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笠原 浩太  KASAHARA Kota

研究者番号 90634965
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0003-0207-6271
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2020年度 – 2023年度: 立命館大学, 生命科学部, 助教
2016年度 – 2018年度: 立命館大学, 生命科学部, 助教
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生物物理学
研究代表者以外
小区分43020:構造生物化学関連 / 生物系
キーワード
研究代表者
分子シミュレーション / 分子動力学法 / 転写制御 / 転写因子 / 天然変性蛋白質 / 翻訳後修飾 / 天然変性領域 / 生体分子 / 計算物理 / 蛋白質 … もっと見る / 生物物理 / 蛋白質間相互作用 / 分子認識 / 分子間相互作用 / ペプチドデザイン / 統計力学 / 拡張アンサンブル / 構造バイオインフォマティクス / 蛍光相関法 / シミュレーション / たんぱく質デザイン … もっと見る
研究代表者以外
全原子モデル / 膜蛋白質 / 効率的立体構造探索 / 阻害効果 / conformational selection / 自由エネルギー障壁 / orientation selection / fly-casting / 結合過程 / エンドセリンリセプター / ボセンタン / GPCR / MD シミュレーション / 分子間結合 / 自由エネルギー地形 / ヌクレオソーム / ポリメラーゼ / 蛋白質 / 生体分子 / 生物物理 / 生体生命情報学 / 分子動力学計算 / 遺伝子 / 転写因子 隠す
  • 研究課題

    (4件)
  • 研究成果

    (145件)
  • 共同研究者

    (16人)
  •  膜蛋白質 GPCR と薬剤化合物ボセンタンの結合自由エネルギー地形

    • 研究代表者
      肥後 順一
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43020:構造生物化学関連
    • 研究機関
      兵庫県立大学
      立命館大学
  •  転写因子の天然変性領域におけるリン酸化ラッチ機構の普遍性の検証研究代表者

    • 研究代表者
      笠原 浩太
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2021
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
    • 研究機関
      立命館大学
  •  弱い相互作用を持つたんぱく質の新規デザイン研究代表者

    • 研究代表者
      笠原 浩太
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      立命館大学
  •  計算・情報科学による転写サイクルにおける情報変換機構の解明

    • 研究代表者
      中村 春木
    • 研究期間 (年度)
      2012 – 2016
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      大阪大学

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017 2016 2015 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術2018

    • 著者名/発表者名
      村上洋一、水口賢司、藤秀義、山岸賢司、坂本泰一、小沢知永、小澤基裕、石川吉伸、船津公人、廣明秀一、蟹江慧、伊藤圭祐、加藤竜司、上村みどり、栗田典之、佐藤裕徳、徳久淳師、金田亮、岩田浩明、笠原浩太、他
    • 総ページ数
      540
    • 出版者
      技術情報協会
    • ISBN
      4861046882
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [雑誌論文] Molecular mechanisms of functional modulation of transcriptional coactivator PC4 via phosphorylation on its intrinsically disordered region.2023

    • 著者名/発表者名
      Qilin Xie, Kota Kasahara, Junichi Higo, Takuya Takahashi.
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 8 号: 16 ページ: 14572-14582

    • DOI

      10.1021/acsomega.3c00364

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06052
  • [雑誌論文] Fly-casting with ligand-sliding and orientational selection to support the complex formation of a GPCR and a middle-sized flexible molecule.2022

    • 著者名/発表者名
      Junichi Higo, Kota Kasahara, et al.
    • 雑誌名

      BioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2022.02.28.482421

    • オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06052
  • [雑誌論文] Extended ensemble simulations of a SARS-CoV-2 nsp1-5'-UTR complex2022

    • 著者名/発表者名
      *Shun Sakuraba, Qilin Xie, Kota Kasahara, Junichi Iwakiri, Hidetoshi Kono
    • 雑誌名

      PLoS Computational Biology

      巻: 18 号: 1 ページ: 1-21

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1009804

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069, KAKENHI-PROJECT-20K12041
  • [雑誌論文] Computer simulation of molecular recognition in biomolecular system: from in silico screening to generalized ensembles2022

    • 著者名/発表者名
      Fukunishi Yoshifumi、Higo Junichi、Kasahara Kota
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 14 号: 6 ページ: 1423-1447

    • DOI

      10.1007/s12551-022-01015-8

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06052
  • [雑誌論文] Fly casting with ligand sliding and orientational selection supporting complex formation of a GPCR and a middle sized flexible molecule.2022

    • 著者名/発表者名
      Junichi Higo, Kota Kasahara, Gert-Jan Bekker, Benson Ma, Shun Sakuraba, Shinji Iida, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Hidetoshi Kono, Yoshifumi Fukunishi, Haruki Nakamura
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1 ページ: 13792-13792

    • DOI

      10.1038/s41598-022-17920-7

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06052, KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Information quantity for secondary structure propensities of protein subsequences in the Protein Data Bank2022

    • 著者名/発表者名
      Ryohei Kondo, *Kota Kasahara, Takuya Takahashi
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 19 号: 0 ページ: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v19.0002

    • NAID

      130008162734

    • ISSN
      2189-4779
    • 言語
      英語
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [雑誌論文] All-Atom Molecular Dynamics Elucidating Molecular Mechanisms of Single-Transmembrane Model Peptide Dimerization in a Lipid Bilayer2021

    • 著者名/発表者名
      Itaya Hayato、Kasahara Kota、Xie Qilin、Yano Yoshiaki、Matsuzaki Katsumi、Takahashi Takuya
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 6 号: 17 ページ: 11458-11465

    • DOI

      10.1021/acsomega.1c00482

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [雑誌論文] myPresto/omegagene 2020: a molecular dynamics simulation engine for virtual-system coupled sampling2020

    • 著者名/発表者名
      Kasahara Kota、Terazawa Hiroki、Itaya Hayato、Goto Satoshi、Nakamura Haruki、Takahashi Takuya、Higo Junichi
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 17 号: 0 ページ: 140-146

    • DOI

      10.2142/biophysico.BSJ-2020013

    • NAID

      130007937194

    • ISSN
      2189-4779
    • 言語
      英語
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [雑誌論文] GA-guided mD-VcMD: A genetic-algorithm-guided method for multi-dimensional virtual-system coupled molecular dynamics2020

    • 著者名/発表者名
      Higo Junichi、Kusaka Ayumi、Kasahara Kota、Kamiya Narutoshi、Hayato Itaya、Qilin Xie、Takahashi Takuya、Fukuda Ikuo、Mori Kentaro、Hata Yutaka、Fukunishi Yoshifumi
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 17 号: 0 ページ: 161-176

    • DOI

      10.2142/biophysico.BSJ-2020008

    • NAID

      130007977387

    • ISSN
      2189-4779
    • 言語
      英語
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [雑誌論文] Multimodal Structural Distribution of the p53 C-Terminal Domain upon Binding to S100B via a Generalized Ensemble Method: From Disorder to Extradisorder2019

    • 著者名/発表者名
      Iida Shinji、Kawabata Takeshi、Kasahara Kota、Nakamura Haruki、Higo Junichi
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 15 号: 4 ページ: 2597-2607

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.8b01042

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05517, KAKENHI-PROJECT-17J07112, KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [雑誌論文] Phosphorylation of an intrinsically disordered region of Ets1 shifts a multi-modal interaction ensemble to an out-inhibitory state.2018

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Masaaki Shiina, Junichi Higo, Kazuhiro Ogata, Haruki Nakamura.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 46 号: 5 ページ: 2243-2251

    • DOI

      10.1093/nar/gkx1297

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05517, KAKENHI-PROJECT-16K18526, KAKENHI-PROJECT-16K14711, KAKENHI-PROJECT-18K19305, KAKENHI-PROJECT-16H03293
  • [雑誌論文] Enhanced Sampling of Molecular Dynamics Simulations of a Polyalanine Octapeptide: Effects of the Periodic Boundary Conditions on Peptide Conformation2018

    • 著者名/発表者名
      Kasahara Kota、Sakuraba Shun、Fukuda Ikuo
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 122 号: 9 ページ: 2495-2503

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.7b10830

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K05143, KAKENHI-PROJECT-16K17778, KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [雑誌論文] Molecular dynamics coupled with a virtual system for effective conformational sampling.2018

    • 著者名/発表者名
      Tomonori Hayami, Kota Kasahara, Haruki Nakamura, Junichi Higo
    • 雑誌名

      J Comput Chem

      巻: 1 号: 19 ページ: 1-1

    • DOI

      10.1002/jcc.25196

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05517, KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [雑誌論文] Unfolding of α-helical 20-residue poly-glutamic acid analyzed by multiple runs of canonical molecular dynamics simulations2018

    • 著者名/発表者名
      Ogasawara Naoki、Kasahara Kota、Iwai Ryosuke、Takahashi Takuya
    • 雑誌名

      PeerJ

      巻: 6 ページ: e4769-e4769

    • DOI

      10.7717/peerj.4769

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [雑誌論文] Characteristics of interactions at protein segments without non-local intramolecular contacts in the Protein Data Bank2018

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Shintaro Minami, Yasunori Aizawa
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 13 号: 12 ページ: e0205052-e0205052

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0205052

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17J02339, KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [雑誌論文] Influence of various parameters in the replica-exchange molecular dynamics method: Number of replicas, replica-exchange frequency, and thermostat coupling time constant2018

    • 著者名/発表者名
      Iwai Ryosuke、Kasahara Kota、Takahashi Takuya
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 15 号: 0 ページ: 165-172

    • DOI

      10.2142/biophysico.15.0_165

    • NAID

      130007431701

    • ISSN
      2189-4779
    • 言語
      英語
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [雑誌論文] OpenCL-Based Implementation of an FPGA Accelerator for Molecular Dynamics Simulation.2017

    • 著者名/発表者名
      Hasitha Muthumala Waidyasooriya, Masanori Hariyama, Kota Kasahara
    • 雑誌名

      Information Engineering Express

      巻: 3 ページ: 11-23

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [雑誌論文] Molecular mechanisms of cooperative binding of transcription factors Runx1-CBFβ-Ets1 on the TCRα gene enhancer2017

    • 著者名/発表者名
      Kasahara K, Shiina M, Fukuda I, Ogata K, Nakamura H
    • 雑誌名

      PloS One

      巻: 12 号: 2 ページ: e0172654-e0172654

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0172654

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118005, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-26330331, KAKENHI-PROJECT-16K18526, KAKENHI-PROJECT-16K14711, KAKENHI-PROJECT-16H03293
  • [雑誌論文] An FPGA Accelerator for Molecular Dynamics Simulation Using OpenCL2017

    • 著者名/発表者名
      Hasitha Muthumala Waidyasooriya, Masanori Hariyama and Kota Kasahara
    • 雑誌名

      International Journal of Networked and Distributed Computing

      巻: Vol.5, No.1 号: 1 ページ: 52-61

    • DOI

      10.2991/ijndc.2017.5.1.6

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K15958, KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [雑誌論文] Multi-dimensional virtual system introduced to enhance canonical sampling.2017

    • 著者名/発表者名
      Junichi Higo, Kota Kasahara, Haruki Nakamura.
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 147 号: 13 ページ: 134102-134102

    • DOI

      10.1063/1.4986129

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05517, KAKENHI-PROJECT-16K18526, KAKENHI-PROJECT-16K14711
  • [雑誌論文] Enhancement of canonical sampling by virtual-state transitions2017

    • 著者名/発表者名
      Junichi Higo, Kota Kasahara, Bhaskar Dasgupta, Haruki Nakamura
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 146 号: 4 ページ: 44104-44104

    • DOI

      10.1063/1.4974087

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-16K14711, KAKENHI-PROJECT-16K18526, KAKENHI-PROJECT-16K05517
  • [雑誌論文] myPresto/omegagene: a GPU-accelerated molecular dynamics simulator tailored for enhanced conformational sampling methods with a non-Ewald electrostatic scheme2016

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Benson Ma, Kota Goto, Bhaskar Dasgupta, Junichi Higo, Ikuo Fukuda, Tadaaki Mashimo, Yutaka Akiyama, Haruki Nakamura
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 13 号: 0 ページ: 209-216

    • DOI

      10.2142/biophysico.13.0_209

    • NAID

      130007041560

    • ISSN
      2189-4779
    • 言語
      英語
    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-16K05517, KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [雑誌論文] IBiSA_Tools: A Computational Toolkit for Ion-Binding State Analysis in Molecular Dynamics Trajectories of Ion Channels2016

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara and Kengo Kinoshita
    • 雑誌名

      Plos One

      巻: 11 号: 12 ページ: e0167524-e0167524

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0167524

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H02773, KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [雑誌論文] mDCC_tools: Characterizing Multi-modal Atomic Motions in Molecular Dynamics Trajectories2016

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Neetha Mohan, Ikuo Fukuda, Haruki Nakamura
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 32 号: 16 ページ: 2531-2533

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btw129

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [雑誌論文] Landscape of protein-small ligand binding modes2016

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Kengo Kinoshita
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 25 号: 9 ページ: 1659-1671

    • DOI

      10.1002/pro.2971

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [雑誌論文] Virtual-system coupled adaptive umbrella sampling to compute free-energy landscape for flexible molecular docking2015

    • 著者名/発表者名
      Higo J, Dasgupta B, Mashimo T, Kasahara K, Fukunishi Y, Nakamura H
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 36 号: 20 ページ: 1489-1501

    • DOI

      10.1002/jcc.23948

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [雑誌論文] A Novel Approach of Dynamic Cross Correlation Analysis on Molecular Dynamics Simulations and its Application to Ets1 dimer–DNA Complex2014

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Ikuo Fukuda, Haruki Nakamura
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 9 (11) 号: 11 ページ: e112419-e112419

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0112419

    • NAID

      120005596267

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-25390156
  • [学会発表] 転写因子PC4 の天然変性領域とテグメントタンパク質VP16 の結合メカニズムの計算科学的検討 / Simulation study of binding mechanism between intrinsically disordered region of transcription factor PC4 and tegument protein VP162021

    • 著者名/発表者名
      謝 祺琳、中野 雄太、酒井 佑介、笠原 浩太、 肥後 順一、高橋 卓也
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] TGIF-1 天然変性領域のリン酸化による機能制御機構の解析 / Molecular mechanism of functional regulation of TGIF-1 by phosphorylation on its intrinsically disordered region2021

    • 著者名/発表者名
      中野雄太、謝祺琳、酒井佑介、仙石徹、笠原浩太、肥後順一、高橋卓也
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] 蛋白質配列上の電荷分布が液-液相分離現象 に及ぼす影響の検討2021

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      第8回HPCIシステム利用研究課題成果報告会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Helix ペプチド周囲の水和水ダイナミクスの分子動力学的研究 / Molecular dynamics study of hydration dynamics around Helix peptides2021

    • 著者名/発表者名
      延永慎吾、笠原浩太、高橋卓也
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] 液-液相分離のシミュレーションに向けた粗視化分子モデルパラメータの開発 / Development of coarse-grained molecular model parameters for simulations of liquid-liquid phase separation2021

    • 著者名/発表者名
      沖川純也、笠原浩太、高橋卓也
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるタンパク質の水和ダイナミクスと構造の相関解析/ Analysis of relationship between the hydration dynamics and the structures of model proteins with MD simulations2021

    • 著者名/発表者名
      高橋 卓也、 藤澤 太公也、 延永 慎吾、 伊納 竜太郎、 中村 優似、 坂本 渓、 笠原 浩太
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] 分子動力学法による転写調節因子 MED26 と3種の天然変性蛋白質それぞれの認識メカニズムの検討 / Molecular dynamics study on the multiple binding modes of MED26 to recognize three different intrinsically disordered proteins2021

    • 著者名/発表者名
      後藤聡志、笠原浩太、肥後順一、高橋秀尚、高橋卓也
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Molecular dynamics simulation of phosphorylated and unmodified intrinsically disordered region of TGIF-1 with its homeodomain2021

    • 著者名/発表者名
      中野雄太、謝祺琳、酒井佑介、笠原浩太、仙石徹、肥後順一、高橋卓也
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] In silicoおよびin vitro実験によるTim4受容体―カーボンナノチューブ結合様式の解明 / Computational and biological analyses of Tim4-carbon nanotubes interactions2021

    • 著者名/発表者名
      謝祺琳、大森聡、笠原浩太、山口慎一朗、高橋卓也、木下賢吾、中山勝文
    • 学会等名
      第48回日本毒性学会学術年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Virtual-system coupled canonical MD 法による転写因子 PC4 の天然変性領域における VP16 結合メカニズムの検討 / Elucidation of binding mechanism between intrinsically disordered region of PC4 and VP16 by using virtual-system coupled canonical MD2021

    • 著者名/発表者名
      謝祺琳、中野雄太、酒井佑介、笠原浩太、肥後順一、中山勝文、高橋卓也
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Protein Data Bank の構造情報に基づく蛋白質-ペプチド間相互作用の網羅的な解析 / Comprehensive analysis of protein-peptide interactions based on Protein Data Bank structural information2021

    • 著者名/発表者名
      佐藤圭一朗、笠原浩太、高橋卓也
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Secondary structure propensities of amino acid N-grams in the Protein Data Bank2021

    • 著者名/発表者名
      Ryohei Kondo、Kota Kasahara、Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第10回生命医薬情報学連合大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] ヘリックス傾向の異なる9 種類のペプチド周囲における水和ダイナミクスの分子動力学的研究 / Molecular dynamics study of hydrated water dynamics around 9 peptides with different helix propensity2021

    • 著者名/発表者名
      延永 慎吾、 高橋 卓也、 笠原 浩太
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] 新規 RUNX1 阻害薬候補化合物の結合様式に関する分子動力学法による解析 / Analysis of binding mechanisms of novel RUNX1 inhibitor candidates by using molecular dynamics simulations2021

    • 著者名/発表者名
      酒井佑介、中野雄太、謝祺琳、笠原浩太、濱田恵輔、肥後順一、緒方一博、高橋卓也
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Verification of simulations using Virtual system coupled canonical molecular dynamics for the small protein inhibitor2021

    • 著者名/発表者名
      酒井佑介、中野雄太、謝祺琳、笠原浩太、肥後順一、高橋卓也
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Molecular dynamics study on multiple binding modes of MED26 to recognize intrinsically disordered proteins. / 分子動力学法によるMED26の天然変性蛋白質認識メカニズムの検討2021

    • 著者名/発表者名
      後藤聡志、笠原浩太、高橋秀尚、肥後順一、高橋卓也
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] 蛋白質天然変性領域における電荷分布が液- 液相分離現象に及ぼす影響に関する理論的検討 Theoretical study for influences of charge distribution along a protein sequence on the liquid-liquid phase separation2021

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太、寺澤裕樹、沖川純也、今村比呂志、肥後順一、加藤稔、高橋卓也
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Virtual-system coupled canonical molecular dynamics法の開発と応用2021

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      第1回 生体分子シミュレーション・モデリング研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] 仮想系共役サンプリング法の開発と応用 / Development and Application of the virtual-system coupled canonical sampling method2021

    • 著者名/発表者名
      笠原 浩太、 謝 祺琳、 酒井 佑介、 中野 雄太、 肥後 順一、 高橋 卓也
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] PDBbind データベースを用いた教師あり機械学習による蛋白質- リガンド相互作用予測手法の開発 Protein-small ligand interaction prediction method by supervised machine learning based on PDBBind database2021

    • 著者名/発表者名
      Yuhang Chen、佐藤圭一朗、笠原浩太、Yuxiang Huang、高橋卓也
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] ドッキング構造予測のリランキングに向けた蛋白質―ペプチド間相互作用の網羅的解析 / Comprehensive analysis of protein-peptide interactions for reranking of docking predictions2021

    • 著者名/発表者名
      佐藤圭一朗、笠原浩太、高橋卓也
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] コレステロールが膜貫通ペプチドの_量体化に与える影響に関する分_動_学的解析2020

    • 著者名/発表者名
      板_颯_、笠原浩太、_野義明、松崎勝_、_橋卓也
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] 分_動_学法を_いたポリグルタミン酸周囲の_和ダイナミクス解析2020

    • 著者名/発表者名
      藤澤太公也、_橋卓也、笠原浩太
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] 異なる配列と構造のペプチド周囲の_和ダイナミクスをMDシミュレーションで明らかにする2020

    • 著者名/発表者名
      _橋卓也、延永慎吾、莇拓也、芦_凌惟、藤澤太公也、笠原浩太
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Comprehensive classification of Protein-peptide interactions in the Protein Data Bank by using the Gaussian mixture model2020

    • 著者名/発表者名
      Keiichiro Sato, Kota Kasahara, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] MED26によるTAF7とEAF1認識における多様な結合様式に関する分_動_学研究2020

    • 著者名/発表者名
      後藤聡志、笠原浩太、_橋秀尚、_橋卓也
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] 分子シミュレーションで探る細胞膜脂質組成と蛋白質機能の関連2020

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太、板谷颯人、高橋卓也
    • 学会等名
      日本植物学会第84回大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] PC4天然変性領域のVP16結合の制御メカニズムの解明2020

    • 著者名/発表者名
      謝祺琳、笠原浩太、中_勝_、_橋卓也
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] PC4の天然変性領域における転写活性制御メカニズムの解明2020

    • 著者名/発表者名
      謝祺琳、笠原浩太、中山勝文、高橋卓也
    • 学会等名
      第70回日本薬学会関西支部大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] 荷電性残基の分布がタンパク質の液-液相分離に与える影響の解明に向けた分_動_学シミュレーション2020

    • 著者名/発表者名
      寺澤裕樹、沖川純也、笠原浩太、今村_呂志、加藤稔、_橋卓也
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Protein Data Bankに基づくタンパク質-ペプチド結合予測のための相互作_パターンの網羅的な分類と分析2020

    • 著者名/発表者名
      佐藤圭_朗、笠原浩太、高橋卓也
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Influences of cholesterol on dimerization of transmembrane peptides with a GxxxG motif studied by molecular dynamics simulations2020

    • 著者名/発表者名
      Hayato Itaya, Kota Kasahara, Yoshiaki Yano, Katsumi Matzusaki, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Multi-canonical Molecular Dynamics Study the Fuzzy Complex Formation by the Transcription Factor MED262020

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Goto, Kota Kasahara, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Molecular Dynamics Study on Functional Regulation of Transcription Factors by Phosphorylation on the Intrinsically Disordered Region2020

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Toru Sengoku, Junichi Higo, Takuya Takahashi, Kazuhiro Ogata, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] __集合ペプチドのオリゴマー形成に関する分_動_学的解析2020

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太、沖川純也、寺澤裕樹、謝祺琳、後藤聡志、板_颯_、中_勝_、_橋卓也
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] 蛋白質―ペプチド間相互作用の網羅的解析と結合予測への応用2020

    • 著者名/発表者名
      Keiichiro Sato, Kota Kasahara, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第9回生命医薬情報学連合大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] リン脂質とステロールが膜貫通ペプチドの二量体形成に与える影響に関する分子動力学的検討2020

    • 著者名/発表者名
      板谷颯人、笠原浩太、矢野義昭、松崎勝巳、高橋卓也
    • 学会等名
      日本植物学会第84回大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Phosphorylation on an intrinsically disordered region regulates the DNA binding activity of a transcription factor via transient interactions.2020

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Toru Sengoku, Qilin Xie, Yuta Nakano, Ryotaro Koike, Satoshi Fukuchi, Junichi Higo, Masafumi Nakayama, Kazuhiro Ogata, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第9回生命医薬情報学連合大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] Coarse-grained molecular dynamics simulations to dissect effects of charge distributions in protein sequences on liquid-liquid phase separation2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Terazawa, Kota Kasahara, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K12069
  • [学会発表] FREE ENERGY LANDSCAPE OF THE P53 C TERMINAL DOMAIN UPON BINDING TO S100B: FROM DISORDER TO EXTRADISORDER2019

    • 著者名/発表者名
      Junichi Higo、Iida Shinji、Takeshi Kawabata、Kota Kasahara、Haruki Nakamura
    • 学会等名
      63th annual meeting of the biophysical society
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] 蛋白質天然変性領域と相分離現象の分子機構解明に向けた分子シミュレーション技術の開発2019

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      第2回LLPS研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] 分子シミュレーションで迫る蛋白質相互作用の fuzziness2019

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      第11回BKCバイオインフォマティクス研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Molecular dynamics study on high-dimensional free-energy landscape of amyloid peptide higher-order complexes アミロイドペプチド高次複合体形成に関する高次元自由エネルギー地形の分子動力学的解析2018

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara、Junichi Higo、Tomonori Hayami、Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Molecular dynamics simulations of liquid droplet and aggregation formations of protein FUS タンパク質FUSの液滴・凝集形成に関する分子動力学シミュレーション2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Terasawa、Kota Kasahara、Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Elucidation of the mechanism of protein-protein interaction between regions out of globular domains with molecular dynamics simulations. 分子動力学法を用いたタンパク質球状ドメイン外の相互作用メカニズムの解明2018

    • 著者名/発表者名
      Takuya Shimato、Kota Kasahara、Junichi Higo、Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] MD simulations and analysis of hydration dynamics around several types of solute molecules 各種溶質周囲の水分子ダイナミクスの分子動力学計算と解析2018

    • 著者名/発表者名
      Takuya Takahashi、Kota Kasahara、Ryoi Ashida、Nobuya Hasegawa、Daigo Itsuji、Tomomi Kura
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Analysis of protein-protein interactions in region except for globular domain by using the molecular dynamics method / 球状ドメイン以外の領域でのタンパク質間相互作用に関する分子動力学的解析2018

    • 著者名/発表者名
      Takuya Shimato、Ryohei Kondo、Kota Kasahara、Yasunori Aizawa、Junichi Higo、Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] A new method to improve the accuracy for protein-small molecule docking by using interaction pattern fingerprint and machine learning. 相互作用パターンと機械学習を用いたタンパク質-低分子化合物ドッキング手法の改良2018

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Sato、Kota Kasahara、Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Predicting interactions between N-gram sequences in proteins by using Neural Network. ニューラルネットワークを用いたタンパク質N-gram配列間相互作用の予測2018

    • 著者名/発表者名
      Ryohei Kondo、Kota Kasahara、Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Phosphorylation of an intrinsically disordered region of Ets1 yields specific inhibitory interactions from multi-modal interactions / 転写因子Ets1 天然変性領域のリン酸化は特異的な相互作用形成によりDNA 結合を阻害する2018

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara、 Masaaki Shiina、 Junichi Higo、Kazuhiro Ogata、Haruki Nakamura
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] hp170025 独自の拡張アンサンブル法によるたんぱく質天然変性領域の機能解明2018

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      第5回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Molecular dynamics coupled with virtual system for effective conformational sampling2018

    • 著者名/発表者名
      Tomonori Hayami、Takuya Shimato、Haruki Nakamura、Kota Kasahara、Junichi Higo
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] ペプチド高次複合体形成の高次元自由エネルギー地形に関する分子動力学的検討2018

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      蛋白研セミナー「生体分子内情報伝達機構の新展開」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Fast Processing of Biopolymer Structure Generation and Protein-Protein Interaction Analysis 生体高分子立体構造生成およびタンパク質間相互作用解析の高速処理について2018

    • 著者名/発表者名
      Takanori Sugihara、Kota Kasahara、Junichi Higo、Ichio Shimada
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Influence of cholesterol on membrane protein complex formation by molecular dynamics simulations with model peptides モデルペプチドを用いたMDシミュレーションによる膜タンパク質複合体形成にコレステロールが及ぼす影響の検討2018

    • 著者名/発表者名
      Hayato Itaya、Kota Kasahara、Katumi Matsuzaki、Yoshiaki Yano、Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Prediction method for complex structures of protein and small molecule with Interaction Pattern Fingerprint and machine learning / 相互作用パターンフィンガープリントと機械学習によるタンパク質- リガンドドッキング2018

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Sato、Kota Kasahara、Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] N-gram analysis of amino acid sequences toward elucidating mechanisms of protein-protein interactions / タンパク質間相互作用メカニズムの解明に向けたアミノ酸N-gram 統計解析2018

    • 著者名/発表者名
      Ryohei Kondo、Kota Kasahara、Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] The dominant structure of polyglutamic acids under an acidic conditions analyzed by replica-exchange molecular dynamics simulations. / レプリカ交換分子動力学シミュレーションによる酸性条件下でのポリグルタミン酸の最安定構造2017

    • 著者名/発表者名
      Ryosuke Iwai, Tetsuro Nagai, Kota Kasahara, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Clarification of molecular recognition for the intrinsically disordered region, p53 C-terminal domain / 天然変性領域であるp53C末端ドメインの、分子認識メカニズムの解明2017

    • 著者名/発表者名
      Shinji Iida, Kota Kasahara, Haruki Nakamura, Junichi Higo
    • 学会等名
      蛋白質科学会第17回年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Calculation of surface pH change of mitochondria due to aggregation / ミトコンドリア凝集に伴う表面pHの変化の計算2017

    • 著者名/発表者名
      Takuya Takahashi, Kota Kasahara, Yoshihiro Ohta
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Molecular dynamics study on the relationship between the protein secondary structure and its hydration dynamics / 蛋白質の二次構造と水和ダイナミクスの相関に関する分子動力学的研究2017

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Fujiyoshi, Kota Kasahara, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Non-Ewald method for accurately and efficiently calculating electrostatic interactions in molecular simulations2017

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Kota Kasahara, Han Wang, Shun Sakuraba, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      Conformational Ensembles from Experimental Data and Computer Simulations
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Structural variety of the linker connecting two DNA-binding subdomains of Oct4 / Oct4の2つのDNA結合サブドメインを結ぶlinker領域の構造多様性2017

    • 著者名/発表者名
      Tomonori Hayami, Shoji Takada, Kota Kasahara, Haruki Nakamura, Junichi Higo
    • 学会等名
      蛋白質科学会第17回年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Structural variety of the linker connecting two DNA-binding subdomains of Oct4 / Oct4の2つのDNA結合サブドメインを結ぶlinker領域の構造多様性2017

    • 著者名/発表者名
      Tomonori Hayami, Shoji Takada, Kota Kasahara, Haruki Nakamura, Junichi Higo
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Virtual system coupled canonical molecular dynamics simulation to enhance sampling along a reaction coordinate2017

    • 著者名/発表者名
      Bhaskar Dasgupta, Kota Kasahara, Haruki Nakamura, Junichi Higo
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Reproduction of the water mobility around an ion by introducing a new Lennard-Jones parameter. / イオン周囲の水分子の運動性を再現する新規Lennard-Jonesパラメータの検討2017

    • 著者名/発表者名
      Yuki Takimoto, Kota Kasahara, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Multicanonical molecular dynamics study of transcription factor-DNA binding regulation via the intrinsically disordered region / マルチカノニカル分子動力学法を用いた転写因子天然変性領域によるDNA結合制御メカニズムの検討2017

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Masaaki Shiina, Junichi Higo, Kazuhiro Ogata, Takuya Takahashi, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Study on helix-coil transition stability of the termini of poly-glutamic acid using molecular dynamics method / ポリグルタミン酸のへリックスコイル転移における末端の安定性に関する分子動力学法による検討2017

    • 著者名/発表者名
      Naoki Ogasawara, Ryosuke Iwai, Kota Kasahara, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Multi-modal Dynamic Cross Correlation (mDCC) 法の開発と転写因子-DNA複合体における動的相関ネットワークの解析2017

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      名古屋大学IGERセミナー
    • 発表場所
      名古屋大学(愛知県名古屋市)
    • 年月日
      2017-02-28
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] 天然変性領域による転写制御の分子機構2017

    • 著者名/発表者名
      笠原 浩太
    • 学会等名
      第5回 関西4私大 生命科学シンポジウム
    • 発表場所
      関西学院会館光の間(兵庫県、西宮市)
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] たんぱく質-低分子リガンド分子間相互作用の大規模データベース解析2017

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      第5回 関西4私大 生命科学シンポジウム
    • 発表場所
      関西学院大学(兵庫県西宮市)
    • 年月日
      2017-03-07
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] 分子シミュレーションによる転写因子機能制御メカニズムの解明:天然変性、翻訳後修飾、協調的結合2017

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      第2回生物資源セミナー「構造生物学が拓く生命科学研究」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Statistical analysis of correlation between amino acid sequence and protein function based on using Protein Data Bank2017

    • 著者名/発表者名
      Ryohei Kondo, Kota Kasahara, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Phosphorylation on intrinsic disordered region of Ets1 yields a specific interaction among many fuzzy interactions2017

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Masaaki Shiina, Junichi Higo, Kazuhiro Ogata, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      The 5th APPA symposium
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Investigation of appropriate conditions for enhancing sampling efficiency of multi-canonical molecular dynamics. / 拡張アンサンブル分子動力学法のサンプリング効率向上のための最適条件の探索2017

    • 著者名/発表者名
      Takuya Shimato, Kota Kasahara, Junichi Higo, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] A new prediction method for complex structures of protein and small molecule with machine learning. / 機械学習を用いたタンパク質と薬のドッキング予測2017

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Sato, Kota Kasahara, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Multi-modal Dynamic Cross Correlation (mDCC) 法の開発と転写因子- DNA 複合体における動的相関ネットワークの解析2017

    • 著者名/発表者名
      笠原 浩太
    • 学会等名
      名古屋大学 IGER セミナー
    • 発表場所
      名古屋大学(愛知県、名古屋市)
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] 天然変性領域による転写制御の分子機構2017

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      第5回 関西4私大 生命科学シンポジウム
    • 発表場所
      関西学院大学(兵庫県西宮市)
    • 年月日
      2017-03-07
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Landscape of Protein-Small ligand Binding Modes2016

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      第5回生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      東京国際交流館プラザ平成(東京都江東区)
    • 年月日
      2016-09-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] 天然変性領域の過渡的な相互作用による転写制御の分子機構2016

    • 著者名/発表者名
      笠原 浩太、椎名 政昭、肥後 順一、緒方 一博、中村 春木
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡県、福岡市)
    • 年月日
      2016-06-07
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] Replica-exchange molecular dynamics study of pH dependent structural changes of polyglutamic acids, レプリカ交換分子動力学シミュレーションによる pHに依存したポリグルタミン酸の構造変化の研究2016

    • 著者名/発表者名
      Ryosuke Iwai, Tetsuro Nagai, Kota Kasahara, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] 計算・情報科学による 転写サイクルにおける情報変換機構の解明2016

    • 著者名/発表者名
      笠原 浩太、Neetha Mohan、中村 春木
    • 学会等名
      転写サイクル合同班会議2016
    • 発表場所
      松島一の坊(宮城県宮城郡松島町)
    • 年月日
      2016-09-05
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] 零多重極子和法によるTrp-cage蛋白質のエネルギー地形解析2016

    • 著者名/発表者名
      櫻庭俊、笠原浩太、福田育夫、池部仁善、原田隆平
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会第16回年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • 年月日
      2016-06-07
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] 分子シミュレーションにおける静電相互作用計算法:零多重極子法の理論と実際2016

    • 著者名/発表者名
      福田 育夫, Wang Han, 神谷 成敏, 笠原 浩太, 寺田 透, 櫻庭 俊, 中村 春木
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県、つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] Effects of solvent pH and protein conformations on water dynamics around a denatured protein with molecular dynamics simulation / 分子動力学法を用いた蛋白質周囲の水和ダイナミクスの検討:溶媒条件と蛋白質構造の影響について2016

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Fujiyoshi, Naoki Ogasawara, Yuji Ezaki, Yuta Nonaka, Kota Kasahara, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-26
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] 巨大生体分子の長時間 MD シミュレーションの開発と生体分子の構造機能相関の解明2016

    • 著者名/発表者名
      鷹野 優、Neetha Mohan、草鹿 あゆみ、川端 猛、笠原 浩太、真下 忠彰、神谷 成敏、中村 春木
    • 学会等名
      第8回「学際計算科学による新たな知の発展・統合・創出」シンポジウム
    • 発表場所
      筑波大学計算科学研究センター(茨城県、つくば市)
    • 年月日
      2016-10-17
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] Insights Derived from Molecular Dynamics Simulations into the Subunit Assembly and Clamp Motions of Thermococcus kodakarensis RNA Polymerase2016

    • 著者名/発表者名
      Neetha Mohan, Kota Kasahara, Akira Hirata, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡県、福岡市)
    • 年月日
      2016-06-07
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] 天然変性領域の過渡的な相互作用による転写制御の分子機構2016

    • 著者名/発表者名
      笠原 浩太、椎名政昭、肥後順一、緒方一博、中村 春木
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会第16回年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • 年月日
      2016-06-07
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Unfolding dynamics of poly-glutamic acid in using molecular dynamics method / 分子動力学法を用いた、ポリグルタミン酸のアンフォールドダイナミクス2016

    • 著者名/発表者名
      Naoki Ogasawara, Ryosuke Iwai, Kota Kasahara Tetsuro Nagai, Takuya Takahashi
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-26
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Development and Evaluations of a Fast and Accurate Non-Ewald Electrostatic Potential Scheme, the Zero-Multipole Summation Method 非エバルト静電ポテンシャル計算法” 零多重極子和法” の開発と検証2016

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Shun Sakuraba, Ikuo Fukuda, Jinzen Ikebe, Ryuhei Harada
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-26
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] 分子シミュレーションで解き明かすK+チャネルにおけるイオン透過の微視的ダイナミクス Molecular Dynamics Study on Ion-conduction Mechanisms of a K+ channel2016

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー "膜タンパク質の構造ダイナミクス"
    • 発表場所
      大阪大学(大阪府吹田市)
    • 年月日
      2016-05-12
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] Insights Derived from Molecular Dynamics Simulations into the Subunit Assembly and Clamp Motions of Thermococcus kodakarensis RNA Polymerase2016

    • 著者名/発表者名
      Neetha Mohan, Kota Kasahara, Akira Hirata, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会第16回年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • 年月日
      2016-06-07
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] 巨大生体分子の長時間MDシミュレーションの開発と生体分子の構造機能相関の解明2016

    • 著者名/発表者名
      鷹野優, Neetha Mohan, 草鹿あゆみ, 川端猛, 笠原浩太, 真下忠彰, 神谷成
    • 学会等名
      第8回「学際計算科学による新たな知の発展・統合・創出」シンポジウム
    • 発表場所
      筑波大学(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-10-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] 転写因子ディスオーダー領域の翻訳後修飾による機能制御機構の解明2016

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太, 肥後順一, 飯田慎仁, 速水智教
    • 学会等名
      第3回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会
    • 発表場所
      コクヨホール(東京都品川区)
    • 年月日
      2016-10-21
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [学会発表] 転写因子Ets1とパートナー転写因子の協調的結合によるDNA結合活性制御機構の計算科学的検討2015

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太, 福田育夫, 中村春木
    • 学会等名
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール(徳島市)
    • 年月日
      2015-06-24
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] 分子シミュレーションから解き明かす転写因子Ets1のDNA結合調節機構2015

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太、Neetha Mohan、肥後順一、福田育夫、中村春木
    • 学会等名
      転写サイクル合同班会議2015
    • 発表場所
      ホテル暖香園(静岡県伊東市)
    • 年月日
      2015-08-03
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] Interaction of two subunits of D/L hetero dimer with catalytic subunits in archaeal RNA polymerase: Insights from MD simulations2015

    • 著者名/発表者名
      Neetha Mohan, 笠原浩太、平田章、中村春木
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] 転写因子Ets1の天然変性領域によるDNA認識調節メカニズムに関する計算化学的検討2015

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      第3回天然変性蛋白質計算科学セミナー
    • 発表場所
      御殿場高原時之栖、御殿場市
    • 年月日
      2015-03-11
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] 分子シミュレーションにおける静電相互作用計算のための新規非エバルト法2015

    • 著者名/発表者名
      福田育夫, 神谷成敏, Han Wang, 笠原浩太、中村春木
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] 転写因子Ets1天然変性領域のリン酸化によるDNA認識阻害メカニズムの検討2015

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太、肥後順一、椎名政昭、緒方一博、中村春木
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] 共用スパコンを用いた分子動力学シミュレーション研究2014

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      国立遺伝学研究所スーパーコンピュータユーザ会
    • 発表場所
      国立遺伝学研究所、三島市
    • 年月日
      2014-07-22
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] Molecular dynamics study on cooperative binding of Ets1 and partner transcription factors on regulatory elements2014

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Ikuo Fukuda, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2014-09-25
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] 分子動力学法に基づいた新しい動的相関解析手法の開発と転写因子Ets-1-DNA結合機構解析への応用2014

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太、福田育夫、中村春木
    • 学会等名
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      ワークピア横浜、横浜市
    • 年月日
      2014-06-25
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] Contact number diffusion model for the normal mode analysis of protein structure2014

    • 著者名/発表者名
      Bhaskar Dasgupta, Kota Kasahara, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura, Akira Kinjo
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2014-09-26
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] Molecular dynamics study on enhancer recognitions by cooperative binding of Ets1 and partner transcription factors2014

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Ikuo Fukuda, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      The 4th Asia Pacific Protein Association (APPA 2014)
    • 発表場所
      ICC Jeju, Korea
    • 年月日
      2014-05-18
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] Zero-dipole summation法を用いたエンハンソソーム制御メカニズムの分子動力学的解析2014

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太、福田育夫
    • 学会等名
      第1回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会
    • 発表場所
      コクヨホール、東京品川
    • 年月日
      2014-10-31
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] GIANT: a web-server for analyzing protein–small ligand interactions based on statistically preferred patterns of atomic contacts2013

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2013
    • 発表場所
      ICC Berlin, Berlin, Germany
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] Measuring similarity of binding modes between 3D structures of protein–small ligand complexes2013

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      JCUP IV
    • 発表場所
      大手町サンスカイルーム(東京)
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] The zero-dipole summation method and its application to molecular simulation with homogenous and inhomogeneous systems2013

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Kota Kasahara, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      The 12th Asia Pacific Physics Conference (APPC12)
    • 発表場所
      幕張メッセ(千葉市)
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] Measuring similarity of binding modes between 3D structures of protein–small ligand complexes.

    • 著者名/発表者名
      笠原 浩太
    • 学会等名
      JCUP IV
    • 発表場所
      大手町サンスカイルーム(東京)
    • 年月日
      2013-06-06 – 2013-06-07
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーション解析のためのMulti-modal Dynamic Cross Correlation法の開発と応用

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太、福田育夫、中村春木
    • 学会等名
      第3回生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      仙台国際センター、仙台市
    • 年月日
      2014-10-02 – 2014-10-04
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] The zero-dipole summation method and its application to molecular simulation with homogenous and inhomogeneous systems

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Kota Kasahara, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      The 12th Asia Pacific Physics Conference (APPC12)
    • 発表場所
      幕張メッセ(千葉市) 大手町サンスカイルーム(東京)
    • 年月日
      2013-07-15 – 2013-07-16
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] 分子動力学法を用いた転写因子アロステリック制御機構の検討

    • 著者名/発表者名
      笠原 浩太
    • 学会等名
      計算タンパク質科学研究会
    • 発表場所
      鳴子観光ホテル(宮城県)
    • 年月日
      2013-09-18 – 2013-09-20
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] GIANT: a web- server for analyzing protein-small ligand interactions based on statistically preferred patterns of atomic contacts

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2013
    • 発表場所
      ICC Berlin, Berlin, Germany
    • 年月日
      2013-07-18 – 2013-07-25
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] 転写因子Ets1のDNA結合制御に関する分子シミュレーション研究

    • 著者名/発表者名
      笠原 浩太,福田 育夫,中村 春木
    • 学会等名
      冬の若手ワークショップ 2014
    • 発表場所
      舌切雀のお宿 磯部ガーデン(軽井沢東 磯部温泉)
    • 年月日
      2014-01-30 – 2014-02-01
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] GIANT: a database for pattern analysis of protein-small ligand atomic contacts

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館(鳥取市)
    • 年月日
      2013-06-12 – 2013-06-14
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] Molecular dynamics study on ion conduction mechanisms of a voltage-sensitive potassium channel

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara, Matsuyuki Shirota, Toshiyuki Saito, Hiroko Kondo, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都市)
    • 年月日
      2013-10-28 – 2013-10-30
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • 1.  中村 春木 (80134485)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 23件
  • 2.  神谷 成敏 (80420462)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 6件
  • 3.  河野 秀俊 (40291918)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  藤井 聡 (40452825)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  皿井 明倫 (20221286)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  仙石 徹 (60576312)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 4件
  • 7.  肥後 順一 (80265719)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 8件
  • 8.  鎌形 清人
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  丹羽 達也
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 10.  飯田 緑
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 11.  石井 俊輔
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 12.  太田 元規
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 13.  木下 賢吾
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 14.  緒方 一博
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 15.  福田 育夫
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 16.  Waidyasooriya Ha
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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