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竹中 要一  TAKENAKA Yoichi

研究者番号 00324830
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0003-3286-2265
所属 (現在) 2025年度: 関西大学, 総合情報学部, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2017年度 – 2022年度: 関西大学, 総合情報学部, 教授
2010年度 – 2016年度: 大阪大学, 情報科学研究科, 准教授
2013年度: 大阪大学, 大学院情報科学研究科, 准教授
2007年度 – 2012年度: 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 准教授
2007年度 – 2008年度: 大阪大学, 情報科学研究科, 准教授 … もっと見る
2006年度: 大阪大学, 大学院情報科学研究科, 助教授
2004年度 – 2005年度: 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 助教授
2002年度 – 2003年度: 大阪大学, 情報科学研究科, 助教授
2001年度: 大阪大学, 基礎工学研究科, 助手 隠す
審査区分/研究分野
研究代表者
生体生命情報学 / 生命・健康・医療情報学 / 基礎ゲノム科学 / 発生生物学
研究代表者以外
理工系 / 小区分59040:栄養学および健康科学関連 / 基礎法学 / 応用健康科学 / システムゲノム科学 / 図書館情報学・人文社会情報学
キーワード
研究代表者
バイオインフォマティクス / 生物情報学 / ゲノム / アライメント / 発現プロファイル / 遺伝子 / Devide & Reconstruction / 小観測点 / 大規模 / インタラクティブ性 … もっと見る / 変数選択 / 因果関係 / 大規模データ / 一塩基多型 / 遺伝子制御ネットワーク / ベイジアンネットワーク / ゲノムマッピング / ガロア拡大体 / DNA配列 / 次世代シークエンサー / 完全線形符号 / 対立染色体配列 / 対立染色体 / 次世代シーケンサー / 生体生命情報学 / 種間比較 / 組織特異性 / CAGE / バイオインフォマティク / 相互情報量 / DNA / カーネル関数 / 発現パターン / クラスタリング / cDNA … もっと見る
研究代表者以外
エピジェネティクス / 一卵性双生児 / 生活習慣病 / 臨床検査 / 双生児 / エピゲノム / バイオインフォマティクス / 異種データベース / 情報システム / データグリッド / 臨床検査値 / 免疫グロブリン / 甲状腺機能 / HbA1c / eQTL / eQTM / 脂質代謝 / 遺伝要因 / 環境要因 / アディポネクチン / 法令語語彙のオントロジー / 法令翻訳辞書 / 国際共同研究 / 法令語彙のオントロジー / 漢字文化圏 / 比較法 / 性差 / 遺伝子型 / DNAメチル化 / 甲状腺疾患 / 遺伝因子 / 環境因子 / 甲状腺 / 自己免疫疾患 / 自己抗体 / 遺伝子発現解析 / 遺伝子発現プロファイル / 遺伝子制御ネットワーク / ベイジアンネットワーク / 細胞分化 / 遺伝子ネットワーク / フライメント / 地方分権 / 例規 / アライメント / 自動抽出 / 計算機 / 条例 / 道州制 / 都道府県 / 言語処理 / 大規模ファルシステム / ワークフロー / Webサービス / 大規模ファイルシステム / 情報検索 隠す
  • 研究課題

    (13件)
  • 研究成果

    (132件)
  • 共同研究者

    (8人)
  •  双生児のエピゲノム情報と臨床検査値に基づいた、生活習慣病に影響する環境因子の解明

    • 研究代表者
      渡邉 幹夫
    • 研究期間 (年度)
      2019 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分59040:栄養学および健康科学関連
    • 研究機関
      大阪大学
  •  東アジア法域の基本六法語彙の比較による比較法研究基盤の構築

    • 研究代表者
      松浦 好治
    • 研究期間 (年度)
      2017 – 2019
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      基礎法学
    • 研究機関
      名古屋大学
  •  病態不一致の双生児を対象とした、生活習慣病の病態に及ぼす環境要因の厳密な解明

    • 研究代表者
      渡邉 幹夫
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      応用健康科学
    • 研究機関
      大阪大学
  •  インタラクティブな大規模ベイジアンネットワーク推定法の提案と生物データへの応用研究代表者

    • 研究代表者
      竹中 要一
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      関西大学
      大阪大学
  •  完全線形符号に基づくDNAの符号化によるゲノムマッピングの高速化研究代表者

    • 研究代表者
      竹中 要一
    • 研究期間 (年度)
      2012 – 2015
    • 研究種目
      挑戦的萌芽研究
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      大阪大学
  •  細胞分化過程の解明のための遺伝子ネットワーク解析技術の開発

    • 研究代表者
      松田 秀雄
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2012
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      システムゲノム科学
    • 研究機関
      大阪大学
  •  次世代シークエンサーを用いた対立染色体配列の決定と発現解析法の精度向上研究代表者

    • 研究代表者
      竹中 要一
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2012
    • 研究種目
      若手研究(A)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      大阪大学
  •  例規条項の自治体間対応関係と差異の網羅的な自動抽出ー道州制への円滑な移行に向けて

    • 研究代表者
      若尾 岳志
    • 研究期間 (年度)
      2009 – 2013
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      図書館情報学・人文社会情報学
    • 研究機関
      獨協大学
  •  データグリッドによる異分野科学データベース統合技術の開発

    • 研究代表者
      松田 秀雄
    • 研究期間 (年度)
      2007 – 2008
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      理工系
    • 研究機関
      大阪大学
  •  CAGE絶対値遺伝子発現プロファイルによるヒトとマウスの組織特異性の網羅的解析研究代表者

    • 研究代表者
      竹中 要一
    • 研究期間 (年度)
      2007 – 2009
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      基礎ゲノム科学
    • 研究機関
      大阪大学
  •  異分野科学データベースからの大量情報統合技術の開発

    • 研究代表者
      松田 秀雄
    • 研究期間 (年度)
      2006
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      理工系
    • 研究機関
      大阪大学
  •  相互情報量に基づいた遺伝子配列アライメントの高速化手法に関する研究研究代表者

    • 研究代表者
      竹中 要一
    • 研究期間 (年度)
      2003 – 2005
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      大阪大学
  •  幾何構造を利用したクラスタリングによるcDNAの組織別発現パターン解析研究代表者

    • 研究代表者
      竹中 要一
    • 研究期間 (年度)
      2001 – 2002
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      発生生物学
    • 研究機関
      大阪大学

すべて 2020 2019 2018 2017 2016 2015 2014 2013 2012 2011 2010 2009 2008 2007 2006 その他

すべて 雑誌論文 学会発表

  • [雑誌論文] Automated transition analysis of activated gene regulation during diauxic nutrient shift in Escherichia coli and adipocyte differentiation in mouse cells2018

    • 著者名/発表者名
      Takenaka Yoichi、Mikami Kazuma、Seno Shigeto、Matsuda Hideo
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 19 号: S4

    • DOI

      10.1186/s12859-018-2072-y

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [雑誌論文] Genotype-based epigenetic differences in monozygotic twins discordant for positive anti-thyroglobulin autoantibodies.2018

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, M., Takenaka, Y., Honda, C., Osaka Twin Research Group, Iwatani, Y.
    • 雑誌名

      Thyroid

      巻: 28 ページ: 110-123

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H03261
  • [雑誌論文] Automated transition analysis of activated gene regulation during diauxic nutrient shift in Escherichia coli and adipocyte differentiation in mouse cells2018

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Kazuma Mikami, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      BMC bioinformatics

      巻: 19

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [雑誌論文] Genotype-Based Epigenetic Differences in Monozygotic Twins Discordant for Positive Antithyroglobulin Autoantibodies2018

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Mikio、Takenaka Yoichi、Honda Chika、Osaka Twin Research Group、Iwatani Yoshinori
    • 雑誌名

      Thyroid

      巻: 28 号: 1 ページ: 110-123

    • DOI

      10.1089/thy.2017.0273

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17H04111, KAKENHI-PROJECT-15K00402, KAKENHI-PROJECT-16H03261
  • [雑誌論文] Chromatin 3D reconstruction from chromosomal contacts using a genetic algorithm2018

    • 著者名/発表者名
      Viacheslav Kapilevich, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Yoichi Takenaka
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: - 号: 5 ページ: 1-1

    • DOI

      10.1109/tcbb.2018.2814995

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00403, KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [雑誌論文] Detecting shifts in gene regulatory networks during time-course experiments at single-time-point temporal resolution2016

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      J. Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 13 号: 05 ページ: 1543002-1543020

    • DOI

      10.1142/s0219720015430027

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402, KAKENHI-PROJECT-24700294, KAKENHI-PROJECT-26280106
  • [雑誌論文] Metagenome fragment classification based on multiple motif-occurrence profiles2014

    • 著者名/発表者名
      Naoki Matsushita, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      PeerJ

      巻: 2: e559 ページ: 1-13

    • DOI

      10.7717/peerj.559

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155, KAKENHI-PROJECT-24700294, KAKENHI-PROJECT-26280106
  • [雑誌論文] n estimation method for a cellular-state-specific gene regulatory network along tree-structured gene expression profiles2013

    • 著者名/発表者名
      Ryo Araki, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      Gene

      巻: Volume 518, Isusue 1 ページ: 17-25

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [雑誌論文] An estimation method for a cellular-state-specific gene regulatory network along tree-structured gene expression profiles2013

    • 著者名/発表者名
      Ryo Araki, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      Gene

      巻: Vol.518 号: 1 ページ: 17-25

    • DOI

      10.1016/j.gene.2012.11.090

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125, KAKENHI-PROJECT-22680023, KAKENHI-PROJECT-24650155, KAKENHI-PROJECT-24700294
  • [雑誌論文] 複数時系列遺伝子発現プロファイルを利用した遺伝子制御ネットワーク推定の精度向上手法2013

    • 著者名/発表者名
      渡邉之人, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
    • 雑誌名

      情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用

      巻: 6 ページ: 151-162

    • NAID

      110009550160

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155
  • [雑誌論文] A method for isoform prediction from RNA-Seq data by iterative mapping2012

    • 著者名/発表者名
      Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics

      巻: Vol.5 ページ: 27-33

    • NAID

      130002124175

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [雑誌論文] A Method for Isoform Prediction from RNA-Seq Data by Iterative Mapping2012

    • 著者名/発表者名
      Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics

      巻: 5 号: 0 ページ: 27-33

    • DOI

      10.2197/ipsjtbio.5.27

    • NAID

      130002124175

    • ISSN
      1882-6679
    • 言語
      英語
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125
  • [雑誌論文] 地方自治体の例規比較に用いる条文対応表の作成支援2012

    • 著者名/発表者名
      竹中要一, 若尾岳志
    • 雑誌名

      自然言語処理

      巻: Vol. 19 Num.3 ページ: 193-212

    • NAID

      10031117753

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21500253
  • [雑誌論文] An Estimation Method for Inference of Gene Regulatory Network Using Bayesian Network with Uniting of Partial Problems2012

    • 著者名/発表者名
      Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      BMC Genetics

      巻: Vol. 13(suppl 1)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [雑誌論文] 地方自治体の例規比較に用いる条文対応表の作成支援2012

    • 著者名/発表者名
      竹中要一、若尾岳志
    • 雑誌名

      自然言語処理

      巻: Vol.19 No.3 ページ: 193-212

    • NAID

      10031117753

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21500253
  • [雑誌論文] An estimation method for inference of gene regulatory network using Bayesian network with uniting of partial problems2012

    • 著者名/発表者名
      Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: Vol.13 号: Suppl 1 ページ: S12-S12

    • DOI

      10.1186/1471-2164-13-s1-s12

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125, KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [雑誌論文] 細胞分化クロストークのモデル化と細胞分化クロストーク遺伝子の推定手法2011

    • 著者名/発表者名
      吉澤陽志、瀬尾茂人、竹中要一、松田秀雄
    • 雑誌名

      情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用(TOM)

      巻: Vol. 4, No. 4 ページ: 59-68

    • NAID

      40019257169

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [雑誌論文] Perfect Hamming code with a hash table for faster genome mapping2011

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: Vol.12 号: Suppl 3 ページ: S8-S8

    • DOI

      10.1186/1471-2164-12-s3-s8

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125, KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [雑誌論文] Inference of S-system Models of Gene Regulatory Networks using Immune Algorithm2011

    • 著者名/発表者名
      Tomoyoshi Nakayama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: Vol. 9(suppl 01)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [雑誌論文] 細胞分化クロストークのモデル化と細胞分化クロストーク遺伝子の推定手法2011

    • 著者名/発表者名
      吉澤陽志、瀬尾茂人、竹中要一、松田秀雄
    • 雑誌名

      情報処理学会論文誌数理モデル化と応用(TOM)

      巻: 4 ページ: 59-68

    • NAID

      40019257169

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [雑誌論文] 細胞分化クロストークのモデル化と細胞分化クロストーク遺伝子の推定手法2011

    • 著者名/発表者名
      吉澤陽志, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
    • 雑誌名

      情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用

      巻: 4巻 ページ: 59-68

    • NAID

      40019257169

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125
  • [雑誌論文] Inference of S-system models of gene regulatory networks using immune algorithm2011

    • 著者名/発表者名
      Tomoyoshi Nakayama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: Vol.9 号: supp01 ページ: 75-86

    • DOI

      10.1142/s0219720011005768

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125
  • [雑誌論文] Gene expression profile prospectively predicts peritoneal relapse after curative surgery of gastric cancer2010

    • 著者名/発表者名
      A.Takeno, I.Takemasa, S.Seno, M.Yamasaki, M.Motoori, H.Miyata, K.Nakajima, S.Takiguchi, Y.Fujiwara, T.Nishida, T.Okayama, K.Matsubara, Y.Takenaka, H.Matsuda, M.Monden, M.Mori, Y.Doki
    • 雑誌名

      Annals of Surgical Oncology

      巻: Vol.17 ページ: 1033-1042

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125
  • [雑誌論文] The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line2009

    • 著者名/発表者名
      Harukazu Suzuki, Alistair R R Forrest,Erik van Nimwegen, Carsten O Daub, PiotrJ Balwierz, Katharine M Irvine, TimoLassmann, Timothy Ravasi, Yuki Hasegawa,Michiel J L de Hoon, Shintaro Katayama,Kate Schroder, Piero Carninci, YasuhiroTomaru, Mutsumi Kanamori-Katayama,Atsutaka Kubosaki, Altuna Akalin,Yoshinari Ando, Erik Arner, Maki Asada,Hiroshi Asahara, Timothy Bailey, VladimirB Bajic, Denis Bauer, Anthony G Beckhouse,intracellularjunctioncell-cell adhegapjunction rensjunctiondesmosome tight junctionplasmodesma subapical complexapical complexconnexsoncomplexspot adherensjunctionzonulaadherensfasciaadherensinter cellularcanaliculus468403112717929278233802138114420133588193782742632424GO term liverlungNicolas Bertin, Johan Bjoerkegren, FrankBrombacher, Erika Bulger, Alistair M Chalk,Joe Chiba, Nicole Cloonan, Adam Dawe,Josee Dostie, Paer G Engstroem, MagbubahEssack, Geoffrey J Faulkner, J Lynn Fink,David Fredman, Ko Fujimori, Masaaki Furuno,Takashi Gojobori, Julian Gough, Sean MGrimmond, Mika Gustafsson, MegumiHashimoto, Takehiro Hashimoto, MarikoHatakeyama, Susanne Heinze, Winston Hide,Oliver Hofmann, Michael Hoernquist,Lukasz Huminieck, Kazuho Ikeo, NaokoImamoto, Satoshi Inoue, Yusuke Inoue,Ryoko Ishihara, Takao Iwayanagi, AndersJacobsen, Mandeep Kaur, Hideya Kawaji,Markus C Kerr1, Ryuichiro Kimura, SyuheiKimura, Yasumasa Kimura, Hiroaki Kitano,Hisashi Koga, Toshio Kojima, Shinji Kondo,Takeshi Konno, Anders Krogh, Adele Kruger,Ajit Kumar, Boris Lenhard, AndreasLennartsson, Morten Lindow, Marina Lizio,Cameron MacPherson, Norihiro Maeda,Christopher A Maher, Monique Maqungo,Jessica Mar, Nicholas A Matigian, HideoMatsuda, John S Mattick, Stuart Meier, SeiMiyamoto, Etsuko Miyamoto-Sato, KazuhikoNakabayashi, Yutaka Nakachi, Mika Nakano,Sanne Nygaard, Toshitsugu Okayama,Yasushi Okazaki, Haruka Okuda-Yabukami,Valerio Orlando, Jun Otomo, MikhailPachkov, Nikolai Petrovsky, CharlesPlessy, John Quackenbush, AleksandarRadovanovic, Michael Rehli, Rintaro Saito,Albin Sandelin, Sebastian Schmeier,Christian Schoenbach, Ariel S Schwartz,Colin A Semple, Miho Sera, Jessica Severin,Katsuhiko Shirahige, Cas Simons, George St.Laurent, Masanori Suzuki, Takahiro Suzuki,Matthew J Sweet, Ryan J Taft, Shizu Takeda,Yoichi Takenaka, Kai Tan, Martin S Taylor,Rohan D Teasdale, Jesper Tegne'r, SarahTeichmann, Eivind Valen, Claes Wahlestedt,Kazunori Waki, Andrew Waterhouse,Christine A Wells, Ole Winther, Linda Wu,Kazumi Yamaguchi, Hiroshi Yanagawa, JunYasuda, Mihaela Zavolan, David A Hume,Takahiro Arakawa, Shiro Fukuda, KengoImamura, Chikatoshi Kai, Ai Kaiho, TsugumiKawashima, Chika Kawazu, Yayoi Kitazume,Miki Kojima, Hisashi Miura, KayokoMurakami, Mitsuyoshi Murata, NorikoNinomiya, Hiromi Nishiyori, Shohei Noma,Chihiro Ogawa, Takuma Sano, ChristopheSimon, Michihira Tagami, Yukari Takahashi,Jun Kawai, Yoshihide Hayashizaki
    • 雑誌名

      Nature Genetics Vol.41,No.5

      ページ: 553-562

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19710166
  • [雑誌論文] A Distributed-Processing System for Accelerating Biological Research using Data-Staging2008

    • 著者名/発表者名
      Y., Kido・S., Seno・S., Date・Y., Takenaka・H., Matsuda
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics (印刷中)

    • NAID

      110006684910

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19024050
  • [雑誌論文] A Distributed-Processing System for Accelerating Biological Research using Data-Staging2008

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Susumu Date, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol.49,No.SIG5(TBIO4)

      ページ: 58-64

    • NAID

      110006684910

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19710166
  • [雑誌論文] A Combination Method of the Tanimoto Coefficient and Proximity Measure of Random Forest for Compound Activity Prediction2008

    • 著者名/発表者名
      G., Kawamura・S., Seno・Y., Takenaka・H., Matsuda
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics (印刷中)

    • NAID

      110006824830

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19024050
  • [雑誌論文] Tissue-specific functions based on information content of gene ontology using cap analysis gene expression2007

    • 著者名/発表者名
      Sami Maekawa, Atsuko Matsumoto, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      Medical and Biological Engineering and Computing Vol.45,No.11

      ページ: 1029-1036

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19710166
  • [雑誌論文] Inference of Transcriptional Regulatory Networks using CAGE Transcriptome Dataset of Mus musculus2006

    • 著者名/発表者名
      K.Taki, Y.Takenaka, H.Matsuda
    • 雑誌名

      Proceedings of World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering (CD-ROM)

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18049053
  • [雑誌論文] Extraction of Functionally Similar Bioinformatics Workflows2006

    • 著者名/発表者名
      J.Seo, S.Seno, Y.Takenaka, H.Matsuda
    • 雑誌名

      Proceedings of International Workshop on Dstibute Applications, Web Services, Tools and GRID Infrastructures for Bioinformatics 6

      ページ: 70-74

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18049053
  • [雑誌論文] 遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの応用2006

    • 著者名/発表者名
      瀧浩平, 竹中要一, 松田秀雄
    • 雑誌名

      情報処理学会論文誌 : 数理モデル化と応用 47・15

      ページ: 118-128

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18049053
  • [雑誌論文] A Method for Exploring Tissue-Specific Functions based on Information Content of Gene Ontology Terms using CAGE Tags2006

    • 著者名/発表者名
      S.Maekawa, A.Matsumoto, Y.Takenaka, H.Matsuda
    • 雑誌名

      Proceedings of World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering (CD-ROM)

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18049053
  • [雑誌論文] Retrieving Functionally Similar Bioinformatics Workflows using TF-IDF Filtering

    • 著者名/発表者名
      J.Seo, S.Seno, Y.Takenaka, H.Matsuda
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics (印刷中)

    • NAID

      110006595438

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18049053
  • [学会発表] 明治民法と各国民法との条文類似関係にもとづく立脚点の解析2020

    • 著者名/発表者名
      小山凱丈, 佐野智也, 竹中要一
    • 学会等名
      言語処理学会第26回年次大会(NLP2020)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17H00952
  • [学会発表] 明治民法制定時における日仏民法条文の参照関係再推定2019

    • 著者名/発表者名
      小山凱丈, 佐野智也, 竹中要一
    • 学会等名
      言語処理学会第25回年次大会(NLP2019)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17H00952
  • [学会発表] Transition of regulatory force toward the gene expressions during osteoblast cell differentiation2019

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      Pacific Symposium on Biocomputing (PSB)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] Genotype-based epigenetic factors in identical twins discordant for positive TgAb2018

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, M., Takenaka, Y., Honda, C., Osaka Twin Research Group, Iwatani, Y.
    • 学会等名
      AACC Annual Meeting & Clinical Lab Expo 2018
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] Genotype-based epigenetic factors in identical twins discordant for positive TgAb2018

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, M., Takenaka, Y., Honda, C., Osaka Twin Research Group, Iwatani, Y.
    • 学会等名
      AACC Annual Meeting & Clinical Lab Expo 2018, Chicago, Jul 31st, 2018
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H03261
  • [学会発表] TgAb出現が一致しない一卵性双生児ペアを対象とした、自己抗体出現に関するエピゲノム要因の解析2018

    • 著者名/発表者名
      渡邉幹夫、竹中要一、本多智佳、大阪ツインリサーチグループ、岩谷良則
    • 学会等名
      第61回日本甲状腺学会学術集会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H03261
  • [学会発表] Automated transition analysis of activated gene regulation during diauxic nutrient shift in Escherichia coli and adipocyte differentiation in mouse cells2018

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Kazuma Mikami, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      The 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2018)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] Genotype-based epigenetic factors in identical twins discordant for positive TgAb2018

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, M., Takenaka, Y., Honda, C., Osaka Twin Research Group, Iwatani, Y.
    • 学会等名
      AACC Annual Meeting & Clinical Lab Expo 2018
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H03261
  • [学会発表] Nonconvex Discrete Optimization Approach for High Dimensional Regression2018

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa Y., Hanada Y., Takenaka, Y., Edirishinghe C.
    • 学会等名
      INFORMS annual meeting 2018
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] TgAb出現が一致しない一卵性双生児ペアを対象とした、自己抗体出現に関するエピゲノム要因の解析2018

    • 著者名/発表者名
      渡邉幹夫、竹中要一、本多智佳、大阪ツインリサーチグループ、岩谷良則、
    • 学会等名
      第61回日本甲状腺学会学術集会(川越)、2018.11.23
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H03261
  • [学会発表] Functional analysis of metagenome using composition- based method2018

    • 著者名/発表者名
      Meya Cho, Shigeto Seno, Hideo Matsuda and Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      The 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] Missing value imputation for gene expression data with Deep Learning2018

    • 著者名/発表者名
      Kazumasa Saito, Shigeto Seno, Hideo Matsuda and Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      The 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] Genotype specific for monozygotic twins discordant for anti-thyrogrobulin autoantibody (TgAb) positivity.2017

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, M., Takenaka, Y., Honda, C., Osaka Twin Research Group, Iwatani, Y.
    • 学会等名
      The 16th Congress of the International Society for Twin Studies (ISTS), Madrid, Nov. 16-18, 2017
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H03261
  • [学会発表] Clustering of cells for single cell analysis using Latent Dirichlet Allocation2017

    • 著者名/発表者名
      Mitsuhiro Eto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2017
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] A method for reducing false positives of target genes of microRNAs by combining two prediction tools2016

    • 著者名/発表者名
      Hideo Matsuda, Junko Tsuda, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2016)
    • 発表場所
      Orlando, Florida, USA
    • 年月日
      2016-07-10
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] 乳癌データベースを用いた遺伝子発現プロファイルの数値変換の検討2016

    • 著者名/発表者名
      草田義昭, 瀬尾茂人, 竹中要一, 野口眞三郎, 松田秀雄
    • 学会等名
      第45回バイオ情報学研究発表会 2016-BIO-45-7
    • 発表場所
      JAIST
    • 年月日
      2016-03-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] Detect the time point when organisms toggle gene regulatory networks from their expression profiles2016

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      Study Sessions on Bioinformatics and Related Topics, IFrec Osaka University
    • 発表場所
      IFrec Osaka
    • 年月日
      2016-02-04
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] Comparative analysis of transformation methods for gene expression profiles in breast cancer datasets2016

    • 著者名/発表者名
      Yoshiaki Sota, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Shinzaburo Noguchi, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2016)
    • 発表場所
      Splendor Hotel, Taichung, Taiwan
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] Bayesian Network Inference from gene expression profiles with a small number of samples2016

    • 著者名/発表者名
      Kazumasa Saito, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      The 20th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, RECOMB2016
    • 発表場所
      Loews, Santa Monica, CA, USA
    • 年月日
      2016-04-18
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] Dynamic Analysis of Gene Regulations using Leaving-One-Out Expression Profile,2016

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Shgeto Seno, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      The 20th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology,
    • 発表場所
      LA Santa Monica
    • 年月日
      2016-04-18
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] 小サンプル数データに対するベイジアンネットワークのスコアベース構造学習改善手法2016

    • 著者名/発表者名
      齋藤和正, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
    • 学会等名
      第45回バイオ情報学研究発表会 2016-BIO-45-1
    • 発表場所
      JAIST
    • 年月日
      2016-03-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] An accurate estimation method for expression profiles of novel transcripts from RNA-Seq data2016

    • 著者名/発表者名
      Fuki Iwasaki, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2016)
    • 発表場所
      Orlando, Florida, USA
    • 年月日
      2016-07-10
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] Bayesian Network Inference from gene expression profiles with a small number of samples2016

    • 著者名/発表者名
      Kazumasa Saito, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      The 20th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology,
    • 発表場所
      LA Santa Monica
    • 年月日
      2016-04-18
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] Dynamic Analysis of Gene Regulations using Leaving-One-Out Expression Profile2016

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      The 20th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, RECOMB2016
    • 発表場所
      Loews, Santa Monica, CA, USA
    • 年月日
      2016-04-18
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] Detecting the shifts of gene regulatory networks during time-course experiments with a single time point temporal resolution2015

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      GIW/InCoB2015
    • 発表場所
      Odaiba, Tokyo
    • 年月日
      2015-09-09
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] Identification of the state-change-time-point of gene regulations from time-course experiments2015

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      The second workshop on Advanced Methodologies for Bayesian Networks
    • 発表場所
      Yokohama
    • 年月日
      2015-11-16
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] ダイナミックベイジアンネットワークを用いた遺伝子制御ネットワーク推定の部分問題化による近似解法2015

    • 著者名/発表者名
      上木怜, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
    • 学会等名
      情報処理学会研究報告, 第42回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      OIST
    • 年月日
      2015-06-23
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] 風が吹くといつ桶屋は儲かるの? 遺伝子発現制御の時間変化解析2015

    • 著者名/発表者名
      竹中要一
    • 学会等名
      第4回NGS現場の会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      2015-07-01
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] 共通k-mer種別数に基づくメタゲノム分類手法2015

    • 著者名/発表者名
      吉田拓真, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
    • 学会等名
      第4回NGS現場の会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      2015-07-01
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00402
  • [学会発表] 共通k-mer種別数に基づくメタゲノム分類手法2015

    • 著者名/発表者名
      吉田拓真, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
    • 学会等名
      第4回NGS現場の会
    • 発表場所
      つくば国際会議場 (茨城県つくば市)
    • 年月日
      2015-07-01
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155
  • [学会発表] 都道府県に共通する例規の自動抽出2014

    • 著者名/発表者名
      竹中要一, 若尾岳志
    • 学会等名
      言語処理学会第20回年次大会
    • 発表場所
      北海道大学(B6-4)
    • 年月日
      2014-03-20
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21500253
  • [学会発表] Multiplication of Motif Occurrence Profiles for Metagenome Fragment Classification2013

    • 著者名/発表者名
      Naoki Matsushita, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      35th Annual International IEEE EMBS Conference
    • 発表場所
      Osaka JAPAN
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155
  • [学会発表] Integrative prediction of miRNA-mRNA interactions from high-throughput sequencing data2013

    • 著者名/発表者名
      Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Hiromi Daiyasu, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      RECOMB/ISCB Conference on Regulatory and Systems Genomics, with DREAM Challenges 2013
    • 発表場所
      Toronto, CANADA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155
  • [学会発表] Gene Set Enrichment Analysis for a Long Time Series Gene Expression Profile2013

    • 著者名/発表者名
      Yuta Okuma, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      The 2013 World Congress in Computer Science Computer Engineering and Applied Computing (BIOCOMP'13)
    • 発表場所
      Las Vegas,USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155
  • [学会発表] Gene Set Enrichment Analysis for Time-Series Gene Expression Profile2013

    • 著者名/発表者名
      Yuta Okuma, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      35th Annual International IEEE EMBS Conference
    • 発表場所
      Osaka JAPAN
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155
  • [学会発表] 長いリードを計算機で扱うのに完全線形符号が効果的だと思うのです2013

    • 著者名/発表者名
      竹中要一, 瀬尾茂人, 松田秀雄
    • 学会等名
      第三回NGS現場の会
    • 発表場所
      Kobe JAPAN
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155
  • [学会発表] 多次元尺度構成法によるリード分類結果の視覚化2013

    • 著者名/発表者名
      吉田拓真, 竹中要一, 瀬尾茂人, 松田秀雄
    • 学会等名
      第三回NGS現場の会
    • 発表場所
      Kobe JAPAN
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155
  • [学会発表] Reconstruction of Dynamic Gene Regulatory Networks for Cell Differentiation by Separation of Time-course Data2013

    • 著者名/発表者名
      Tomoyoshi Nakayama, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      The 2013 World Congress in Computer Science Computer Engineering and Applied Computing (BIOCOMP'13)
    • 発表場所
      Las Vegas, USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155
  • [学会発表] Improvement of the Accuracy of Mapping by Composing Alleles2013

    • 著者名/発表者名
      奥田華代,竹中要一,大野朋重,瀬尾茂人,松田秀雄
    • 学会等名
      理学会 第75回全国大会
    • 発表場所
      東北大学川内キャンパス 宮城
    • 年月日
      2013-03-06
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] 複数時系列遺伝子発現プロファイルを利用した遺伝子制御ネットワーク推定の精度向上手法2013

    • 著者名/発表者名
      渡邉之人,瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄
    • 学会等名
      情報処理学会研究報告 第92回数理モデル化と問題解決
    • 発表場所
      佐賀県武雄市 武雄市文化会館
    • 年月日
      2013-02-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] A Method of Sequence Analysis for High-Throughput Sequencer Data Based on Shifted Short Read Clustering2013

    • 著者名/発表者名
      Kensuke Suzuki, Daisuke Ueta, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      The 2013 World Congress in Computer Science Computer Engineering and Applied Computing (BIOCOMP'13)
    • 発表場所
      Las Vegas USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155
  • [学会発表] All the 1+3n one-mismatch sequences of n-mer DNA are involved in 22.2+0.00879n strings of Perfect Linear Code words on DNA2012

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2012)
    • 発表場所
      Longbeach CA USA
    • 年月日
      2012-07-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] An estimation method for a cellular-state-specific gene regulatory network along tree-structured gene expression profiles2012

    • 著者名/発表者名
      Ryo Araki, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Proceedings of the 2012 International Conference on 図 2 細胞分化系列における発現解析手法図 3 アイソフォームと発現量の同時推定法 Genome Informatics (GIW2012)
    • 発表場所
      Tainan, TAIWAN
    • 年月日
      2012-12-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Bayes-based inference of gene regulatory network for multiple time series gene expression profile, Joint Conference on Informatics is Biology2012

    • 著者名/発表者名
      Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Medicine and Pharmacology (日本バイオインフォマティクス学会 2012年年会 生命医薬情報学連合大会)
    • 発表場所
      Tower hall Funabori, Tokyo
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Comparison of Gene Expressions measured by RNA-seq and Microarray for Transcriptome Analysis of Adipose Tissues, Joint Conference on Informatics is Biology2012

    • 著者名/発表者名
      Masakazu Sugiyama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Medicine and Pharmacology (日本バイオインフォマティクス学会 2012年年会生命医薬情報学連合大会)
    • 発表場所
      Tower hall Funabori, Tokyo
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Perfect linear code reduces the solution space of genome mapping from 1+3n to 22.2 + 0.00879n to find one-mismatch for n-mer short reads2012

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      Special Interest Group Meetings of High-Throughput Sequencing at International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
    • 発表場所
      CA USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] An Estimation Method for Inference of Gene Regulatory Network Using Bayesian Network with Uniting of Partial Problems2012

    • 著者名/発表者名
      Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      The tenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2012)
    • 発表場所
      Melbourne, Australia
    • 年月日
      2012-01-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Perfect linear code reduces the solution space of genome mapping from 1+3n to 22.2 + 0.00879n to find one-mismatch for n-mer short reads2012

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Special Interest Group Meetings of High-Throughput Sequencing at International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2012)
    • 発表場所
      Longbeach CA USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Transcript-Type Dependent Normalization of Expression Levels in RNA-Seq Data for Non-Coding RNA Analysis, Joint Conference on Informatics is Biology2012

    • 著者名/発表者名
      Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Medicine and Pharmacology (日本バイオインフォマティクス学会 2012年年会 生命医薬情報学連合大会)
    • 発表場所
      Tower hall Funabori, Tokyo
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Perfect linear code reduces the solution space of genome mapping from 1+3n to 22.2 + 0.00879n to find one-mismatch for n-mer short reads2012

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      Special Interest Group Meetings of High-Throughput Sequencing at International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2012)
    • 発表場所
      CA USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155
  • [学会発表] Estimate Dynamic Gene Regulatory Networks in Adipocyte Differentiation for Detecting Changes of Gene Regulations by Splitting Time Course Data2012

    • 著者名/発表者名
      Tomoyoshi Nakayama, Yoshiyuki Kido,Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      23rd International Conference on Genome Informatics(GIW2012)
    • 発表場所
      National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan
    • 年月日
      2012-12-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125
  • [学会発表] Estimation of Dynamic Gene Regulatory Networks for Cell Differentiation by Splitting Time Course Data, Joint Conference on Informatics is Biology2012

    • 著者名/発表者名
      Tomoyoshi Nakayama, Yoshiyuki Kido, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Medicine and Pharmacology (日本バイオインフォマティクス学会 2012年年会 生命医薬情報学連合大会)
    • 発表場所
      Tower hall Funabori, Tokyo
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Perfect Hamming code with Burrow-Wheeler translation for genome mapping2011

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      InCoB/ISCB Asia 2011
    • 発表場所
      Kuala Lumpur MALAYSIA
    • 年月日
      2011-12-01
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Direct unique gene regulatory networks along dendrogram of cell differentiation2011

    • 著者名/発表者名
      Ryo Araki, Yoichi Takenaka, Tomoshige Ohno, Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      InCoB/ISCB-Asia Joint Conference 2011
    • 発表場所
      Renaissance Hotel, Kuala Lumpur, Malaysia
    • 年月日
      2011-11-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125
  • [学会発表] Network analysis for time-series expression profile using nested effects models2011

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Kitaguchi, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      The 2011 Joint Conference of CBI and JSBi (CBI/JSBi2011)
    • 発表場所
      Kobe International Conference Center, Hyogo.
    • 年月日
      2011-11-08
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125
  • [学会発表] Sequence determination and expression estimation of alleles from RNA-Seq data2011

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Tomoshige Ohno, Kayo Okuda, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      InCoB/ISCB Asia 2011
    • 発表場所
      Kuala Lumpur MALAYSIA
    • 年月日
      2011-11-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Perfect Hamming code with a hash table for faster genome mapping2011

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Shigeto Seno and Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Asia Pacific Bioinformatics Network's 10th InCoB - 1st ISCB Asia Joint Conference 2011 (InCoB/ISCB Asia 2011)
    • 発表場所
      Kuala Lumpur MALAYSIA
    • 年月日
      2011-11-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] 地方自治体の例規比較に用いる条文対応表の自動生成2011

    • 著者名/発表者名
      竹中要一、若尾岳志
    • 学会等名
      言語処理学会 第17回年次大会
    • 発表場所
      豊橋技術科学大学
    • 年月日
      2011-03-09
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21500253
  • [学会発表] A Directed Graphical Gaussian Model for Inferring Gene Regulatory Networks2011

    • 著者名/発表者名
      Tomoshige Ohno, Kiyoshi Yoshizawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      The 19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2011)
    • 発表場所
      Austria Center Vienna, Vienna, Austria
    • 年月日
      2011-07-19
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125
  • [学会発表] A method for risk predicition of a serious disease using rule-based analysis2011

    • 著者名/発表者名
      Masakazu Sugiyama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2011
    • 発表場所
      ウィーン オーストリー
    • 年月日
      2011-07-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] A Method for Inference of Gene Regulatory Network based on Bayesian Network with Uniting of Partial Problems2011

    • 著者名/発表者名
      Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2011
    • 発表場所
      ウィーン オーストリー
    • 年月日
      2011-07-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Perfect Hamming Code as Hash key for Fast Genome Mapping2011

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2011
    • 発表場所
      ウィーン オーストリー
    • 年月日
      2011-07-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Perfect Hamming Code as Hash key for Fast Genome Mapping2011

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2011
    • 発表場所
      Vienna Australia
    • 年月日
      2011-07-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] A Directed Graphical Gaussian Model for Inferring Gene Regulatory Networks2011

    • 著者名/発表者名
      Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2011
    • 発表場所
      ウィーン オーストリー
    • 年月日
      2011-07-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Inference of S-system Models of Gene Regulatory Networks using Immune Algorithm2011

    • 著者名/発表者名
      Tomoyoshi Nakayama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Proceedings of the 2011 International Conference on Genome Informatics (GIW2011)
    • 発表場所
      Busan, KOREA
    • 年月日
      2011-12-06
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Feature selection for specifying experimental conditions that activate gene transcriptions2011

    • 著者名/発表者名
      Sho Ohsuga, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2011
    • 発表場所
      ウィーン オーストリー
    • 年月日
      2011-07-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] 地方自治体の例規比較に用いる条文対応表の自動生成2011

    • 著者名/発表者名
      竹中要一, 若尾岳志
    • 学会等名
      言語処理学会第17回年次大会発表論文集
    • 発表場所
      豊橋技術科学大学(p.520-523 (D2-5))
    • 年月日
      2011-03-09
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21500253
  • [学会発表] Mutation-aware clustering with error correction for short-read genome mapping2011

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Ueta, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      The 2011 Jointa Conference of CBI&JSBi
    • 発表場所
      Kobe
    • 年月日
      2011-11-08
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] A Method for Inference of Gene Regulatory Network based on Bayesian Network with Uniting of Partial Problems2011

    • 著者名/発表者名
      Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      The 19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2011)
    • 発表場所
      Austria Center Vienna, Vienna, Austria.
    • 年月日
      2011-07-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125
  • [学会発表] A Directed Graphical Gaussian Model for Inferring Gene Regulatory Networks2011

    • 著者名/発表者名
      Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2011
    • 発表場所
      Vienna, Austria
    • 年月日
      2011-07-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] A Method for Inference of Gene Regulatory Network based on Bayesian Network with Uniting of Partial Problems2011

    • 著者名/発表者名
      Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2011
    • 発表場所
      Vienna, Austri
    • 年月日
      2011-07-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] A Metadata Management System for Composing Bioinformatics Workflows2010

    • 著者名/発表者名
      Takuya Ishibashi, Yoshiyuki Kido, Takanori Fukumoto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      9th International Conference on Bioinformatics
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2010-09-28
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] An estimation method of S-system model of gene regulatory networks using immune algorithm2010

    • 著者名/発表者名
      T.Nakayama, S.Seno, Y.Takenaka, H.Matsuda
    • 学会等名
      International Conference on Intelligent Sysmtes for Molecular Biology (ISMB2010)
    • 発表場所
      Hynes Convention Center, Boston (USA)
    • 年月日
      2010-07-12
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125
  • [学会発表] Revealing regulatory relationships of crosstalk with multiple time-series gene expression profiles2010

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Yoshizawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2010-12-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Revealing regulatory relationships of crosstalk with multiple time-series gene expression profiles2010

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Yoshizawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010)
    • 発表場所
      Centennial Hall, Kyushu University School of Medicine, Fukuoka.
    • 年月日
      2010-12-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125
  • [学会発表] An Improved RNA-Seq Analysis Method for Isoform Prediction by Iterative Mapping2010

    • 著者名/発表者名
      Tomoshige Ohno, Motokazu Ishikawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Proceedings of the 2010 International Conference on Genome Informatics (GIW2010)
    • 発表場所
      Hangzhou
    • 年月日
      2010-12-16
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Revealing regulatory relationships of crosstalk with multiple time-series gene expression profiles2010

    • 著者名/発表者名
      K.Yoshizawa, S.Seno, Y.Takenaka, H.Matsuda
    • 学会等名
      Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010)
    • 発表場所
      九州大学医学部百年講堂、福岡県
    • 年月日
      2010-12-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310125
  • [学会発表] A method for detecting structural variants from massive paired end genome sequences by mapping signatures2010

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Ueta, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Proceedings of the 18th Annual International Conference on Intelligent Sysmtes for Molecular Biology (ISMB2010)
    • 発表場所
      Boston
    • 年月日
      2010-07-11
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] A bootstrapping method of S-system model for estimating timeline gene regulatory networks2010

    • 著者名/発表者名
      Tomoyoshi Nakayama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2010-12-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] An Improved RNA-Seq analysis method for Isoform prediction by Iterative Mapping2010

    • 著者名/発表者名
      Ohno T, …, Takenaka Y., et.al
    • 学会等名
      International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      中国・杭州
    • 年月日
      2010-12-16
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] Revealing regulatory relationships of crosstalk with multiple time-series gene expression profiles2010

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Yoshizawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Proceedings of the 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010)
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2010-12-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] A Method for Analyzing Gene Expression Profiles based on the Underlying Structures2009

    • 著者名/発表者名
      Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Proceedings of 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 8th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2009)
    • 発表場所
      Stockholm, Sweden
    • 年月日
      2009-06-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19710166
  • [学会発表] Architecture of an Efficient Data Transfer System and Manager for Genome-wide Analysis Workflows2008

    • 著者名/発表者名
      J. Seo, Y. Kido, S. Seno, Y. Takenaka, H. Matsuda
    • 学会等名
      3rd MEI International Symposium
    • 発表場所
      サンフランシスコ、アメリカ
    • 年月日
      2008-12-02
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19024050
  • [学会発表] Tissue specificity measured by differences in information content between target tissue and whole tissue2008

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Proceedings of 16th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2008)
    • 発表場所
      Toronto
    • 年月日
      2008-07-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19710166
  • [学会発表] An Efficient Data Transfer, on Workflows for Genome-wide Analysis2008

    • 著者名/発表者名
      J. Seo, Y. Kido, S. Seno, Y. Takenaka, H. Matsuda
    • 学会等名
      An Efficient Data Transfer, on Workflows for Genome-wide Analysis
    • 発表場所
      千里中央、大阪
    • 年月日
      2008-12-16
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19024050
  • [学会発表] A Method for Making a New Reference Set of PDB Entries for Retrieving Protein 3D Structures with Structural Annotations2008

    • 著者名/発表者名
      M. Hamada, Y. Kido, S. Seno, H. Daiyasu, Y. Takenaka. H. Matsuda
    • 学会等名
      Annual Conf Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      千里中央、大阪
    • 年月日
      2008-12-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19024050
  • [学会発表] Tissue specificity measured by differences in information content between target tissue and whole tissue2008

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      International Society for Computational Biology 2008
    • 発表場所
      Toronto, Canada
    • 年月日
      2008-07-20
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19710166
  • [学会発表] A Data Transmission Method for Web Services in Bioinformatics Workflows2008

    • 著者名/発表者名
      J. Seo, S. Seno, Y. Takenaka, H. Matsuda
    • 学会等名
      Intl Conf Intelligent Systems for Molecular Biology
    • 発表場所
      トロント、カナダ
    • 年月日
      2008-07-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19024050
  • [学会発表] A Method for Analysis of Tissue-Specific Transcriptional Control Using Distributions of Transcription Starting Sites2008

    • 著者名/発表者名
      Mitsuru Jikeya, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Proceedings of the 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
    • 発表場所
      Senri-Chuo
    • 年月日
      2008-12-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19710166
  • [学会発表] A Method for Reducing Bounds of Compound Search by Dividing Structure Key2008

    • 著者名/発表者名
      T. Shimizu, Y. Kido, S. Seno, Y. Takenaka, H. Matsuda
    • 学会等名
      Annual Conf Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      千里中央、大阪
    • 年月日
      2008-12-16
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19024050
  • [学会発表] GO based Tissue Specific Functions of Mouse using Countable Gene Expression Profiles2007

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Akiko Matsumoto, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Genome Informatics
    • 発表場所
      Singapore
    • 年月日
      2007-12-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19710166
  • [学会発表] GO based Tissue Specific Functions of Mouse using Countable Gene Ex pression Profiles2007

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      18th International Conference on Genome Infomatics
    • 発表場所
      シンガポール
    • 年月日
      2007-12-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19710166
  • [学会発表] A Method for Retrieving Functionally Similar Bioinformatics Workflows2007

    • 著者名/発表者名
      J., Seo・S., Seno・Y., Takenaka・H., Matsuda
    • 学会等名
      Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      東京,日本科学未来館
    • 年月日
      2007-12-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19024050
  • [学会発表] ゲノムマッピング: Burrows-Wheeler transformの次のアルゴリズム

    • 著者名/発表者名
      竹中要一
    • 学会等名
      NGS現場の会 第二回研究会
    • 発表場所
      大阪
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155
  • [学会発表] 都道府県に共通する例規の自動抽出

    • 著者名/発表者名
      竹中要一、若尾岳志
    • 学会等名
      言語処理学会第20回年次大会
    • 発表場所
      北海道大学
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21500253
  • [学会発表] All the 1+3n one-mismatch sequences of n-mer DNA are involved in 22.2+0.00879n strings of Perfect Linear Code words on DNA

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2012)
    • 発表場所
      CA USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155
  • [学会発表] Chronological analysis of regulatory strength on gene regulatory networks

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Shigeto Seno and Hideo Matsuda
    • 学会等名
      ECCB 2014
    • 発表場所
      Boston
    • 年月日
      2014-07-07 – 2014-07-10
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24650155
  • [学会発表] ゲノムマッピング: Burrows-Wheeler transformの次のアルゴリズム

    • 著者名/発表者名
      竹中要一
    • 学会等名
      NGS現場の会
    • 発表場所
      大阪
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • [学会発表] All the 1+3n one-mismatch sequences of n-mer DNA are involved in 22.2+0.00879n strings of Perfect Linear Code words on DNA

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2012)
    • 発表場所
      CA USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22680023
  • 1.  松田 秀雄 (50183950)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 26件
  • 2.  渡邉 幹夫 (50294088)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 7件
  • 3.  若尾 岳志 (50388328)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 6件
  • 4.  松浦 好治 (40104830)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  佐野 智也 (30419428)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 6.  中村 誠 (50377438)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 7.  岩谷 良則
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 8.  瀬尾 茂人
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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