北村勇吉 Kitamura Yukichi

研究者番号	00855702
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 静岡大学, 工学部, 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2021年度 – 2024年度: 静岡大学, 工学部, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者小区分32010:基礎物理化学関連研究代表者以外小区分32010:基礎物理化学関連
キーワード	研究代表者ソルバトクロミズムシフト / 構造機能相関 / 量子化学的記述子 / アンサンブル学習器 / 分光スペクトル解析研究代表者以外アンサンブルMD法 / pH依存性運搬ペプチド / データ科学 / 配置選択定pH法 / 時系列クラスタリング … もっと見る / 蛋白質機能調節 / ph, 分子夾雑状態 / pH, 分子夾雑状態 / ph / ビッグデータ解析 / 分子夾雑系 / 配置選択定ｐH 法 / 運動樹法 / Motion Tree method / 分子夾雑状態 / pH / 時系列クラスタリング解析 / ビックデータ解析 / Motion Tree 法 / 夾雑状態分子物性 / 定pH法 / 分子シミュレーション隠す

量子化学的記述子を用いたアンサンブル機械学習モデルの開発と分光スペクトル解析研究代表者
- 研究代表者
  
  北村勇吉
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分32010:基礎物理化学関連
- 研究機関
  静岡大学
pHや共溶質濃度の変化による蛋白質機能調節の機構解明:計算化学とデータ科学の融合
- 研究代表者
  
  長岡正隆
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分32010:基礎物理化学関連
- 研究機関
  名古屋大学
pH依存環境の計算化学とデータ科学の融合－分子凝集から生体分子機能まで－
- 研究代表者
  
  長岡正隆
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分32010:基礎物理化学関連
- 研究機関
  名古屋大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Histidine Protonation States Regulate the State Transition from R State Hemoglobin2024
- 著者名/発表者名
  Yotsuya Haruka、Tanaka Miho、Kitamura Yukichi、Nagaoka Masataka
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 128 号: 12 ページ: 2853-2863
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.3c07146
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K04678, KAKENHI-PROJECT-23K23300
[雑誌論文] Theoretical prediction of pH-dependent electronic spectra in aqueous solution: A combinational application of QM/MM calculations and constant-pH simulations with configuration-selection scheme2022
- 著者名/発表者名
  Bistafa Carlos、Kitamura Yukichi、Nagaoka Masataka
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters
  
  巻: 798 ページ: 139624-139624
- DOI
  10.1016/j.cplett.2022.139624
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673, KAKENHI-PROJECT-23K23300
[雑誌論文] Chloride Ions Stabilize Human Adult Hemoglobin in the T-State, Competing with Allosteric Interaction of Oxygen Molecules2021
- 著者名/発表者名
  Kurisaki Ikuo、Takahashi Yume、Kitamura Yukichi、Nagaoka Masataka
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 125 号: 46 ページ: 12670-12677
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.1c07520
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[雑誌論文] ヘモグロビンのアロステリック制御に関するデータ科学的研究 ‒四次構造変化に対する塩素イオンの役割‒2021
- 著者名/発表者名
  TANAKA Miho、TAKAHASHI Yume、TAKAMI Kei、KITAMURA Yukichi、NAGAOKA Masataka
- 雑誌名
  
  Journal of Computer Chemistry, Japan
  
  巻: 20 号: 3 ページ: 97-99
- DOI
  10.2477/jccj.2021-0045
- NAID
  130008122391
- ISSN
  1347-1767, 1347-3824
- 言語
  日本語
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[雑誌論文] A Constant-pH Hybrid Monte Carlo Method with a Configuration-Selection Scheme Using the Zero Energy Difference Condition: Elucidation of Molecular Diffusivity Correlated with a pH-Dependent Solvation Shell2021
- 著者名/発表者名
  Kitamura Yukichi、Nagaoka Masataka
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 17 号: 2 ページ: 1030-1044
- DOI
  10.1021/acs.jctc.0c00939
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[雑誌論文] Performance Research of Clustering Methods for Detecting State Transition Trajectories in Hemoglobin2020
- 著者名/発表者名
  TAKAMI Kei、KITAMURA Yukichi、NAGAOKA Masataka
- 雑誌名
  
  Journal of Computer Chemistry, Japan
  
  巻: 19 号: 4 ページ: 154-157
- DOI
  10.2477/jccj.2021-0014
- NAID
  130008024188
- ISSN
  1347-1767, 1347-3824
- 言語
  英語
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[雑誌論文] Vibrational Spectroscopy in Solution through Perturbative ab Initio Molecular Dynamics Simulations2019
- 著者名/発表者名
  Bistafa Carlos、Kitamura Yukichi、Martins-Costa Marilia T. C.、Nagaoka Masataka、Ruiz-L?pez Manuel F.
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 15 号: 8 ページ: 4615-4622
- DOI
  10.1021/acs.jctc.9b00362
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドのpH依存性予測2024
- 著者名/発表者名
  稲垣風花, 北村勇吉, 四谷悠, 長岡正隆
- 学会等名
  日本化学会第104春季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[学会発表] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドのpH依存性予測2024
- 著者名/発表者名
  稲垣風花、北村勇吉、四谷悠、長岡正隆
- 学会等名
  日本化学会第104春季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[学会発表] Consideration of the Bohr Effect Based on pH-Responsive Conformational Changes in Human Adult Hemoglobin2024
- 著者名/発表者名
  Haruka Yotsuya, Yukichi Kitamura, Masataka Nagaoka
- 学会等名
  研究会「凝縮系の理論化学2024」
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[学会発表] ヘモグロビンの構造安定性と構造間遷移に対するpH 依存性2023
- 著者名/発表者名
  四谷悠、北村勇吉、長岡正隆
- 学会等名
  第37回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[学会発表] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドの立体配座が持つpH依存性の解明2023
- 著者名/発表者名
  稲垣風花、北村勇吉、四谷悠、長岡正隆
- 学会等名
  第37回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[学会発表] Histidine Protonation State Regulates the Structural Stability of R state Hemoglobin2023
- 著者名/発表者名
  H. Yotsuya, M. Tanaka, Y. Kitamura, M. Nagaoka
- 学会等名
  The 10th Conference of the Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists (APCTCC-10)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[学会発表] Structural regulation of hemoglobin by the histidine protonation state depending on pH: a theoretical analysis2023
- 著者名/発表者名
  Haruka Yotsuya, Yukichi Kitamura, Masataka Nagaoka
- 学会等名
  The 5th conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[学会発表] Theoretical analysis toward better description of the frequency shifts of the OH stretch of hydrogen-bonded water2023
- 著者名/発表者名
  Y. Kitamura, H. Torii
- 学会等名
  Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists (APCTCC-10)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[学会発表] 金属腐食抑制性能の予想のための機械学習モデル構築の方法2023
- 著者名/発表者名
  高井洋子, 伊藤勝仁, 北村勇吉
- 学会等名
  第46回ケモインフォマティクス討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[学会発表] ヒスチジン残基のプロトン化状態がヘモグロビンに及ぼす構造安定化効果：理論的解析2023
- 著者名/発表者名
  四谷悠、田中美帆、北村勇吉、長岡正隆
- 学会等名
  第17回分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[学会発表] 振動分光予測モデルにおける記述子の静電ポテンシャルマップに基づく構築2023
- 著者名/発表者名
  北村勇吉, 鳥居肇
- 学会等名
  第46回ケモインフォマティクス討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[学会発表] 振動分光スペクトル解析のための理論化学的手法の開発および機械学習モデルの検討2023
- 著者名/発表者名
  北村勇吉
- 学会等名
  第45回溶液化学シンポジウム・プレシンポジウム
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[学会発表] Histidine Protonation State Regulates the Structural Stability of R state Hemoglobin2023
- 著者名/発表者名
  H. Yotsuya, M. Tanaka, Y. Kitamura, M. Nagaoka
- 学会等名
  Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists (APCTCC-10)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[学会発表] ヘモグロビンの構造安定性と構造間遷移に対するpH依存性2023
- 著者名/発表者名
  四谷悠, 北村勇吉, 長岡正隆
- 学会等名
  第37回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[学会発表] 機械学習による振動分光予測モデルにおける記述子構築方法の検討2023
- 著者名/発表者名
  北村勇吉, 鳥居肇
- 学会等名
  第45回溶液化学シンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[学会発表] Structural regulation of hemoglobin by the histidine protonation state depending on pH: a theoretical analysis2023
- 著者名/発表者名
  H. Yotsuya, M. Tanaka, Y. Kitamura, M. Nagaoka
- 学会等名
  TACC2023
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[学会発表] プロトン化部位を有するペプチドのpHに依存した立体配座変化：固定プロトン化状態による分子動力学計算と配置選択定pH法の比較2023
- 著者名/発表者名
  稲垣風花、四谷悠、北村勇吉、長岡正隆
- 学会等名
  第17回分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[学会発表] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドの立体配座が持つpH依存性の解明2023
- 著者名/発表者名
  稲垣風花, 北村勇吉, 四谷悠, 長岡正隆
- 学会等名
  第37回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K04678
[学会発表] GPU版配置選択pH(CS-CpH)法の開発とその応用2022
- 著者名/発表者名
  稲垣風花、四谷悠、北村勇吉、長岡正隆
- 学会等名
  第36回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[学会発表] R状態ヒト成人ヘモグロビンに及ぼすヒスチジン残基プロトン化の構造安定化効果2022
- 著者名/発表者名
  四谷悠、田中美帆、北村勇吉、長岡正隆
- 学会等名
  第12回CSJ化学フェスタ2022
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[学会発表] Chloride's Allosteric Regulation of Hemoglobin by Time Series Clustering Method2022
- 著者名/発表者名
  Y. Kitamura, M. Nagaoka
- 学会等名
  12th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists(WATOC2020)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[学会発表] ヒスチジン残基のプロトン化状態が決定するR状態ヘモグロビンの構造安定性2022
- 著者名/発表者名
  四谷悠、田中美帆、北村勇吉、長岡正隆
- 学会等名
  第24回理論化学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[学会発表] R状態ヘモグロビンに及ぼすサブユニット間相互作用の構造安定化効果2022
- 著者名/発表者名
  四谷悠、田中美帆、北村勇吉、長岡正隆
- 学会等名
  第16回分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23300
[学会発表] ヘモグロビンのアロステリック制御に関するデータ科学的研究 -四次構造遷移に伴うサブユニット界面構造の解析-2021
- 著者名/発表者名
  田中美帆，高橋由芽，高見慧，四谷悠，北村勇吉，長岡正隆
- 学会等名
  第35回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] ヘモグロビンのアロステリック制御に関する時系列解析：T 状態安定化に対する塩素イオンの役割2021
- 著者名/発表者名
  田中美帆，高橋由芽，高見慧，北村勇吉，長岡正隆
- 学会等名
  第23回理論化学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] 配置選択スキームによる定 pH ハイブリッド MC 法の開発：振動・電子遷移スペクトルへの応用2021
- 著者名/発表者名
  北村勇吉, Carlos Bistafa, 長岡正隆
- 学会等名
  第23回理論化学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] ヘモグロビンのアロステリック制御に関する統計解析: T状態安定化に対する塩素イオンの役割2021
- 著者名/発表者名
  田中美帆，高橋由芽，高見慧，北村勇吉，長岡正隆
- 学会等名
  日本コンピュータ化学会2021年春季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] 時系列クラスタリング法によるヘモグロビンタンパク質内部への酸素分子進入過程の解析2021
- 著者名/発表者名
  北村勇吉，高見慧，長岡正隆
- 学会等名
  日本コンピュータ化学会2021年春季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] Time series analysis of allosteric regulation of hemoglobin: Role of chloride ion on T-state stabilization2021
- 著者名/発表者名
  M. Tanaka, Y. Takahashi, Y. Kitamura, M. Nagaoka
- 学会等名
  Pacifichem2020
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] ヒトヘモグロビンのアロステリックなT-R遷移過程の多様性：主成分分析およびMotion Tree法の適用2020
- 著者名/発表者名
  北村勇吉，鈴木謙太郎，長岡正隆
- 学会等名
  日本化学会第100春季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] ヒト成人ヘモグロビンのT-R状態間遷移における多様な立体構造変化過程：時系列クラスタリング法によるデータ解析の適用2020
- 著者名/発表者名
  高見慧、北村勇吉、長岡正隆
- 学会等名
  分子科学討論会オンライン討論会2020
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] ヒト成人ヘモグロビンのT-R状態間立体構造変化に対する進入酸素分子群の役割2020
- 著者名/発表者名
  高見慧、北村勇吉、長岡正隆
- 学会等名
  日本コンピュータ化学会2020年秋季年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] ヘモグロビンのアロステリック制御における塩素イオンの役割に関する理論的研究2019
- 著者名/発表者名
  高橋由芽，栗崎以久男，鈴木謙太郎，北村勇吉，長岡正隆
- 学会等名
  第13回分子科学討論会名古屋 2019
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] Motion Tree法によるヒトヘモグロビンのアロステリックなT-R遷移過程の理論的研究2019
- 著者名/発表者名
  鈴木謙太郎，北村勇吉，高橋由芽，高柳昌芳，栗崎以久男，長岡正隆
- 学会等名
  第13回分子科学討論会名古屋 2019
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] 自由エネルギー面探索：溶液中の自由エネルギー最適化と振動数解析2019
- 著者名/発表者名
  北村勇吉
- 学会等名
  重点課題5第2回若手勉強会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] 水和アルミニウム錯体系での多段階プロトン化と水和数変化：量子力学法に基づいた定pH法の開発2019
- 著者名/発表者名
  北村勇吉，吉田正一，長岡正隆
- 学会等名
  第22回理論化学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] 化学反応エルゴードグラフィに向けた自由エネルギー面探索：溶液中の構造最適化と振動解析2019
- 著者名/発表者名
  北村勇吉
- 学会等名
  化学反応経路探索のニューフロンティア（SRPS2019）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673
[学会発表] Theoretical Study on the Role of Chloride Ion in Allosteric Regulation of Hemoglobin2019
- 著者名/発表者名
  Y. Takahashi, K. Suzuki, Y. Kitamura, I. Kurisaki, M. Nagaoka
- 学会等名
  二国間交流事業共同研究「データ科学で強化された計算分子技術の日米共同研究：複合生体分子系の機能の解明」
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H02673

1. 長岡正隆 (50201679)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 30件
2. 小池亮太郎 (20381577)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件

北村 勇吉 Kitamura Yukichi

研究課題

研究成果

共同研究者

量子化学的記述子を用いたアンサンブル機械学習モデルの開発と分光スペクトル解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

pHや共溶質濃度の変化による蛋白質機能調節の機構解明:計算化学とデータ科学の融合

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

pH依存環境の計算化学とデータ科学の融合－分子凝集から生体分子機能まで－

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Histidine Protonation States Regulate the State Transition from R State Hemoglobin2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Theoretical prediction of pH-dependent electronic spectra in aqueous solution: A combinational application of QM/MM calculations and constant-pH simulations with configuration-selection scheme2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Chloride Ions Stabilize Human Adult Hemoglobin in the T-State, Competing with Allosteric Interaction of Oxygen Molecules2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] ヘモグロビンのアロステリック制御に関するデータ科学的研究 ‒四次構造変化に対する塩素イオンの役割‒2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

ISSN

言語

データソース

[雑誌論文] A Constant-pH Hybrid Monte Carlo Method with a Configuration-Selection Scheme Using the Zero Energy Difference Condition: Elucidation of Molecular Diffusivity Correlated with a pH-Dependent Solvation Shell2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Performance Research of Clustering Methods for Detecting State Transition Trajectories in Hemoglobin2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

ISSN

言語

データソース

[雑誌論文] Vibrational Spectroscopy in Solution through Perturbative ab Initio Molecular Dynamics Simulations2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[学会発表] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドのpH依存性予測2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドのpH依存性予測2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Consideration of the Bohr Effect Based on pH-Responsive Conformational Changes in Human Adult Hemoglobin2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] ヘモグロビンの構造安定性と構造間遷移に対するpH 依存性2023

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドの 立体配座が持つpH依存性の解明2023

北村勇吉 Kitamura Yukichi

[学会発表] 配置選択定pH(CS-CpH)法による酸性残基を含むペプチドの立体配座が持つpH依存性の解明2023

[学会発表] 金属腐食抑制性能の予想のための機械学習モデル構築の方法2023