Nakamura Tsukasa 中村司

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中村司ナカムラツカサ

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Researcher Number	40852471
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Affiliation (Current)	2026: 大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 研究員
Affiliation (based on the past Project Information) *help	2024: 大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 研究員 2021: 東北大学, 情報科学研究科, JSPS特別研究員(PD)
Review Section/Research Field	Principal Investigator Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
Keywords	Principal Investigator 蛋白質モデリング / 深層学習 / クライオ電子顕微鏡 / 蛋白質構造モデリング / 蛋白質立体構造

深層学習を用いたクライオ電子顕微鏡データの高度利用Principal Investigator
- Principal Investigator
  
  中村司
- Project Period (FY)
  2023 – 2027
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
- Review Section
  
  Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
- Research Institution
  High Energy Accelerator Research Organization
  Tohoku University

All 2025 2024

All Journal Article Presentation

[Journal Article] Protein Data Bank Japan: Improved tools for sequence‐oriented analysis of protein structures2025
- Author(s)
  Bekker Gert‐Jan、Nagao Chioko、Shirota Matsuyuki、Nakamura Tsukasa、Katayama Toshiaki、Kihara Daisuke、Kinoshita Kengo、Kurisu Genji
- Journal Title
  
  Protein Science
  
  Volume: 34 Issue: 3
- DOI
  10.1002/pro.70052
- Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22K12241, KAKENHI-PROJECT-21K17847
[Journal Article] 特集 AIにより加速する生体分子デザイン Ⅰ.生体分子デザインを支える計測･機械学習技術深層学習を用いた,クライオ電子顕微鏡像に対するタンパク質構造モデル評価と構造モデリング2025
- Author(s)
  中村司、木原大亮
- Journal Title
  
  生体の科学
  
  Volume: 76 Issue: 2 Pages: 103-108
- DOI
  10.11477/mf.037095310760020103
- ISSN
  0370-9531, 1883-5503
- Year and Date
  2025-04-15
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K17847
[Journal Article] Protein Data Bank Japan: Computational Resources for Analysis of Protein Structures2025
- Author(s)
  Bekker Gert-Jan、Nagao Chioko、Shirota Matsuyuki、Nakamura Tsukasa、Katayama Toshiaki、Kihara Daisuke、Kinoshita Kengo、Kurisu Genji
- Journal Title
  
  Journal of Molecular Biology
  
  Volume: - Issue: 15 Pages: 169013-169013
- DOI
  10.1016/j.jmb.2025.169013
- Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-22K12241, KAKENHI-PROJECT-21K17847
[Presentation] Quality Assessment and Biomolecular Structure Modeling for Cryo-EM using Deep Learning2024
- Author(s)
  Tsukasa Nakamura
- Organizer
  大阪大学蛋白質研究所単粒子解析ワークショップ
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K17847
[Presentation] Protein Structure Model Quality Estimation and Modeling Using Deep Learning (DAQ and DeepMainmast)2024
- Author(s)
  Tsukasa Nakamura
- Organizer
  TARAセミナー・生理研研究会　広がるクライオ電顕～創薬から有機化合物の解析まで～
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-21K17847

1. 城田松之

# of Collaborated Projects: 0 results

# of Collaborated Products: 2 results

Nakamura Tsukasa 中村司

中村司ナカムラツカサ

Research Projects

Research Products

Co-Researchers

深層学習を用いたクライオ電子顕微鏡データの高度利用Principal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

[Journal Article] Protein Data Bank Japan: Improved tools for sequence‐oriented analysis of protein structures2025

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] 特集 AIにより加速する生体分子デザイン Ⅰ.生体分子デザインを支える計測･機械学習技術深層学習を用いた,クライオ電子顕微鏡像に対するタンパク質構造モデル評価と構造モデリング2025

Author(s)

Journal Title

DOI

ISSN

Year and Date

Data Source

[Journal Article] Protein Data Bank Japan: Computational Resources for Analysis of Protein Structures2025

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Presentation] Quality Assessment and Biomolecular Structure Modeling for Cryo-EM using Deep Learning2024

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] Protein Structure Model Quality Estimation and Modeling Using Deep Learning (DAQ and DeepMainmast)2024

Author(s)

Organizer

Data Source

Nakamura Tsukasa 中村 司

中村 司 ナカムラ ツカサ

Research Projects

Research Products

Co-Researchers

深層学習を用いたクライオ電子顕微鏡データの高度利用Principal Investigator

Principal Investigator

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[Journal Article] Protein Data Bank Japan: Improved tools for sequence‐oriented analysis of protein structures2025

Author(s)

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[Journal Article] 特集 AIにより加速する生体分子デザイン Ⅰ.生体分子デザインを支える計測･機械学習技術 深層学習を用いた,クライオ電子顕微鏡像に対するタンパク質構造モデル評価と構造モデリング2025

Author(s)

Journal Title

DOI

ISSN

Year and Date

Data Source

[Journal Article] Protein Data Bank Japan: Computational Resources for Analysis of Protein Structures2025

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Presentation] Quality Assessment and Biomolecular Structure Modeling for Cryo-EM using Deep Learning2024

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] Protein Structure Model Quality Estimation and Modeling Using Deep Learning (DAQ and DeepMainmast)2024

Author(s)

Organizer

Data Source

Nakamura Tsukasa 中村司

中村司ナカムラツカサ

[Journal Article] 特集 AIにより加速する生体分子デザイン Ⅰ.生体分子デザインを支える計測･機械学習技術深層学習を用いた,クライオ電子顕微鏡像に対するタンパク質構造モデル評価と構造モデリング2025