久保田晋平 Kubota Shimpei

研究者番号	90808859
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 名古屋大学, 医学系研究科, 特任講師 2025年度: 北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 客員研究員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2025年度: 名古屋大学, 医学系研究科, 特任講師 2021年度 – 2023年度: 北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 特任講師 2020年度: 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 特任研究員
審査区分/研究分野	研究代表者小区分49030:実験病理学関連
キーワード	研究代表者システム生物学 / 組織透明化 / 病理学 / 神経免疫連関 / 全細胞解析 / システムズバイオロジー / 免疫学 / シングルセルバイオロジー / 癌転移 / がん転移 / がん微小環境 / 全身全細胞解析

全細胞解析によるがん間質不均一性の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  久保田晋平
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2029
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分49030:実験病理学関連
- 研究機関
  名古屋大学
微小炎症ネットワークの解明に資する全身全細胞解析技術の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  久保田晋平
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分49030:実験病理学関連
- 研究機関
  北海道大学
がんの三次元病理解析基盤の確立研究代表者
- 研究代表者
  
  久保田晋平
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2021
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分49030:実験病理学関連
- 研究機関
  北海道大学
   東京大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] シングルセル解析でなにがわかるか2020
- 著者名/発表者名
  久保田晋平　他多数
- 総ページ数
  200
- 出版者
  化学同人
- ISBN
  9784759817348
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K16212
[雑誌論文] Whole-Body and Whole-Organ 3D Imaging of Hypoxia Using an Activatable Covalent Fluorescent Probe Compatible with Tissue Clearing2024
- 著者名/発表者名
  Daichi M. Sakamoto; Iori Tamura; Bo Yi; Sho Hasegawa; Yutaro Saito; Naoki Yamada; Yoichi Takakusagi; Shimpei I. Kubota; Minoru Kobayashi; Hiroshi Harada; Kenjiro Hanaoka; Masayasu Taki; Masaomi Nangaku; Kazuki Tainaka; Shinsuke Sando
- 雑誌名
  
  ACS Nano
  
  巻: 18 号: 6 ページ: 5176-5179
- DOI
  10.1021/acsnano.3c12716
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18274, KAKENHI-PROJECT-21K16159, KAKENHI-PROJECT-22K15435, KAKENHI-PROJECT-21K07727, KAKENHI-PROJECT-21KK0144, KAKENHI-ORGANIZER-21H05258, KAKENHI-PLANNED-21H05262, KAKENHI-PROJECT-23K24198, KAKENHI-PROJECT-23K27304, KAKENHI-PROJECT-23K27546
[雑誌論文] Calcineurin inhibitor inhibits tolerance induction by suppressing terminal exhaustion of donor T cells after allo-HCT2023
- 著者名/発表者名
  Senjo Hajime、Harada Shinpei、Kubota Shimpei I.、Tanaka Yuki、Tateno Takahiro、Zhang Zixuan、Okada Satomi、Chen Xuanzhong、Kikuchi Ryo、Miyashita Naoki、Onozawa Masahiro、Goto Hideki、Endo Tomoyuki、Hasegawa Yuta、Ohigashi Hiroyuki、Ara Takahide、Hasegawa Yoshinori、Murakami Masaaki、Teshima Takanori、Hashimoto Daigo
- 雑誌名
  
  Blood
  
  巻: 142 号: 5 ページ: 477-492
- DOI
  10.1182/blood.2023019875
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18296, KAKENHI-PROJECT-21K16259, KAKENHI-PROJECT-22K15435, KAKENHI-PROJECT-23K14551, KAKENHI-PROJECT-21K08409, KAKENHI-PROJECT-20K17366, KAKENHI-PROJECT-20H00502, KAKENHI-PROJECT-23K21439
[雑誌論文] High-precision rapid testing of omicron SARS-CoV-2 variants in clinical samples using AI-nanopore2023
- 著者名/発表者名
  Murakami Kaoru、Kubota Shimpei I.、Tanaka Kumiko、Tanaka Hiroki、Akabane Keiichiroh、Suzuki Rigel、Shinohara Yuta、Takei Hiroyasu、Hashimoto Shigeru、Tanaka Yuki、Hojyo Shintaro、Sakamoto Osamu、Naono Norihiko、Takaai Takayui、（１０名省略）、Taniguchi Masateru、Murakami Masaaki
- 雑誌名
  
  Lab on a Chip
  
  巻: 23 号: 22 ページ: 4909-4918
- DOI
  10.1039/d3lc00572k
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15435, KAKENHI-PROJECT-23K14551, KAKENHI-PROJECT-22K07203, KAKENHI-PROJECT-20K15766, KAKENHI-PROJECT-20H00502, KAKENHI-PROJECT-23H00471
[雑誌論文] GM-CSF Promotes the Survival of Peripheral-Derived Myeloid Cells in the Central Nervous System for Pain-Induced Relapse of Neuroinflammation2023
- 著者名/発表者名
  Matsuyama Shiina、Yamamoto Reiji、Murakami Kaoru、Takahashi Nobuhiko、Nishi Rieko、Ishii Asuka、Nio Kobayashi Junko、Abe Nobuya、Tanaka Kumiko、Jiang Jing Jing、Kawamoto Tadafumi、Iwanaga Toshihiko、Shinohara Yuta、（４名省略）、Kubota Shimpei I、（４名省略）、Murakami Masaaki
- 雑誌名
  
  The Journal of Immunology
  
  巻: 211 号: 1 ページ: 34-42
- DOI
  10.4049/jimmunol.2200567
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15435, KAKENHI-PROJECT-23K14551, KAKENHI-PROJECT-22K07203, KAKENHI-PROJECT-21K06727, KAKENHI-PROJECT-21K07062, KAKENHI-PROJECT-21K07075, KAKENHI-PROJECT-20K15766, KAKENHI-PROJECT-20H00502
[雑誌論文] Computer model of IL-6-dependent rheumatoid arthritis in F759 mice2023
- 著者名/発表者名
  Yamamoto Reiji、Yamada Satoshi、Atsumi Toru、Murakami Kaoru、Hashimoto Ari、Naito Seiichiro、Tanaka Yuki、Ohki Izuru、Shinohara Yuta、Iwasaki Norimasa、Yoshimura Akihiko、Jiang Jing-Jing、Kamimura Daisuke、Hojyo Shintaro、Kubota Shimpei I、Hashimoto Shigeru、Murakami Masaaki
- 雑誌名
  
  International Immunology
  
  巻: 35 号: 9 ページ: 403-421
- DOI
  10.1093/intimm/dxad016
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15435, KAKENHI-PROJECT-23K14551, KAKENHI-PROJECT-22K06890, KAKENHI-PROJECT-22K07203, KAKENHI-PROJECT-21K12131, KAKENHI-PROJECT-20K15766, KAKENHI-PROJECT-20H00502
[雑誌論文] Combination therapy with bevacizumab and CCR2 inhibitor for women with ovarian cancer: in vivo validation study2023
- 著者名/発表者名
  Tianyue Zhai, Takashi Mitamura, Lei Wang, Shimpei I Kubota, Masaaki Murakami, Shinya Tanaka, Hidemichi Watari
- 雑誌名
  
  Cancer Medicine
  
  巻: - 号: 8 ページ: 9697-9708
- DOI
  10.1002/cam4.5674
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15435, KAKENHI-PROJECT-20H00502, KAKENHI-PROJECT-21K19364, KAKENHI-PROJECT-19H01171
[雑誌論文] Dupuytren's contracture-associated SNPs increase SFRP4 expression in nonimmune cells including fibroblasts to enhance inflammation development2023
- 著者名/発表者名
  Kida H, Jiang JJ, Matsui Y, Takahashi I, Hasebe R, Kawamura D, Endo T, Shibayama H, Kondoh M, Nishio Y, Nishida K, Matsuno Y, Oikawa T, Kubota S, Hojyo S, Iwasaki N, Hashimoto S, Tanaka Y, Murakami M.
- 雑誌名
  
  Int Immunol.
  
  巻: dxad004 号: 7 ページ: 303-312
- DOI
  10.1093/intimm/dxad004
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K07075, KAKENHI-PROJECT-22K07203, KAKENHI-PROJECT-22K15435, KAKENHI-PROJECT-20H00502, KAKENHI-PROJECT-21K19364, KAKENHI-PROJECT-23K14551
[雑誌論文] In situ Microinflammation Detection Using Gold Nanoclusters and a Tissue-clearing Method2023
- 著者名/発表者名
  Naim Fayrouz、Hasebe Rie、Hojyo Shintaro、Shichibu Yukatsu、Ishii Asuka、Tanaka Yuki、Tainaka Kazuki、Kubota Shimpei、Konishi Katsuaki、Murakami Masaaki
- 雑誌名
  
  BIO-PROTOCOL
  
  巻: 13 号: 7 ページ: 7-7
- DOI
  10.21769/bioprotoc.4644
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15435, KAKENHI-PROJECT-23K14551, KAKENHI-PROJECT-21K07062, KAKENHI-PROJECT-21K07075, KAKENHI-PROJECT-20H00502, KAKENHI-PROJECT-23K24198
[雑誌論文] Zoobiquity experiments show the importance of the local MMP9-plasminogen axis in inflammatory bowel diseases in both dogs and patients.2023
- 著者名/発表者名
  Takeshi Yamasaki, Noriyuki Nagata, Toru Atsumi, Rie Hasebe, Yuki Tanaka, Izuru Ohki, Shimpei Kubota, Yuta Shinohara, Yong Bin Teoh, Nozomu Yokoyama, Noboru Sasaki, Kensuke Nakamura, Hiroshi Ohta, Takehiko Katsurada, Yoshihiro Matsuno, Shintaro Hojyo, Shigeru Hashimoto, Mitsuyoshi Takiguchi, Masaaki Murakami.
- 雑誌名
  
  International immunology
  
  巻: - 号: 7 ページ: 313-326
- DOI
  10.1093/intimm/dxad006
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K07062, KAKENHI-PROJECT-21K07075, KAKENHI-PROJECT-22K15435, KAKENHI-PROJECT-20H00502, KAKENHI-PROJECT-20K06423, KAKENHI-PROJECT-21K19364, KAKENHI-PROJECT-23K14551, KAKENHI-PROJECT-22K07203, KAKENHI-PROJECT-20K15766
[雑誌論文] An analysis modality for vascular structures combining tissue-clearing technology and topological data analysis2022
- 著者名/発表者名
  Takahashi K, Abe K, Kubota SI, Fukatsu N, Morishita Y, Yoshimatsu Y, Satoshi Hirakawa, Yoshiaki Kubota, Tetsuro Watabe, Shogo Ehata, Hiroki R. Ueda, Teppei Shimamura, Kohei Miyazono
- 雑誌名
  
  Nature Communiactions
  
  巻: 13 号: 1 ページ: 5239-5239
- DOI
  10.1038/s41467-022-32848-2
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K07094, KAKENHI-PROJECT-22K15435, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-18H05270, KAKENHI-PROJECT-20H03851, KAKENHI-PROJECT-20H04281, KAKENHI-PROJECT-20K21832, KAKENHI-PUBLICLY-22H04839, KAKENHI-PLANNED-17H06326, KAKENHI-ORGANIZER-19H05794, KAKENHI-PROJECT-20H00513
[雑誌論文] A hybrid open-top light-sheet microscope for versatile multi-scale imaging of cleared tissues2022
- 著者名/発表者名
  Glaser AK, Bishop KW, Barner LA, Susaki EA , Kubota SI, ..., Huang H, Reder NP, Wilson JJ, Sivakumar R, Shamskhou E, Stoltzfus CR, Wei X, Hempton AK, Pende M, Murawala P, Dodt HU, Imaizumi T, Shendure J, Beliveau BJ, Gerner MY, Xin L, Zhao H, Tru LD, Reid RC, Chandrashekar J, Ueda HR, Svoboda K, Liu JTC
- 雑誌名
  
  Nature Methods
  
  巻: 19 号: 5 ページ: 613-619
- DOI
  10.1038/s41592-022-01468-5
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15435
[雑誌論文] Whole-organ analysis of TGF-β-mediated remodelling of the tumour microenvironment by tissue clearing.2021
- 著者名/発表者名
  Kubota SI, Takahashi K, Mano T, Matsumoto K, Katsumata T, Shi S, Tainaka K, Ueda HR, Ehata S, Miyazono K.
- 雑誌名
  
  Commun. Biol.
  
  巻: 4 号: 1 ページ: 294-294
- DOI
  10.1038/s42003-021-01786-y
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K21246, KAKENHI-PROJECT-15H05774, KAKENHI-PLANNED-17H06326, KAKENHI-PUBLICLY-20H04700, KAKENHI-PROJECT-18H02105, KAKENHI-PROJECT-18H02540, KAKENHI-PROJECT-19J13071, KAKENHI-PROJECT-20K16212, KAKENHI-ORGANIZER-17H06324, KAKENHI-PROJECT-19K16487, KAKENHI-PLANNED-20H05903
[雑誌論文] Heterogenous expression of endoglin marks advanced renal cancer with distinct tumor microenvironment fitness.2021
- 著者名/発表者名
  Yusaku Momoi, Jun Nishida, Kosuke Miyakuni, Masafumi Kuroda, Shimpei I Kubota, Kohei Miyazono, Shogo Ehata
- 雑誌名
  
  Cancer science
  
  巻: 112 号: 8 ページ: 3136-3149
- DOI
  10.1111/cas.15007
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K16212, KAKENHI-PROJECT-21J12321, KAKENHI-PROJECT-19K07684, KAKENHI-PLANNED-17H06326
[雑誌論文] Visualization of the cancer cell cycle by tissue-clearing technology using the Fucci reporter system.2021
- 著者名/発表者名
  Kei Takahashi, Ryo Tanabe, Shogo Ehata, Shimpei I Kubota, Yasuyuki Morishita, Hiroki R Ueda, Kohei Miyazono
- 雑誌名
  
  Cancer science
  
  巻: 112 号: 9 ページ: 3796-3809
- DOI
  10.1111/cas.15034
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K16212, KAKENHI-PROJECT-20H00513, KAKENHI-PLANNED-17H06326
[学会発表] 組織透明化技術を用いた三次元空間解析2023
- 著者名/発表者名
  久保田晋平
- 学会等名
  第一回北海道バイオ"Mix-up"
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15435
[学会発表] 組織透明化技術を用いた全細胞解析2023
- 著者名/発表者名
  久保田晋平
- 学会等名
  量子生命科学先端フォーラム2023 夏の研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15435
[学会発表] 組織透明化技術を基盤とした三次元病理学解析2022
- 著者名/発表者名
  久保田晋平
- 学会等名
  iSeminar
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15435
[学会発表] 光シート顕微鏡を用いた三次元病理学解析2022
- 著者名/発表者名
  久保田晋平、村上正晃
- 学会等名
  光シート顕微鏡ワークショップ
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15435
[学会発表] 組織透明化を用いたがん微小環境の全細胞解析2022
- 著者名/発表者名
  久保田晋平
- 学会等名
  遺伝子・デリバリー研究会第21回シンポジウム
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15435
[学会発表] がん組織不均一性に資する全身全細胞解析技術の構築2022
- 著者名/発表者名
  久保田晋平, 高橋恵生, 西田純, 江幡正悟, 田井中一貴, 上田泰己, 宮園浩平
- 学会等名
  第111回日本病理学会総会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15435
[学会発表] ゲートウェイ反射による組織特異的な炎症性疾患の誘導機構2022
- 著者名/発表者名
  久保田晋平、長谷部理絵、村上薫、田中勇希、村上正晃
- 学会等名
  第102回　北海道医学大会　病理分科会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15435
[学会発表] 組織透明化による一細胞解像度での病理学解析2022
- 著者名/発表者名
  久保田晋平
- 学会等名
  第81回日本癌学会学術総会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15435
[学会発表] 三次元病理解析に資する組織透明化手法の開発2021
- 著者名/発表者名
  久保田晋平、高橋恵生、田井中一貴、江幡正悟、上田泰己、宮園浩平
- 学会等名
  第110回日本病理学会総会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K16212
[学会発表] Whole-organ quantitative analysis of the tumor microenvironment by tissue clearing2021
- 著者名/発表者名
  Kubota Shimpei I.、Takahashi Kei、Mano Tomoyuki、Matsumoto Katsuhiko、Katsumata Takahiro、Shi Shoi、Tainaka Kazuki、Ueda Hiroki R.、Ehata Shogo、Miyazono Kohei
- 学会等名
  第93回日本薬理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K16212
[学会発表] Whole-organ quantitative analysis of cancer metastasis with single cell resolution2020
- 著者名/発表者名
  Kubota Shimpei I.、Takahashi Kei、Nishida Jun、Ehata Shogo、Miyazono Kohei
- 学会等名
  第79回日本癌学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K16212

1. 長谷部理絵

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
2. 田井中一貴

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
3. 豊嶋崇徳

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
4. 原田浩

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
5. 小林稔

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
6. 吉松康裕

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
7. 北條慎太郎

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

久保田 晋平 Kubota Shimpei

研究課題

研究成果

共同研究者

全細胞解析によるがん間質不均一性の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

微小炎症ネットワークの解明に資する全身全細胞解析技術の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

がんの三次元病理解析基盤の確立研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[図書] シングルセル解析でなにがわかるか2020

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

ISBN

データソース

[雑誌論文] Whole-Body and Whole-Organ 3D Imaging of Hypoxia Using an Activatable Covalent Fluorescent Probe Compatible with Tissue Clearing2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Calcineurin inhibitor inhibits tolerance induction by suppressing terminal exhaustion of donor T cells after allo-HCT2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] High-precision rapid testing of omicron SARS-CoV-2 variants in clinical samples using AI-nanopore2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] GM-CSF Promotes the Survival of Peripheral-Derived Myeloid Cells in the Central Nervous System for Pain-Induced Relapse of Neuroinflammation2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Computer model of IL-6-dependent rheumatoid arthritis in F759 mice2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Combination therapy with bevacizumab and CCR2 inhibitor for women with ovarian cancer: in vivo validation study2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Dupuytren's contracture-associated SNPs increase SFRP4 expression in nonimmune cells including fibroblasts to enhance inflammation development2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] In situ Microinflammation Detection Using Gold Nanoclusters and a Tissue-clearing Method2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Zoobiquity experiments show the importance of the local MMP9-plasminogen axis in inflammatory bowel diseases in both dogs and patients.2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] An analysis modality for vascular structures combining tissue-clearing technology and topological data analysis2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] A hybrid open-top light-sheet microscope for versatile multi-scale imaging of cleared tissues2022

著者名/発表者名

久保田晋平 Kubota Shimpei

[学会発表] ゲートウェイ反射による組織特異的な炎症性疾患の誘導機構2022