西村陽介 Nishimura Yosuke

研究者番号	90718959
その他のID	https://orcid.org/0000-0002-8028-3228
所属 (現在)	2025年度: 国立研究開発法人海洋研究開発機構, 海洋機能利用部門(生命理工学センター), 研究員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2025年度: 国立研究開発法人海洋研究開発機構, 海洋機能利用部門(生命理工学センター), 研究員 2022年度 – 2023年度: 国立研究開発法人海洋研究開発機構, 海洋機能利用部門(生命理工学センター), 特任研究員
審査区分/研究分野	研究代表者学術変革領域研究区分(Ⅱ) / 学術変革領域研究区分(Ⅳ) / 小区分43060:システムゲノム科学関連
キーワード	研究代表者データベース / 環境微生物 / メタゲノム / バイオインフォマティクス / メタトランスクリプトーム / ゲノム解析 / ウイルス / 微生物 / 遺伝子系統 / 遺伝子系統樹 / オプトジェネティクス / ロドプシン

メタゲノムビッグデータで環境微生物が生み出した生合成ポテンシャルを理解する研究代表者
- 研究代表者
  
  西村陽介
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2026
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅱ)
- 研究機関
  国立研究開発法人海洋研究開発機構
全球規模のロドプシン情報基盤の開発ー光利用の環境特性の解明と応用利用に向けてー研究代表者
- 研究代表者
  
  西村陽介
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分43060:システムゲノム科学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人海洋研究開発機構
ウイルスを捉えて生物圏機能を根底から理解する―革新的メタゲノム解析技術の開発―研究代表者
- 研究代表者
  
  西村陽介
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2023
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅳ)
- 研究機関
  国立研究開発法人海洋研究開発機構

すべて 2024 2023 2022

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Double-stranded RNA sequencing reveals distinct riboviruses associated with thermoacidophilic bacteria from hot springs in Japan2024
- 著者名/発表者名
  Urayama Syun-ichi、Fukudome Akihito、Hirai Miho、Okumura Tomoyo、Nishimura Yosuke、Takaki Yoshihiro、Kurosawa Norio、Koonin Eugene V.、Krupovic Mart、Nunoura Takuro
- 雑誌名
  
  Nature Microbiology
  
  巻: 9 号: 2 ページ: 514-523
- DOI
  10.1038/s41564-023-01579-5
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04879, KAKENHI-PUBLICLY-22H05714
[雑誌論文] Draft genome sequences of three rhodopsin possessing <i>Croceitalea</i> sp. strains, isolated from the sea surface microlayer in Japan2024
- 著者名/発表者名
  Takada Mako、Jiang Chunqi、Sugai Youta、Hasegawa-Takano Masumi、Fujiwara Takayoshi、Tsukamoto Yuya、Nakajima Yu、Nishimura Yosuke、Yoshizawa Susumu
- 雑誌名
  
  Microbiology Resource Announcements
  
  巻: 13 号: 3
- DOI
  10.1128/mra.00038-24
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15089, KAKENHI-PROJECT-22KJ1110, KAKENHI-PROJECT-22KJ3197
[雑誌論文] DiGAlign: Versatile and Interactive Visualization of Sequence Alignment for Comparative Genomics2024
- 著者名/発表者名
  Nishimura Yosuke、Yamada Kohei、Okazaki Yusuke、Ogata Hiroyuki
- 雑誌名
  
  Ｍｉｃｒｏｂｅｓ　ａｎｄ　ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ
  
  巻: 39 号: 1 ページ: n/a
- DOI
  10.1264/jsme2.ME23061
- ISSN
  1342-6311, 1347-4405
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15089, KAKENHI-PROJECT-22K15182, KAKENHI-PUBLICLY-22H05714, KAKENHI-PROJECT-22H00384
[雑誌論文] Consensus statement from the first RdRp Summit: advancing RNA virus discovery at scale across communities2024
- 著者名/発表者名
  Charon J, Olendraite I, Forgia M, Chong LC, Hillary LS, Roux S, Kupczok A, Debat H, Sakaguchi S, Tahzima R, Nakagawa S, Babaian A, Abroi A, Bejerman N, Ben Mansour K, Brown K, Butkovic A, Cervera A, Charriat F, Chen G, Chiba Y, … Zrelovs N and Neri U
- 雑誌名
  
  Frontiers in Virology
  
  巻: 4 ページ: 1371958-1371958
- DOI
  10.3389/fviro.2024.1371958
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23KJ1995, KAKENHI-PUBLICLY-22H05714
[雑誌論文] Distinct groups of RNA viruses associated with thermoacidophilic bacteria2023
- 著者名/発表者名
  Urayama Syun-ichi、Fukudome Akihito、Hirai Miho、Okumura Tomoyo、Nishimura Yosuke、Takaki Yoshihiro、Kurosawa Norio、Koonin Eugene V.、Krupovic Mart、Nunoura Takuro
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: 2023.07.02 ページ: 547447-547447
- DOI
  10.1101/2023.07.02.547447
- オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05714
[雑誌論文] Light-driven Proton Pumps as a Potential Regulator for Carbon Fixation in Marine Diatoms2023
- 著者名/発表者名
  Yoshizawa Susumu、Azuma Tomonori、Kojima Keiichi、Inomura Keisuke、Hasegawa Masumi、Nishimura Yosuke、Kikuchi Masuzu、Armin Gabrielle、Tsukamoto Yuya、Miyashita Hideaki、Ifuku Kentaro、Yamano Takashi、Marchetti Adrian、Fukuzawa Hideya、Sudo Yuki、Kamikawa Ryoma
- 雑誌名
  
  Ｍｉｃｒｏｂｅｓ　ａｎｄ　ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ
  
  巻: 38 号: 2 ページ: n/a
- DOI
  10.1264/jsme2.ME23015
- ISSN
  1342-6311, 1347-4405
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15089, KAKENHI-PROJECT-22KJ3197, KAKENHI-PROJECT-21K19134, KAKENHI-PROJECT-21K19145, KAKENHI-PUBLICLY-21H05660, KAKENHI-PROJECT-19H03274, KAKENHI-PROJECT-21H02446
[雑誌論文] A blue-shifted anion channelrhodopsin from the Colpodellida alga Vitrella brassicaformis2023
- 著者名/発表者名
  Kojima Keiichi、Kawanishi Shiho、Nishimura Yosuke、Hasegawa Masumi、Nakao Shin、Nagata Yuya、Yoshizawa Susumu、Sudo Yuki
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 13 号: 1 ページ: 6974-6974
- DOI
  10.1038/s41598-023-34125-8
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K15054, KAKENHI-PROJECT-22K15089, KAKENHI-PROJECT-22KJ3197, KAKENHI-PROJECT-21H02446
[雑誌論文] Distribution and survival strategies of endemic and cosmopolitan diazotrophs in the Arctic Ocean2023
- 著者名/発表者名
  Shiozaki Takuhei、Nishimura Yosuke、Yoshizawa Susumu、Takami Hideto、Hamasaki Koji、Fujiwara Amane、Nishino Shigeto、Harada Naomi
- 雑誌名
  
  The ISME Journal
  
  巻: 17 号: 8 ページ: 1340-1350
- DOI
  10.1038/s41396-023-01424-x
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15089, KAKENHI-PUBLICLY-22H05714, KAKENHI-PROJECT-22H00557
[雑誌論文] Distribution and survival strategies of diazotrophs in the Arctic Ocean revealed by global-scale metagenomic analysis2022
- 著者名/発表者名
  Takuhei Shiozaki, Yosuke Nishimura, Susumu Yoshizawa, Hideto Takami, Koji Hamasaki, Amane Fujiwara, Shigeto Nishino, Naomi Harada
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: -
- DOI
  10.1101/2022.10.28.514325
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15089, KAKENHI-PUBLICLY-22H05714
[学会発表] RNAウイルスのゲノム複製を担う酵素RdRpの「特異な」進化2024
- 著者名/発表者名
  Yuto Chiba, Yosuke Nishimura
- 学会等名
  第18回日本ゲノム微生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05714
[学会発表] How to report the divided RdRps2023
- 著者名/発表者名
  Yuto Chiba, Yosuke Nishimura
- 学会等名
  The First RdRp Summit
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05714
[学会発表] 公共メタゲノムデータで土壌微生物ダークマターに光を当てる2023
- 著者名/発表者名
  西村陽介
- 学会等名
  第70回日本生態学会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05714
[学会発表] 地球環境に棲まうウイルス「ダークマター」の実態を公共メタゲノム・ビッグデータ解析で明らかにする2022
- 著者名/発表者名
  西村陽介
- 学会等名
  第45回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05714

1. 浦山俊一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
2. 小島慧一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

西村 陽介 Nishimura Yosuke

研究課題

研究成果

共同研究者

メタゲノムビッグデータで環境微生物が生み出した生合成ポテンシャルを理解する研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

全球規模のロドプシン情報基盤の開発ー光利用の環境特性の解明と応用利用に向けてー研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ウイルスを捉えて生物圏機能を根底から理解する―革新的メタゲノム解析技術の開発―研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Double-stranded RNA sequencing reveals distinct riboviruses associated with thermoacidophilic bacteria from hot springs in Japan2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Draft genome sequences of three rhodopsin possessing <i>Croceitalea</i> sp. strains, isolated from the sea surface microlayer in Japan2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] DiGAlign: Versatile and Interactive Visualization of Sequence Alignment for Comparative Genomics2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISSN

言語

データソース

[雑誌論文] Consensus statement from the first RdRp Summit: advancing RNA virus discovery at scale across communities2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Distinct groups of RNA viruses associated with thermoacidophilic bacteria2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Light-driven Proton Pumps as a Potential Regulator for Carbon Fixation in Marine Diatoms2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISSN

言語

データソース

[雑誌論文] A blue-shifted anion channelrhodopsin from the Colpodellida alga Vitrella brassicaformis2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Distribution and survival strategies of endemic and cosmopolitan diazotrophs in the Arctic Ocean2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Distribution and survival strategies of diazotrophs in the Arctic Ocean revealed by global-scale metagenomic analysis2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[学会発表] RNAウイルスのゲノム複製を担う酵素RdRpの「特異な」進化2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] How to report the divided RdRps2023

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] 公共メタゲノムデータで土壌微生物ダークマターに光を当てる2023

西村陽介 Nishimura Yosuke

[学会発表] 地球環境に棲まうウイルス「ダークマター」の実態を公共メタゲノム・ビッグデータ解析で明らかにする2022