永井哲郎 NAGAI Tetsuro

研究者番号	90706566
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 福岡大学, 理学部, 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2016年度 – 2017年度: 名古屋大学, 理学研究科, 助教 2015年度: 名古屋大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 2014年度: 立命館大学, 生命科学部, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者計算科学
キーワード	研究代表者分子動力学シミュレーション

研究課題
(1件)
研究成果
(24件)

生体分子シミュレーションの最適な条件探索研究代表者
- 研究代表者
  
  永井哲郎
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2017
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  計算科学
- 研究機関
  名古屋大学
   立命館大学

すべて 2018 2017 2016 2015 2014

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] General formalism of mass scaling approach for replica-exchange molecular dynamics and its application2017
- 著者名/発表者名
  T. Nagai
- 雑誌名
  
  Journal of the Physical Society of Japan
  
  巻: 86 号: 1 ページ: 014003-014003
- DOI
  10.7566/jpsj.86.014003
- NAID
  210000134221
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[雑誌論文] Critical size dependence of domain formation observed in coarse-grained simulations of bilayers composed of ternary lipid mixtures2017
- 著者名/発表者名
  Pantelopulos George A.、Nagai Tetsuro、Bandara Asanga、Panahi Afra、Straub John E.
- 雑誌名
  
  The Journal of Chemical Physics
  
  巻: 147 号: 9 ページ: 095101-095101
- DOI
  10.1063/1.4999709
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[雑誌論文] On use of mass scaling for stable and efficient simulated tempering with molecular dynamics2016
- 著者名/発表者名
  T. Nagai, George A. Pantelopulos, Takuya Takahashi, and John E. Straub
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  巻: 37 号: 21 ページ: 20172028-20172028
- DOI
  10.1002/jcc.24430
- NAID
  120005868235
- 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[雑誌論文] Momentum and velocity scaling rules in replica-exchange molecular dynamics simulations with mass manipulation2015
- 著者名/発表者名
  Tetsuro Nagai and Takuya Takahashi
- 雑誌名
  
  JPS Conference Proceedings
  
  巻: 5 ページ: 011009-011009
- DOI
  10.7566/jpscp.5.011009
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[雑誌論文] Mass-scaling replica-exchange molecular dynamics optimizes computational resources with simpler algorithm2014
- 著者名/発表者名
  Tetsuro Nagai and Takuya Takahashi
- 雑誌名
  
  The Journal of Chemical Physics
  
  巻: 141 号: 11 ページ: 114111-114111
- DOI
  10.1063/1.4895510
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] タンパク質結晶の低温構造ダイナミクス2018
- 著者名/発表者名
  永井哲郎, 宮下治, Florence Tama
- 学会等名
  日本物理学会第73回年次大会（2018年）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] Temperature dependent behavior of DHFR in crystal environment studied by replica-exchange molecular dynamics2017
- 著者名/発表者名
  T. Nagai, Osamu Miyashita, and Florence Tama
- 学会等名
  IGER International Symposium on Physics of Life
- 発表場所
  名古屋
- 年月日
  2017-03-25
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] The dominant structure of polyglutamic acids under an acidic conditions analyzed by replica-exchange molecular dynamics simulations2017
- 著者名/発表者名
  岩井良祐，永井哲郎，笠原浩太，高橋卓也
- 学会等名
  日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] 溶液中におけるカルボキシル基の構造平衡に関する古典力場の評価と改良2017
- 著者名/発表者名
  永井哲郎
- 学会等名
  日本物理学会第72回年次大会（2017年）
- 発表場所
  大阪
- 年月日
  2017-03-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] Cryo-cooling effect on crystalline DHFR studied by replica-exchange molecular dynamics2017
- 著者名/発表者名
  永井哲郎，宮下治，Tama Florence
- 学会等名
  日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] ポリグルタミン酸の酸性条件下におけるレプリカ交換溶質焼き戻し法2016
- 著者名/発表者名
  永井哲郎，岩井良祐
- 学会等名
  第16回蛋白質科学会年会
- 発表場所
  福岡
- 年月日
  2016-06-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] Replica-exchange molecular dynamics study of pH dependent structural changes of polyglutamic acids2016
- 著者名/発表者名
  岩井良祐，永井哲郎，笠原浩太，高橋卓也
- 学会等名
  日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] Structural feature of polyglutamic acids studied by enhanced molecular dynamics with explicit solvent2016
- 著者名/発表者名
  永井哲郎，岩井良祐
- 学会等名
  日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] Unfolding dynamics of poly-glutamic acid in using molecular dynamics method2016
- 著者名/発表者名
  小笠原直輝，笠原浩太，永井哲郎，高橋卓也
- 学会等名
  日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] AMBER力場におけるカルボキシル基のRISM及びH-REMDを用いた評価2016
- 著者名/発表者名
  永井哲郎
- 学会等名
  日本物理学会2016年秋季大会
- 発表場所
  金沢
- 年月日
  2016-09-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] 陰溶媒モデルのポリグルタミン酸の安定構造への影響2016
- 著者名/発表者名
  岩井良祐，永井哲郎，高橋卓也
- 学会等名
  第16回蛋白質科学会年会
- 発表場所
  福岡
- 年月日
  2016-06-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] Structural dependence of poly-glutamic acids on pH studied by replica-exchange molecular dynamics simulations2015
- 著者名/発表者名
  岩井良祐，永井哲郎，髙橋卓也
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] レプリカ交換分子動力学法によるプロトン化状態の変化に伴うポリグルタミン酸のヘリックスコイル転移の研究2015
- 著者名/発表者名
  岩井良祐，永井哲郎，高橋卓也
- 学会等名
  日本物理学会第70回年次大会(2015年)
- 発表場所
  早稲田大学（東京都）
- 年月日
  2015-03-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] レプリカ交換分子動力学法によるプロトン化状態の変化に伴うポリグルタミン酸のヘリックスコイル転移の研究2015
- 著者名/発表者名
  岩井良祐、永井哲郎、高橋卓也
- 学会等名
  第62回日本生化学会近畿支部例会
- 発表場所
  草津市
- 年月日
  2015-05-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] 質量スケールを用いたレプリカ交換分子動力学法と焼き戻し法2015
- 著者名/発表者名
  永井哲郎、高橋卓也
- 学会等名
  日本物理学会 2015 年秋季大会
- 発表場所
  吹田市
- 年月日
  2015-09-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] “Mass-scaling replica-exchange molecular dynamics method” (質量を変えたレプリカ交換分子動力学法)2014
- 著者名/発表者名
  Tetsruo Nagai and Takuya Takahashi
- 学会等名
  第52回生物物理学会年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター（北海道）
- 年月日
  2014-09-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] レプリカ交換分子動力学法のアルゴリズムの改良について2014
- 著者名/発表者名
  永井哲郎，高橋卓也
- 学会等名
  日本物理学会2014年秋季大会
- 発表場所
  中部大学（愛知県）
- 年月日
  2014-09-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] Mass scaling in replica-exchange molecular dynamics2014
- 著者名/発表者名
  Tetsuro Nagai and Takuya Takahashi
- 学会等名
  Computational Science Workshop 2014
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県）
- 年月日
  2014-08-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083
[学会発表] Mass scaling in replica-exchange method with the Nose-Hoover thermostat2014
- 著者名/発表者名
  Tetsuro Nagai and Takuya Takahashi
- 学会等名
  International Symposium on Extended Molecular Dynamics and Enhanced Sampling: Nose Dynamics 30 Years (NOSE30)
- 発表場所
  慶応義塾大学（東京都）
- 年月日
  2014-11-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26790083

永井 哲郎 NAGAI Tetsuro

研究課題

研究成果

生体分子シミュレーションの最適な条件探索研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] General formalism of mass scaling approach for replica-exchange molecular dynamics and its application2017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Critical size dependence of domain formation observed in coarse-grained simulations of bilayers composed of ternary lipid mixtures2017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] On use of mass scaling for stable and efficient simulated tempering with molecular dynamics2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Momentum and velocity scaling rules in replica-exchange molecular dynamics simulations with mass manipulation2015

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Mass-scaling replica-exchange molecular dynamics optimizes computational resources with simpler algorithm2014

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[学会発表] タンパク質結晶の低温構造ダイナミクス2018

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Temperature dependent behavior of DHFR in crystal environment studied by replica-exchange molecular dynamics2017

著者名/発表者名

学会等名

発表場所

年月日

データソース

[学会発表] The dominant structure of polyglutamic acids under an acidic conditions analyzed by replica-exchange molecular dynamics simulations2017

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] 溶液中におけるカルボキシル基の構造平衡に関する古典力場の評価と改良2017

著者名/発表者名

学会等名

発表場所

年月日

データソース

[学会発表] Cryo-cooling effect on crystalline DHFR studied by replica-exchange molecular dynamics2017

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] ポリグルタミン酸の酸性条件下におけるレプリカ交換溶質焼き戻し法2016

著者名/発表者名

学会等名

発表場所

年月日

データソース

[学会発表] Replica-exchange molecular dynamics study of pH dependent structural changes of polyglutamic acids2016

著者名/発表者名

学会等名

発表場所

年月日

データソース

[学会発表] Structural feature of polyglutamic acids studied by enhanced molecular dynamics with explicit solvent2016

著者名/発表者名

学会等名

発表場所

年月日

データソース

[学会発表] Unfolding dynamics of poly-glutamic acid in using molecular dynamics method2016

著者名/発表者名

永井哲郎 NAGAI Tetsuro

[学会発表] レプリカ交換分子動力学法によるプロトン化状態の変化に伴うポリグルタミン酸のヘリックスコイル転移の研究2015