb replica-permutation method2023
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh
- 学会等名
  The 16th Eurasia Conference on Chemical Sciences 2023
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[学会発表] Dimer formation process of Aβ40 and Aβ42 using the Hamiltonian replica-permutation method2023
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Maho Yagi-Utsumi Koichi Kato, Hisashi Okumura
- 学会等名
  14th European Biophysics Congress
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[学会発表] Generalized-ensemble Algorithms for Protein Oligomerization Processes2023
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh
- 学会等名
  2023 ACS Global Innovation Imperatives and 7th International Conference on Computation for Science and Technology
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[学会発表] Difference between the Aβ40 and Aβ42 aggregation processes at the atomic level2022
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Maho Yagi-Utsumi, Koichi Kato, and Hisashi Okumura
- 学会等名
  第60回生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[学会発表] Aβ40とAβ42の凝集過程の違いに関する研究2022
- 著者名/発表者名
  伊藤暁，矢木真穂，加藤晃一，奥村久士
- 学会等名
  第22回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[学会発表] 分子動力学シミュレーションと実験によるAβ40 とAβ42 の凝集に関する研究2022
- 著者名/発表者名
  伊藤暁，矢木真穂，加藤晃一，奥村久士
- 学会等名
  第36回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[学会発表] 分子シミュレーションと実験で探るAβの凝集過程2022
- 著者名/発表者名
  伊藤暁，矢木真穂，加藤晃一，奥村久士
- 学会等名
  第16回分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[学会発表] 分子動力学シミュレーションとチオフラビンTアッセイによるAβの凝集過程の解明2022
- 著者名/発表者名
  伊藤暁，矢木真穂，加藤晃一，奥村久士
- 学会等名
  第24回理論化学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[学会発表] Oligomer formation of proteins studied by generalized-ensemble algorithms2021
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh
- 学会等名
  第59回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06040
[学会発表] アミロイドβペプチドの全原子分子動力学シミュレーション2018
- 著者名/発表者名
  伊藤暁
- 学会等名
  第1回松山道後・分子論セミナー
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] 水溶液表面及び水中でのAβ単量体に関する分子動力学シミュレーション2018
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  第21回理論化学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] ハミルトニアンレプリカ置換分子動力学シミュレーションによるAβ40 とAβ42 の二量体形成2018
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  第32回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] Molecular dynamics simulations of a full-length amyloid-β peptide at a hydrophobic/hydrophilic interface2018
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh
- 学会等名
  The 22th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] Oligomer formation of Aβ(29-42) by Coulomb replica-permutation molecular dynamics simulations2018
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  Asian Biophysics Association Symposium 2018
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] Aβ40とAβ42の二量体形成における違いに関する理論的研究2018
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  第18回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] Replica-permutation method: efficient sampling for biomolecules2017
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh
- 学会等名
  阪大ミニワークショップ
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] Dimerization of full-length Abeta peptides by the Hamiltonian replica-permutation method2017
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  日本生物物理学会第55回年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] Oligomerization pathway of Abeta fragments by the Hamiltonian replica-permutation method2017
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  11th European Biophysics Congress
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] Oligomer Formation Process of Abeta Fragments by Hamiltonian Replica-Permutation Methods2017
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  The 10th International Conference on Computational Physics
- 発表場所
  Macau, China
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] レプリカ置換法とそのアミロイドβペプチドへの応用2017
- 著者名/発表者名
  伊藤暁
- 学会等名
  凝集系の理論化学
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] Replica-permutation method to obtain efficient sampling for biomolecules2017
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh
- 学会等名
  The 2017 EMN Meeting on Computation and Theory
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] Oligomerization pathway of amyloid-beta fragments studied by the Hamiltonian replica-permutation method2017
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh
- 学会等名
  The 21th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] Oligomerization of Abeta(29-42) using Hamiltonian replica-permutation MD simulations2017
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh
- 学会等名
  2017 NCTS March Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems
- 発表場所
  Hsinchu, Taiwan
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] ハミルトニアンレプリカ置換分子動力学シミュレーションによるAβ全長の二量体構造2017
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  第11回分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] Hamiltonian replica-permutation molecular dynamics simulation studies on the oligomerization of amyloid-beta fragments2016
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  The 26th IUPAP International Conference on Statistical Physics
- 発表場所
  Lyon, France
- 年月日
  2016-07-19
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18531
[学会発表] Dimer formation of Abeta(29-42) studied by the Hamiltonian replica-permutation method2015
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  The 3rd International Symposium “Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions”
- 発表場所
  合歓の郷(三重県志摩市)
- 年月日
  2015-01-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] ハミルトニアンレプリカ置換法を用いたAbetaフラグメントの研究2014
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  平成２５年度生物物理中部支部会
- 発表場所
  分子科学研究所（愛知県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] ハミルトニアンレプリカ置換法によるA(29-42)の研究2014
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  第１４回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  横浜産貿ホールマリネリア(神奈川県横浜市)
- 年月日
  2014-06-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] Applications of the Hamiltonian replica-permutation molecular dynamics simulations to Abeta fragments2014
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  第５２回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
- 年月日
  2014-09-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] Dimerization of Abeta fragments by the Hamiltonian replica-permutation method2014
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  International Symposium on Extended Molecular Dynamics and Enhanced Sampling: Nose Dynamics 30 Years
- 発表場所
  慶應大学(東京都港区)
- 年月日
  2014-11-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] Free-energy calculation by the replica-permutation method for biomolecules2014
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  ICCMSE 2014 10th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering
- 発表場所
  Athens, Greece
- 年月日
  2014-04-04
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] クーロンレプリカ置換分子動力学シミュレーションによるAbeta(29-42)の二量体形成2014
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  第２８回分子シミュレーション討論会
- 発表場所
  仙台市民会館(宮城県仙台市)
- 年月日
  2014-11-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] Replica-permutation method to enhance sampling efficiency2014
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  The 2nd International Symposium “Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions”
- 発表場所
  Kyoto, Japan
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] Hamiltonian replica-permutation method and its application to Abeta fragments2014
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  2014 International Biophysics Congress
- 発表場所
  Brisbane, Australia
- 年月日
  2014-08-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] 拡張アンサンブル法による効率的サンプリングに基づく自由エネルギー計算2013
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  第４回計算統計物理学研究会
- 発表場所
  山口大学(山口県)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] 新たな拡張アンサンブル法：レプリカ置換法2013
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  第１６回理論化学討論会
- 発表場所
  福岡市健康づくりサポートセンター(福岡県)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] New generalized ensemble algorithm without the detailed balance condition2013
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  3rd International Conference on Molecular Simulation
- 発表場所
  Kobe, Japan
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] レプリカ交換法からレプリカ置換法へ2013
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  第１３回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  とりぎん文化会館(鳥取県)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] Replica-Permutation Method for Biomolecules as a Better Alternative to Replica-Exchange Method2013
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  9th European Biophysics Congress
- 発表場所
  Lisbon, Portugal
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] Efficient sampling for biomolecules by the replica-permutation method2013
- 著者名/発表者名
  Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  第５１回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  京都国際会議場(京都府)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] 諏訪・藤堂法を用いた拡張アンサンブル法：レプリカ置換法2013
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  日本物理学会２０１３年度秋季大会
- 発表場所
  徳島大学(t徳島県)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] クーロンレプリカ交換法によるAβ(29-42)の構造探索2012
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  第６回分子科学討論会
- 発表場所
  東京大学（東京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] 水中のAフラグメントに対するクーロンレプリカ交換分子動力学シミュレーション2012
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  第２６回分子シミュレーション討論会
- 発表場所
  九州大学西新プラザ（福岡県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] Coulomb Replica-Exchange Method and Its Applications2012
- 著者名/発表者名
  Satoru. G. Itoh
- 学会等名
  2012 NCTS November Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems
- 発表場所
  Taipei, TAIWAN
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] Studies on an Abeta fragment by the Coulomb replica-exchange method2012
- 著者名/発表者名
  Satoru. G. Itoh, Hisashi Okumura
- 学会等名
  第５０回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋大学（愛知県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] クーロンレプリカ交換法のAβフラグメントへの応用2012
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  第１２回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  名古屋国際会議場（愛知県）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296
[学会発表] クーロンレプリカ交換法のAβ(29-42)への応用2012
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、奥村久士
- 学会等名
  アジア連携分子研研究会「実験及び理論研究手法の開拓と新規物性探索への展開」
- 発表場所
  分子科学研究所（愛知県）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24740296

1. 佐藤啓文

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
2. 加藤晃一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
3. 奥村久士

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 10件
4. 中村和裕

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
5. 川崎平康

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
6. 富永真琴

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

伊藤 暁 Itoh Satoru

研究課題

研究成果

共同研究者

計算機シミュレーションによる脂質膜上でのアミロイドベータペプチドの凝集過程の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

新たなpH一定のシミュレーションによるアミロイドβのオリゴマー形成機構の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

計算機シミュレーションで探るアミロイドベータペプチドのオリゴマー形成過程研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] The Double-Layered Structure of Amyloid-β Assemblage on GM1-Containing Membranes Catalytically Promotes Fibrillization2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Inhibition of amyloid-β(16–22) aggregation by polyphenols using replica permutation with solute tempering molecular dynamics simulation2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISSN

言語

データソース

[雑誌論文] Replica permutation with solute tempering for molecular dynamics simulation and its application to the dimerization of amyloid-β fragments2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Key Residue for Aggregation of Amyloid-β Peptides2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Implementations of replica-permutation and replica sub-permutation methods into LAMMPS2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Ingenuity in performing replica permutation: How to order the state labels for improving sampling efficiency2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Role of Water Molecules and Helix Structure Stabilization in the Laser-Induced Disruption of Amyloid Fibrils Observed by Nonequilibrium Molecular Dynamics Simulations.2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Effects of a Hydrophilic/Hydrophobic Interface on Amyloid-β Peptides Studied by Molecular Dynamics Simulations and NMR Experiments2018

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Oligomer formation of amyloid-β(29-42) from its monomers using the Hamiltonian replica-permutation molecular dynamics simulation2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Structural and fluctuational difference between two ends of Aβ amyloid fibril: MD simulation predicts only one end has open conformations2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Structural basis of TRPA1 inhibition by HC-030031 utilizing species-specific differences.2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Redox-dependent conformational transition of catalytic domain of protein disulfide isomerase indicated by crystal structure-based molecular dynamics simulation2015

伊藤暁 Itoh Satoru

[学会発表] 分子シミュレーションを用いたアミロイド線維形成初期過程の解明2023