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ISHIZUKA Ryosuke  石塚 良介

… Alternative Names

石塚 良介  イシヅカ リョウスケ

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Researcher Number 30462196
Other IDs
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0003-2751-0660
Affiliation (Current) 2025: 大阪大学, 大学院工学研究科, 招へい研究員
Affiliation (based on the past Project Information) *help 2015 – 2018: 大阪大学, 基礎工学研究科, 助教
Review Section/Research Field
Principal Investigator
Basic Section 13010:Mathematical physics and fundamental theory of condensed matter physics-related
Except Principal Investigator
Life / Health / Medical informatics / Biological physics/Chemical physics/Soft matter physics
Keywords
Principal Investigator
分子動力学法 / イオン伝導度 / ナトリウムイオン液体 / MD/DFT自己無撞着法 / 古典分子動力学 / オーダーN法 / 密度汎関数理論 / 第一原理分子動力学
Except Principal Investigator
自由エネルギー / 分子シミュレーション … More / 排除体積効果 / コンピュータシミュレーシ ョン / 尿素 / 共溶媒効果 / タンパク質構造 / コンピュータシミュレーション / 排除体積項 / 分散引力 / 静電相互作用 / 構造エネルギー / ゆらぎ / 水 / 分子間相互作用 / 分布関数理論 / 変性 / 構造ゆらぎ / 共溶媒 / 溶媒和 / 年度 / イオン対 / 緩和弾性率 / 粘度 / Green-Kubo式 / 電気伝導度 / 空間分割 / 時間相関関数 / 輸送係数 Less
  • Research Projects

    (3 results)
  • Research Products

    (50 results)
  • Co-Researchers

    (4 People)
  •  MDとDFTの融合手法による電池電解液への応用に向けたナトリウムイオン液体の探索Principal Investigator

    • Principal Investigator
      石塚 良介
    • Project Period (FY)
      2018
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • Review Section
      Basic Section 13010:Mathematical physics and fundamental theory of condensed matter physics-related
    • Research Institution
      Osaka University
  •  Spatial-Decomposition Analysis of Transport Coefficients

    • Principal Investigator
      Matubayasi Nobuyuki
    • Project Period (FY)
      2015 – 2018
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
    • Research Field
      Biological physics/Chemical physics/Soft matter physics
    • Research Institution
      Osaka University
  •  All-Atom Analysis of Cosolvent Effect on Protein Structure through Free-Energy Calculation

    • Principal Investigator
      Matubayasi Nobuyuki
    • Project Period (FY)
      2014 – 2017
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
    • Research Field
      Life / Health / Medical informatics
    • Research Institution
      Osaka University

All 2019 2018 2017 2016 2015 2014

All Journal Article Presentation

  • [Journal Article] Effective charges of ionic liquid determined self-consistently through combination of molecular dynamics simulation and density-functional theory2017

    • Author(s)
      Ishizuka Ryosuke、Matubayasi Nobuyuki
    • Journal Title

      J. Comput. Chem.

      Volume: 38 Issue: 30 Pages: 2559-2569

    • DOI

      10.1002/jcc.24880

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550, KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Journal Article] Energetic Analysis of Adsorption and Absorption of Small Molecule to Nanodroplet of Water2017

    • Author(s)
      Sayou Minoru、Ishizuka Ryosuke、Matubayasi Nobuyuki
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 121 Issue: 24 Pages: 5995-6001

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.7b01554

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550, KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Journal Article] Drastic Compensation of the Electronic and Solvation Effects on the ATP Hydrolysis Revealed through a Large-Scale QM/MM Simulations Combined with a Theory of Solutions2017

    • Author(s)
      Hideaki Takahashi, Satoru Umino, Yuuji Miki, Ryosuke Ishizuka, Akihiro Morita, Makoto Suzuki, and Nobuyuki Matubayasi
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 121 Issue: 10 Pages: 2279-2287

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.7b00637

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-25104003, KAKENHI-PROJECT-26240045, KAKENHI-PROJECT-26288003, KAKENHI-PROJECT-16K13860, KAKENHI-PROJECT-15K13550, KAKENHI-PROJECT-17K05138
  • [Journal Article] Computing Conformational Free Energy Differences in Explicit Solvent: An Efficient Thermodynamic Cycle Using an Auxiliary Potential and a Free Energy Functional Constructed from the End Points2017

    • Author(s)
      Robert C. Harris, Nanjie Deng, Ronald M. Levy, Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi
    • Journal Title

      J. Comput. Chem.

      Volume: 38 Issue: 15 Pages: 1198-1208

    • DOI

      10.1002/jcc.24668

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant / Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045, KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Journal Article] Energetics of nonpolar and polar compounds in cationic, anionic, and nonionic micelles studied by all-atom molecular dynamics simulation combined with a theory of solutions2016

    • Author(s)
      Atsushi Date, Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 18 Issue: 19 Pages: 13223-13231

    • DOI

      10.1039/c6cp01834c

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045, KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Journal Article] Interaction-component analysis of the hydration and urea effects on cytochrome c2016

    • Author(s)
      Y. Yamamori, R. Ishizuka, Y. Karino, S. Sakuraba, and N. Matubayasi
    • Journal Title

      J. Chem. Phys.

      Volume: 144 Issue: 8 Pages: 085102-15

    • DOI

      10.1063/1.4941945

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550, KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Journal Article] Correlation analysis for heat denaturation of Trp-cage miniprotein with explicit solvent2016

    • Author(s)
      F. Kamo, R. Ishizuka, and N. Matubayasi
    • Journal Title

      Protein Sci.

      Volume: 25 Issue: 1 Pages: 56-66

    • DOI

      10.1002/pro.2754

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550, KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Journal Article] Self-Consistent Determination of Atomic Charges of Ionic Liquid through a Combination of Molecular Dynamics Simulation and Density Functional Theory2016

    • Author(s)
      R. Ishizuka and N. Matubayasi
    • Journal Title

      J. Chem. Theory Comput.

      Volume: 12 Issue: 2 Pages: 804-811

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.5b00885

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550, KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Journal Article] Effect of diffuseness of micelle boundary on the solute distribution upon solubilization2015

    • Author(s)
      Tomoko Mizuguchi, Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett.

      Volume: 624 Pages: 19-23

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2015.02.001

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-23651202, KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Journal Article] Energetic Contributions from the Cation and Anion to the Stability of Carbon Dioxide Dissolved in Imidazolium-Based Ionic Liquids2015

    • Author(s)
      Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi, Kai-Min Tu, Yasuhiro Umebayashi
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 119 Issue: 4 Pages: 1579-1587

    • DOI

      10.1021/jp5101957

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-23651202, KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Journal Article] Spatial-decomposition analysis of electrical conductivity in ionic liquid2014

    • Author(s)
      Kai-Min Tu , Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi
    • Journal Title

      J. Chem. Phys.

      Volume: 141 Issue: 24 Pages: 244507-244507

    • DOI

      10.1063/1.4904382

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-23651202, KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Journal Article] Spatial-decomposition analysis of electrical conductivity in concentrated electrolyte solution2014

    • Author(s)
      Kai-Min Tu , Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi
    • Journal Title

      J. Chem. Phys.

      Volume: 141 Issue: 4 Pages: 044126-044126

    • DOI

      10.1063/1.4890741

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-23651202, KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] 第一原理DFT計算を用いて構築したイオン液体の非分極力場:開発と輸送物性への応用2019

    • Author(s)
      石井 良樹、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      日本化学会 第99春季年会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] イオン液体の輸送特性解析に最適化した分子動力学モデルの開発2019

    • Author(s)
      石井 良樹、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第84年会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] 多元溶液系における輸送ダイナミクスの全原子解析2018

    • Author(s)
      石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      ESICB電池・電子論合同検討会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] イミダゾリウム系イオン液体における輸送係数とナノ相分離の計算評価(口頭)2018

    • Author(s)
      石井 良樹、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      電気化学会第85回大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] イミダゾリウム系イオン液体における輸送係数とナノ相分離の計算評価(口頭)2018

    • Author(s)
      石井 良樹、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      電気化学会第85回大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] 分子動力学法による長鎖イミダゾリウムイオン液体の小分子吸収能と輸送物性解析2018

    • Author(s)
      石井 良樹、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第50回秋季大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] Effective charge of ionic liquid determined through MD/DFT self-consistent scheme2018

    • Author(s)
      Ryosuke Ishizuka and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      8th International Symposium on Molecular Thermodynamics and Molecular Simulation (MTMS '18)
    • Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] Transport properties of ionic liquids with advanced non-polarizable force fields based on first-principles calculations2018

    • Author(s)
      Yoshiki Ishii, Ryosuke Ishizuka, and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Joint Conference of lEMLG/JMLG Annual Meeting 2018 and 41th Symposium on Solution Chemistry of Japan "Understanding of Molecular Liquids and Its Extension to New Fields"
    • Int'l Joint Research
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] オーダーN法を用いたMD/DFT自己無撞着法による分子力場構築2018

    • Author(s)
      石塚 良介、尾崎 泰助、松林 伸幸
    • Organizer
      第21回理論化学討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] Bl_chl 電荷解析とForce Fitting 法を用いたイオン液体の非分極力場の開発2018

    • Author(s)
      石井 良樹、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] Interaction-component analysis of protein stability with regard to heat denaturation(ポスター)2017

    • Author(s)
      Yoshihiko Tokunaga, Yu Yamamori, Ryosuke Ishizuka, and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] 蛋白質の天然構造と熱変性構造の安定性に関する相互作用成分解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      徳永 好彦、山守 優、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第31回分子シミュレーション討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] Interaction-component analysis of protein stability with regard to heat denaturation(ポスター)2017

    • Author(s)
      Yoshihiko Tokunaga, Yu Yamamori, Ryosuke Ishizuka, and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] 生体関連分子のAOT逆ミセル内への導入の自由エネルギー解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      長尾 昌洋、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第31回分子シミュレーション討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] MD/DFT 自己無撞着法による機能性流体の物性解析2017

    • Author(s)
      石塚 良介、TU Kai-Min、松林 伸幸
    • Organizer
      第20回理論化学討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] 分子動力学を用いた固液界面における分子吸着の自由エネルギー解析(口頭)2017

    • Author(s)
      中久木 一平、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第49回秋季大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] 生体関連分子のAOT逆ミセルへの結合の自由エネルギー解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      長尾 昌洋、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第40回溶液化学シンポジウム
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] 蛋白質構造の安定性と熱変性に関する相互作用成分解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      徳永 好彦、山守 優、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第40回溶液化学シンポジウム
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] 生体関連分子のAOT逆ミセルへの結合の自由エネルギー解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      長尾 昌洋、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第40回溶液化学シンポジウム
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] 多元溶液系における輸送ダイナミクスの全原子解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      松林 伸幸、石塚 良介、TU Kai-Min
    • Organizer
      ESICB電池・電子論合同検討会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] 分子動力学を用いた固液界面における分子吸着の自由エネルギー解析(口頭)2017

    • Author(s)
      中久木 一平、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第49回秋季大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] 蛋白質安定性と熱変性に関する相互作用成分解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      徳永 好彦、山守 優、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] 蛋白質の天然構造と熱変性構造の安定性に関する相互作用成分解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      徳永 好彦、山守 優、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第31回分子シミュレーション討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] 固液界面における分子吸着の分子動力学シミュレーションによる解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      中久木 一平、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第40回溶液化学シンポジウム
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] Bl_chl電荷解析による分極力場構築法の検討(ポスター)2017

    • Author(s)
      石井 良樹、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第31回分子シミュレーション討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] 生体関連分子のAOT逆ミセル内への導入の自由エネルギー解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      長尾 昌洋、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第31回分子シミュレーション討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] MD/DFT 自己無撞着法による機能性流体の物性解析2017

    • Author(s)
      石塚 良介、TU Kai-Min、松林 伸幸
    • Organizer
      第20回理論化学討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] 蛋白質構造の安定性と熱変性に関する相互作用成分解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      徳永 好彦、山守 優、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第40回溶液化学シンポジウム
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] 固液界面における分子吸着の分子動力学シミュレーションによる解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      中久木 一平、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第40回溶液化学シンポジウム
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] Bl_chl電荷解析による分極力場構築法の検討(ポスター)2017

    • Author(s)
      石井 良樹、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第31回分子シミュレーション討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] 蛋白質安定性と熱変性に関する相互作用成分解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      徳永 好彦、山守 優、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] アミノ酸のAOT逆ミセルへの取り込みの自由エネルギー解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      長尾 昌洋、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第49回秋季大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションによる固液界面における分子吸着の自由エネルギー解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      中久木 一平、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第31回分子シミュレーション討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] アミノ酸のAOT逆ミセルへの取り込みの自由エネルギー解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      長尾 昌洋、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第49回秋季大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] 多元溶液系における輸送ダイナミクスの全原子解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      松林 伸幸、石塚 良介、TU Kai-Min
    • Organizer
      ESICB電池・電子論合同検討会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションによる固液界面における分子吸着の自由エネルギー解析(ポスター)2017

    • Author(s)
      中久木 一平、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第31回分子シミュレーション討論会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [Presentation] 分子集合体に取り込まれた物質に関する自由エネルギー解析2015

    • Author(s)
      水口 朋子、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      平成27年度 繊維学会秋季研究発表会
    • Place of Presentation
      京都工芸繊維大学 (京都市左京区松ヶ崎)
    • Year and Date
      2015-10-22
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-15K13550
  • [Presentation] 分子集合体に取り込まれた物質に関する自由エネルギー解析2015

    • Author(s)
      水口 朋子、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      平成27年度 繊維学会秋季研究発表会
    • Place of Presentation
      京都工芸繊維大学 (京都市左京区松ヶ崎)
    • Year and Date
      2015-10-22
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-26240045
  • 1.  Matubayasi Nobuyuki (20281107)
    # of Collaborated Projects: 2 results
    # of Collaborated Products: 49 results
  • 2.  三本木 至宏 (10222027)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 3.  森田 明弘
    # of Collaborated Projects: 0 results
    # of Collaborated Products: 1 results
  • 4.  高橋 英明
    # of Collaborated Projects: 0 results
    # of Collaborated Products: 1 results

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