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Shimizu Yugo  清水 祐吾

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清水 祐吾  シミズ ユウゴ

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Researcher Number 00809006
Other IDs
Affiliation (Current) 2026: 国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, 研究員
Affiliation (based on the past Project Information) *help 2023 – 2024: 国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, 研究員
2022: 慶應義塾大学, 薬学部(芝共立), 特任助教
Review Section/Research Field
Principal Investigator
Basic Section 47010:Pharmaceutical chemistry and drug development sciences-related
Keywords
Principal Investigator
計算科学 / 阻害活性評価 / データ均衡化 / 分子ドッキング / PPI阻害 / 構造フィルタリング / 構造発生AI / AI創薬 / データベース / タンパク質間相互作用標的 / 深層学習 / 機械学習 / 合成中分子
  • Research Projects

    (1 results)
  • Research Products

    (23 results)
  •  Development of an artificial intelligence-based drug discovery technique for mid-sized molecules targeting new protein–protein interactionPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      清水 祐吾
    • Project Period (FY)
      2022 – 2025
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
    • Review Section
      Basic Section 47010:Pharmaceutical chemistry and drug development sciences-related
    • Research Institution
      Institute of Physical and Chemical Research
      Keio University

All 2025 2024 2023 2022

All Journal Article Presentation Book

  • [Book] 革新的AI創薬 : 医療ビッグデータ、人工知能がもたらす創薬研究の未来像 第2章 第5節 AI創薬における適切な学習データとは?2022

    • Author(s)
      清水祐吾、米澤朋起、池田和由
    • Total Pages
      9
    • Publisher
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      9784860437886
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Journal Article] DLiP-PPI library: An integrated chemical database of small-to-medium-sized molecules targeting protein?protein interactions2023

    • Author(s)
      Ikeda Kazuyoshi、Maezawa Yuta、Yonezawa Tomoki、Shimizu Yugo、Tashiro Toshiyuki、Kanai Satoru、Sugaya Nobuyoshi、Masuda Yoshiaki、Inoue Naoko、Niimi Tatsuya、Masuya Keiichi、Mizuguchi Kenji、Furuya Toshio、Osawa Masanori
    • Journal Title

      Frontiers in Chemistry

      Volume: 10 Pages: 1-9

    • DOI

      10.3389/fchem.2022.1090643

    • Peer Reviewed / Open Access
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258, KAKENHI-PROJECT-21H02618, KAKENHI-PROJECT-23K24323
  • [Journal Article] Applying deep learning to iterative screening of medium-sized molecules for protein-protein interaction-targeted drug discovery2023

    • Author(s)
      Yugo Shimizu、Tomoki Yonezawa、Yu Bao、Junichi Sakamoto、Mariko Yokogawa、Toshio Furuya、Masanori Osawa、Kazuyoshi Ikeda
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 59 Issue: 44 Pages: 6722-6725

    • DOI

      10.1039/d3cc01283b

    • Peer Reviewed / Open Access
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258, KAKENHI-PROJECT-21K06494, KAKENHI-PROJECT-21H02618, KAKENHI-PROJECT-23K24323
  • [Presentation] PFK1阻害剤探索を目的としたハイスループットスクリーニングにおけるiterative screeningの検証2025

    • Author(s)
      佐藤 朋広、松岡 聖二、清水 祐吾、出井 晶子、池田 和由、本間 光貴
    • Organizer
      日本薬学会第145年会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] From Hits to Drugs: AI Applications in Multi-Objective Structure Development2025

    • Author(s)
      Kazuyoshi Ikeda, Tomoki Yonezawa, Masateru Ohta, Shoichi Ishida, Yugo Shimizu, Kei Terayama, Teruki Honma
    • Organizer
      The 7th R-CCS International Symposium
    • Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] Discovery of the Middle-sized Compounds Inhibiting the SARS-CoV-2 Viral Entry, Using in Silico Approach and NMR Analysis2024

    • Author(s)
      Mariko Yokogawa, Shunki Kaneichi, Mahoro Horiuchi, Taiga Otake, Tomoki Yonezawa, Yugo Shimizu, Kazuyoshi Ikeda, Yuichiro Yamamoto, Shota Sakai, Yoshimi Shimizu, Kohji Noguchi, Masayoshi Fukasawa, Mitsuhiko Ikura, Masanori Osawa
    • Organizer
      The 30th International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] 生成された化学構造に対するフィルタリングの検討2024

    • Author(s)
      幸瞳、清水祐吾、池田和由、本間光貴
    • Organizer
      第15回スクリーニング学研究会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] 創薬に関わる特許情報を利用した構造発生AIの構築2024

    • Author(s)
      清水祐吾、大田雅照、石田祥一、寺山慧、大澤匡範、本間光貴、池田和由
    • Organizer
      第15回スクリーニング学研究会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] 新規Keap1-Nrf2タンパク質間相互作用阻害剤とKeap1結合の構造基盤2024

    • Author(s)
      小島行人、石田英子、原田彩佳、米澤朋起、清水祐吾、池田和由、横川真梨子、大澤匡範
    • Organizer
      第21回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] 生成された化学構造に対するフィルタリングの検討2024

    • Author(s)
      幸瞳、清水祐吾、池田和由、本間光貴
    • Organizer
      日本薬学会第144年会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] Generative AI for molecule generation in drug discovery using open patent data2024

    • Author(s)
      Yugo Shimizu, Masateru Ohta, Shoichi Ishida, Kei Terayama, Masanori Osawa, Teruki Honma, Kazuyoshi Ikeda
    • Organizer
      The 6th R-CCS International Symposium
    • Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] 医薬品特許情報を活用したAIによる分子構造発生手法の開発2024

    • Author(s)
      清水祐吾、大田雅照、石田祥一、寺山慧、大澤匡範、本間光貴、池田和由
    • Organizer
      第52回構造活性相関シンポジウム
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] hACE2に結合してSARS-CoV-2の侵入を阻害する化合物の創製2023

    • Author(s)
      横川真梨子、堀内まほろ、金一駿希、大竹帝河、米澤朋起、清水祐吾、池田和由、山本雄一朗、酒井祥太、野口耕司、深澤征義、大澤匡範
    • Organizer
      第62回NMR討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] HBV PreS1/NTCP相互作用に対する阻害剤簡易スクリーニング系の構築2023

    • Author(s)
      堀渕慶太、入間田早瑛、山本雄一朗、横川真梨子、清水祐吾、米澤朋起、池田和由、浅見仁太、清水敏之、大戸梅治、深澤征義、大澤匡範、野口耕司
    • Organizer
      第67回日本薬学会関東支部大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] COVID-19の原因となるタンパク質-タンパク質相互作用を標的とする合成中分子阻害剤のインシリコスクリーニング2023

    • Author(s)
      米澤朋起、清水祐吾、池田和由、山本雄一朗、野口耕司、酒井祥太、深澤征義、横川真梨子、大澤匡範
    • Organizer
      日本薬学会第143年会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] Establishment of a simple screening system targeting hepatitis B preS1 and NTCP interaction2023

    • Author(s)
      Yuichiro Yamamoto、Keita Horibuchi、Sae Irimata、Masayoshi Fukasawa、Mariko Yokogawa、Yugo Shimizu、Tomoki Yonezawa、Kazuyoshi Ikeda、Jinta Asami、Toshiyuki Shimizu、Umeharu Ohto、Masanori Osawa、Kohji Noguchi
    • Organizer
      第82回日本癌学会学術総会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] NMR解析により得られたKeap1-Nrf2のPPI阻害化合物のKeap1結合の構造基盤2023

    • Author(s)
      小島行人、石田英子、原田彩佳、米澤朋起、清水祐吾、池田和由、横川真梨子、大澤匡範
    • Organizer
      第62回NMR討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] タンパク質-タンパク質相互作用をターゲットとした感染阻害大環状物質の探索と構造活性相関解析2023

    • Author(s)
      米澤朋起、清水祐吾、池田和由、山本雄一朗、野口耕司、酒井祥太、深澤征義、横川真梨子、大澤匡範
    • Organizer
      第51回構造活性相関シンポジウム
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] Discovery of the middle-sized compounds inhibiting the SARS-CoV-2 viral entry, using in silico approach and NMR analysis2023

    • Author(s)
      Mariko Yokogawa、Mahoro Horiuchi、Shunki Kaneichi、Taiga Otake、Tomoki Yonezawa、Yugo Shimizu、Kazuyoshi Ikeda、Yuichiro Yamamoto、Shota Sakai、Kohji Noguchi、Masayoshi Fukasawa、Masanori Osawa
    • Organizer
      CBI学会2023年大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] NMRを活用したSARS-CoV-2スパイクタンパク質とhACE2の相互作用を標的とするSARS-CoV-2侵入阻害化合物の分子設計2023

    • Author(s)
      横川真梨子、堀内まほろ、金一駿希、大竹帝河、米澤朋起、清水祐吾、池田和由、山本雄一朗、酒井祥太、野口耕司、深澤征義、大澤匡範
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] SARS-CoV-2スパイクタンパク質に結合してSARS-CoV-2の侵入を阻害する化合物の創製2023

    • Author(s)
      金一駿希、横川真梨子、堀内まほろ、大竹帝河、米澤朋起、清水祐吾、池田和由、山本雄一朗、酒井祥太、野口耕司、深澤征義、大澤匡範
    • Organizer
      第62回NMR討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] Structural basis of the inhibition of the Keap1-Nrf2 interaction by novel PPI inhibitors discovered by machine learning2023

    • Author(s)
      Koujin Kojima、Hanako Ishida、Ayaka Harada、Tomoki Yonezawa、Yugo Shimizu、Kazuyoshi Ikeda、Mariko Yokogawa、Masanori Osawa
    • Organizer
      CBI学会2023年大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258
  • [Presentation] 公共データを用いたAIモデルの中分子創薬への応用2022

    • Author(s)
      清水祐吾
    • Organizer
      CBI学会2022年大会
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22K15258

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