森義治 Mori Yoshiharu

研究者番号	90646928
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 九州大学, システム情報科学研究院, 准教授 2025年度: 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2023年度: 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任准教授 2021年度 – 2022年度: 神戸大学, システム情報学研究科, 講師 2017年度 – 2018年度: 北里大学, 薬学部, 助教 2016年度: 分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 特任助教
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43040:生物物理学関連 / 生物物理学
キーワード	研究代表者分子動力学 / 分子シミュレーション / タンパク質合成 / マルチスケール / 動力学的校正 / 翻訳過程 / ブラウン運動 / 翻訳因子 / 自由エネルギー解析 / tRNA … もっと見る / 翻訳開始因子 / リボソームタンパク質 / メタダイナミクス / 粗視化シミュレーション / マルチスケールシミュレーション / RNA / EF-Tu / リボソーム / 化学物理 / 酵素反応 / 生体分子 / 蛋白質 / 生物物理 / アミノ酸 / 構造サンプリング / スレオニン / 共変異 / アミノアシルtRNA合成酵素 / リガンド選択性 / 結合自由エネルギー / 結合親和性 / 共変異解析 / 配列解析 / 分子動力学シミュレーション / スレオニルtRNA合成酵素隠す

翻訳過程における高精度タンパク質合成の分子機構の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  森義治
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  慶應義塾大学
   神戸大学
タンパク質合成におけるアミノ酸の高精度選択機構の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  森義治
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2018
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  北里大学
   分子科学研究所

すべて 2023 2022 2021 2019 2018 2017 2016

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] End-to-end protein-ligand complex structure generation with diffusion-based generative models2023
- 著者名/発表者名
  Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, and Shigenori Tanaka
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 24 号: 1 ページ: 233-233
- DOI
  10.1186/s12859-023-05354-5
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06113, KAKENHI-PROJECT-21K06098
[雑誌論文] Anesthetic Binding Induced Motion of GABAA Receptors Revealed by Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations2023
- 著者名/発表者名
  Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, and Shigenori Tanaka
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 127 号: 28 ページ: 6306-6315
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.3c01684
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06113, KAKENHI-PROJECT-21K06098
[雑誌論文] Anesthetic-Binding Induced Motion of GABAA Receptors Revealed by Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations2023
- 著者名/発表者名
  Nakata Shuya、Mori Yoshiharu、Tanaka Shigenori
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: －
- DOI
  10.1101/2023.03.10.530555
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[雑誌論文] Thermal Conductivity and Conductance of Protein in Aqueous Solution: Effects of Geometrical Shape2023
- 著者名/発表者名
  I. Kurisaki, S. Tanaka, I. Mori, T. Umegaki, Y. Mori, and S. Tanaka
- 雑誌名
  
  J. Comput. Chem.
  
  巻: 44 号: 7 ページ: 857-868
- DOI
  10.1002/jcc.27048
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06098, KAKENHI-PROJECT-21K06113
[雑誌論文] End-to-end protein-ligand complex structure generation with diffusion-based generative models2022
- 著者名/発表者名
  Nakata Shuya、Mori Yoshiharu、Tanaka Shigenori
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: －
- DOI
  10.1101/2022.12.20.521309
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[雑誌論文] Antigen-dependent fluorescence response of anti-c-Myc Quenchbody studied by molecular dynamics simulations2018
- 著者名/発表者名
  Yoshiharu Mori, Hisashi Okumura, Takayoshi Watanabe, Takahiro Hohsaka
- 雑誌名
  
  Chem. Phys. Lett.
  
  巻: 698 ページ: 223-226
- DOI
  10.1016/j.cplett.2018.03.011
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00790, KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102006, KAKENHI-PROJECT-15K13739, KAKENHI-PROJECT-16K18532
[雑誌論文] Conformational changes of ubiquitin under high pressure conditions: A pressure simulated tempering molecular dynamics study2017
- 著者名/発表者名
  Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  巻: 38 号: 15 ページ: 1167-1173
- DOI
  10.1002/jcc.24767
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532, KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] 高圧力状態でのサンプリング効率を高める拡張アンサンブル法と生体分子系への応用2017
- 著者名/発表者名
  森義治
- 雑誌名
  
  アンサンブル
  
  巻: 19 ページ: 189-194
- NAID
  130007426972
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[学会発表] 翻訳開始過程における開始tRNA認識の分子機構：tRNAとリボソームタンパク質の進化を探る2023
- 著者名/発表者名
  森義治
- 学会等名
  CBI学会2023年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[学会発表] Concentration dependence of protein diffusion coefficients in crowded systems studied by Brownian dynamics simulations2023
- 著者名/発表者名
  Yoshiharu Mori and Shigenori Tanaka
- 学会等名
  34th IUPAP Conference on Computational Physics (CCP2023)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[学会発表] 生体分子粗視化モデルとアンブレラサンプリングシミュレーションを用いたタンパク質・RNA複合体における自由エネルギー計算2022
- 著者名/発表者名
  森義治, 田中成典
- 学会等名
  第36回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[学会発表] Theoretical investigation of the interactions between a tRNA and ribosomal proteins in bacterial translation pre-initiation complex2022
- 著者名/発表者名
  森義治, 田中成典
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[学会発表] リボソーム翻訳開始前複合体とtRNAとの相互作用におけるリボソームタンパク質の役割2022
- 著者名/発表者名
  森義治, 田中成典
- 学会等名
  第22回蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[学会発表] Free energy profile of tRNA dissociation from ribosome studied by coarse-grained molecular dynamics simulations2021
- 著者名/発表者名
  森義治, 田中成典
- 学会等名
  CBI学会2021年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[学会発表] 粗視化モデルとアンブレラサンプリングによるリボソームからのtRNA解離過程における自由エネルギー解析2021
- 著者名/発表者名
  森義治, 田中成典
- 学会等名
  日本物理学会第77回年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[学会発表] 粗視化分子シミュレーションによるリボソームにおけるtRNA解離自由エネルギー計算2021
- 著者名/発表者名
  森義治, 田中成典
- 学会等名
  第15回分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[学会発表] 自由エネルギー計算による翻訳開始段階におけるリボソームとtRNAの相互作用解析2021
- 著者名/発表者名
  森義治, 田中成典
- 学会等名
  スーパーコンピュータワークショップ2021
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06113
[学会発表] アミノ酸をリガンドとする酵素における選択的リガンド結合機構2019
- 著者名/発表者名
  森義治，竹田－志鷹真由子，奥村久士
- 学会等名
  日本物理学会第74回年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[学会発表] 分子動力学法と配列解析を用いたタンパク質―リガンド相互作用の研究2019
- 著者名/発表者名
  森義治，竹田－志鷹真由子，奥村久士
- 学会等名
  第8回日本生物物理学会関東支部会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[学会発表] ThrRSに対するスレオニンの結合親和性に関する研究：分子シミュレーションと配列保存性による解析2018
- 著者名/発表者名
  森義治，竹田－志鷹真由子，奥村久士
- 学会等名
  第41回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[学会発表] Amino-acid selection in aminoacyl-tRNA synthetase studied by molecular dynamics simulations2017
- 著者名/発表者名
  Yoshiharu Mori and Hisashi Okumura
- 学会等名
  The 5th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
- 発表場所
  University of Tokyo, Meguro, Tokyo
- 年月日
  2017-01-21
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[学会発表] スレオニルtRNA合成酵素において高度に保存されたアミノ酸とその機能の物理化学的考察2017
- 著者名/発表者名
  森義治，竹田－志鷹真由子，奥村久士
- 学会等名
  第11回分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[学会発表] スレオニルtRNA合成酵素における天然リガンドと類似化合物との相互作用解析2017
- 著者名/発表者名
  森義治，竹田－志鷹真由子，奥村久士
- 学会等名
  第45回構造活性相関シンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[学会発表] 分子動力学法と配列解析による thrRS とスレオニンの結合親和性に関する研究2017
- 著者名/発表者名
  森義治，竹田－志鷹真由子，奥村久士
- 学会等名
  日本薬学会第138年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[学会発表] Theoretical study on the molecular mechanism of amino-acid selection in threonyl-tRNA synthetase2016
- 著者名/発表者名
  森義治、奥村久士
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[学会発表] スレオニルtRNA合成酵素のアミノ酸選択機構に関する理論的研究2016
- 著者名/発表者名
  森義治、奥村久士
- 学会等名
  第10回分子科学討論会
- 発表場所
  神戸ファッションマート（兵庫県神戸市）
- 年月日
  2016-09-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[学会発表] 分子動力学法によるスレオニルtRNA合成酵素におけるアミノ酸結合機構の研究2016
- 著者名/発表者名
  森義治、奥村久士
- 学会等名
  第43回生体分子科学討論会
- 発表場所
  名古屋大学（愛知県名古屋市）
- 年月日
  2016-06-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[学会発表] アミノアシルtRNA合成酵素での基質結合における自由エネルギー計算と分子構造からの考察2016
- 著者名/発表者名
  森義治、奥村久士
- 学会等名
  第30回分子シミュレーション討論会
- 発表場所
  大阪大学（大阪府豊中市）
- 年月日
  2016-11-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532
[学会発表] スレオニルtRNA合成酵素におけるスレオニン結合機構：分子動力学シミュレーションによる研究2016
- 著者名/発表者名
  森義治、奥村久士
- 学会等名
  第16回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場（福岡県福岡市）
- 年月日
  2016-06-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532

1. 奥村久士

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
2. 田中成典

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

森 義治 Mori Yoshiharu

研究課題

研究成果

共同研究者

翻訳過程における高精度タンパク質合成の分子機構の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質合成におけるアミノ酸の高精度選択機構の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] End-to-end protein-ligand complex structure generation with diffusion-based generative models2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Anesthetic Binding Induced Motion of GABAA Receptors Revealed by Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Anesthetic-Binding Induced Motion of GABAA Receptors Revealed by Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Thermal Conductivity and Conductance of Protein in Aqueous Solution: Effects of Geometrical Shape2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] End-to-end protein-ligand complex structure generation with diffusion-based generative models2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Antigen-dependent fluorescence response of anti-c-Myc Quenchbody studied by molecular dynamics simulations2018

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Conformational changes of ubiquitin under high pressure conditions: A pressure simulated tempering molecular dynamics study2017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] 高圧力状態でのサンプリング効率を高める拡張アンサンブル法と生体分子系への応用2017

著者名/発表者名

雑誌名

NAID

データソース

[学会発表] 翻訳開始過程における開始tRNA認識の分子機構：tRNAとリボソームタンパク質の進化を探る2023

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Concentration dependence of protein diffusion coefficients in crowded systems studied by Brownian dynamics simulations2023

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] 生体分子粗視化モデルとアンブレラサンプリングシミュレーションを用いたタンパク質・RNA複合体における自由エネルギー計算2022

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Theoretical investigation of the interactions between a tRNA and ribosomal proteins in bacterial translation pre-initiation complex2022

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] リボソーム翻訳開始前複合体とtRNAとの相互作用におけるリボソームタンパク質の役割2022

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Free energy profile of tRNA dissociation from ribosome studied by coarse-grained molecular dynamics simulations2021

著者名/発表者名

学会等名

データソース

森義治 Mori Yoshiharu

[学会発表] 分子動力学法と配列解析による thrRS とスレオニンの結合親和性に関する研究2017