SHIMADA Atsuhiro 島田敦広

Researcher Number	80723874
Other IDs
Affiliation *help	2017 – 2018 : 岐阜大学, 応用生物科学部, 助教 2016 : 兵庫県立大学, 生命理学研究科, 客員教員(助教) 2015 : 兵庫県立大学, 生命理学研究科, 助教
Review Section/Research Field	Principal Investigator Basic Section 43020:Structural biochemistry-related / Structural biochemistry
Keywords	Principal Investigator 金属タンパク質 / 膜タンパク質 / X線自由電子レーザー / プロトンポンプ / XFEL / 結晶調温湿装置 / 電子伝達 / チトクロム酸化酵素 / Cytchrome c oxidase / 常温測定 / HAG法 / 時分割構造解析 / Cytochrome c oxidase

The elucidation of reaction mechanism of cytochrome c oxidase using XFEL time-resolved structure analysisPrincipal InvestigatorOngoing
- Principal Investigator
  
  島田敦広
- Project Period (FY)
  2018 – 2020
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
- Review Section
  
  Basic Section 43020:Structural biochemistry-related
- Research Institution
  Gifu University
The development of the method for determining damage-free crystal structure at room temperature using X-ray free electron laserPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  島田敦広
- Project Period (FY)
  2015 – 2017
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
- Research Field
  
  Structural biochemistry
- Research Institution
  Gifu University
  University of Hyogo

All 2018 2017 2016 2015

All Journal Article Presentation

[Journal Article] Structure of bovine cytochrome c oxidase in the ligand-free reduced state at neutral pH2018
- Author(s)
  Luo Fangjia、Shinzawa-Itoh Kyoko、Hagimoto Kaede、Shimada Atsuhiro、Shimada Satoru、Yamashita Eiki、Yoshikawa Shinya、Tsukihara Tomitake
- Journal Title
  
  Acta Crystallographica Section F Structural Biology Communications
  
  Volume : 74 Pages : 92-98
- DOI
  10.1107/s2053230x17018532
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Journal Article] A nanosecond time-resolved XFEL analysis of structural changes associated with CO release from cytochrome c oxidase.2017
- Author(s)
  Shimada, A.†, Kubo, M.†, Baba, S.† et al. (29人中2番目)(†equal contribution)
- Journal Title
  
  Sci. Adv.
  
  Volume : 3 Issue : 7 Pages : e1603042
- Publisher
  American Association for the Advancement of Science
- DOI
  10.1126/sciadv.1603042
- ISSN
  23752548
- Language
  English
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15H03841, KAKENHI-PROJECT-15H05476, KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Journal Article] Complex structure of cytochrome c-cytochrome c oxidase reveals a novel protein-protein interaction mode2017
- Author(s)
  Satoru Shimada, Kyoko Shinzawa‐Itoh, Junpei Baba, Shimpei Aoe, Atsuhiro Shimada, Eiki Yamashita, Jiyoung Kang, Masaru Tateno, Shinya Yoshikawa, and Tomitake Tsukihara
- Journal Title
  
  EMBO J
  
  Volume : 86 Pages : 291-300
- DOI
  10.15252/embj.201695021
- Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-25287099, KAKENHI-PROJECT-26291033, KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Journal Article] Structure of bovine cytochrome c oxidase crystallized at a neutral pH using a fluorinated detergent2017
- Author(s)
  Luo Fangjia、Shinzawa-Itoh Kyoko、Hagimoto Kaede、Shimada Atsuhiro、Shimada Satoru、Yamashita Eiki、Yoshikawa Shinya、Tsukihara Tomitake
- Journal Title
  
  Acta Crystallographica Section F Structural Biology Communications
  
  Volume : 73 Pages : 416-422
- DOI
  10.1107/s2053230x17008834
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Journal Article] The Mg2+-containing water cluster of mammalian cytochrome c oxidase collects four pumping proton equivalents in each catalytic cycle2016
- Author(s)
  Yano N, Muramoto K, Shimada A, Takemura S, Baba J, Fujisawa H, Mochizuki M, Shinzawa-Itoh K, Yamashita E, Tsukihara T, Yoshikawa S
- Journal Title
  
  Journal of Biological Chemistry
  
  Volume : 291 Pages : 23882-23894
- DOI
  10.1074/jbc.m115.711770
- Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K07029, KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] X線自由電子レーザーを用いたチトクロム酸化酵素の時分割構造解析によって明らかとなった、リガンド結合に伴うプロトンポンプ経路の閉鎖機構2017
- Author(s)
  島田敦広、久保稔、馬場清喜、吾郷日出夫、吉川信也、月原冨武
- Organizer
  第17回日本蛋白質科学会
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] ウシ心筋チトクロム酸化酵素の常温還元型構造解析2017
- Author(s)
  宮本朱梨、田本和宏、芦田和馬、島田敦広、熊坂崇、馬場清喜、伊藤ー新澤恭子、月原冨武、吉川信也
- Organizer
  第90回日本生化学会合同大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] X線自由電子レーザーを光源とするフェムト秒X線結晶構造解析2017
- Author(s)
  吾郷日出夫、島田敦広、久保稔、馬場清喜、山下恵太郎、平田邦生、上野剛、山本雅貴
- Organizer
  第90回日本生化学会合同大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] A nanosecond time-resolved XFEL analysis of structural changes associated with CO release from cytochrome co oxidase2017
- Author(s)
  島田敦広、久保稔、馬場清喜、吾郷日出夫、吉川信也、月原冨武
- Organizer
  第55回日本生物物理学会
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] X線自由電子レーザーを用いたチトクロム酸化酵素の時分割構造解析から明らかとなった、銅イオンへの配位子結合によって制御されるプロトンポンプ経路の閉鎖メカニズム2016
- Author(s)
  島田敦広, 波多野啓太, 宮本朱梨, 伊藤-新澤恭子, 久保稔, 馬場清喜, 熊坂崇, 山本雅貴, 吾郷日出夫, 平田邦生, 山下恵太郎, 山下栄樹, 上野剛, 吉川信也, 月原冨武
- Organizer
  第89回日本生化学会大会
- Place of Presentation
  仙台国際センター(宮城県仙台市青葉区)
- Year and Date
  2016-09-25
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] チトクロムcとチトクロム酸化酵素の複合体での結晶構造が示す新しい蛋白質間相互作用様式2016
- Author(s)
  島田悟，青江新平，伊藤―新澤恭子，馬場淳平，島田敦広，Jiyoung Kang，舘野賢，山下栄樹，吉川信也，月原冨武
- Organizer
  第16回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  福岡国際会議場(福岡県福岡市博多区)
- Year and Date
  2016-06-07
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] チトクロム酸化酵素の様々な反応中間体及び反応中間体類似物の構造から提唱されるプロトンポンプ機構2016
- Author(s)
  島田敦広，馬場淳平，山下栄樹，村本和優，伊藤―新澤恭子，月原冨武，吉川信也
- Organizer
  第16回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  福岡国際会議場(福岡県福岡市博多区)
- Year and Date
  2016-06-07
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] 常温での高分解能データ収集に必要なチトクロム酸化酵素結晶の凍結解凍法の確立2016
- Author(s)
  宮本朱梨，島田敦広，波多野啓太，馬場清喜，熊坂崇，伊藤―新澤恭子，月原冨武，吉川信也
- Organizer
  第16回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  福岡国際会議場(福岡県福岡市博多区)
- Year and Date
  2016-06-07
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] Processing of XFEL still images with a reference oscillation data set for crystal structural analyses of cytochrome c oxidase2016
- Author(s)
  Luo Fangjia , 島田敦広, 山下恵太郎, 平田邦生, 伊藤―新澤恭子, 月原冨武, 吉川信也
- Organizer
  第16回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  福岡国際会議場(福岡県福岡市博多区)
- Year and Date
  2016-06-07
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] チトクロム酸化酵素F型中間体の1.6Å分解能X線結晶構造解析2016
- Author(s)
  江藤勇樹，島田敦広，山下栄樹，伊藤―新澤恭子，月原冨武，吉川信也
- Organizer
  第16回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  福岡国際会議場(福岡県福岡市博多区)
- Year and Date
  2016-06-07
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] X線自由電子レーザーを用いた、ポンプ・プローブ法によるチトクロム酸化酵素の時分割結晶構造解析2016
- Author(s)
  波多野啓太，島田敦広，宮本朱梨，馬場清喜，山下恵太郎，久保稔，吾郷日出夫，平田邦生，上野剛，村上博則，山本雅貴，熊坂崇，山下栄樹，小倉尚志，伊藤―新澤恭子，月原冨武，吉川信也
- Organizer
  第16回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  福岡国際会議場(福岡県福岡市博多区)
- Year and Date
  2016-06-07
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] チトクロム酸化酵素の様々な反応中間体及び反応中間体類似物の構造から提唱されるプロトンポンプ機構2016
- Author(s)
  島田敦広、馬場淳平、山下栄樹、村本和優、伊藤―新澤恭子、月原冨武、吉川信也
- Organizer
  第16回日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  福岡国際会議場(福岡県福岡市博多区)
- Year and Date
  2016-06-07
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] The damage-free crystal structure of cytochrome c oxidase at the resting oxidized state determined using X-ray free electron laser2016
- Author(s)
  島田敦広, 伊藤―新澤恭子, 久保稔, 馬場清喜, 熊坂崇, 山本雅貴, 吾郷日出夫, 平田邦生, 山下恵太郎, 山下栄樹, 上野剛, 吉川信也, 月原冨武
- Organizer
  EMBO Conference “The biochemistry and chemistry of biocatalysis: From understanding to design”
- Place of Presentation
  オウル大学(フィンランド・オウル)
- Year and Date
  2016-06-12
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] Observation of water channel opening upon CO photolysis in cytochrome c oxidase by time-resolved XFEL crystallography and IR spectroscopy2016
- Author(s)
  久保稔, 島田敦広, 馬場清喜, 山下恵太郎, 平田邦生, 山本雅貴, 伊藤―新澤恭子, 月原冨武, 吾郷日出夫, 吉川信也
- Organizer
  THE 42nd NAITO CONFERENCE ON “In the Vanguard of Structural Biology: Revolutionizing Life Sciences”
- Place of Presentation
  シャトレーゼガトーキングダムサッポロ(北海道札幌市)
- Year and Date
  2016-10-04
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] Mg2+-containing water cluster, collecting four pumping proton equivalents in each catalytic cycle, enable the effective proton-pumping in bovine cytochrome c oxidase2016
- Author(s)
  島田敦広, 矢野直峰, 村本和優, 武村修平, 馬場淳平, 望月正雄, 伊藤―新澤恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也
- Organizer
  THE 42nd NAITO CONFERENCE ON “In the Vanguard of Structural Biology: Revolutionizing Life Sciences”
- Place of Presentation
  シャトレーゼガトーキングダムサッポロ(北海道札幌市)
- Year and Date
  2016-10-04
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] High-resolution crystal structure of cytochrome c oxidase reveals the mechanism of high efficient proton pumping2016
- Author(s)
  島田敦広, 矢野直峰, 村本和優, 山下栄樹, 伊藤―新澤恭子, 月原冨武, 吉川信也
- Organizer
  第54回日本生物物理学会
- Place of Presentation
  つくば国際会議場(茨城県つくば市)
- Year and Date
  2016-11-25
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] ウシ心筋チトクロム酸化酵素O型中間体のX線結晶構造解析2015
- Author(s)
  江藤勇樹、島田敦広、原史剛、山下栄樹、伊藤―新澤恭子、月原冨武、吉川信也
- Organizer
  第53回日本生物物理学会
- Place of Presentation
  金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
- Year and Date
  2015-09-13
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] チトクロム酸化酵素に対するチトクロムcの2つの結合部位のX線構造解析2015
- Author(s)
  島田悟、青江新平、伊藤―新澤恭子、馬場淳平、島田敦広、山下栄樹、吉川信也、月原冨武
- Organizer
  第53回日本生物物理学会
- Place of Presentation
  金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
- Year and Date
  2015-09-13
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] チトクロム酸化酵素F型中間体の高分解能X線結晶構造解析2015
- Author(s)
  江藤勇樹、島田敦広、前田友子、山下栄樹、村本和優、伊藤―新澤恭子、月原冨武、吉川信也
- Organizer
  第15回日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  あわぎんホール(徳島県徳島市)
- Year and Date
  2015-06-24
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] チトクロム酸化酵素を用いた常温高分解能X線回折実験法の確立2015
- Author(s)
  波多野啓太、宮本朱梨、島田敦広、馬場清喜、熊坂崇、伊藤―新澤恭子、月原冨武、吉川信也
- Organizer
  第53回日本生物物理学会
- Place of Presentation
  金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
- Year and Date
  2015-09-13
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] 第２のチトクロムc結合部位を持つチトクロムc酸化酵素共結晶のX線結晶構造解析2015
- Author(s)
  青江新平、島田悟、伊藤―新澤恭子、島田敦広、馬場淳平、武村秀平、山下栄樹、吉川信也、月原冨武
- Organizer
  第15回日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  あわぎんホール(徳島県徳島市)
- Year and Date
  2015-06-24
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] 中性領域(pH7.3)でのウシ心筋チトクロム酸化酵素の結晶化及び構造解明2015
- Author(s)
  萩本楓、伊藤―新澤恭子、島田敦広、島田悟、Luo Fangjia、山下栄樹、吉川信也、月原冨武
- Organizer
  第15回日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  あわぎんホール(徳島県徳島市)
- Year and Date
  2015-06-24
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] チトクロム酸化酵素の真のアジ化物イオン結合型構造により明らかになった、酸素還元中心の構造変化とプロトンポンプ経路の関係性2015
- Author(s)
  波多野啓太、島田敦広、引田理英、蓼原瞳、山本旭麻、山下栄樹、前田友子、伊藤―新澤恭子、月原冨武、吉川信也
- Organizer
  第15回日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  あわぎんホール(徳島県徳島市)
- Year and Date
  2015-06-24
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] シアン結合完全還元型チトクロム酸化酵素のX線結晶構造解析から明らかになった、活性中心を構成するheme a3の高い可動性2015
- Author(s)
  馬場淳平、島田敦広、山下栄樹、伊藤―新澤恭子、村本和優、月原冨武、吉川信也
- Organizer
  第15回日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  あわぎんホール(徳島県徳島市)
- Year and Date
  2015-06-24
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] チトクロム酸化酵素内のMgを含む水クラスターが酸素取り込み前に4等量のプロトンを蓄積することで、高効率プロトンポンプ反応を可能にする2015
- Author(s)
  島田敦広、矢野直峰、馬場淳平、武村秀平、村本和優、山下栄樹、伊藤―新澤恭子、前田友子、月原冨武、吉川信也
- Organizer
  第15回日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  あわぎんホール(徳島県徳島市)
- Year and Date
  2015-06-24
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] チトクロム酸化酵素の高分解能X線結晶構造解析から明らかとなった、酸素還元反応と共役したプロトン輸送機序2015
- Author(s)
  島田敦広、矢野直峰、岸田佳織、馬場淳平、江藤勇樹、波多野啓太、山下栄樹、伊藤―新澤恭子、月原冨武、吉川信也
- Organizer
  第53回日本生物物理学会
- Place of Presentation
  金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
- Year and Date
  2015-09-13
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] チトクロムcとチトクロム酸化酵素共結晶の高分解能X線結晶構造に基づく相互作用解明2015
- Author(s)
  島田悟、青江新平、伊藤―新澤恭子、島田敦広、馬場淳平、武村秀平、山下栄樹、吉川信也、月原冨武
- Organizer
  第15回日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  あわぎんホール(徳島県徳島市)
- Year and Date
  2015-06-24
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493
[Presentation] 高分解能X線結晶構造解析によるチトクロム酸化酵素の酸素還元・プロトンポンプ機構の解明2015
- Author(s)
  月原冨武、島田敦広、島田悟、武村秀平、馬場淳平、村本和優、山下栄樹、伊藤―新澤恭子、吉川信也
- Organizer
  第15回日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  あわぎんホール(徳島県徳島市)
- Year and Date
  2015-06-24
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-15K18493

1. TATENO Masaru

# of Collaborated Projects : 0results

# of Collaborated Products : 1results
2. SHINZAWA Kyoko

# of Collaborated Projects : 0results

# of Collaborated Products : 1results
3. Yoshikawa Shinya

# of Collaborated Projects : 0results

# of Collaborated Products : 1results
4. 村本和優

# of Collaborated Projects : 0results

# of Collaborated Products : 1results
5. 久保稔

# of Collaborated Projects : 0results

# of Collaborated Products : 1results
6. 木村哲就

# of Collaborated Projects : 0results

# of Collaborated Products : 1results

SHIMADA Atsuhiro 島田 敦広

Research Projects

Research Products

Co-Researchers

The elucidation of reaction mechanism of cytochrome c oxidase using XFEL time-resolved structure analysisPrincipal InvestigatorOngoing

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

The development of the method for determining damage-free crystal structure at room temperature using X-ray free electron laserPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

[Journal Article] Structure of bovine cytochrome c oxidase in the ligand-free reduced state at neutral pH2018

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] A nanosecond time-resolved XFEL analysis of structural changes associated with CO release from cytochrome c oxidase.2017

Author(s)

Journal Title

Publisher

DOI

ISSN

Language

Data Source

[Journal Article] Complex structure of cytochrome c-cytochrome c oxidase reveals a novel protein-protein interaction mode2017

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] Structure of bovine cytochrome c oxidase crystallized at a neutral pH using a fluorinated detergent2017

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] The Mg2+-containing water cluster of mammalian cytochrome c oxidase collects four pumping proton equivalents in each catalytic cycle2016

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Presentation] X線自由電子レーザーを用いたチトクロム酸化酵素の時分割構造解析によって明らかとなった、リガンド結合に伴うプロトンポンプ経路の閉鎖機構2017

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] ウシ心筋チトクロム酸化酵素の常温還元型構造解析2017

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] X線自由電子レーザーを光源とするフェムト秒X線結晶構造解析2017

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] A nanosecond time-resolved XFEL analysis of structural changes associated with CO release from cytochrome co oxidase2017

Author(s)

Organizer

Data Source

[Presentation] X線自由電子レーザーを用いたチトクロム酸化酵素の時分割構造解析から明らかとなった、銅イオンへの配位子結合によって制御されるプロトンポンプ経路の閉鎖メカニズム2016

Author(s)

Organizer

Place of Presentation

Year and Date

Data Source

[Presentation] チトクロムcとチトクロム酸化酵素の複合体での結晶構造が示す新しい蛋白質間相互作用様式2016

Author(s)

Organizer

Place of Presentation

Year and Date

Data Source

[Presentation] チトクロム酸化酵素の様々な反応中間体及び反応中間体類似物の構造から提唱されるプロトンポンプ機構2016

Author(s)

Organizer

Place of Presentation

Year and Date

Data Source

[Presentation] 常温での高分解能データ収集に必要なチトクロム酸化酵素結晶の凍結解凍法の確立2016

Author(s)

SHIMADA Atsuhiro 島田敦広

[Presentation] チトクロム酸化酵素F型中間体の1.6Å分解能X線結晶構造解析2016