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YAMATO Takahisa  倭 剛久

… Alternative Names

倭 剛久  ヤマト タカヒサ

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Researcher Number 90251587
Other IDs
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0002-0685-861X
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Affiliation (Current) 2025: 名古屋大学, 理学研究科, 准教授
Affiliation (based on the past Project Information) *help 2014: 名古屋大学, 大学院工学研究科, 准教授
2012 – 2014: 名古屋大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授
2010 – 2011: 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 准教授
2006: Nagoya University, Graduate school of Science, Assistant Professor, 大学院理学研究科, 助教授
2000 – 2005: Nagoya University, Department of Physics, Associate Professor, 大学院・理学研究科, 助教授 … More
2004: Nagoya University, Graduate School of Science, Departmet of Physics, Associate Professor, 大学院理学研究科, 助教授
1997 – 2000: 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助手
1993 – 1995: 東京農工大学, 工学部, 助手 Less
Review Section/Research Field
Principal Investigator
Biophysics / Science and Engineering / Biological Sciences
Except Principal Investigator
Biophysics / Science and Engineering / Biophysics / Biological Sciences / Science and Engineering
Keywords
Principal Investigator
分子動力学シミュレーション / 励起状態ダイナミクス / イエロープロテイン / バクテリオロドプシン / 原子充填 / 生物物理 / 分子シミュレーション / 電子状態計算 / 蛋白質 / 計算物理 … More / 分子科学 / 量子化学計算 / 電子移動経路マップ / トンネリング・カレント / チトクロームC酸化酵素 / アズリン / 電子移動 / 金属中心 / 巨大タンパク質複合体 / 電子因子 / サブユニット1,2 / トンネリングカレント / 光異性化 / 励起状態 / クマル酸 / レチナール / 非断熱遷移 / 発色団 / レチナ-ル / 揺らぎ / ダイクストラ法 / Sペプチド / 圧力 / ドロ-ネ-分割 / コンピュータ・グラフィックス / エネルギー曲面 / ドロ-ネ-四面体 / トポグラフィカル・メトリック / 計算幾何学 / 熱ゆらぎ / 分子動力学 / タンパク質 … More
Except Principal Investigator
バクテリオロドプシン / worm model / membrane protein / 膜タンパク質 / 蛋白質 / X線結晶構造解析 / トンネル電子流密度 / 電子移動速度制御 / アクセプター / ドナー / 蛋白質中電子移動 / 電子トンネル移動経路 / タンパク質中電子移動 / 和則 / 反応体座標 / 溶媒座標 / ゆらぎ / 電極反応 / 非線形 / エネルギーギャップ則 / レチナール蛋白質 / 光異性化反応 / X-ray crystallography / retinal protein / chloride pump / proton pump / squid rhodopsin / halorhodopsin / bacteriorhodopsin / 分子機械 / 計算物理 / ナノバイオ / 生物物理 / レチナールタンパク質 / 塩素イオンポンプ / プロトンポンプ / ロドプシン / ハロロドプシン / proteome / genome / molecular dynamics / simulation / prediction / protein function / protein structure / バイオインフォマティックス / 立体構造予測 / 構造・機能分類 / 構造・機能予測 / 受容体 / 輸送体 / 分子シミュレーション / 構造予測 / バイオインフォマティクス / チャネル / ドッキング / 膜タンパク質予測 / 物理的予測 / タンパク質分類 / ポリンチャネル / 光受容膜タンパク質 / 計算機シミュレーション / シグナルペプチド / 分子認識 / 膜組み込み装置 / アミノ酸配列 / プロテオーム / ゲノム / 分子動力学 / シミュレーション / 予測 / 機能 / 構造 / 膜タンパク / tunneling pathway map / electron tunneling current / regulation of electron transfer rate / acceptor / donor / electron transfer in proteins / electron transfer pathway / アクセプターサイト / ドナーサイト / トンネル確率指標 / トンネル経路3次元マップ / 化学結合経由 / トンネル電流 / スルーペース / スルーボンド / 水素結合 / 電子移動 / トンネル経路 / 電子移動連度制御 / トンネル経路マップ / アーキテクチャ / コンピュータ・サイエンス / 量子多体系 / 次世代コンピュータ / コンピュータサイエンス / 量子論 / 原子構造 / 電子物性 / ナノ構造 / 情報科学 / 計算物質科学 / 非平衡ダイナミクス / 複合相関 / 物質科学 / 計算機科学 / タンパク質 / 強相関物質 / ナノ構造・物質 / HPC / 密度汎関数理論 / 計算機(情報)科学 / 計算科学 / コンピューティクス / シンクロトロン放射光 / 脂質-蛋白質間相互作用 / 膜蛋白質の結晶化 / 反応中間体 / 生体膜 / 蛋白質の結晶化 / 光駆動プロトン輸送 / アーキロドプシン / 膜蛋白質 / 光合成 / 干渉度 / 電子移動経路 / destructive interference / 電子トンネルカレント / 電子トンネル因子 / 電子移動速度 / 反応座標 / 二次元自由エネルギ曲面 / 自由エネルギー / エネルギーギャップ / 電解質イオン / 反応座表理論 / モンテカルロシミュレーション / reaction field / 非線形ゆらぎ / 電極界面 / 電極反応機構 / 波束 / ねじれ座標 / ab initio MO法 / 断熱型トンネル遷移 / 発色団レチナ-ル / 励起状態ダイナミクス / 波束の時間相関関係 / 分子動力学シミュレーション / FTOA / 殘基間相互作用 / 蛋白質の分子動力学 / 蛋白質の折りたたみ / スピングラス・モデル / パールネックレス・モデル / 蛋白質分解酵素 / 分子進化 / 蛋白質の立体構造予測 Less
  • Research Projects

    (18 results)
  • Research Products

    (78 results)
  • Co-Researchers

    (23 People)
  •  Materials Design thorough Computics: Complex Correlation and Non-Equilibrium Dynamics

    • Principal Investigator
      OSHIYAMA Atsushi
    • Project Period (FY)
      2010 – 2015
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
    • Review Section
      Science and Engineering
    • Research Institution
      The University of Tokyo
  •  Exploration of reactions and structural space in multi-degree-of-freedom and large-scale systemsPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      YAMATO Takahisa
    • Project Period (FY)
      2010 – 2014
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
    • Review Section
      Science and Engineering
    • Research Institution
      Nagoya University
  •  Four Dimensional Structural Analysis of Biological Ion Pumps

    • Principal Investigator
      KOUYAMA Tsutomu
    • Project Period (FY)
      2005 – 2006
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • Research Field
      Biophysics
    • Research Institution
      Nagoya University
  •  蛋白質中電子移動経路を決める新しい方法

    • Principal Investigator
      垣谷 俊昭
    • Project Period (FY)
      2000 – 2001
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
    • Review Section
      Science and Engineering
    • Research Institution
      Nagoya University
  •  生体イオンポンプの反応中間体のX線結晶構造解析

    • Principal Investigator
      KOUYAMA Tsutomu
    • Project Period (FY)
      2000 – 2001
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • Research Field
      Biophysics
    • Research Institution
      Nagoya University
  •  Prediction and Analysis for Structure and Function of Membrane Proteins

    • Principal Investigator
      MITAKU Shigeki
    • Project Period (FY)
      2000 – 2004
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • Review Section
      Biological Sciences
    • Research Institution
      Nagoya University
      Tokyo University of Agriculture and Technology
  •  バクテリオロドプシンの励起状態ダイナミクスのランジャバンモード解析Principal Investigator

    • Principal Investigator
      倭 剛久
    • Project Period (FY)
      1999
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
    • Research Field
      Biophysics
    • Research Institution
      Nagoya University
  •  電極反応機構の理論的研究

    • Principal Investigator
      垣谷 俊昭
    • Project Period (FY)
      1999
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
    • Research Institution
      Nagoya University
  •  非線形電極反応のメカニズム

    • Principal Investigator
      垣谷 俊昭
    • Project Period (FY)
      1999
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
    • Review Section
      Science and Engineering
    • Research Institution
      Nagoya University
  •  チトクロームC酸化酵素の電子伝達経路の理論的研究Principal Investigator

    • Principal Investigator
      倭 剛久
    • Project Period (FY)
      1999 – 2000
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
    • Review Section
      Biological Sciences
    • Research Institution
      Nagoya University
  •  ロドプシンの発色団レチナール光異性化のトンネル反応機構

    • Principal Investigator
      垣谷 俊昭
    • Project Period (FY)
      1998
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
    • Research Institution
      Nagoya University
  •  電極反応機構の理論的研究

    • Principal Investigator
      垣谷 俊昭
    • Project Period (FY)
      1998
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
    • Research Institution
      Nagoya University
  •  Establishment of Determining Method of Electron Transfer Pathway in Pnoteins and Production of Pathway Map

    • Principal Investigator
      KAKITANI Toshiaki
    • Project Period (FY)
      1998 – 2000
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B).
    • Research Field
      Biophysics
    • Research Institution
      Nagoya University
  •  レチナ-ル蛋白質の発色団レチナ-ルの光異性化のトンネル反応機構

    • Principal Investigator
      KAKITANI Toshiaki
    • Project Period (FY)
      1997
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • Research Institution
      Nagoya University
  •  光受容蛋白質の分子動力学シミュレーションPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      倭 剛久
    • Project Period (FY)
      1997
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • Research Institution
      Nagoya University
  •  タンパク質のダイナミクスの有限要素解析Principal Investigator

    • Principal Investigator
      倭 剛久
    • Project Period (FY)
      1995
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
    • Research Field
      Biophysics
    • Research Institution
      Tokyo University of Agriculture and Technology
  •  タンパク質のダイナミクスの有限要素解析Principal Investigator

    • Principal Investigator
      倭 剛久
    • Project Period (FY)
      1994
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
    • Research Field
      Biophysics
    • Research Institution
      Tokyo University of Agriculture and Technology
  •  分子進化を中心とする遺伝子情報解析のための人工知能システムの開発

    • Principal Investigator
      安川 民男
    • Project Period (FY)
      1993
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • Research Institution
      Tokyo University of Agriculture and Technology

All 2015 2014 2013 2012 2011 2010 2007 2006 2005 2004 Other

All Journal Article Presentation Book

  • [Book] “活性部位の量子力学計算” in 「ゲノム系計算科学: バイオインフォマティクスを越え、ゲノムの実像に 迫るアプローチ」第6章, 編集者 美宅成樹 監修 金田行雄, 笹井理生, pp. 145-1712013

    • Author(s)
      倭 剛久
    • Total Pages
      235
    • Publisher
      共立出版, 東京
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Book] タンパク質の立体構造入門 基礎から構造バイオインフォマティックスへ 第6章 分子シミュレーション的な技法 第1節 全原子モデルの分子シミュレーション2010

    • Author(s)
      倭剛久
    • Publisher
      講談社
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Book] パリティ(大槻義彦 編)分担日本語訳「ニューラルネットワークモデルで解き明かすヘビの眼のしくみ」2007

    • Author(s)
      倭 剛久
    • Publisher
      丸善
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Book] 生物理学ハンドブック(石渡信一・桂勲・桐野豊・美宅成樹 編)(分担執筆)2007

    • Author(s)
      倭 剛久
    • Publisher
      朝倉書店
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Book] 電磁場の方程式 バイオインフォマティクス事典(宮野 悟,江口 至洋,金久 實,高木 利久,中井 謙太 編)(分担執筆)2006

    • Author(s)
      倭 剛久
    • Publisher
      共立出版
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Book] 分子起動計算 バイオインフォマティクス事典(宮野 悟,江口 至洋,金久 實,高木 利久,中井 謙太 編)(分担執筆)2006

    • Author(s)
      倭 剛久
    • Total Pages
      232
    • Publisher
      共立出版
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Book] シュレーディンガー方程式 バイオインフォマティクス事典(宮野 悟,江口 至洋,金久 實,高木 利久,中井 謙太 編)(分担執筆)2006

    • Author(s)
      倭 剛久
    • Publisher
      共立出版
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Book] 静電場 バイオインフォマティクス事典(宮野 悟,江口 至洋,金久 實,高木 利久,中井 謙太 編)(分担執筆)2006

    • Author(s)
      倭 剛久
    • Publisher
      共立出版
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Book] 静磁場 バイオインフォマティクス事典(宮野 悟,江口 至洋,金久 實,高木 利久,中井 謙太 編)(分担執筆)2006

    • Author(s)
      倭 剛久
    • Publisher
      共立出版
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Book] タンパク質による光情報処理と光エネルギー変換の分子機構 名古屋大学情報連携基盤センターニュース Vol.5(No.3)(分担執筆)2006

    • Author(s)
      倭 剛久
    • Publisher
      名古屋大学情報連携基盤センター
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Computational study on the role of amino acide residues in the active site formation mechanism of blue-light photoreceptors2015

    • Author(s)
      R. Sato, H. Kitoh-Nishioka, K. Ando, T. Yamato
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 印刷中

    • NAID

      120005853265

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Journal Article] Combinatorial approach of molecular dynamics simulations and database analyses for the studies of protein structure and function2013

    • Author(s)
      T. Yamato, K. Yura
    • Journal Title

      Seikagaku

      Volume: 85 Pages: 646-655

    • NAID

      10031195375

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Journal Article] Nonneutral evolution of volume fluctuations in lysozymes revealed by normal-mode analysis of compressibility2012

    • Author(s)
      S.Mimura, T.Yamato, T.Kamiyama, K.Gekko
    • Journal Title

      Biophysical Chemistry

      Volume: 161 Pages: 39-45

    • DOI

      10.1016/j.bpc.2011.11.005

    • NAID

      120005308219

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Journal Article] Ligand migration in myoglobin : A combined study of computer simulation and x-ray crystallography2012

    • Author(s)
      Takayuki Tsuduki, Ayana Tomita, Shin-ya Koshihara, Shin-ichi Adachi, Takahisa Yamato
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 136 Issue: 16 Pages: 165101-165101

    • DOI

      10.1063/1.4704586

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-11J10227, KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Journal Article] Atomic stress tensor analysis of proteins2012

    • Author(s)
      T. Ishikura, T. Hatano, T. Yamato
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett.

      Volume: 539-540 Pages: 144-150

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2012.05.005

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Journal Article] はたらくタンパク質:エネルギー、電子、プロトン、リガンド移動の計算生体高分子科学2010

    • Author(s)
      倭剛久
    • Journal Title

      高分子論文集(特集「計算高分子科学」)

      Volume: 67 Pages: 179-186

    • NAID

      10026213240

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Journal Article] Modulation of the absorption maximum of rhodopsin by amino acids in the C-terminus.2007

    • Author(s)
      S.Yokoyama, T.Tada, T.Yamato
    • Journal Title

      Photochemistry and Photobiology 83

      Pages: 236-241

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Modulation of the absorption maximum of rhodopsin by amino acids in the C-terminus2007

    • Author(s)
      S.Yokoyama, T.Tada, T.Yamato
    • Journal Title

      Photochemistry and Photobiology 83

      Pages: 236-241

    • Description
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Spectral tuning of photoactive yellow protein2007

    • Author(s)
      T.Yamato, T.Ishikura, T.Kakitani, K.Kawaguchi, H.Watanabe
    • Journal Title

      Photochemistry and Photobiology 83

      Pages: 323-327

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Temperature dependence of the inelastic tunneling, Molecular Simulation2006

    • Author(s)
      H.Nishioka, T.Yamato, T.Kakitani
    • Journal Title

      Molecular Simulation 32

      Pages: 727-734

    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Theoretical prediction of optical absorption peaks for photosensory receptor mutants2006

    • Author(s)
      K.Kawaguchi, T.Yamato
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett. 430

      Pages: 386-390

    • Description
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Energy transfer pathways relevant for long-range in tramolecular signaling of photosensory protein revealed by microscopic energy conductivity analysis.2006

    • Author(s)
      T.Ishikura, T.Yamato
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett. 432

      Pages: 533-537

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Energy transfer pathways relevant for long-range intramolecular signaling of photosensory protein revealed by microscopic energy conductivity analysis2006

    • Author(s)
      T.Ishikura, T.Yamato
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett. 432

      Pages: 533-537

    • Description
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Energy transfer pathways relevant for long-range intramolecular signaling of photosensory protein revealed by microscopic energy conductivity analysis.2006

    • Author(s)
      T.Ishikura, T.Yamato
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett. 432

      Pages: 533-537

    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Theoretical prediction of optical absorption peaks for photosensory receptor mutants.2006

    • Author(s)
      K.Kawaguchi, T.Yamato
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett. 430

      Pages: 386-390

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 1. Two tunneling routes in photosynthetic reaction center alternate due to thermal fluctuation of protein conformation.2005

    • Author(s)
      H.Nishioka, A.Kimura, T.Yamato, T.Kawatsu, T.Kakitani
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B. 109(5)

      Pages: 1978-1987

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 2. Non-Condon theory for the energy gap dependence of electron transfer rate2005

    • Author(s)
      H.Nishioka, A.Kimura, T.Yamato, T.Kawatsu, T.Kakitani
    • Journal Title

      Phys. Chem. B. 109

      Pages: 15621-15635

    • Description
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 2. Non-Condon theory for the energy gap dependence of electron transfer rate.2005

    • Author(s)
      H.Nishioka, A.Kimura, T.Yamato, T.Kawatsu, T.Kakitani
    • Journal Title

      J.Phys.Chem.B. 109(32)

      Pages: 15621-15635

    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 1.2005

    • Author(s)
      Nishioka H, Kimura A, Yamato T, Kawatsu T, Kakitani T
    • Journal Title

      JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 109(5)

      Pages: 1978-1987

    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-12208005
  • [Journal Article] Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 1. Two tunneling routes in photosynthetic reaction center alternate due to thermal fluctuation of protein conformation2005

    • Author(s)
      H.Nishioka, A.Kimura, T.Yamato, T.Kawatsu, T.Kakitani
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B. 109

      Pages: 1978-1987

    • Description
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 1. Two tunneling routes in photosynthetic reaction center alternate due to thermal fluctuation of protein conformation.2005

    • Author(s)
      H.Nishioka, A.Kimura, T.Yamato, T.Kawatsu, T.Kakitani
    • Journal Title

      J.Phys.Chem.B. 109(5)

      Pages: 1978-1987

    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 2. Non-Condon theory for the energy gap dependence of electron transfer rate.2005

    • Author(s)
      H.Nishioka, A.Kimura, T.Yamato, T.Kawatsu, T.Kakitani
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B. 109(32)

      Pages: 15621-15635

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17370056
  • [Journal Article] Torsion potential works in rhodopsin2004

    • Author(s)
      A.Yamada, T.Yamato, T.Kakitani, S.Yamamoto
    • Journal Title

      PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY 79(5)

      Pages: 476-486

    • NAID

      110001158378

    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-12208005
  • [Journal Article] A new implicit solvent model for Brownian dynamics simulation : Solvent-accessible surface area dependent effective charge model2004

    • Author(s)
      Tadashi Ando, Toshiyuki Meguro, Ichiro Yamato
    • Journal Title

      J.Comput.Chem., Jpn. 3

      Pages: 129-136

    • NAID

      130000056836

    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-12208005
  • [Journal Article] Role of protein in the primary step of the photoreaction of yellow protein2004

    • Author(s)
      A.Yamada, T.Ishikura, T.Yamato
    • Journal Title

      PROTEINS : Structure, Function and Bioinformatics 55(4)

      Pages: 1063-1069

    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-12208005
  • [Journal Article] Direct measure of functional importance visualized atom-by-atom for photoactive yellow protein.2004

    • Author(s)
      A.Yamada, T.Ishikura, T.Yamato
    • Journal Title

      PROTEINS : Structure, Function and Bioinformatics 55(4)

      Pages: 1070-1077

    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-12208005
  • [Journal Article] Identification of nucleotide binding sites in V-type Na^<+-> ATPase from Enterococcus hirae2004

    • Author(s)
      Toshiaki Hosaka, Takeshi Murata, Yoshimi Kakinuma, Ichiro Yamato
    • Journal Title

      Biosci.Biotechnol.Biochem. 68

      Pages: 293-299

    • NAID

      130000030837

    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-12208005
  • [Journal Article] Enzymatic hydrolysis of α-and β-oligo(L-aspartic acid)s by poly(aspartic acid) hydrolases-1 and 2 from Sphingomonas sp.KT-12004

    • Author(s)
      Tomohiro Hiraishi, Mariko Kajiyama, Ichiro Yamato, Yoshiharu Doi
    • Journal Title

      Macromolecular Bioscience 4

      Pages: 330-339

    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-12208005
  • [Journal Article] Atomic stress tensor analysis of proteins

    • Author(s)
      T.Ishikura, T.Hatano, T.Yamato
    • Journal Title

      Chem.Phys.Lett.

      Volume: (印刷中)

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Reorganization of energy exchange network of amino acid residues and the protein allostery2014

    • Author(s)
      T. Yamato
    • Organizer
      International Workshop on Computational Biomolecular Science
    • Place of Presentation
      Ontake, Japan
    • Year and Date
      2014-04-01
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Rearrangement of energy exchange network of amino acid residues and protein allostery2014

    • Author(s)
      T. Yamato
    • Organizer
      International Workshop on Computational Biomolecular Science
    • Place of Presentation
      Ontake Kyuka Mura, Japan
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Role of reorganizable interactions between native residue contacts in the allosteric communication in proteins: A computational study by the inter-residue energy conductivity analysis.2013

    • Author(s)
      T. Yamato
    • Organizer
      Telluride Science Research Workshop - Protein dynamics
    • Place of Presentation
      Telluride, CO, USA
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Computational analysis of inter-residue energy conductivity and intramolecular communication chart of β2 adrenergic receptor2013

    • Author(s)
      Takakazu Ishikura, Tatsurou Hatano, and Takahisa Yamato
    • Organizer
      Nagoya Symposium - Frontiers in Structural Physiology On the Occasion of the Inauguration of the Cellular and Structural Physiology
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2013-01-22
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Energy flow and allosteric communication pathways in proteins: Computational study on the role of native inter-residue interactions2013

    • Author(s)
      T. Yamato
    • Organizer
      Telluride Science Research Workshop - Thermal transport at the Nanoscale
    • Place of Presentation
      Telluride, CO, USA
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] フラグメント分子軌道法を用いた光回復酵素における電子移動2013

    • Author(s)
      佐藤竜馬, 西岡宏任, 安藤耕司, 倭剛久
    • Organizer
      2012年度生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Electron Transfer of Blue-Light Photoreceptor:Computational Analysis of Electron Transfer Pathways2013

    • Author(s)
      佐藤竜馬, 倭剛久
    • Organizer
      IGER Annual meeting 2012
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Molecular mechnism of allosteric communication in proteins: Computational analysis of energy flow2013

    • Author(s)
      T. Yamato
    • Organizer
      "Large-scale molecular simulations in biology, chemistry, and physics", Satellite meeting of ICMS2013
    • Place of Presentation
      Nagoya, Japan
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Ligand migration in myoglobin: A combined study of computer simulation and x-ray crystallography2013

    • Author(s)
      T. Yamato, T. Tsuduki, A. Tomita, S. Adachi, S. Koshihara
    • Organizer
      4-th France-Japan Joint Seminar, Imaging of spatiotemporal hierarchies in living cells -- an overview of dynamics from molecules to cells --
    • Place of Presentation
      Hyogo
    • Year and Date
      2013-01-06
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] タンパク質中の電子・エネルギー・情報の流れ2013

    • Author(s)
      倭 剛久
    • Organizer
      生物物理化学研究会
    • Place of Presentation
      名古屋工業大学
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] タンパク質分子内のエネルギー伝導度の解析2012

    • Author(s)
      波多野達朗, 石倉孝一, 倭剛久
    • Organizer
      IGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems 2012
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-09-04
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] 青色光受容体蛋白質における電子移動反応メカニズムの理論的研究2012

    • Author(s)
      佐藤竜馬、西岡宏任、倭剛久
    • Organizer
      物理学会第67回年次大会
    • Place of Presentation
      西宮
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Computational Analysis of Electron Transfer Reaction by Photolyase/Cryptochrome Blue-Light Photoreceptors2012

    • Author(s)
      佐藤竜馬, 倭剛久
    • Organizer
      International Symposium on Computics:Quantum Simulation and Design (ISC-QSD)
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2012-10-11
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] 青色光受容体蛋白質におけるDNA修復メカニズムの理論的研究2012

    • Author(s)
      佐藤竜馬、倭剛久
    • Organizer
      文部科学省科学研究費新学術領域「コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス」平成24年度研究会
    • Place of Presentation
      東京
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] タンパク質の原子レベルでのストレステンソル解析2012

    • Author(s)
      石倉孝一、波多野達朗、倭剛久
    • Organizer
      物理学会第67回年次大会
    • Place of Presentation
      西宮
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] タンパク質の原子レベルでのストレステンソル解析2012

    • Author(s)
      石倉孝一、倭剛久
    • Organizer
      文部科学省科学研究費新学術領域「コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス」平成24年度研究会
    • Place of Presentation
      東京
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Computational Analysis of Electron Tunneling Pathways by DNA Photolyase and Cryptochrome Blue-Light Photoreceptors2012

    • Author(s)
      佐藤竜馬, 倭剛久
    • Organizer
      IGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems 2012
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-09-04
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Atomic Stress Tensor Analysis of Biomolecules2012

    • Author(s)
      Takakazu Ishikura, Tatsurou Hatano, and Takahisa Yamato
    • Organizer
      The 50 th Annual Meeting of the Biological Society of Japan
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2012-09-22
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] 青色光受容体蛋白質における電子トンネル移動経路の理論的研究2012

    • Author(s)
      佐藤竜馬、倭剛久
    • Organizer
      2011年度生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-03-19
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Exploring protein function using computational biophysics2012

    • Author(s)
      T.Yamato
    • Organizer
      1^<st> International Symposium, Center for Simulation Sciences, Ochanomizu University
    • Place of Presentation
      東京(招待講演)
    • Year and Date
      2012-02-16
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Computational Analysis of Electron Transfer Reaction by DNA Photolyase and Cryptochrome Blue-Light Photoreceptors2012

    • Author(s)
      佐藤竜馬, 倭剛久
    • Organizer
      26th Annual Symposium of The Protein Society
    • Place of Presentation
      サンディエゴ、米国
    • Year and Date
      2012-08-05
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Ligand-protein interaction studied by computer simulation and time-resolved x-ray crystallography2012

    • Author(s)
      Takayuki Tsuduki, Ayana Tomita, Shin-ya Koshihara, Shin-ichi Adachi, and Takahisa Yamato
    • Organizer
      26th Annual Symposium of The Protein Society
    • Place of Presentation
      サンディエゴ、米国
    • Year and Date
      2012-08-05
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Atomic Stress Tensor Analysis of Biomolecule2012

    • Author(s)
      Takakazu Ishikura, Tatsurou Hatano, and Takahisa Yamato
    • Organizer
      JST International Symposium on Multi-scale Simulation of Condensed-phase Reacting Systems (MSCRS2012)
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2012-05-10
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Theoretical Study of Electron Transfer Reaction by Photolyase/Cryptochrome Blue-Light Photoreceptors2012

    • Author(s)
      佐藤竜馬, 倭剛久
    • Organizer
      JST International Symposium
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2012-05-10
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] 青色光受容体蛋白質における電子トンネル移動経路と構造変化2012

    • Author(s)
      佐藤竜馬, 西岡宏任, 倭剛久
    • Organizer
      第26回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2012-11-26
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] LIGAND-PROTEIN INTERACTION STUDIED BY COMPUTER SIMULATION AND TIME-RESOLVED X-RAY CRYSTALLOGRAPHY2012

    • Author(s)
      都築峰幸、富田文菜、腰原伸也、足立伸一、倭剛久
    • Organizer
      文部科学省科学研究費新学術領域「コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス」平成24年度研究会
    • Place of Presentation
      東京
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] LIGAND-PROTEIN INTERACTION STUDIED BY COMPUTER SIMULATION AND TIME-RESOLVED X-RAY CRYSTALLOGRAPHY2012

    • Author(s)
      都築峰幸、富田文菜、腰原伸也、足立伸一、倭剛久
    • Organizer
      Biophysical Society 56th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      San Diego、USA
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] DASH型クリプトクロームにおける電子移動反応の解析2011

    • Author(s)
      佐藤竜馬、倭剛久
    • Organizer
      第11回蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] ミオグロビンと気体分子の相互作用解析2011

    • Author(s)
      倭剛久
    • Organizer
      コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス 平成22年度研究会
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] 視物質ロドプシンの吸収波長制御メカニズム2011

    • Author(s)
      倭剛久
    • Organizer
      コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス 平成22年度研究会
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] 青色光受容体蛋白質のDNA光補修反応メカニズムの理論的研究2011

    • Author(s)
      佐藤竜馬、倭剛久
    • Organizer
      第25回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      東京
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] タンパク質の計算生物物理学:物質・エネルギー・情報の流れ2011

    • Author(s)
      倭剛久
    • Organizer
      大阪蛋白質研究所セミナー「タンパク質科学の未来を語る:実験・理論研究者の対話
    • Place of Presentation
      大阪(招待講演)
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Intramolecular communication chart of proteins : Computational analysis of energy transfer pathways2010

    • Author(s)
      倭剛久
    • Organizer
      Thermal transport at the nanoscale, Telluride Science Research Center Workshop
    • Place of Presentation
      Telluride, CO, USA
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] 多自由度・大規模系における反応と構造空間探索:生体系へのアプローチ2010

    • Author(s)
      倭剛久
    • Organizer
      第4回物性科学領域横断研究会 凝縮系科学の最前線
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Proteins at work : Computational biophysics of energy, electron, Proton transfer and ligand migration2010

    • Author(s)
      倭剛久
    • Organizer
      COE Start-up International Workshop
    • Place of Presentation
      Chiba University, Japan
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] 多自由度・大規模系における反応と構造空間探索2010

    • Author(s)
      倭剛久
    • Organizer
      コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス キックオフ・ミーティング
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2010-09-18
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] TBA

    • Author(s)
      T. Yamato
    • Organizer
      Telluride Science Research Workshop - Protein dynamics
    • Place of Presentation
      Telluride, CO, USA
    • Year and Date
      2015-08-03 – 2015-08-07
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Energy exchange network of inter-residue interactions of protein

    • Author(s)
      T. Yamato, T. Ishikura
    • Organizer
      PSSJ2015
    • Place of Presentation
      Tokushima, Japan
    • Year and Date
      2015-06-24 – 2015-06-26
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • [Presentation] Energy exchange network model of proteins

    • Author(s)
      T. Yamato
    • Organizer
      Pacifichem 2015
    • Place of Presentation
      Honolulu, Hawaii, USA
    • Year and Date
      2015-12-15 – 2015-12-20
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PLANNED-22104009
  • 1.  KAKITANI Toshiaki (90027350)
    # of Collaborated Projects: 9 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 2.  KOUYAMA Tsutomu (30170210)
    # of Collaborated Projects: 2 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 3.  MURAKAMI Midori (20324387)
    # of Collaborated Projects: 2 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 4.  ADACHI Shinichi (60260220)
    # of Collaborated Projects: 2 results
    # of Collaborated Products: 4 results
  • 5.  IHARA Kunio (90223297)
    # of Collaborated Projects: 2 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 6.  OSHIYAMA Atsushi (80143361)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 7.  INABA Mary (60282711)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 8.  TAKAHASHI Daisuke (00292714)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 9.  ZHANG Shao-Lian (20252273)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 10.  TSUNEYUKI Shinji (90197749)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 11.  WATANABE Satoshi (00292772)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 12.  NAKANISHI Hiroshi (40237326)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 13.  IMADA Masatoshi (70143542)
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  • 14.  TAKADA Yasutami (00126103)
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  • 15.  SATO Kazunori (60379097)
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  • 16.  MITSUTAKE Ayori (00338253)
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  • 17.  OKAMOTO Yuko (70185487)
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  • 18.  MITAKU Shigeki (10107542)
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  • 19.  SONOYAMA Masashi (40242242)
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  • 20.  YAMATO Ichiro (70111458)
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  • 21.  OKUMURA Hideo (90377903)
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  • 22.  安川 民男 (00006298)
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  • 23.  神谷 信夫 (60152865)
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