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Kodan Atsushi  小段 篤史

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KODAN Atsushi  小段 篤史

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Researcher Number 80360543
Other IDs
Affiliation (Current) 2025: 京都大学, 高等研究院, 特定准教授
Affiliation (based on the past Project Information) *help 2018 – 2024: 京都大学, 高等研究院, 特定助教
2022 – 2023: 京都大学, 高等研究院, 特定准教授
2017: 京都大学, 農学研究科, 特任助教
2014: 京都大学, 物質ー細胞統合システム拠点, 助教
2013: 京都大学, 物質‐細胞統合システム拠点, 助教 … More
2012: 京都大学, 物質-細胞統合システム拠点, 特定拠点助教
2011: 京都大学, 物質-細胞統合システム拠点, 研究員
2011: 京都大学, 物質.細胞統合システム拠点, 研究員
2010: 京都大学, 物質-細胞統合システム拠点, 特定研究員
2006 – 2007: 京都大学, 医学研究科, 研究員(科学研究)
2004 – 2005: 独立行政法人理化学研究所, 速度論的結晶学研究チーム, 連携研究員 Less
Review Section/Research Field
Principal Investigator
Applied pharmacology / Basic Section 38030:Applied biochemistry-related / Structural biochemistry
Except Principal Investigator
Medium-sized Section 38:Agricultural chemistry and related fields / Applied biochemistry / Physical pharmacy
Keywords
Principal Investigator
生体分子 / 膜タンパク質 / 癌 / 蛋白質 / 機能 / 立体構造 / ATP / 分子メカニズム / 膜蛋白質 / X線結晶構造解析 … More / ABC蛋白質 / 薬学 / 構造 / 細胞膜 / トランスポーター / 脂質 / コレステロール / 機能ー構造相関 / 分子機構 / 脂質輸送 / ATP加水分解活性 / アポA-I / 脂質代謝 / 脂質輸送型ABCタンパク質 / 輸送体 / 動脈硬化 / 善玉コレステロール / 新生HDL / 脂質輸送型ABC蛋白質 / 薬理学 / バイオテクノロジー / 構造変化 / タンパク質 / 機能-構造相関 / P糖蛋白質 / ABC輸送体 / P糖タンパク質 / ABCタンパク質 / 立体構造解析 / 多剤耐性 / 創薬 … More
Except Principal Investigator
X線結晶解析 / 膜タンパク質 / 構造生物学 / 多剤耐性 / P糖タンパク質 / 細胞接着 / コラーゲン / メカノバイオロジー / 細胞分化 / 細胞外マトリックス / 接着斑 / membrane proteins / Single Particle Analysis / X-ray crystalloqraphy / P-glycoprotein / ABC transporter / 糖尿病 / 胆汁排出 / 電子顕微鏡 / トランスポーター / 単粒子構造解析 / ABCトランスポーター / 昆虫細胞 / 結晶化 / MDR1 / バキュロウイルス / 構造薬理学 / X線結晶学 / 抗ガン剤 Less
  • Research Projects

    (7 results)
  • Research Products

    (31 results)
  • Co-Researchers

    (10 People)
  •  細胞外基質による細胞機能制御機構の包括的理解とその応用基盤の研究

    • Principal Investigator
      木岡 紀幸
    • Project Period (FY)
      2021 – 2024
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
    • Review Section
      Medium-sized Section 38:Agricultural chemistry and related fields
    • Research Institution
      Kyoto University
  •  Deciphering the Molecular Structure and Functional Role for a Key Lipid Transport ABC proteinPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      Kodan Atsushi
    • Project Period (FY)
      2020 – 2022
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • Review Section
      Basic Section 38030:Applied biochemistry-related
    • Research Institution
      Kyoto University
  •  Structural Basis for drug transport by ABC transportersPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      Kodan Atsushi
    • Project Period (FY)
      2017 – 2019
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • Research Field
      Structural biochemistry
    • Research Institution
      Kyoto University
  •  Elucidation of the molecular mechanism of ABC transportersPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      KODAN Atsushi
    • Project Period (FY)
      2012 – 2014
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
    • Research Field
      Applied pharmacology
    • Research Institution
      Kyoto University
  •  X-ray crystallographic analysis of an ABC transporterPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      KODAN Atsushi
    • Project Period (FY)
      2010 – 2011
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
    • Research Field
      Applied pharmacology
    • Research Institution
      Kyoto University
  •  Struchural biology of membrane protein trabsporters

    • Principal Investigator
      KATO Hiroaki
    • Project Period (FY)
      2005 – 2007
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • Research Field
      Applied biochemistry
    • Research Institution
      Kyoto University
  •  X線解析を目指した多剤耐性ポンプMDR1の大量発現系の構築と結晶化

    • Principal Investigator
      KATO Hiroaki
    • Project Period (FY)
      2004 – 2005
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Exploratory Research
    • Research Field
      Physical pharmacy
    • Research Institution
      Kyoto University

All 2023 2022 2021 2020 2019 2014 2013 2012 2011 2010 Other

All Journal Article Presentation Book

  • [Book] 「膜タンパク質工学ハンドブック」第2編 膜タンパク質 ― 医学・薬学への展開、第3章 トランスポーター 、第1節 多剤輸送体MDR1(ABCB1)p. 211-2162020

    • Author(s)
      木村 泰久、小段 篤史、植田 和光
    • Total Pages
      624
    • Publisher
      (株)エヌ・ティー・エス
    • ISBN
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17K07306
  • [Book] 「膜タンパク質工学ハンドブック」執筆担当:第2編膜タンパク質 医学・薬学への展開、第3章トランスポーター、第1節 多剤輸送体MDR1(ABCB1)2020

    • Author(s)
      木村泰久、小段篤史、植田和光
    • Total Pages
      624
    • Publisher
      株式会社エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      9784860435370
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20H02912
  • [Journal Article] 脂溶性化合物を“絞り出す”多剤排出ポンプMDR1の分子機構2021

    • Author(s)
      小段篤史、植田和光
    • Journal Title

      B&I バイオサイエンスとインダストリー

      Volume: 74(4) Pages: 280-283

    • NAID

      40022656793

    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20H02912
  • [Journal Article] In vivo FRET analyses reveal a role of ATP hydrolysis?associated conformational changes in human P-glycoprotein2020

    • Author(s)
      Futamata Ryota、Ogasawara Fumihiko、Ichikawa Takafumi、Kodan Atsushi、Kimura Yasuhisa、Kioka Noriyuki、Ueda Kazumitsu
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: in press Issue: 15 Pages: 5002-5011

    • DOI

      10.1074/jbc.ra119.012042

    • Peer Reviewed / Open Access
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-19K22279, KAKENHI-PROJECT-18H05269, KAKENHI-PROJECT-17K07306, KAKENHI-PROJECT-18K19176
  • [Journal Article] ABCB1/MDR1/P‐gp employs an ATP‐dependent twist‐and‐squeeze mechanism to export hydrophobic drugs2020

    • Author(s)
      Kodan Atsushi、Futamata Ryota、Kimura Yasuhisa、Kioka Noriyuki、Nakatsu Toru、Kato Hiroaki、Ueda Kazumitsu
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 595 Issue: 6 Pages: 707-716

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14018

    • Peer Reviewed / Open Access
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-18H05269, KAKENHI-PROJECT-20H02912, KAKENHI-PLANNED-19H05780
  • [Journal Article] 多剤排出ポンプMDR1の薬剤絞り出し機構2020

    • Author(s)
      小段篤史、木村泰久、植田和光
    • Journal Title

      Farumashia

      Volume: 56 Issue: 6 Pages: 519-523

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.56.6_519

    • NAID

      130007850173

    • ISSN
      0014-8601, 2189-7026
    • Language
      Japanese
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20H02912
  • [Journal Article] ABC proteins in evolution2020

    • Author(s)
      Ogasawara Fumihiko、Kodan Atsushi、Ueda Kazumitsu
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 594 Issue: 23 Pages: 3876-3881

    • DOI

      10.1002/1873-3468.13945

    • Peer Reviewed / Open Access
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-18H05269, KAKENHI-PROJECT-20H02912
  • [Journal Article] Inward- and outward-facing X-ray crystal structures of homodimeric P-glycoprotein CmABCB12019

    • Author(s)
      Kodan Atsushi、Yamaguchi Tomohiro、Nakatsu Toru、Matsuoka Keita、Kimura Yasuhisa、Ueda Kazumitsu、Kato Hiroaki
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 10 Issue: 1 Pages: 1-12

    • DOI

      10.1038/s41467-018-08007-x

    • NAID

      120006547405

    • Peer Reviewed / Open Access
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-17K07306, KAKENHI-PROJECT-18H05269, KAKENHI-PROJECT-17H03664, KAKENHI-PROJECT-16K07320
  • [Journal Article] Structural basis for gating mechanisms of a eukaryotic P-glycoprotein homolog2014

    • Author(s)
      Atsushi Kodan, Tomohiro Yamaguchi, Toru Nakatsu, Keita Sakiyama, Christopher Hipolito, Akane Fujioka, Ryo Hirokane, Keiji Ikeguchi, Bunta Watanabe, Jun Hiratake, Yasuhisa Kimura, Hiroaki Suga, Kazumitsu Ueda, Hiroaki Kato
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      Volume: 111 Issue: 11 Pages: 4049-4054

    • DOI

      10.1073/pnas.1321562111

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24659018, KAKENHI-PROJECT-24689029, KAKENHI-PROJECT-25221203, KAKENHI-PROJECT-25251006
  • [Journal Article] Deleting two C-terminalα-helices is effective to crystallize the bacterial ABC transporter Escherichia coli MsbA complexed with AMP-PNP2010

    • Author(s)
      Kanako Terakado, Atsushi Kodan, Hiroaki Nakano, Yasuhisa Kimura, Kazumitsu Ueda, Toru Nakatsu, and Hiroaki Kato
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section D. Biological Crystallography

      Volume: D66 Issue: 3 Pages: 319-323

    • DOI

      10.1107/s0907444909055504

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22790512
  • [Journal Article] Deleting two C-terminal α-helices is effective to crystallize the bacterial ABC transporter Escherichia coli MsbA complexed with AMP-PNP.2010

    • Author(s)
      Terakado, K., Kodan, A., Nakano, H., Kimura, Y., Ueda, K., Nakatsu, T., Kato, H.
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section D-Biological Crystallography

      Volume: D66 Pages: 319-323

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22790512
  • [Presentation] 脂質膜パッチに再構成されたコレステロールトランスポーターABCA1の高速AFM観察2023

    • Author(s)
      中本 佳歩; 小段 篤史; Romain Amyot; 坂田 和樹; 木村 泰久; 梅田 健一; 植田 和光; 古寺 哲幸
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20H02912
  • [Presentation] 哺乳類細胞における接着斑タンパク質CAPの精製系構築2022

    • Author(s)
      松山大輝、小段篤史、木村泰久、木岡紀幸
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度京都大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-21H04713
  • [Presentation] Cryo-EM解析を目指した脂質輸送型ABC蛋白質の生産・調製基盤の構築2021

    • Author(s)
      小段篤史、光岡薫、木村泰久、木岡紀幸、植田和光
    • Organizer
      日本農芸化学大会2021年度大会
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-20H02912
  • [Presentation] ABC多剤排出トランスポーターにおける基質取込の立体構造基盤2014

    • Author(s)
      山口 知宏、小段 篤史、中津 亨、植田 和光、加藤 博章
    • Organizer
      日本薬学会第134年会
    • Place of Presentation
      熊本市
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24689029
  • [Presentation] Structure-based functional aspects of the ABC multidrug transporter, CmABCB1 from a thermophilic eukaryote.2014

    • Author(s)
      Tomohiro Yamaguchi, Atsushi Kodan, Toru Nakatsu, Keita Sakiyama, Christopher J. Hipolito, Akane Fujioka, Ryo Hirokane, Yasuhisa Kimura, Hiroaki Suga, Kazumitsu Ueda, Hiroaki Kato
    • Organizer
      ABC2014, the 5th FEBS Special Meeting “ ATP-Binding Cassette Proteins: From Multidrug Resistance to Genetic Disease”
    • Place of Presentation
      Innsbruck, Austria
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24689029
  • [Presentation] High-resolution crystal structure of an ABC multidrug exporter from Cyanidioschyzon merolae, a thermophilic unicellular eukaryote.2014

    • Author(s)
      Atsushi Kodan, Tomohiro Yamaguchi, Toru Nakatsu, Keita Sakiyama, Christopher J. Hipolito, Akane Fujioka, Ryo Hirokane, Yasuhisa Kimura, Hiroaki Suga, Kazumitsu Ueda, Hiroaki Kato
    • Organizer
      ABC2014, the 5th FEBS Special Meeting “ ATP-Binding Cassette Proteins: From Multidrug Resistance to Genetic Disease”
    • Place of Presentation
      Innsbruck, Austria
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24689029
  • [Presentation] 好熱性真核生物の ABC 多剤排出トランスポーターの X 線結晶構造解析 / Crystal structure of a eukaryotic ABC multi-drug transporter2013

    • Author(s)
      廣兼 諒、小段 篤史、中津 亨、山口 知宏、植田 和光、加藤 博章
    • Organizer
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      鳥取市
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24689029
  • [Presentation] X-ray crystallographic analysis of an exporter-type ABC transporter2012

    • Author(s)
      Atsushi Kodan
    • Organizer
      ABC2012, the 4th FEBS Special Meeting
    • Place of Presentation
      オーストリア(インスブルク)
    • Year and Date
      2012-02-29
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22790512
  • [Presentation] 結晶構造に基づく多剤排出型ABCトランスポーターメカニズムの解明2012

    • Author(s)
      藤岡あかね、山口知宏、小段篤史、中津亨、植田和光、加藤博章
    • Organizer
      第日回 次世代を担う若手ファーマ・バイオフォーラム
    • Place of Presentation
      九州大学病院キャンパス コラボI(福岡県)
    • Year and Date
      2012-09-16
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24689029
  • [Presentation] X-ray crystallographic analysis of an exporter-type ABC transporter2012

    • Author(s)
      Atsushi Kodan, Tomohiro Yamaguchi, Toru Nakatsu, Keita Sakiyama, Akane Fujioka, Kazumitsu Ueda, and Hiroaki Kato
    • Organizer
      the 4th FEBSSpecial Meeting"ATP-Binding Cassette Proteins : From Multidrug Resistance to Genetic Disease
    • Place of Presentation
      Innsuburuck, Austria
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22790512
  • [Presentation] 好熱性紅藻由来ABCトランスポーターの輸送基質特異性の検討2012

    • Author(s)
      山口知宏、木村泰久、小段篤史、池口圭司、渡辺文太、平竹潤、中津亨、
    • Organizer
      第34回 生体膜と薬物の相互作用シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都大学薬学部(京都府)
    • Year and Date
      2012-11-16
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24689029
  • [Presentation] 好熱性紅藻由来の基質排出型ABCトランスポーターの基質特異性の解析/Substrate specificity analysis of an exporter type ABC transporter from athermophilic eukaryote2011

    • Author(s)
      山口知宏、崎山慶太、佐藤友美、小段篤史、中津亨、植田和光、加藤博章
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      吹田
    • Year and Date
      2011-06-09
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22790512
  • [Presentation] Characterization of multi-drugexporter activity of an ABC transporter from a thermophiliceukaryote2011

    • Author(s)
      山口知宏、崎山慶太、地主遼平、佐藤友美、小段篤史、中津亨、植田和光、加藤博章
    • Organizer
      Cyanidioschyzon merolae日本薬学会第131年会
    • Place of Presentation
      静岡
    • Year and Date
      2011-03-30
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22790512
  • [Presentation] X-ray crystallographic analysis of an exporter-type ABC transporter2011

    • Author(s)
      Atsushi Kodan, Tomohiro Yamaguchi, Toru Nakatsu, Keita Sakiyama, Akane Fujioka, Kazumitsu Ueda, and Hiroaki Kato
    • Organizer
      Joint International Symposium"ABC2011 in Kyoto-ABC Proteins/Membrane Meso-domains/ES-iPS cells"
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22790512
  • [Presentation] 好熱性紅藻由来ABCトランスポーターの多剤排出活性の特徴2010

    • Author(s)
      山口知宏、崎山慶太、池口圭司、地主遼平、佐藤友美、渡辺文太、小段篤史、中津亨、平竹潤、植田和光、加藤博章
    • Organizer
      第32回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム
    • Place of Presentation
      富山、富山国際会議場
    • Year and Date
      2010-11-29
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22790512
  • [Presentation] Functional role of the linker region in the mechanism of human multidrug efflux transporter P-glycoprotein2010

    • Author(s)
      Tomomi Sato, Atsushi Kodan, YasuhisaKimura, Kazumitsu Ueda, Toru Nakatsu, and Hiroaki Kato
    • Organizer
      The 5th Seoul-Kyoto-Osaka(SKO) Joint Symposium on Pharmaceutical Sciences for Young Scientist
    • Place of Presentation
      Osaka, Japan
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22790512
  • [Presentation] 好熱性紅藻由来ABCトランスポーターの多剤排出活性の特徴2010

    • Author(s)
      山口知宏、崎山慶太、池口圭司、地主遼平、佐藤友美、渡辺文太、小段篤史、中津亨、平竹潤、植田和光、加藤博章
    • Organizer
      第32回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム
    • Place of Presentation
      富山
    • Year and Date
      2010-11-29
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22790512
  • [Presentation] 好熱性紅藻Cyanidioschyzon merolae由来のABCトランスポーターの発現、精製、及び機能解析2010

    • Author(s)
      崎山慶太、山口知宏、小段篤史、中津亨、佐藤友美、植田和光、加藤博章
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      札幌、札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2010-06-18
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22790512
  • [Presentation] 好熱性紅藻Cyanidioschyzonmerolae由来のABCトランスポーターの発現、精製、及び機能解析2010

    • Author(s)
      崎山慶太、山口知宏、小段篤史、中津亨、佐藤友美、植田和光、加藤博章
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2010-06-18
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-22790512
  • [Presentation] ABC多剤排出トランスポーターの立体構造の特徴

    • Author(s)
      山口知宏、小段篤史、中津亨、植田和光、加藤博章
    • Organizer
      第87回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館(京都府京都市)
    • Year and Date
      2014-10-15 – 2014-10-18
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24689029
  • 1.  KATO Hiroaki (90204487)
    # of Collaborated Projects: 2 results
    # of Collaborated Products: 1 results
  • 2.  NAKATSU Toru (50293949)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 1 results
  • 3.  NAKANO Hiroaki (10378789)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 4.  MITSUOKA Kaoru (60301230)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 5.  HIPOLITO CHRIS (20759914)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 6.  木岡 紀幸 (90234179)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 2 results
  • 7.  阿部 雄一 (30731632)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 8.  長尾 耕治郎 (40587325)
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  • 9.  植田 和光
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  • 10.  木村 泰久
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