Chikenji George 千見寺浄慈

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CHIKENJI George 千見寺浄慈

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Researcher Number	10420366
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Affiliation (Current)	2025: 名古屋大学, 工学研究科, 助教
Affiliation (based on the past Project Information) *help	2016 – 2025: 名古屋大学, 工学研究科, 助教 2014: 名古屋大学, 大学院工学研究科, 助教 2011 – 2014: 名古屋大学, 工学(系)研究科(研究院), 助教 2009: Nagoya University, 工学研究科, 助教 2007 – 2009: Nagoya University, 大学院・工学研究科, 助教 2006: 名古屋大学, 大学院工学研究科, 助手
Review Section/Research Field	Principal Investigator Biophysics / Basic Section 43020:Structural biochemistry-related Except Principal Investigator Biophysics/Chemical physics / Medium-sized Section 43:Biology at molecular to cellular levels, and related fields / Science and Engineering
Keywords	Principal Investigator タンパク質 / 立体構造予測 / フラグメントアセンブリ法 / 立体構造 / フォールディング / 合理デザイン / バイオインフォマティクス / タンパク質デザイン / 合理的設計 / 合理的デザイン … More / 生物物理 / βシート / 平行βシート / トポロジー / 疎水性相互作用 / 非局所的相互作用 / 新規フォールド構造 / ループクロス / 二次構造パッキング / 構造比較 / non-sequential / 構造アラインメント / アロステリック / 水素結合 / アロステリック転移 / 非経験的局所構造予測 / 第一原理的立体構造予測 / アロステリック変化 / 局所構造 / 計算物理 … More Except Principal Investigator 国際情報交換アメリカ / 遺伝子ネットワーク / クロマチンドメイン / 相分離 / ゲノム立体構造 / ゲノムMD / 遺伝子制御ネットワーク / 非断熱揺らぎ / クロマチン構造 / 遺伝子制御ネットワーク理論 / 遺伝子スイッチの非断熱揺らぎ / ゲノム分子動力学 / 国際情報交流アメリカ / 揺らぎ / ES細胞 / 統計力学 / 分子モーター / ナノバイオ / 蛋白質 / 生物物理 Less

左巻きβαβモチーフを含むタンパク質のデノボデザインによるフォールド空間の拡大Principal Investigator
- Principal Investigator
  
  千見寺浄慈
- Project Period (FY)
  2025 – 2027
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Review Section
  
  Basic Section 43020:Structural biochemistry-related
- Research Institution
  Nagoya University
Principles of genome dynamics and DNA functions
- Principal Investigator
  
  笹井理生
- Project Period (FY)
  2022 – 2026
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
- Review Section
  
  Medium-sized Section 43:Biology at molecular to cellular levels, and related fields
- Research Institution
  Kyoto University
Elucidating the physically designable protein fold space: theory and experimental validationPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  George Chikenji
- Project Period (FY)
  2019 – 2021
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- Review Section
  
  Basic Section 43020:Structural biochemistry-related
- Research Institution
  Nagoya University
Development of a new fold protein structure prediction method using rewiring known foldsPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  Chikenji George
- Project Period (FY)
  2016 – 2019
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- Research Field
  
  Biophysics
- Research Institution
  Nagoya University
Theories of fluctuation and regulation of eukaryotic gene switches
- Principal Investigator
  
  SASAI Masaki
- Project Period (FY)
  2012 – 2014
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
- Research Field
  
  Biophysics/Chemical physics
- Research Institution
  Nagoya University
Statistical physics of dynamical transitions in ES cells
- Principal Investigator
  
  SASAI Masaki
- Project Period (FY)
  2011 – 2014
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
- Research Field
  
  Biophysics/Chemical physics
- Research Institution
  Nagoya University
Development of a new De Novo protein structure prediction method based on a different approach of the fragment assembly methodPrincipal Investigator
- Principal Investigator
  
  GEORGE Chikenji
- Project Period (FY)
  2011 – 2014
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
- Research Field
  
  Biophysics
- Research Institution
  Nagoya University
A protein structure prediction study focusing on physico-chemical properties of local sequences.Principal Investigator
- Principal Investigator
  
  CHIKENJI George
- Project Period (FY)
  2008 – 2009
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
- Research Field
  
  Biophysics
- Research Institution
  Nagoya University
蛋白質の柔らかいダイナミクスの分子論
- Principal Investigator
  
  SASAI Masaki
- Project Period (FY)
  2006 – 2007
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- Review Section
  
  Science and Engineering
- Research Institution
  Nagoya University
立体構造予測からのタンパク質立体構造構築原理の探求Principal Investigator
- Principal Investigator
  
  千見寺浄慈
- Project Period (FY)
  2006 – 2007
- Research Category
  
  Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
- Research Field
  
  Biophysics
- Research Institution
  Nagoya University

All 2022 2020 2019 2018 2017 2016 2014 2013 2011 2009 2008 2007 Other

All Journal Article Presentation Book

[Book] 細胞の物理生物学(Physical Biology of the Cellの邦訳）2011
- Author(s)
  笹井理生、伊藤一仁、千見寺浄慈、寺田智樹
- Total Pages
  957
- Publisher
  共立出版
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Journal Article] The cavity method to protein design problem2022
- Author(s)
  Takahashi Tomoei、Chikenji George、Tokita Kei
- Journal Title
  
  Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment
  
  Volume: 2022 Issue: 10 Pages: 103403-103403
- DOI
  10.1088/1742-5468/ac9465
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Journal Article] The Structural Rule Distinguishing a Superfold: A Case Study of Ferredoxin Fold and the Reverse Ferredoxin Fold2022
- Author(s)
  Nishina Takumi、Nakajima Megumi、Sasai Masaki、Chikenji George
- Journal Title
  
  Molecules
  
  Volume: 27 Issue: 11 Pages: 3547-3547
- DOI
  10.3390/molecules27113547
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166, KAKENHI-PUBLICLY-21H00248, KAKENHI-ORGANIZER-19H05794, KAKENHI-PROJECT-22H00406
[Journal Article] A prospective compound screening contest identified broader inhibitors for Sirtuin 12019
- Author(s)
  Chiba Shuntaro et al.
- Journal Title
  
  Scientific Reports
  
  Volume: 9 Issue: 1 Pages: 19585-19585
- DOI
  10.1038/s41598-019-55069-y
- Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-17H01814, KAKENHI-PROJECT-19H03166, KAKENHI-PROJECT-16K07315, KAKENHI-PROJECT-18K18150
[Journal Article] MICAN-SQ: A sequential protein structure alignment program that is applicable to monomers and all types of oligomers2018
- Author(s)
  Shintaro Minami, Kengo Sawada, Motonori Ota, and George Chikenji
- Journal Title
  
  Bioinformatics
  
  Volume: 34 Issue: 19 Pages: 3324-3331
- DOI
  10.1093/bioinformatics/bty369
- Peer Reviewed / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315, KAKENHI-PROJECT-18H03331, KAKENHI-PROJECT-17J02339
[Journal Article] An iterative compound screening contest method for identifying target protein inhibitors using the tyrosine-protein kinase Yes2017
- Author(s)
  Shuntaro Chiba, 他30名（George Chikenji は16番目の著者）
- Journal Title
  
  Scientific Reports
  
  Volume: 7 Issue: 1 Pages: 1-13
- DOI
  10.1038/s41598-017-10275-4
- Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315, KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-17H01814, KAKENHI-PROJECT-16J09021, KAKENHI-PROJECT-17J06897
[Journal Article] Rules for connectivity of secondary structure elements in protein: two-layer αβ sandwiches2017
- Author(s)
  Shintaro Minami, George Chikenji, and Motonori Ota
- Journal Title
  
  Protein Science
  
  Volume: 26 Issue: 11 Pages: 2257-2267
- DOI
  10.1002/pro.3285
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315, KAKENHI-PROJECT-17J02339
[Journal Article] Importance of consensus region of multiple-ligand templates in a virtual screening method2017
- Author(s)
  Tatsuya Okuno, Koya Kato, Shintaro Minami, Tomoki P Terada, Masaki Sasai, George Chikenji
- Journal Title
  
  Biophysics and Physicobiology
  
  Volume: 13 Pages: 49-156
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Journal Article] Cooperativity and modularity in protein folding2017
- Author(s)
  Masaki Sasai, George Chikenji, Tomoki P Terada
- Journal Title
  
  Biophysics and Physicobiology
  
  Volume: 13 Pages: 281-293
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Journal Article] How a Spatial Arrangement of Secondary Structure Elements Is Dispersed in the Universe of Protein Folds2014
- Author(s)
  Shintaro Minami, Kengo Sawada, George Chikenji
- Journal Title
  
  PLoS One
  
  Volume: 9 Issue: 9 Pages: e107959-e107959
- DOI
  10.1371/journal.pone.0107959
- Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant / Open Access
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Journal Article] MICAN : a protein structure alignment algorithm that can handle Multiple-chains, Inverse alignments, Ca only models, Alternative alignments, and Non-sequential alignments2013
- Author(s)
  Shintaro Minami, Kengo Sawada and George Chikenji
- Journal Title
  
  BMC Bioinformatics
  
  Volume: 14 Issue: 1 Pages: 1-22
- DOI
  10.1186/1471-2105-14-24
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-10J07855, KAKENHI-PROJECT-23770174
[Journal Article] Folding energy landscape and network dynamics of small globular proteins2009
- Author(s)
  Naoto Hori, George Chikenji, R. Stephen Berry, Shoji Takada
- Journal Title
  
  Proceedings of the National Academy of Sciences USA vol.106
  
  Pages: 73-78
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-20770120
[Journal Article] Folding energy landscape and network dynamics of small globular proteins2009
- Author(s)
  Naoto Hori, George Chikenji, R. Stephen Berry, and Shoji Takada
- Journal Title
  
  Proceedings of the National Academy of Sciences USA 106
  
  Pages: 73-78
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-20770120
[Journal Article] In silico chaperonin-like cycle helps folding of proteins for structure prediction2008
- Author(s)
  T. Furuta, Y. Fujitsuka, G. Chikenji, S. Takada
- Journal Title
  
  Biophysical Journal 94
  
  Pages: 2558-2565
- Peer Reviewed
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18870011
[Journal Article] What We can Learn about Protein Folding from Recent Progress in Structure Prediction2007
- Author(s)
  George Chikenji, Yoshimi Fujitsuka, Shoji Takada
- Journal Title
  
  Frontiers of Computational Science
  
  Pages: 149-155
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18870011
[Presentation] Structural determinants for distinguishing frequently and rarely occurring psi-loop motifs2022
- Author(s)
  Tomoki C. Terada, Takumi Nishina, George Chikenji
- Organizer
  第60回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] 全原子シミュレーションを用いたβαβ モチーフのレジスタシフトルールの解明2022
- Author(s)
  Senji Mishima, Hiroto Murata, George Chikenji
- Organizer
  第60回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] 左巻きβαβ モチーフをもつタンパク質のデノボデザインに向けて2022
- Author(s)
  Hiroto Murata, George Chikenji
- Organizer
  第60回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] ベイズ学習による格子タンパク質模型のデザイン2022
- Author(s)
  Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita
- Organizer
  第60回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] スーパーフォールドを区別する構造ルールの探索:フェレドキシン構造とリバースフェレドキシン構造の解析2022
- Author(s)
  Takumi Nishina, George Chikenji
- Organizer
  第60回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] タンパク質複合体における複数残基間相互作用の解析2022
- Author(s)
  Masaki Koyama, George Chikenji
- Organizer
  第60回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] ラマチャンドランプロットの再分類による未知のタンパク質構造の探索2020
- Author(s)
  村田裕斗, 千見寺浄慈
- Organizer
  日本物理学会第75回年次大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] Why loops connecting a β-strand and an α-helix prefer particular dihedral angles and amino acids2020
- Author(s)
  中島恵, 千見寺浄慈
- Organizer
  第５８回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] Elucidation of local structure contributing to protein stability: Structural features of loop residues of 4-strand β-sheet motif2020
- Author(s)
  Megumi Nakajima, George Chikenji
- Organizer
  第２０回日本蛋白質科学会年会
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] The relationship between designability of protein and preference of local structures: A lattice model study2020
- Author(s)
  床和真, 千見寺浄慈
- Organizer
  第５８回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] The Relationship between Designability of Protein and Preference of Local Structures2020
- Author(s)
  Kazuma Toko, George Chikenji
- Organizer
  第２０回日本蛋白質科学会年会
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] Search for Partial Structural Space of Specific Loop Residues by Hydrogen Bond and Steric Repulsion2020
- Author(s)
  Hiroto Murata, George Chikenji
- Organizer
  第２０回日本蛋白質科学会年会
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] 経験ベイズ推定による格子タンパク質模型のデザイン2020
- Author(s)
  高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎
- Organizer
  日本物理学会第75回年次大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] Database analysis of protein-protein interaction2020
- Author(s)
  佐川航, 千見寺浄慈
- Organizer
  第５８回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] Database Analysis of Protein-protein Interfaces2020
- Author(s)
  Wataru Sagawa, George Chikenji
- Organizer
  第２０回日本蛋白質科学会年会
- Int'l Joint Research
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] Search for Partial Structural Space of Specific Loop Residues by Hydrogen Bond and Steric Repulsion2020
- Author(s)
  村田裕斗, 千見寺浄慈
- Organizer
  第５８回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] 経験ベイズ推定による格子タンパク質模型のデザイン2020
- Author(s)
  高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎
- Organizer
  日本物理学会第75回年次大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] ラマチャンドランプロットの再分類による未知のタンパク質構造の探索2020
- Author(s)
  村田裕斗, 千見寺浄慈
- Organizer
  日本物理学会第75回年次大会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] フェレドキシン構造とそのリバース構造のタンパク質デザイナビリティの決定因子2019
- Author(s)
  中島恵、千見寺浄慈
- Organizer
  第１９回日本蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] 物理的にデザイン可能なタンパク質フォールドの条件：立体構造データベース解析による知識抽出2019
- Author(s)
  千見寺浄慈
- Organizer
  第１９回日本蛋白質科学会年会
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] Asymmetry of psi-loop motifs2019
- Author(s)
  K. Fukuda, G. Chikenji
- Organizer
  第57回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] Relationship between loop geometry and register shift in parallel beta-sheet proteins2019
- Author(s)
  R. Ueda, G. Chikenji
- Organizer
  第57回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] Exploration of novel alpha-beta protein folds by de novo design2019
- Author(s)
  S. Minami, R. Koga, G. Chikenji, T. Sugiki, N. Kobayashi
- Organizer
  第57回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] 物理的にデザイン可能なタンパク質フォールドの条件：立体構造データベース解析による知識抽出2019
- Author(s)
  千見寺浄慈
- Organizer
  第１９回日本蛋白質科学会年会
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] フェレドキシン構造とそのリバース構造のタンパク質デザイナビリティの決定因子2019
- Author(s)
  中島恵、千見寺浄慈
- Organizer
  第１９回日本蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] Reclassification of dihedral angles in protein backbone structures using machine learning2019
- Author(s)
  H. Murata, G. Chikenji
- Organizer
  第57回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] Asymmetry of psi-loop motifs2019
- Author(s)
  K. Fukuda, G. Chikenji
- Organizer
  第57回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] 立体構造データベース中でのψループモチーフの出現頻度の偏りの物理的要因2019
- Author(s)
  福田孝貴、千見寺浄慈
- Organizer
  第１９回日本蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] Reclassification of dihedral angles in protein backbone structures using machine learning2019
- Author(s)
  H. Murata, G. Chikenji
- Organizer
  第57回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] Exploration of novel alpha-beta protein folds by de novo design2019
- Author(s)
  S. Minami, R. Koga, G. Chikenji, T. Sugiki, N. Kobayashi
- Organizer
  第57回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] 立体構造データベース中でのψループモチーフの出現頻度の偏りの物理的要因2019
- Author(s)
  福田孝貴、千見寺浄慈
- Organizer
  第１９回日本蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] 機械学習を用いたタンパク質主鎖構造における2 面角の再分類2019
- Author(s)
  村田裕斗、千見寺浄慈
- Organizer
  第１９回日本蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-19H03166
[Presentation] 機械学習を用いたタンパク質主鎖構造における2 面角の再分類2019
- Author(s)
  村田裕斗、千見寺浄慈
- Organizer
  第１９回日本蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] Relationship between loop geometry and register shift in parallel beta-sheet proteins2019
- Author(s)
  R. Ueda, G. Chikenji
- Organizer
  第57回日本生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] βシートタンパク質のデノボデザインにおける主鎖構造設計図の選択基準2018
- Author(s)
  今川駿, 古賀信康, 千見寺浄慈
- Organizer
  第18回日本蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] 立体構造データベース中でのψループモチーフの出現頻度の偏りの起源2018
- Author(s)
  福田孝貴, 千見寺浄慈
- Organizer
  第18回日本蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] X線結晶構造解析から得られたタンパク質立体構造データの網羅的情報解析による知識抽出2018
- Author(s)
  千見寺浄慈
- Organizer
  第10回放射光学会若手研究会
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] Criteria for evaluating designability of pure parallel beta sheet structures2018
- Author(s)
  今川駿, 古賀信康, 千見寺浄慈
- Organizer
  第56回生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] デザイン可能なタンパク質構造の条件2018
- Author(s)
  千見寺浄慈
- Organizer
  日本計算数理工学会第34回計算数理工学フォーラム
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] Diversification of P-loop protein structure simulated by imposing the functional requirement as a selection pressure2018
- Author(s)
  犬飼耕平, 笹井理生, 千見寺浄慈
- Organizer
  第56回生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] A skewed distribution of psi-loop motifs in the protein structure database2018
- Author(s)
  福田孝貴, 千見寺浄慈
- Organizer
  第56回生物物理学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] デザインしやすいタンパク質立体構造の条件2018
- Author(s)
  千見寺浄慈
- Organizer
  学際計算物理学研究会
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] β-α-βモチーフにおけるレジスタシフトの非対称性2018
- Author(s)
  千見寺浄慈, 南慎太朗, 古賀信康
- Organizer
  第18回日本蛋白質科学会年会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] Revisiting a classical threading method with novel scoring function of sequence-structure compatibility2017
- Author(s)
  共田恭輔、増山陽汰、千見寺浄慈
- Organizer
  日本生物物理学会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] What are the structural features of superfolds? a case study of beta-sheet proteins2017
- Author(s)
  千見寺浄慈、今川駿、南慎太朗
- Organizer
  日本生物物理学会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] βシートタンパク質のデノボデザインでデザインしやすいβストランドの配置とはどんなものだろうか？2017
- Author(s)
  今川駿、古賀信康、千見寺浄慈
- Organizer
  蛋白質科学会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] 天然に存在しないフォールドを持つタンパク質の合理的デザイン2017
- Author(s)
  南慎太朗、古賀理恵、千見寺浄慈、古賀信康
- Organizer
  日本生物物理学会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] Some factors that make a structure of ba beta-sheet protein more designable2017
- Author(s)
  今川駿、古賀信康、千見寺浄慈
- Organizer
  日本生物物理学会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] 新規フォールドタンパク質の合理デザインに向けて2017
- Author(s)
  南慎太朗、千見寺浄慈、古賀信康
- Organizer
  蛋白質科学会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] スーパーフォールドの決定因子：平行βシートタンパク質を例にして2017
- Author(s)
  千見寺浄慈、南慎太朗
- Organizer
  蛋白質科学会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] Combining a docking software with a ligand-based virtual screening method, VS-APPLE2017
- Author(s)
  小林大祐、千見寺浄慈
- Organizer
  日本生物物理学会
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] タンパク質立体構造におけるレア構造2016
- Author(s)
  西山俊介、南慎太朗、千見寺浄慈
- Organizer
  蛋白質科学会
- Place of Presentation
  福岡国際会議場(福岡県福岡市)
- Year and Date
  2016-06-07
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] タンパク質構造を利用したバーチャルスクリーニングとその周辺2016
- Author(s)
  千見寺浄慈
- Organizer
  第5回生命医薬情報学連合大会
- Place of Presentation
  東京国際交流館プラザ平成(東京都港区)
- Year and Date
  2016-09-29
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] 二次構造順序の変化によって起こる蛋白質フォールドの多様化2016
- Author(s)
  南慎太朗、千見寺浄慈、太田元規
- Organizer
  日本生物物理学会
- Place of Presentation
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- Year and Date
  2016-11-25
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] New rules for beta sheet topology of protein structures2016
- Author(s)
  西山俊介、南慎太朗、千見寺浄慈
- Organizer
  第5回生命医薬情報学連合大会
- Place of Presentation
  東京国際交流館プラザ平成(東京都港区)
- Year and Date
  2016-09-29
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] New rules of protein structures2016
- Author(s)
  西山俊介、南慎太朗、千見寺浄慈
- Organizer
  日本生物物理学会
- Place of Presentation
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- Year and Date
  2016-11-25
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] Analysis of protein complexes structures towards rational design of inhibitors of Protein-protein interactions (PPIs)2016
- Author(s)
  小林大祐、千見寺浄慈
- Organizer
  日本生物物理学会
- Place of Presentation
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- Year and Date
  2016-11-25
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] 立体構造予測において疎水効果を評価するための新しい指標：仮想原子の周りのコンタクト数2016
- Author(s)
  増山陽太、千見寺浄慈
- Organizer
  日本生物物理学会
- Place of Presentation
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- Year and Date
  2016-11-25
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] A new threading method based on the physical characteristics of sequence-structure compatibility2016
- Author(s)
  共田恭輔、増山陽太、千見寺浄慈
- Organizer
  日本生物物理学会
- Place of Presentation
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- Year and Date
  2016-11-25
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-16K07315
[Presentation] Generating novel protein folds from existing folds for de novo protein structure prediction2013
- Author(s)
  中川裕規, 千見寺浄慈, 南慎太朗
- Organizer
  日本生物物理学会
- Place of Presentation
  国立京都国際会館（京都府京都市）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] 配列順序を無視したタンパク質の立体構造比較によって見えてきたこと2013
- Author(s)
  南慎太朗、澤田賢吾、千見寺浄慈
- Organizer
  日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  とりぎん文化会館（鳥取県鳥取市）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] Non-sequential structural alignment reveals fold change by segment shuffling during evolution2013
- Author(s)
  南慎太朗, 千見寺浄慈, 太田元規
- Organizer
  日本生物物理学会
- Place of Presentation
  国立京都国際会館（京都府京都市）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] A new homology modeling technique that utilizes the knowledge of completeness of the PDB2013
- Author(s)
  金光高宏, 南慎太郎, 千見寺浄慈
- Organizer
  日本生物物理学会
- Place of Presentation
  国立京都国際会館（京都府京都市）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] Development of Ligand Based Virtual Screening considering protein-ligand interaction2013
- Author(s)
  加藤鉱也, 千見寺浄慈
- Organizer
  日本生物物理学会
- Place of Presentation
  国立京都国際会館（京都府京都市）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] Some features of protein pairs which have same SSEs packing arrangement but have different topology2013
- Author(s)
  向辰朗, 南慎太朗, 千見寺浄慈
- Organizer
  日本生物物理学会
- Place of Presentation
  国立京都国際会館（京都府京都市）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] 配列情報と構造情報を同時に用いた超遠縁の蛋白質相同性検出法2013
- Author(s)
  南慎太朗、千見寺浄慈
- Organizer
  日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  とりぎん文化会館（鳥取県鳥取市）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] 配列順序に依存しない相同性から示唆される蛋白質フォールド多様化のメカニズム2011
- Author(s)
  南慎太朗、澤田賢吾、千見寺浄慈
- Organizer
  日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  ホテル阪急エキスポパーク（大阪府）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] 新規GAP ペナルティーを用いた超遠縁蛋白質間の構造－配列アラインメント2011
- Author(s)
  澤田賢吾、南慎太朗、千見寺浄慈
- Organizer
  日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  ホテル阪急エキスポパーク（大阪府）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] 分子の構造揺らぎと相互作用パターンを考慮したLigand-based Virtual Screening2011
- Author(s)
  奥野達矢、千見寺浄慈
- Organizer
  日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  ホテル阪急エキスポパーク（大阪府）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] Pharmacophore を考慮したLigand-Based Virtual Screening2011
- Author(s)
  奥野達矢、千見寺浄慈
- Organizer
  日本コンピュータ化学会
- Place of Presentation
  東京工業大学（東京都）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] Simulated evolution of protein by a selective pressure on function2011
- Author(s)
  Masahiro Yamamoto, Takeshi N. Sasaki, Kengo Sawada, Shintaro Minami, George Chikenji, Tomoki P. Terada, Masaki　Sasai
- Organizer
  日本生物物理学会
- Place of Presentation
  兵庫県立大学（兵庫県）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] Development of a novel protein structure predicion method emphasizing non-local interaction2011
- Author(s)
  Kota　Nakamori, Shintaro　Minami, Kengo　Sawada, George　Chikenji
- Organizer
  日本生物物理学会
- Place of Presentation
  兵庫県立大学（兵庫県）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] A related location of exon boundary and structural alignment boundary reveals a mechanism of protein fold diversity2011
- Author(s)
  Shintaro　Minami, Kengo　Sawada, George　Chikenji
- Organizer
  日本生物物理学会
- Place of Presentation
  兵庫県立大学（兵庫県）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] The evolution of protein folds and De Novo protein structure prediction2011
- Author(s)
  南慎太朗、中森弘太、澤田賢吾、千見寺浄慈
- Organizer
  日本蛋白質科学会(招待講演)
- Place of Presentation
  ホテル阪急エキスポパーク（大阪府）
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] "ゴーストウォーター"を含む全原子モデルによる蛋白質構造予測2009
- Author(s)
  澤藤俊平、千見寺浄慈
- Organizer
  生物物理学会
- Place of Presentation
  アスティとくしま
- Year and Date
  2009-11-01
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-20770120
[Presentation] Template based protein structure prediction by Fragment assembly in CASP82009
- Author(s)
  澤田賢吾, 千見寺浄慈
- Organizer
  第9回日本バイオインフォマティクス学会創薬インフォマティクス研究会「CASP8タンパク質立体構造予測の最前線」
- Place of Presentation
  東京大学医科学研究所
- Year and Date
  2009-01-19
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-20770120
[Presentation] Template based protein structure prediction by Fragment assemblv in CASP 82009
- Author(s)
  澤田賢吾, 千見寺浄慈
- Organizer
  第9回日本バイオインフォマティクス学会創薬インフォマティクス研究会「CASP8タンパク質立体構造予測の最前線」
- Place of Presentation
  東京大学医科学研究所
- Year and Date
  2009-01-19
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-20770120
[Presentation] フラグメントアセンブリによるテンプレートを用いた立体構造予測2009
- Author(s)
  澤田賢吾、千見寺浄慈
- Organizer
  蛋白質科学会
- Place of Presentation
  熊本全日空ホテルニュースカイ
- Year and Date
  2009-05-22
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-20770120
[Presentation] 新規フォールドに対する立体構造予測に向けて-フラグメントアセンブリ法による予測精度のライブラリ依存性-2009
- Author(s)
  南慎太郎、千見寺浄慈
- Organizer
  生物物理学会
- Place of Presentation
  アスティとくしま
- Year and Date
  2009-11-01
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-20770120
[Presentation] 仮想水分子を含んだ水素結合ポテンシャルを用いたタンパク質構造の安定性評価2009
- Author(s)
  澤藤俊平、千見寺浄慈
- Organizer
  蛋白質科学会
- Place of Presentation
  熊本全日空ホテルニュースカイ
- Year and Date
  2009-05-22
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-20770120
[Presentation] フラグメントアセンブリ法による大規模蛋白質リファインメント2009
- Author(s)
  澤田賢吾、千見寺浄慈
- Organizer
  生物物理学会
- Place of Presentation
  アスティとくしま
- Year and Date
  2009-11-01
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-20770120
[Presentation] カルモジュリンの構造変化:構造予測の手法およびMDシミュレーションを相補的に用いた研究2009
- Author(s)
  南慎太郎、千見寺浄慈
- Organizer
  蛋白質科学会
- Place of Presentation
  熊本全日空ホテルニュースカイ
- Year and Date
  2009-05-21
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-20770120
[Presentation] タンパク質立体構造予測の現状とフリーモデリング的テンプレートモデリングの試み2009
- Author(s)
  千見寺浄慈
- Organizer
  蛋白研セミナー
- Place of Presentation
  大阪大学蛋白質研究所
- Year and Date
  2009-07-31
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-20770120
[Presentation] Template-based modeling and free-modeling by fragment assembly with SimFold energy function2009
- Author(s)
  George Chikenji
- Organizer
  Asian Workshop for Protein Structure Prediction Methodology
- Place of Presentation
  Korea Institute for Advanced Study, Seoul, Korea
- Year and Date
  2009-09-18
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-20770120
[Presentation] Modeling of Transcriptional Interaction in Gene Regulation2008
- Author(s)
  N. Tokuda, M. Sasai, and G. Chikenji
- Organizer
  The 5th Open Workshop for"Chemistry of Biological Processes Created by Water and Biomolecules"Folding Dynamics
- Place of Presentation
  奈良
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18031017
[Presentation] 真核生物の転写制御におけるDNAの物性研究2008
- Author(s)
  徳田直子, 笹井理生, 千見寺浄慈
- Organizer
  日本物理学会第63回年会
- Place of Presentation
  近畿大学
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18031017
[Presentation] 購造予測ツールを用いたカルモジュリンの構造変化についての研究2007
- Author(s)
  南慎太朗、千見寺浄慈
- Organizer
  生物物理学会
- Place of Presentation
  パシフィコ横浜
- Year and Date
  2007-12-22
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18870011
[Presentation] De Novoモデリングにおける非経験的フラグメント予測法にむけて-ネイティブフラグメントの物理化学的性質-2007
- Author(s)
  山浦雅弘、千見寺浄慈
- Organizer
  生物物理学会
- Place of Presentation
  パシフィコ横浜
- Year and Date
  2007-12-23
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18870011
[Presentation] 構造予測ツールを用いたカルモジュリンの構造変化についての研究2007
- Author(s)
  南慎太朗, 千見寺浄慈
- Organizer
  第45回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  パシフィコ横浜
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18031017
[Presentation] Non-empirical fragment prediction for free modeling-Toward understanding physico-chemical property of fragments of natives structures2007
- Author(s)
  山浦雅弘, 千見寺浄慈
- Organizer
  第45回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  パシフィコ横浜
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-18031017
[Presentation] Homologous protein pairs that share the same core packing but have different topology
- Author(s)
  Takahiro Kanemitsu, Shintaro Minami, George Chikenji
- Organizer
  第52回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  札幌コンベンションセンター
- Year and Date
  2014-09-25 – 2014-09-27
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] Template based modeling utilizing an order-made template library
- Author(s)
  Kodai Takagi, Tatsuro Mukai, George Chikenji
- Organizer
  第52回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  札幌コンベンションセンター
- Year and Date
  2014-09-25 – 2014-09-27
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] A New Virtual Screening Method for Identifying Novel Active Compounds Based on Protein Promiscuity
- Author(s)
  Koya Kato, Okuno Tatsuya, George Chikenji
- Organizer
  CBI学会2014年大会
- Place of Presentation
  タワーホール船堀
- Year and Date
  2014-10-28 – 2014-10-30
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] De Novo protein structure modeling by rewiring old folds
- Author(s)
  Shunsuke Nishiyama, Tatsuo Mukai, George Chikenji
- Organizer
  第52回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  札幌コンベンションセンター
- Year and Date
  2014-09-25 – 2014-09-27
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] 配列順序に依存しない配列ー構造アラインメントに向けて
- Author(s)
  澤田賢吾、南慎太朗、千見寺浄慈
- Organizer
  日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  名古屋国際会議場
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] Go モデルに最適化された Multicanonical 分子動力学法による protein folding の自由エネルギー曲面の決定
- Author(s)
  伊藤真志保、千見寺浄慈、高田彰二
- Organizer
  第14回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア
- Year and Date
  2014-06-25 – 2014-06-27
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] 蛋白質構造空間を二次構造要素の空間配置パターンによって眺める
- Author(s)
  南慎太朗、澤田賢吾、千見寺浄慈
- Organizer
  日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  名古屋国際会議場
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] An algorithm for identifying loop crossing in protein structures
- Author(s)
  Tatsuo Mukai, George Chikenji
- Organizer
  第52回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  札幌コンベンションセンター
- Year and Date
  2014-09-25 – 2014-09-27
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] タンパク質構造比較の専門家によるアラインメントを再現する、配列順序に依存しない構造アラインメント法の開発
- Author(s)
  南慎太朗、澤田賢吾、千見寺浄慈
- Organizer
  日本蛋白質科学会
- Place of Presentation
  名古屋国際会議場
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] タンパク質のフォールドは他のフォールドとどのように二次構造の空間配置を共有しているのだろうか？
- Author(s)
  南慎太朗、千見寺浄慈
- Organizer
  第14回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア
- Year and Date
  2014-06-25 – 2014-06-27
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] 三角ポリゴンの衝突判定を用いたタンパク質のループ交差を検知するアルゴリズムの開発
- Author(s)
  向辰朗、千見寺浄慈
- Organizer
  第14回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア
- Year and Date
  2014-06-25 – 2014-06-27
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] A Ligand Based Virtual Screening method that takes into account of protein-ligand interactions
- Author(s)
  Koya Kato, George Chikenji
- Organizer
  第52回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  札幌コンベンションセンター
- Year and Date
  2014-09-25 – 2014-09-27
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] 新規骨格を有する薬物候補化合物の発見に向けたリガンド情報に基づく新たなヴァーチャルスクリーニング手法の開発
- Author(s)
  加藤鉱也、千見寺浄慈
- Organizer
  第14回日本蛋白質科学会年会
- Place of Presentation
  ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア
- Year and Date
  2014-06-25 – 2014-06-27
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174
[Presentation] Non-sequential structural similarity in the protein world
- Author(s)
  Shintaro Minami, Motonori Ota, George Chikenji
- Organizer
  第52回日本生物物理学会年会
- Place of Presentation
  札幌コンベンションセンター
- Year and Date
  2014-09-25 – 2014-09-27
- Invited
- Data Source
  KAKENHI-PROJECT-23770174

1. SASAI Masaki (30178628)

# of Collaborated Projects: 4 results

# of Collaborated Products: 2 results
2. TERADA Tomoki (20420367)

# of Collaborated Projects: 4 results

# of Collaborated Products: 0 results
3. WANG Jin

# of Collaborated Projects: 2 results

# of Collaborated Products: 0 results
4. 古賀信康 (50432571)

# of Collaborated Projects: 1 results

# of Collaborated Products: 1 results

Chikenji George 千見寺 浄慈

CHIKENJI George 千見寺 浄慈

Research Projects

Research Products

Co-Researchers

左巻きβαβモチーフを含むタンパク質のデノボデザインによるフォールド空間の拡大Principal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

Principles of genome dynamics and DNA functions

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

Elucidating the physically designable protein fold space: theory and experimental validationPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

Development of a new fold protein structure prediction method using rewiring known foldsPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

Theories of fluctuation and regulation of eukaryotic gene switches

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

Statistical physics of dynamical transitions in ES cells

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

Development of a new De Novo protein structure prediction method based on a different approach of the fragment assembly methodPrincipal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

A protein structure prediction study focusing on physico-chemical properties of local sequences.Principal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

蛋白質の柔らかいダイナミクスの分子論

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Review Section

Research Institution

立体構造予測からのタンパク質立体構造構築原理の探求Principal Investigator

Principal Investigator

Project Period (FY)

Research Category

Research Field

Research Institution

[Book] 細胞の物理生物学(Physical Biology of the Cellの邦訳）2011

Author(s)

Total Pages

Publisher

Data Source

[Journal Article] The cavity method to protein design problem2022

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

[Journal Article] The Structural Rule Distinguishing a Superfold: A Case Study of Ferredoxin Fold and the Reverse Ferredoxin Fold2022

Author(s)

Journal Title

DOI

Data Source

Chikenji George 千見寺浄慈

CHIKENJI George 千見寺浄慈