SAKAI Yoshifumi 酒井義文

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酒井義文サカイヨシフミ

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Researcher Number	10277361
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Affiliation (Current)	2025: 東北大学, 農学研究科, 准教授
Affiliation (based on the past Project Information) *help	2023: 東北大学, 農学研究科, 准教授 2016 – 2020: 東北大学, 農学研究科, 准教授 2012 – 2016: 東北大学, (連合)農学研究科(研究院), 准教授 2015: 東北大学, 大学院農学研究, 准教授 2010 – 2012: 東北大学, 大学院・農学研究科, 准教授 … More 2007: 東北大学, 大学院・農学研究科, 准教授 2006: 東北大学, 大学院農学研究科, 助教授 2004 – 2005: 東北大学, 大学院・農学研究科, 助教授 Less
Review Section/Research Field	Principal Investigator Basic Section 60010:Theory of informatics-related / Fundamental theory of informatics Except Principal Investigator Aquatic life science / Aquatic bioproduction science / Science and Engineering
Keywords	Principal Investigator アルゴリズム / 共通部分列 / 最大和断片 / 数値列 / 極大共通部分列 / 文字列 / 列挙 / 文字列比較 / アルゴリズム理論 Except Principal Investigator 水産学 … More / 発生・分化 / 左右非対称性形成 / 変態 / 水産増養殖 / 発生 / 異体類 / トランスクリプトーム解析 / 発現制御 / 骨異常 / 体色異常 / 時計遺伝子 / 概日リズム / 分子制御機構 / 左右差形成 / 色素前駆細胞 / カレイ類 / バイオテクノロジー / シグナル伝達 / 遺伝子 / RNA-Seq / レチノイン酸 / 色素胞分化 / 左右非対称 / 性格 / トラフグ / 多型 / 脳機能 / 繰り返し配列 / 魚類 / メダカ / ゲノム情報 / 多型性 / 逃避行動 / 遺伝子発現 / 高温耐性 / 福島県 / クローンギンブナ / 発現遺伝子 / サケ / ギンブナ / DNA / 放射線 / 淡水魚 / ヤマメ / 雌性発生二倍体 / Cyt b　領域 / D-loop領域 / 福島第一原発事故 / 雌性発生 / クローン / メラノマクロファージ / ミトコンドリアDNA / 突然変異 / 血液性状 / 放射性セシウム / しきい値回路 / 計算量 / 計算学習理論 / ブースティング / 下界 / 回路計算量 / 検索エンジン / 最長共通部分列問題 / ランダムプロジェクション / 否定数限定複雑さ / 多階層関係追加モデル / 最長共通増加部分列問題 / 読捨てコンテンツ更新問題 / オンラインオークション / オンライン予測 / 描画列挙 / フーリエ解析 / エネルギー複雑度 / 閾値回路 / 最長共通部分配列問題 / 表現の複雑さ / オンラインアルゴリズム Less

多重文字列の極大共通部分列列挙に関する研究Principal Investigator
- Principal Investigator
  
  酒井義文
- Project Period (FY)
  2023 – 2025
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Review Section
  
  Basic Section 60010:Theory of informatics-related
- Research Institution
  Tohoku University
変態発生制御のシグナル回路と形態異常感受性に関する研究
- Principal Investigator
  
  鈴木徹
- Project Period (FY)
  2017 – 2020
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- Research Field
  
  Aquatic life science
- Research Institution
  Tohoku University
Approach to molecular system controlling left-right asymmetry of flatfish body color using next generation techniques
- Principal Investigator
  
  SUZUKI Tohru
- Project Period (FY)
  2014 – 2016
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- Research Field
  
  Aquatic life science
- Research Institution
  Tohoku University
The genetic effect of long period expose of radioactive materials on fishes
- Principal Investigator
  
  Nakajima Masamichi
- Project Period (FY)
  2013 – 2016
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
- Research Field
  
  Aquatic bioproduction science
- Research Institution
  Tohoku University
Trial to identify genes related with fish characters using bioinformatics and genome database
- Principal Investigator
  
  Suzuki Tohru
- Project Period (FY)
  2013 – 2015
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
- Research Field
  
  Aquatic bioproduction science
- Research Institution
  Tohoku University
A study on preprocessing for time-efficiently aligning sequencesPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  SAKAI Yoshifumi
- Project Period (FY)
  2010 – 2012
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Research Field
  
  Fundamental theory of informatics
- Research Institution
  Tohoku University
オンライン予測の手法を用いた意思決定モデルに関する研究
- Principal Investigator
  
  瀧本英二
- Project Period (FY)
  2004 – 2007
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- Review Section
  
  Science and Engineering
- Research Institution
  Tohoku University

All 2024 2023 2017 2016 2015 2013 2012 2011 2010 2007 2006 2005 Other

All Journal Article Presentation

[Journal Article] Transcriptome analysis of vertebral bone in the flounder, Paralichthys olivaceus (Teleostei, Pleuronectiformes), using Illumina sequencing.2015
- Author(s)
  Ibaraki H, Wu X, Uji S, Yokoi H, Sakai Y and Suzuki T
- Journal Title
  
  Mar Genomics
  
  Volume: 24 Pages: 269-276
- DOI
  10.1016/j.margen.2015.09.009
- Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K07571, KAKENHI-PROJECT-26292110
[Journal Article] Computing the longest common subsequence of two run-length encoded strings2012
- Author(s)
  Yoshifumi Sakai
- Journal Title
  
  Lecture Notes in Computer Science, Algorithms and Computation
  
  Volume: 7676 Pages: 197-206
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Journal Article] A Fast On-Line Algorithm for the Longest Common Subsequence Problem with Constant Alphabet2012
- Author(s)
  Yoshifumi Sakai
- Journal Title
  
  IEICE Trans. Fundamentals
  
  Volume: E95-A Issue: 1 Pages: 354-361
- DOI
  10.1587/transfun.E95.A.354
- NAID
  10030535198
- ISSN
  0916-8508, 1745-1337
- Language
  English
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Journal Article] Computing the longest common subsequences of two run-length encoded strings3L.-M. Chao, T.-s. Hsu, and D.-T. Lee (Eds.)2012
- Author(s)
  Yoshifumi Sakai
- Journal Title
  
  ISAAC 2012, LNCS
  
  Volume: 7676 Pages: 197-206
- DOI
  10.1007/978-3-642-35261-4_23
- ISBN
  9783642352607, 9783642352614
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Journal Article] An almost quadratic time algorithm for sparse spliced alignment2011
- Author(s)
  Yoshifumi Sakai
- Journal Title
  
  Theory of Computing Systems
  
  Volume: 48 Pages: 189-210
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Journal Article] A first algorithm for multiplying min-sum permutation2011
- Author(s)
  Yoshifumi Sakai
- Journal Title
  
  Discrete Applied Mathematics
  
  Volume: 159 Issue: 17 Pages: 2175-2183
- DOI
  10.1016/j.dam.2011.06.022
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Journal Article] A new algorithm for the characteristic string problem under loose similarity criteria2011
- Author(s)
  Yoshifumi Sakai
- Journal Title
  
  Lecture Notes in Computer Science
  
  Volume: 7074 Pages: 663-672
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Journal Article] A new algorithm for the characteristic string problem under loose similarity criteria, T. Asano et al. (Eds.)2011
- Author(s)
  Yoshifumi Sakai
- Journal Title
  
  ISAAC 2011, LNCS
  
  Volume: 7074 Pages: 663-672
- DOI
  10.1007/978-3-642-25591-5_68
- ISBN
  9783642255908, 9783642255915
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Journal Article] Flexible computation of the longest common subsequence of run-length encoded strings2010
- Author(s)
  Yoshifumi Sakai
- Journal Title
  
  The 13^<th> Japan-Korea Joint Workshop on Algorithms and Computation
  
  Pages: 72-79
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Journal Article] 読捨てコンテンツをいつ更新するべきか2006
- Author(s)
  酒井義文
- Journal Title
  
  電子情報通信学会論文誌D-I J89-D・9
  
  Pages: 1913-1922
- NAID
  110007380536
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16092201
[Journal Article] A linear space algorithm for computing a longest common increasing subsequence2006
- Author(s)
  Yoshifumi Sakai
- Journal Title
  
  Information Processing Letters 99・5
  
  Pages: 203-207
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16092201
[Journal Article] 弱制約最長共通部分配列問題2005
- Author(s)
  酒井義文
- Journal Title
  
  電子情報通信学会論文誌 J88-D-I・8
  
  Pages: 1261-1263
- NAID
  10016797203
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16092201
[Presentation] オフセット付き最大和断片問題のためのデータ構造2024
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  2023年度冬のLAシンポジウム
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K10975
[Presentation] ２本の文字列の極大共通部分列を列挙するための効率的なアルゴリズム2023
- Author(s)
  廣田弥祐二、酒井義文
- Organizer
  2023年度夏のLAシンポジウム
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23K10975
[Presentation] ヤマメの遺伝子発現における影響2017
- Author(s)
  酒井義文、田口将、川田暁、冨谷敦、渡邊昌人、中嶋正道
- Organizer
  日本水産学会春季大会シンポジウム　福島の淡水域における放射能汚染と魚類に及ぼす影響-これまでとこれから-
- Place of Presentation
  東京海洋大学(東京都品川区)
- Year and Date
  2017-03-26
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-25252035
[Presentation] 給餌条件により生じるヒラメ体色異常の遺伝子発現プロファイリング解析2017
- Author(s)
  國政実里・横井勇人・酒井義文・青海忠久・鈴木徹
- Organizer
  平成29年度日本水産学会春季大会
- Place of Presentation
  東京海洋大学（東京都港区）
- Year and Date
  2017-03-27
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26292110
[Presentation] ブラジル産とユタ産アルテミアを与えたヒラメ変態期仔魚で発現量の異なる遺伝子のRNA-Seqによるスクリーニング2016
- Author(s)
  國政実里・青海忠久・横井勇人・酒井義文・鈴木徹
- Organizer
  平成28年度日本水産学会秋季大会
- Place of Presentation
  近畿大学（奈良県奈良市）
- Year and Date
  2016-09-09
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26292110
[Presentation] Transcriptome analysis of flounder metamorphosis2016
- Author(s)
  Hayato Yokoi, Minori Kunimasa, Yoshifumi Sakai and Tohru Suzuki
- Organizer
  The 22nd Japanese medaka and zebrafish meeting
- Place of Presentation
  National Institute for Basic Biology（愛知県岡崎市）
- Year and Date
  2016-08-20
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26292110
[Presentation] 部分文字列最大密度索引2013
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  2012年度冬のLAシンポジウム
- Place of Presentation
  京都市・京都大学
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Presentation] 部分文字列最大密度索引2013
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  2012年度冬のLAシンポジウム
- Place of Presentation
  京都府京都市京都大学
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Presentation] run長符号化文字列の最長共通部分列計算2012
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  2012年度夏のLAシンポジウム
- Place of Presentation
  京都府宮津市宮津ロイヤルホテル
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Presentation] 海藻全単射の漸減構築2012
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  2011年度冬のLAシンポジウム
- Place of Presentation
  京都
- Year and Date
  2012-01-31
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Presentation] run長符号化文字列の最強共通部分列計算2012
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  2012年度夏のLAシンポジウム
- Place of Presentation
  宮津市・宮津ロイヤルホテル
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Presentation] 海藻全単射の漸減構築2012
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  2011年度冬のLAシンポジウム
- Place of Presentation
  京都市・京都大学
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Presentation] 緩い類似性判定基準のもとでの特徴文字列問題アルゴリズム2011
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  2011年度夏のLAシンポジウム
- Place of Presentation
  湖西
- Year and Date
  2011-07-20
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Presentation] 最長共通部分配列計算におけるrun長の対数時間寄与2011
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  2010年冬のLAシンポジウム
- Place of Presentation
  京都
- Year and Date
  2011-02-02
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Presentation] 最長共通部分も配列計算におけるrun長の対数時間寄与2011
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  2010年度冬のLAシンポジウム
- Place of Presentation
  京都市・京都大学
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Presentation] 緩い類似税判定基準のもとでの特徴文字列問題アルゴリズム2011
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  2011年度夏のLAシンポジウム
- Place of Presentation
  湖西市・ザヴィラ浜名湖
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Presentation] 可能な最長部分パターンの文字列照合問題2010
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  2010年度夏のLAシンポジウム
- Place of Presentation
  氷見市・九殿浜温泉ひみのはな
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Presentation] 可能な最長部分パターンの文字列照合問題2010
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  2010年夏のLaシンポジウム
- Place of Presentation
  氷見
- Year and Date
  2010-07-21
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Presentation] Flexible computation of the longest common subsequence of run-length encoded strings2010
- Author(s)
  Yoshifumi Sakai
- Organizer
  The 13th Japan-Korea Joint Workshop on Algorithms and Computation
- Place of Presentation
  金沢市・金沢市文化ホール
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22500001
[Presentation] 記号毎に全順序付けられた有向非循環グラフのトポロジカルソート配列と配列の最長共通部分配列アルゴリズム2007
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  夏のLAシンポジウム
- Place of Presentation
  休暇村能登千里浜
- Year and Date
  2007-07-20
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16092201
[Presentation] 部分文字列の最長共通部分列長計算のためのデータ集合
- Author(s)
  酒井義文
- Organizer
  2014年度夏のLAシンポジウム
- Place of Presentation
  半月庵、岩国
- Year and Date
  2014-07-17 – 2014-07-19
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-26292110

1. YOKOI Hayato (40569729)

# of Collaborated Projects: 4 results

# of Collaborated Products: 4 results
2. Suzuki Tohru (70344330)

# of Collaborated Projects: 3 results

# of Collaborated Products: 3 results
3. Nakajima Masamichi (20192221)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 1 results
4. 瀧本英二 (50236395)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 0 results
5. 天野一幸 (30282031)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 0 results
6. 田中憲司 (00309634)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 0 results
7. 平井俊朗 (30238331)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 0 results
8. 柴田安司 (80446260)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 0 results
9. 田川正朋 (20226947)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 0 results

SAKAI Yoshifumi 酒井 義文

酒井 義文 サカイ ヨシフミ

Research Projects

Research Products

Co-Researchers

多重文字列の極大共通部分列列挙に関する研究Principal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

変態発生制御のシグナル回路と形態異常感受性に関する研究

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

Approach to molecular system controlling left-right asymmetry of flatfish body color using next generation techniques

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

The genetic effect of long period expose of radioactive materials on fishes

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

Trial to identify genes related with fish characters using bioinformatics and genome database

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

A study on preprocessing for time-efficiently aligning sequencesPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

オンライン予測の手法を用いた意思決定モデルに関する研究

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

[Journal Article] Transcriptome analysis of vertebral bone in the flounder, Paralichthys olivaceus (Teleostei, Pleuronectiformes), using Illumina sequencing.2015

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Computing the longest common subsequence of two run-length encoded strings2012

Author(s)

Journal Title

Data Source

[Journal Article] A Fast On-Line Algorithm for the Longest Common Subsequence Problem with Constant Alphabet2012

Author(s)

Journal Title

DOI

NAID

ISSN

Language

Data Source

[Journal Article] Computing the longest common subsequences of two run-length encoded strings3L.-M. Chao, T.-s. Hsu, and D.-T. Lee (Eds.)2012

Author(s)

Journal Title

DOI

ISBN

Data Source

[Journal Article] An almost quadratic time algorithm for sparse spliced alignment2011

Author(s)

Journal Title

Data Source

[Journal Article] A first algorithm for multiplying min-sum permutation2011

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] A new algorithm for the characteristic string problem under loose similarity criteria2011

SAKAI Yoshifumi 酒井義文

酒井義文サカイヨシフミ