Kitamura Yukichi 北村勇吉

Researcher Number	00855702
Other IDs
Affiliation (Current)	2025: 静岡大学, 工学部, 助教
Affiliation (based on the past Project Information) *help	2021 – 2024: 静岡大学, 工学部, 助教
Review Section/Research Field	Principal Investigator Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related Except Principal Investigator Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related
Keywords	Principal Investigator ソルバトクロミズムシフト / 構造機能相関 / 量子化学的記述子 / アンサンブル学習器 / 分光スペクトル解析 Except Principal Investigator アンサンブルMD法 / pH依存性運搬ペプチド / データ科学 / 配置選択定pH法 / 時系列クラスタリング … More / 蛋白質機能調節 / ph, 分子夾雑状態 / pH, 分子夾雑状態 / ph / ビッグデータ解析 / 分子夾雑系 / 配置選択定ｐH 法 / 運動樹法 / Motion Tree method / 分子夾雑状態 / pH / 時系列クラスタリング解析 / ビックデータ解析 / Motion Tree 法 / 夾雑状態分子物性 / 定pH法 / 分子シミュレーション Less

Development and spectral analysis of an ensemble machine learning model using quantum chemical descriptorsPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  北村勇吉
- Project Period (FY)
  2023 – 2025
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Review Section
  
  Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related
- Research Institution
  Shizuoka University
pHや共溶質濃度の変化による蛋白質機能調節の機構解明:計算化学とデータ科学の融合
- Principal Investigator
  
  長岡正隆
- Project Period (FY)
  2022 – 2024
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- Review Section
  
  Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related
- Research Institution
  Nagoya University
Integration of Data Science and Computational Chemistry in pH-Dependent Environments
- Principal Investigator
  
  Nagaoka Masataka
- Project Period (FY)
  2019 – 2021
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- Review Section
  
  Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related
- Research Institution
  Nagoya University

All 2024 2023 2022 2021 2020 2019

All Journal Article Presentation

[Journal Article] Histidine Protonation States Regulate the State Transition from R State Hemoglobin2024
- Author(s)
  Yotsuya Haruka、Tanaka Miho、Kitamura Yukichi、Nagaoka Masataka
- Journal Title
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  Volume: 128 Issue: 12 Pages: 2853-2863
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.3c07146
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K04678, KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Journal Article] Theoretical prediction of pH-dependent electronic spectra in aqueous solution: A combinational application of QM/MM calculations and constant-pH simulations with configuration-selection scheme2022
- Author(s)
  Bistafa Carlos、Kitamura Yukichi、Nagaoka Masataka
- Journal Title
  
  Chemical Physics Letters
  
  Volume: 798 Pages: 139624-139624
- DOI
  10.1016/j.cplett.2022.139624
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673, KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Journal Article] Chloride Ions Stabilize Human Adult Hemoglobin in the T-State, Competing with Allosteric Interaction of Oxygen Molecules2021
- Author(s)
  Kurisaki Ikuo、Takahashi Yume、Kitamura Yukichi、Nagaoka Masataka
- Journal Title
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  Volume: 125 Issue: 46 Pages: 12670-12677
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.1c07520
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Journal Article] Data Scientific Study on Allosteric Regulation of Hemoglobin -The Role of Chloride Ion in Quaternary Structural Change-2021
- Author(s)
  TANAKA Miho、TAKAHASHI Yume、TAKAMI Kei、KITAMURA Yukichi、NAGAOKA Masataka
- Journal Title
  
  J. Comput. Chem. Jpn.
  
  Volume: 20 Issue: 3 Pages: 97-99
- DOI
  10.2477/jccj.2021-0045
- NAID
  130008122391
- ISSN
  1347-1767, 1347-3824
- Language
  Japanese
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Journal Article] A Constant-pH Hybrid Monte Carlo Method with a Configuration-Selection Scheme Using the Zero Energy Difference Condition: Elucidation of Molecular Diffusivity Correlated with a pH-Dependent Solvation Shell2021
- Author(s)
  Kitamura Yukichi、Nagaoka Masataka
- Journal Title
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  Volume: 17 Issue: 2 Pages: 1030-1044
- DOI
  10.1021/acs.jctc.0c00939
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Journal Article] Performance Research of Clustering Methods for Detecting State Transition Trajectories in Hemoglobin2020
- Author(s)
  TAKAMI Kei、KITAMURA Yukichi、NAGAOKA Masataka
- Journal Title
  
  J. Comput. Chem. Jpn.
  
  Volume: 19 Issue: 4 Pages: 154-157
- DOI
  10.2477/jccj.2021-0014
- NAID
  130008024188
- ISSN
  1347-1767, 1347-3824
- Language
  English
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Journal Article] Vibrational Spectroscopy in Solution through Perturbative ab Initio Molecular Dynamics Simulations2019
- Author(s)
  Bistafa Carlos、Kitamura Yukichi、Martins-Costa Marilia T. C.、Nagaoka Masataka、Ruiz-L?pez Manuel F.
- Journal Title
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  Volume: 15 Issue: 8 Pages: 4615-4622
- DOI
  10.1021/acs.jctc.9b00362
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドのpH依存性予測2024
- Author(s)
  稲垣風花, 北村勇吉, 四谷悠, 長岡正隆
- Organizer
  日本化学会第104春季年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[Presentation] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドのpH依存性予測2024
- Author(s)
  稲垣風花、北村勇吉、四谷悠、長岡正隆
- Organizer
  日本化学会第104春季年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Presentation] Consideration of the Bohr Effect Based on pH-Responsive Conformational Changes in Human Adult Hemoglobin2024
- Author(s)
  Haruka Yotsuya, Yukichi Kitamura, Masataka Nagaoka
- Organizer
  研究会「凝縮系の理論化学2024」
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[Presentation] ヘモグロビンの構造安定性と構造間遷移に対するpH 依存性2023
- Author(s)
  四谷悠、北村勇吉、長岡正隆
- Organizer
  第37回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Presentation] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドの立体配座が持つpH依存性の解明2023
- Author(s)
  稲垣風花、北村勇吉、四谷悠、長岡正隆
- Organizer
  第37回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Presentation] Histidine Protonation State Regulates the Structural Stability of R state Hemoglobin2023
- Author(s)
  H. Yotsuya, M. Tanaka, Y. Kitamura, M. Nagaoka
- Organizer
  The 10th Conference of the Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists (APCTCC-10)
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Presentation] Structural regulation of hemoglobin by the histidine protonation state depending on pH: a theoretical analysis2023
- Author(s)
  Haruka Yotsuya, Yukichi Kitamura, Masataka Nagaoka
- Organizer
  The 5th conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC)
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[Presentation] Theoretical analysis toward better description of the frequency shifts of the OH stretch of hydrogen-bonded water2023
- Author(s)
  Y. Kitamura, H. Torii
- Organizer
  Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists (APCTCC-10)
- Invited / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Presentation] 金属腐食抑制性能の予想のための機械学習モデル構築の方法2023
- Author(s)
  高井洋子, 伊藤勝仁, 北村勇吉
- Organizer
  第46回ケモインフォマティクス討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[Presentation] ヒスチジン残基のプロトン化状態がヘモグロビンに及ぼす構造安定化効果：理論的解析2023
- Author(s)
  四谷悠、田中美帆、北村勇吉、長岡正隆
- Organizer
  第17回分子科学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Presentation] 振動分光予測モデルにおける記述子の静電ポテンシャルマップに基づく構築2023
- Author(s)
  北村勇吉, 鳥居肇
- Organizer
  第46回ケモインフォマティクス討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[Presentation] 振動分光スペクトル解析のための理論化学的手法の開発および機械学習モデルの検討2023
- Author(s)
  北村勇吉
- Organizer
  第45回溶液化学シンポジウム・プレシンポジウム
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[Presentation] Histidine Protonation State Regulates the Structural Stability of R state Hemoglobin2023
- Author(s)
  H. Yotsuya, M. Tanaka, Y. Kitamura, M. Nagaoka
- Organizer
  Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists (APCTCC-10)
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Presentation] ヘモグロビンの構造安定性と構造間遷移に対するpH依存性2023
- Author(s)
  四谷悠, 北村勇吉, 長岡正隆
- Organizer
  第37回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[Presentation] 機械学習による振動分光予測モデルにおける記述子構築方法の検討2023
- Author(s)
  北村勇吉, 鳥居肇
- Organizer
  第45回溶液化学シンポジウム
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[Presentation] Structural regulation of hemoglobin by the histidine protonation state depending on pH: a theoretical analysis2023
- Author(s)
  H. Yotsuya, M. Tanaka, Y. Kitamura, M. Nagaoka
- Organizer
  TACC2023
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Presentation] プロトン化部位を有するペプチドのpHに依存した立体配座変化：固定プロトン化状態による分子動力学計算と配置選択定pH法の比較2023
- Author(s)
  稲垣風花、四谷悠、北村勇吉、長岡正隆
- Organizer
  第17回分子科学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Presentation] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドの立体配座が持つpH依存性の解明2023
- Author(s)
  稲垣風花, 北村勇吉, 四谷悠, 長岡正隆
- Organizer
  第37回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[Presentation] GPU版配置選択pH(CS-CpH)法の開発とその応用2022
- Author(s)
  稲垣風花、四谷悠、北村勇吉、長岡正隆
- Organizer
  第36回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Presentation] R状態ヒト成人ヘモグロビンに及ぼすヒスチジン残基プロトン化の構造安定化効果2022
- Author(s)
  四谷悠、田中美帆、北村勇吉、長岡正隆
- Organizer
  第12回CSJ化学フェスタ2022
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Presentation] Chloride's Allosteric Regulation of Hemoglobin by Time Series Clustering Method2022
- Author(s)
  Y. Kitamura, M. Nagaoka
- Organizer
  12th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists(WATOC2020)
- Invited / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Presentation] ヒスチジン残基のプロトン化状態が決定するR状態ヘモグロビンの構造安定性2022
- Author(s)
  四谷悠、田中美帆、北村勇吉、長岡正隆
- Organizer
  第24回理論化学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Presentation] R状態ヘモグロビンに及ぼすサブユニット間相互作用の構造安定化効果2022
- Author(s)
  四谷悠、田中美帆、北村勇吉、長岡正隆
- Organizer
  第16回分子科学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[Presentation] ヘモグロビンのアロステリック制御に関するデータ科学的研究 -四次構造遷移に伴うサブユニット界面構造の解析-2021
- Author(s)
  田中美帆，高橋由芽，高見慧，四谷悠，北村勇吉，長岡正隆
- Organizer
  第35回分子シミュレーション討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] ヘモグロビンのアロステリック制御に関する時系列解析：T 状態安定化に対する塩素イオンの役割2021
- Author(s)
  田中美帆，高橋由芽，高見慧，北村勇吉，長岡正隆
- Organizer
  第23回理論化学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] 配置選択スキームによる定 pH ハイブリッド MC 法の開発：振動・電子遷移スペクトルへの応用2021
- Author(s)
  北村勇吉, Carlos Bistafa, 長岡正隆
- Organizer
  第23回理論化学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] ヘモグロビンのアロステリック制御に関する統計解析: T状態安定化に対する塩素イオンの役割2021
- Author(s)
  田中美帆，高橋由芽，高見慧，北村勇吉，長岡正隆
- Organizer
  日本コンピュータ化学会2021年春季年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] 時系列クラスタリング法によるヘモグロビンタンパク質内部への酸素分子進入過程の解析2021
- Author(s)
  北村勇吉，高見慧，長岡正隆
- Organizer
  日本コンピュータ化学会2021年春季年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] Time series analysis of allosteric regulation of hemoglobin: Role of chloride ion on T-state stabilization2021
- Author(s)
  M. Tanaka, Y. Takahashi, Y. Kitamura, M. Nagaoka
- Organizer
  Pacifichem2020
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] ヒトヘモグロビンのアロステリックなT-R遷移過程の多様性：主成分分析およびMotion Tree法の適用2020
- Author(s)
  北村勇吉，鈴木謙太郎，長岡正隆
- Organizer
  日本化学会第100春季年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] ヒト成人ヘモグロビンのT-R状態間遷移における多様な立体構造変化過程：時系列クラスタリング法によるデータ解析の適用2020
- Author(s)
  高見慧、北村勇吉、長岡正隆
- Organizer
  分子科学討論会オンライン討論会2020
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] ヒト成人ヘモグロビンのT-R状態間立体構造変化に対する進入酸素分子群の役割2020
- Author(s)
  高見慧、北村勇吉、長岡正隆
- Organizer
  日本コンピュータ化学会2020年秋季年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] ヘモグロビンのアロステリック制御における塩素イオンの役割に関する理論的研究2019
- Author(s)
  高橋由芽，栗崎以久男，鈴木謙太郎，北村勇吉，長岡正隆
- Organizer
  第13回分子科学討論会名古屋 2019
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] Motion Tree法によるヒトヘモグロビンのアロステリックなT-R遷移過程の理論的研究2019
- Author(s)
  鈴木謙太郎，北村勇吉，高橋由芽，高柳昌芳，栗崎以久男，長岡正隆
- Organizer
  第13回分子科学討論会名古屋 2019
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] 自由エネルギー面探索：溶液中の自由エネルギー最適化と振動数解析2019
- Author(s)
  北村勇吉
- Organizer
  重点課題5第2回若手勉強会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] 水和アルミニウム錯体系での多段階プロトン化と水和数変化：量子力学法に基づいた定pH法の開発2019
- Author(s)
  北村勇吉，吉田正一，長岡正隆
- Organizer
  第22回理論化学討論会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] 化学反応エルゴードグラフィに向けた自由エネルギー面探索：溶液中の構造最適化と振動解析2019
- Author(s)
  北村勇吉
- Organizer
  化学反応経路探索のニューフロンティア（SRPS2019）
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[Presentation] Theoretical Study on the Role of Chloride Ion in Allosteric Regulation of Hemoglobin2019
- Author(s)
  Y. Takahashi, K. Suzuki, Y. Kitamura, I. Kurisaki, M. Nagaoka
- Organizer
  二国間交流事業共同研究「データ科学で強化された計算分子技術の日米共同研究：複合生体分子系の機能の解明」
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H02673

1. Nagaoka Masataka (50201679)

# of Collaborated Projects: 2 results

# of Collaborated Products: 30 results
2. 小池亮太郎 (20381577)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 0 results

Kitamura Yukichi 北村 勇吉

Research Projects

Research Products

Co-Researchers

Development and spectral analysis of an ensemble machine learning model using quantum chemical descriptorsPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

pHや共溶質濃度の変化による蛋白質機能調節の機構解明:計算化学とデータ科学の融合

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

Integration of Data Science and Computational Chemistry in pH-Dependent Environments

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

[Journal Article] Histidine Protonation States Regulate the State Transition from R State Hemoglobin2024

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Theoretical prediction of pH-dependent electronic spectra in aqueous solution: A combinational application of QM/MM calculations and constant-pH simulations with configuration-selection scheme2022

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Chloride Ions Stabilize Human Adult Hemoglobin in the T-State, Competing with Allosteric Interaction of Oxygen Molecules2021

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Data Scientific Study on Allosteric Regulation of Hemoglobin -The Role of Chloride Ion in Quaternary Structural Change-2021

Author(s)

Journal Title

DOI

NAID

ISSN

Language

Data Source

[Journal Article] A Constant-pH Hybrid Monte Carlo Method with a Configuration-Selection Scheme Using the Zero Energy Difference Condition: Elucidation of Molecular Diffusivity Correlated with a pH-Dependent Solvation Shell2021

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Performance Research of Clustering Methods for Detecting State Transition Trajectories in Hemoglobin2020

Author(s)

Journal Title

DOI

NAID

ISSN

Language

Data Source

[Journal Article] Vibrational Spectroscopy in Solution through Perturbative ab Initio Molecular Dynamics Simulations2019

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Presentation] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドのpH依存性予測2024

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドのpH依存性予測2024

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] Consideration of the Bohr Effect Based on pH-Responsive Conformational Changes in Human Adult Hemoglobin2024

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] ヘモグロビンの構造安定性と構造間遷移に対するpH 依存性2023

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドの 立体配座が持つpH依存性の解明2023

Kitamura Yukichi 北村勇吉

[Presentation] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドの立体配座が持つpH依存性の解明2023

[Presentation] 金属腐食抑制性能の予想のための機械学習モデル構築の方法2023